The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
115
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structure length |
115
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Chain Sequence |
GQELPPGTYRVDIYLNNGYMATRDVTFNTGDSEQGIVPCLTRAQLASMGLNTASVAGMNLLADDACVPLTTMVQDATAHLDVGQQRLNLTIPQAFMSNRARGYIPPELWDPGINA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Membrane protein
|
| molecule keywords |
Outer membrane usher protein fimD
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| publication title |
Structural basis of chaperone-subunit complex recognition by the type 1 pilus assembly platform FimD.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
17
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-04-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BWU D; 4B0E A; 1ZE3 D; 1ZDV A; 1ZDX A; 4B0M A; 3RFZ B; 4J3O D; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MGI E; 3FIL A; 3DHI C; 3DBR B; 3PT2 B; 2J0J A; 1FRD A; 2K5P A; 2LVQ A; 1RAX A; 1UBI A; 4ANU A; 3I5J C; 1HQR D; 3B2F A; 3Q3F A; 2LAS A; 3VQI A; 1WGY A; 1Y56 A; 1C1Y B; 1ZXI A; 4HLE A; 2KJR A; 2WXM A; 3Q3O C; 4AOF A; 4E3C A; 3RPF C; 2DWQ A; 1IP9 A; 3CSF A; 1FMA D; 2CU1 A; 1TT5 B; 3P1M A; 1FFV A; 1NEN B; 3H6N A; 2IGG A; 4CO7 A; 4BKG A; 4DHZ E; 5HG2 A; 1C4C A; 5HI1 A; 2N9X A; 3ZGZ A; 1KH0 A; 5DPT A; 1H4R A; 4LNF A; 1V1O A; 1YOV B; 3A9J A; 2V9H A; 1XF5 L; 2Y5P A; 4TQ1 A; 4YTP B; 4S0R A; 5MPO A; 1NVI D; 3T9L A; 1TY0 A; 1JAL A; 2PMV A; 3LDZ E; 2WLB A; 2W3R A; 1B9R A; 3NS1 A; 4HPL B; 1V8C A; 4JGH B; 3E9S A; 1T0Q C; 1L7Y A; 2Z0E B; 5I4D A; 1WRI A; 2C7H A; 1F0Z A; 2KLC A; 2WXK A; 2FCM A; 3L0W B; 4IOI E; 5J2R A; 4EOY A; 3Q3J A; 5DPR A; 3ZRC A; 3AE7 B; 1SE9 A; 4NJ7 A; 3DCG A; 1XLP A; 4PS8 A; 3AE6 B; 2KFK B; 2FIF A; 4IWO A; 1LXD A; 4KZ0 A; 1EU3 A; 1MG8 A; 4XX5 A; 1T0S C; 4A8X C; 2N1V A; 3NVZ A; 3JVZ X; 3RD2 A; 2QIL A; 3I3T B; 2XK5 B; 3ONS A; 1K50 A; 3O13 A; 2EKE C; 5IP4 D; 2LGI A; 4NNJ B; 3WIM A; 2INP E; 2BS2 B; 5FR6 A; 1LGR A; 5E6P A; 1WJ4 A; 2X38 A; 2BYT A; 4NQL B; 5AEK B; 2LMC A; 3AI5 A; 4OZC A; 2KYW A; 3U7Z A; 3IBE A; 3GOE A; 1GB1 A; 4DXA B; 3W1Y A; 1F1H A; 4EFO A; 1UUP A; 2BKF A; 1WYG A; 1OTR B; 1NYQ A; 3EHV A; 3NS8 A; 4MGZ E; 2DZK A; 4LNO A; 2JQR B; 1T5X D; 2AQ3 B; 3MHZ A; 4K1R B; 1XCQ L; 3MJW A; 3PV1 A; 4JE3 B; 3HUI A; 1SIF A; 2CU3 A; 5D2M B; 4TMA B; 3SDL C; 2PEA A; 5DPS A; 2JWZ A; 2G1E A; 1JWU D; 4I6L B; 3N30 A; 2ZJD A; 4NQK E; 4C80 A; 4M8N A; 1WE7 A; 1VLB A; 4W9J A; 4AJW A; 4DQO C; 3U8Z A; 1PYW D; 2RPV A; 1V5T A; 3VTV A; 4IM2 A; 3AV8 A; 3VTU A; 4FLH A; 1R4M I; 3AED B; 2L1A A; 2QSD A; 2AQ1 B; 3IXS A; 3VAW A; 4F1S A; 3UIP B; 2R2Q A; 2PKO A; 3AUL A; 4AUQ C; 3PO0 A; 3WCQ A; 2D11 A; 2WNM A; 4WAA A; 3ML8 A; 4IKG A; 4BOS C; 1FCC C; 1NDD A; 1NBF C; 3A4R A; 4F8C B; 2KWD A; 5IO9 A; 3WA0 A; 2WXP A; 3NUH B; 1OEY J; 4NAM A; 1I35 A; 1PFD A; 1IGD A; 4WIP A; 1YMH E; 2JU6 X; 1WJU A; 2NMQ A; 3H1U A; 2KLG A; 1AWD A; 3PVL A; 3SD5 A; 4DHJ B; 2FAZ A; 5BYS A; 2JX5 A; 3C0R B; 5TSS A; 2RDG A; 2JYE A; 4YTN B; 2C7M B; 2LXA A; 3EFU A; 4MEL A; 4P1C C; 2Q5W D; 1JRP A; 2LEK A; 1GC7 A; 1L6U A; 1TBE A; 3APD A; 4W9C A; 3AE5 B; 2HTM E; 2ZCC A; 1SE2 A; 1YIW A; 2Y5C A; 3ZO5 B; 3VHT C; 2LXC A; 1YJJ A; 1KF6 B; 3DBS A; 1AAR A; 1N62 A; 1TZ1 A; 1V1P A; 4KKJ A; 5BMG A; 4RGT A; 2HDE A; 3TIX A; 5HFY A; 1QOG A; 3EFC A; 4L2Y A; 1N60 A; 4WWN A; 2NPT B; 4RGO S; 2KK8 A; 1RLF A; 2RDH A; 2LVO A; 1NI2 A; 2MRP A; 3PRE A; 1SE4 A; 2PW9 A; 1GC6 A; 3ZJV A; 4ZYN A; 4A3O A; 5LLI A; 3UI3 A; 2IDY A; 2LGS A; 1QOF A; 3VH4 B; 4MEM A; 4NAW A; 2DYM A; 4ZRK A; 3JSV B; 4MJS B; 4HWI B; 1F52 A; 3QAR A; 2M8S A; 2KAJ A; 2GB1 A; 1WE6 A; 1WJN A; 1ENF A; 4OVZ A; 1E5W A; 2LUE A; 3X23 A; 4DXF A; 3GZN I; 3IVF A; 4I6P A; 1L5P A; 1VDV A; 3Q3N C; 3AE1 B; 3L4P A; 4II3 B; 1KM7 A; 1WWT A; 1QQR A; 2WYQ A; 3QHT A; 4G0N B; 3DQV A; 3MHS D; 2KWV B; 5DPW A; 5D94 A; 1CZP A; 2JYT A; 3JW0 X; 3AMZ A; 3T8M A; 4K3B A; 2DYO A; 4GU2 A; 1C9F A; 3NG0 A; 2KTF A; 4CYE A; 2UU7 A; 1JWA D; 1E7P B; 2C60 A; 2JT4 B; 3ZNI D; 1IPG A; 2M1M A; 4MDK E; 1Q5W B; 3M3J A; 3ZDM C; 5LNK 1; 3VTW A; 4WWO A; 4XGA B; 2MWS B; 3DVG Y; 5J17 A; 1E0Z A; 2ZZP B; 2MEK A; 1E9M A; 2JSV X; 4LJO B; 4ANV A; 2AL6 A; 3U7D A; 1V6E A; 2WP9 B; 4PS3 A; 4BBN F; 2KDM A; 3GB1 A; 3N1X C; 2WQY B; 2AQ2 B; 5CX3 A; 4IW0 A; 1SB3 C; 1EF5 A; 2WXF A; 3L16 A; 3DBH I; 4TV3 A; 5L83 A; 1FPY A; 1IGC A; 3MJ5 A; 1PGB A; 1Z5S B; 1KJT A; 3ZYY X; 2QC8 A; 1ZPS A; 1UBQ A; 1N6Z A; 3GS2 A; 3IT4 B; 3H7P B; 3P2B A; 1HZ5 A; 3ZIM A; 1ZW7 A; 1L4D B; 1DGJ A; 2ZVN A; 1U4A A; 5LXH A; 4LK0 M; 2ZW0 A; 1WY8 A; 3ZJU A; 3A4S C; 2VZK D; 2IYD B; 3ZXV A; 5BMH A; 4LNI A; 1WX8 A; 3I63 C; 4N6E B; 4HVB A; 2KFK A; 3PTF C; 4EZK A; 1E8Z A; 2KJ6 A; 5CHF A; 1F77 A; 1KLG D; 3Q3M C; 1KRH A; 4XYC A; 2LJ5 A; 2WWZ A; 1RFK A; 1MFW A; 4TUU A; 1IBX B; 2GBK A; 2XK5 A; 4K3C A; 3VUY A; 2CJO A; 4MSQ B; 2JUO A; 4NPN A; 2LUM A; 3EA6 A; 2D10 A; 1D5X C; 1PUT A; 4M01 A; 1WGG A; 4C7Z A; 2MBO A; 3V3X A; 3Q8F A; 1C76 A; 2INC C; 2C5L C; 1JWM D; 3OWE B; 3UIN B; 1LO5 D; 3C19 A; 2K3U A; 2IO3 B; 3ALB A; 1WGH A; 3RZW C; 2BB6 A; 1EU4 A; 1WGK A; 3TEX A; 3VUW A; 3PSE B; 2L05 A; 4DXG A; 1P98 A; 1L6V A; 1TIF A; 3L13 A; 2GOW A; 4KSL C; 5G55 A; 3ABV B; 1WXM A; 4O1N A; 1B1Z A; 3BVG A; 2N9L A; 1DOX A; 2BYE A; 3MFG A; 4IM3 A; 3GE8 C; 2PE6 B; 3AU5 A; 2JZ3 B; 2PE9 A; 2K25 A; 2E6X A; 4OW0 A; 2DBY A; 3AU4 A; 2NTS A; 3EGR A; 3KWV A; 4PK1 A; 1YN3 A; 1JW9 D; 2A4Z A; 3TEZ A; 3Q69 A; 2E3T A; 1LFD A; 3DVG X; 3ZTC A; 5AZH A; 4OHJ A; 4JWU C; 5GMV A; 4GXB A; 3Q8A A; 2QIE B; 4M8M A; 4ZRQ A; 4MM3 B; 3UGB B; 1HA5 A; 2PVG C; 4JPS A; 1SE3 A; 2NTT A; 2PIA A; 1JQ4 A; 1FXA A; 4RFB A; 3N9Y C; 1HTQ A; 2N1W A; 1C4A A; 3N1Z C; 1G6J A; 2RDB C; 3HM3 A; 2KT7 A; 1S3S G; 1TKY A; 4IM0 A; 5IA7 A; 2DYB A; 4BZA A; 1WX7 A; 1I4H A; 3NVY A; 1WRD B; 2FBW B; 3OJ4 B; 1N5W A; 2XNA C; 3TBL D; 1F2R I; 1Q0W B; 4RF1 A; 2IY1 B; 1RFA A; 4TKN A; 3DBR I; 3LXF A; 1V2Y A; 4LDT B; 2I1K A; 1QIL A; 4OZB A; 4HPM B; 3RNG C; 4RNA A; 2JZP A; 4ITK A; 4N58 A; 3ZRF A; 4URK A; 5EE3 A; 2RMM A; 2BPS A; 3SFD B; 4WJN A; 2IJ0 A; 2VRR B; 4JX1 C; 4YSY B; 4KIK A; 4USA A; 2G4S A; 2NPT A; 3QAQ A; 4K81 A; 3KQ4 A; 1EUV B; 1OQR A; 2KQ7 A; 4KV2 A; 4JL9 A; 5L95 C; 2KWC A; 3B9J A; 1PQS A; 5AUK A; 3QC8 B; 3TL5 A; 2H89 B; 4FA6 A; 1ZE3 D; 3EC8 A; 1DYQ A; 3CMM B; 4N59 A; 2KDI A; 2L7R A; 4WJO A; 3JSV A; 1VR9 A; 3KVF B; 4MJS A; 4ZRI A; 4IG7 B; 3IFW B; 5DCN A; 3MC8 A; 3PRP B; 4WWP A; 1FNU A; 2AYO B; 3DBL B; 5TR5 A; 3AEF B; 1E8X A; 4CQN A; 3NY5 A; 1ROE A; 1YNT E; 1UD7 A; 2CKH B; 2WDV B; 1TYG B; 3RUI B; 2N0S B; 1V97 A; 1E6E B; 4G11 A; 2WDR B; 2KD0 A; 4C00 A; 4HJK A; 2V0G A; 2R61 A; 3FC4 A; 1I4R A; 4WWM A; 4WQO B; 2GRI A; 2N9P C; 2IY0 B; 1CQV A; 1J19 A; 3ECI A; 2WXH A; 2M19 A; 2CHZ A; 3N1Y C; 4GMV A; 4ASW C; 2KO3 A; 3IAM 1; 3EEC A; 2NBU A; 2NR2 A; 1EM7 A; 4ZHP A; 3B2G A; 3ZVV A; 1VCB A; 2KDE B; 2WU2 B; 1K51 A; 5IOI A; 4YTM B; 4JLC A; 1MVK A; 1T3Q A; 3PLV A; 2Y5B B; 2BWF A; 4G50 A; 3RNC C; 3P4Q B; 1UWX A; 2FUG 1; 5EE9 A; 3W9C B; 2N9K A; 2JPH A; 1GB4 A; 4FJZ A; 2KKC A; 2MJE A; 1STE A; 4IUM B; 2KC1 A; 3TSS A; 3BII D; 1UGJ A; 1WZ0 A; 3CWI A; 4B0M A; 3Q8E A; 2KMC A; 3NRZ A; 2WXO A; 3CF6 E; 3AEA B; 2FCN A; 5E6N A; 2UYZ B; 3TEY A; 1RM6 C; 4K7W A; 3VFK A; 2L0F A; 2WXJ A; 3HK0 A; 3JYU A; 4GGQ A; 2M17 A; 4HCN B; 3SHQ A; 1NEK B; 4P7I A; 2LGY A; 4GSW A; 3AEC B; 2RR9 A; 1E7V A; 2IO0 B; 1K53 A; 3R8B A; 2JRI B; 3V62 A; 1JCK B; 3H7P A; 5IAA C; 3HRD D; 3NJT A; 2K0P A; 5EE1 A; 4BKT A; 4ARI A; 1QOA A; 2K8H A; 4WQM A; 1YD8 U; 4DDG D; 4FAD A; 1V5O A; 3MC0 B; 2D3C A; 2R2O A; 1UGM A; 3ZNH B; 4KGR A; 2K8C A; 1BT0 A; 2LGX A; 3RT3 B; 2GLS A; 1CMX B; 2IND C; 2DLB A; 2GBM A; 1JRU A; 2D3A A; 4WH4 A; 4H2A A; 1ZDX A; 3OAW A; 1IBX A; 3AE4 B; 2JF5 A; 3VR9 B; 3ZXR A; 2M56 B; 4P16 A; 4QAY A; 4YL8 A; 1S1Q B; 4LCD E; 3TEW A; 1MPE A; 2UWQ A; 1ISN A; 4MH0 E; 1SJH D; 1GOZ A; 2OHF A; 4P1B C; 5EE0 A; 2KWU B; 3VRB B; 4RH6 A; 1KLV A; 5G5H A; 4ZOH C; 3U52 E; 2ONQ A; 1SBB B; 1N5X A; 5CHV C; 3AE9 B; 2BYF A; 3KUC B; 2J4X A; 2ZPY A; 1SJE D; 4M0W B; 2NCN A; 3QQ8 B; 2KTR B; 4HEA 1; 4KIK B; 3TJP A; 3P63 A; 2QMT A; 3UF8 A; 1RRB A; 2KZR A; 3OG5 A; 3APF A; 4LTU A; 2N4F A; 2WDQ B; 3PZ8 A; 1T0Y A; 2HTH A; 3IHP C; 1R4N B; 2KXJ A; 4W9G A; 4Q2J A; 4RM8 A; 2RSU A; 1EWY C; 3PRM B; 2O6V B; 3HM6 X; 5D6J B; 4OVV A; 1GPX A; 3ETR A; 1WZ3 A; 2DZJ A; 4US9 A; 4W9F A; 2L0T A; 4HKQ A; 4HRS A; 2CR5 A; 3FKY A; 4XDC A; 2K39 A; 2K6Q A; 2AWT A; 2L32 A; 2W54 A; 1YQB A; 2D3B A; 2KQ4 X; 1WGD A; 4MM3 A; 2RPQ A; 3PHW B; 3LYY A; 3H8H A; 4GIV A; 1UZX B; 1QLB B; 3BWU D; 2VH1 A; 4A9A A; 1D5Z C; 4FJV B; 4HXD A; 3KUD B; 1VZ6 A; 5CTR C; 3DWM A; 1SSN A; 1YQ3 B; 3QCA A; 4AQ7 A; 1LQB A; 1L0V B; 1Y8R C; 1FO4 A; 1WJ6 A; 3KUZ A; 3AEB B; 2MQJ A; 1FXI A; 5E6J A; 1TS4 A; 2J0K A; 1E10 A; 5JXV A; 2YEP F; 2I2Y A; 2Z59 B; 3WAO A; 1FRR A; 1KFY B; 1K52 A; 5D3I B; 5AZG A; 1SGH A; 4S17 A; 4E74 A; 4EE2 A; 1VJK A; 1WXS A; 2WXI A; 3RFZ B; 3L17 A; 3RNF C; 1RWS A; 3ZLZ A; 4M02 A; 4LLG M; 3NHE B; 2KNB A; 2EMS A; 2DZM A; 3PLU A; 3V6E B; 2HE7 A; 1OFF A; 1YJI A; 4DBG A; 2PVO D; 4DHJ D; 1QT9 A; 2BTE A; 2X8X X; 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2DNF A; 3PZD A; 3N32 A; 1WIA A; 4ACF A; 1D5M C; 2NS5 A; 1D4B A; 4C7Y A; 3SFE B; 3R66 C; 2K1F A; 4HDO A; 3V05 A; 3GP7 A; 4F7Z A; 3B1L X; 1HZ6 A; 3AE2 B; 1WSP A; 1I4Q A; 4X57 B; 5GXG B; 3RI7 C; 1L0X B; 2K22 A; 3VXW A; 1ZUD 2; 3K9P B; 4GDK A; 4LNN A; 3KYC D; 3BYY B; 2KAN A; 2NVU I; 2ZNV C; 3E56 A; 2N9E B; 2IGH A; 5G5G A; 1XLQ A; 3P4R B; 1TTN A; 4NJC A; 5D3D A; 4PYZ A; 2LRU A; 2KQS A; 2W82 A; 2WXR A; 2MP2 A; 4HCP B; 4I6N B; 3SEB A; 4MH8 A; 3H7S A; 2BKR B; 3OJ3 A; 2AL3 A; 4W9I A; 4PT5 A; 4MSM B; 1E8Y A; 2EEL A; 2LJI A; 1TS2 A; 5IN7 A; 4A3P A; 4BAX A; 4ZRP A; 2KHW B; 4ZDV A; 1Q1O A; 2ZEQ A; 2KVZ A; 4FN2 A; 5AZF A; 1E8W A; 4W9H A; 2PTL A; 5C2T B; 1Q10 A; 1Z2M A; 3QA8 A; 3ZTD A; 2BVC A; 3VH3 B; 2N7D A; 3MTN B; 2H88 B; 4M0W A; 3TUO A; 3LB8 C; 2KTR A; 3WAP A; 3WAN A; 1P1A A; 1ZGU B; 1XEE A; 3R7R A; 4ANW A; 2B76 B; 4WUR A; 1ET9 A; 4ZHO A; 4TSS A; 3UQA A; 1TKG A; 2LD9 A; 4XWT A; 2CHX A; 1KTK A; 2MW5 A; 2K9X A; 2HJ8 A; 1UH6 A; 1SEB D; 2O6V A; 2ASQ A; 4YXD B; 2WU5 B; 4MAC A; 3T3O A; 3VRA B; 2Z8L A; 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