The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
GQVKVFRALYTFEPRTPDELYFEEGDIIYITDMSDTNWWKGTSKGRTGLIPSNYVAEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Osteoclast stimulating factor 1
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| publication title |
Structure of the SH3 domain of human osteoclast-stimulating factor at atomic resolution.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
13
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| structure length |
58
|
| sequence length |
58
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GJV B; 2SEM A; 2KRO A; 4HVW A; 3EG3 A; 3I5R A; 1ZUU A; 3U23 A; 2DBM A; 2ABL A; 2O31 A; 2RN8 A; 1WIE A; 2FRY A; 3EG0 A; 1GRI A; 5FW9 A; 1UGV A; 2EYW A; 2EGE A; 1Y57 A; 2AKL A; 1WXT A; 2RMO A; 2KEA A; 1Z9Q A; 2VVK A; 1YWP A; 2J6O A; 2VKN A; 2OAW A; 2KT1 A; 2LMJ A; 2W10 A; 1WYX A; 4LN2 A; 4FSS A; 2EYZ A; 3IQL A; 1K0X A; 3EGU A; 2CH4 W; 1UE9 A; 1Z9Z A; 3REA B; 2J6K A; 1JXO A; 1WFW A; 4RTT A; 2AKK A; 3VS2 A; 3UA6 A; 2LZ6 B; 5IHN A; 3KFV A; 1H92 A; 1AD5 A; 1SHG A; 1Y0M A; 2GGR A; 1VYT A; 4KRT A; 1I0C A; 1NEG A; 4D8K A; 2DBK A; 2GTO A; 4QT7 A; 2DL4 A; 1I1J A; 1NYF A; 3EHQ A; 1HD3 A; 4IIO A; 1G2B A; 2C0I A; 1GFC A; 1OPL A; 1NLP C; 4OMQ A; 1HSQ A; 2DX1 A; 1YWO A; 1WA7 A; 1GL5 A; 3THK A; 2PTK A; 4E6R A; 1QKX A; 4J9F A; 2BTT A; 2YUO A; 1UUE A; 2P4R A; 4X1V A; 2L3S A; 2DLP A; 1QLY A; 2EGC A; 5GJW B; 1BB9 A; 3NMZ C; 2EW3 A; 3O5Z A; 5IHI A; 2D8J A; 3SEM A; 3H0F A; 1U3O A; 1ZSG A; 4JJB A; 4OMP A; 1SRL A; 1YNZ A; 1OOT A; 5IXF A; 1OPK A; 1K0S A; 4R0K A; 1M8M A; 3H0H A; 1X6B A; 1NEB A; 1ABQ A; 1QKW A; 2C0T A; 2YUQ A; 3VS6 A; 1ARK A; 2LCS A; 2JTE A; 2CUB A; 2J06 A; 1SEM A; 1E6H A; 1ABO A; 1QWF A; 1X43 A; 2L3Q A; 2KXC A; 4JJC A; 1TG0 A; 1GBQ A; 2DYB A; 1AWJ A; 1IO6 A; 3EG1 A; 5EC7 A; 4RTZ A; 3VRZ A; 2J7I A; 2CSQ A; 2FEI A; 2PNI A; 4DEX A; 2VWF A; 2EBP A; 3EG2 A; 2F2V A; 4LE9 A; 2G6F X; 3A98 A; 2K7A A; 1T3L A; 2KNB B; 2M0Y A; 4HVU A; 1SPK A; 2KYM A; 4Y92 A; 1AZG B; 1M30 A; 1HJD A; 1X6G A; 2JS0 A; 2BZ8 A; 3H41 A; 1M27 C; 1CSK A; 2V1R A; 2CUD A; 2DA9 A; 3I35 A; 2YDL A; 3RNJ A; 4JZ4 A; 4F16 A; 1H8K A; 1UEC A; 1TUD A; 2GTJ A; 3UF4 A; 1ZUY A; 3M0Q A; 1H3H A; 2EKH A; 3GBQ A; 2J05 A; 1AWX A; 1NYG A; 4D8D A; 1VYU A; 1YN8 A; 2AK5 A; 4F14 A; 2NUZ A; 4AFQ C; 2RQW A; 2DNU A; 2JW4 A; 1AZE A; 1OV3 A; 2JM8 A; 2F2X A; 5ECA A; 5IH2 A; 3CQT A; 1KSW A; 1ZX6 A; 4ESR A; 5L23 A; 2LP5 A; 2ROT A; 2BZY A; 1GCP A; 1WXU A; 2MCN A; 4CC2 A; 4IIM A; 1YCS B; 2YUN A; 1UHC A; 1YP5 A; 2LQW A; 2L2P A; 1PWT A; 2DRK A; 4J9E A; 3SHW A; 2GQI A; 3M0T A; 2CH4 A; 4CC3 A; 3RBB B; 2K3B A; 2YT6 A; 2CDT A; 2RQU A; 1BBZ A; 1AVZ C; 2J6F A; 2L3P A; 4Z8A A; 1XOV A; 2DJQ A; 3H0I A; 2DL3 A; 3PVQ A; 4OML A; 2ROL A; 3M0S A; 2RNA A; 4RTU A; 2DL7 A; 2GBQ A; 2DIL A; 1CKA A; 1RUW A; 2O9S A; 2KT8 A; 2ED0 A; 2D0N A; 2GNC A; 4AG2 C; 4RTV A; 2DMO A; 1W6X A; 2DVJ A; 1PKT A; 3UA7 A; 1AOJ A; 4EIK A; 1PRM C; 2PZ1 A; 2M51 A; 2V1Q A; 3VRY A; 4HCK A; 2EYY A; 3VS7 A; 2X3W D; 3NHN A; 2RQR A; 2IIM A; 1UDL A; 1SHF A; 2LX7 A; 1RI9 A; 4M4Z A; 1GCQ A; 4OMN A; 1M3A A; 2FPD A; 1KIK A; 2DL5 A; 1U06 A; 2CT4 A; 5FWC A; 2K9G A; 1ZBJ A; 2EVR A; 1TUC A; 1KJW A; 2FPF A; 1PKS A; 1UTI A; 3ZL7 C; 3ULR B; 1W70 A; 3QWY A; 2RQV A; 2AZV A; 1PHT A; 1M3C A; 2HEQ A; 1W1F A; 1VYV A; 3NGP A; 2HDA A; 2DE0 X; 2JMC A; 5HCK A; 1E6G A; 2CT3 A; 4F17 A; 2DL8 A; 3M0P A; 4OMM A; 2OJ2 A; 5I11 A; 1K9A A; 2H8H A; 2I0N A; 4CC7 A; 3C0C A; 1GBR A; 1X2K A; 1UJ0 A; 4HVV A; 1NLO C; 4JJD A; 4ZNX A; 2D1X A; 2RQT A; 3I9Q A; 3I5S A; 1CKB A; 3REB B; 2AZS A; 2K79 A; 4RTX A; 4AFZ C; 4Z89 A; 4J9D A; 1QCF A; 2XMF A; 3M0U A; 1UFF A; 1MV3 A; 2JMA A; 3VS5 A; 5I22 A; 2LQN A; 1U5S A; 3QWX X; 2O88 A; 4JZ3 A; 1J3T A; 4A63 B; 2KXD A; 4GBQ A; 1JXM A; 1JU5 C; 2JS2 A; 1PNJ A; 4RUG A; 2HCK A; 1UG1 A; 2B86 A; 1ZLM A; 1AWW A; 1RLP C; 2C0O A; 1FYN A; 1S1N A; 1X27 A; 2ENM A; 2NWM A; 4RTY A; 2A08 A; 2LJ0 A; 4LNP A; 2X3X D; 2CRE A; 2SRC A; 4WCI A; 1JQQ A; 4OMO A; 1PRL C; 3UAT A; 1X2Q A; 1ZUK A; 2KRS A; 4Z88 A; 2JT4 A; 2O9V A; 2KYB A; 4LUD A; 3PVL A; 2KE9 A; 2FG0 A; 4GLM A; 2CSI A; 5IHK A; 1OEB A; 4LUE A; 1WDX A; 1T0H A; 2MOX A; 1WI7 A; 4K11 A; 1FMK A; 2D8H A; 2A28 A; 1G83 A; 2QDL A; 4RTW A; 4J9H A; 1BK2 A; 1EFN A; 4ORZ A; 3EHR A; 2O2O A; 1A0N B; 2LJ3 A; 2LNH B; 1E7O A; 1M3B A; 4J9C A; 4JPB W; 2EPD A; 1K4U S; 1X69 A; 2KRN A; 3TVT A; 2DRM A; 2EYX A; 1VA7 A; 2FO0 A; 3VS0 A; 2EGA A; 3JV3 A; 4CC4 B; 1NG2 A; 4AFS C; 3VS3 A; 1RLQ C; 2L0A A; 2YSQ A; 2FPE A; 4AFU C; 2OI3 A; 3R6N A; 2FRW A; 3PE0 A; 2DM1 A; 5IXB A; 1V1C A; 2HBW A; 1JEG A; 2E5K A; 1JO8 A; 2K6D A; 1K1Z A; 3TSW A; 1UHF A; 2MIO A; 2ECZ A; 1KFZ A; 4AG1 C; 1WX6 A; 2KR3 A; 1AWO A; 2JM9 A; 2KGT A; 1NM7 A; 1LCK A; 1MUZ A; 2LJ1 A; 1MV0 B; 2RPN A; 1GFD A; 2JXB A; 2A36 A; 4J9I A; 1B3Q A; 1B07 A; 3LH5 A; 3TSZ A; 2HSP A; 3VS4 A; 2F2W A; 1WLP B; 1WXB A; 1AEY A; 2YUP A; 1N5Z A; 3M0R A; 1UJY A; 2ED1 A; 2KRM A; 2K2M A; 2EQI A; 1QWE A; 1SSH A; 4HXJ A; 2DF6 A; 4DEY A; 1T3S A; 3NPF A; 2KBT A; 3FJ5 A; 1I07 A; 1T0J A; 1SRM A; 1GCQ C; 2A37 A; 1K76 A; 2ESW A; 2RF0 A; 2W0Z A; 3VS1 A; 4J9G A; 4J9B A; 1BU1 A; 2BZX A; 5FWB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1I5L A; 2SEM A; 2KRO A; 4HVW A; 4ELY C; 3GNG A; 3JCM e; 3P8B B; 1ZUU A; 2FRY A; 2HZY A; 3EG0 A; 3S6W A; 1RL2 A; 2EYW A; 3L42 A; 1KG1 A; 2XG8 D; 2EGE A; 1TOV A; 1QW1 A; 2AKL A; 2RMO A; 4J5Y A; 3P8D A; 2YWW A; 2H3J A; 1JBM A; 3V8L A; 4C8Q D; 5J3B A; 4F7U B; 3QDR B; 4FSS A; 4EMG A; 3IQL A; 4J6X A; 4JRK A; 1TTH B; 1VQ4 A; 4MDW A; 3CPF A; 1W4S A; 1Y96 B; 3CC7 T; 2QQ9 A; 1JXO A; 4PJO E; 2DIG A; 1OX8 A; 2L3R A; 2RI2 A; 2AT1 B; 1VQ8 A; 1VQO Q; 2OTJ A; 3RKW A; 2V26 A; 3CXC P; 3PIP A; 3FEO A; 3J81 E; 2RB6 A; 4BI4 A; 2QGF B; 1W2B P; 1X6O A; 2EAY A; 3KXT A; 3DLL A; 4ZGD B; 5KCO A; 4OMQ A; 1HSQ A; 3CC2 A; 1VQP T; 5GMK j; 2QA4 A; 3THK A; 2MWO A; 4E6R A; 4E7Z A; 2E6Z A; 4PK4 A; 2L3S A; 1YIJ A; 2DLP A; 4ZTF A; 5GJW B; 2EW3 A; 2DD5 A; 3O5Z A; 4PJO B; 2QQB A; 3SEM A; 1UEB A; 1VQL A; 1HK9 A; 4JJB A; 3VKI A; 1SRL A; 1OOT A; 2K57 A; 4DQ2 A; 3OS2 A; 1OPK A; 3CCQ Q; 1M90 U; 1M8M A; 3Q1J A; 3H0H A; 3HFN A; 5LJ3 e; 4BE2 A; 1VQ7 T; 4ZGE B; 5LJ5 j; 3QII A; 2Z0W A; 1ZSZ C; 1MND A; 3VS6 A; 3OYL A; 4E7L A; 2JTE A; 5LJ5 f; 4IUU A; 4UC4 A; 2JTM A; 1QWF A; 2KXC A; 4C8Q G; 2QAZ A; 5HKC A; 1GBQ A; 2DZ9 A; 3TCJ A; 1WHG A; 3CXC S; 3CC4 Q; 1OZ3 A; 2LNV A; 4NS5 A; 1W2B S; 4DEX A; 5GMK l; 2VWF A; 1BCO A; 2JZ2 A; 2LTO A; 4M7A E; 1JRI A; 3JCM V; 2KNB B; 4PJL A; 3OS0 A; 2XK0 A; 3M9Q A; 1XTD A; 1G5V A; 2NUT B; 4E2F B; 4HKE A; 1H64 1; 2A0F B; 4IUP A; 1HJD A; 1X6G A; 1KC8 R; 3CEY A; 3H41 A; 5CQX A; 1CSK A; 1K8A R; 4XTU A; 5FLX E; 4JZ4 A; 3OYJ A; 1TUD A; 2V8I A; 3UF4 A; 2E12 A; 5D6W A; 1H3H A; 2EKH A; 4DOW A; 3GBQ A; 3P8H A; 1M2V A; 1VQK A; 1M5Q 1; 2RQW A; 3CCL Q; 2JW4 A; 4M7A B; 1KHI A; 2DTI A; 2F2X A; 4KUL A; 5KYU A; 2KY9 A; 1U1T A; 4ESR A; 2M02 A; 2ROT A; 4BAC A; 1Q81 R; 2ZPG B; 4LD6 A; 2Y90 A; 4IIM A; 2E70 A; 1YCS B; 3CCE A; 1YP5 A; 3KUF A; 2L2P A; 5CQY A; 2GQV A; 3SHW A; 3FLG A; 2DO3 A; 3QHS A; 5D7U A; 4CC3 A; 5GAO q; 4XU3 A; 2J6F A; 4C92 C; 3CCR Q; 3AT1 B; 4OP0 A; 3VV0 A; 5KE3 A; 2DL3 A; 3PVQ A; 4OML A; 2ROL A; 3M0S A; 4JRQ A; 4XQ3 A; 3QZ9 B; 1QVP A; 2GBQ A; 3CMA A; 5KE2 A; 1CKA A; 4M77 A; 2L5Q A; 5LJ5 d; 2D0N A; 2GNC A; 2XID A; 3JRZ A; 1W6X A; 3HTR A; 1VQO T; 5GAN 6; 1AOJ A; 2FVU A; 2YHT A; 4DBR A; 2DVE A; 1QVG A; 2V1Q A; 4HCK A; 2HMA A; 2LQ8 A; 5CKD A; 1QP3 A; 1PD0 A; 2LX7 A; 1M2O A; 1OU9 A; 3SWN C; 1KIK A; 2DL5 A; 2K9G A; 5CVI A; 3UDC A; 1KJW A; 2FPF A; 2D0Q B; 1K9M C; 2YRD A; 3ZL7 C; 3ULR B; 1W70 A; 2QEX Q; 4M75 C; 1W1F A; 5KH6 A; 1FXX A; 2HDA A; 4MZM A; 2JMC A; 2DJZ A; 2QI2 A; 1K73 U; 5IT9 E; 4OMM A; 4JUV A; 4OB3 B; 5I11 A; 1K9A A; 3G6E A; 2H8H A; 3C0C A; 2CGH A; 1X2K A; 1UJ0 A; 3A5Z B; 1FMW A; 4E47 A; 1NJI C; 4JJD A; 3CCQ T; 4XU0 A; 3I9Q A; 3I55 A; 4KBM B; 2YRV A; 5GMK i; 1WHL A; 2DFU A; 2YXY A; 2E3I A; 3REB B; 1EIF A; 3CCS Q; 1RAC B; 4M77 F; 3OS1 A; 3M0U A; 1TSF A; 1VQ6 Q; 1KQ1 A; 4L6V 5; 3CCM Q; 2MAM A; 2HQE A; 1ZQ1 A; 2F1L A; 4RUG A; 2HCK A; 1M1G A; 2DXB A; 3CC4 T; 2JJ9 A; 2PUO B; 1RLP C; 1X27 A; 2ENM A; 4M77 G; 3X28 B; 1IHW A; 4LNP A; 1RAF B; 2ATC B; 2SRC A; 5IN1 A; 4GLK A; 1IRE B; 2PVO B; 5GAO r; 2AIR B; 2RO0 A; 2KRS A; 4Z88 A; 4XTZ A; 2KYB A; 1VQ5 Q; 4E7J A; 1YJ9 Q; 4C0D C; 3QJ6 A; 4R55 A; 1D3B B; 2FG0 A; 4A4F A; 5GAN e; 2JTF A; 2PU9 B; 4FW2 A; 3QPH A; 4FL6 A; 1VQM A; 3C94 A; 1BK2 A; 2O2O A; 4NOY A; 2LJ3 A; 1M3B A; 3QJY A; 2KRN A; 3TVT A; 3EGD B; 3CCL T; 1VA7 A; 4E7H A; 2FO0 A; 3VS0 A; 4R56 A; 1KD1 U; 1Q82 R; 2VGN A; 1WHM A; 5GAO m; 2YSQ A; 4A4H A; 2FRW A; 3PE0 A; 1QCN A; 1M90 C; 2DM1 A; 2HBW A; 2E5Q A; 4E7K A; 2E5K A; 1OZ2 A; 1YIT Q; 1OYX A; 3SFM A; 1YI2 Q; 4EMH A; 4XU1 A; 3L2R A; 4LDU A; 2KR3 A; 4F7U A; 4PLL A; 1ZA1 B; 3CCR T; 2KGT A; 1Y96 A; 3MKD A; 2GCX A; 1GFD A; 1UB4 A; 4J9I A; 1IRX A; 2HSP A; 2EYQ A; 3X25 B; 3L2Z A; 1WLP B; 5GAN f; 2ED1 A; 2KRM A; 2K2M A; 2EQI A; 3CCU A; 2ZPB B; 1ZSZ B; 4XAX B; 2KK4 A; 1T3S A; 3NPF A; 1S72 Q; 4DOV A; 3WVE B; 5DLQ E; 1T0J A; 1SRM A; 1K76 A; 3VS1 A; 4J9G A; 2A3L A; 2MK5 A; 5FWB A; 1VQ9 Q; 5GJV B; 2MF2 A; 2EQU A; 2EWN A; 2QEX T; 3I5R A; 2DER A; 3JAM E; 3LWH A; 2XI9 A; 3MHX A; 3U23 A; 5GAN 3; 2DBM A; 2O31 A; 4PJO A; 1GRI A; 1UGV A; 3VUB A; 4PJO D; 4JJN K; 4YTL A; 1VQN A; 4DBQ A; 1AT1 B; 2K3X A; 1D0Y A; 2VVK A; 4FYX B; 2KT1 A; 4F7U F; 5GAM e; 4B6M A; 4OF1 A; 4PJN A; 1TUG B; 4ANJ A; 5GMK h; 2CH4 W; 1UGR B; 3REA B; 2J6K A; 1QVF A; 3CCS T; 4RG2 A; 2XHC A; 4D6W A; 4AMC A; 2LZ6 B; 5IHN A; 1AD5 A; 1Y0M A; 3CCJ A; 1VQ6 T; 2RI3 A; 3CCM T; 4KH1 B; 4C92 E; 2RJE A; 3C4S A; 4LDW A; 5AT1 B; 4F7U G; 1LPL A; 2QQR A; 5FU6 C; 1QCO A; 4D8K A; 2GTO A; 2X4X A; 2QG9 B; 2DL4 A; 2DYI A; 1NYF A; 4X9C A; 3TQ7 P; 2LVM A; 1VQ4 Q; 2C0I A; 3S3M A; 1QQJ A; 1NLP C; 1YWO A; 4C5G A; 1VQ8 Q; 1QKX A; 1WNL A; 2MWP A; 4J9F A; 1VIF A; 2NUT A; 5CR2 A; 2P4R A; 1C6V X; 4C8Q C; 2EGC A; 4PJO F; 1VQ5 T; 1YJ9 T; 1BB9 A; 3FIF A; 3A8O B; 2P0P A; 5IHI A; 2D8J A; 3MEW A; 2OX7 A; 3GNF B; 3V8K A; 2VB6 A; 3QUI A; 3RUX A; 4M75 E; 1LVK A; 1BCM A; 2GF7 A; 4QKU A; 4C92 B; 4J6Y A; 4BUG A; 1XQH A; 4ZTJ A; 2GFU A; 1PG5 B; 1D0X A; 1HYO A; 3JB9 H; 2RHU A; 1NEB A; 2O4X B; 4Z02 A; 5GAN 5; 2PQW A; 3CPW A; 4PJO G; 1YIJ Q; 1I4K 1; 3G1J A; 2DIQ A; 5GAM f; 2I2L A; 1ARK A; 4M7A A; 2ZAE A; 1K73 C; 1VQL Q; 3BDU A; 1E6H A; 1ABO A; 2L3Q A; 4L5G A; 2M16 A; 2M9U A; 1RAB B; 2DYB A; 1VIE A; 1YHQ A; 3BE3 A; 3J80 E; 3CC7 A; 5A2Q E; 4A4G A; 3G71 Q; 3NTK A; 1PC0 A; 2EBP A; 3EG2 A; 2PUK B; 4LE9 A; 1YI2 T; 4M75 B; 2DXU A; 1Q86 U; 4KGX B; 1SPK A; 4KGV B; 1AZG B; 1M30 A; 1VQP A; 2BZ8 A; 2V1R A; 2CUD A; 4JS5 A; 2X4Y A; 2DA9 A; 2YDL A; 1H8K A; 2RK2 A; 2GTJ A; 1H3Z A; 4BI8 B; 3M0Q A; 2V8J A; 3OMC A; 1MNE A; 1QMC A; 3M57 A; 3OW2 P; 3HKS A; 1S72 T; 4M7A F; 1VYU A; 2AK5 A; 3MP1 A; 2QQA A; 4AFQ C; 5KYY A; 2X35 A; 1LNX A; 2R57 A; 1UGP B; 4LD9 K; 1RAA B; 1VQ7 A; 2WSE E; 3MP6 A; 1VQ9 T; 2OTL Q; 3O8V A; 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