The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
|
sequence length |
58
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structure length |
58
|
Chain Sequence |
PMFEAAYDFPGSGSPSELPLKKGDVIYITREEPSGWSLGKLLDGSKEGWVPTAYMKPH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Contractile protein
|
| molecule keywords |
Myosin-5 isoform
|
| publication title |
High-resolution structure of yeast Myo5 SH3 domain
rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
10
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OMP A; 5I11 A; 4M4Z A; 2LJ1 A; 1VYT A; 2JS2 A; 1BBZ A; 2AZS A; 1ABO A; 4RUG A; 3EHQ A; 1UG1 A; 3H0I A; 2DVJ A; 1EFN A; 5GJV B; 1X6B A; 1WA7 A; 1K0S A; 1PRM C; 4JPB W; 4RTZ A; 1SHF A; 1MV0 B; 4J9H A; 2GGR A; 4KRT A; 1HD3 A; 1J3T A; 1Y57 A; 4OMM A; 2CRE A; 3NHN A; 2DL5 A; 2EGE A; 2LP5 A; 1BU1 A; 2CT4 A; 1K0X A; 1UEC A; 2C0O A; 4CC2 A; 1TUC A; 3UA6 A; 1UTI A; 2LMJ A; 2MIO A; 1X27 A; 2K3B A; 3PVQ A; 3VS4 A; 2DJQ A; 1YNZ A; 1UUE A; 1GFC A; 2IIM A; 2PZ1 A; 1JQQ A; 5FW9 A; 2O88 A; 1A0N B; 2K2M A; 1X43 A; 2W10 A; 2DL8 A; 2MOX A; 1YCS B; 2L3P A; 5IHN A; 2KT1 A; 1UHF A; 2CH4 W; 2K79 A; 1QWF A; 4Z89 A; 3EGU A; 1WYX A; 3I35 A; 2KYB A; 4HVW A; 2JS0 A; 3NGP A; 1T0H A; 4J9G A; 5GJW B; 1X2K A; 2RQU A; 4ESR A; 5HCK A; 2JT4 A; 1I07 A; 2LCS A; 1NEB A; 1PNJ A; 1Y0M A; 2D8H A; 2J6O A; 2KR3 A; 4AFU C; 5IXB A; 1AEY A; 1I1J A; 4CC4 B; 1SEM A; 3UA7 A; 2J06 A; 1RI9 A; 2O9V A; 2DRK A; 1E7O A; 2RMO A; 1OPL A; 1UJ0 A; 3VS2 A; 1ZSG A; 3RBB B; 1WFW A; 2CDT A; 1UDL A; 1YN8 A; 4JJC A; 4RTW A; 1T3S A; 3FJ5 A; 3LH5 A; 2L2P A; 2I0N A; 4FSS A; 1YP5 A; 4LE9 A; 4ZNX A; 4Y92 A; 2DL3 A; 4F16 A; 4OMQ A; 1NLO C; 1ZBJ A; 2GNC A; 5IXF A; 2EPD A; 1OOT A; 1YWP A; 1HSQ A; 1OV3 A; 2M0Y A; 1X6G A; 4JZ4 A; 4RTX A; 2ECZ A; 5I22 A; 2KEA A; 4GLM A; 1KJW A; 1U5S A; 3JV3 A; 2DM1 A; 5FWC A; 3TVT A; 2EBP A; 1AZE A; 3CQT A; 2QDL A; 1JO8 A; 1OPK A; 5L23 A; 2X3W D; 2AK5 A; 3SHW A; 2ABL A; 1BK2 A; 1SPK A; 3M0Q A; 1U06 A; 2FG0 A; 1AVZ C; 2RF0 A; 3M0T A; 2BZY A; 4Z88 A; 4J9D A; 1AOJ A; 2YUN A; 1SRM A; 2CSI A; 1WDX A; 2A28 A; 4F14 A; 1CKB A; 1ZUU A; 1VYU A; 1UHC A; 2V1Q A; 3REA B; 1W70 A; 1NYF A; 1AD5 A; 4J9F A; 1QWE A; 2LQN A; 2FPD A; 1RLQ C; 1G2B A; 1PWT A; 2AKK A; 3VS1 A; 1GL5 A; 3IQL A; 1NYG A; 3UAT A; 2YUP A; 1QLY A; 1QKX A; 2L3Q A; 1ARK A; 3O5Z A; 3TSZ A; 2LJ0 A; 3SEM A; 3I5R A; 2KE9 A; 3M0P A; 1ZX6 A; 3VS6 A; 2A08 A; 3EG3 A; 2RQV A; 1KSW A; 3EG1 A; 2CUB A; 1E6H A; 2ED0 A; 2EYY A; 1KFZ A; 1CSK A; 2ENM A; 1H8K A; 4AG2 C; 4AG1 C; 2JM9 A; 2CSQ A; 2J6K A; 2EYZ A; 2LX7 A; 1M27 C; 1S1N A; 2DLP A; 4X1V A; 4HCK A; 3VS7 A; 1WIE A; 2RN8 A; 2C0I A; 2YDL A; 1K1Z A; 2DL4 A; 2F2V A; 1JXM A; 3REB B; 1JEG A; 2D0N A; 2EGC A; 3M0U A; 1YWO A; 2KRM A; 4HVU A; 4JJB A; 2LQW A; 2RQW A; 2D1X A; 1MUZ A; 2A36 A; 1XOV A; 2P4R A; 4AFQ C; 1UJY A; 4OMO A; 1PRL C; 1K4U S; 5IH2 A; 2V1R A; 1TG0 A; 2HEQ A; 3NMZ C; 4QT7 A; 3H41 A; 3THK A; 4RTT A; 1PKS A; 3R6N A; 4A63 B; 2VWF A; 1B3Q A; 2GTJ A; 2J6F A; 1WXU A; 2ROT A; 3VS3 A; 2A37 A; 1JXO A; 4LUD A; 1AWX A; 1SHG A; 2CUD A; 4Z8A A; 2AZV A; 1E6G A; 4RTU A; 4IIM A; 3U23 A; 2K6D A; 4D8K A; 2HCK A; 3M0S A; 2K9G A; 1ABQ A; 1WX6 A; 3RNJ A; 2EQI A; 2HSP A; 2O2O A; 2K7A A; 1N5Z A; 1T0J A; 1SSH A; 1I0C A; 2KYM A; 2C0T A; 2KBT A; 2KXD A; 1X2Q A; 2OAW A; 1M3C A; 2DE0 X; 2L3S A; 1U3O A; 2FPE A; 2FEI A; 4JJD A; 3VRY A; 1HJD A; 1QKW A; 2DYB A; 4LN2 A; 4DEY A; 2LNH B; 1GBR A; 3I5S A; 1ZLM A; 3KFV A; 2LJ3 A; 1FMK A; 1VA7 A; 3VRZ A; 1TUD A; 2NWM A; 4WCI A; 3NPF A; 2G6F X; 1AWO A; 2JW4 A; 2YUO A; 1OEB A; 2FPF A; 2AKL A; 2HDA A; 1RUW A; 2EVR A; 2E5K A; 2DBM A; 2JMC A; 2KRO A; 1K9A A; 3M0R A; 1PKT A; 2EW3 A; 2EKH A; 2KRN A; 2X3X D; 4DEX A; 2PTK A; 2EYW A; 2CT3 A; 1ZUY A; 1M3A A; 3TSW A; 5IHK A; 4ORZ A; 2YUQ A; 2ED1 A; 1WXT A; 2CH4 A; 1ZUK A; 1RLP C; 2EYX A; 2JMA A; 1GFD A; 1GCP A; 2KGT A; 1T3L A; 4RTY A; 2DNU A; 1NEG A; 3H0H A; 4J9I A; 1WXB A; 1NM7 A; 1JU5 C; 3H0F A; 2DBK A; 2JTE A; 2EGA A; 5FWB A; 2FO0 A; 4AFZ C; 1LCK A; 3QWX X; 1AWW A; 3ULR B; 2OI3 A; 2W0Z A; 4CC7 A; 4AFS C; 4LNP A; 2GQI A; 3GBQ A; 5ECA A; 1FYN A; 2HBW A; 3C0C A; 2DRM A; 1NLP C; 1PHT A; 1UE9 A; 3EG0 A; 3PVL A; 2DMO A; 4GBQ A; 1UGV A; 2F2X A; 1H3H A; 3VS5 A; 2DF6 A; 4JZ3 A; 2RNA A; 1G83 A; 3ZL7 C; 2J05 A; 1UFF A; 4HVV A; 1WI7 A; 1CKA A; 4HXJ A; 2RPN A; 2YT6 A; 3QWY A; 2LZ6 B; 2OJ2 A; 4IIO A; 1GCQ C; 1GCQ A; 2J7I A; 3EG2 A; 2BZ8 A; 2RQT A; 4J9C A; 2BZX A; 2PNI A; 2RQR A; 2ROL A; 2VVK A; 2ESW A; 4EIK A; 2KNB B; 1M8M A; 4K11 A; 3PE0 A; 2SEM A; 1NG2 A; 2SRC A; 2DX1 A; 1KIK A; 2YSQ A; 2GTO A; 2B86 A; 3A98 A; 4D8D A; 1SRL A; 1GBQ A; 2NUZ A; 1M30 A; 3I9Q A; 1X69 A; 2F2W A; 2KRS A; 2H8H A; 3VS0 A; 2JXB A; 2L0A A; 2M51 A; 1WLP B; 1Z9Z A; 1Z9Q A; 2KXC A; 2DA9 A; 1IO6 A; 2O9S A; 4CC3 A; 2BTT A; 1AWJ A; 2JM8 A; 1B07 A; 4OML A; 4OMN A; 4E6R A; 2O31 A; 2XMF A; 1K76 A; 1V1C A; 1VYV A; 1BB9 A; 5IHI A; 3UF4 A; 1GRI A; 2D8J A; 2DL7 A; 5EC7 A; 2DIL A; 4LUE A; 4F17 A; 1H92 A; 2FRY A; 1W6X A; 4J9E A; 1MV3 A; 1QCF A; 3EHR A; 2VKN A; 4R0K A; 4RTV A; 2GBQ A; 2KT8 A; 1AZG B; 2MCN A; 2FRW A; 1M3B A; 1W1F A; 4J9B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3G71 A; 3A8O B; 4M4Z A; 2JS2 A; 3CCM A; 1BBZ A; 2F5K A; 4N0A C; 2ZAE A; 2RA2 A; 1X6B A; 3MP6 A; 5FRO A; 2M02 A; 4JPB W; 2Y4Y A; 2QXF A; 2GGR A; 4AMC A; 1J3T A; 1Y57 A; 4L5G A; 2LRQ A; 1UEB A; 5GAO l; 4MMK A; 3SD4 A; 1IXD A; 2EGE A; 1W2B A; 1WNL A; 1ZSZ B; 1HK9 A; 1OQK A; 1UEC A; 4CC2 A; 5A0L A; 1D3B B; 2MYS A; 3UA6 A; 1UTI A; 5CVI A; 3VS4 A; 1YNZ A; 3OB9 A; 2ZPE B; 4F7U A; 2V8J A; 3OW2 S; 3CMA A; 2W10 A; 2DL8 A; 2MOX A; 1YCS B; 4XU2 A; 2A3L A; 2QI2 A; 4QVZ A; 2CH4 W; 2K79 A; 1QWF A; 2RHX A; 2RK2 A; 4HVW A; 4EMK B; 1PNJ A; 2BKD N; 2D8H A; 2J6O A; 5IXB A; 5D6Y A; 1BCO A; 5LJ3 f; 3UA7 A; 3QKJ A; 3GP8 A; 2X51 A; 4PKC C; 4ELY C; 3GNG A; 1OPL A; 4OMF B; 3QZ5 B; 1N8R C; 2KK4 A; 3CXC S; 2QEX A; 2CDT A; 1YN8 A; 1VQN Q; 2LCC A; 2CP6 A; 1T3S A; 3FJ5 A; 3OYJ A; 2HMA A; 2OTL A; 4IKF A; 2L2P A; 1IGQ A; 2I0N A; 2XK0 A; 1WJQ A; 1O9S A; 2CP0 A; 3FC3 A; 5CKB A; 1NLO C; 2E41 A; 5IXF A; 3MEV A; 1YWP A; 1HSQ A; 2AHJ B; 1OV3 A; 5KYY A; 4FSX A; 3JAM E; 1P92 A; 3OY9 A; 4RTX A; 3H9N A; 2ECZ A; 3TCJ A; 3RKX A; 3HPW A; 2MK5 A; 3OYD A; 3CCS Q; 1OUL A; 3QJY A; 2EBP A; 3VYH B; 3CQT A; 2QDL A; 1S72 T; 5D6X A; 1M90 R; 4BD3 A; 2ABL A; 3CPW S; 1IZ6 A; 2WSC E; 1SPK A; 4HT9 A; 1UGS B; 2NYS A; 1RAC B; 5IAY A; 4J9D A; 4C8Q E; 1VIE A; 3OYM A; 2CSI A; 1KQS P; 3C12 A; 2A28 A; 4F14 A; 2VV5 A; 1I81 A; 2V1Q A; 2CGH A; 3L42 A; 1AD5 A; 2OTJ T; 4J9F A; 2M9U A; 5GMK e; 3LX7 A; 3OQ5 A; 4JS4 A; 5A0D A; 3CCR A; 2M0O A; 5KCO A; 4E47 A; 1Y71 A; 4OB1 B; 2FZK B; 2I2L A; 3IQL A; 1NYG A; 3UAT A; 5DY9 A; 2L3Q A; 1WHG A; 3WVE B; 1ARK A; 3D7S B; 2LJ0 A; 2L3R A; 3SEM A; 3I5R A; 2E6N A; 3RES A; 4X9D A; 1ZX6 A; 2A08 A; 3EG3 A; 2RQV A; 3I56 Q; 2QG9 B; 2FZC B; 1KK7 A; 2O4X B; 2ED0 A; 2EYY A; 2X9H A; 4BI3 A; 1KFZ A; 3OYI A; 4PJL A; 4KGX B; 3EGD A; 4M7A E; 2HL5 C; 1QVG S; 1BI2 A; 1M5Q 1; 2EYZ A; 5GAN 3; 4KUL A; 2MWO A; 5FU6 B; 1Q82 R; 1K1Z A; 1OZ2 A; 2D0N A; 2HQH A; 4M7D F; 1W2B P; 4E2F B; 2KSS A; 4HVU A; 3MEA A; 3FDR A; 2RQW A; 1XOV A; 1BCM A; 2EWN A; 3CCU Q; 3CME Q; 4XAX B; 1PC0 A; 1OI1 A; 3H41 A; 3THK A; 3R6N A; 1OX8 A; 2A7Y A; 4A63 B; 1D09 B; 2VWF A; 1YJW A; 2EYQ A; 1WXU A; 1VQ9 Q; 2CUD A; 4IUT A; 3CCV Q; 4RTU A; 4TVR A; 3RIR A; 5LJ3 e; 2HCK A; 3BFM A; 3M0S A; 2QA4 A; 3EFO A; 5GAO r; 1Q86 U; 2HSP A; 2VUB A; 4ME7 A; 2R57 A; 3DB4 A; 3S3O A; 2DPP B; 4FIB A; 3UT1 A; 1QMC A; 4D6W A; 4FYV B; 1NBE B; 3GLX A; 1YI2 A; 3LLR A; 3VRY A; 5KYX B; 2BE9 B; 3URG A; 3CC2 A; 2DYB A; 1ZHI A; 2HKN A; 4A4H A; 1M4Z A; 2RO0 A; 1VQ6 A; 3I5S A; 4PJO E; 2WSE E; 3JCM d; 1VQN T; 3INZ A; 2P84 A; 1AWO A; 2YUO A; 5LJ5 d; 1RAF B; 2ZPF B; 2YLB A; 2XG8 D; 1BI0 A; 2PUO B; 5FU6 C; 2HDA A; 2YWW A; 2DBM A; 2E12 A; 2HL3 A; 1NJI U; 3DKM A; 3LWH A; 4M7D B; 2EYW A; 2IPO B; 2FL7 A; 2P0Q A; 3X25 B; 3E9F A; 1RAD B; 1ZUY A; 1SF9 A; 1KHC A; 4ORZ A; 2ED1 A; 3V8J A; 2X35 A; 3DLM A; 5D7U A; 3MET A; 3CCS T; 4C92 C; 4C92 A; 1M2V A; 3OW2 A; 4DBF A; 2F1L A; 1YIJ T; 1LJO A; 1RAB B; 4FW1 A; 2RK1 A; 1WHH A; 4N4I A; 3P8H A; 4C8Q G; 2PVD B; 4C5H A; 2RB6 A; 3SWN B; 3JCM J; 1QQJ A; 2MI6 A; 4E7J A; 1AT1 B; 2E6Z A; 4QKU A; 1KC8 C; 1D0Z A; 2CZ6 B; 4CC7 A; 2OAU A; 2GFU A; 3UDC A; 4ELZ C; 4LDW A; 1RL2 A; 1WHJ A; 2DMO A; 3CCE A; 4QQ6 A; 1UGV A; 4FT4 A; 1MMN A; 2DF6 A; 1G83 A; 3CXC A; 2K4Y A; 2J05 A; 1VQM A; 5CIU A; 3MKD A; 2DTO A; 1G5V A; 3T9N A; 4HVV A; 3QWY A; 2KVQ G; 3FJP A; 3I56 T; 1GCQ C; 1GCQ A; 3EG2 A; 4M78 E; 5GAN d; 2RQR A; 2DXB A; 3PTA A; 4QQD A; 1XQH A; 3RR6 A; 4IUR A; 3HFO A; 5GAM d; 1N9S A; 2DZC A; 4IUQ A; 4M7A G; 2YSQ A; 2GFA A; 1VQ4 A; 4LDY A; 2C06 A; 4C92 D; 2LX9 A; 2IVW A; 4FL6 A; 1YJN A; 1M30 A; 5I2M A; 4PNO A; 2X4X A; 1SSF A; 1X69 A; 3E19 A; 2EAY A; 1IB8 A; 2H8H A; 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1RAI B; 2RMO A; 3VJP A; 3G71 Q; 1UJ0 A; 1Y7X A; 3GIB A; 3OYH A; 4F7U B; 3RKY A; 1QCN A; 1ZSG A; 3CCM Q; 1NPP A; 2JZ2 A; 4PJN A; 1M90 C; 2CZ1 B; 4KH0 B; 4II1 A; 5CR2 A; 3LH5 A; 4LDX A; 1ZA2 B; 2EIF A; 4LE9 A; 4F16 A; 1ZBJ A; 5CQY A; 4KGZ B; 5KYN A; 3CXC P; 4BY6 C; 4BI8 B; 2NUP B; 1BIA A; 1FX7 A; 4B9W A; 1LNX A; 4M75 D; 1KJW A; 3SDZ A; 5GAN e; 2GF7 A; 5FU7 B; 2EFI A; 4FYW B; 5CCA A; 1HYO A; 2K5F A; 3MO8 A; 2RJC A; 1OPK A; 5GAN 7; 4WTO B; 3CMA Q; 3SHW A; 1M2O A; 2DEU A; 1X75 C; 3M0Q A; 1U06 A; 4M78 G; 2FG0 A; 3J7A F; 2RF0 A; 4Z88 A; 1AOJ A; 2YUN A; 3FEO A; 1CKB A; 3QYH B; 5KYY B; 1D1C A; 4ANJ A; 4X9C A; 1S72 A; 3AHU A; 4OF1 A; 1R0B G; 3CPW P; 1PM3 A; 3TU4 K; 4E7I A; 2KY9 A; 1RAA B; 4JS5 A; 1Q82 C; 3CEY A; 1QLY A; 3V7S A; 2QEX Q; 2OTJ A; 3FLG A; 1M1K R; 2ATC B; 3VS6 A; 2RI3 A; 4XQ3 A; 4A4E A; 1KSW A; 2OTL Q; 3EG1 A; 4E7H A; 2DER A; 4NL3 A; 2COY A; 2CUB A; 1E6H A; 4RG2 A; 4HT8 A; 3X20 B; 5CKF A; 3V7C A; 5KYW A; 1H8K A; 3CC7 A; 2HAX A; 1FWZ A; 4E7L A; 4AG1 C; 3HP9 A; 3QDF A; 5FRM A; 2H3J A; 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