1CVDA

Structural consequences of redesigning a protein-zinc binding site
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
Knots found
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELCLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase(oxo-acid)
molecule keywords CARBONIC ANHYDRASE II
publication title Structural consequences of redesigning a protein-zinc binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 72
structure length 255
sequence length 255
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 1994-06-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 1cvdA00
3V5GA 3MNJA 3PO6A 5EH5A 1ZH9A 1HEAA 4QSIA 5JG5B 3HLJA 1BNTA 2CBEA 1CA3A 1RZBA 3SBHA 1KEQA 4Z1EA 1CA2A 1UGEA 3DD0A 3NI5A 1HCBA 1TG9A 4IDRX 3KONA 4WUQA 3IAIA 4Q8XA 5FNGA 3TVNX 2NNGA 4ILXA 1FSRA 1Z9YA 4Q8ZA 1G1DA 3MNIA 4Q7WA 1I9PA 4N0XB 4Q7SA 4QIZA 1BICA 5FLPA 4XIXA 5E5UA 3SAPA 4HT0A 1DCAA 2NN1A 4RH2A 4K0ZA 2NWZA 4N16A 3V3GB 3EFIA 4KNMA 5EHVA 4ZWYA 3IBLA 4Z0QA 1CVEA 1BNQA 1LUGA 1I9LA 4M2RA 5FNHA 2HNCA 3CZVA 1KWRA 1FQLA 4Q90A 1J9WA 1ZE8A 3FE4A 4JSAA 4JS6A 4WR7A 1ZGFA 4YYTA 1RJ6A 3MMFA 4Q99A 1BNVA 3M1KA 1XEGA 5DSNA 4PZHA 3W6HA 1BZMA 4RIUA 3HKTA 4QJWA 3K34A 3V3FA 5SZ5A 1CZMA 5JQTA 5FLOA 1UGGA 2NWPA 4R5AA 5SZ6A 3RJ7A 1H9QA 4CNXA 1HECA 1EOUA 1CRAA 1BNUA 4L5WA 3IBUA 3MHIA 5FDCA 2HFWA 1UGFA 3MHOA 3KLDB 3IGPA 2FOYA 3V2JA 2CABA 3M2ZA 1OKLA 4YXIA 4JSWA 5EKJA 1CNBA 5JEPB 5JQ0A 4RN4A 1MOOA 5FL4A 3S77B 12CAA 5JDVB 1CNJA 5JEHB 4E4AA 3F7UA 1BN1A 4DZ7A 2QO8A 4QTLA 1HUHA 3CYUA 4ZX1A 3DA2A 1IF6A 5JESB 1AVNA 1TEUX 3B4FA 1ZSCA 6CA2A 4YVYA 5DSIA 5CA2A 2WEOA 4K13A 4UOVA 1BV3A 3DCWA 4CA2A 3P58A 1BNNA 1Z97A 5FLRA 8CA2A 3RZ1B 4PYXA 1YO2A 4HF3A 4E5QA 1G54A 5G01A 2AW1A 1FQMA 1IF9A 2NXSA 3P3HA 4QEFA 5E28A 5CJFA 3JXGA 3S8XA 4RFCA 3N2PA 1LG6A 2FNMA 1I90A 5AMDA 3M2YA 5FDIA 4K0SA 4QJ0A 3K7KA 5DSJA 3EFTA 4FL7A 3OKUA 2POUA 1I8ZA 4QJOA 1CIMA 1XQ0A 4FU5A 5EH7A 3W6IA 1JD0A 4BF6A 4ETQC 5DSPA 3RLDA 1G0FA 4WW6A 3MWOA 2W2JA 3HKQA 3L14A 2NNSA 5E2NA 5FNJA 1JCZA 3RG3A 2POWA 1YO1A 4HEYA 1CNGA 2NWOA 4M2WA 5EHWA 1I9MA 3KOIA 4KP5A 1BNMA 4HT2A 4KNIA 4Y0JA 3T5UA 3S75B 1YDDA 2CBAA 4IWZA 3TMJA 1BN4A 4LU3A 5FLTA 4E3DA 1AM6A 4YHAA 2X7UA 3DVDA 4PQ7A 4YWPA 1RZCA 4ZWXA 2QOAA 2OSMA 1IF7A 3DC3A 2Q1QA 4QSBA 1FSQA 3PJJA 3TVOX 4YX4A 1TB0X 3M5TA 4RIVA 5JGSB 4MO8A 4ZAOA 4YGLA 3DVCA 4RUXA 3M1JA 1G4OA 1G0EA 1CNKA 1ZGEA 3M67A 2Q38A 1LZVA 3KKXA 5SZ2A 1UGDA 1CNXA 4Q6EA 4XZ5A 5DSRA 2ABEA 4ZWZA 1FSNA 3M14A 4WL4A 2Q1BA 3ML5A 5L3OA 4K1QA 4XIWA 3F8EA 3BETA 1HEDA 5E2SA 3T84A 3M3XA 4QJXA 1CAYA 2AX2A 3P5AA 3R16A 3DVBA 1DMYA 4L5UA 3RYYA 3MNKA 2FNKA 2FMZA 4Q78A 1I9QA 3MNHA 1CCTA 4LP6A 5EZTX 4E3FA 5CLUA 3K2FA 3F4XA 1OKMA 4MDMA 3M40A 1MUAA 1OKNA 3MZCA 4WW8A 4FVOA 4ITOA 1IF4A 4PYYA 4C3TA 3MHCA 4K0TA 1HVAA 1HEBA 5SZ0A 3S72B 4Q9YA 5G0CA 4QIYA 3CA2A 5G0BA 1A42A 3RZ8A 3M98A 4E49A 3NJ9A 4PXXA 3UYNA 4FRCA 4M2UA 3P44A 1CAJA 3VBDA 4ZX0A 5EKHA 1RZDA 3D0NA 3DC9A 1CVBA 5AMLA 3T83A 2WD2A 3C7PA 4E3HA 1CILA 3JXHC 2GEHA 4L5VA 3M04A 1KOPA 1CNCA 1G3ZA 1CVFA 4RFDA 2FOVA 3U47A 1CALA 1G53A 1CAOA 5A25A 5EKMA 5L6KA 5FLSA 5J8ZA 1CVHA 5JGTB 3DBUA 2ZNCA 1YDCA 4MLXA 3RGEA 3M96A 4Q87A 1KOQA 3UYQA 1CNWA 3MHLA 3OIMA 1CVDA 1DMXA 4CNRA 4WUPA 4Q7VA 1OQ5A 3T5ZA 5HPJA 2O4ZA 3HS4A 1ZNCA 4KNNA 5FNLA 1XEVA 4GL1X 4CNVA 1Z93A 4Q49A 1BCDA 1BNWA 5SZ1A 3RYZA 4Q8YA 4QK3A 4KUVA 1THKA 1TH9A 3M5SA 3S78B 4KP8A 3R17B 1ZSBA 3IBNA 4R59A 1CAHA 5SZ7A 7CA2A 3V2MA 4FVNA 4QJMA 4Z1KA 2FOSA 4COQA 2WEJA 4Q0LA 4Q83A 1FQNA 4KV0A 3D8WA 3OILA 4RUYA 1CCSA 3OKVA 1TG3A 2VVAX 4QK2A 5BNLA 2HL4A 3FFPX 2H4NA 1T9NA 4LHIA 1CAZA 1CAKA 5EOIA 3U7CA 2FMGA 3RYXB 1FR4A 3PYKA 4FIKA 4G0CA 1I9OA 1KWQA 4Q09A 1IF5A 5BRVA 4CACA 1IF8A 1FQRA 4YGJA 5JG3B 1UGBA 3IBIA 5DSOA 3S97A 1HUGA 3JXFA 3D9ZA 2POVA 3MNAA 4DZ9A 5C8IA 4MLTA 1ZSAA 2F14A 4Q08A 2WEGA 1CNYA 4XFWA 1V9IC 3KS3A 3RZ0B 1TBTX 2HOCA 1FLJA 4MTYA 3OYSA 1G48A 1LG5A 3DV7A 3SBIA 1CAIA 1DCBA 3MHMA 4KAPA 5FNIA 1RAYA 1RZEA 1TE3X 2NN7A 4JSZA 3V7XA 2CBBA 2FNNA 1TTMA 4KUYA 5EIJA 3P3JA 4Q6DA 2NWYA 1YO0A 4FPTA 4RUZA 3P5LA 1JV0A 4HBAA 5DRSA 3T82A 3M1QA 3S73B 1H9NA 1G46A 2EU2A 1FR7A 2X7SA 2GD8A 2EU3A 3IEOA 2NXTA 5CACA 5FL5A 5BRWA 5FLQA 1CNHA 2WD3A 3HKNA 4QSJA 5G03A 3DD8A 3MYQA 2VVBX 5EH8A 4X5SA 5BYIA 3ML2A 4QJPA 5DVXA 3KNEA 4MDGA 3S76A 3OIKA 4JSSA 3ZNCA 5DOGA 5E2RA 3HFPA 2HD6A 4Z1JA 2IT4A 4TWMA 5DOHA 1TEQX 1RAZA 1I9NA 3DCSA 3MDZA 4Z1NA 1YDAA 3U3AX 2FW4A 1URTA 1RZAA 2WEHA 3N0NA 2FOUA 5JEGB 2X7TA 5BRUA 2QP6A 2NXRA 1I91A 1CVCA 4Q06A 1CCUA 3RZ7A 1F2WA 2CA2A 4Q7PA 3DCCA 5FNMA 3BL1A 9CA2A 5A6HA 5SZ4A 3S9TA 4E9OX 1AZMA 1YDBA 5EHEA 3CAJA 1CRMA 1V9EA 4YGFA 3LXEA 3ZP9A 4CNWA 3T85A 2HKKA 2NMXA 1ZFQA 3V3JA 4KNJA 4CQ0A 1RJ5A 3SAXA 3OYQA 5DSMA 4XE1A 5FNKA 3B1BA 3BL0A 3OY0A 4G7AA 2CBDA 3S74B 5DSKA 4HEWA 4YGNA 4ITPA 2EZ7A 4HU1A 3M1WA 3M2XA 1G6VA 4R5BA 3RYJB 3KIGA 1CANA 4ZWIA 4M2VA 1BN3A 1CAMA 4YXUA 3RYVB 5DSQA 3FW3A 4Q07A 2H15A 4QK1A 3D93A 1CNIA 1Y7WA 3KOKA 4QSAA 3RZ5A 3S71B 4BF1A 1CINA 4HEZA 4QY3A 3HKUA 1ZFKA 4TWLA 3Q31A 5LMDA 3QYKA 1G52A 1G45A 1UGCA 4KUWA 3N3JA 5AMGA 3DAZA 3NB5A 5E2MA 3P4VA 2CBCA 4MDLA 4Q81A 3F7BA 3P55A 3U45X 1H4NA 5FL6A 2NNVA 2NNOA 3M5EA 4YGKA 3RG4A 4BCWA 5SZ3A 3M2NA 4E3GA 5IPZA 4YXOA 2OSFA 1G4JA 1LGDA 2FOQA 1XPZA 3GZ0A 3MNUA 1CVAA 3N4BA 1HCAA 3KWAA 5DSLA 5E2KA 1UGAA 5E5RA 3V3HB 3D92A 2ILIA 3V3IB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3V5G A;  3MNJ A;  3PO6 A;  5EH5 A;  1ZH9 A;  1HEA A;  4QSI A;  5JG5 B;  3HLJ A;  1BNT A;  2CBE A;  1CA3 A;  1RZB A;  3SBH A;  1KEQ A;  4Z1E A;  1CA2 A;  1UGE A;  3DD0 A;  3NI5 A;  1HCB A;  1TG9 A;  4IDR X;  3KON A;  4WUQ A;  3IAI A;  4Q8X A;  5FNG A;  3TVN X;  2NNG A;  4ILX A;  1FSR A;  1Z9Y A;  4Q8Z A;  1G1D A;  3MNI A;  4Q7W A;  1I9P A;  4N0X B;  4Q7S A;  4QIZ A;  1BIC A;  5FLP A;  4XIX A;  5E5U A;  3SAP A;  4HT0 A;  1DCA A;  2NN1 A;  4RH2 A;  4K0Z A;  2NWZ A;  4N16 A;  3V3G B;  3EFI A;  4KNM A;  5EHV A;  4ZWY A;  3IBL A;  4Z0Q A;  1CVE A;  1BNQ A;  1LUG A;  1I9L A;  4M2R A;  5FNH A;  2HNC A;  3CZV A;  1KWR A;  1FQL A;  4Q90 A;  1J9W A;  1ZE8 A;  3FE4 A;  4JSA A;  4JS6 A;  4WR7 A;  1ZGF A;  4YYT A;  1RJ6 A;  3MMF A;  4Q99 A;  1BNV A;  3M1K A;  1XEG A;  5DSN A;  4PZH A;  3W6H A;  1BZM A;  4RIU A;  3HKT A;  4QJW A;  3K34 A;  3V3F A;  5SZ5 A;  1CZM A;  5JQT A;  5FLO A;  1UGG A;  2NWP A;  4R5A A;  5SZ6 A;  3RJ7 A;  1H9Q A;  4CNX A;  1HEC A;  1EOU A;  1CRA A;  1BNU A;  4L5W A;  3IBU A;  3MHI A; 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