2A1RA

Crystal structure of parn nuclease domain
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
423
structure length
300
Chain Sequence
MEIIRSNFKSNLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDGPSVGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCTFKYDYTDSKYITKSFNFYVFPKPFNRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFRNGIPYLNQEEERQLRHAKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVIGHNMLLDVMHTVHQFYCPLPADLSEFKEMTTCVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFNPPKVESAEGFPSYQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSFLSPPKIHVSARSKLIEPFFNKLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna
molecule keywords 5'-R(*AP*AP*A)-3'
publication title Structural insight into poly(A) binding and catalytic mechanism of human PARN
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 300
sequence length 423
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2a1rA01
4E7KA 4CGGA 3IAYA 2Z1IA 4M41A 4DLGA 4CFBA 2VG6A 1TV6A 4F2RA 4O55A 4K8XA 2FBTA 4G1QA 2O4IA 4ZHRA 1HMVA 3S3NA 4KV8A 1G15A 3AVLA 1LWEA 3KIOA 4E1NA 3AO5A 4IBNA 3QNOA 1SKSA 4B9LA 1RT3A 1QSSA 2JLEA 3SV4A 4N47A 3RRHA 2IOCA 3ZCMA 2ZQBA 3DRPA 1NK0A 4RG8A 3PO4A 1D9FA 2HHXA 3KLGA 3LDSA 3QO9A 1BQNA 2PYJA 2HVHA 1FKOA 2KFZA 3SJJA 4FCYA 1RCHA 3DLHA 4FM2A 1KSPA 4RW6A 1IKWA 4CJFA 5J2PA 2P5GA 2HB5A 2HNDA 3V9ZA 2XHBA 1RT4A 3TABA 3AVBA 1SV5A 4ELUA 1A5XA 3OYEA 3MECA 3QERA 1HJRA 4O44A 2G8IA 2HHWA 4E7JA 4DU4A 1VSMA 2X78A 2Z1JA 1KCFA 1JLFA 3ZSZA 3LP1A 3PO5A 2OZMA 3OYBA 3OYAA 4KHYA 4DQQA 2F8SA 4TSXA 1JXBA 1UA1A 2YKMA 4CFCA 4B9MA 4PUOA 4BDYA 4DTXA 3AVIA 1BQMA 4BE2A 3K5MA 2KTQA 4J2BA 1LAVA 1BI4B 1TL3A 4J2AA 1ZYQA 1XHXA 5HRNA 3V9XA 1QE1A 1XWLA 4ID5A 4JRPA 3NE6A 3LZJA 3L2WA 3AVNA 3CFPA 2JGUA 3OYIA 3AA3A 3L2RA 4CGDA 3EYZA 3SI6A 1LW0A 3OY9A 1T7PA 4ELTA 1RT1A 1Z26A 1TVRA 3QINA 2W42A 1X9SA 2Z1HA 2A1SA 1S1WA 3OYMA 4DS4A 1C0UA 1X9WA 1VSKA 1SL0A 1TAUA 1XHZA 1UAXA 2HNZA 3ISNC 2YNGA 4FLWA 2ZD1A 3DM2A 4CHOA 3VA0A 2VG5A 4O5BA 3OYLA 3EY1A 1BCOA 1W9HA 3KK1A 3C6TA 1TAQA 1JLAA 1RTIA 1EKEA 1KFSA 3AVGA 3C95A 3DOLA 1QQCA 4DTNA 3B6OA 3K2PA 3K5OA 3L8BA 2IGIA 4EP4A 4CFDA 3AA5X 4Z4FA 2KFNA 4IFVA 4DQIA 2E6MA 2B5JA 4LY7A 5KRTA 4R5PA 3HVRA 3NDKA 3AVHA 4L8RB 3ITHA 4Q5VA 4DTOA 3O3HA 3AVFA 3AA4A 2HNYA 4FJ5A 5J2MA 3V1RA 3NBPA 1L5UA 2HW3A 3KKSA 4ICLA 1TKDA 1WSFA 2YV0X 3DMJA 4FZYA 1WSGA 2DTUA 3HPHA 4AHSA 3ZSYA 3DLEA 1S1UA 1IO2A 3P83D 3SPYA 1UOCA 4CJLA 4OPKA 1EXQA 4DWIA 4EZ6A 1LWFA 5KGWA 4M3YA 1LAWA 1BGXT 3F9KA 4FJXA 1RBSA 1QSYA 1N5YA 4J2EA 4CFAA 4RW4A 4PWDA 3V4IA 4UQGA 4FLZA 4FLTA 2FBVA 2Y1IA 4CHPA 1RDDA 1JL1A 4JS4A 4Z4GA 1TKTA 5SWMA 3OS2A 4NYNA 4KI4A 4KHNA 1RT5A 4MQ3A 3RWUA 2OPQA 4W5RA 4Y1DA 4FZZA 1U45A 4FJLA 4CEEA 4E7IA 3AV9A 4DSLA 1C0MA 1BHLA 3MXMA 4YFUA 1GOCA 1ASWA 4LD0A 1HYZA 4E1MA 4KHWA 4CIGA 3RTVA 1T05A 1REVA 3AA2A 2QK9A 1HYSA 2FC0A 4HHTA 3VA3A 3SYZA 1U4BA 1RTJA 3PY8A 4KB0A 4BACA 3ZT2A 3CYMA 4GMJB 1VSIA 4LSNA 3HM9A 4HTUA 3RMDA 2G8VA 3AVJA 1SL1A 1S6QA 2RPIA 3DOKA 4O4GA 3AO4A 3DLGA 3WNGA 5J2NA 2D0CA 3ZT3A 3ZSVA 4CJKA 3NGIA 1RILA 4DTPA 4KTZA 4FLUA 4FM0A 3QEWA 1TK8A 3NF6A 4FJMA 3U3YA 1FK9A 4FJIA 4FK2A 2NUBA 1JLCA 2QXFA 3VQEA 5FDLA 4B8CA 3AVKA 4DSIA 4F3OA 2I5JA 3T19A 1VSLA 1X1PA 1NKEA 4DLEA 3C94A 3EZ5A 1S6PA 2BE2A 3CFOA 1RT2A 3OYDA 2DY4A 1S9GA 4N5SA 3V9UA 4OJRA 4CJVA 1WLJA 4XIUA 5K14A 3LPTA 3D0PA 4FLYA 4DFKA 3KTQA 4AHRA 1CZBA 2YHBA 2OPPA 5CYQA 3L3VA 2X6NA 1NK7A 1K6YA 4CE9A 4CEOA 3L2UA 1IKXA 1KRPA 1NK6A 3V9WA 1BISA 2WONA 1RBUA 1WAFA 4AHCA 1WSHA 3NH2A 1BIUA 1W0HA 4DTMA 4CEFA 2Q3SA 1A5VA 3O3FA 3K57A 4IFYA 3SNNA 3NHGA 3HO1A 1L3VA 2YNFA 3SQ0A 3QIOA 1F21A 2YNIA 4EZ9A 4DTSA 3ASMA 4AHTA 2PYLA 2KW4A 3D45A 3H08A 4DFMA 3DLRA 1LW2A 3L2QA 2P51A 4CESA 2DFFA 4HUFA 2PY5A 3V9SA 3OS1A 1J9AA 1HNVA 1D9DA 3SZ2A 1NK8A 4AHVA 1VSFA 5T7BA 4M45A 1TKXA 4HUEA 1TKZA 5DMRA 3ZSXA 4Z0UA 1J5OA 1NK4A 2G8WA 4CJTA 5HRSA 4W5QA 1C0TA 1KFDA 3HVTA 5CZ1A 3HPGA 5D3GA 3F73A 2Z1GA 1TK5A 2HHVA 2FBXA 3OYKA 1XI1A 1RTHA 4FK4A 1YTUA 5I3UA 1C1BA 3NH1A 1NJZA 4CGJA 2GBZA 3O3GA 2P5OA 1YVUA 4DF8A 4PA1A 3U6FA 4OPJA 3DLBA 2KZMA 4BWMA 1GOAA 5HLFA 1FXXA 4OGCA 3HP6A 1JL2A 2KQ2A 3CM6A 3DLKA 3TAEA 1TGOA 1N6QA 4BE1A 1ASVA 3OYGA 3TAFA 1JLBA 2D5RA 2GV9A 4FJ7A 4F3TA 1NJXA 4M42A 4OKJA 1SL2A 3NF8A 4W5OA 4FJ8A 2ATQA 4FJ9A 1ZBIA 1HNIA 4W5TA 2B6AA 4CF2A 2P1JA 3HL8A 1L3TA 4KREA 5KRSA 4CJ3A 3S9HA 2OYQA 3DRRA 4LH4A 1S1VA 1D5AA 1ITGA 3KLIA 1UA0A 3VQPA 3P5JA 3RMAA 1VSJA 3S3MA 5C24A 1RBRA 2XY7A 1VSEA 4DG1A 3OYHA 1RDAA 3ZT4A 4CJQA 1LV5A 1C1CA 3TANA 3VQ5A 4KRFA 4N41A 4HVJA 3V6DA 2EX3A 3LP0A 3TI0A 1C1AA 3CFRA 1X9MA 1RT7A 4ZTJA 2AJQA 4DFPA 1KVBA 3NGYA 4B08A 1RNHA 3BGRA 4CJSA 4OVLA 4CEQA 4C8OA 4CJUA 1QTMA 4MFBA 4O0IA 3DYAA 4I2PA 3LANA 4RW7A 4CF8A 4KTQA 3WNEA 4DQRA 4FJGA 4M3ZA 4C8KA 3AO3A 4DSKA 4DU3A 1VRTA 3NH0A 1R0AA 4FW2A 3B6PA 1VRUA 3QEVA 1NKBA 3IS9A 4CJEA 2X6SA 4CERA 3SQ2A 5HROA 1JLEA 1RBVA 4KTWA 3TWHA 4AH9A 2ETJA 4N56A 4JRQA 4E7HA 3NGZA 4Z4CA 2G8UA 2G8KA 4LH5A 5CYMA 4DQSA 1J54A 2HHUA 4B3OA 1S5JA 3KJVA 4E7LA 4JS5A 3U3GA 3OS0A 1NOZA 4GVMA 4B8AB 4OLBA 4AILC 2X74A 1NK5A 1U04A 1HQUA 1C6VA 5E41A 1B92A 4WE1A 1TL1A 1TK0A 1KLNA 3M8PA 4J2DA 4NYFA 2LSNA 4RW9A 4LSLA 1VSDA 1DTTA 4I2QA 3OJSA 3LP2A 4YNQA 3OYNA 3VQDA 2D0BA 1HRHA 3KK2A 1ZBUA 3V1OA 4FJHA 1S1XA 2HHSA 1ASUA 3QETA 1UWBA 1WN7A 2XY5A 3QLHA 2O4GA 4B9VA 4CGFA 1Y97A 4OKEA 3V1QA 4CF0A 4DSFA 4KHSA 4E19A 4OLAA 2RF2A 3KLHA 3O4NA 1L3UA 4E0DA 4FJJA 3I0SA 4DTUA 1MU2A 2WOMA 4FW1A 5DK5A 2ITGA 3SUQA 3NFAA 2D0AA 3K5LA 2VWJA 1RTDA 3HXMA 3VQQA 3O4QA 3I0RA 2BDPA 5KI6A 4M3WA 4W5NA 4ZTFA 1HYVA 4IG0A 3DRSA 4CF9A 1IKYA 3LALA 3AVAA 4BE0A 3SPZA 4FM1A 1HQEA 4EP5A 1YT3A 4I7FA 3VQCA 3KLFA 2QKKA 4CEBA 3HP9A 3CM5A 3VQ8A 2KZZA 1T03A 4NCGA 4KFBA 3ZT0A 3L2VA 4Q0BA 4CECA 1I39A 3V81A 5FRMA 1YTAA 4CGHA 1RT6A 3E01A 4CHYA 1S9EA 3QNNA 3T1AA 1FKPA 3MAQA 1U49A 4JLHA 4CEAA 1J53A 4KO0A 1NKCA 4KHQA 2HHTA 3VQ7A 3UIQA 4BDPA 4C8LA 1CZ9A 3HYFA 2IS3A 2R7YA 1WAJA 4DQPA 3RMCA 3LP3A 1IKVA 4RW8A 5HRPA 3QEIA 4FLXA 3PX0A 4ELVA 3HK2A 2OPRA 3HSTB 4IDKA 1DTQA 3VQAA 3K59A 4Y1CA 3VQBA 5J2QA 4ID1A 5SZTA 3SQ1A 1CLQA 2F8TA 1NJYA 4CF1A 3RR7A 4CK1A 4KPYA 3ALYA 3TR8A 4CJPA 3OYJA 3JYTA 2G8FA 3MXJA 5HP1A 1ZBFA 4OKKA 4DS5A 2IC3A 3LWMA 2VWKA 1NOYA 1BI4A 4DFJA 5KGXA 1RDBA 1KTQA 1SKWA 4NCAA 1EX4A 5JS2A 3NCIA 4N76A 3JSMA 1WSJA 1KVCA 2IAJA 3AVCA 4DTRA 4CIFA 5C42A 3HPOA 1SKRA 3ZSQA 4HCCA 3M8RA 4C8MA 2RN2A 3MEGA 4DF4A 3HJFA 2HVIA 2DFEA 3NF7A 3KD5E 3KK3A 4M3TA 4KHUA 2GUIA 4H4MA 4CEDA 3AO1A 2G8HA 5FRNA 1EP4A 1O1WA 4H4OA 3LAKA 2DFHA 3OYFA 1U47A 3PX6A 4O0JA 4KKOA 4HUGA 1IG9A 4CHNA 4CCHA 1T8EA 3WNHA 1WSEA 3CG7A 3PX4A 2OZSA 3OJUA 3SV3A 2HMIA 3PV8A 4CK3A 1A5WA 1S1TA 3NF9A 5EU7A 3DI6A 4DTJA 3ZT1A 3MXIA 2PZSA 4F4KA 4KB1A 1B9DA 2E6LA 4QAGA 3TAPA 3I8DA 1JLQA 3THVA 3AVMA 3SQ4A 3ULDA 4BWJA 4CK2A 4QCLA 4FJNA 2EHGA 3TAMA 4PY5A 4CJ4A 1VK0A 3LZIA 3M8QA 1NK9A 3NAEA 4CJWA 4CEZA 5C25A 3TAQA 1QHTA 3KD1E 4HCBA 1RDCA 2Y1JA 1Q8IA 4F8RA 2IDOA 2YNHA 3IRXA 4IG3A 2XRIA 4E89A 4DSJA 3ZSRA 3ZSOA 1Q9XA 2BGGA 4Z4HA 4CHZA 1BL3A 4H8KA 4F2SA 3G10A 5CY4A 4B9UA 2OA8A 1ZBLA 4FZXC 4FLVA 3KLEA 3SCXA 3OYCA 3SUNA 2VG7A 4M3XA 4GW6A 4KAZA 1BIZA 3MEDA 1KLMA 3VN5A 2HHQA 2XO7A 4DU1A 4DMNA 2E4LA 1CXQA 4I9QA 4E3SA 3PUFA 1L3SA 1U48A 4FVMA 1IH7A 3P1GA 4AHUA 3IG1A 4M3UA 2BANA 2YKNA 4FJKA 4BDZA 5CZ2A 3T3FA 1RBTA 1QS4A 5KTQA 1JKHA 3TARA 4Z4IA 3SUOA 4OGEA 4IKFA 3TAGA 2XY8A 1DLOA 1EETA 2A1RA 2XY6A 3VQ9A 1XC9A 4B9SA 2ZE2A 2F96A 1BCMA 3K5NA 3RR8A 2B4JA 1B9FA 1VSHA 2OPSA 3QEPA 3G0ZA 4KI6A 4Z4EA 3C6UA 3FFIA 3L3UA 5HRRA 3KKRA 1LWCA 2RKIA 3LWLA 1CXUA 1GOBA 1JLGA 3A2FA 3K58A 3CQ8A 1WSIA 1NJWA 4M3RA 3OVNA 4NCBA 3ZSWA 3LPUA 4FXDA 1HPZA 4C8NA 5HBMA 5FROA 3QEXA 2YHAA 3QIPA 1QSLA 1I3AA 4CIEA 1Q9YA 3RRGA 3S3OA 4DSEA 1D8YA 3VQ6A 5J1EA 1SUQA 1Z25A 4B9TA 4K8ZA 3VQ4A 2FBYA 3AO2A 1KVAA 3LAMA 1ZBHA 4CGIA 5I42A 3HT3A 4CJRA 1WNSA 3WNFA 4CHQA 3QESA 5JS1A 4QOZB 4I9LA 3M8SA 1JXEA 4CJ5A 4B9NA 4PQUA 3BDPA 2QKBA 3RMBA 3SUPA 4FYDA 3MEEA 4FK0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E7KA 5BN9A 3IAYA 1RDUA 4F2RA 2WTUA 4DR4K 2VG6A 4G1QA 4G9ZA 4ZHRA 3SMSA 2E5LK 3RVCA 4KV8A 3KIOA 3G25A 3VGLA 1SKSA 1RT3A 1QSSA 2JLEA 4KHPK 4N47A 2IOCA 4NB4A 4RG8A 4GY2B 4LFCK 2NRTA 2KFZA 3SJJA 4DV4K 3DLHA 2WC9A 4YOUA 5J2PA 2HB5A 2HNDA 2XHBA 1RT4A 4OPAA 3OYEA 4O44A 2G8IA 4FWOA 4DV6K 2X78A 2Z1JA 3H3NO 3LP1A 4JKFA 3PO5A 4BRGA 1BA0A 4BE2A 3K5MA 2KTQA 3DXMB 4M7XA 3L0QA 4J2AA 1S3XA 3E9LA 3NVMA 5LJWA 3NE6A 2KHOA 3W0LA 3CCJN 4EFHA 1WOQA 4WFBL 3OYIA 3AA3A 3L2RA 3HOTA 3OY9A 3QINA 5BR8K 4RTFD 1C0UA 1VSKA 4O5FA 3E66A 2YNGA 2OANA 4KH6A 3KK1A 3C6TA 1TAQA 1JLAA 4CZEA 3HRGA 1EKEA 3N4PA 3AVGA 3AAPA 4DTNA 3B6OA 3K2PA 1DGKN 4Z4FA 4CFDA 4IFVA 1EQYA 2B5JA 2UUAK 3CMEN 5AQJA 3HBTA 3HVRA 3NDKA 3AVHA 3ITHA 4BR4A 1NNEA 3AVFA 4FJ5A 3V1RA 2HW3A 4ICLA 1WBDA 4FZYA 2V7ZA 4AHSA 3SBTA 3ZSYA 4CJ7A 3P83D 4U7BA 3SPYA 1LWFA 5KGWA 4J2EA 2ASMA 4H0XB 3V4IA 4UQGA 4FLZA 4FLTA 4NLCA 2VCPA 4Z4GA 1HNWK 5SWMA 3RWUA 4W5RA 3CJBA 5M1FA 4CEEA 1TUYA 2FSKA 4DSLA 4PL7A 3FZMA 1BHLA 2HMPA 4YFUA 1GOCA 1MA9B 2Q31A 1HYZA 4KH4A 2QK9A 2FC0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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