2A1SA

Crystal structure of native parn nuclease domain
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
430
structure length
391
Chain Sequence
MEIIRSNFKSNLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCTFKYDYTDSKYITKSFNFYVFPKPFNRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFRNGIPYLNQEEERQLREPVTIPEDQKKFIDQVVEKIEDLLQSEENKNLDLEPCTGFQRKLIYQTLSWKYPKGIHVETLETEKKERYIVISKVDEEERKRREQQKHAKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVIGHNMLLDVMHTVHQFYCPLPADLSEFKEMTTCVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFNPPKVESAEGFPSYQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSFLSPPKIHVSARSKLIEPFFNKLFLMRVMDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Poly(A)-specific ribonuclease PARN
publication title Structural insight into poly(A) binding and catalytic mechanism of human PARN
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 112
structure length 391
sequence length 430
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2a1sA01
3.30.1370.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 R3H-like domain 2a1sA02
3OYCA 3OYDA 3P5JA 3SNNA 4FJ5A 3HVRA 5SWMA 3HPHA 2ITGA 4HVJA 1KRPA 4O4GA 2OA8A 2KFZA 4FLWA 4B9VA 4M3YA 3LPUA 3BDPA 4CE9A 4FJMA 3B6PA 4FK0A 1HPZA 4CHNA 4KTZA 3K2PA 3TR8A 3LWMA 2I5JA 3O3HA 2HHWA 4IDKA 3V1QA 1BISA 4CHOA 3C95A 1ASWA 1BQNA 1HNVA 1JLBA 2JGUA 3ZSVA 1NJZA 4FJHA 1GOCA 4HCBA 1ZBIA 5FRNA 2NUBA 2A1SA 5FDLA 3CFPA 3MAQA 5HRNA 1U45A 2HNDA 2IAJA 2B6AA 4O44A 4NYFA 4CJLA 1TAQA 1RT6A 3QIPA 1L3SA 4F3OA 4DF4A 1RT1A 1B92A 1TVRA 4FLXA 1JKHA 4CIEA 3QETA 4KAZA 5KI6A 2ZE2A 3A2FA 4BWMA 3OYIA 1CZ9A 1J54A 1VSHA 4DSIA 1W0HA 4FZXC 3KKSA 4CJWA 3JSMA 1N5YA 4Z4IA 3SUPA 4GW6A 4C8LA 4KHSA 2P51A 4C8KA 1XHXA 1S6QA 3PX6A 1X9MA 2Z1IA 1RT2A 2DFFA 1RDDA 2GV9A 2RPIA 4KV8A 4CJ4A 2P1JA 1IKXA 1WSFA 4CEOA 3L2QA 3L2VA 2G8VA 4PQUA 4Z4FA 3AVKA 1BQMA 3V4IA 4CFCA 1UG8A 4DLGA 5HLFA 4KFBA 5HRPA 4FLTA 2OZMA 1C1BA 4CF9A 4PUOA 3OY9A 4N76A 3KLFA 4DTNA 5KGWA 3DM2A 3MEEA 4H4OA 2PY5A 4QAGA 1RILA 5K14A 3V9SA 5CZ1A 2VG7A 4KI4A 3OJUA 1J53A 1KVCA 4O5BA 3NH1A 2BE2A 2YNIA 3VQ8A 3ZSWA 3IG1A 3NF7A 1NOZA 1RT4A 1EETA 4PWDA 1TV6A 1TKDA 4FK4A 5JS1A 3T1AA 2G8FA 4F2SA 4FW2A 1J5OA 1WSIA 2YNGA 1XC9A 1LWFA 3AO3A 4DF8A 4F3TA 4HTUA 1JL2A 1T05A 3S3MA 2F96A 1ZYQA 2DFEA 2X78A 5J2NA 1YTAA 3I8DA 4IBNA 1LAVA 3SPZA 1NK4A 4FLZA 3QESA 2Q3SA 4O55A 4Y1CA 1T8EA 3TAGA 2KZMA 2DTUA 3OYBA 3RMDA 4Z0UA 4CF2A 1UAXA 4M3RA 1NK7A 4KHYA 3ULDA 3I0SA 2DFHA 1IG9A 2HHVA 3O4NA 3CFOA 3OYFA 1UOCA 1T03A 4CEFA 3SUNA 1D9FA 3ASMA 5D3GA 3MEDA 4PY5A 1FKOA 4CJTA 4JS4A 3DRSA 3TARA 1SKSA 3EY1A 3KD5E 4CJ3A 3ZSQA 1NK6A 4FXDA 4J2AA 4CJQA 2OYQA 1ZBUA 2D0AA 2G8WA 4DQSA 4DTRA 1UA0A 1EXQA 1A5XA 2QXFA 1U04A 3C6UA 3MXMA 4Y1DA 3D0PA 3ZCMA 4DS5A 1RBVA 4HHTA 4IKFA 4OVLA 3U3YA 1C1AA 4M3ZA 2DY4A 4M3UA 3AA3A 1UWBA 1C6VA 4CJUA 3F73A 4DTJA 1VSMA 4JRQA 4ICLA 1RBSA 3TAPA 1NKEA 4KHWA 3DOKA 1SKRA 4E7JA 3QLHA 5FROA 4CGJA 4CJFA 4J2EA 3ZSRA 3RMCA 1S1VA 4O0IA 4XIUA 3DI6A 1U4BA 4DQPA 4FVMA 4AHSA 3O3GA 3K5NA 2A1RA 3PY8A 1NJWA 1EP4A 2LRRA 4CGFA 4RW4A 4AH9A 1VK0A 2W42A 1N6QA 1BHLA 1BIUA 2HMIA 4HCCA 4CESA 1RCHA 3KK2A 3QNNA 1W9HA 2KQ2A 3KKRA 1L3TA 4F2RA 3KLGA 4FLVA 3TANA 1X9SA 3IRXA 4FM1A 1YT3A 1F21A 3SUOA 1L3VA 1HMVA 1S5JA 4DTMA 1KVAA 4PA1A 1HJRA 1S6PA 4CK1A 3ZT4A 4M45A 4ID5A 1RTDA 4G1QA 3L8BA 4ID1A 3K59A 1IH7A 3OYLA 1QSSA 1FXXA 2BANA 4QOZB 2OPSA 4C8MA 5J2PA 1WSGA 3QERA 3NF8A 1UA1A 3SI6A 3MXIA 4CFBA 4DMNA 3K57A 1T7PA 4KREA 1SUQA 4CEZA 1X9WA 3LDSA 1NKCA 1KVBA 3OYHA 4DQIA 1ZBHA 1RT5A 4OJRA 3PO4A 2G8IA 3KK3A 1D9DA 2O4IA 1LAWA 1SKWA 4DTOA 1KFSA 3CYMA 3CM6A 4UQGA 3V9XA 1NK8A 3AO5A 1G15A 2HNYA 1CZBA 1L3UA 1QHTA 5KTQA 4CJEA 1NK9A 2OZSA 4AHRA 4ELUA 4F8RA 3QIOA 3SJJA 2ZQBA 4DSLA 4KB1A 4CGGA 3TABA 3HJFA 4H8KA 2IGIA 3DLGA 1ASUA 2YKNA 2IOCA 1Q9XA 1TAUA 3SV4A 4M41A 3LZIA 3V9UA 2IS3A 1JLEA 1C1CA 1ZBFA 4RW9A 5KGXA 1ZBLA 1NOYA 1RDCA 4CF1A 4IG0A 4LH5A 4WE1A 1HNIA 1EKEA 4FCYA 1NK0A 4CHZA 4BDPA 4DWIA 3NF9A 4CEEA 1B9FA 1ITGA 2Z1GA 4DSKA 3AVAA 4LH4A 3DYAA 3SQ2A 3M8PA 3K58A 5DMRA 3V9WA 2D0BA 3ZT2A 4JRPA 2E6MA 4IFVA 2EX3A 4KI6A 3O3FA 3D45A 4LY7A 3LZJA 2D5RA 4CFDA 3AA2A 3AVMA 3RMAA 2EHGA 4CEQA 4ELVA 3OYGA 5DK5A 4DFMA 3NDKA 2FBVA 1NJXA 5J1EA 4DTSA 3LANA 3QINA 4KO0A 3HM9A 2OPRA 3CFRA 3TI0A 4B9UA 3P83D 2Y1IA 1YTUA 3EZ5A 1WAFA 3SPYA 4FYDA 5J2QA 1S1XA 3NAEA 5HP1A 3ZSOA 5JS2A 2F8TA 4W5RA 4JLHA 4DQQA 4FJLA 4NCAA 4M3XA 4FJ7A 4E7HA 2QK9A 1Z25A 2P5OA 3ZT1A 1FK9A 3HL8A 2IC3A 3AVGA 3KLHA 1LW0A 1Q9YA 4N5SA 3QNOA 4CEAA 3VQ4A 2Z1JA 1O1WA 4K8ZA 4B08A 3CQ8A 2XY7A 4CF0A 3KTQA 4FJNA 3DMJA 3LALA 3OYAA 4DFPA 4FW1A 1SL1A 4OKKA 1BI4A 4I2QA 2HHUA 2XHBA 1JXBA 4DG1A 1BCOA 3SQ4A 1QSYA 4DSEA 1C0TA 4Z4CA 4J2DA 3G10A 3DLHA 3LP3A 2PYLA 3AVIA 4DU3A 1QTMA 2G8HA 4F4KA 2VG5A 4E1MA 1CXUA 4LSNA 4CJPA 3OS1A 1RTIA 1U47A 4E3SA 4DSJA 3OYMA 1Y97A 4B3OA 4HUFA 2HVHA 1S9EA 1TL3A 1Z26A 3QO9A 5HBMA 3AVCA 4FJIA 2HVIA 4W5TA 3KK1A 3K5OA 4OLAA 3V1OA 3OYKA 3M8RA 2XY5A 1QS4A 2HNZA 3PV8A 3K5MA 1DTTA 5CYQA 4CJSA 4DTPA 4M42A 4EP5A 1HRHA 1IKVA 2HB5A 3RMBA 4M3WA 1KTQA 1LWCA 3L2RA 2E6LA 2D0CA 3ISNC 3LP0A 3DLRA 3G0ZA 5CZ2A 3NBPA 3WNGA 3OS0A 4FLUA 3THVA 4B9TA 3UIQA 4FZZA 4M3TA 1NJYA 5HROA 3AVHA 2ETJA 4KTWA 4CF8A 3OVNA 3VN5A 4OKJA 2ZD1A 2WOMA 3ITHA 3KLIA 3LPTA 4CERA 3P1GA 1QE1A 1HYVA 2YNFA 1LW2A 3VQBA 3PX4A 3HSTB 4EP4A 3JYTA 2CPMA 4W5NA 1S9GA 2YV0X 4E7LA 4CGDA 1K6YA 4BDYA 1IKYA 3HK2A 1DLOA 4OLBA 3KIOA 2RKIA 3F9KA 2PZSA 4DSFA 3E01A 3NH2A 4FJJA 4O0JA 3HO1A 4KHUA 4HUEA 5KRTA 1IO2A 2YHBA 1BGXT 2HW3A 1VSJA 2B4JA 3SQ1A 1LV5A 3L3UA 3SCXA 4I9LA 2QKBA 4CEDA 4EZ6A 3DLKA 4B9LA 3DRPA 3TAFA 4Q0BA 2OPPA 3C6TA 2BGGA 4RW7A 5CYMA 3IS9A 1RBUA 3MECA 4AHTA 1S1WA 2AJQA 2B5JA 4KKOA 1VSIA 4H4MA 5EU7A 2X6SA 2Z1HA 3ZSXA 3DOLA 3AVBA 3VQCA 3RTVA 4DTXA 1D5AA 3OS2A 3RWUA 4E89A 4L8RB 2FC0A 1TL1A 4BWJA 4I7FA 1I39A 3AVJA 2G8UA 4QCLA 1VRTA 4MQ3A 3SQ0A 1NK5A 1KFDA 4BE2A 4CHQA 1C0MA 3VQ6A 4CGHA 2XRIA 3I0RA 4YNQA 4W5QA 3OYJA 2XO7A 3NHGA 4GMJB 2F8SA 4FK2A 3H08A 3TAEA 4BE1A 3V81A 3SZ2A 4GVMA 1WHRA 3VA3A 2R7YA 5C24A 4FM0A 1HYZA 5HRSA 1A5WA 4RW6A 1BCMA 2KW4A 2YHAA 5E41A 3T3FA 4DFKA 2XY8A 4CIFA 1I3AA 1XWLA 2X74A 3ZSYA 4Q5VA 4DLEA 1KSPA 1WSHA 1JLCA 1S1UA 1RT3A 3AO1A 1HYSA 1TKTA 3AA5X 4FM2A 3NGYA 2FBXA 3ZT0A 3O4QA 4E7KA 4KB0A 1RDBA 1WNSA 5KRSA 4BE0A 3PO5A 3QEVA 1KLNA 3TWHA 3B6OA 4DTUA 1XHZA 4CFAA 3RR7A 3VA0A 4CHYA 3S3NA 4KHNA 2QKKA 4LSLA 4CCHA 5T7BA 1L5UA 1VRUA 3V1RA 3C94A 2RN2A 2E4LA 4CJ5A 5I42A 3LP1A 1NKBA 3WNFA 2HHTA 2HHXA 2VWJA 2XY6A 2GBZA 4FJXA 4KHQA 4AHVA 4Z4HA 3HP6A 4FLYA 2ATQA 4E0DA 3VQ5A 4OPKA 2G8KA 4CJRA 3V6DA 4FJGA 3CM5A 1A5VA 3VQDA 1D8YA 3RR8A 2BDPA 4IG3A 3TAMA 1SL0A 4KPYA 3U3GA 3NF6A 3KLEA 1RT7A 2O4GA 4E1NA 4N47A 4LD0A 2Y1JA 1SL2A 3L2WA 1TK5A 5FRMA 3HXMA 3CG7A 1BL3A 3AO2A 4BACA 4E19A 4CK3A 4CIGA 3VQQA 2YKMA 5C42A 5C25A 1JLGA 1U48A 1WSEA 4AHCA 3LWLA 4B8AB 3SV3A 3QEIA 3AVNA 1VSLA 2FBTA 4K8XA 4ZHRA 3TAQA 1TKZA 3AVFA 4CJVA 3PX0A 1XI1A 3OJSA 3RRGA 4CJKA 4BDZA 2OPQA 3MXJA 5CY4A 3WNEA 3EYZA 4EZ9A 3HP9A 1JLQA 4N56A 4RG8A 1U49A 4DQRA 3OYEA 3ZT3A 3HPOA 1IKWA 1GOAA 1C0UA 1VSFA 1SV5A 4C8OA 4NCGA 3MEGA 3KD1E 1REVA 4NCBA 1WN7A 4DU4A 3VQ9A 4ZTJA 3NE6A 4MFBA 4YFUA 3QEXA 3M8SA 3NGIA 2JLEA 1QQCA 1TK8A 1BI4B 1JLAA 1FKPA 2YNHA 1BIZA 4B8CA 4FJ8A 1X1PA 5HRRA 3VQ7A 4E7IA 2VWKA 3AV9A 4N41A 4C8NA 2X6NA 3DLEA 1JL1A 3VQPA 3KJVA 1RTJA 1MU2A 2GUIA 3SYZA 4OKEA 4B9MA 1Q8IA 1JXEA 4OGCA 2IDOA 3QEWA 1RTHA 1VSDA 4I2PA 4NYNA 5SZTA 4OGEA 4DS4A 1EX4A 4Z4EA 4CHPA 3S9HA 2RF2A 3VQAA 3AVLA 3LP2A 4W5OA 4JS5A 1YVUA 3DLBA 4FZYA 2WONA 1WSJA 4CK2A 3K5LA 4J2BA 1GOBA 4FJKA 4Z4GA 2LSNA 1TKXA 3NFAA 4ELTA 1DTQA 3AO4A 3NGZA 3S3OA 4FJ9A 3LAMA 4KRFA 3SUQA 1J9AA 4ZTFA 4IFYA 2VG6A 4CGIA 3NH0A 1S1TA 1RBTA 1VSKA 1RBRA 1MSZA 1JLFA 3PUFA 1RNHA 4RW8A 1TGOA 3ALYA 4DFJA 5J2MA 1WLJA 3HYFA 3M8QA 3L2UA 3QEPA 4CECA 3HPGA 1QSLA 4AILC 2FBYA 3V9ZA 3RRHA 3VQEA 1ASVA 3HT3A 3LAKA 1TK0A 4I9QA 4DU1A 1KCFA 3ZSZA 2PYJA 2P5GA 1HQEA 3HVTA 1CXQA 4B9SA 2KTQA 3T19A 1VSEA 1B9DA 1LWEA 2KFNA 3WNHA 3DRRA 2HHSA 3NCIA 1RDAA 3OYNA 1R0AA 3AA4A 4AHUA 4R5PA 1HQUA 4TSXA 4B9NA 3L3VA 2KZZA 3IAYA 3BGRA 3U6FA 4OPJA 4CEBA 4KTQA 4HUGA 3GKUA 1KLMA 1CLQA 5I3UA 1WAJA 3FFIA 2HHQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FFMA 3OYCA 3BZCA 3P5JA 5SWMA 3HPHA 2P2RA 4O4GA 3I8BA 4A5BA 4O5FA 3ATUA 4B9VA 3BDPA 3ZX0A 4WALA 4IDHA 1HPZA 4CHNA 4KTZA 3LWMA 2P9PA 2HHWA 3OBWA 2ASPA 3A5NC 3T7ZA 4JHDA 2HHHK 3T1HH 4NXNH 1B92A 4KAZA 3MWPA 5JMVA 3MX5A 4DSIA 1YF5L 1HNXH 3JSMA 4C8LA 4KHSA 4PL8A 4BRCA 4LF6H 1XHXA 4JV5H 5C15A 2GV9A 2RPIA 4CJ4A 2G8VA 5EXWA 3OTOH 3DLLL 1I94K 1E4GT 2NRHA 4C1NK 3V4IA 5IT9O 1EC6A 4KFBA 4KHPH 4FLTA 2OZMA 4N76A 5KGWA 3DM2A 3MEEA 2ZJRL 4H4OA 4RCHA 3I33A 3OJUA 3H1QA 3P39A 2O8CB 1X4MA 1T6DA 2BE2A 3JAMO 3IG1A 4BGAA 1RT4A 3MN6A 4PWDA 1TKDA 4FK4A 4F2SA 3CCQN 1WSIA 3AO3A 4BR5A 1T05A 2F96A 3HOTA 1BU6O 2X78A 4WYBA 3SPZA 1VQ9N 1NK4A 4BA1I 2W41A 3J7YP 3RSEB 3WXIA 3LDQA 2Q3SA 4O55A 4Y1CA 2DTUA 2NRXA 1G99A 4Z0UA 3T1HK 4NXNK 1UAXA 3I0SA 3MDQA 1UOCA 4CEFA 3SUNA 3ASMA 1SKSA 1N34K 4G9ZA 3ZSQA 4LF6K 2OYQA 4JV5K 1ZBUA 3MK6A 3CC4N 1A5XA 3C6UA 3OTOK 5TKYA 1RBVA 4HHTA 4OVLA 3WEEA 3MX2A 4LF5K 4KHPK 3TAPA 1RBSA 4E7JA 2PFUA 4WFAL 4O0IA 3K5NA 3O3GA 2BL5A 3O5BA 4CGFA 4BRAA 5FLXW 4J8FA 4YOTA 2I7PA 4HCCA 3QNNA 1X9SA 1YT3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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