2A5XA

Crystal structure of a cross-linked actin dimer
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
370
structure length
342
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title The crystal structure of a cross-linked actin dimer suggests a detailed molecular interface in F-actin
pubmed doi rcsb
total genus 119
structure length 342
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2a5xA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2a5xA03
2ZWHA 4HTLA 4BRKA 3A5MC 4WQ5A 2A3ZA 1SZ2A 3ENOA 3AAQA 3ATUA 3DJCA 3O80A 3CJ9A 3WQTA 3QFPA 3DXKB 1BU6O 5EOYA 3B8AX 3J8AA 4AM6A 1TYQB 4EFHA 4Y0WA 3H1VX 4EHTA 3BEXA 4FWSA 4FWNA 4JHDA 4WQ4C 1GLLO 4FWOA 4IXCA 1NLVA 2CH5A 3SMPA 4WQ4A 5I9EB 5LJWA 3HTVA 5AQUA 3H46O 3HM8A 5AFUH 2VCPA 2Q0UA 4H5VA 3VF6A 4O8KA 3W3DA 3R8EA 4FWLA 3KZBA 5KQ8A 3DXKA 2PBDA 1BA1A 2YJFA 1MWMA 5BRDA 3O4WA 2F9WA 1TYQA 1ZXOA 3UKRB 4CZKA 3CQXA 1TUYA 2E2QA 4E1JA 4BR9A 4FOEA 3W0LA 1KXPA 4FWMA 4CZMA 5F0XA 4H0VB 3VF2A 1DKGD 4BG8A 3VGMA 4BC4A 4JN4A 4QS7A 2YCHA 4B1XB 1HLUA 3D2EB 2HF4A 4DHYA 3VEZA 3R9PA 1XC3A 2P9PA 3VOVA 4RWTA 4JD2B 4H0XB 2YHWA 5FPNA 4BQZA 4PKIA 4B1UB 3VEVA 4IJAA 4FPAA 4BRAA 4A61A 2E20A 3LL3A 4H0OA 1WOQA 4DB3A 1G99A 3F9MA 4BRLA 2D4WA 4BVPA 2ZGZA 4B9QA 4ISEA 1Q18A 2YI1A 3CJ7A 1E4GT 3FE1A 3WQUA 4CBWA 4CZHA 3M3ZA 5LY3A 3O5BA 3SLCA 3EKUA 4FOIA 4JNEA 5JMVA 3O1BA 3D2FB 3CHWA 3D2EA 4F9OA 2IVPA 2BUPA 3FLCO 4JD2A 4B1WB 1K8KB 3VGLA 3VETA 4IWVA 1BO5O 3VEYA 3L6QA 3CQYA 3H6EA 1JCEA 1YXQA 1HPMA 5AQWA 3S41A 4BQLA 4CJ7A 2EWSA 3O8MA 4PKGA 3A5NC 3EO3A 1Z6RA 3U9ZA 5AQOA 4GNIA 3IDHA 3FZLA 1LCUA 3CIPA 2D0OA 2PAVA 3ZX2A 3CJCA 3D2FA 3BF3A 4BRGA 5AZIA 3ZX0A 1H1VA 2W40A 5AQMA 3GL1A 5TKYA 1K8KA 1QQNA 1TUUA 1HX1A 2ITMA 1ATRA 4CZJA 3QBWA 1NGAA 1QZ6A 4BR5A 2E2OA 3DWLA 4XH1A 2QXLA 2P9NB 3A0IX 5BN8A 1E4FT 2Q36A 2QWQA 5BREA 2D0PA 3BUZB 1HJOA 4JHDB 1CZAN 3WXJA 5KPZA 1RGIA 3ATVA 4MLEA 2FF6A 5EX5A 1NGGA 1NM1A 4CD3A 3WUHA 1ESVA 5EY4A 1GLJO 2P9KB 3FZHA 1GLBG 2Q0RA 5AQZA 1NGCA 2V52B 5BRHA 1QHAA 2P9NA 1DEJA 4BGBA 5AQHA 1BOTO 2E1ZA 2VYPA 1WUAA 4NO7A 2Q2RA 4PKHA 3RSEA 3A5OC 2FLOA 2E2PA 4EAHD 1QQMA 1C0FA 1YUWA 4XEIA 5AQTA 2ASMA 2E1YA 1NMDA 3WXLA 1KAYA 1V4TA 1KAXA 3C7NA 2V51B 2P9KA 5JICA 3I33A 2P9PB 4PL7A 5AR0A 2V7YA 4H5RA 4CZLA 2NRHA 3H3NO 4QS8A 3VEWA 3U4LA 2Q31A 3FFKB 3TPQA 2QWPA 3HZ6A 4BR2A 1S3XA 4LC9B 4H03B 1NWKA 5AQRA 1MWKA 1BA0A 1IJJA 4H5NA 4RCHA 5JLHA 2NZTA 3QDKA 2A42A 3H1QA 2ASPA 1Z05A 2QW9A 1HKGA 5AQIA 2QWLA 2BTFA 5KPTA 1ZBSA 2FSJA 2A5XA 3A5LC 4FPBA 5AQSA 1BUPA 4MO4A 4H5WA 2E88A 3EN9A 4B1ZA 5FPEA 3CETA 1RFQA 1XQSC 5KQDA 2A41A 3P4IA 4BC3A 1V4SA 2GTDA 2D1KA 4ISFA 4EIAA 3UE5A 1HKBA 1X3MA 4K25A 5E84A 4O5FA 4BR4A 3LDQA 5AQKA 5AQJA 4IZ9A 5AZIB 3VEXA 2GWKA 3I8BA 1NGHA 1YVNA 4BR7A 3FZKA 5EVZA 4CD1A 5AFUA 3GOIA 1JCFA 4FWPA 5ADXH 5AQNA 2NLXA 4ISGA 4BRNA 1SAZA 4A2AA 2CGKA 1T44A 4YDUC 3GE1A 5JLFA 2AP1A 1SQKA 1U2VA 4YDUA 4IJNA 3UKUB 3ZEUB 5F1XA 2FXUA 3HSCA 3L0QA 4K43A 3MDQA 2DPNA 3DXMA 5CE3A 3FZFA 1BG3A 1KAZA 1X9JA 1Y64A 3IUCA 2ZGYA 3QFUA 1T6CA 4BREA 4J8FA 3VERA 4FWRA 3WXIA 1MA9B 2Q1NA 3HBTA 1NBWA 5AQPA 3ULEB 4DQ8A 3UKUA 2WUSA 3FZMA 3ZEUA 3WEEA 3RSEB 3TU5A 3MK6A 2IVNA 5AQVA 2UYTA 2FSNA 3CJBA 3QMLA 1GLEG 1XUPO 5FPMA 5F2RA 2H3GX 3A8YA 3WT0A 3VPZA 3IMXA 3CI5A 2V7ZA 2A6AA 1RDWX 3C7NB 3FGUA 4M63C 1YAGA 3O1WA 5LJVA 3MMVA 4AM7A 1GLFO 3VENA 5AQGA 4FL9A 4BGAA 1NGJA 2IVOA 3ULEA 4BRPA 5AQYA 3GBTA 3JS6A 4H0PA 4KBOA 3SK3A 3VESA 4BRQA 4Z94A 2GEMA 4I6MB 3O6WA 4WQ5C 4B1YB 1U6ZA 3D7EO 4MLHA 3QB0A 3AY9A 2A40A 3ENHA 3EKSA 3KHYA 4A2BA 1EQYA 4K42A 3ID8A 3IFRA 4CZEA 1NGBA 1GLCG 2AA4A 2HOEA 2QWNA 3VGKA 2P9SA 1OKJA 4BVOA 1HKCA 3LDLA 1T6DA 4I6MA 2YHYA 1J6ZA 1LOTB 3AAPA 3LM2A 4FO0A 3SMSA 5BR9A 3QICA 3VF4A 2QWMA 2QM1A 2E2NA 4XH5A 4EHUA 2CGJA 4XH4A 3MCPA 3QBXA 4BR0A 3VEOA 1QQOA 2FF3B 3JXUA 2HMPA 3MN7A 1DGKN 2I7NA 5E26A 3MN6A 2Q97A 3LDNA 2P9LB 4CZFA 3HI0A 4WYBA 2YHXA 3ZX3A 4BRMA 1U2VB 1BDGA 2F9TA 3R6MA 4HWIA 3BP8A 1X3NA 4CZGA 5BPMA 3DXMB 5AQLA 5AQXA 1C0GA 2OANA 3C0BA 3UKRA 5EXWA 2CH6A 4JAXA 4H0TB 4M7XA 3DAWA 4GY2B 2P9LA 3SJHA 4BRFA 2GUPA 4H0YB 2I7PA 4K41A 3M6GA 2FSKA 3G25A 5AQQA 3U9DA 3CERA 4BRIA 3WEEB 3L4IA 2W41A 1MDUB 1NGEA 1R59O 2IIRA 5BPLA 4H5TA 3ZETB 5B8HA 2P9IB 4BC5A 1HUXA 1NGFA 3H45C 4A62A 4CBUA 4BG9A 4DCHA 4PL8A 4FWQA 5BPNA 3AARA 1ATSA 4C23A 4QS9A 3LM9A 2QWOA 4BROA 2J4RA 1D4XA 1NGIA 3UB5A 1GLAG 3OHRA 3EZWA 5FPDA 2E8AA 4FSVA 1S22A 4B1VA 4M7YA 5AZJB 4CI6A 1ZC6A 2P9UB 3KVGA 2ASOA 2ZF5O 4FWKA 3U8XA 3LDPA 3LDOA 3FR0A 3ZETA 2GELA 4IO8A 2P9IA 1P8ZA 3MN5A 3GDQA 2CGLA 3O08A 4BRCA 1GLDG 3M1FA 1JCGA 4BC2A 1NGDA 4L3QA 4CBXA 2HF3A 1BWFO 4NB4A 4RTFD 5KPRA 2YJEA 3BF1A 4MO5A 2GWJA 5AZJA 5AQFA 5ELZA 3GG4A 3H3OB 2P9UA 2VWBA 5ADXA 4BRDA 5BRFA 2QWRA 4CZIA 1ATNA 1IG8A 1QZ5A 2KHOA 3EL2A 2P9SB 3CJ1A 5BN9A 4BRHA 3WXKA 3CJAA 3MN9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A5MC 4GVEA 3MECA 3ENOA 4WFBL 4JI1K 3CJ9A 2WONA 3LP2A 4I9LA 1WSHA 1NJZA 2HMIA 5FLXO 3B8AX 1XWLA 3J8AA 2RHKA 3KK2A 3MX5A 3EE9A 4JHDA 3NCIA 4IXCA 4FWOA 2G8WA 1GOAA 4YHHK 4JI7K 4HUEA 3AA3A 4C8OA 2ZJRL 4QAGA 4W5RA 5M1PA 3IRXA 4AILC 1HNXK 5JS1A 1BIUA 4FWLA 3KZBA 3WNEA 3KK3A 3G4SN 4CEEA 3DXKA 3OYAA 3QEPA 2YJFA 1IBKK 1Z26A 3O4WA 1ZXOA 4FZYA 2E2QA 3DM2A 4CGJA 1HYZA 4YNQA 2VQFK 3W0LA 1ITGA 3AA4A 1DT9A 4IFEA 1RT7A 4KHQA 3G10A 4H0VB 3VF2A 4DSLA 1EXQA 4B1XB 1XNQK 1T03A 3CC2N 2P9PA 5HLFA 2YHWA 2NRXA 2RF2A 5IT9O 4B1UB 1RBVA 3VEVA 4B9VA 1TAUA 4IJAA 3V9UA 4PY5A 3HPGA 3F73A 3LL3A 1A5WA 4FLZA 3VMFB 4E7JA 4BVPA 4KH4A 3CJ7A 3HVRA 1E4GT 4FVUA 3M3ZA 4KHSA 1YT3A 1XHXA 3NF6A 4JLHA 5JMVA 3Q7BA 4ILJA 4E72A 1KLMA 3VQBA 1C1CA 3R3LA 4DTNA 1VQ8N 1LWCA 4DV2K 1M90O 1BO5O 5AQWA 4BQLA 3LDSA 4PKGA 4DWIA 3G6EN 3ZSYA 3V81A 1RT5A 3LPUA 1BCOA 4B9TA 5AQOA 4MDBA 4DFJA 1MU2A 1RT1A 2QTDA 1JLBA 2D0OA 2PAVA 3ZX2A 4H4MA 3D2FA 5CZ2A 1VSEA 3ZX0A 1H1VA 1RBRA 3GL1A 4OJRA 2F8SA 3VQDA 4CHYA 4CFDA 3SAGA 1TUUA 2E4LA 4DG1A 3CFRA 1NGAA 3VQ8A 3CXCM 2O4GA 1NKBA 4GV9A 2QXLA 3VTHA 3LWMA 2Q36A 3J7AP 4I7FA 4CJUA 4WFNL 3DOLA 5HP1A 3ATVA 2O8FB 1FW6A 1ZBHA 3C65A 4CD3A 1D9FA 3ZSQA 1TL3A 4CGIA 3B6PA 2RN2A 3HOTA 1GLBG 4FM1A 2VG6A 3E9LA 5BRHA 3PSFA 2P9NA 1DEJA 1NMNA 3E1YA 1N36K 2VG5A 4FYDA 3IKMA 2JWLA 4O44A 3OYGA 3K9KA 3TAQA 2O8EB 3CCVN 2YX6A 4PKHA 3RSEA 3L2VA 5KGWA 4W5NA 4EAHD 1UWBA 3CCQN 4CHNA 1OVYA 1YUWA 1JJ2M 2OPQA 4BE7B 2IGIA 4AHRA 3T7ZA 1NMDA 3OYBA 1KAXA 3C7NA 3I33A 4PL7A 2V7YA 4CZLA 2NRHA 3H3NO 3K59A 4G9ZA 3DRSA 3KWIA 2KKZA 2P51A 4Y1DA 3HZ6A 1S3XA 3LANA 4H03B 2VWJA 4H5NA 5JLHA 2FBVA 2NZTA 2A42A 3MXIA 2G8IA 1Q9YA 2QWLA 2BTFA 3THYA 3PY8A 2A5XA 4FPBA 4JS4A 4MO4A 4B1ZA 5FPEA 3HOSA 1RFQA 5LMUK 1XQSC 5KQDA 4IG0A 3QETA 3P4IA 4JI6K 4DUZK 1XI1A 4FXDA 4Z4GA 4PWDA 1O1WA 1HKBA 3NF8A 4L8RB 4B9LA 1T05A 4BWJA 4DS5A 4KKOA 5C2FA 2GWKA 4CJ4A 3MWTA 5C12A 4DV3K 1QSLA 3O9SA 2XRIA 3QINA 2G8FA 5AQNA 4O55A 2G8VA 2W00A 5C15A 4BRNA 3SJJA 1SAZA 1XMQK 2CGKA 3KKSA 3SAHA 4FLVA 3EEQA 4FLXA 3HM9A 4JI5K 4ID5A 1SQKA 4HUFA 4I2PA 3CF5L 2IS3A 4M41A 4K43A 1QSSA 2QEXN 3HL8A 5CE3A 3AVCA 3HPHA 3NVKA 1RDBA 4Z4HA 1KAZA 3IUCA 3G0ZA 2ZGYA 1T6CA 4BREA 3DI6A 3U3GA 5J2MA 4FK4A 1BHLA 4FWRA 4RG8A 2FBYA 1MA9B 4I9QA 3HBTA 5AQPA 3V9WA 3PX0A 1OVQA 1NOYA 3UKUA 2WUSA 3ZEUA 4AHCA 1BI4B 2IVNA 5AQVA 1E3MA 4FLWA 5DM7L 3CJBA 3QMLA 1GLEG 3T19A 1U4BA 5HRRA 3VTIA 4ID1A 1JLQA 2RPIA 2V7ZA 1UAXA 4CFAA 3KKRA 4XIUA 3KLIA 5AQGA 4J2DA 4BGAA 4ZTFA 2IVOA 4BRPA 4E1MA 1VQPN 5AQYA 1QVFM 3AVKA 4FW1A 3EE8A 2GEMA 4I6MB 4M3WA 4OGEA 4WQ5C 5GIOA 3HXMA 4B1YB 5SWMA 3JAMO 1J5OA 3AY9A 3ENHA 2DTUA 3EKSA 1S1TA 4RW7A 3WNGA 3L2UA 1W9HA 1S6PA 4EZ9A 4JEPA 4CZEA 1CLQA 1QQCA 1LV5A 1NGBA 1GLCG 2QWNA 3NBPA 1XHZA 3K0SA 3PX6A 3AVLA 3J81O 1Q86O 3RR8A 4CCHA 4BVOA 1HKCA 1NOZA 3LDLA 4WCEL 3SBGA 1TKTA 2NRRA 3G71N 3RMBA 1VQ4N 3QICA 4X62K 2YHBA 1RDDA 1U04A 3THVA 1TK5A 1LWEA 2CGJA 4XH4A 2P5GA 4DQQA 4U7BA 2FF3B 3KK1A 4FJGA 3SQ1A 4F2RA 4YOWA 3MN6A 3SI6A 4KAZA 1Z25A 3TANA 4CE9A 3AGKA 1G15A 3OYLA 4YY3K 1JKHA 4OPAA 5DM6L 5T7BA 4F8RA 4CERA 1RT2A 1XC9A 2D5RA 3DOKA 2OTJN 4GV6A 4M3ZA 3QIPA 3C0BA 3HO1A 1KD1O 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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