2ATMA

Crystal structure of the recombinant allergen ves v 2
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
324
structure length
323
Chain Sequence
RVFNIYWNVPTFMCHQYDLYFDEVTNFNIKRNSKDDFQGDKIAIFYDPGEFPALLSLKDGKYKKRNGGVPQEGNITIHLQKFIENLDKIYPNRNFSGIGVIDFERWRPIFRQNWGNMKIHKNFSIDLVRNEHPTWNKKIELEASKRFEKYARFFMEETLKLAKKTRKQADWGYYGYPYCFNMSPNNLVPECDVTAMHENDKMSWLFNNQNVLLPSVYVRQELTPDQRIGLVQGRVKEAVRISNNLKHSPKVLSYWWYVYQDETNTFLTETDVKKTFQEIVINGGDGIIIWGSSSDVNSLSKCKRLQDYLLTVLGPIAINVTEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Hyaluronoglucosaminidase
publication title Structure of recombinant Ves v 2 at 2.0 Angstrom resolution: structural analysis of an allergenic hyaluronidase from wasp venom.
pubmed doi rcsb
source organism Vespula vulgaris
total genus 124
structure length 323
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.35: Hyaluronoglucosaminidase.
pdb deposition date 2005-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01630 Glyco_hydro_56 Hyaluronidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2atmA00
1UJPA 3MHGA 5C6MA 5I3JA 5J5RA 1OFRA 4MZ8A 4ZQRA 1WBHA 3M5XA 5FEPA 3W2UA 1WBJA 4YLWA 3TXVA 1VC4A 1V7YA 3WJZA 5J5DA 4ONVA 1O95A 1R30A 2PCQA 5CPMA 3ATYA 4HPJA 1KV5A 1Z42A 2GQ8A 1O94A 4FNSA 2J88A 4KWVA 4CNNA 1W1ZA 4HKPA 1RVGA 1IF2A 1ML1A 2J24A 1A53A 4CQ8A 3CIWA 4JTTA 4Y9AA 5DLCA 3M0ZA 3FYOA 1H63A 2WPBA 2BSLA 1OF8A 4UC5A 1TPH1 2Y88A 7TIMA 5HWMA 1Q6LA 4FNPA 3FIGA 3S5OA 1DHPA 3TC7A 3OIXA 1FCVA 1R47A 1QPNA 1WV2A 1JUKA 4N9EA 3QC3A 4ZMGA 1XCFA 3QSTA 3B06A 4XBKA 1LLZA 2O7SA 3S1VA 1HG3A 2CW6A 4TX9A 3QMTA 1RZMA 5AOUA 4BFAA 2ZRZA 1D9EA 5CZ0A 2GJNA 1AW1A 3E12A 4D2JA 1KM5A 1TYGA 3V1PA 2TMDA 4MOZA 5GVJA 4C1KA 3TNOA 3MI6A 3G3MA 3L65A 3W83A 2C6QA 5E1QA 2NWRA 1VHCA 1EWEA 3NL5A 3DHFA 1H7XA 5K4XA 5LHFA 2W0UA 2H6RA 3U2OA 4O28A 5K9DA 1G4TA 1ME9A 2DP3A 3HPZA 5A5WA 1QNVA 4JX4A 3L5AA 1YTDA 3MO7A 3RMJA 4NX0A 4AF0B 5LGZA 4JTGA 2VFGA 1TTIA 4IMFA 3TCEA 1VCVA 1QO5A 2DU2A 3TV8A 1B4EA 3O07A 5EY5A 5I3IA 4M6VA 1TQJA 2ZA3A 3P8JA 2WNNA 3NXFA 1TIMA 3P8IA 1EA0A 4ZVJA 1N8FA 3W76A 5BNKA 1G67A 4XTIA 5D33A 1Q6RA 1LLWA 5FI8A 3ATZA 3PBUA 2ZZ1A 3GXPA 3LHZA 4IMDA 4QNWA 4ICNA 1IXQA 4OHQA 4WXYA 4BF9A 1TTJA 1BWLA 2Q3OA 4K38A 4LC6A 4N4QA 5DCDA 3CWNA 4PFMA 4Z1AA 1NSJA 5EA9A 2LLEA 5TBOA 2GJLA 3DKLA 3HQ1A 1CI1A 4UMBA 3W7OA 4TMCA 1W5OA 2FDSA 3CIXA 1Z48A 3O8AA 2I1OA 4X22A 3C2OA 4FNTA 1JRBA 4IQLA 4MVAA 4K7YA 4O50A 1SW7A 3KX6A 4UXDA 4O0KA 3VE9A 1H5YA 4HIBA 4PL2A 4BK9A 1O5KA 4E2BA 2X1TA 2Y7FA 3WK1A 2QCLA 5IM51 5D03A 2OJPA 3NL6A 2TPSA 4POCA 3UWVA 3KRZA 1ME8A 2P0OA 4FO4A 3MP3A 1G7UA 3LBMA 2Y70A 5EMUA 2NXHA 1KM2A 3UNDA 1Y0EA 3BW2A 3N73A 2R14A 4JXCA 3B8DA 1EUNA 4FIQA 2FJKA 1GEQA 2VFFA 1YTEA 3W7KA 1LP6A 3TE9A 3ZS4A 3ABSA 2WJZA 1O4UA 4N9BA 1SPQA 4JTSA 3TSBA 4ALDA 4AHOA 1EWDA 3CC1A 3K30A 2QCDB 3EX1A 4AWSA 1OHLA 2ZZ7A 3LRKA 4O1CA 4GUJA 4K6AA 3W1TA 2OCZA 3W2NA 1QPQA 2WNZA 4O12A 1SSDA 4FNQA 4XTDA 3GIYA 3G1AA 1OK4A 3O16A 1S5WA 5HUPA 3UWQA 4CCEA 4WZHA 3AJXA 1W5NA 1JCJA 2QCGA 4LWWA 3ZFHA 1CW2A 4K7VA 1YYAA 3NM3A 1H62A 3HOJA 3HG3A 3OVRA 3DH7A 2ZTJA 3QW3A 2V2CA 3UWWA 5C54A 3USBA 2A5HA 3UPBA 4PC8A 4IXHA 3IEBA 4PA8A 2W6RA 1K8ZA 3C2EA 4XKYA 1VS1A 3W1QA 1LCOA 1ICPA 3QRHA 3VNDA 3M7WA 2DZVA 3S1UA 3VCRA 3S1WA 3R89A 4HT3A 1JQVA 3NR0A 1P1XA 2IQTA 3UZ5A 3TUUA 1FQ0A 1AG1O 3P84A 1KLZA 3NOEA 3MHFA 4OV9A 3RNDA 3M47A 3NDOA 1PE1A 3LCHA 3N2MA 2A6LA 5AC7A 4HHPA 2DZWA 3KFTA 5F1VA 1TPB1 5G2WA 3W23A 5MHBA 1AMKA 2FPYA 4FB7A 1DBTA 2YYUA 3B0PA 2ZBTA 3HGSA 4O4WA 4Y96A 1H7OA 2DJXA 3TW6A 4KKXA 3OHIA 5DBUA 2RFGA 3QSRA 1MSSA 4Z08A 3GX9A 1Q6QA 4GUIA 2V9DA 3P5ZA 1OX5A 1DV7A 4FNRA 3E02A 1SQ7A 2HSAA 1LBMA 2NUYA 4WOQA 6TIMA 4LV4A 1KM0A 4BR1A 3P80A 3TAOA 3B04A 4IWWA 2V0TA 1LRNA 4GBUA 1XC4A 1LYXA 5K9CA 2V81A 3O6DA 3PAJA 3CEPA 1Q3NA 4R7JA 4QITA 1ZENA 5CSSA 2CU0A 5CZJA 1K8YA 2F7FA 4DXVA 4E38A 3P74A 2ABAA 1KV8A 2Q3RA 4NNCA 4PCFA 4I7WA 3IGUA 4ADTA 1OFDA 5F4XA 3FOKA 4BWLC 2Y61A 3FLUA 3LGEA 4IOTA 1AL8A 2C13A 2EHHA 2ZZ6A 1JCMP 4O13A 1LDCA 2H90A 4RXGA 3CHVA 4O19A 4MYAA 5G1YA 3PBWA 1VLIA 2Y7DA 2BTMA 5DXXA 1HTIA 3C61A 1Z41A 1X6UA 1JCLA 2TYSA 3HMJG 3DGRA 4I9AA 4N4PA 1K7XA 4LVGA 5G5IA 3GAKA 5TIMA 2WO5A 4Z0JA 3DU0A 5F1UA 3N9SA 4E0CA 3NVTA 3EX6A 3STGA 1W5MA 4FF7A 4DF0A 1K3UA 3BLEA 1SSGA 3NQ6A 2PE4A 2V5BA 1G4PA 1PHQA 1T8XA 1OABA 4RZ5A 1FWRA 3W74A 3A21A 3C6CA 3IIPA 4H4IA 1KTNA 3VE7A 2J6XA 4UFJA 2J9ZA 1YXCA 3EWZA 4IJBA 2FB2A 1TPDA 3TJLA 2ISSA 3PWAA 1SZEA 3IGSA 2QUUA 2B7OA 1PCKA 3NQVA 4JR5A 4MY8A 4LUJA 1C29A 4UNKA 4HNUA 3HG2A 3JRKA 3LCLA 3OVPA 4JYFA 3PF3A 2QR6A 2QCEA 4K8EA 2NV1A 5DELA 4WJEA 4UR7A 5I3HA 5EKYA 1G69A 3W2JA 3TQKA 1GQNA 4RV8A 4TU1A 4O15A 1IIGA 4AB4A 1VHNA 2OT0A 1I4NA 3PUOA 3ABOA 4MYXA 2GUUA 3BK0A 3P62A 4RCXA 1JCXA 3FYPA 3R5EA 2C16A 5CPLA 3GR8A 3SGZA 1HO4A 3B0UX 4LRTA 3LX9A 3MI2A 1VR6A 4QISA 1GVRA 3UWUA 1FWTA 5FF3A 1BKSA 1TTPA 4LVAA 3G8EA 3T44A 1QDSA 1W56A 2FPVA 1K8XA 4YL2A 1M7PA 2RDWA 5G4WA 4G1KA 5HMSA 1J2WA 3TA6A 1MXSA 3L68A 1OFBA 3CU2A 3C2RA 2E77A 2YXGA 2V2HA 5HQEA 2VEKA 1GTEA 1TCDA 1VCGA 4O17A 4X9SA 3TU9A 1U83A 2YPIA 4LVFA 5D2WA 3L0KA 1GWJA 1RV8A 3L5MA 3DZ1A 4BI6A 3UXAA 1UBSA 1K02A 4PL1A 2A1YA 2EGZA 3NO5A 2XN0A 2RDUA 2X1UA 3GYEA 1HO1A 2JKPA 5BOOA 2A7PA 3A5FA 4NJIA 4DO6A 1VLWA 3W2LA 1FUYA 2FTPA 3L5LA 3FS2A 3O15A 1WXJA 3Q58A 4R33A 3C8FA 4JX6A 3CM4A 3DFSA 3H54A 1YDVA 1YPIA 2C3ZA 3HGRA 4O57A 5HNRA 3W7HA 1KFEA 2HMCA 3S5ZA 2JGQA 4IMEA 4UTWA 5DN1A 1GOXA 3TMLA 3R12A 1K03A 2CZFA 1F5ZA 2NX1A 1JR1A 3A23A 4UTTC 3MI3A 5AHFA 1O60A 2A7RA 4MJZA 3KVMA 1P4CA 3LV6A 4WOZA 2YDAA 4JTHA 3W7MA 4AWTA 3H55A 3DKJA 3LI1A 1MO0A 4IGHA 2E09A 1VZWA 3N14A 4FX8A 4M7TA 3EEGA 4K36A 3CTLA 2A21A 3L2IA 4JTKA 1MEHA 3M44A 3M6YA 4JEQA 4IXXA 4JICA 5AYYA 5KZEA 3EWBX 5G2HA 5H91A 3SI9A 1TSIA 5F2IA 1SO5A 3W7QA 1YXDA 3HPXA 1IGSA 3PULA 3BO9A 2VENA 1QAPA 2ABBA 2B4GA 1P5BA 4OT7A 5LGXA 3QQ1A 1F05A 2QCCA 2Y62A 1EX5A 1XL9A 3M16A 4O14A 4NJHA 3LRMA 5KINA 3O1NA 3BG9A 3C52A 3T4CA 3O63A 3M5ZA 3MYPA 1OVDA 4XKYB 2VELA 3SIZA 1XKYA 3NQFA 2CLKA 4JYDA 2ZRXA 2QJIA 3NAVA 3OVQA 1LTDA 2X1RA 2ZZ5A 2EPHA 1X8FA 4JTLA 2CZDA 3G1XA 3W3OA 3PVFA 3L66A 2DZTA 1VH7A 2B7QA 4UIOA 4YWIA 4NUWA 2J9YA 2C14A 3IVTA 5CKSA 5LNSA 3CB8A 4J9JA 1P0KA 3IVSA 4ML9A 2VFDA 2Y85A 3KVKA 2NV2A 5D30A 1SO3A 3HB9A 1KBJA 4EWND 5AFDA 3OEXA 1XXXA 1QOPA 4LOCA 4ORMA 3TKFA 3LRLA 1TREA 3STEA 5AN7A 5K4ZA 2QCHA 4AXKA 3W7DA 3ZR4A 3A9IA 3O6YX 1JUBA 1KLYA 1SR9A 3Q37A 4KFPA 5FEXA 4UUIA 3G1HA 3C56A 3OG3A 3QQ0A 2G5WA 4NXKA 4WUIA 4IMCA 1OF6A 4AWUA 3IGXA 2VEMA 3NA8A 1TB3A 4ORIA 3QH2A 4A2SA 1LRQA 4Q4KA 4QM1A 4IPJA 1A5AA 2ZA1A 3W70A 3LM7A 4DPQA 4DBEA 3W1UA 4UNLA 3TFXA 1ZCOA 1ZY9A 1A5BA 4O1AA 3TMQA 5D37A 5HWNA 4WY0A 3ABQA 4ZQNA 4TR9A 4ZZ9A 1FDYA 1SW0A 2NWSA 5G1TA 3QPYA 1TV5A 4U28A 4JIPA 2QKFA 1SW3A 4B5NA 1SZNA 4N2YA 4XQ6A 1L6YA 1UUOA 3EXTA 1ZNNA 3FEMA 3G1DA 1F6PA 3PBYA 1KM6A 3YPIA 4NZFA 3KRSA 5C55A 4TMBA 3W86A 3N34A 1VQTA 3PUDA 4NJJA 4WD0A 2ZRYA 3UXDA 3GR7A 4HSOA 3KXQA 5L6UA 1LROA 2GVJA 4LW7A 3LCFA 1K7FA 3MP5A 1R2SA 5IBXA 3Q94A 1NF0A 3NQCA 5SWUA 1TO3A 4LS2A 1YXYA 3TW7A 5AC8A 3N2XA 5AHEA 1I2OA 1OG0A 3PG9A 4BI5A 1D3GA 4JGDA 4OBTA 2EF9A 4S2CA 2H8ZA 2VFHA 3EXSA 6ALDA 3GXTA 1H7RA 1QR7A 3RFAA 4UTMA 2JKEA 1KM3A 1PV8A 1M7OA 1G6CA 1YDNA 1GTHA 5D02A 4HN4A 2WSYA 4IPIA 3GDTA 3CWOX 3I68A 3EX3A 1FY6A 4MLJA 4EF9A 1JRCA 2X30A 1G4EA 1B9BA 2UV8G 3IIXA 5LNRA 2YW3A 1GVFA 3W22A 5LNWA 1OYCA 4RKAA 1FBAA 1XDLA 4A2RA 4M6QA 3PB2A 2E6DA 3GNDA 4UFKA 3A24A 3BW4A 4O52A 3WJWA 3BG3A 1Q45A 2E6YA 3G3DA 3NM1A 3R8RA 4JDBA 3MBFA 4H3DA 2ZTKA 1I2PA 4S2BA 4ADUA 3NQ2A 5DCBA 4K8HA 3VI2A 2AGKA 1GPWA 3MJYA 3S42A 3W1NA 3W1MA 3P81A 2P1FA 5DBTA 3NPVA 2WNQA 3RLVA 3S5NA 1EPXA 2E1DA 3W1AA 3G0SA 2FFCA 4M6PA 3HBLA 1PIIA 5BMXA 4NQ1A 3KVJA 4LRSA 2YR1A 2BLEA 1FWNA 5F2GA 1HFBA 3FFSA 5EPDA 2P10A 5E93A 1TPVA 3HF3A 2PRLA 1RPXA 5LSMA 1H7NA 4XUGA 3BG5A 1R2TA 4OU1A 2F84A 2GOUA 4DELA 3W7JA 1I8JA 4DF1A 4MY9A 4JY8A 3KHJA 3U8GA 2BXVA 4IUOA 3GAYA 5AYZA 2DZXA 4RLIA 4XZ9A 1VCFA 4PEKA 2ZZ2A 3S0CA 1R2RA 1G7VA 1OYAA 1J5TA 1WDWA 5E0KA 3TSDA 1OFAA 2X2GA 3CPRA 3B05A 2CLOA 3BVJA 4Y6GA 2QUVA 3DXIA 1I2RA 5FEZA 1H50A 2WOQA 5EL1A 3W75A 1C9DA 3HO8A 3PC0A 2DJLA 4S1FA 5F4WA 3ZWTA 5HINA 1EUAA 1G4SA 1H60A 3LLFA 1YDOA 2TSYA 4JY9A 5HUOA 4R53A 3LOTA 3M5VA 1H7WA 3KAOA 4UFMA 4O53A 4FX7A 5AHNA 4TIMA 3SJ3A 1KFLA 4JTIA 3W7PA 4OQVA 5FF4A 3UWYA 4ZQCA 5D2VA 2QCNA 4OV4A 3M9YA 4IX2A 3NQDA 2BZNA 4UFIA 2GQ9A 4PTNA 2A85A 3ZWSA 3SECA 2E5CA 1KTCA 3PG8A 4JYEA 1AK5A 3A22A 5DY2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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