2B4JA

Structural basis for the recognition between hiv-1 integrase and ledgf/p75
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
153
structure length
135
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein, recombination
molecule keywords Integrase (IN)
publication title Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and transcriptional coactivator p75
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 135
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2b4jA00
1IG9A 4DU3A 1KVBA 1VSKA 4CHPA 3AO1A 4DSJA 1EKEA 4IKFA 1ASUA 1FKOA 1TGOA 3NH2A 4JS5A 4I9LA 3AVLA 4GMJB 2E6LA 4E1NA 4Y1CA 4DFJA 1L3UA 4FJKA 3A2FA 1DLOA 2X6NA 3HVTA 3ZSXA 2B4JA 3NCIA 1KRPA 4NCBA 5I42A 3OYHA 1YTAA 3V9XA 4DG1A 1VSDA 1NK9A 4FJGA 1JLCA 3VQ6A 3QNNA 3VQ8A 2FBTA 4K8ZA 1RNHA 2I5JA 4FJXA 2A1SA 3LPTA 4CF2A 1EXQA 5KGWA 3HVRA 1TL3A 1TK5A 2PY5A 1LAWA 2X6SA 1UA0A 3VA3A 1Q9XA 3K2PA 3WNFA 3TWHA 4BE2A 4FJIA 3VQPA 4FJHA 2BGGA 1TKTA 1T05A 4AHVA 3K5NA 4KHNA 4UQGA 3LWLA 2KFZA 4M3XA 4JRPA 2WOMA 3HP9A 1RBRA 3KIOA 3V4IA 1RTIA 3AA3A 3NH1A 4OKKA 4DQRA 3E01A 4DU1A 2Y1IA 3QESA 4H4OA 1U4BA 4B9NA 2HHQA 4DFKA 1I39A 4CJVA 3ISNC 4GW6A 4FLTA 2JGUA 2DFFA 2FBYA 4E7IA 4CJWA 1WAJA 3IG1A 1SL1A 4M42A 1ZYQA 1S1WA 1X9WA 5CYMA 2Z1JA 4KI6A 1NKCA 1DTQA 2OPPA 3OYCA 4JRQA 1RDDA 4CEFA 1QSSA 3IAYA 1A5VA 4CHNA 4AHCA 4HCCA 2RF2A 4CGHA 4CJKA 3DLKA 4KHSA 1RDCA 3NH0A 1YTUA 2IS3A 2KQ2A 3HXMA 3U3YA 1QS4A 3C6TA 4CGIA 1SKWA 4HHTA 1KLNA 3OY9A 2P5OA 3O3FA 3LAMA 3M8QA 1WSIA 3LP2A 4CF0A 4XIUA 1S1XA 3ZSQA 2X74A 1RILA 3KJVA 2OA8A 1WSHA 4FJLA 2HNYA 4CE9A 4H8KA 4AHTA 1K6YA 4DWIA 1RT5A 1RBUA 3SUNA 1NK8A 2EX3A 4OPKA 3UIQA 4FXDA 1LW0A 4FM2A 3SV3A 1BHLA 4E7HA 4R5PA 1ASWA 2IAJA 4LD0A 3KD1E 4Z4IA 3JSMA 1Z25A 3DOLA 3QIPA 2IOCA 3O4QA 2Q3SA 1RT7A 4BWMA 3ITHA 4HTUA 1MU2A 3QEXA 4B9VA 4N56A 3OYMA 4HCBA 1WSFA 4M45A 3SQ2A 3ZCMA 1HNIA 1TK0A 3P1GA 4CHQA 3HK2A 4HUFA 4N5SA 2KFNA 4LSLA 1C1AA 5DMRA 3I8DA 2YNFA 1ZBFA 1JLBA 3LAKA 1KLMA 2RN2A 3QNOA 1KCFA 4CGJA 2O4GA 1CLQA 1J53A 3DRPA 1D8YA 3CYMA 4CEBA 3I0SA 4C8MA 1BQMA 4KRFA 1D9DA 5J2NA 3DM2A 2HNZA 1C0TA 1LWFA 3VQQA 1ZBIA 1QHTA 3VQ9A 1B92A 4CJ5A 3CM6A 1BI4A 3AO5A 4DTXA 4AILC 1C1BA 1NK0A 2FBXA 3KLIA 1RTJA 2YHAA 1WSGA 1VSLA 1W9HA 4Y1DA 4O4GA 1BIUA 1VSFA 1BISA 3NGZA 3VQAA 4DTMA 3AVMA 1RDAA 4CF9A 3VQCA 2VWJA 1TAQA 3OJUA 2XO7A 1NK7A 3I0RA 3SQ0A 4LSNA 4J2BA 4KI4A 2Z1GA 3HJFA 1GOCA 3AVNA 3OS2A 2ZQBA 3NGIA 3PY8A 1RTHA 4M3TA 1S9EA 3OVNA 1C0UA 1NOZA 1TVRA 2E4LA 4MQ3A 4CJSA 3KK2A 2HHTA 5CZ2A 4OKEA 3ZSVA 3L3UA 3NGYA 3HSTB 5SWMA 4KTWA 1ASVA 4CIEA 1W0HA 5FROA 4KTQA 1BCOA 2FBVA 2F8SA 1TL1A 3LDSA 3AVFA 4E7JA 1BL3A 2OZMA 3T19A 2HHXA 2XHBA 4CEOA 3WNHA 3MAQA 4YFUA 4FLZA 4IFYA 5HRPA 2LSNA 4ZHRA 2G8HA 4AHUA 2OZSA 4QOZB 2VWKA 4DLGA 5SZTA 3RMAA 1LWCA 3LZJA 2QKBA 3O4NA 2NUBA 3AVCA 3TANA 2XY8A 4FVMA 2KZZA 3AO4A 1R0AA 1GOAA 1RBSA 1VK0A 4DS5A 4CEQA 5EU7A 3D0PA 3F73A 1VRTA 2QKKA 4AHSA 3EYZA 2HHSA 1HYSA 4OKJA 3RR8A 4B9UA 4DQPA 3QEWA 3OJSA 1UAXA 4QAGA 1QSYA 1X9SA 1IKVA 2G8FA 4KHYA 2BDPA 3BGRA 3NAEA 3LP0A 5HRSA 4LH5A 3G10A 4FK0A 1I3AA 2A1RA 4ID1A 5KRTA 3KLFA 3M8SA 1QSLA 1BQNA 1S5JA 2GBZA 3QO9A 4KKOA 3ZT4A 3OS0A 1O1WA 5C25A 4E3SA 3AA4A 2HB5A 1SV5A 4W5QA 2IDOA 3V1QA 4CEAA 4OVLA 4CHZA 3TAPA 3MXJA 2QXFA 4CGGA 3NF6A 3AVHA 2YV0X 2VG6A 1NKBA 4F4KA 1JKHA 2P1JA 3VQ7A 3OYIA 4EZ9A 3H08A 3VQBA 3PX4A 4CCHA 4OGEA 3AA2A 3SQ1A 4FJ5A 1HQEA 3FFIA 4DTRA 4RW6A 4CJUA 4E19A 3V9ZA 3OYNA 4Z4HA 1ZBHA 1IH7A 3PO4A 1X9MA 2BANA 3PUFA 4DLEA 4C8OA 1RT2A 3ZT3A 3QEIA 1S9GA 1KSPA 1HYVA 3TR8A 3TAEA 1C6VA 1A5XA 4FLXA 3OYLA 1Z26A 3EZ5A 4FJ7A 3S3NA 4DSIA 3ZT1A 1TKDA 4QCLA 2XY7A 1T7PA 4CJLA 3SPZA 2HMIA 3QIOA 5FDLA 3K5MA 2D0CA 2F96A 3DYAA 3LALA 4WE1A 2W42A 2KTQA 2HHWA 3OYGA 1NK4A 4IDKA 1VSMA 2DY4A 3LPUA 4FW2A 4IFVA 4I7FA 3QEVA 4BWJA 3IS9A 3MXIA 5T7BA 1Q8IA 4FJJA 3SUPA 4F3TA 4Z4EA 3WNEA 4J2AA 3WNGA 2VG5A 3AVGA 3U6FA 4KREA 3RTVA 4ELUA 1RTDA 5CYQA 2R7YA 3SV4A 1S1UA 1RDBA 3KK3A 1RT3A 3VQEA 2ATQA 4HUGA 1J54A 1HQUA 4CEDA 5DK5A 3P5JA 3U3GA 3T3FA 1VRUA 3V9UA 4ELVA 1EX4A 1LW2A 3HP6A 4Z0UA 2KZMA 4O5BA 3NDKA 5I3UA 4KV8A 4CK3A 4BDYA 1HYZA 1S1VA 3THVA 3V1OA 3TARA 1UA1A 4RG8A 1NJYA 3K5LA 1WNSA 4B08A 3L2RA 4N41A 4IBNA 1IKWA 2X78A 4CJEA 2IC3A 3NHGA 3O3GA 4KTZA 4N76A 1NK5A 2YNIA 1L3TA 4F2SA 3NF9A 4DTJA 4KAZA 3OS1A 1BCMA 2GV9A 3L2UA 4CK1A 3DLGA 4K8XA 5KTQA 4CERA 4DQQA 1FXXA 4W5TA 1WN7A 1B9FA 3V9SA 2Y1JA 3TAQA 1FK9A 1JLFA 4CFCA 1N6QA 1F21A 2P51A 4JS4A 3TAFA 2G8VA 4CF1A 1UWBA 2HNDA 1T8EA 5E41A 1JLQA 3ASMA 5J2MA 1XHXA 2YNGA 3KLGA 3AO2A 4CHYA 2ZE2A 3AVJA 1XWLA 3ZSZA 2Z1IA 3PX0A 1KFSA 4FJ8A 1J9AA 3L3VA 4ID5A 4KHQA 2OYQA 4Z4CA 1U48A 3TAGA 4CEEA 3QLHA 4OPJA 3TABA 3PX6A 5C42A 2D5RA 4CESA 4NYNA 4DFMA 2DTUA 3S9HA 3C6UA 3DRSA 4DFPA 3ZSRA 5C24A 2HVIA 1U45A 4FYDA 3K59A 4J2EA 1L5UA 1TK8A 4G1QA 1NJWA 1WAFA 2EHGA 4W5OA 4LY7A 1C0MA 2DFHA 3HL8A 4AHRA 3OYBA 2WONA 1NKEA 3MEGA 1KFDA 3NF7A 3LP1A 5FRMA 4RW8A 4CIFA 1S6PA 5HROA 3VQ5A 1Q9YA 3RMCA 3LP3A 3PO5A 4B8CA 3C94A 2HHVA 3AV9A 3MEEA 2OPQA 2RPIA 4MFBA 1JL2A 1YT3A 3NF8A 3IRXA 1HNVA 1Y97A 3RWUA 1D9FA 4OLAA 4DSEA 1JLGA 3HM9A 3K58A 4B9LA 1RT6A 4RW9A 1EETA 4FJNA 4BACA 4H4MA 2ITGA 3RRHA 3SZ2A 3SUQA 4F2RA 4E89A 4DTPA 4EP4A 2ZD1A 3OYEA 1GOBA 1S6QA 1JLEA 2RKIA 1X1PA 1SL2A 1XHZA 1SKRA 2HW3A 1B9DA 3LZIA 4Z4FA 1JLAA 3K5OA 4PA1A 2JLEA 1VSJA 4NYFA 4CHOA 1WLJA 4O0JA 4DQIA 5CY4A 3ZT0A 1QTMA 4KHWA 3HT3A 1EP4A 2XRIA 5HRNA 5K14A 3HO1A 1TKZA 1JXEA 2YHBA 3VA0A 3ZT2A 1KVCA 3KTQA 2VG7A 4AH9A 2G8IA 4I2PA 2PYLA 3T1AA 3VQ4A 3DLHA 1CZ9A 4DTNA 3V6DA 3SCXA 4FZYA 4PY5A 1YVUA 4M3UA 4DU4A 1SKSA 3OYFA 4LH4A 1WSEA 3AO3A 1XI1A 4YNQA 3ALYA 1TKXA 3OYDA 3DRRA 4BDZA 3DLBA 1NJXA 2AJQA 3NE6A 4IG3A 2PZSA 3S3MA 4B8AB 4NCGA 4M3ZA 2QK9A 3AVKA 4M3WA 3CFRA 4CJQA 3QETA 2YNHA 3DLEA 3DI6A 4FLYA 4HVJA 1U49A 4L8RB 4FLWA 2HHUA 2DFEA 2OPSA 4ICLA 5HP1A 4O55A 3V1RA 3AA5X 3V9WA 4FM1A 4CGFA 3EY1A 3C95A 4OJRA 4DMNA 4E7KA 1VSEA 2YKMA 3KKSA 3CM5A 4B9TA 4E7LA 1CXQA 1RBVA 2XY6A 1IKXA 4ZTJA 4C8LA 1SUQA 1WSJA 3JYTA 4FW1A 3AVIA 3ZSOA 1RT4A 3MECA 4RW4A 3CQ8A 3SJJA 4EZ6A 2BE2A 3DMJA 4FK4A 1ITGA 4FM0A 5D3GA 4C8NA 1UOCA 4JLHA 4Z4GA 3M8PA 3MEDA 2B5JA 5FRNA 1NOYA 4HUEA 4Q5VA 5HLFA 1A5WA 4CFDA 3L8BA 1BGXT 2IGIA 4CJFA 4DF4A 3KD5E 1NJZA 3QEPA 1TAUA 4KHUA 3ULDA 3HPHA 4FJ9A 1JXBA 4B9SA 1HPZA 4B3OA 1JL1A 2YKNA 3QINA 4PQUA 1ZBUA 4BE0A 4N47A 1LAVA 1IO2A 4CJTA 4EP5A 4ELTA 4GVMA 4FJMA 4J2DA 3RRGA 2KW4A 4DS4A 4FK2A 4CGDA 1RCHA 3HPGA 1T03A 3RR7A 3L2VA 3QERA 2D0BA 4KPYA 3SI6A 3O3HA 4CF8A 1VSIA 4CJRA 4M3YA 3L2QA 4O44A 2HVHA 3LANA 4BDPA 3P83D 3AVBA 1S1TA 3TI0A 2D0AA 1QQCA 3NFAA 3PV8A 3VQDA 3HPOA 4DQSA 1RT1A 1HMVA 4DTOA 1IKYA 1L3VA 3OYJA 2O4IA 4M41A 4IG0A 1REVA 1HJRA 3DLRA 3ZSWA 2Z1HA 4KB0A 3BDPA 4NCAA 3B6PA 5CZ1A 3SQ4A 1XC9A 4DSLA 4DTSA 1KVAA 4DTUA 1HRHA 4OGCA 3TAMA 4CIGA 4I2QA 4M3RA 5KRSA 1LV5A 2G8KA 3NBPA 2P5GA 4FLUA 1BIZA 3K57A 4KB1A 3DOKA 2E6MA 3M8RA 4CFAA 3V81A 4KFBA 1ZBLA 1N5YA 3OYKA 4W5RA 3SPYA 4FZZA 3ZSYA 4F3OA 3SYZA 4C8KA 2F8TA 5JS1A 3AVAA 4FZXC 1NK6A 2G8UA 4E1MA 4Q0BA 4F8RA 4DSKA 1U04A 5HBMA 4CK2A 4CFBA 3VN5A 3CG7A 5J1EA 3S3OA 1L3SA 1J5OA 4OLBA 3OYAA 1CZBA 4W5NA 5KI6A 5KGXA 3B6OA 1BI4B 1DTTA 4O0IA 4B9MA 3LWMA 1LWEA 4CEZA 4DSFA 5J2PA 3L2WA 2PYJA 4PUOA 4CJPA 4I9QA 4DF8A 3KK1A 1CXUA 3KLEA 1C1CA 3SNNA 2B6AA 4FCYA 5JS2A 4PWDA 1U47A 4KO0A 5HRRA 1TV6A 1VSHA 2G8WA 3SUOA 3CFOA 1G15A 1RBTA 2OPRA 3RMDA 3MXMA 4ZTFA 1KTQA 4RW7A 1FKPA 3HYFA 3RMBA 2FC0A 3F9KA 2GUIA 4E0DA 3KLHA 5J2QA 4CJ3A 4FLVA 2ETJA 1D5AA 3CFPA 3G0ZA 3KKRA 1SL0A 4BE1A 1QE1A 3D45A 4TSXA 4CJ4A 4CECA 2XY5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZLJA 3UKUB 4DU3A 3K9KA 1SS6A 3E1YA 4U67L 3K9JA 1OH7A 2HSTA 1ASUA 1TGOA 4MDAA 4IWVA 3QFUA 3HVTA 1N36K 3FFKB 5I42A 1W97L 3V9XA 4DG1A 5DM6L 4FJXA 1RNHA 2I5JA 2A1SA 2E2QA 1VQON 3CCEN 4JYAK 1TL3A 5F0XA 3VA3A 4YOWA 3K2PA 3WNFA 2BGGA 4FJHA 1TKTA 2V51B 5AQVA 3K5NA 1T05A 4UQGA 4EFHA 3LWLA 4M3XA 3HP9A 1HNXK 4GVEA 3V4IA 1RTIA 3E9LA 4DQRA 4B9NA 2HHQA 3QESA 1RGIA 3TTCA 4B3RK 4ILGB 5AQXA 2P9SA 1X9WA 3O8MA 4GY2B 3VEXA 4JRQA 4JK7A 1A5VA 2FLOA 4CHNA 2NRRA 4H5NA 3DLKA 1BWFO 3HXMA 3VGLA 3P38A 3M8QA 4DUZK 2P9SB 3DXMA 4FJLA 3EZWA 1TYQB 3CETA 4IOAL 2GELA 1LW0A 5GAEP 1BHLA 2P9NA 4BRPA 3JSMA 3O4QA 1RT7A 2Q97A 3ITHA 5BN9A 1MU2A 3QEXA 4B9VA 1WSFA 4M45A 3SQ2A 2QWLA 1XNQK 3P1GA 4N5SA 3THYB 1JJ2M 4A2AA 3ID6A 3LAKA 2RN2A 4NXMK 3QBXA 4K42A 1KCFA 2QWPA 1DKGD 1CLQA 2P9NB 5AFUH 1NGGA 1U2VA 3QFPA 5J2NA 5TKYA 3VQQA 1ZBIA 1J6ZA 3GG4A 4RCHA 4OPHA 3VQ9A 3CM6A 2ZF5O 2Q36A 2YHXA 4H03B 2FBXA 1RTJA 2AP1A 4DR4K 4Y1DA 1T6DA 1VSFA 5AQPA 2QI2A 5AQGA 4CF9A 3VQCA 2VWJA 4JI4K 4FO0A 4J2BA 4LSNA 1HR0K 3NGIA 4M3TA 1RTHA 3MX5A 4BR5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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