The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
GAMPSKLALIQELPDRIQTAVEAAMGMSYQDAPNNVRRDLDNLHACLNKAKLTVGRMVTSLLEKPSVVAYLEGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| molecule keywords |
B2 protein
|
| publication title |
The structure of the flock house virus B2 protein, a viral suppressor of RNA interference, shows a novel mode of double-stranded RNA recognition.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Flock house virus
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| total genus |
25
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| structure length |
74
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| sequence length |
74
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | ESAT-6-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ZBH A; 3HR0 A; 2AZ0 A; 3TXQ A; 4ABM A; 4I0X A; 4GZR B; 1WA8 B; 3G80 A; 2VS0 A; 4LWS A; 2KG7 A; 3TXS A; 2B9Z A; 3GWK C; 3GVM A; 3FD9 A; 3Q4H B; 2VRZ A; 3FAV B; 2DE0 X; 1WA8 A; 2AZ2 A; 4I0X B; 3OGI B; 3O9O A; 4LWS B; 2KG7 B; 3Q4H A; 3FAV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XNR O; 2LJ2 A; 3RN4 A; 4OGQ B; 2ZXW C; 4FVM A; 5L3D A; 3D36 A; 1EM1 A; 3K5L A; 1KYO F; 4TWK A; 4JI3 O; 4UXN A; 2NN4 A; 2P4K A; 1GM8 A; 3JAS A; 2E5L B; 3B77 A; 1KP2 A; 2ITD C; 2Q7H A; 3SPG A; 3SJB C; 3JCZ A; 4CH3 A; 1UPG A; 3A0H Z; 1US6 A; 5KHJ A; 4GKJ B; 1H2K A; 5JH7 B; 4G2K A; 1K3E A; 1E1Q G; 1N34 O; 3EHB B; 3RYI A; 4WBN A; 4PDL A; 3ZHR A; 1S72 V; 4Q6G A; 2QR4 A; 4TQD A; 1XL4 A; 5J2U A; 1OJH A; 3IFX A; 1SQP H; 2YUA A; 1DF5 A; 1XEQ A; 1L0N H; 2CTR A; 2W6I G; 3AG3 B; 4ZBM A; 4MTO A; 4LF9 B; 1QR8 A; 3VQV A; 1WP7 A; 4DR7 O; 1H2S B; 2KB1 A; 2HFE C; 1XHZ A; 1ZTE A; 2WLI A; 5C93 A; 1RSO B; 3E83 A; 4K0K O; 3KCX A; 1K5S A; 2LW7 A; 3RYH A; 3VQX A; 1UFI A; 2W6J G; 4WFA V; 3CSX A; 4YJ2 B; 4LC1 A; 3WG7 C; 4TV9 B; 3LDE A; 2IW5 A; 3JAW A; 5J2T A; 4DR4 B; 3K04 A; 3MAQ A; 1WA8 A; 4XDL A; 3ZMV A; 5H2F Z; 4X66 B; 2HEP A; 3CC4 V; 2VQF O; 2OT5 A; 2QA4 V; 2BOB C; 2PYL A; 2JIZ G; 1XMQ B; 1I7F A; 1MA1 A; 1KUQ A; 1BE3 H; 2VS0 A; 4F6R A; 1R73 A; 1WLE A; 1FS0 G; 4EFE A; 3APQ A; 4I9Q A; 4CZZ A; 4BR6 A; 1N0N A; 2DOS A; 2UXN A; 3ZMS A; 2EIM B; 3D36 C; 1Q43 A; 3VQY A; 4P9O A; 4DRX B; 1XOU A; 1CPY A; 1BQZ A; 1RPR A; 4PDM A; 1Q6U A; 1ZL8 A; 4KXR A; 1KD1 W; 5B1B C; 3K06 A; 1ZUQ A; 2H3O A; 5DM6 V; 4LF8 O; 4KHP O; 1WN7 A; 3MDS A; 4DV2 O; 4E4E A; 1QQC A; 1X4T A; 4DR6 B; 1NTM H; 3DSQ A; 2N74 A; 4EFB A; 1PNK A; 3U0Z A; 4LFB O; 4UCV A; 4JV5 B; 1W59 A; 2ZCE A; 2F1M A; 2UXX A; 3BAB A; 1NTK H; 4X1Y A; 4GKK B; 2AZ0 A; 2GBO A; 3B09 A; 4DV1 O; 2EJR A; 1ZLZ A; 3FKS G; 2P67 A; 1UJW B; 3OM3 B; 2UUA B; 5BY1 A; 2QWR B; 3Q4H B; 3OMI B; 5KMG B; 2JGU A; 2AXT Z; 3T1H O; 1K4D C; 3W7W A; 4FMT A; 4QJF B; 5CA3 A; 3CPW U; 2PGG A; 2JJ2 G; 1OCC C; 3G4S V; 2DMX A; 2RDC A; 4MTG A; 5DED A; 4OPH A; 4CC6 A; 4IIJ B; 2B9Z A; 4B3M B; 5DN6 G; 1IBM O; 3K5M A; 4QE9 A; 4UCO A; 5CA0 B; 3LSQ A; 1SQX H; 1PNM A; 4I55 A; 5BR8 O; 1H2L A; 1FFX B; 5IYZ A; 2JEU A; 1GTO A; 2XOK G; 4MVO A; 3ZRX A; 1AI7 A; 4O4J A; 4WFB V; 1RP3 B; 3E8B A; 5IY5 B; 3M7M X; 3H01 A; 5BXZ A; 2FTK A; 2A7W A; 1PL4 A; 2EZP A; 2QWO B; 4EB6 A; 3ZHU A; 3VQW A; 4CS4 A; 1COW G; 2PI4 A; 2CH7 A; 4MT8 A; 4NXN B; 3OEH G; 1O9G A; 4DR3 O; 3RYC B; 1U96 A; 1AB3 A; 1QLE B; 3CWB H; 1NH2 D; 1R1B A; 3I56 V; 2EUL A; 1QBZ A; 1AI5 A; 1BHA A; 1NTZ H; 2ATK C; 3VBB A; 1J95 A; 1M9N A; 5LOV A; 2E74 B; 3K0D A; 5K1P A; 3OE7 G; 4QPK A; 3P3P A; 3P30 A; 3OUS A; 2DYR B; 4D7T A; 4U3J A; 3CCU V; 3K08 A; 1FXV A; 5L3C A; 1HNX B; 5B5E Z; 5KHH A; 4JZ2 A; 3S3W A; 3P3N A; 2AGA A; 4PA7 A; 1XMO B; 3CYO A; 2CK3 G; 5HFM A; 4DV5 B; 2XAF A; 1VQ8 V; 1LR1 A; 3ABL C; 5JH7 A; 1KEC A; 4RO2 A; 2L6L A; 3SJQ C; 3DC6 A; 1GM9 A; 4HZ3 A; 2P6J A; 4GUN A; 3F7Y C; 5E79 Z; 1M4U A; 4N21 A; 3T1C A; 2RMK B; 1Y76 A; 2HJF C; 1OCZ C; 1Y6X A; 4RWU A; 1AR4 A; 2Y69 C; 2HVJ C; 4X62 B; 1THZ A; 3ASO B; 4DV0 B; 3ZRS A; 3K59 A; 5GTI Z; 4UUJ C; 1IXM A; 2XAS A; 3RWR D; 3N2K A; 2FML A; 3BCC H; 4X20 A; 5LMN O; 4JI2 B; 2ZDI A; 3UQ8 A; 1N33 O; 2XAH A; 4GZR B; 5KUM A; 1D5A A; 2Q4P A; 1SQQ H; 3M99 B; 3JD1 A; 1E79 G; 3T4D A; 2OWO A; 1HW7 A; 2F4V B; 2P06 A; 4UFZ A; 4O2B B; 3ZMU A; 4YJ2 A; 4LF5 O; 1YIJ V; 4AQY O; 3ETD A; 3T1Y B; 3FB8 C; 5LHI A; 4TV9 A; 2ZR3 A; 2VQE B; 3AG4 B; 3O65 A; 2DYS B; 1L8D A; 2M7W A; 1Y74 B; 2CE4 A; 2HJD A; 3BA9 A; 1YVW A; 4KP4 A; 2P5O A; 4PA9 A; 3FYI B; 1R3J C; 2QKC A; 4HYO A; 1K33 A; 4DV4 B; 1F4N A; 1V9P A; 3A2F A; 4QGP A; 3OW2 U; 4JI4 B; 4AIL C; 4CC5 A; 2AHZ A; 3ASN B; 2UXC O; 3IC9 A; 3KZI Z; 4X1I A; 5LGN A; 3HPL C; 2YXY A; 2X0L A; 1EFR G; 4FLV A; 1IBK B; 2PI5 A; 1NZ6 A; 1S0V A; 4NB5 A; 2Y48 A; 3JAR A; 1DTO A; 3L71 H; 4X64 B; 4J10 A; 3AG1 B; 2JDI G; 1MSD A; 3CME V; 4OXS A; 2CDY A; 3FD9 A; 4FPP A; 4FFK A; 1TGO A; 2XHB A; 4YXW G; 3SPJ A; 5EBM C; 4AI8 A; 4JI6 B; 5IE9 A; 1PD3 A; 2EIN B; 2K9P A; 4DUZ B; 2Y4T A; 3ZMT A; 4H13 B; 5EYP B; 2CTP A; 3MHS C; 4DV3 B; 2UU9 B; 4AHC A; 3CP1 A; 4LH6 A; 4JI0 O; 5KX5 B; 3OEE G; 2HHH O; 3CJH B; 3TGU H; 3RGB A; 4ZOL B; 1VF5 B; 4PHZ A; 3G6E V; 1ROP A; 2QTS A; 3UO2 A; 2DQ0 A; 2YIB A; 5B1A B; 3B40 A; 4B3T O; 5KMG A; 1VQ9 V; 2Y0P A; 3ICX A; 4J41 A; 1VP7 A; 2OYQ A; 2UUC B; 1SET A; 1W0J G; 4H44 B; 5FPR A; 3ZHS A; 2DWE C; 1WPX A; 3SR2 C; 2ZDI C; 3JAL B; 4PI2 A; 4GX2 A; 2BSK B; 2A0L A; 2X6C A; 2IJI A; 2NNU A; 4BWA A; 4IIJ A; 4D6T H; 2JVD A; 2LP7 A; 2E5L O; 2Q0O C; 4RUE A; 4X65 B; 3B8M A; 1KB9 F; 2VWK A; 2EIJ B; 3APO A; 4JZG A; 3HKC B; 5H6Q A; 4GKJ O; 1JX9 A; 1OZ0 A; 5CA0 A; 4UB6 Z; 3ZMZ A; 3E22 B; 1FFX A; 2QJ1 A; 4U7N A; 1PL0 A; 4TQF A; 4RUF A; 1BL8 A; 3HKE B; 4XBF A; 2Y0I A; 1YCI A; 4O2A B; 1AJP A; 1NVP B; 4KUM A; 1ZWI C; 2LGQ A; 4FK5 C; 4I4T B; 3G67 A; 2ODM A; 2EIM C; 3EFF K; 4E2L A; 5CA1 B; 4PA6 A; 1WP8 A; 3HKD A; 1DGS A; 3RYC A; 2EIL B; 1SER A; 4DV6 B; 3JD0 A; 4Z2W A; 2LGW A; 1EN4 A; 4CH6 A; 4YY3 B; 3QO5 A; 4Q20 A; 3D3I A; 5LMU B; 3OMN B; 1CXZ B; 4TT3 G; 5KHK A; 2IJK A; 2ILM A; 2YS8 A; 2OCC B; 2XT9 A; 4BW5 A; 3F5T A; 2ARH A; 2Q69 A; 1M5I A; 4LFC B; 3LSU A; 1B04 A; 2H8P C; 3FB5 C; 2YIA A; 4LWS B; 4PV1 B; 4DR4 O; 1Q90 D; 1QCE A; 3JSL A; 1P84 F; 2IJH A; 4X66 O; 1SQB H; 1WB8 A; 2BCC H; 3EXA A; 3K5N A; 2Z5U A; 3ABK B; 1XRE A; 3GVM A; 4ZHQ B; 1S3J A; 5KUK A; 1S5L Z; 1XMQ O; 5C8Y B; 5H5N A; 2RN9 A; 1EN5 A; 5KLV H; 1HNW B; 4XDK A; 4PEL A; 3H1K H; 3ETQ A; 2EJ7 A; 5JWP A; 5LP6 B; 1K9M W; 3CMA V; 3KKY A; 5FNV B; 2P4V A; 4JI5 B; 2PF4 E; 1H2G A; 4OX9 B; 1OHH G; 2B1I A; 3JAM N; 3FB6 C; 3K3W A; 4ASU G; 5ITZ B; 3B2E E; 4XDJ A; 3DGE A; 4DR6 O; 1N36 B; 3TXQ A; 4JYY A; 1MG1 A; 5H9C A; 5IY5 C; 4YJ3 B; 4JV5 O; 2YID A; 4L87 A; 5LGU A; 1VQM V; 3A0R A; 3CCV V; 4GKK O; 1GN3 A; 4DK1 A; 1JFF B; 1WJZ A; 4YHH B; 2UUA O; 1P7B A; 3CC2 V; 2WAM A; 5E1A C; 1QLE C; 3CX5 F; 1BHB A; 4A5U B; 3CCS V; 3CD6 V; 4RQF A; 3F5W C; 2G38 A; 5J9P C; 2WLK A; 1Y74 A; 5B1O A; 4ZI7 B; 1FXK A; 3AG2 C; 3EVK A; 2B5U A; 3JYC A; 4Z1M G; 2A06 H; 4O4L B; 4FM1 A; 1LNQ A; 4B3M O; 3P32 A; 4DYL A; 4FLU A; 1QVG U; 1DLB A; 1PPJ H; 4GX1 A; 3X2Q B; 1JVM A; 5BZB A; 2KQX A; 4HAM A; 2ZIN A; 4IT5 A; 4LBE C; 1SA0 A; 2DW4 A; 4P2Z A; 1ARO P; 1M56 C; 3ABT A; 5LHG A; 3U10 A; 4B3R B; 3U11 A; 3OD4 A; 2QKS A; 1A32 A; 1IX9 A; 3QNE A; 5JQG B; 1VQ7 V; 2ITC C; 2OTJ V; 5LXT B; 1TVK B; 3AK1 A; 1QNM A; 3N27 A; 2L35 A; 1TAE A; 3SPH A; 4WFE A; 4NXN O; 5D5Q A; 5EYP A; 1GRJ A; 3BAA A; 1SZT A; 4JI8 B; 4JAA A; 4UB8 Z; 2QTO A; 3CCL V; 5B66 Z; 5LYJ B; 3CJH A; 4ZOL A; 1RPO A; 4JTA B; 1ORQ C; 1G6U A; 3ASO C; 2V1D A; 1H8E G; 1BCC H; 1OCO B; 5IYC O; 3DXR B; 3SYO A; 3JSN A; 4BW9 A; 5JJN B; 5EC2 C; 1KBH A; 2CTQ A; 3UM7 A; 1HR0 B; 5CN0 A; 4EKW A; 3OGC C; 2PTM A; 4PDV A; 4I0X B; 3PN1 A; 4IGG A; 1HNX O; 2BSK A; 1VQ6 V; 2Z3Y A; 2KKW A; 3E2E A; 2EIK B; 3HKB A; 1QHT A; 1JMK C; 1K73 W; 1EZJ A; 1XMO O; 1Q81 W; 3E86 A; 4DV5 O; 5JVD A; 4HBN A; 2IM9 A; 1Y66 A; 1FJG B; 1YTF B; 3AG4 C; 1ENV A; 4G27 B; 1MMM A; 1YXB A; 1JA8 A; 1GH6 A; 3E22 A; 2GHY A; 4WFH A; 1XUQ A; 1FXK C; 2B1G A; 4N23 A; 4CS2 A; 2JS3 A; 4DK0 A; 5CMU A; 1M93 A; 3HKE A; 1I94 B; 2O57 A; 2IH3 C; 4U7O A; 2UXD B; 3CCQ V; 1YSC A; 2DWD C; 5B3S B; 3ASN C; 3SDL A; 1N8R W; 1XDC A; 5IWA B; 3SJC C; 1KKD A; 3K03 A; 4MVU A; 3RW0 A; 3OFN G; 3OTO B; 4I4T A; 1E1R G; 3WB2 A; 4DV0 O; 1NT2 B; 3QG5 A; 3AG1 C; 4PJ0 Z; 2ZE5 A; 1Q6H A; 3FFQ A; 5GON B; 3THO A; 3LDC A; 2A9H A; 4HNA A; 3C3T A; 1G8M A; 1PKX A; 4BIU A; 1FAF A; 4JI2 O; 1CP9 A; 4MVM A; 3FAV B; 1YI2 V; 2YC0 A; 2F43 G; 1VQO V; 2OCH A; 1Q5O A; 2F4V O; 1O9H A; 4J11 A; 4JYA B; 2YI9 A; 3LUT B; 4IYH A; 3E89 A; 5EIB C; 1LUW A; 4UCR A; 2VQE O; 4ABM A; 3W7X A; 3B4S A; 2YI8 A; 4LWS A; 3ABM B; 1WPB A; 2EX3 A; 2N04 A; 3LNM B; 3CHX A; 5EK0 A; 2HG5 C; 4PD4 F; 3JCU Z; 4DV7 B; 5B1A C; 3K9A A; 4WFG A; 4X1K B; 2HR3 A; 3CRC A; 4JI4 O; 3ZIA G; 5C8Y A; 2GV9 A; 4KL1 A; 4O4I B; 1EBO A; 1T5E A; 1IBK O; 2OTL V; 2CGN A; 1Z2G A; 2R9A A; 3J81 N; 5L3B A; 4IHJ B; 4X64 O; 3UT5 B; 4LR3 A; 1BS3 A; 3IC7 A; 3VOU A; 1YJ9 V; 3F7V C; 2WLL B; 4I50 B; 2ZE8 A; 3ZX6 A; 1S76 D; 3I5D A; 2WLH A; 3CRM A; 2EIJ C; 2UUB B; 1JPX A; 1I5X A; 3RT3 C; 4BAY A; 1LUV A; 3L74 H; 1GK9 A; 2LW1 A; 5ITZ A; 4JI6 O; 5LA6 B; 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2PY5 A; 3LSS A; 3Q4H A; 1YF2 A; 3MD0 A; 4FLW A; 2MK3 A; 1HNZ B; 4BIZ A; 4LF7 B; 4LFC O; 4I0X A; 1AI4 A; 4P30 A; 4DO2 A; 3SYP A; 3NXS A; 2GTS A; 5TIS Z; 5LMN B; 3JD4 A; 1NR1 A; 1D5N A; 4FLZ A; 1XNQ B; 1I08 A; 4TOI A; 2JRI A; 4DUY B; 1IZ3 A; 4JF3 A; 1VMG A; 3OMA B; 4DW1 A; 4JI7 B; 2ZQM A; 2FKX A; 1H38 A; 4K8Z A; 1VQN V; 3ZHV A; 4J9Y B; 1W0K G; 3BPZ A; 2CGO A; 1V55 B; 1HNW O; 1Q6I A; 3NR7 A; 2HVK C; 1YJN V; 1U97 A; 3IJ4 A; 2RJZ A; 3E8F A; 5L3E A; 1SC5 B; 2DN9 A; 1Q86 W; 1SKV A; 4TUY B; 4JI5 O; 2F23 A; 3I55 V; 4OX9 O; 2ZE7 A; 3HR0 A; 2R9R B; 1B3Q A; 4H0L B; 4GYC B; 2HP8 A; 1S5J A; 5GON A; 1YHQ V; 2PYJ A; 4J9Z B; 2QM4 A; 1N36 O; 3LDD A; 4LF9 O; 1OV9 A; 2XAQ A; 3H1H H; 4X9Q A; 5IYZ B; 4QE7 A; 2QWN B; 2UXB B; 1OCR B; 2DJV A; 2Y4U A; 4MVS A; 1BSM A; 5A2Q N; 2W0F C; 3CEI A; 3FAV A; 5CBF A; 1HWY A; 1G4Y B; 4O4H B; 3GB7 C; 4YHH O; 4W4L A; 1AR1 B; 1GN2 A; 3KCY A; 4DXW A; 3T2M A; 2IU3 A; 3L72 H; 3SPC A; 4GT1 A; 1KU9 A; 3JD2 A; 2JGD B; 4JTD B; 1WNS A; 1KC8 W; 4JI1 B; 1VIB A; 2IBZ H; 2Q9L A; 4MSW C; 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