2CBIA

Structure of the clostridium perfringens nagj family 84 glycoside hydrolase, a homologue of human o-glcnacase
Total Genus 234
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HYALURONIDASE
publication title Structural insights into the mechanism and inhibition of eukaryotic O-GlcNAc hydrolysis.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 234
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2cbiA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2cbiA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2cbiA01
4AISA 1HXJA 3U7BA 2J8FA 1CBGA 1W2VA 1HVQA 2WMJA 1NP2A 1JYNA 3WDJA 4EAMA 3BGAA 1W9UA 4F66A 5E09A 1UWIA 4V2XA 1WCGA 2A3EA 2VOTA 4MAVA 2XFFA 3VD3A 3AJ7A 3SIMA 1CECA 5GPRA 3IJ8A 4U2YA 3I3EA 3AMDA 5D9NA 2BY3A 3NIYA 5C8BB 1P6WA 3WENA 1A47A 4A3YA 3PZNA 1PIGA 2VT0A 3MV11 2J62A 5CG0A 1GVIA 4CD8A 5AYBA 1X6NA 4CGTA 4IUGA 3PZQA 1XCWA 1E4IA 1ISZA 4RL3A 4AMCA 1CYGA 1OGBA 3W4RA 5DEZA 1SYTA 3OLGA 4OZOA 4GZJA 1GUVA 1B3ZA 3GBEA 1ITXA 2B31A 3II1A 2VCAA 2VO5A 4ATDA 3BAYA 4QDMA 1B31A 1EH9A 4W87A 2WMFA 3BSGA 3N12A 1MW3A 3VIFA 3NSNA 2GSJA 4FF5A 2CIPA 2E40A 5FKYA 4MB4A 3EDKA 4UFHA 5EMYA 3WEZA 2CPUA 4GKLA 2XM2A 1RP9A 5CSUA 1VJZA 3QOMA 1W32A 4HP5A 3VD4A 1DWGM 3BLPX 4HZ6A 1E15A 2J75A 2WANA 4MAZA 3WF2A 1VRXA 1MWOA 4NRRA 2GDVA 1B0IA 3MO4A 1UD3A 1CXKA 1OIFA 3L4TA 3K46A 4ZENA 3RPMA 5DF0A 2YDRA 1E1FA 4U33A 1JF6A 3U7VA 3KEHA 1RH9A 4AZHA 3QHNA 4MDOA 5A8QA 2VL4A 2PBOA 3SCUA 1GOMA 4OOZA 6A3HA 1MVYA 1VAHA 4W5UA 5JUVA 1LJYA 2BY2A 5I79A 1FP9A 2XVNA 2V38A 4M56A 4XZWA 1XSKA 1E6QM 1BFNA 1GVYA 3M7SA 3POHA 2WYSA 4Z2LA 4MB1A 4W84A 1O6IA 1HJXA 1JZ8A 4JHOA 2QMKA 2UY4A 4FLRA 5ABHA 1J01A 4CKQA 1CXEA 2WMHA 3I3BA 4GPNA 4LYQA 1C7SA 2JALA 2W5FA 2W92A 4GZEA 2FGZA 3UG5A 3T0DA 1ODZA 2WSKA 3BC9A 2VCBA 4H04A 3TTOA 1UR9A 5GNYA 1NQ6A 4AIOA 4D6CA 3WKZA 2DT3A 3W0KA 1F4AA 3BMWA 2CYGA 3WQ6A 4UOJA 3VMPA 3UESA 1XYFA 1UKSA 2XVGA 1JDCA 3WD0A 3WELA 1ZBVA 1G94A 1EO5A 2GK1B 3FHAA 4PUDA 1MFUA 3MMUA 2W91A 3GDBA 3N9KA 4CD4A 2WHKA 3WDQA 4BQ4A 2D1ZA 1UR4A 1V6VA 4Z2JA 1J0YA 1D2KA 2YBUA 3ARWA 1QNPA 4PSPA 5AC4A 1WP6A 5HDRA 5M5DA 4AD0A 3F5KA 1ZB5A 4UFMA 1TVNA 1W9VA 1JFHA 1R7AA 4QLJA 1FFQA 2OYLA 2G3NA 2QHAA 1UA7A 2DT2A 1LF1A 3FAWA 4M1RA 3UG4A 1Q4NX 2X05A 1LL6A 3TP4A 3OB8A 1CDGA 2WHMA 1WE5A 3IANA 4PMYA 4HPHA 3PTQA 4MNJA 1UR1A 1MXGA 4AZBA 1GORA 2WVVB 1B1YA 3GNRA 3SCQA 1WDPA 3EDFA 1J9YA 1OCQA 2V3GA 3WD4A 3W26A 3CZEA 2X2YA 4U31A 1SFSA 5BYWA 3WNLA 2WCGA 2ZXAA 3OBAA 1XYZA 4M24A 3OLIA 4U3AA 4TOQA 1YHTA 4F79A 3N1AA 1QBAA 2BS9A 3PTMA 1VFUA 5A6BD 3T08A 4J7RA 1CWYA 1JFXA 3F5JA 1C92A 1H0IA 1QI4A 5HOSA 4EANA 3CUJA 4KWUA 4QCFA 2XPKA 4CU6A 3PZIA 4CCEA 2WKGA 5CLWA 2D22A 1MYRA 3BLKA 3FNDA 3VO0A 5DMYA 4GI6A 3MUZ1 3VNYA 1J12A 4IISA 1DEDA 1JGIA 2YLLA 2CBVA 2XIBA 2YA1A 1KCKA 2WZHA 1EGZA 4OKDA 3W6MA 5A1AA 2CXGA 3W6LA 3W28A 1ISXA 1CGWA 3CZLA 5E6ZA 3CUGA 1CLXA 4AD5A 4B9YA 3MS8A 3W24A 3WFZA 3WNKA 1WDRA 1VFMA 5CJ5A 3OGRA 4W8BA 2VC9A 1CGVA 3SCWA 2EO7A 2XVKA 4NRSA 1V0KA 1BG9A 3EDDA 1V08A 1JDAA 3VGHA 3VIKA 3ZT7A 2ZX8A 4HMDA 4PUEA 2A3AA 2BXYA 4JFTA 2VX4A 5I0DA 4JFUA 2BHZA 1JD9A 1E0VA 1BVNP 4B9ZA 1JI2A 4ZXLA 4K68A 3KL0A 1V0MA 2BHYA 3O9NA 2QLYA 3L2LA 1ZJAA 4PEEA 5LYRA 1V3IA 3T0AA 4DM1A 3KL5A 2YIHA 3NUKA 3GXDA 1CPUA 2G8ZA 3F5LA 1QHPA 4HPGA 2YL9A 2FHFA 2DEPA 4XZBA 5F7UA 4UFLA 1LQ0A 2J7HA 1GQKA 3VDHA 4PMQA 2AAAA 4ZXOA 3BCDA 3AZRA 3PZVA 2VJXA 2J7CA 3A4WA 2J7BA 5JIWA 1BGGA 1TA3B 2EEXA 4OBSA 4W89A 3WEOA 2ZICA 4URIA 1JZ6A 5BROA 1D7FA 1QI0A 4X0NA 3VM5A 1UH3A 1GOWA 3WQ8A 5FCZA 3PTKA 2OYMA 4GI9A 1TE1A 4TVUA 1UKQA 1JZ4A 5I23A 3AZSA 1UHVA 5FD0A 2GVYA 3BMVA 1Z32X 3CZGA 3VUPA 3OIHA 1WDSA 1UWUA 2RGMA 5D8ZA 1TFVA 3S6TA 4W86A 2D0HA 4JCMA 2YA2A 4WJXA 3MMWA 3AHXA 3WMBA 4JAWA 5JIPA 4MJ4A 4V27A 4J27A 3HMCA 4UR9A 3QHOA 1HVXA 1FA2A 4MDPA 5A3HA 2BV9A 3AIEA 1V6UA 5A95A 1W3KA 2GFTA 1GOKA 4JZ5A 4AD2A 1JXJA 5IXEA 3W38A 2WVSA 1CZ1A 2ZX5A 4AZGA 3AXIA 4J3WA 3J7HA 5BRPA 3AIQA 1XRVA 4W85A 4DWSD 5DO8A 1B9ZA 1CGXA 1H3GA 1KXHA 4AY1A 1HL9A 1JL8A 2CITA 3VMNA 1BHGA 4M82A 1PZ2A 1QW9A 1UD4A 1OD8A 3ARQA 4W88A 3NSMA 2G3IA 2WW5A 5BXRA 4GINA 3FAXA 4LX4A 4ZEPA 2WKLA 3NYDA 4CN1A 7A3HA 1H11A 3THCA 2A3BA 5EB8A 3PZ9A 2PWGA 2NT0A 4TX6A 2WB5A 1W3JA 1CXIA 5GNXA 1J0ZA 2E8YA 2EPNA 1GNXA 3PZGA 3OLDA 2BY0A 1NWTA 2VR4A 1QW8A 1HKJA 3MSDA 4AIUA 3MSGA 4AD1A 3RJYA 3BAIA 2ZWZA 2CHNA 2NW0A 2Y5EA 2VX7A 2DSZA 1CGYA 6CGTA 1B30A 3VIPA 2DPEA 3AXHA 4YN5A 1E4NA 4H41A 2ZUTA 2WK2A 2QPUA 2WHLA 4MNKA 3HU7A 1EOKA 2YA0A 1UZ1A 5CSYA 1J10A 1BYDA 2PWHA 3WNNA 5BXSA 1EQPA 1RD6A 2WAGA 1XH2A 2VQTA 3GM8A 4WIWA 2O92A 3AFBA 1NWUA 1H09A 3B8SA 3CUIA 4W7UA 1V6WA 3B9AA 1VJSA 1ZU8A 3GH4A 4AC1X 1EHNA 2WZEA 1FH8A 1G0CA 2J77A 3AMLA 4Z2GA 3WD3A 4ZE4A 3VGFA 4WKFA 4Z2IA 2JFEX 5A6LA 1NP0A 5D9PA 1HJQA 3L4ZA 4DWSB 1UA3A 4JFSA 3AZTA 4OOUA 1V3KA 1HJWA 3VU2A 3N18A 1XSIA 1HKIA 2BY1A 2WVUA 1Q6GA 2C7FA 2JEPA 4F9JA 2WC7A 1VIWA 1EOMA 3AIUA 4GQQA 4PTVA 4PTMA 2G4FA 1LLOA 2ZUNA 2QF8A 3M46A 5GQBA 2XWEA 2XWDA 2JIWA 5IDIA 4AEFA 3RILA 3ZJ8A 4LGXA 1TVPA 4AZ6A 4HTYA 5CPTA 1CLVA 5HPOA 1JD7A 3ARUA 2JE8A 4HZ7A 5CXPA 3TONA 1WZMA 1G9HA 2Z1SA 1KGUA 1J0HA 5IFPA 2ZXQA 1BQCA 3OA5A 4MB3A 4NZCA 4GXPA 1WZLA 1ZJBA 2D0FA 2IUZA 2Y2WA 2ZUVA 4CN4A 4B16A 2CBUA 4D1JA 4CD6A 1HNYA 4H2CA 3VOCA 1UWTA 3U5UA 2W67A 3VIMA 1CXLA 4BZYA 4PMZA 3WUGA 1RP8A 1WKYA 1GHRA 3DECA 2O9PA 3WH8A 3LPPA 5CPSA 2ZUWA 2WLZA 3WBAA 2YKKA 1D3CA 1XGZA 1J18A 2EPLX 1HN1A 1UR8A 4D71A 2JF7A 3T09A 4P7QA 4RE3A 3EDEA 1GCYA 2OYKA 5ABFA 4AW7A 3GXFA 3O6AA 3UR7A 3MUAA 2O9RA 3HN3A 3ZM8A 1UOKA 4UOZA 2OWWA 3VIOA 1E55A 1HL8A 2XYLA 1KB3A 3WDPP 1R86A 2IXVA 3SCVA 2E9BA 5CZKA 2WCSA 5DFAA 3PZMA 3TTSA 1V3HA 2JF6A 4B3KA 1R7OA 3THDA 3VNZA 2VRKA 1E72M 1E6XM 1YQ2A 1KGWA 3RO8A 3ZJ7A 3SCSA 2RGLA 3CUFA 1OWQA 3W82A 4HA4A 3VILA 3W27A 1AQMA 2J47A 4W8LA 4BQ5A 2V3FA 4CU8A 1FH9A 3JUGA 2F2HA 4HA1A 2ZXBA 2XFYA 3VDAA 4BA0A 5BCAA 1V0NA 3NCOA 3L4XA 1EDQA 4GO8A 2E9MA 1NM9A 3NSXA 2XGBA 1ZS2A 2VRQA 2XFRA 1CXHA 1UYQA 4YHGA 5A69A 3NJ3A 1QNQA 3ZMRA 1OGSA 4J28A 2CEQA 1SMAA 1UH4A 2ESCA 4P8XA 1UWQA 4PMOA 3CZJA 3WNOA 2G3JA 3FHQA 4PTWA 3AROA 1BLIA 2EPOA 3K4DA 5E70A 1NWRA 3QHMA 3AI0A 2E3ZA 2BVDA 2Y8VA 5A6AA 2WC3A 4TTGA 1WZKA 2XVLA 2VCCA 4P7LA 2EPMX 2G3MA 4R5EA 5E9AA 1GQIA 3CBWA 1UQYA 2YDQA 1E5NA 1FHDA 4R27A 4ZE5A 2DSKA 2D0GA 2CESA 2E4TA 1V0LA 2D23A 5I3DA 3GXIA 1ISWA 5CPQA 4D6GA 2OSYA 3RMEA 1WZAA 4H8UA 1W3LA 1LL4A 2WBGA 3WH5A 3VD5A 1OGGA 4L4OA 1HP5A 4NI3A 3ZT6A 4J3XA 5ABEA 3W53A 1QHOA 5I2UA 4UZUA 4D6IA 2JEQA 1W1TA 4UFKA 4DWSC 4QLLA 4C7FA 5FL1A 4ATWA 2DIEA 1HJVA 1Q6CA 2V3EA 3ARVA 3VDBA 1Q6FA 2FDMA 5I5RA 1UWSA 1X6LA 2GJRA 1ZBWA 4V28A 2Z1KA 4W93A 5IHRA 3BSHA 4WK9A 5C71A 3AS1A 1UD5A 2WXDM 5KZ6A 4PBGA 1WO2A 4XV0A 3ZT5A 1LL7A 3WNMA 5A8MA 4N42A 1XD0A 3GNOA 1DWAM 1B2YA 1PBGA 2XHYA 4PCSA 2ZE0A 1JZ2A 3IK2A 2Q8XA 3WF0A 2OWCA 1SMDA 1UKOA 3BCFA 4D6EA 4ML4A 1VEOA 3VX0A 1XC6A 3D3AA 3ZR6A 1VFOA 1XD1A 3IJ7A 5D8WA 4HOZA 3AMKA 2O9OA 4IM4A 3M07A 5M3WA 3ZIZA 3QR3A 3U5YA 4EKJA 4QLKA 3OLEA 4E8DA 2GJXA 3G6MA 3WEMA 2CBJA 1DWJM 3L4UA 1HF6A 2WCAA 3ARTA 3VIJA 5EBAA 5E0CA 1K9DA 3ZR5A 1JNDA 3MKKA 3WL0A 1BF2A 1DWFM 2WSPA 1KBKA 1GOOA 2JIEA 2WMIA 5DT7A 4W7WA 3EBVA 4MADA 1QOXA 2VZOA 2XJ7A 3SCRA 3AIVA 1K6AA 1E6PA 1DTUA 2V3DA 2XGIA 5FL0A 1UD6A 1I75A 3CIVA 2VURA 3KWXA 2PF0A 4OIFA 3K8KA 1E6NA 2D20A 4J3SA 1KQZA 2WWDA 5AC5A 3AHVA 4MNMA 1UZ4A 3ZQ9A 4M29A 4RE4A 4AEEA 3TTYA 2FGLA 3RM4A 3SCPA 4C90A 1ZBCA 2J25A 4PCTA 1C3FA 2MANA 3FW6A 1IZKA 2G41A 4F9DA 5JBFA 2BXZA 1VF8A 5FOOA 2XSBA 3L4YA 4X0VA 2W4XA 1PZ3A 2W62A 3VD9A 2ZWYA 2PWEA 1UG6A 5CGTA 2PWFA 3VD7A 1TCMA 3BH4A 1QVBA 3W29A 4M81A 1K9FA 1QNOA 1QNRA 2CKSA 2X0HA 3ZJKA 4P7RA 1Q6EA 4WLCA 3WN6A 4RE2A 2XUCA 4J3TA 3AQUA 3SCOA 3AIWA 4AZCB 4HOWA 3CHDA 4F8XA 1JDDA 5A2BA 1OT1A 4A3HA 2ZX9A 4BS0A 3ARZA 1O7AA 5M03A 2DT1A 2J78A 1AQHA 1W1PA 3W37A 5BRQA 1PX4A 3AHZA 3SCTA 3VTRA 1E9LA 3WDIA 4CU7A 4FK9A 3FN9A 1BPLB 2CERA 2YJQA 3BXWA 3WUEA 2XIIA 1UKTA 2VX5A 3U57A 1EXPA 1PJ9A 2VZSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1UPM B;  3CHC A;  1NOW A;  1OAD A;  1UKP A;  1K70 A;  4O1C A;  4JTQ A;  1RA5 A;  4IZG A;  1UAS A;  2R24 A;  2EHO C;  3LPF A;  1MW2 A;  2KND A;  4I9A A;  1E6R A;  1B3V A;  1KTN A;  2WQY A;  4D6H A;  4CXW A;  3DYP A;  3GKA A;  3NQA A;  2C0A A;  1B3X A;  2AGT A;  1XII A;  3G77 A;  3CU2 A;  1WAW A;  2Y8K A;  4JTH A;  3OQ8 A;  1G4P A;  4P5U A;  2E6Y A;  4FA3 A;  3EDJ A;  1W9P A;  3GNX A;  4GE8 A;  1XIM A;  3URB A;  1QRQ A;  3W70 A;  4RNJ A;  4K0U A;  1JAK A;  1KD0 A;  2I56 A;  4LAM A;  3M0H A;  3CAQ A;  4GX8 A;  3W1P A;  3P8C D;  3M3Z B;  1IZJ A;  4JI7 T;  4IL9 A;  3JCF A;  2EBN A;  4ACZ B;  2XAQ B;  2ZZ1 A;  1US2 A;  4UNI A;  4QWN B;  5BRB A;  1W9D M;  4TWF A;  4HPJ A;  3ARS A;  2O9T A;  4UTM A;  3UTK A;  2NVD A;  2E09 A;  3WLR A;  1V7A A;  2Y62 A;  3MAC A;  3B0U X;  3OBK A;  2WZI A;  4D8L A;  1W91 A;  1V02 E;  3ORW A;  5D03 A;  3PUY F;  1KLY A;  3CV2 A;  1LLZ A;  1UR0 A;  2HNH A;  5IUX A;  2E5D A;  1ONE A;  1L6W A;  1PKL A;  4YXD A;  3C0J A;  4JNZ A;  2IUB A;  4AKG A;  3W87 A;  4O8A A;  3VKK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4AIS A;  1HXJ A;  3U7B A;  2J8F A;  1CBG A;  1W2V A;  1HVQ A;  2WMJ A;  1NP2 A;  1JYN A;  3WDJ A;  4EAM A;  3BGA A;  1W9U A;  4F66 A;  5E09 A;  1UWI A;  4V2X A;  1WCG A;  2A3E A;  2VOT A;  4MAV A;  2XFF A;  3VD3 A;  3AJ7 A;  3SIM A;  1CEC A;  5GPR A;  3IJ8 A;  4U2Y A;  3I3E A;  3AMD A;  5D9N A;  2BY3 A;  3NIY A;  5C8B B;  1P6W A;  3WEN A;  1A47 A;  4A3Y A;  3PZN A;  1PIG A;  2VT0 A;  3MV1 1;  2J62 A;  5CG0 A;  1GVI A;  4CD8 A;  5AYB A;  1X6N A;  4CGT A;  4IUG A;  3PZQ A;  1XCW A;  1E4I A;  1ISZ A;  4RL3 A;  4AMC A;  1CYG A;  1OGB A;  3W4R A;  5DEZ A;  1SYT A;  3OLG A;  4OZO A;  4GZJ A;  1GUV A;  1B3Z A;  3GBE A;  1ITX A;  2B31 A;  3II1 A;  2VCA A;  2VO5 A;  4ATD A;  3BAY A;  4QDM A;  1B31 A;  1EH9 A;  4W87 A;  2WMF A;  3BSG A;  3N12 A;  1MW3 A;  3VIF A;  3NSN A;  2GSJ A;  4FF5 A;  2CIP A;  2E40 A;  5FKY A;  4MB4 A;  3EDK A;  4UFH A;  5EMY A;  3WEZ A;  2CPU A;  4GKL A;  2XM2 A;  1RP9 A;  5CSU A;  1VJZ A;  3QOM A;  1W32 A;  4HP5 A;  3VD4 A;  1DWG M;  3BLP X;  4HZ6 A;  1E15 A;  2J75 A;  2WAN A; 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