2CCRA

Structure of beta-1,4-galactanase
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
386
structure length
386
Chain Sequence
GLYVEKVSGLRKDFIKGVDVSSIIALEESGVAFYNESGKKQDIFKTLKEAGVNYVRVRIWNDPYDANGNGYGGGNNDLEKAIQIGKRATANGMKLLADFHYSDFWADPAKQKAPKAWANLNFEDKKTALYQYTKQSLKAMKAAGIDIGMVQVGNETNGGLAGETDWAKMSQLFNAGSQAVRETDSNILVALHFTNPETSGRYAWIAETLHRHHVDYDVFASSYYPFWHGTLKNLTSVLTSVADTYGKKVMVAETSYTYTAEDGDGHGNTAPKNGQTLNNPVTVQGQANAVRDVIQAVSDVGEAGIGVFYWEPAWIPVGPAHRLEKNKALWETYGSGWATSYAAEYDPEDAGKWFGGSAVDNQALFDFKGRPLPSLHVFQYVDTGTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords YVFO
publication title Investigating the Binding of Beta-1,4-Galactan to Bacillus Licheniformis Beta-1,4-Galactanase by Crystallography and Computational Modeling.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus licheniformis
total genus 143
structure length 386
sequence length 386
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date 2006-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07745 Glyco_hydro_53 Glycosyl hydrolase family 53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ccrA00
3AIVA 3ARZA 1D7FA 1EDQA 5LA0A 3AHTA 5HDRA 5A2BA 3HN3A 5EBAA 1D3CA 4H2CA 4A3HA 5FL1A 1UD6A 4M82A 1BFNA 2X05A 1JAEA 1UH3A 3WIJA 2WCAA 1QHOA 3AXIA 2WMIA 1KXVA 5E70A 3WEMA 1UA7A 3L4UA 3QOKA 1XCXA 1AQ0A 3WH6A 2EPKX 4WF7A 4ML4A 4NF7A 2VQTA 3F5LA 4U31A 2Y5EA 4PTXA 1DEDA 3T08A 3VGEA 2Y24A 1ISXA 2VZOA 3CH9A 3RDKA 2Y2WA 1GOIA 1UQZA 4UR9A 4BS0A 4HOZA 1UWIA 4WKHA 2J7CA 3BCFA 2VOTA 1W3HA 3T2QA 1V3JA 2BY0A 4ZE5A 1LG2A 3FY1A 4H8VA 1NWTA 2RGMA 3AMDA 1E0XA 1FA2A 1JZ3A 2CYGA 2E9LA 2WHKA 4TUFA 2D3LA 3L4WA 3CZJA 4W7UA 1OBAA 4URIA 1YQ2A 1VENA 4XZWA 1MQPA 1H49A 1GOOA 4KGLA 5A8OA 1GHRA 1B2YA 2G3IA 3S2CA 3ARSA 1ZB5A 2DQXA 3VDHA 3MMWA 5I79A 3VMPA 2G3NA 2A3EA 3GTNA 1NWRA 4LQ1A 2J8FA 2YBUA 3NCOA 1W32A 1O7AA 4KWUA 4AY1A 3E1F1 1AMYA 1UWQA 1V3KA 3VD3A 3VNZA 2CBJA 3CMGA 1EOKA 4JFVA 1GOMA 1XD0A 1VEPA 1W9XA 1H2JA 4XUYA 2EJ1A 2W5FA 1W3KA 4ATDA 4P7LA 1NP2A 5CXPA 1KGXA 4W8BA 8A3HA 3SEPA 4MNMA 3ZIZA 3WDJA 1WZLA 2WVVA 1FFQA 4ZFMA 5IFTA 1HKKA 2W4XA 3QOMA 2J79A 3AROA 1B3YA 3CHDA 2ZXDA 3A6OA 3BLKA 4F9JA 2WZEA 4W7WA 1DTUA 3K8MA 1JD9A 1WB0A 5A6BA 2VZVA 1ESWA 3AFBA 2XIIA 3CIVA 5BCAA 1MFUA 3BH4A 4MNJA 3AXHA 3N18A 1I75A 5D9MA 1EQCA 2PI6A 4WSKA 1Q6FA 1CPUA 1EDTA 4JL2A 1PEZA 1EGZA 2D0HA 2WCSA 4M1RA 1R8LA 4M56A 3PTQA 3EBVA 1FHDA 2X8RA 4GKLA 1FH9A 5C71A 1O6IA 3FAXA 1M7XA 3LPOA 3NIYA 4ZXOA 4AZ6A 3WFLA 4A4AA 4Z2IA 4AWEA 1XRVA 3NSNA 3KL3A 4ZE4A 5A8PA 5DEZA 2BXYA 3VIIA 3WNKA 1QBBA 1OD8A 1GJWA 1B3WA 3ARWA 1ZU8A 1RD6A 1ZJBA 1JZ2A 2ESCA 3SUVA 5A6JA 5ABHA 2VQUA 3GYCA 4CGTA 2BVYA 1W91A 2QPSA 1UYQA 5D8ZA 2DSZA 4E8DA 1JYNA 5FIPA 3WF2A 2AMGA 1VBRA 1VFUA 3VVGA 4BF7A 1JZ6A 1BF2A 1M53A 4B16A 5JIPA 4W89A 4KMQA 4PUDA 4GPNA 2WVSA 2CBIA 3MV11 1W9DM 1UD2A 2WHJA 3W38A 1G9HA 2OYKA 1E3ZA 4FF5A 1BLIA 3OLDA 4LYPA 2BHZA 1HJVA 1XV8A 1HL8A 1W1TA 1WZAA 3MSDA 1XSJA 4JL1A 5D9PA 2DT2A 2O9PA 3WUGA 3W0KA 3WBAA 3VKKA 2A3CA 2IXUA 3MMUA 1A3HA 3OLGA 3GH4A 4CCCA 3I3EA 4CN1A 4EKJA 2BVDA 2YOCA 2ZXAA 3FAWA 3EYPA 2YL6A 1G0CA 4KH2A 1ODUA 2E8YA 2AAAA 1V6WA 3W81A 1JDAA 3BAJA 2CETA 1OIFA 3AMCA 3ALFA 3VGGA 4HP5A 3EDJA 2G4FA 3DYMA 1E70M 4NRRA 3PN8A 4PN2A 3U7BA 1VJZA 1OT1A 1PIFA 4W8LA 2WVTA 3MO4A 1SMDA 2ZUMA 4DWSB 1UOKA 4UCFA 2C0HA 2VJXA 1EQPA 4D6DA 4ATLA 3U57A 1D2KA 4QCFA 4GQRA 5A8MA 1E3XA 5HBFA 4TTGA 1ITXA 1NH6A 1NWSA 1OGGA 4DM2A 4M80A 2GK1A 3CZLA 1JYXA 2PF0A 2WMGA 1X6LA 2VRJA 5CJ5A 4PCSA 5BXTA 1XYFA 4AD3A 4FLSA 2IXVA 2GDUA 3N13A 1DWFM 5LA2A 5EFDA 1ZBCA 1CYGA 2DPEA 1E55A 4J28A 1NOFA 4P8UA 9CGTA 2XYLA 1NP0A 2JIEA 1MW1A 1VB9A 3W53A 1DHKA 2NSXA 1GZJA 2QMJA 3DYPA 1GQJA 5A8QA 3CZ8A 1MXDA 1HP4A 1BGGA 1BAGA 3BAXA 4DM1A 4AC1X 2WMHA 4RE4A 3WELA 5M3WA 4IISA 2O9OA 2XG9A 2YBTA 3N1AA 3GH7A 4HOXA 1L0PA 1GNXA 2XSBA 2CHNA 2X2YA 4D1IA 4MB3A 3EDKA 5DF0A 2V5CA 1MW0A 3EMQA 5FOOA 5ABGA 1B3XA 3ARTA 1VFOA 4LGXA 3EDFA 1QW9A 2E4TA 3LPPA 4HPGA 4V28A 2XFRA 3NDZA 3ZT5A 4JIEA 4AD4A 1V02A 4U2ZA 1FH8A 2BY2A 3WD3A 4UTFA 3BSGA 4W7VA 1E0VA 1NQ6A 4HOWA 5JIWA 1W9UA 4TVCA 1BVZA 2EBNA 2BVTA 1B30A 2A3HA 2G41A 1R7OA 3W82A 2DH2A 3OB8A 4LPCA 3ZR5A 5ECUA 2PB1A 1V6YA 4LYQA 4P8WA 3WDIA 3A4XA 3WMSA 3SUWA 3W27A 1PBGA 3T09A 1E72M 2D0FA 4MAVA 3UG3A 1JZ4A 1Z32X 3N11A 1SYTA 3ECQA 1JFHA 3TTQA 5A6AA 5HOSA 3LPGA 2Y8VA 1QNQA 4J3WA 1V03A 3D5HA 1E73M 2WVVB 1CGWA 3OGSA 3WF0A 1V0NA 3SCSA 2EPOA 2XUCA 3WN6A 3G6MA 1MW3A 1UKQA 2MANA 2VO5A 1OT2A 3T0BA 1HJWA 1KFWA 1R87A 3MSGA 3MMDA 2BY3A 2WM0A 4QAWA 2UY2A 1M01A 3SUTA 3VIHA 2OSYA 3FNDA 3W37A 1RP9A 3U7VA 1C91A 4X0NA 3WFZA 4CUCA 3IK2A 4PYSA 5EMYA 1C7SA 1RH9A 4GZEA 2A3BA 1HVQA 2FGLA 4JHZA 3VD7A 3TTOA 1UKPA 5GNXA 3SCQA 3KL0A 4AYSA 5LA1A 3MANA 2GJXA 4J3UA 1H5VA 1HX0A 3IANA 3K4DA 3GXMA 3W28A 4WLCA 6TAAA 1BG9A 3BCDA 1B3VA 1W1VA 4CVWA 1JXJA 4L4OA 5KZ6A 1QI3A 1KQZA 2CBUA 3PZNA 2QMKA 1H0GA 1UR2A 2FGZA 2VR4A 2DIEA 4ZENA 4MTVA 3VMNA 2J8GA 1W1YA 1UUQA 3RM4A 3RM9A 1B3ZA 1LJYA 3ZM8A 3BLPX 3N12A 4P8XA 3RIKA 1WAWA 3ZJ8A 4OKDA 2WC3A 3B9AA 3UG5A 4H41A 1V3LA 3AMLA 3APGA 3SCTA 1KQYA 2QHAA 3EDDA 1NARA 1J0IA 1G01A 4OOZA 4P8VA 3DECA 2E3ZA 1CXLA 1Q6CA 3L4YA 1US2A 2X0HA 4UOJA 1GONA 2ZWZA 1WO2A 3OLIA 2VURA 1EHAA 3CHFA 3AI0A 1IZKA 2ZE0A 3WUFA 2EQDA 1WDSA 2Z1SA 1QNSA 3ARQA 1QOXA 1C8XA 4MADA 4J3TA 3QR3A 2ZUNA 1XH0A 4UFIA 3MUY1 2C8NA 1WZKA 1GQLA 4UQCA 4N42A 5EB8A 3SCOA 3UR8A 3CGTA 4E8CA 4J3XA 3WQ5A 1DP0A 3BGAA 4ZEPA 4JAWA 2YA2A 2OLHA 3F4VA 3VGFA 3BAWA 1VRXA 3CHEA 3BAIA 2E9BA 5A1AA 5GNZA 2WW5A 1KBBA 2BS9A 1CXKA 3FHAA 2GVYA 5A69A 4B9ZA 5JUVA 3GM8A 3BXWA 1XYZA 2WC4A 3SCWA 2GK1B 5JBDA 1B9ZA 1UD3A 3PTKA 5DT5A 3THDA 3TOPA 7A3HA 4QP0A 3BMVA 4AXNA 1CBGA 3ARYA 1US3A 3DC0A 1HJUA 4GXPA 2GSJA 3WNPA 1WE5A 4B9YA 2OYLA 3ZQ9A 3DHUA 2WHMA 1FHLA 2J7HA 2YJQA 4AZ7A 3AQUA 5D4YA 2FHCA 2GUYA 4W5UA 2JEPA 2E0PA 2EO7A 2EPNA 2WCGA 5E09A 2W91A 2XVLA 2V3FA 4OJYA 5KEZA 5JBEA 4X0VA 4WJXA 1QHZA 4PTVA 1E40A 1JI2A 2E8ZA 1E0WA 3TA9A 3SCUA 1UKOA 2JF6A 3CHCA 2VUYA 2VX6A 1E6NA 3ZMRA 1BPLB 3SUUA 4C7DA 4NSBA 2YKKA 1PX3A 2VVSA 1WCGA 3L2LA 3KZSA 3WDPP 1CDGA 3MUAA 1MQQA 2UWFA 1IV8A 4JFSA 2BHUA 2ZX9A 5FKYA 4UQAA 1G5AA 3AYRA 5A6LA 4MNLA 1KXTA 1HF6A 3POHA 5C70A 3DHPA 1ISVA 3FN9A 2ZUSA 3WBEA 2G3JA 3WH5A 4UZUA 5IHRA 3O2LA 1LQ0A 2F61A 3WQ4A 4GI6A 5JBFA 1GVYA 4DWSD 3ZJ6A 4KRUA 1KGWA 1MQRA 2XVKA 3PZQA 2VVNA 2XGIA 4E4PA 2HISA 3QHNA 5E6YA 3W26A 4LX4A 3VUPA 2J77A 2YA0A 1B90A 1UD5A 1VFMA 3U5YA 4BQ5A 3CPUA 3ZO9A 1GJUA 4CD7A 4D6GA 3PZOA 1VFFA 4M81A 3WDHA 5BXPA 4AIOA 1QPKA 5LYRA 3F5JA 1BHGA 4CD4A 5DO8A 1CXIA 2VTFA 5C8BB 1DWGM 3L2MA 4U5IA 4D6HA 3U5UA 2JEQA 1J0ZA 2JE8A 2VI0A 4GZIA 3SCNA 1W9VA 2ZWYA 1I1XA 2X1IA 1QI5A 2YDQA 1CGTA 1JAKA 1V6VA 1BYCA 2ZUWA 3PZTA 2B31A 5HPCA 2CKRA 1AQHA 3WF3A 1GORA 2E40A 3M46A 5M5DA 2BV9A 4YHGA 1C8QA 3L4VA 4GINA 3MUIA 1EDGA 5BYWA 2J7BA 3NSMA 4AD2A 1J10A 1LL6A 3HJEA 4Z2KA 1ZL1A 3VGBA 4XZBA 2YDRA 1BTCA 1HT6A 3AHXA 4A3YA 2WYSA 4ACZA 4J3VA 5CGMA 4UQDA 3AHYA 1GQKA 3AS3A 5D9OA 2W66A 3ARXA 1ZJAA 3OZOA 3ZSSA 1OSEA 3IAQA 4P7NA 4U3AA 2XHYA 2GJXB 4HPHA 1ISZA 1K9DA 1DWHM 1TCMA 3J7HA 5I2UA 2ZXBA 1MVYA 1BGAA 3W6LA 2ZX8A 2WC7A 2YL9A 4X9YA 2WNWA 5CPSA 1V3IA 1V08A 2VX5A 1P6WA 3FHQA 3A4WA 3UG4A 1V6UA 3AZRA 1GQIA 3ALGA 1BYDA 5FD0A 3OGVA 3MKKA 3ZOAA 3KWXA 3IJ8A 1E9LA 4PRWA 1UA3A 4PUEA 1GCYA 1E15A 2XIBA 5E0FA 1V02E 1MWOA 4Y7EA 1CTNA 3CLWA 3VOCA 4AIEA 3WEZA 5BXRA 5A3HA 1U2YA 3RM8A 1CECA 5I24A 3PZUA 1G1YA 3WUBA 1M04A 4GO8A 4WSJA 4D6EA 4EK7A 1TR1A 3VD9A 3N9KA 1PPIA 5A6SA 2NT1A 4M8UA 4MDPA 3UEQA 7CGTA 4AISA 2FHBA 1V0KA 5DMYA 2XWEA 1K6AA 1MFVA 5D9NA 1R85A 4PMNA 2EPMX 3TP4A 4XB3A 1K9EA 1KWKA 2BY1A 4DUVA 3VIGA 2Y8KA 3N15A 3VIPA 4PEEA 2WMIB 1QHPA 2QF8A 2GFTA 1XH2A 3BAKA 5BWFA 5I78A 3CUHA 1H1NA 5A6BD 2CESA 3AIBA 1OM0A 1E4NA 2VRKA 1KB3A 2OSWA 1HJSA 1CZ1A 4KRTA 1A47A 1JGIA 2WSPA 2WK2A 2WSKA 1Q6DA 1BVNP 4ZXLA 2CKSA 2VNCA 5A6KA 4GQQA 2JF7A 5IHSA 3VX1A 1PJ9A 4AEFA 2JFEX 1JZ8A 4L4PA 2C7FA 1QVBA 1TFVA 1VAHA 5BRQA 1SR0A 8CGTA 3CUFA 3W29A 1C90A 4JFWA 3UESA 4NZCA 5I6SA 5IFPA 4UQ9A 1XH1A 1J0YA 3AIQA 1B0IA 5D8WA 3VX0A 1AVAA 3VD5A 4PCTA 4RL3A 2XJ7A 4Z2GA 4F66A 1Q6EA 1TVPA 2D22A 1V3HA 1J9YA 3A4AA 1KBKA 2ZIDA 1GUVA 3NDYA 1UR1A 4TX6A 4AW7A 3OA5A 3K1DA 4BQ2A 2VR5A 3AS1A 1FOBA 1OINA 1N82A 2YL8A 1H0IA 2G3MA 5CPTA 3O6AA 3RJYA 1UD4A 4UFKA 3WD2A 1UHVA 3L4XA 1KGUA 3FXYA 1TA3A 4W86A 4H8HA 3OIHA 2VCAA 4HZ6A 4UFMA 4OOUA 4HU0A 2CITA 3WEOA 1WDPA 5TD4A 2D3NA 2QPUA 1IT0A 1UH2A 1MYRA 3B9EA 1HJQA 3K46A 3F5KA 3SCRA 1S46A 4HMEA 2V3DA 4PBGA 3RMEA 4F79A 6CGTA 2CPUA 3AJ7A 5HXMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AIV A;  3ARZ A;  1D7F A;  1EDQ A;  5LA0 A;  3AHT A;  5HDR A;  5A2B A;  3HN3 A;  5EBA A;  1D3C A;  4H2C A;  4A3H A;  5FL1 A;  1UD6 A;  4M82 A;  1BFN A;  2X05 A;  1JAE A;  1UH3 A;  3WIJ A;  2WCA A;  1QHO A;  3AXI A;  2WMI A;  1KXV A;  5E70 A;  3WEM A;  1UA7 A;  3L4U A;  3QOK A;  1XCX A;  1AQ0 A;  3WH6 A;  2EPK X;  4WF7 A;  4ML4 A;  4NF7 A;  2VQT A;  3F5L A;  4U31 A;  2Y5E A;  4PTX A;  1DED A;  3T08 A;  3VGE A;  2Y24 A;  1ISX A;  2VZO A;  3CH9 A;  3RDK A;  2Y2W A;  1GOI A;  1UQZ A;  4UR9 A;  4BS0 A;  4HOZ A;  1UWI A;  4WKH A;  2J7C A;  3BCF A;  2VOT A;  1W3H A;  3T2Q A;  1V3J A;  2BY0 A;  4ZE5 A;  1LG2 A;  3FY1 A;  4H8V A;  1NWT A;  2RGM A;  3AMD A;  1E0X A;  1FA2 A;  1JZ3 A;  2CYG A;  2E9L A;  2WHK A;  4TUF A;  2D3L A;  3L4W A;  3CZJ A;  4W7U A;  1OBA A;  4URI A;  1YQ2 A;  1VEN A;  4XZW A;  1MQP A;  1H49 A;  1GOO A;  4KGL A;  5A8O A;  1GHR A;  1B2Y A;  2G3I A;  3S2C A;  3ARS A;  1ZB5 A;  2DQX A;  3VDH A;  3MMW A;  5I79 A;  3VMP A;  2G3N A;  2A3E A;  3GTN A;  1NWR A;  4LQ1 A;  2J8F A;  2YBU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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