The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
95
|
structure length |
95
|
Chain Sequence |
GSSGSSGAAEVGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKNDGAVGGVRYFECPALQGIFTRPSKLTRQPSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
CLIP-115
|
| publication title |
Solution structure of the 1st CAP-Gly domain in human CLIP-115/CYLN2
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
9
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E3H A; 2HL3 A; 2Z0W A; 1WHJ A; 1WHK A; 4B6M A; 2CP0 A; 2HQH A; 3E2U A; 2CP3 A; 1TOV A; 1IXD A; 2CP6 A; 2E3I A; 2HKN A; 1TXQ A; 2HL5 C; 3RDV A; 1WHL A; 2CP7 A; 2M02 A; 2CP2 A; 2COZ A; 2CP5 A; 1LPL A; 2E4H A; 2COY A; 2QK0 A; 1WHM A; 1WHG A; 3TQ7 P; 1WHH A; 2MPX C; 2COW A; 2HKQ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UAT A; 2FB7 A; 4X9C A; 1Z9Q A; 4WF2 A; 2ABL A; 3FLG A; 4M75 C; 1X43 A; 3D7S B; 2HKN A; 1K9M U; 3OMC A; 2GTO A; 4KGZ B; 3C95 A; 1WX6 A; 3NMZ C; 4C92 F; 2DIG A; 2NUT B; 1W2B S; 4OGE A; 3MPU B; 5IXF A; 4BI3 A; 3M54 A; 3MHX A; 2EYZ A; 2GQV A; 2VYT A; 4IUQ A; 5A0D A; 4JS4 A; 3RUX A; 2VVK A; 3VS1 A; 4RTX A; 3CC4 A; 2DL3 A; 2EVR A; 3IQL A; 4BD3 A; 5LJ5 j; 1IRE B; 2X4Y A; 1VQ8 A; 4F17 A; 2L8D A; 1VQP T; 3CBO A; 4PJO D; 1AOJ A; 1GCQ C; 1ZQ1 A; 2OI3 A; 4J6W A; 2LZ6 B; 2P4T A; 2EIF A; 3DLM A; 5DLQ E; 3CBM A; 3JCM Q; 3CCE Q; 2F5T X; 1W70 A; 2DNU A; 3SWN B; 1OZ3 A; 1C1A A; 3WVE B; 1YHQ Q; 1VQL A; 2DK3 A; 3CCQ T; 2G6F X; 1LVK A; 1O75 A; 2M02 A; 2RM4 A; 2DIQ A; 3M0U A; 5FW9 A; 2LCS A; 4CI0 C; 1LPL A; 1QVG S; 1PSF A; 2EYQ A; 1JB0 E; 3HPW A; 1AWJ A; 4E7H A; 3PIO A; 1G3T A; 3CCR Q; 4CC3 A; 1G8X A; 2LJ3 A; 2CT3 A; 1VQM A; 1NEG A; 1CSK A; 2RQT A; 3CD6 T; 1AD5 A; 3CCJ A; 3JCM J; 1WZO A; 1I81 A; 4OB1 B; 4JRI A; 4KUL A; 5HKC A; 4PJO C; 2KY9 A; 5CKE A; 4ZGJ B; 2C06 A; 2CSQ A; 1M90 U; 4N4I A; 5IHK A; 2HNI A; 2KRN A; 2DIL A; 3L2Z A; 3VS3 A; 1WHK A; 2DET A; 1R77 A; 2DLP A; 4XU0 A; 1QVF S; 5L8R E; 4J9D A; 4UC4 A; 2IIM A; 2LT1 A; 1YIT Q; 3L2V A; 1HYO A; 2DEU A; 1ZSG A; 3OYN A; 2DTI A; 1YI2 Q; 2RI5 A; 2E4H A; 2QK0 A; 1PWT A; 4LXC A; 1NM7 A; 5GAN 4; 4PFZ A; 4A4E A; 4X34 A; 3MEU A; 2KSS A; 2L3R A; 5DLO A; 2PVD B; 5GAM g; 4L5G A; 4AFU C; 3RES A; 4F7U E; 3URG A; 3PT9 A; 1YIJ T; 1W6X A; 4IUP A; 4HCB A; 1RLQ C; 4PKC C; 5CKH A; 5FU6 C; 2Y90 A; 2FO0 A; 3VRY A; 1YJN A; 1KJW A; 4YTL A; 3JAM E; 3OMG A; 2XIC A; 3O8V A; 2QXF A; 1PRM C; 3TQ7 P; 3CME T; 1MMN A; 3OS2 A; 1Z9Z A; 3C0C A; 1WPY A; 1SRL A; 5CVI A; 5CQX A; 4KGV B; 3GNF B; 3QDR B; 1SF9 A; 1NBE B; 2RNA A; 3L1A A; 4C8Q A; 5I22 A; 2LQK A; 3REB B; 3GBQ A; 3QJY A; 4Y92 A; 5GAO n; 3L42 A; 1YJ9 T; 3QII A; 2D0Q B; 4C0Z A; 4F7U B; 3HKS A; 2OX7 A; 2QGG A; 3A8M B; 4M78 G; 2O31 A; 4EIK A; 3OYD A; 1PD0 A; 1ZLM A; 4LD9 K; 2DL5 A; 4BE1 A; 1PKS A; 1BCO A; 4LE9 A; 1X6O A; 1I5O B; 2R5M A; 3OYJ A; 4IIM A; 4PJO F; 3VRZ A; 3E1S A; 4OF1 A; 4A4G A; 3EAE A; 4XTZ A; 3WVD B; 1MUZ A; 2VB6 A; 1K73 C; 1OU8 A; 3KFV A; 3CCM T; 3HSB A; 2CZ1 B; 1VQP A; 5CK9 A; 2J6K A; 1Q81 R; 2L89 A; 3CPW P; 3OQ5 A; 4BE2 A; 4ELY C; 4XK8 E; 2DO3 A; 1RAD B; 1RUW A; 4C92 G; 1I8F A; 1TG0 A; 2EQK A; 5CCA A; 1QVP A; 4LD6 A; 3HL8 A; 2DER A; 2QQB A; 4J7I A; 4PLI A; 2GQI A; 2CP5 A; 4KRT A; 3S3M A; 3NFC A; 2I0N A; 2XDD A; 2BKD N; 2HCK A; 5KYX A; 4CC4 B; 3JCM d; 2E64 A; 4LUD A; 4C8Q D; 3CCQ A; 3FDR A; 1GRI A; 2KXD A; 3NPF A; 4QW2 A; 1WJQ A; 4OB3 B; 4J9I A; 3TU4 K; 4OB0 B; 5D6Y A; 1M9S A; 4GBQ A; 2ZZD A; 3M0S A; 2BE7 D; 1ARK A; 2EPD A; 3CD6 A; 2E5Q A; 4Z02 A; 4AFQ C; 3I5S A; 3M0P A; 6AT1 B; 2FG0 A; 4FSS A; 2PTK A; 2QTX A; 1BU1 A; 2M1H A; 4DBR A; 1U06 A; 2V1R A; 3A5Z B; 2A3L A; 3CC2 Q; 1LCK A; 1UDL A; 2CH4 W; 1EZZ B; 1VQ6 Q; 1TWB A; 1RAF B; 3JB9 H; 5GAN g; 2KXC A; 2AHJ B; 4IUT A; 1VQK Q; 2K5L A; 2EYW A; 3VS2 A; 2EBP A; 3VUB A; 4DBH A; 5GAM d; 1OV3 A; 2YRC A; 3PMI A; 4MDW A; 2FRW A; 4C8Q C; 3CC7 Q; 2COW A; 2V8K A; 2RA2 A; 2E5K A; 1PD1 A; 3CPW S; 3UA7 A; 3X26 B; 3M5A A; 3I35 A; 1ZA2 B; 1QCO A; 1WGS A; 2K3Y A; 5KYW B; 4AFZ C; 2OAW A; 4N4G A; 1YJW T; 2HQE A; 2DYI A; 2J06 A; 3OSV A; 3OYM A; 1BI0 A; 3VYH B; 1M30 A; 1YIJ A; 2OTJ Q; 1K73 U; 1MND A; 4OML A; 1BBZ A; 4OB2 B; 3M53 A; 3FRN A; 3H0I A; 5J26 A; 2K57 A; 1NLO C; 2PVO B; 1Q95 G; 1QKX A; 3NTH A; 3QZ9 B; 3CME A; 1N5Z A; 3HTR A; 4PFP A; 3VS7 A; 1VQN Q; 1PNJ A; 1FMW A; 3EG0 A; 1FMV A; 2H3E B; 1QQJ A; 2DL7 A; 2RHI A; 5FLX E; 5LJ3 h; 1BI2 A; 4OMQ A; 2LCL A; 3GOX A; 4RMO A; 4JUV A; 4RCC A; 1YJ9 A; 5HK0 A; 3NHN A; 1RAC B; 2EJG A; 3A8O B; 1YNZ A; 1AEY A; 3QUI A; 2AK5 A; 1BYM A; 5KYU A; 1Y7X A; 2FZC B; 2EYX A; 2CRE A; 4M7D E; 3EGX A; 2V8J A; 5GMK h; 1KG1 A; 2KT1 A; 3QHS A; 2MAM A; 1NYF A; 4M78 E; 2HSE B; 1YIT T; 1OPL A; 3JCM f; 4C0D B; 2M0O A; 5DY9 A; 4JRK A; 1QWF A; 3MP6 A; 3LWI A; 5GAN 6; 1MV0 B; 4RKU E; 3HFN A; 3CCM A; 4FYV B; 1TU0 B; 3OYG A; 3HRT A; 4CC2 A; 4C8Q F; 1FMK A; 3SB2 A; 1X27 A; 2EKH A; 1OOT A; 3V8J A; 4PJO G; 3TRE A; 3QKJ A; 1OYX A; 1Y57 A; 2QQS A; 1Q82 R; 2ZPE B; 1D3B A; 4BI4 A; 5I2M A; 3CPF A; 2CH4 A; 4OMP A; 4AFS C; 4RUG A; 5J3B A; 4M78 B; 2WAC A; 4HCZ A; 2GF7 A; 4C92 E; 5L23 A; 3T9N A; 3VU3 C; 3M9Q A; 4F14 A; 2HL5 C; 1ABQ A; 1AWO A; 2GFU A; 5GAM f; 3I56 T; 2X3W D; 1UGQ B; 2RH2 A; 2X51 A; 1OX8 A; 1AHJ B; 2V1Q A; 4XTU A; 3NTK A; 3CCL T; 2GBQ A; 4HVV A; 1RAI B; 4EMK B; 4PJM A; 5GAN 7; 3QG1 A; 3FEO A; 1GCP A; 5GAN d; 1ABO A; 1NYG A; 1OX9 A; 1SHG A; 2E3I A; 4O5V A; 4MZT A; 1PCX A; 1KQ1 A; 1T3L A; 3N5B B; 5KE3 A; 2JOY A; 4ZGD B; 4KUI A; 4C92 B; 1Q86 C; 2DMO A; 2ZCF B; 5C6S A; 4QQ6 A; 4JJB A; 4X1V A; 3CCS T; 4JS5 A; 2YSQ A; 4BY6 C; 3VS4 A; 4RG8 A; 2K7A A; 3V8L A; 2EQI A; 1AVZ C; 2DRK A; 2BIV A; 1BI1 A; 4FU6 A; 1GFD A; 2DA9 A; 3VYG A; 4AG1 C; 1KQ2 A; 4C0F A; 1M3A A; 3H8Z A; 1XOV A; 3CCV T; 1VIE A; 1YFN A; 2P4R A; 2WSC E; 4Z88 A; 4E7L A; 1UGS B; 2CGH A; 1JBM A; 1E6G A; 2HZY A; 3REA B; 1YJW A; 3JRZ A; 2D8J A; 2EGE A; 1VQO Q; 1HD3 A; 4BUG A; 1WQW A; 2QAZ A; 3JCM h; 2P0P A; 2L0A A; 4QQD A; 2KNB B; 1YWP A; 4XU1 A; 3LW5 E; 4QVD A; 4Y91 A; 3DKM A; 2VV5 A; 4M75 E; 2MCN A; 1NEB A; 2KK4 A; 3C12 A; 2FYK A; 2VGN A; 4QVZ A; 4HKE A; 4AMC A; 2EAY A; 1VQ4 T; 1J3T A; 1WFW A; 4B6M A; 2JTF A; 1OEB A; 2ZPI B; 1BCM A; 3BDL A; 2RI3 A; 5KYY A; 5GJW B; 2ZAE A; 2FZG B; 2QEX Q; 2MYS A; 3X28 B; 1UEC A; 2E70 A; 5LJ5 d; 1VQ6 T; 1QP3 A; 2YUQ A; 3S6W A; 2D1X A; 4A53 A; 1D0Y A; 3OW2 P; 1KC8 R; 3M55 A; 1VQ7 T; 5GAM h; 2DRM A; 2OTL A; 1YIT A; 2ED1 A; 2R5A A; 2E6N A; 1X01 A; 3NTI A; 2QDL A; 3VS6 A; 3OBY A; 1GFC A; 2CZ6 B; 1X69 A; 2VXE A; 2DD4 A; 2JM8 A; 1Q86 U; 5IXB A; 4XU2 A; 1TOV A; 2L2P A; 3M0T A; 5GAN f; 1VOM A; 2YHT A; 2YRV A; 2CP3 A; 1IRX A; 3ZL7 C; 3BFM A; 1IXD A; 1TS9 A; 2OJ2 A; 3RKY A; 3PMT A; 2JS0 A; 2RQR A; 4IUR A; 3P8B B; 1IHW A; 3JCM V; 4PJO E; 3RMS A; 3ME9 A; 1VQN T; 1NPR A; 4IIO A; 1IB8 A; 1VYU A; 3UT1 A; 4C8Q G; 4FYY B; 2KYM A; 3I56 A; 1S72 Q; 3NGP A; 3CCL A; 1KQS P; 3VS0 A; 4HCC A; 1M1K U; 2ROT A; 4V2S A; 3EGU A; 2P0Q A; 2BUD A; 2H3J A; 3M58 A; 3KBG A; 1M2V B; 3GPL A; 2X4J A; 4OVA A; 1FYN A; 1JJ2 P; 3OW2 S; 1B07 A; 2DTH A; 3G71 T; 1EFN A; 1SRM A; 3EHQ A; 4E7S A; 4PJO B; 4ANJ A; 3EG9 B; 2MK5 A; 1ZBJ A; 2KDS A; 3EG2 A; 3CPW A; 2K3B A; 2HQX A; 3CCS A; 1JXO A; 3G1J A; 3X24 B; 3JCM P; 1TH7 A; 1B7T A; 2RI2 A; 4X9D A; 1V76 A; 3S3N A; 4J9B A; 4J9F A; 4O6J A; 1R0B G; 4PFO A; 3J7A F; 4DEY A; 2VUB A; 4DBQ A; 2QA4 Q; 3JCM c; 2HEQ A; 1WHJ A; 3CCV A; 4QVC A; 4KT0 E; 1N8R R; 2QYZ A; 4LN2 A; 5IH2 A; 2CP6 A; 2HD0 A; 1RI9 A; 3JCM g; 3JB9 D; 1VQ9 Q; 4F04 B; 5LJ5 f; 4RCB A; 2YUP A; 1PHT A; 2J6F A; 2LRQ A; 1I07 A; 1VQ5 T; 1UJ0 A; 2QQ9 A; 2LX7 A; 5FRN A; 5FU6 B; 1MGQ A; 8ATC B; 4HT9 A; 5GAN h; 2NUP A; 1WI7 A; 2DM1 A; 1WXT A; 1VQ4 A; 4EPC A; 2DXU A; 2A37 A; 4TVR A; 3PIP A; 1FXX A; 1NG2 A; 1GXI E; 1IO6 A; 3VV0 A; 2O4X A; 3E19 A; 2YLC A; 5A2Q E; 1M8V A; 2LDM A; 2KR3 A; 1WJS A; 3I5R A; 4OMN A; 2DPP B; 5HY6 A; 2LJ0 A; 1VQ7 A; 1GBQ A; 4E7K A; 2D0N A; 3PFS A; 3SFM A; 4WTO B; 4MZM A; 3RIR A; 4GY5 A; 2CYZ B; 2VKN A; 5CQY A; 4J83 A; 3H6Z A; 1UHC A; 1Q81 C; 4Z8A A; 1YN8 A; 2K6D A; 4OMF B; 2KAF A; 2FEI A; 1HK9 A; 1M5Q 1; 1PM3 A; 2E12 A; 4P5N A; 1C6V X; 2L3P A; 3R6O A; 2ZGW A; 3TSZ A; 2C0I A; 1SG5 A; 3EFO A; 1HXD A; 2D9T A; 2CZ0 B; 1K1Z A; 2MMP A; 5KE2 A; 3DB3 A; 2X4X A; 2QI2 A; 2NYS A; 3GF5 A; 3EGD A; 2OAU A; 3KUF A; 1BK2 A; 5LJ3 j; 2M0Y A; 1VQN A; 2JMA A; 1AT1 B; 1UEB A; 1WA7 A; 3A8H B; 1VQ8 Q; 2XU8 A; 4LDV A; 1X75 C; 4BB7 A; 2RQW A; 1G5V A; 5GMK j; 1YCS B; 1F1B B; 4M7A A; 5KH6 A; 5LJ5 h; 2K79 A; 4L6V 5; 4C8Q E; 5GJV B; 3LX7 A; 1ACM B; 2DXB A; 2AZV A; 1T3S A; 1UE9 A; 2RQU A; 8AT1 B; 4J7F A; 1TXQ A; 2DX1 A; 3G71 A; 2YRD A; 1VQL Q; 3BW1 A; 1ZA1 B; 3QBY A; 1WHM A; 1XJW B; 2XID A; 5GAN 2; 3JB9 F; 3L2Q A; 2JJ9 A; 3E9G A; 2CSI A; 1R8O B; 1BIB A; 1KHI A; 3U23 A; 1NZ9 A; 2XDB A; 4JZ4 A; 3HRU A; 1VQM Q; 1IGQ A; 4C8Q B; 5IAY A; 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2GNC A; 5A0L A; 2HBW A; 1YP5 A; 1YI2 T; 5GMK l; 5GAN 3; 3I55 Q; 4BDY A; 1VQP Q; 3OW2 A; 5LJ5 g; 1KD1 C; 4JJC A; 4L59 A; 1B34 A; 5C0M A; 4JJN K; 2CUD A; 1G2B A; 3A8L B; 1YCY A; 1KFZ A; 3MP8 A; 1OUL A; 2XK0 A; 3UDC A; 1I4K 1; 1WDX A; 3QXE B; 4OGC A; 1D0Z A; 4CRI A; 1ZUU A; 5D7U A; 2E3H A; 2AT1 B; 2YT6 A; 3CCQ Q; 2DXT A; 1AWW A; 4BI8 B; 1A0N B; 2JVV A; 3TEE A; 3CMA Q; 1K8A R; 3J81 E; 1K0X A; 2VGM A; 4FYX B; 1TSF A; 4N4H A; 2LTO A; 4BY6 B; 3CCU Q; 2MOX A; 1Y96 A; 4RTZ A; 2KRO A; 4JJD A; 3CD6 Q; 2Z0W A; 3OS5 A; 4M7A F; 1HJD A; 1KD1 R; 2HDA A; 2DL8 A; 4ZGE B; 2CDT A; 3V8K A; 2DFU A; 3CBP A; 4RTT A; 4PK4 A; 1KQS A; 3JB9 G; 5KYU B; 5LJ3 e; 5KCO A; 3EGX B; 2YXY A; 3LGL A; 2F69 A; 1Q7Y R; 3CXC P; 1Q82 U; 2EKO A; 1LJO A; 1JJ2 A; 4M77 A; 1H3H A; 3QYH B; 5GMK e; 3INZ A; 1PKT A; 2FL7 A; 2YUO A; 4E7J A; 1UUE A; 1I1J A; 2YUN A; 4M75 A; 1QMC A; 2QTV A; 3CCE A; 3MJX A; 2LQ8 A; 1WHG A; 1M1G A; 2QGF B; 1YIJ Q; 2O2O A; 3EH1 A; 2K5F A; 4A63 B; 1KC8 C; 2RJD A; 1PSE A; 2CZ7 B; 2NLU A; 1AZG B; 1D3B B; 3PGG A; 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