The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
76
|
structure length |
76
|
Chain Sequence |
GSSGSSGRRMVALYDYDPRESSPNVDVEAELTFCTGDIITVFGEIDEDGFYYGELNGQKGLVPSNFLEEVSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
|
| molecule keywords |
RIM binding protein 2
|
| publication title |
Solution structure of the third SH3 domain of human RIM-binding protein 2
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
8
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| structure length |
76
|
| sequence length |
76
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZUK A; 4JJC A; 2NWM A; 3FJ5 A; 2J05 A; 1X27 A; 2KRO A; 4F17 A; 2FPE A; 2DBK A; 3IQL A; 1CSK A; 4D8K A; 3ZL7 C; 1K4U S; 5I11 A; 3M0T A; 1Z9Z A; 3REA B; 1U06 A; 1ZUU A; 1NG2 A; 2VVK A; 2HSP A; 4ZNX A; 1K1Z A; 1X2Q A; 2HCK A; 2HBW A; 4JJB A; 2KEA A; 1UJY A; 2JXB A; 2KE9 A; 2L3S A; 1V1C A; 1GFC A; 1H8K A; 4F16 A; 2E5K A; 4LNP A; 2YUQ A; 4EIK A; 1WXU A; 2CT3 A; 1HD3 A; 2J7I A; 1OPK A; 2AZV A; 1I1J A; 1AOJ A; 2DVJ A; 2OI3 A; 3QWX X; 4OMO A; 2EYX A; 2K7A A; 1VYV A; 2LJ1 A; 2K6D A; 2GQI A; 2DRM A; 4RTT A; 2DE0 X; 4CC4 B; 1PNJ A; 2EVR A; 4OML A; 2CSI A; 1NYF A; 2DMO A; 1I07 A; 2O9V A; 1PKS A; 5IHI A; 1NEB A; 2B86 A; 1UFF A; 4Y92 A; 2L0A A; 4J9G A; 1EFN A; 1AWJ A; 1M30 A; 3TSZ A; 4J9H A; 4Z8A A; 2ED0 A; 2KGT A; 3VS0 A; 2X3X D; 2EGA A; 1A0N B; 3VS1 A; 4D8D A; 4JZ3 A; 2X3W D; 2DX1 A; 2RNA A; 2A28 A; 2ABL A; 1ZSG A; 2FO0 A; 2EGE A; 2FPD A; 1QWE A; 1UEC A; 2KXC A; 2LX7 A; 1KJW A; 1TG0 A; 2JW4 A; 2RQT A; 2JMC A; 3H41 A; 4IIO A; 3PVQ A; 2BZX A; 3VS6 A; 2EPD A; 2K2M A; 1BBZ A; 1UE9 A; 2ED1 A; 2YT6 A; 2LQN A; 4ORZ A; 1WFW A; 1X6B A; 4LN2 A; 1SRL A; 2FG0 A; 2G6F X; 2J06 A; 2YDL A; 1W70 A; 4KRT A; 1JQQ A; 1NYG A; 4HXJ A; 2NUZ A; 1IO6 A; 1KSW A; 4HVU A; 1UG1 A; 2RMO A; 4LUE A; 1U5S A; 2DBM A; 2KT8 A; 1UHF A; 2RF0 A; 4OMN A; 5IH2 A; 2DM1 A; 1JU5 C; 4HVV A; 2CUB A; 3TSW A; 1YNZ A; 1QWF A; 2D8H A; 3VS3 A; 4HVW A; 4JJD A; 1KFZ A; 2FRW A; 1E7O A; 4DEY A; 4CC3 A; 1YP5 A; 1FYN A; 2KXD A; 1K0S A; 1AWW A; 2J6F A; 2EKH A; 2W10 A; 3REB B; 2AZS A; 3UA7 A; 1T3L A; 1WA7 A; 2CUD A; 4JZ4 A; 1VA7 A; 2VKN A; 2KRN A; 2RQU A; 1AVZ C; 1WLP B; 1WIE A; 4FSS A; 4R0K A; 5FW9 A; 2DIL A; 3UF4 A; 1UJ0 A; 2DLP A; 2DL8 A; 2MCN A; 1JO8 A; 2C0T A; 2LJ3 A; 2LMJ A; 1X43 A; 5GJV B; 1GCQ A; 1RUW A; 1AZG B; 2ENM A; 4LE9 A; 4J9C A; 3GBQ A; 3VS5 A; 2DL7 A; 1MUZ A; 3EG1 A; 4J9E A; 2QDL A; 1M3B A; 3I35 A; 4M4Z A; 2BZY A; 1U3O A; 1UDL A; 2H8H A; 1HJD A; 2CRE A; 4J9D A; 2D1X A; 1CKB A; 4AFU C; 2HDA A; 2OJ2 A; 1K0X A; 2GBQ A; 1SSH A; 2DF6 A; 1ZLM A; 2A36 A; 2KNB B; 3THK A; 4IIM A; 3LH5 A; 1NM7 A; 4J9I A; 1M3C A; 1FMK A; 2A08 A; 1X6G A; 3QWY A; 3SHW A; 1PWT A; 3EHQ A; 3RNJ A; 3PE0 A; 2D8J A; 2PTK A; 2EW3 A; 2JS2 A; 1T0J A; 4Z89 A; 4HCK A; 3M0S A; 1M3A A; 2IIM A; 2RQV A; 2AKL A; 3M0P A; 1SRM A; 2LP5 A; 2K9G A; 2JS0 A; 4E6R A; 2V1R A; 2LZ6 B; 2MOX A; 2BTT A; 3I5S A; 1OV3 A; 1JXM A; 3I5R A; 1JEG A; 4AFQ C; 4QT7 A; 2KBT A; 1PKT A; 2P4R A; 1QKX A; 1QLY A; 1SHF A; 1WX6 A; 1ARK A; 3H0F A; 1Z9Q A; 1KIK A; 5HCK A; 4JPB W; 1MV0 B; 2JTE A; 1AEY A; 2HEQ A; 2K79 A; 4WCI A; 1S1N A; 1XOV A; 2KT1 A; 1K76 A; 1OEB A; 1ZX6 A; 1H3H A; 5FWC A; 1SPK A; 4RTY A; 3EG2 A; 2FPF A; 3U23 A; 2DNU A; 2DL3 A; 4OMM A; 4OMP A; 1GCP A; 1B07 A; 1YN8 A; 1VYT A; 2ESW A; 1AWX A; 3PVL A; 1E6H A; 3JV3 A; 1PRL C; 1Y57 A; 2J6K A; 2CSQ A; 1JXO A; 2KYB A; 4GBQ A; 2SRC A; 2C0O A; 2EGC A; 5EC7 A; 2DJQ A; 1GBQ A; 3M0U A; 1WDX A; 2CH4 W; 1AWO A; 2XMF A; 1W1F A; 1RLP C; 1UGV A; 1SHG A; 5IHK A; 3ULR B; 3NGP A; 1UTI A; 1M27 C; 2O31 A; 1NLP C; 2PNI A; 2A37 A; 1T3S A; 4J9F A; 3NMZ C; 2FRY A; 1WI7 A; 1LCK A; 1X69 A; 3R6N A; 5IXF A; 1SEM A; 2DYB A; 4Z88 A; 1CKA A; 2CH4 A; 2KYM A; 3VS7 A; 4K11 A; 1GL5 A; 1OOT A; 3EG3 A; 3CQT A; 4AFS C; 1ZUY A; 1GCQ C; 2AKK A; 2KRS A; 2OAW A; 2VWF A; 5L23 A; 1GFD A; 1WXT A; 3O5Z A; 2ROT A; 2LJ0 A; 2RQW A; 2BZ8 A; 2M51 A; 2YUO A; 3H0I A; 2CDT A; 1H92 A; 3UAT A; 3M0R A; 1G83 A; 5I22 A; 4J9B A; 5ECA A; 1GBR A; 4ESR A; 1NLO C; 1TUC A; 1YWP A; 2F2X A; 2EQI A; 1T0H A; 4CC2 A; 2JMA A; 1PRM C; 3I9Q A; 2RPN A; 3NPF A; 3A98 A; 4AFZ C; 1VYU A; 4RTW A; 5IHN A; 2RQR A; 1QCF A; 3RBB B; 3VRY A; 2EYY A; 1J3T A; 1MV3 A; 2GTJ A; 4RTV A; 2YUP A; 1Y0M A; 2SEM A; 4RUG A; 2MIO A; 3VS4 A; 4A63 B; 2CT4 A; 2LCS A; 2YSQ A; 3EG0 A; 2DA9 A; 1NEG A; 3EGU A; 3UA6 A; 2GTO A; 1OPL A; 1ZBJ A; 1N5Z A; 3EHR A; 1AD5 A; 1UHC A; 1QKW A; 2EBP A; 1WXB A; 1HSQ A; 4AG2 C; 2GNC A; 4F14 A; 2FEI A; 1ABQ A; 2JT4 A; 2KR3 A; 4X1V A; 2W0Z A; 2L3Q A; 5GJW B; 2O9S A; 2JM9 A; 2JM8 A; 2AK5 A; 2L3P A; 1BB9 A; 1RI9 A; 4CC7 A; 2J6O A; 5FWB A; 4RTX A; 1WYX A; 2O88 A; 3VS2 A; 2F2V A; 2EYW A; 5IXB A; 2LQW A; 1G2B A; 2DL4 A; 3M0Q A; 2EYZ A; 1I0C A; 2ECZ A; 2K3B A; 2V1Q A; 1YCS B; 1K9A A; 1UUE A; 2RN8 A; 1B3Q A; 1M8M A; 2D0N A; 3SEM A; 2YUN A; 4RTZ A; 4DEX A; 1AZE A; 1X2K A; 1YWO A; 2M0Y A; 1RLQ C; 1TUD A; 2PZ1 A; 1ABO A; 1BK2 A; 4AG1 C; 3H0H A; 2LNH B; 4RTU A; 2L2P A; 3VRZ A; 1BU1 A; 2DRK A; 2KRM A; 3C0C A; 4OMQ A; 3TVT A; 2I0N A; 1E6G A; 2O2O A; 4GLM A; 2C0I A; 4LUD A; 3NHN A; 1W6X A; 2ROL A; 2GGR A; 1GRI A; 1PHT A; 2F2W A; 3KFV A; 2DL5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2V8I A; 3I56 A; 3HL8 A; 3OYY A; 3MEU A; 2LVM A; 3CBM A; 3L2V A; 3ZL7 C; 3OYK A; 4IUQ A; 3PTA A; 5CKH A; 4KUD K; 2PVD B; 1ZUU A; 1SF9 A; 2HSP A; 4ZNX A; 2YRC A; 2HBW A; 3X20 B; 1YIJ Q; 3MHX A; 1S72 Q; 4DOV A; 1YJW Q; 3CD6 Q; 2YRV A; 4XTU A; 2KE9 A; 1PSF A; 2P4T A; 1H8K A; 2E6Z A; 4HCZ A; 1M1K R; 1M1F A; 2E5K A; 4KGX B; 3QJ6 A; 4ZTJ A; 1QMC A; 1WXU A; 3RES A; 1WHJ A; 1VIF A; 3SD4 A; 3C95 A; 3M58 A; 3X24 B; 1UGQ B; 2Y90 A; 2QDY B; 1OPK A; 3V8J A; 2B8A A; 2DVJ A; 1M90 U; 3QWX X; 1IZ6 A; 1D09 B; 3CCQ Q; 1VQM A; 3OYJ A; 2QEX Q; 4RTT A; 3OS1 A; 2JZ2 A; 3HRT A; 1PNJ A; 2FZK B; 4OML A; 1D1C A; 2CSI A; 2DMO A; 1I07 A; 3SB2 A; 3OW2 S; 3CXC S; 2DD4 A; 3M56 A; 5IHI A; 4FM4 B; 3G1J A; 2B86 A; 2L0A A; 4J9G A; 5KH6 A; 4FL6 A; 3JCM W; 5GMK i; 1M30 A; 1D0Z A; 3ZFJ A; 4J5Y A; 1YJN T; 4J9H A; 2ED0 A; 3QUI A; 4FW2 A; 1Q82 R; 2X3X D; 3MEA A; 2EGA A; 3ER0 A; 1N6A A; 2DET A; 2EAY A; 2DX1 A; 3EFS A; 2A28 A; 5GAN 7; 1G3Y A; 2ABL A; 1QWE A; 2EJG A; 3DB4 A; 1NE8 A; 2JMC A; 2QEX A; 4ZGD B; 2NUP B; 2E3H A; 4IIO A; 4EMG A; 3VS6 A; 2CP5 A; 4C0Z A; 5CK9 A; 2ED1 A; 2O4X B; 1WHK A; 2LQN A; 4GY5 A; 1F1B B; 2E3I A; 2RHI A; 1SRL A; 2G6F X; 4PKC C; 1W70 A; 1YI2 T; 2ZZD A; 3HFO A; 4J83 A; 1V76 A; 4FT2 A; 2KI7 A; 1Q81 R; 4A54 A; 2DBM A; 2KT8 A; 1UHF A; 2YLC A; 1LOJ A; 1BIB A; 5KYU B; 2NUT A; 1JU5 C; 2CUB A; 4XU3 A; 3TSW A; 3CCR Q; 4BAC A; 4HVW A; 4BI8 B; 2R58 A; 1KFZ A; 4DQ2 A; 5DM7 R; 3CCV T; 4Y91 A; 4L59 A; 2OAU A; 1YIT Q; 4M75 G; 1VQ9 T; 2KXD A; 1AWW A; 2W10 A; 2AZS A; 4GLK A; 2CUD A; 1VA7 A; 2KRN A; 2PQW A; 1WIE A; 4FSS A; 4R0K A; 1U8R A; 5D7U A; 3UF4 A; 1UJ0 A; 1VQN Q; 2MCN A; 4N4G A; 2LJ3 A; 1ZHI A; 5HK0 A; 2LMJ A; 1RUW A; 2ENM A; 4C92 A; 4LE9 A; 1HXD A; 2QGF B; 3GBQ A; 2DL7 A; 5FRO A; 3EG1 A; 3RMS A; 1YIT A; 4FCY A; 3CCJ A; 1M3B A; 1ZA1 B; 4M4Z A; 2BZY A; 1UDL A; 2H8H A; 2DTH A; 2CRE A; 1AHJ B; 1G3T A; 3HFN A; 2A36 A; 2ZAE A; 2MK5 A; 4PJL A; 3OSV A; 3I55 Q; 2X4Y A; 3LH5 A; 2IG0 A; 4CRI A; 1NM7 A; 2XDB A; 2CKK A; 5CAI A; 2RB6 A; 1O9S A; 2A08 A; 4QVD A; 1X6G A; 1TS9 A; 3PE0 A; 2D8J A; 2YWW A; 2JS2 A; 1G8X A; 1T0J A; 4Z89 A; 4HCK A; 3M0S A; 3SWN C; 4EMK A; 1Q86 C; 1M3A A; 2IIM A; 4HT8 A; 1PM3 A; 5FU7 B; 3JCM Q; 4E6R A; 2V1R A; 4BB7 A; 2CP6 A; 2LZ6 B; 2PU9 B; 2RJD A; 1JXM A; 3I5R A; 2QQR A; 2OTJ T; 2OTL Q; 2V8J A; 2LX9 A; 2E70 A; 1UEB A; 5CKE A; 1XNI A; 9ATC B; 2HL5 C; 4KBM B; 1ARK A; 1PD0 A; 1MHN A; 1Z9Q A; 4M78 A; 4F04 B; 1KQS S; 1PD1 A; 1AT1 B; 3GNF B; 2Y4X A; 5GAM f; 1KD1 U; 1VQ4 T; 1S1N A; 5KYX A; 3F70 A; 2M16 A; 1ZX6 A; 1H3H A; 3L2W A; 4R55 A; 3GP8 A; 1UGR B; 2OTL A; 2QTV A; 4E2F B; 2HKQ B; 1OX9 A; 1TH7 A; 3CME A; 4JUV A; 1YN8 A; 2DZ9 A; 4HA8 A; 3A8H B; 5HY6 A; 3JV3 A; 5LJ3 e; 3HP9 A; 1VQL T; 4M7D E; 1U1S A; 3VU3 C; 2V26 A; 2GFA A; 4JRQ A; 2WAC A; 1WDX A; 2CH4 W; 3C4S A; 1VQO T; 4ANJ A; 1AWO A; 1FXX A; 1SHG A; 5KE3 A; 1WHH A; 3NGP A; 1VQP Q; 1NLP C; 4MMK A; 2D6F A; 2X4J A; 2FRY A; 2MF2 A; 4Z88 A; 2V8K A; 3WXM B; 2KYM A; 4AMC A; 1MNE A; 3G4S T; 1BKB A; 1GFD A; 2F69 A; 4M75 F; 5L23 A; 3O5Z A; 2ROT A; 3CC7 A; 4M77 G; 2R5M A; 1H92 A; 3M0R A; 3CPW P; 1G83 A; 3FDR A; 2JTF A; 5IT9 E; 5D6Y A; 1VQP A; 1WHM A; 5CQX A; 1YWP A; 2EQI A; 1X01 A; 4M7D C; 2QQB A; 4AFZ C; 3O8V A; 1ZSZ B; 5GMK m; 3OYA A; 4HT9 A; 1N9S A; 5KYW B; 1XQH A; 4C8Q B; 1R77 A; 5GAO p; 1J3T A; 2GTJ A; 1Q7Y U; 4ATO A; 4RTV A; 2YUP A; 3MEV A; 1QVF A; 1I5L A; 1Y0M A; 4MZM A; 3MP6 A; 1H3Z A; 4C5H A; 3VS4 A; 4M78 G; 2CT4 A; 1M90 R; 5GMK l; 1VQK T; 2DIG A; 1N5Z A; 2HNI A; 4X34 A; 3EHR A; 3V7C A; 4A53 A; 4O6J A; 1FMV A; 4B6M A; 2EBP A; 3MJX A; 1JB0 E; 3L2U A; 2CP3 A; 5GAM h; 2W0Z A; 5GAN 5; 4BDY A; 4C92 E; 4IUT A; 1WJQ A; 1JBM A; 2A7Y A; 4RTX A; 3A5Z B; 2H3E B; 3VV0 A; 2DXT A; 1YJN Q; 3VS2 A; 2F2V A; 5J3B A; 5HKC A; 3M0Q A; 2DFU A; 3CCL Q; 3JB9 H; 2KMT A; 3G6E T; 2K3B A; 2RO0 A; 3QYG B; 4E7I A; 1FX7 A; 4FT4 A; 4HCB A; 1X6O A; 2QA4 Q; 1M8M A; 3EGD B; 1M2V B; 2RH2 A; 2CP0 A; 3OYI A; 2RM4 A; 4DEX A; 1AZE A; 3OSS C; 5GAN 3; 1RLQ C; 1YI2 Q; 3SDZ A; 1QVG A; 1BK2 A; 2QXF A; 3NTI A; 2E41 A; 1ZBX A; 2LNH B; 3H0H A; 4RTU A; 3CCL A; 1R0C B; 4RMO A; 1E6G A; 4WF2 A; 2O2O A; 5I21 A; 4M7D D; 3BW1 A; 1I81 A; 1VQ8 A; 3JCM f; 1I4K 1; 3NHN A; 4A4K A; 3AHU A; 2QA4 A; 4N4I A; 1KC8 U; 2IVW A; 1VQ9 Q; 3R6O A; 1PHT A; 4C92 C; 3KFV A; 4BY6 C; 3T9N A; 1ZUK A; 2CP7 A; 2J05 A; 1X27 A; 2M1H A; 4OGE A; 1VQ6 T; 4JRK A; 3CCU T; 1N9R A; 3IQL A; 1CSK A; 1RAC B; 1K4U S; 4C92 F; 5I11 A; 5KCO A; 2BE9 B; 3CMA Q; 3KUF A; 1NG2 A; 1KQS P; 1QW1 A; 2HMA A; 2KEA A; 1UJY A; 2L3S A; 1V1C A; 1WJS A; 5GAO r; 4QKU A; 3QSU A; 3QHS A; 2EKO A; 3FLG A; 4LNP A; 4LDX A; 2X4X A; 2CZ6 B; 4UC4 A; 4EIK A; 2VGM A; 3G71 T; 1R8O B; 1H64 1; 1JJ2 S; 1HD3 A; 3GLX A; 3OB9 A; 1AOJ A; 3SWN A; 3G7Z A; 3CMA A; 1VYV A; 3RIR A; 2GQI A; 4OP0 A; 2PUO B; 1NYF A; 3UWN A; 1NJI U; 4VUB A; 3S3O A; 1B34 B; 1VIE A; 1EFN A; 5LJ5 h; 2OTJ Q; 3JRZ A; 4Z8A A; 1K73 C; 1RI0 A; 3JB9 J; 2KGT A; 3M4G A; 2HSE B; 1SSF A; 4M78 F; 3WVD B; 3VS1 A; 4D8D A; 4JZ3 A; 1VQ5 T; 4PL6 A; 2RNA A; 4M7A D; 2MAM A; 2MWP A; 4XU0 A; 1ZSG A; 2FPD A; 4JRP A; 3OYH A; 1TG0 A; 2JW4 A; 1KD1 R; 2XHC A; 3OYB A; 4ZTF A; 3EAE A; 4LDW A; 5CR2 A; 1VQ4 Q; 3OYC A; 4ORZ A; 3JCM g; 2RHX A; 1X6B A; 4LN2 A; 1LNX A; 2YDL A; 3BDU A; 2E6N A; 2FZC B; 4KRT A; 2Z0W A; 4HXJ A; 2NUZ A; 1IO6 A; 4LUE A; 2E65 A; 2PVG B; 1ZQ1 A; 3M9Q A; 2DZC A; 5IH2 A; 5FU7 C; 1HK9 A; 4F7U B; 1Y96 B; 4XQ3 A; 1YNZ A; 1QWF A; 3VS3 A; 4E7Z A; 4LDY A; 4JJD A; 2ZPF B; 3BE3 A; 4C5G A; 1VQL Q; 2L89 A; 1IGU A; 3OMG A; 3EG9 B; 3QBY A; 3JCM h; 1YP5 A; 3NTH A; 1FYN A; 4KGZ B; 2J6F A; 1VQO Q; 4XTV A; 3CC4 T; 2RQU A; 2RD1 A; 1BIA A; 5GAO q; 2NYS A; 4B9X A; 4ELZ C; 1O75 A; 2C0T A; 3OMC A; 1R0B G; 1TXQ A; 2RHU A; 2QGG A; 3CCS T; 3A8M B; 3VS5 A; 5M9O A; 3LWI A; 5GAN e; 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