The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
GEKITKVYELGNEPERKLWVDRYLTFMEERGSPVSSLPAVGKKPLDLFRLYVCVKEIGGLAQVNKNKKWRELATNLNVGTSSSAASSLKKQYIQYLFAFECKIERGEEPPPEVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| molecule keywords |
BAF250b subunit
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| publication title |
Crystal structure of the hBAF250b AT-rich interaction domain (ARID)
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
35
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| structure length |
114
|
| sequence length |
114
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-07-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YQE A; 5CEH A; 1IG6 A; 4LJX A; 1RYU A; 2EH9 A; 2CXY A; 2LM1 A; 1KKX A; 2JXJ A; 1C20 A; 2JRZ A; 2OEH A; 2KK0 A; 1KQQ A; 1KN5 A; 2EQY A; 2RQ5 A; 5K4L A; 2LI6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EWF A; 2GWS A; 3VCB A; 3O0F A; 1T3N A; 4LJX A; 2KKP A; 5TZV A; 3THV A; 2EDU A; 2Y9T A; 7ICT A; 2F1J A; 1BPD A; 3BZC A; 1LVH A; 3QU2 A; 2OCE A; 3HIL A; 2W43 A; 5KFE A; 3ONN A; 2E8P A; 3WK4 A; 2W11 A; 3UQ2 A; 2C2R A; 1TAQ A; 2YY6 A; 5KT4 A; 2JEG A; 2KP7 A; 4PHE A; 4PH5 A; 5AKX A; 5EWE A; 3F5E A; 1ZQ1 C; 5J29 A; 3DEE A; 1JRO A; 5AM3 A; 2G08 A; 4ECX A; 3KFU F; 4U6P A; 1N61 A; 5AM2 A; 3MR2 A; 1S0V A; 3ETL A; 4OJ6 A; 2HVI A; 4F5P A; 3RJJ A; 4PGX A; 1U9L A; 5DLF A; 3JPQ A; 2LYA A; 7ICJ A; 1ZQN A; 4I2G A; 3LVW A; 1NZP A; 5KFY A; 3RB6 A; 3CNH A; 3J81 j; 4DSF A; 3AQE A; 1ZRM A; 3Q8P B; 4B9T A; 2K4P A; 3M8S A; 4PPX A; 4NY8 A; 5J8Y C; 1ZYQ A; 4IQT A; 4DOA A; 4UB5 A; 5KFK A; 3BQ2 A; 4K4I A; 1O03 A; 5AKJ A; 2WF5 A; 3AUO A; 3IP4 B; 4J9M A; 1TV9 A; 4IRC A; 4P0P B; 4KMO B; 4RT2 A; 3MGI A; 2JH7 A; 4NLC A; 1FFV A; 3NRW A; 2R8G A; 4M47 A; 1V38 A; 1ZQP A; 5DG8 A; 4CF3 A; 4IQW A; 7ICF A; 8ICL A; 5DG7 A; 4CDG A; 3QUQ A; 5IIN A; 2ZIX A; 7ICL A; 3QNM A; 4DF4 A; 4JUZ A; 2JXJ A; 4YR0 A; 4DL5 A; 3E58 A; 1Z1V A; 2EZZ A; 5AK5 A; 2NRV A; 1WCN A; 5EE9 A; 4U7C A; 2KJ9 A; 3FYH A; 4QIW C; 3RJI A; 5DQG A; 4M6W A; 2AHO B; 4M04 A; 4CF5 A; 4QZI A; 5BPC A; 5J2J A; 3TAD C; 4C8O A; 1NJW A; 2G07 A; 1S97 A; 2K4I A; 4EEL A; 3GIM A; 5AKH A; 2LM4 A; 1WWV A; 1Z00 A; 1ZQW A; 4LZD A; 2JMG A; 3PR4 A; 1N5W A; 3KZX A; 5GTH U; 1KRP A; 4J9O A; 3SAH A; 8ICK A; 3SAF A; 4I2C A; 4ED6 A; 1OUQ A; 1X9M A; 3PO5 A; 4F2R A; 4QZB A; 3GIK A; 3T5J A; 4I29 A; 3RH6 A; 3MGV A; 3BZK A; 4KX3 A; 4MF8 A; 2E8O A; 4R8U B; 5DG9 A; 4IR9 A; 2KFZ A; 5KFF A; 5KTQ A; 1ED1 A; 4J9S A; 1ZQZ A; 3TI0 A; 4DWI A; 4WJ3 B; 1S76 D; 1KLN A; 2HHQ A; 2BKE A; 5J0Y A; 4Z6D A; 3GDX A; 1XO0 A; 3NAS A; 5ALT A; 5J2E A; 1ZD2 P; 2PFQ A; 4KLJ A; 1ZRN A; 3JPR A; 5J0R A; 4M9G A; 5AKL A; 3KOO A; 2DPI A; 1PVR A; 1RG6 A; 2JR5 A; 5AI4 A; 2NV3 A; 2R18 A; 3ZD9 A; 5L1L A; 4RQ5 A; 5AKI A; 5IIM A; 3RH5 A; 2BDU A; 2WHE A; 1U48 A; 4RQ7 A; 4ELU A; 5B5E U; 2R8K A; 2OXO A; 4NLB A; 4C4T A; 1ZQY A; 3EWA A; 3NVY A; 2KK0 A; 3M7D A; 2FMP A; 2VJ4 A; 3QUB A; 5AKY A; 4QNL A; 3SMV A; 5F3X B; 2MSN A; 4J03 A; 1RZT A; 3LDA A; 3HKZ F; 4YMO A; 4ED1 A; 4IRD A; 1RYU A; 5EWG A; 4DSK A; 4I2H A; 4UBB A; 1Q8K A; 2D8C A; 2BCQ A; 1F5S A; 3KHH A; 5D46 A; 5AK3 A; 2RRD A; 1X6J A; 3AN1 A; 4PHD A; 3HW8 A; 2WF8 A; 7ICU A; 4FZM A; 2KN7 A; 8ICM A; 4OCZ A; 5AI6 A; 1IIP A; 3C21 A; 4HYK A; 2P6R A; 1TKD A; 2FPK A; 2QB1 A; 2F77 X; 9ICI A; 8ICN A; 5KFP A; 2IHN A; 3GZF A; 3WU2 U; 2PXI A; 2ZUB A; 2HBL A; 1TK8 A; 4BXO B; 2RDJ A; 1B43 A; 2NYV A; 2XVT A; 1KSP A; 4EX7 A; 2FLN A; 2E3T A; 4DL7 A; 1Z1B A; 1ZQT A; 3BQT A; 2W55 A; 2H3V A; 4QW8 A; 1ARO P; 2LYB A; 2PMZ F; 3KZI U; 1X9S A; 2ZTE A; 2ZIW B; 4O5E A; 3B9J A; 4FZN A; 1XC9 A; 3JPN A; 2DL0 A; 2HBM A; 2YMP A; 3ZD8 A; 3Q8K A; 3T3F A; 1RXW A; 3MBY A; 3N4M B; 1ZQC A; 4YG2 A; 4RQN A; 3V72 A; 5J2H A; 3GU3 A; 4KLT A; 4Q43 A; 5L1I A; 2VJ5 A; 1IG6 A; 1YT3 A; 3QU7 A; 4GXI A; 4UAY A; 3BQ7 A; 1KTQ A; 2ZIX B; 3M9M B; 2A1J B; 5AI0 A; 4ECQ A; 2RDI A; 5J0P A; 4F5N A; 3KD3 A; 5HR7 A; 1SB3 C; 1N56 A; 5CA7 A; 8ICC A; 4M9J A; 4O5C A; 4NLN A; 2ZTC A; 3CW2 C; 2XCP A; 1WYG A; 3WK5 A; 1IXR A; 1D8Y A; 1Z3E B; 1T94 A; 4DQQ A; 2YQE A; 3F53 A; 2KIC A; 3N28 A; 7ICH A; 1L7P A; 4C0Z A; 1Z4O A; 4ECY A; 4MEX A; 9ICA A; 3QU4 A; 4NLK A; 1QSL A; 7ICP A; 4KLM A; 2ES6 A; 5CB1 A; 4YR3 A; 1ZXI A; 1MSW D; 4DSL A; 3KHL A; 3C2K A; 4EEY A; 5DDM A; 1L7N A; 4Q44 A; 2WFA A; 1NKC A; 2R8H A; 3QXG A; 2B21 A; 4GC7 A; 2YTU A; 3JPT A; 3MR5 A; 5AM5 A; 1C7Y A; 2GO7 A; 3Q8R B; 1Q46 A; 5KL8 B; 3C28 A; 4F2S A; 4ED2 A; 4BUG A; 2YX8 A; 1UHU A; 3RF9 A; 3ICX A; 4P4M A; 1MQ2 A; 1XO1 A; 1U47 A; 4B9V A; 1JN3 A; 4PL1 A; 5JU5 A; 1BPE A; 3TAQ A; 1SL0 A; 3PY8 A; 3RBD A; 1IM4 A; 4I2F A; 4M9N A; 3F2D A; 1ZD4 A; 4P4O A; 2K89 A; 3SAG A; 5CJ7 A; 1JXL A; 3WK8 A; 2OH2 A; 2NRT A; 4UB6 U; 1ZQB A; 5F9L A; 1CUK A; 2W7P A; 3L4P A; 4DLE A; 4C7Y A; 4MEY A; 4ELV A; 4RNM A; 2DGZ A; 3I28 A; 5ALD A; 4J9R A; 1L7M A; 1NK9 A; 4PZO A; 3V6K A; 5DB7 A; 4ECV A; 3UQ0 A; 4JV1 A; 2HDO A; 1ZET A; 5J0O A; 3ISC A; 5J2A A; 5ALR A; 4P0P A; 4YD2 A; 1BPY A; 4R65 A; 1A77 A; 1SIJ A; 2KZZ A; 3LYS A; 4PHA A; 2LI6 A; 1QQ5 A; 4RQ6 A; 3ZDB A; 1ZJM A; 1DGJ A; 1DK2 A; 1X9X A; 1HUZ A; 5J0W A; 2WAQ F; 5C0Y A; 2MUT B; 4IRK A; 3EPI A; 2Q0Z X; 1ZQF A; 2R8J A; 2WB1 F; 4DSJ A; 4RQ1 A; 1BPB A; 2FPL A; 3EZ5 A; 2IMW P; 1YZ7 A; 5KG6 A; 4JV0 A; 4OD0 A; 8ICI A; 4F50 A; 4YCX A; 2EAN A; 3RRG A; 4ZOH C; 4CF4 A; 1SWV A; 3HKZ C; 9ICS A; 3TAP A; 4C80 A; 4O3M A; 4OJP A; 4US8 A; 4C7Z A; 3TQ1 A; 1TAM A; 2PKE A; 5AM1 A; 4F5R A; 1ECW A; 2I1Q A; 2UVR A; 1NI3 A; 1Z19 A; 2KKV A; 4KLH A; 4P2H A; 8ICP A; 2IHM A; 1QSY A; 2KTQ A; 1X2I A; 2ZUC A; 4QZF A; 5DDY A; 4QZA A; 8ICQ A; 2ZTD A; 1VJ5 A; 5G5H A; 4Z6F A; 5DB6 A; 1FIQ A; 3RH4 A; 5A0L A; 4MF2 A; 4UW9 A; 4J9Q A; 1SKW A; 5IIO A; 1DGS A; 1V97 A; 1J2M A; 1DK3 A; 3ZDE A; 3HP6 A; 4B9U A; 1S9F A; 3RR7 A; 3TFS A; 2KNJ A; 3QU5 A; 3GII A; 4XRH A; 3I1Y A; 3AL0 B; 2F2A B; 2KE7 A; 2W9B A; 2BDP A; 2EZY A; 3EUB 2; 3B0X A; 8ICB A; 4F5Q A; 5KL1 B; 1ZQO A; 3E2E A; 4YVZ A; 2G09 A; 1L3U A; 4EYI B; 3AMZ A; 3FM9 A; 4F91 B; 3H8S A; 2VIX A; 3R9K A; 5FP0 A; 2W8K A; 4FBU A; 2FLP A; 5KT7 A; 1XWL A; 2FMS A; 3QEB Z; 4NL9 A; 1NKB A; 2H3I A; 2ZIV B; 3M9O B; 1KDH A; 4AYB F; 4CNQ A; 4ECR A; 1D9F A; 4RQ2 A; 4C8N A; 4F8R A; 1ZQK A; 1X6I A; 3EYZ A; 4GFJ A; 2JZB A; 1MN8 A; 2W7O A; 4F93 B; 3TAR A; 3OHB A; 1X42 A; 2LYH A; 3H40 A; 2W9M A; 5AI5 A; 3M9N B; 4DFD A; 2Y1J A; 4J9P A; 2FJ6 A; 4O3R A; 2ZJ8 A; 2AGO A; 1TVA A; 4BXO A; 5DGA A; 1PUZ A; 2DPJ A; 4QWD A; 4FO6 A; 2KOB A; 9ICG A; 3ALR A; 3PML A; 3Q8S B; 1L8O A; 2LHT A; 5ALJ A; 3RTV A; 4YQW A; 1UCV A; 4Y2T A; 1F0M A; 4EBE A; 3NGD A; 4QWE A; 3K1Z A; 2ZIW A; 1TK0 A; 2P66 A; 2LM1 A; 5KT2 A; 1ZQH A; 5HHI A; 3T79 A; 1WG8 A; 4I2D A; 3WKE A; 3QE9 Y; 2HOI A; 1QQ6 A; 5KAI U; 4IL6 U; 3EPG A; 3AU2 A; 3FAH A; 3JPP A; 2RQ5 A; 1SV0 A; 3C1Y A; 2F8K A; 4FS1 A; 2HCF A; 5IIK A; 2A1J A; 4QWB A; 1TAU A; 5ALG A; 5KFA A; 2W9C B; 3ZDA A; 3CYM A; 1KL9 A; 4DL4 A; 5H2F U; 5KG1 A; 3QZ7 A; 3GV5 B; 1Q3V A; 1U49 A; 3PSI A; 1RYR A; 4LZG A; 1KFD A; 8ICH A; 1N48 A; 4J9L A; 2ASL A; 4X5V A; 4FFD A; 7ICN A; 2E1E A; 2KV2 A; 3AM9 A; 5AM0 A; 4KTQ A; 4NLG A; 2HHV A; 4UB3 A; 2Y1I A; 3RJF A; 2FDR A; 2E5S A; 4M2Y A; 1BVS A; 2NO5 A; 3UMB A; 3UXN A; 3NUQ A; 9ICL A; 3VC8 A; 2NRX A; 1QQ7 A; 4P0Q A; 4M9L A; 3D6J A; 2XO7 A; 1RQL A; 1COK A; 4NM2 A; 1NK4 A; 2EAM A; 1ZQL A; 4LVS A; 2LBO A; 3WK7 A; 1SXE A; 2EAO A; 4CGZ A; 3MFI A; 5AKG A; 4KLQ A; 3GV8 B; 1NK6 A; 3IV6 A; 4JB3 A; 3A0B U; 4UAZ A; 4TUR A; 5KFL A; 5JUM A; 2XC9 A; 4R66 A; 1JAL A; 1ZQJ A; 4G3I A; 4DQR A; 2JGA A; 4QJF B; 2W9B B; 3KHR A; 2BCU A; 5HR6 A; 2D6F C; 4PGY A; 5KFT A; 4JMU A; 5HML A; 2GLE A; 3RJG A; 1XU4 A; 2V4R A; 1M6Y A; 4F3O A; 3NTU A; 3MR3 A; 1NKE A; 1NK8 A; 1P7D A; 2RHF A; 2WF7 A; 5KFI A; 4YP3 A; 1UA0 A; 3EW9 A; 4JV2 A; 2K4H A; 5ALO A; 1TK5 A; 3SR6 A; 2Y0S C; 5EE3 A; 5J0X A; 1BPX A; 4B9S A; 4BDP A; 5ALQ A; 3D2N A; 5KAF U; 3K4G A; 4DOC A; 3QEA Z; 2WF9 A; 2AQ0 A; 2Q4T A; 3PR5 B; 4F4W A; 3QU9 A; 3K1R B; 3F5A A; 2MUT A; 3S6J A; 4YXM A; 5KFB A; 4BWM A; 8ICS A; 2IA6 A; 4QZE A; 4O3P A; 4Y2Q A; 1X40 A; 4B9L A; 2JZB B; 3MGH A; 2P6U A; 2XCA A; 2ZIU A; 4Y2P A; 5KG0 A; 2KHV A; 3PX0 A; 5DGB A; 3GIL A; 2KSO A; 2AQ4 A; 5DBA A; 2VAN A; 3QZ8 A; 2DBY A; 1ZD3 A; 2IOF K; 3AQF A; 3C2M A; 2KVS A; 4KLL A; 4M0A A; 5DQI A; 5ALU A; 4J9K A; 2LPE A; 1RM6 C; 5AIC A; 4O3O A; 4TUQ A; 1CI4 A; 1XS9 D; 2MRL A; 3M6Z A; 4XUS A; 4DSI A; 3N7P D; 4PGQ A; 3MR6 A; 5CHG A; 3WKB A; 3RB3 A; 4DQI A; 4ECT A; 2CN1 A; 4DOB A; 9ICQ A; 3HT3 A; 2FI1 A; 4TQS A; 3G6X A; 1UT8 A; 4FE3 A; 2W3R A; 5J2D A; 2G06 A; 4R64 A; 1U45 A; 2V4Q A; 2W03 A; 5L9X A; 3ORY A; 8ICY A; 2ATL A; 1K1S A; 2G0A A; 4KLE A; 5T14 A; 4IQV A; 2G5H B; 2QB0 A; 1Z4N A; 4RQ8 A; 3LVV A; 4ED7 A; 1NJX A; 1UT5 A; 4XA5 A; 4K4G A; 1ZQU A; 4GXJ A; 5KFG A; 2AGP A; 3KKA A; 4PJ0 U; 3OJU A; 1JX4 A; 2BHN A; 2JRZ A; 3RR8 A; 2KIV A; 3IM1 A; 4QW9 A; 4G9B A; 1SKS A; 3PV8 A; 2V9W A; 1EXN A; 2VA3 A; 5EOZ A; 5ALE A; 1B4F A; 2ALZ A; 1K1Q A; 4BWJ A; 2XY7 A; 2F44 A; 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4QIW F; 9ICU A; 4MFC A; 2H3F A; 1NOM A; 1XSP A; 1DXS A; 2ZG6 A; 1DOQ A; 2W9C A; 3V7K A; 2ZIU B; 5ALP A; 3OGU A; 4B9M A; 2BQR A; 2NO4 A; 2KSO B; 2KJ8 A; 4FZL A; 3F2B A; 5F9N A; 3HWT A; 4UAS A; 5IIJ A; 1L3T A; 2A19 A; 5J8Y A; 1SXD A; 5CP2 A; 1ZOL A; 2W8L A; 4KN4 A; 4I2I A; 3OSN A; 9ICC A; 2HI0 A; 2EZX A; 1SV4 A; 1IV8 A; 2AXT U; 2R8I A; 2BPC A; 4Y2V A; 1KFS A; 4IR1 A; 3H0L B; 2BPF A; 5GTI U; 3WK9 A; 3MDC A; 4NM1 A; 5AKZ A; 1F44 A; 5DB8 A; 5L1J A; 3SQI A; 2WTF A; 2OEH A; 2KVC A; 3NVZ A; 4ZH4 A; 5KFM A; 4KLS A; 4C8M A; 4BX9 C; 2QB0 B; 4FBT A; 3H8J A; 2NRZ A; 2RP5 A; 4O3Q A; 4RQ3 A; 2XY5 A; 1QH9 A; 8ICU A; 2PMZ C; 4MFA A; 1RDF A; 4Y2Y A; 2B0C A; 4F4Y A; 5CWR A; 3TAD A; 3RB0 A; 1L8L A; 1JRP A; 1D8L A; 4OJ5 A; 4AP9 A; 4I2B A; 2C2D A; 2J6S A; 5AM4 A; 4PL2 A; 4QWC A; 3WK6 A; 1X9W A; 5KFJ A; 1MQ3 A; 1ZQQ A; 2BQ3 A; 1T4G A; 8ICZ A; 1RYS A; 5ALN A; 1PVQ A; 3BQ1 A; 1PVP A; 5KT3 A; 2B6G A; 2ODG A; 1TE2 A; 4RQ4 A; 3WKA A; 3BS7 A; 5EE0 A; 2HOQ A; 3WKD A; 3FC4 A; 2E8M A; 5DQH A; 5J2F A; 2YB4 A; 1A6S A; 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