2CZDA

Crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from pyrococcus horikoshii ot3 at 1.6 a resolution
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
MIVLALDVYEGERAIKIAKSVKDYISMIKVNWPLILGSGVDIIRRLKEETGVEIIADLKLADIPNTNRLIARKVFGAGADYVIVHTFVGRDSVMAVKELGEIIMVVEMSHPGALEFINPLTDRFIEVANEIEPFGVIAPGTRPERIGYIRDRLKEGIKILAPGIGAQGGKAKDAVKAGADYIIVGRAIYNAPNPREAAKAIYDEIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Pyrococcus horikoshii OT3 at 1.6 A resolution
rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 73
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2005-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2czdA00
1TPDA 2J9YA 4GRSA 4LV9A 1T99A 4S2BA 4FF7A 4YXGA 1H62A 2A1YA 4WD0A 5KITA 4OWGA 5LNVA 2H8ZA 3UY7A 3R89A 3L5MA 3TJXA 3FKRA 2J9XA 2V0TA 2ZTKA 3MBFA 4JXCA 2JKAA 2RDWA 5LNRA 2NUYA 3BGGA 5FI8A 3S42A 1PCWA 1OF8A 3W3OA 1LP6A 3FIGA 3GK0A 3IGXA 3QMTA 5AHEA 1WV2A 2YDAA 5A5WA 1OFPA 1XCFA 3EXRA 1YXDA 3T4CA 3M7WA 4WJEA 4ADSA 1C8VA 2VFHA 1B57A 1OFDA 5LNUA 3S1WA 3EEGA 2QCDA 2BSLA 1JRCA 3JS3A 4BWLC 4Z08A 4HNUA 3JR2A 2QR6A 4IGHA 2CZFA 1IIHA 3B05A 4XKYA 4IPJA 1H7OA 1ADOA 2QF7A 5EBUA 1WQ5A 3TQVA 4AB4A 3G8EA 3GNDA 1BWKA 2F7FA 3HGSA 4AMAA 3DU0A 3MUXA 4CNOA 1JJKA 1HO4A 3NZ1A 1XL9A 4TMBA 1ME7A 2Z2UA 1J5TA 4YL2A 1KM0A 3NM1A 2BX7A 3KVMA 3LHVA 4IUOA 3NQVA 1JQXA 1V5XA 4JTFA 5LHFA 1ZNNA 1VS1A 5CPNA 5AC6A 3W1RA 2X1SA 3QQ1A 5D30A 2ISVA 3QJAA 1W31A 5AC8A 4UTLA 1X8FA 1HFBA 2GOUA 4O4WA 1KTCA 4FIRA 1W3NA 4C1LA 4X2RA 2A2IA 5G2IA 4LWWA 5K7JA 3A23A 3KVJA 1H63A 3RLUA 2VEPA 4NX0A 5E1QA 3LCIA 1W1ZA 3W76A 3EWYA 1MEIA 3NR0A 4ZZ9A 1YDVA 3M5VA 5J5RA 1SO4A 4HPXA 1TRDA 1IF2A 5DXYA 1Z42A 2NX1A 2ISWA 1SUXA 2AGKA 2EHHA 3D0CA 3K30A 3N19B 1TB3A 4O17A 3TSDA 3N2MA 3L0KA 4MFDA 4IXXA 4XTDA 1QFEA 5K4ZA 4FXSA 4JYEA 2ZRZA 3QRHA 3QZEA 3BLEA 4AWTA 3W1TA 4JD4A 3DFTA 1N8FA 3MI6A 1W5NA 3W7HA 3G1XA 1EWDA 4OV9A 1VCVA 4DELA 1TIMA 1L6SA 1IXPA 1UJPA 1E51A 4ADUA 4NNBA 1QNVA 3O06A 1VC4A 2YW4A 3STCA 5EA9A 4NZJA 4U28A 3IV3A 3GR7A 2XN2A 1WBHA 3W7KA 4WQ6A 1FWRA 1NFBA 5IBXC 3IVUA 3UQNA 2A7NA 5AFDA 2ZRYA 3C4UA 1QOQA 1AMKA 3W7IA 1KFKA 4LV4A 4I7WA 3W71A 4PA8A 4IQLA 1XDMA 3O05A 4M19A 1DKWA 3DXIA 3HMJG 4K6AA 1EP2A 4UTJA 4S2CA 4FNQA 1YTDA 5AYZA 4FHAA 5BMWA 1QO2A 1LRQA 3CIWA 3SJ3A 1HUVA 1EWEA 2YR1A 3NO5A 5DBTA 4Z1BA 5I3HA 1XKYA 4O8RA 1TQJA 3W1PA 3QSTA 2TMDA 5L9FA 3WK0A 4ZQRA 1S3HA 3UPWA 2Z6IA 4FNTA 1VGAA 3DZ1A 4WZHA 4XWUA 4PCFA 3L5AA 4N4PA 1FUYA 5AHLA 3L5LA 3S5ZA 3EX2A 1H7NA 3C2VA 1DV7A 3I7RA 3CTLA 2QKFA 2I9EA 1M7OA 5TBOA 4WOZA 2EGZA 1JUEA 2DORA 2ZRVA 3DFQA 4LVDA 4ZMGA 3S5OA 3I65A 4MKNA 1UUMA 4WY0A 3LXBA 3WJWA 3O6DA 3EX1A 4RLIA 4UFMA 3UPBA 1KV5A 5SWUA 2NXGA 3F4NA 3WJZA 5CZ0A 4Z0JA 3OBKA 3USBA 3IGUA 4O57A 5AYYA 4HSNA 4JIPA 1YXYA 3GDMA 3NL5A 1WXJA 3TE9A 4LS2A 1JCNA 2FQIA 2BZNA 2RDUA 3HPSA 2PE4A 1IXQA 3NQMA 4GFSA 1K7FA 4O1AA 1L2UA 2FPVA 3NQDA 4O18A 1IXOA 1W5PA 2B7NA 4IMGA 2X30A 1D3HA 1GYLA 5I3GA 3M1ZA 4O1DA 3TQKA 1T0OA 2RDTA 1G4EA 3M43A 4A2SA 5DN1A 3IGSA 3M16A 3BG3A 1SO5A 3LHWA 4GC4A 1K7EA 3Q2DA 5BOOA 1KFLA 4KFNA 3PR2A 4OV4A 3O15A 1W54A 3W7CA 3RF9A 3PF3A 5FF2A 1A53A 4O16A 2EKCA 3G1VA 1XI3A 4MIMA 1DOSA 4LNYA 3SI9A 3W7RA 3L2IA 1W5QA 4QNWA 1AW1A 3T78A 5D09A 4HNTA 4U4MA 1H50A 1KTNA 3C2EA 1RR2A 2PURA 4FX8A 4O11A 4EOUA 1LOSA 3NL3A 3C2RA 1Q6LA 4JTGA 3TR2A 1A5CA 2TYSA 1DJNA 1TO3A 3LRMA 4ALDA 2QCMA 4FX7A 3TCEA 1FXPA 2Y88A 2FIQA 2P10A 1TV7A 3H55A 3QPZA 5K4XA 1UCWA 1T96A 1TJRA 2V82A 3HGOA 4ADTA 4E38A 1FY6A 2YFNA 3ATZA 3TC6A 4WY0F 3LRKA 2J6XA 3G3DA 3UWUA 3ZWSA 4NJHA 2CZ5A 5CPOA 1QOPA 1TPC1 4JX5A 3U6WA 4DPPA 1W0MA 4H3DA 3HPZA 4LS0A 3DH7A 2Z6JA 4LVFA 3Q37A 1FCBA 1LRTA 1LROA 2JKPA 1WBJA 1FCUA 1R2TA 1VHNA 1WAUA 3HPXA 1QPQA 3QW3A 3P61A 2IQTA 4LT9A 3P84A 1A5SA 3OVQA 1QCWA 3O6CA 2X1RA 2Y7FA 1LORA 1GTEA 2DZPA 1YADA 4NZFA 3T44A 2E09A 1OABA 4DF1A 1NF7A 1W8SA 3PG9A 3W2LA 5LGXA 2Y7GA 1SZFA 2FB3A 3TFXA 3P82A 1H61A 2QEZA 1I8JA 4M5PA 1FX6A 1PCKA 2DP3A 3PUDA 4NJGA 1ICPA 3SY5A 3W9ZA 2ZZ7A 3NL2A 5K3VA 3HGJA 3LCWA 1RV8A 3BK0A 5T26A 1TSIA 5C55A 5CGQA 2FTPA 2ZA1A 1XUZA 3NQ8A 3S1UA 1EUAA 2WNQA 3O8AA 3C3NA 1XM3A 2C3ZA 4ONVA 5KMYA 2CLIA 2A7PA 2E5CA 1QPOA 3MI3A 1B9BA 3QMSA 2GJLA 1GWJA 5J5DA 3GDLA 3LM7A 3P62A 2VFFA 3NM3A 3GB6A 3SECA 1ZAHA 3GLCA 3NYZA 1FDYA 1AW5A 5HQEA 2CLEA 1EX5A 3PUEA 3BV4A 4NJIA 1JVNA 4MYAA 4ZVJA 1VLWA 5FF7A 1OYCA 2JKEA 2GQAA 3RK8A 3OEXA 2FPTA 2E6FA 3QH2A 3DFOA 4AHPA 2YPIA 3P67A 5D03A 4NX5A 5CSRA 2V30A 4B5NA 3WJXA 3FJ6A 5DBUA 3S0CA 3ATYA 5H2ZA 3EKLA 4MZ8A 1KLYA 1U5JA 2ZCGA 1KW1A 4CCEA 3JRKA 3L21A 1SFJA 4RR4A 3UXDA 2WSQA 3TXZA 3MP5A 1G7UA 3MHGA 3A21A 1DORA 2CW6A 3MI2A 3Q94A 3CIXA 2GPTA 3QSRA 1JQVA 2XN1A 3NPVA 1YTKA 1TTQA 1K3UA 5AHFA 3TFCA 3THAA 5DCBA 2NUXA 5I3JA 2E1DA 3HG4A 1X1ZA 3EB2A 5U7SA 1FDJA 1JCXA 3IIZA 1P0KA 3KAOA 2QCDB 4NNAA 3S9YA 3B0PA 2GUUA 3W85A 3L0GA 1NEYA 3HB9A 4LW7A 4UXDA 4XKYB 1Q6QA 3BGJA 2VOMA 2WPBA 4O15A 4A3UA 2W6RA 2HS8A 3ELFA 4N9BA 4UTTA 3NQCA 5A8GA 1YLVA 4UCGA 1B4EA 1KM6A 1VHCA 2QAPA 4MYXA 4I9AA 3W6YA 2QCNA 2VEIA 5HWMA 4IMEA 2YX0A 3M44A 4RJEA 5HUOA 3HG5A 2E6YA 5G1TA 4JTHA 3NQ7A 1SW0A 4RKAA 1KLZA 3W22A 3BW4A 3TSMA 3GKFA 3PSVA 3W7LA 1G7VA 4JYDA 5KZEA 2E77A 3BVJA 2G96A 2A21A 2A6LA 4DQWA 1OK4A 1G67A 4DO6A 1SZNA 3W2KA 3HQ1A 3G8RA 2YYUA 4CQAA 2ZFAA 5G1YA 1H60A 5D33A 1U83A 4K7VA 1TPEA 3EXTA 3F4WA 4IMDA 4Z1CA 4UC5A 5AHNA 3S8HA 5E93A 3PBYA 2JGYA 2I1OA 5F2MA 2FPYA 4PH6A 1SO3A 4RZ4A 2F84A 1H1YA 4M7SA 3G0UA 1GEQA 2NXHA 1ZHAA 3IIXA 2OT0A 5DLCA 2HS6A 1LBMA 4OE7A 4O4VA 1TMHA 2GQ8A 1ICSA 5G2WA 1Z41A 3DFNA 3O1NA 2ATSA 4LUIA 5F4WA 4UMBA 1JCYA 1ZCOA 3FFSA 4AF0A 2V5BA 4J9JA 4AEOA 4GUGA 1OX6A 4WXYA 1AL7A 2RHGA 5D2WA 3TNOA 4LOCA 1LOLA 1JUKA 4A21A 4UFHA 3EWXA 3B06A 1KM1A 3M47A 3B04A 3U2OA 1F7BA 4LRSA 3VFLA 3UYCA 1VYSX 2OCZA 3BG9A 3LLFA 3EX3A 2UV8G 3EWBX 3A9IA 3NG3A 2C19A 2E68A 1VQTA 5CKSA 2HMCA 3PAJA 4UFLA 1OG0A 2CLLA 4GUJA 1TQXA 4YWIA 2WO5A 4DXVA 3M41A 5HMSA 1H7XA 5DY2A 3W7JA 2V5LA 3MMTA 2Q3OA 1JRBA 3M5ZA 3EX6A 1XFBA 5BRBA 4PFMA 3O07A 2QCEA 3W7GA 1OFBA 2ZBTA 1L6WA 2OJPA 1XXXA 1P0NA 3MP4A 1GVFA 4TMCA 1M7PA 5MHBA 1FWWA 5FEPA 4RV8A 4CCDA 1EP3A 4YMZA 4NQ1A 3GXNA 2C18A 2X16A 5AC7A 1YDOA 1LCOA 4O13A 4NVTA 5AYXA 1H7RA 3GX9A 4ICNA 3R5EA 1OVDA 1LYXA 2W0UA 1KA9F 1UUOA 5I3KA 2ALDA 3NQEA 3W2UA 4OBTA 3NNTA 1G6CA 4IPIA 2OT1A 2ZRXA 4CNPA 2H8XA 4O0ZA 1O5KA 4Y8FA 3R13A 1VH7A 2A85A 1ZFJA 3MW7A 2R14A 3MWAA 1GT8A 4JNMA 1PHWA 3QMRA 5FEXA 5LNWA 3DI1A 3QC3A 3LXCA 2WSYA 3C2OA 1N55A 1WDWA 4E0CA 2W79A 3LRLA 1I2RA 3CM4A 2P1FA 3E9AA 3L65A 4YLWA 4MVAA 4N02A 3E0IA 2A7RA 3V1PA 1OHLA 3W74A 1WA3A 4O12A 4UTHA 4WY0B 5F4XA 1FWNA 3C6CA 3C2FA 2ZTJA 1G4PA 4R33A 1P5BA 4E2DA 4UTWA 3W75A 4CCCA 3H53A 1C29A 4K8EA 3F1QA 2NXIA 1SO6A 4H6KA 4HIBA 1Q3NA 1W56A 1TCDA 1TPUA 2DZUA 4HN4A 1ZAIA 4XUGA 3PG8A 3O6YX 1YYAA 5AHMA 1AG1O 3INPA 2HTMA 1IXNA 5D2TA 5LZLA 5LSMA 1FCVA 1TPVA 1X7FA 4MZYA 1DQWA 3IRDA 5HR6A 3IIVA 3P80A 2VC6A 2QDGA 2XFWA 4N2YA 3M5XA 3T7VA 1KM5A 1LRNA 3VNDA 3W1XA 3P8IA 4Z1AA 5BMXA 2Q3RA 1GVQA 3W86A 4OHQA 2WQPA 3ANYA 3W1NA 6ALDA 3G3MA 3KRSA 2QAFA 4A22A 3M9YA 4TX9A 5CZJA 1DJQA 1OYAA 3VI2A 2CLKA 4DO5A 4K37A 1AW2A 5HULA 1SZGA 4FXRA 4CNNA 4UTIA 3CWOX 3ZFHA 3W1LA 3SGZA 5BW6A 1C9DA 1X6UA 3HG3A 4PL1A 3LTPA 3DHFA 3RU6A 1I2QA 1VPXA 3ABQA 3A5VA 1JULA 3KRZA 3BPWA 1GYNA 3ZWTA 2ZRUA 8TIMA 1Q6OA 1WOBA 4MLRA 2CZEA 3EWZA 3G1SA 1UASA 1OX4A 4K7YA 2ZZ1A 4UMAA 3YPIA 5D02A 1TTPA 3FLUA 3UD6A 2B7OA 2C1HA 5FESA 3W2JA 3GKAA 1EA0A 3LCLA 2NV2A 3W7DA 2TPSA 3TH6A 4Q4KA 4RCXA 3GIYA 1Z44A 4NJJA 1WX0A 2C0AA 4LC8A 4DO4A 1HG3A 3W23A 5DXXA 3PB0A 4FO4A 4UNLA 1LTDA 1FQ0A 1H5YA 3NAVA 3MHUA 3IIPA 2VELA 2ABBA 2C15A 3RLVA 2PRMA 4LU0A 4ZQMA 5D32A 3I68A 5D37A 2AQWA 5EL1A 1TPFA 3DHDA 2J27A 5IM51 1HL2A 3TXVA 2VEKA 5F4SA 4WOQA 2I14A 1F74A 5D38A 3BW3A 3PBVA 3KFTA 5G4EA 3NQ2A 1ME8A 4RZ5A 2ZZ3A 1IGSA 2V2CA 3TX9A 5FF3A 3R12A 1FCQA 2Y6ZA 2A5HA 4PC8A 1K03A 4QIUA 3PY2A 2GQ9A 1GG1A 5G4WA 3THQA 1TPB1 3G22A 3R2GA 2FDSA 4QJ1A 1B3OA 1TTJA 4DEFA 1QPRA 4BWLA 5KZMA 5DELA 5H91A 3I7SA 4E2BA 2R91A 3UNDA 4QSHA 3STGA 4A2RA 5K9DA 1LOQA 4JDBA 3WJSA 1PV8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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