2D0AA

Crystal structure of bst-rnase hiii
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
SNYVIQADQQLLDALRAHYEGALSDRLPAGALFAVKRPDVVITAYRSGKVLFQGKAAEQEAAKWISGASASNETADHQPSALAAHQLGSLSAIGSDEVGTGDYFGPIVVAAAYVDRPHIAKIAALGVKDSKQLNDEAIKRIAPAIMETVPHAVTVLDNPQYNRWQRSGMPQTKMKALLHNRTLVKLVDAIAPAEPEAIIIDEFLKRDSYFRYLSDEDRIIRERVHCLPKAESVHVSVAAASIIARYVFLEEMEQLSRAVGLLLPKGAGAIVDEAAARIIRARGEEMLETCAKLHFANTKKALAIAKRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ribonuclease HIII
publication title Crystal structure and structure-based mutational analyses of RNase HIII from Bacillus stearothermophilus: a new type 2 RNase H with TBP-like substrate-binding domain at the N terminus
pubmed doi rcsb
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 100
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
A PF11858 DUF3378 Domain of unknown function (DUF3378)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 2d0aA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2d0aA02
4I2PA 2KZMA 2AJQA 1LAWA 3QIOA 4QAGA 3L2VA 2VWJA 2XY6A 3AO4A 4M3WA 3HXMA 1RDDA 1NK0A 3T19A 2XY5A 2Z1GA 1NK6A 2G8IA 4JS5A 3SZ2A 3NH0A 3OYDA 3THVA 2RKIA 5HRRA 4W5RA 3TAEA 2HHVA 1RT3A 1KFSA 3JYTA 3QETA 4M3UA 3NBPA 4AHRA 4FM0A 4FJKA 3ZSYA 5JS1A 3MEEA 1VTLE 1C0UA 3HVTA 4HVJA 3L2RA 2NUBA 4KB1A 4I9LA 3RR7A 1J5OA 1E42A 1NKBA 3DLBA 2YNFA 1SL1A 2IS3A 3CQ8A 3V9ZA 1BIUA 3MXMA 3SUNA 4ELTA 3SNNA 1QTSA 2Z8UA 1B9FA 1C1AA 1QN9A 1J9AA 5IYCP 1HPZA 1UWBA 1W0HA 2VWKA 4C8NA 3HM9A 1ZBIA 4H8KA 4CGFA 5J2NA 2HVHA 1L3TA 4KHNA 3QO9A 1X9WA 2DY4A 4CGDA 1YVUA 1GOCA 3KIOA 3V9SA 4GMJB 4FW1A 3KD1E 3V1RA 4CCHA 3PUFA 1TAUA 1LWFA 4DQSA 1BL3A 1UAXA 1BI4B 3VQBA 3LWLA 4DSJA 1HNVA 2FBXA 4AHSA 1YTUA 4CEZA 4C8OA 3KK1A 2W42A 2JLEA 4DU4A 3ZSZA 1L3UA 1IKVA 1XC9A 1NK9A 1REVA 3KLEA 3SPYA 3DRPA 4BE2A 1VSEA 4CHPA 2G8KA 4JLHA 1VSFA 3G0ZA 1C0TA 2D0AA 4DU1A 1I3AA 1TBPA 4H4OA 2PZSA 3K59A 4CJTA 2G8FA 5J2PA 3QEPA 1U47A 2HW3A 2X6NA 2E6MA 3LP2A 3LP1A 5T7BA 1JL1A 5C25A 5FDLA 3TABA 3PO4A 3DLRA 4YFUA 4CJLA 3PX0A 3ZSWA 2FBVA 4Q0BA 4FW2A 3PO5A 3SYZA 3S3NA 3O3HA 3KLHA 3PY8A 2KZZA 1LW0A 3L3VA 2OYQA 3TAMA 5E41A 3KD5E 3LPUA 2RN2A 4LY7A 5C42A 2WOMA 3QEIA 3HPHA 4UQGA 1QS4A 1XI1A 2HHTA 2XY7A 1QHTA 1N5YA 3K2PA 4CESA 2Q3SA 4DQQA 4DTOA 4B3OA 4OLAA 3V9UA 3LP0A 4DSLA 3OS0A 1KVBA 1LWCA 3MXJA 1QN4A 3OYMA 1D8YA 3AV9A 1ZBHA 2HHWA 1KTQA 3I0SA 4F2SA 4OPKA 3VA3A 4DFMA 1B9DA 3IAYA 4DTNA 4MQ3A 3V81A 1JLBA 1HYSA 1QN7A 1WSHA 3LAMA 3PV8A 1X9SA 1RCHA 1NJXA 1D9DA 1RTIA 4CEAA 4DF4A 4AH9A 1XHXA 5J2MA 3DI6A 1IG9A 4PQUA 4DSKA 3RMAA 3O4QA 4O0JA 3MEDA 3DLHA 4FCYA 3SQ1A 4FZXC 3RRGA 2P5GA 4FJNA 4O5BA 3U3GA 3U3YA 4FZYA 3NDKA 2IV8A 3AVLA 3EZ5A 2Y1IA 5J2QA 3OYNA 2LSNA 3OYKA 1QSSA 4J2BA 3AO2A 4Z4IA 1J53A 1ITGA 3OVNA 4CJUA 4LSLA 2KFNA 1TVRA 4CFDA 4FK0A 4FLWA 4CF0A 4CECA 1YTAA 1VSIA 3KKRA 4O4GA 4F8RA 1C9BB 2HNZA 3L2UA 1PCZA 2B6AA 3NF9A 4PUOA 1FK9A 4W5QA 1S1WA 2I5JA 1QNCA 3T1AA 2HNYA 4JS4A 4J2AA 3OYEA 1NOZA 4CEEA 4W5TA 4PA1A 4KO0A 2ITGA 1RNHA 2DFHA 1NK8A 4M3YA 3TAPA 5CYMA 5HLFA 4E7LA 3NH2A 3AVHA 5SWMA 3I8DA 5CZ1A 2OPPA 4E89A 2EX3A 5IYDP 1VSHA 1BGXT 4E19A 3O3GA 1TGHA 4CFCA 3LWMA 3HJFA 1YTBA 3NE6A 2X6SA 4DTXA 1RT4A 1RTHA 4PWDA 3AA5X 4OPJA 1WSGA 1TL3A 4JRPA 4DLEA 1T7PA 4QCLA 1NVPA 1Q9YA 4Z4EA 1CDWA 2OPRA 1L3SA 4OKKA 1SUQA 4CGJA 1T03A 1TK0A 1SL0A 3SI6A 1QN3A 2HNDA 1ASWA 1BISA 4ID1A 5HBMA 5KI6A 4FLTA 2RF2A 4HUGA 4CHYA 1MU2A 3RRHA 3NGZA 1RTJA 4EP4A 1TKZA 4DFKA 1KYUA 4DQIA 3A2FA 3DM2A 4I9QA 4KI6A 3OC3C 1CXUA 2DFEA 4CJPA 3OYCA 1NJWA 4E7IA 3KTQA 2OZSA 1BCMA 4FJIA 3CFOA 4E1NA 4BWMA 1CXQA 1C6VA 3SUQA 1QN6A 4OLBA 3HYFA 1NKCA 2ZD1A 3DOLA 3MEGA 2QKKA 4CEBA 3H1ZA 4ZHRA 3SQ4A 2IGIA 3TAQA 1QNBA 3K5MA 5DK5A 4C8LA 1EETA 3LZIA 3NFAA 2GBZA 4CFBA 5J1EA 3SUOA 1BQNA 1RBSA 3V1OA 4AHVA 4M45A 1IKXA 4CIGA 1QNEA 5KTQA 2QK9A 3M8QA 2KTQA 4KTWA 2G8HA 3P1GA 4LD0A 4RW8A 3M8RA 3PX6A 3OYLA 3SQ0A 2G8VA 3CFRA 4QOZB 4RODB 1QE1A 4M41A 1S1UA 1B9KA 1C1BA 1KY6A 2E6LA 2XY8A 4CEFA 3ULDA 3TAFA 5D3GA 1ZBFA 4DFJA 1R0AA 4FK2A 1X9MA 1X1PA 3CG7A 1VRUA 2A1SA 3L8BA 4FLVA 4E0DA 3OJSA 1RILA 4CGGA 3FFIA 1ASVA 2GUIA 3VQ8A 3HP6A 5FROA 3ZSVA 4DTRA 4BE0A 4B9NA 4CEOA 1NKEA 1IH7A 3DYAA 3HPGA 4CIFA 2R7YA 4CERA 1ZYQA 3VQ6A 4KFBA 3AA4A 1G15A 1EP4A 1JL2A 2IAJA 1NJZA 3ITHA 3DRSA 2E4LA 2A1RA 3ZSQA 2QKBA 1YT3A 4CJ4A 4M42A 3C6TA 4FZZA 3M8PA 3SPZA 1JLAA 3NF6A 4AHCA 1HYZA 1S1VA 3DLGA 1TAQA 4CJEA 4CF1A 3RMBA 4H4MA 1UOCA 5HRNA 4ROCB 1WSEA 3K58A 4HUEA 3K5OA 3VQEA 4CJKA 3PX4A 2X78A 5I3UA 3HS9A 1SKRA 4WE1A 5CZ2A 4FJGA 2QXFA 1DTTA 4OGEA 4Z0UA 3AO1A 1F21A 4N47A 3TARA 5HROA 2B5JA 3IRXA 1KVAA 2YNIA 3LALA 4CJRA 3OYBA 4EZ6A 1S6QA 3E01A 3ZSRA 4ROEB 3UIQA 1LAVA 3NGYA 3OYGA 1XHZA 4ID5A 1WSIA 4CF9A 1JLCA 3SUPA 1Z26A 1JFIC 1TKTA 3F9KA 1WSFA 4CJWA 4CFAA 3OYJA 1ZBUA 5KGXA 1QSLA 4CK1A 3RR8A 4DSIA 2HHQA 1GOAA 4CF8A 1U48A 3C95A 4CJFA 4BDPA 3D0PA 4GVMA 2D0CA 4FJ5A 3VA0A 3HO1A 3OYHA 4KB0A 1JXBA 3KJVA 3OYIA 3G10A 1RT2A 3NF8A 3QNNA 1U04A 3ALYA 4AHUA 3AVFA 2Z1HA 3NH1A 2D0BA 4N76A 4KKOA 2JGUA 1N6QA 4R5PA 1HJRA 4CHZA 3HT3A 3SV4A 1Q9XA 4F4KA 1RT7A 1TL1A 3DLEA 1K6YA 4Z4HA 3AVCA 5HRPA 3AVAA 2ETJA 4E7JA 1W80A 4FLYA 4O44A 1LWEA 3OS2A 1VSKA 4FYDA 4NYNA 2PYLA 4KHWA 3QEXA 1VRTA 1KSPA 1VSLA 4N5SA 1TKDA 3B6PA 1CZBA 3QINA 4DSEA 1RDAA 4B9SA 1S6PA 2HHXA 4DMNA 4AILC 2G30A 3AO5A 4FLXA 3JSMA 4E7KA 4CJSA 2P1JA 5SZTA 3T3FA 1UA1A 1J54A 1FKOA 1U4BA 4FJ8A 1WN7A 2YKMA 4NCBA 1KYFA 1NH2A 5IYBP 3O3FA 3ZT0A 2IOCA 1L5UA 2OPSA 4Z4GA 1JLQA 4F3OA 1WLJA 4CGHA 2MJ7A 4Z4CA 1JLGA 2GV9A 4BWJA 4J2EA 4B0AA 4B08A 4DSFA 3U6FA 2F8SA 1I39A 3KLGA 2KFZA 4DG1A 4OKJA 3QIPA 1S9EA 5KRSA 2YHBA 4YNQA 4F3TA 1RBUA 2HHSA 4FXDA 3SCXA 3NGIA 3VQ9A 4CHOA 1CLQA 1BCOA 3VQDA 2ATQA 2ZE2A 1HRHA 4B8CA 4RW7A 4NYFA 4E7HA 4DTUA 1SV5A 5CY4A 3AVIA 3P83D 4E1MA 4I2QA 4AHTA 5FRMA 4M3XA 4DTMA 3VQAA 4ELUA 3O4NA 4NCAA 2HHUA 4C8MA 1QN8A 1C1CA 4ZTFA 5HRSA 4CJ3A 1EXQA 2FC0A 3MECA 4ZTJA 1RTDA 3C6UA 1QSYA 4C8KA 3AVMA 1EKEA 2FBYA 3LAKA 4L8RB 4K8ZA 4KRFA 4M3TA 1VSJA 1WAJA 3HP9A 3OJUA 1QNAA 1ASUA 1C0MA 5DMRA 3KK3A 3ZT4A 3CM5A 1JLEA 3KLIA 1FKPA 1HYVA 3CFPA 2X74A 3V9XA 1IKWA 1QN5A 4CJQA 3NHGA 2BANA 2BDPA 2PYJA 4FJMA 3SQ2A 1TV6A 1VOLB 3HSTB 4KTQA 2O4IA 1U49A 1TKXA 4B9LA 4O55A 4DWIA 3QEVA 2XRIA 4ELVA 1BQMA 3KK2A 3K57A 3HVRA 3QESA 3ZSXA 4CIEA 3KLFA 4JRQA 1NJYA 2G8UA 4B8AB 3MXIA 3S3MA 3L2QA 2B4JA 5EU7A 4CJ5A 3QLHA 4E3SA 4FK4A 5CYQA 4M3ZA 3P5JA 4G1QA 1A5WA 4CJVA 1CZ9A 3M8SA 4KAZA 4CGIA 4DS5A 2IDOA 1HQEA 4FM1A 4BACA 4FVMA 1AISA 1B92A 1A5VA 2HB5A 4N41A 4I7FA 4FLUA 4LH5A 4CF2A 1U45A 2BE2A 4Q5VA 2P51A 3TI0A 3RMCA 4DTPA 3EYZA 1NK4A 2PY5A 3MAQA 3LP3A 4DF8A 5FRNA 1NOYA 1RDBA 2Z1IA 3RMDA 1QTMA 3DLKA 4IBNA 3WNGA 1S5JA 4DFPA 3LDSA 1O1WA 1RBVA 2P5OA 1KY7A 2XO7A 4IFVA 3ZT2A 1RBTA 4CEQA 2IC3A 1S9GA 3WNHA 4BDYA 3QERA 4WZSD 2DTUA 3QNOA 3I0RA 2D5RA 4DU3A 3V4IA 4BDZA 3DMJA 4KHUA 3C94A 1WAFA 4CK3A 3HS8A 1LV5A 2F8TA 1KRPA 4KPYA 4IKFA 4B9TA 3CYMA 1BIZA 1KVCA 3VQ7A 3ZT1A 4FM2A 3S9HA 1R4XA 3RTVA 1SKSA 4Y1DA 5KGWA 4CK2A 3AA2A 1BI4A 4F2RA 4DS4A 4CEDA 1RBRA 1Z25A 3CM6A 1NGMA 2VG7A 4FJLA 3BGRA 4DTJA 3AVJA 1Q8IA 4HUFA 4DQRA 4B9MA 2ZQBA 3L3UA 5JS2A 4FJHA 2VJ0A 1T05A 3AVNA 2WONA 1IKYA 1DTQA 3B6OA 4DLGA 2KQ2A 1TK5A 3DRRA 1RM1A 1IO2A 3EY1A 1L3VA 2G8WA 3BDPA 4GW6A 4RW4A 1KLMA 4XIUA 1JXEA 2YNHA 3ASMA 1KCFA 3HL8A 3ISNC 4IFYA 4OJRA 4N56A 1TK8A 1RT1A 1TGOA 4J2DA 4B9VA 2O4GA 3IS9A 3VQ4A 3WNFA 3ZCMA 2HVIA 4M3RA 4LH4A 1NK5A 2VG5A 3SJJA 4B9UA 1XWLA 2YV0X 3AA3A 3RWUA 4Y1CA 3TWHA 1S1XA 2YKNA 1D5AA 4IG0A 4OVLA 1SKWA 3KKSA 4CHNA 3L2WA 1LW2A 2F96A 3DOKA 1JLFA 3OY9A 1KLNA 1GOBA 1QQCA 3IG1A 4IG3A 3S3OA 2KW4A 3WNEA 3NAEA 2VG6A 3OYFA 1PZDA 4LSNA 2OPQA 3V1QA 4EP5A 1NK7A 4W5OA 1JKHA 4K8XA 3SV3A 1BHLA 1ZBLA 3TAGA 3QEWA 4FJ9A 4KHQA 5K14A 3AO3A 3LPTA 1MP9A 3VQQA 2XHBA 1RT5A 4KHYA 1WNSA 4CE9A 3OS1A 1Y97A 5I42A 3OCIA 1SL2A 4KHSA 2FBTA 3D45A 3F73A 4CHQA 5HP1A 1S1TA 3HPOA 3VQPA 2BGGA 4KREA 1D3UA 4DTSA 1W9HA 1YTFA 4FLZA 4FJJA 3HK2A 2OA8A 1HNIA 1RDCA 4KTZA 4IDKA 4RG8A 3V6DA 1RT6A 2IV9A 1A5XA 1EX4A 1WSJA 3TR8A 3K5NA 1HQUA 2DFFA 4TSXA 3NCIA 1FXXA 1VOKA 3AVGA 1TBAB 4ICLA 4MFBA 4NCGA 4RW6A 4PY5A 1KFDA 2Z1JA 4O0IA 4HTUA 4HCCA 3AVBA 3AVKA 1VSMA 3VQ5A 1DLOA 5KRTA 4OGCA 1KYDA 4HHTA 3V9WA 1T8EA 4DQPA 1HMVA 1QTPA 4KV8A 5C24A 4BE1A 4HCBA 2Y1JA 2OZMA 3K5LA 3NF7A 1VK0A 1VSDA 2YHAA 2HMIA 4W5NA 4EZ9A 1VTOA 3VN5A 3ZSOA 1UA0A 3VQCA 4FJ7A 3LANA 3OYAA 4FJXA 4RW9A 1D9FA 3TANA 3LZJA 3EIKA 4Z4FA 3ZT3A 4OKEA 4KI4A 2RPIA 2YNGA 3H08A 2EHGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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