2D0CA

Crystal structure of bst-rnase hiii in complex with mn2+
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
SNYVIQADQQLLDALRAHYEGALSDRLPAGALFAVKRPDVVITAYRSGKVLFQGKAAEQEAAKWISGASASNETADHQPSALAAHQLGSLSAIGSDEVGTGDYFGPIVVAAAYVDRPHIAKIAALGVKDSKQLNDEAIKRIAPAIMETVPHAVTVLDNPQYNRWQRSGMPQTKMKALLHNRTLVKLVDAIAPAEPEAIIIDEFLKRDSYFRYLSDEDRIIRERVHCLPKAESVHVSVAAASIIARYVFLEEMEQLSRAVGLLLPKGAGAIVDEAAARIIRARGEEMLETCAKLHFANTKKALAIAKRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ribonuclease HIII
publication title Crystal structure and structure-based mutational analyses of RNase HIII from Bacillus stearothermophilus: a new type 2 RNase H with TBP-like substrate-binding domain at the N terminus
pubmed doi rcsb
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 100
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
A PF11858 DUF3378 Domain of unknown function (DUF3378)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 2d0cA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2d0cA02
4ROEB 3L2QA 1KY7A 4GW6A 3WNEA 3OS1A 3OJSA 1IKVA 3VQAA 1WLJA 2E6LA 4XIUA 3V9XA 1SKRA 1LW0A 1KVCA 4EZ6A 3V9WA 4HHTA 1D9FA 3RWUA 4FK2A 3MXIA 3HL8A 1JKHA 3ZSOA 1QTPA 4DQPA 1T8EA 1TL3A 3WNHA 4JRPA 3U3YA 3SUOA 4FYDA 1X9SA 4KKOA 2XHBA 3KD5E 3MECA 1EXQA 3QEWA 4B9MA 4K8ZA 3V1OA 1O1WA 4BACA 1ZBIA 1RTDA 2IV9A 3DYAA 3QNOA 2X6SA 3SUPA 4W5QA 4Y1CA 2IGIA 3KK2A 2PY5A 1LWFA 4GMJB 1WAJA 5HROA 1S1WA 2VG5A 3ZT3A 5DK5A 2B5JA 4HUGA 4BE0A 3LP0A 5J1EA 2P1JA 1YTFA 1JLGA 4CEQA 3L2RA 4E7HA 2ITGA 5E41A 1WSJA 1BQMA 5C25A 4CJPA 4NYNA 3TAEA 2OPRA 1ASWA 2IDOA 3HP6A 2OYQA 1BI4A 3OC3C 3V81A 4N41A 1L3SA 2E4LA 4E7JA 3ZT1A 3CFPA 2P5OA 1BGXT 3KJVA 2HHUA 4QCLA 1FK9A 3SQ4A 4BWJA 3VQBA 4CF9A 1T03A 1EKEA 2D0CA 1DLOA 1ZBFA 4AHVA 4B3OA 4M3UA 1TBAB 2IS3A 2ZQBA 4DU3A 3K2PA 2Y1IA 1X9WA 3RMDA 4DWIA 2VG7A 5D3GA 2MJ7A 3OYBA 1KSPA 4CEBA 4ZTJA 1LW2A 1IH7A 3VN5A 3AVIA 1JXEA 4OPJA 3KK3A 3A2FA 4DFMA 3NF8A 1WSEA 3V1QA 4OKEA 2A1RA 4M3TA 3KTQA 3C95A 1RBTA 2KQ2A 4DTNA 4HTUA 1L3VA 4I2PA 5KI6A 4CIGA 1UOCA 4CIEA 1NJWA 4IG0A 4FZZA 2FBXA 2YHBA 4CHNA 4M3WA 3DLKA 4CEFA 4CJWA 1QNAA 2VG6A 1DTQA 4E0DA 4AH9A 3QETA 2Z1GA 1U48A 2G8KA 4M42A 3LPUA 2HHTA 3KLEA 1HRHA 4ZHRA 2BGGA 1FKOA 4DLEA 4FW1A 3DLGA 3SQ2A 4KI4A 3AVKA 3QEIA 4O44A 1KFSA 2FBVA 1VSFA 3HPHA 2BE2A 1R0AA 3OYCA 4B9VA 3DLRA 3MXJA 1I3AA 2HB5A 3RTVA 4JS5A 4FLTA 3ASMA 1RBSA 4IDKA 1RT4A 1MP9A 1TV6A 3NF7A 5I3UA 4N76A 3AO5A 4DTRA 3SZ2A 3OCIA 3CM6A 1EX4A 4IFYA 2XY5A 4B9TA 4FJKA 4E7KA 3K58A 1SKSA 3AVMA 1QNBA 1QSSA 4DQSA 4WE1A 3NH1A 3OYJA 3KLGA 3QIOA 1FXXA 3DM2A 2FBTA 2GBZA 1HQUA 2WONA 3LWMA 1TKXA 4DSIA 2I5JA 3SYZA 4FZYA 3VQ4A 3ZSRA 3O3HA 2R7YA 1UAXA 5HRRA 3TI0A 2RPIA 4EP4A 2G8UA 3ZSQA 3NH0A 3QIPA 4ID5A 4H8KA 1NKCA 4KHSA 3ZCMA 4FLUA 4FJIA 1UA0A 4E1MA 1JLFA 1SUQA 3H08A 3CG7A 3DMJA 4IBNA 1DTTA 4M41A 4FJJA 4PA1A 3U3GA 1KRPA 4F4KA 4DQRA 1VSHA 4HCCA 4CF8A 3MEEA 1S6PA 2XRIA 4FLVA 1TL1A 4ICLA 4KHQA 2QKKA 4AILC 4J2DA 4CHPA 2G8WA 3DLHA 3MXMA 1SL0A 1N5YA 2D0AA 4KTWA 1NKBA 1J53A 4CF2A 1BISA 3KIOA 3CFOA 3ITHA 3OYGA 4DSFA 4DTMA 1QTMA 1JLQA 3SI6A 2RN2A 3BDPA 4FJMA 3C6TA 3HT3A 4AHRA 1Q8IA 3AA3A 1RDAA 2QXFA 4AHTA 3OYMA 3HM9A 4C8KA 2IOCA 3O4QA 4L8RB 2GV9A 4ROCB 2O4GA 4H4OA 3O3GA 4FM0A 2KZZA 4KAZA 1U04A 3OYLA 3LANA 4CJRA 1RM1A 1HQEA 3KLIA 1WN7A 1LV5A 4C8OA 4RODB 3P1GA 4KHYA 3PX0A 1RT5A 4M45A 3RMBA 1XC9A 1A5VA 1IO2A 4CGGA 3OJUA 3KLFA 3IAYA 3T3FA 5FRNA 2ATQA 3OYKA 3TAMA 4F3OA 3WNFA 5I42A 4J2EA 4OVLA 1T7PA 5KGWA 1RTIA 1PZDA 5KGXA 3V6DA 1NK7A 3CQ8A 2EX3A 4NCBA 1EP4A 3AV9A 3AO3A 4F2SA 3LPTA 4Z4FA 1HNVA 3L2VA 4E7LA 5HP1A 1VTLE 1U47A 1QNCA 2YNHA 4CJFA 4CEDA 1BIUA 1W9HA 4CHZA 1BCOA 1BQNA 3AVAA 3DOKA 1NOYA 2PYJA 1G15A 4CF0A 2YNFA 3AO1A 1QN4A 1KTQA 3OVNA 4AHCA 3DI6A 2KFNA 1VSIA 4W5NA 1HMVA 4Z0UA 1F21A 4B9SA 3IS9A 1NOZA 1A5WA 4FJHA 4C8MA 1VRUA 4CJSA 1NK6A 3U6FA 3LP2A 4KREA 3QLHA 2DTUA 3AVBA 4DS5A 1HYZA 2D5RA 2X78A 1EETA 4BE2A 2ZD1A 5IYDP 1VSDA 3ULDA 1JLBA 4DTOA 4Z4HA 3DRRA 4FJ8A 1RBRA 3K5OA 1JLAA 3L8BA 4CIFA 4CJLA 4DF4A 4CJTA 3OY9A 1FKPA 4TSXA 2F96A 1C0MA 1WAFA 2B4JA 4CGIA 1KY6A 4FLYA 1ZYQA 3PX6A 1LAWA 4RW8A 1Q9YA 4OGCA 4KRFA 3T1AA 5SZTA 2Y1JA 1QS4A 3L2UA 1RT2A 2P51A 3K59A 1C1CA 4FLZA 4MQ3A 5T7BA 2YV0X 4B08A 3B6OA 1X1PA 3ZT4A 3LZJA 2HVHA 1E42A 4FJXA 3EZ5A 1HYVA 3AVJA 3EIKA 5EU7A 1S1VA 2DY4A 3DLEA 4FJGA 1JL1A 1C6VA 4DF8A 1RTHA 2OPQA 3DLBA 4M3XA 2AJQA 1TVRA 3WNGA 4W5TA 1HJRA 3VQ6A 3NAEA 2BDPA 4DTPA 3AVNA 1WNSA 3HS9A 1UA1A 1XWLA 4RG8A 4PY5A 1JLCA 1VSMA 4AHSA 4DFPA 5CY4A 3T19A 5FRMA 4B9UA 1QN8A 4OPKA 3K5MA 1CDWA 3SJJA 4GVMA 3NH2A 2QKBA 2ETJA 4OJRA 1S9GA 3HSTB 2KTQA 1SV5A 4I9LA 4Y1DA 2KW4A 5KTQA 1X9MA 5SWMA 4ZTFA 3EY1A 3MEGA 1U49A 3H1ZA 3VQEA 3JYTA 1B9FA 1S1TA 4CEEA 4ELTA 3NGYA 1QSYA 3LALA 3SV4A 2OA8A 3PY8A 4F8RA 4DG1A 3VQ9A 4I7FA 3AVFA 2DFHA 1YTAA 2OPPA 1D5AA 4KTZA 1CZ9A 3OS2A 4KHWA 1S1UA 5JS2A 1NJYA 4DFKA 4R5PA 1L5UA 3AVLA 1C0TA 1S1XA 4G1QA 1BIZA 4KO0A 4ID1A 4Q5VA 1NJZA 1KFDA 4O0IA 3NGIA 4Q0BA 5CZ1A 1S5JA 4FJ9A 3AVGA 4CFBA 3P83D 4B0AA 3AVCA 4Z4GA 1RCHA 4LD0A 4PQUA 3QEPA 2O4IA 5HRSA 4E7IA 3AA2A 2KFZA 3OYAA 1I39A 5CYMA 3DRPA 2YNIA 1LAVA 4HVJA 1QNEA 1TKZA 3QNNA 3ISNC 3SQ1A 1XHXA 4IFVA 4CGJA 1S9EA 4CGDA 3V9ZA 4N56A 3HK2A 3ZSWA 4LH4A 4DTJA 4DTXA 1B92A 4CJ5A 1SL2A 2KZMA 3OYNA 3O4NA 3KD1E 4EZ9A 3TAFA 3PX4A 1TGHA 1QTSA 3BGRA 5DMRA 4DSLA 1BL3A 1TKTA 1BI4B 2LSNA 4E3SA 2HW3A 3SUQA 3TWHA 2G30A 5J2MA 2G8VA 4O0JA 4FM2A 4BE1A 1RT3A 4CERA 2ZE2A 3HVRA 1QN6A 4EP5A 4DFJA 4M3ZA 1IKWA 3SPYA 5CYQA 4Z4CA 2JGUA 3NF9A 1W80A 1VSEA 1S6QA 3G10A 3QO9A 3RR7A 1ZBUA 4CGHA 4J2BA 4CEOA 1YTBA 1KLMA 1VK0A 3G0ZA 4CHQA 3UIQA 2Z1IA 3L3UA 3PO4A 4NYFA 3LWLA 1GOCA 4CGFA 1K6YA 3TAQA 2A1SA 1C0UA 1RBUA 1JL2A 3OYDA 5J2PA 4BDPA 4O55A 2YHAA 3QERA 1B9KA 3KKSA 4CECA 3KK1A 2Q3SA 1NGMA 4QAGA 2B6AA 2YNGA 1VSKA 1MU2A 1CZBA 1D8YA 4KI6A 5JS1A 1QN5A 2DFFA 5HLFA 3RR8A 1C1BA 5HBMA 1LWEA 1VSLA 4CFDA 3EYZA 3TARA 4OLAA 1VOLB 4CFCA 3M8RA 1A5XA 4B8CA 3JSMA 2VWJA 3AA4A 2HHXA 1WSHA 3M8PA 4CESA 4Z4IA 3MEDA 4OGEA 4DSJA 4CF1A 1D3UA 2PYLA 1C9BB 5CZ2A 5FDLA 3CFRA 1PCZA 4H4MA 3K5LA 3E01A 3F9KA 3S9HA 3QEXA 1HPZA 3QESA 4CJVA 3V4IA 4FJNA 1T05A 4LY7A 1RDBA 1RTJA 3I0SA 3HPGA 4CHYA 4ELUA 2BANA 3VQCA 4KTQA 4CFAA 4E1NA 1RILA 1B9DA 3LAKA 3K57A 4W5OA 1KYFA 4HUEA 3OYFA 4LSNA 4O4GA 4B8AB 4DTUA 1W0HA 3SCXA 4CK2A 3M8QA 4FCYA 2HNZA 1JLEA 3HS8A 2X74A 5K14A 1RT6A 2YKNA 4QOZB 4PUOA 4LSLA 1JFIC 3NGZA 1NH2A 2Z1JA 1SL1A 2OZSA 4KHUA 2G8IA 4HCBA 1SKWA 4W5RA 2JLEA 3SV3A 4JS4A 3TR8A 2EHGA 1QE1A 4IG3A 2HHQA 4J2AA 3HYFA 4N5SA 2HNDA 1XI1A 3VQPA 2VWKA 3ZT0A 2HHVA 3CM5A 1ASUA 3HP9A 1ZBLA 1TK5A 1TK8A 3L3VA 3VQDA 4OKKA 3NCIA 4BDZA 4DS4A 2HVIA 3AVHA 2RF2A 4CEZA 4F3TA 1NK4A 5HRNA 4FK4A 4CK1A 3LP3A 4CEAA 4FXDA 3AA5X 3PUFA 3V9SA 4DTSA 3OYIA 1J9AA 1D9DA 3PO5A 1UWBA 4FZXC 2XY6A 3C94A 4CK3A 1QN9A 1VRTA 3TAGA 1ASVA 3M8SA 4HUFA 4BWMA 3VQ7A 4AHUA 4CJ3A 4CJUA 3RRHA 3CYMA 1WSGA 4KFBA 3V1RA 3NDKA 2VJ0A 3C6UA 1J54A 3IRXA 5C24A 3SPZA 1XHZA 4FLWA 2F8TA 1TKDA 3NFAA 4JLHA 2D0BA 3LZIA 3TANA 1IG9A 2G8HA 3AO2A 1NK5A 1ITGA 1BHLA 3VA3A 4OLBA 3LDSA 1HNIA 5FROA 4KB1A 3ALYA 2XO7A 1N6QA 2FBYA 1Q9XA 3NE6A 3F73A 3D0PA 1RT1A 1QQCA 3MAQA 2IAJA 4OKJA 1CXUA 4KPYA 1RDCA 2QK9A 3IG1A 4I2QA 4MFBA 4DQQA 4DU1A 2HNYA 3NHGA 1WSFA 1KLNA 2P5GA 4C8LA 2E6MA 4K8XA 3HO1A 1NVPA 3K5NA 3RMAA 3I0RA 3SQ0A 2HHSA 4B9NA 3O3FA 1J5OA 4FW2A 3THVA 2FC0A 1YTUA 4NCGA 5J2NA 4UQGA 3LAMA 3OYHA 4KV8A 4DSKA 4BDYA 2YKMA 4E89A 1BCMA 4DLGA 1NK9A 3HVTA 4F2RA 1JXBA 3TAPA 3RMCA 3SUNA 2X6NA 1CLQA 1IKYA 1QN7A 1RNHA 3QINA 3DRSA 2PZSA 4DQIA 4CE9A 1TAQA 1WSIA 4FM1A 1NK8A 3I8DA 1HYSA 2Z1HA 3D45A 1GOAA 3ZT2A 1NKEA 3OYEA 3TABA 4NCAA 1R4XA 1KYDA 2G8FA 1QHTA 2XY8A 2GUIA 4YNQA 2F8SA 5IYBP 4O5BA 3OS0A 1VOKA 4FK0A 4KHNA 3S3NA 1KYUA 1L3UA 3PV8A 4FJ5A 4WZSD 1Y97A 3ZSVA 1REVA 2IC3A 5HRPA 2RKIA 1AISA 1Z26A 4IKFA 4Z4EA 1RDDA 2OPSA 4RW6A 4M3RA 3S3OA 1QN3A 1L3TA 4DMNA 4CCHA 4CHOA 1KVBA 1YVUA 3KLHA 1NK0A 4PWDA 4CJ4A 4RW4A 1IKXA 2Z8UA 3B6PA 1GOBA 3DOLA 4C8NA 3ZSXA 3L2WA 1VTOA 1RT7A 3LP1A 4CJQA 4DSEA 5KRSA 1LWCA 1TAUA 4RW9A 1U45A 5IYCP 4YFUA 1YT3A 3VQ5A 2NUBA 2W42A 1Z25A 1RBVA 2HMIA 3NBPA 3KKRA 4CJKA 1KCFA 3HXMA 4FVMA 5KRTA 3HPOA 2OZMA 4DU4A 2IV8A 2XY7A 3FFIA 1C1AA 4E19A 1TK0A 4KB0A 4I9QA 4FJLA 1KVAA 5J2QA 1TBPA 3RRGA 4FLXA 1QSLA 3S3MA 3P5JA 1CXQA 3SNNA 3AO4A 3HJFA 3VQ8A 1U4BA 3NF6A 3ZSZA 5C42A 4JRQA 3V9UA 4ELVA 4M3YA 2HHWA 3VA0A 3VQQA 2WOMA 3ZSYA 2DFEA 4CJEA 4LH5A 4FJ7A 4RW7A 1TGOA 3QEVA 4B9LA 1VSJA 4N47A 1NJXA 1ZBHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1QTMA 1N33K 5GINA 1NMNA 1HPMA 3HM9A 1UT7A 3R8EA 1VAZA 4ROCB 2GV9A 2O4GA 3VEXA 4KAZA 2P9NA 3OYLA 4CJRA 3KLIA 1WN7A 4YHHK 1QZ5A 2WC9A 5GAHP 3IAYA 3T3FA 2H5AX 2UXCK 2ATQA 3OYKA 3ID8A 3DPUA 4M7XA 1RTIA 3V6DA 1NK7A 3CQ8A 4PKHA 1QQMA 2A41A 4Z4FA 3EKUA 4CJFA 4CEDA 1NOYA 3F0ZA 3FFKB 2YNFA 2KFNA 3HZ6A 3WXJA 4FPAA 1F21A 3E66A 4FJHA 1A5WA 1HNZK 1WB9A 2X78A 3ENOC 3AY9A 5IYDP 1U6ZA 1VSDA 4H5VA 1JLBA 4DTOA 4Z4HA 3DRRA 4K25A 3L8BA 1FKPA 1KAYA 1SAZA 3VERA 1X9JA 1KY6A 3S41A 1RFQA 1ZYQA 2LAEA 3CJ9A 4H0YB 5SZTA 1BWFO 3L2UA 1RT2A 3RPJA 4CZEA 3AAQA 4CZMA 2DKDA 4FLZA 1QHAA 4DV1K 4FJXA 1HYVA 3SBGA 4Y0WA 3TTCA 1C6VA 2AJQA 4A2BA 4W5TA 2Y8LA 4JKBA 1OH7A 3HS9A 4AHSA 4PY5A 3SNSA 2ASMA 1T3VA 4BQLA 4WQ5C 5FRMA 1QN8A 4OPKA 1XUPO 2HBLA 5AQXA 4GVMA 4OJRA 4OPHA 1SV5A 3F2KA 4EFHA 4Y1DA 4AQYK 2IVPA 3HRGA 1N3AA 2OTLN 3LALA 4KH4A 1WQAA 3BP8A 2DFHA 1RDUA 4NXMK 2FSKA 1L5UA 3AVLA 1C0TA 1S1XA 4Q5VA 1BIZA 2I7NA 3DXMA 1NJZA 4Q0BA 3NGIA 3AVGA 2HSTA 1RCHA 4LD0A 4PQUA 3QEPA 5HRSA 2KFZA 3AA2A 3SAHA 3OYAA 4I6MB 1K9MO 1I39A 3ULXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PLA A;  3MCA B;  1D9D A;  2F8S A;  4OO1 J;  1WLJ A;  3CXC M;  3G6E N;  1LW0 A;  1KVC A;  2IVO A;  5AQP A;  4BRE A;  3V9W A;  1Q7Y O;  3CCE N;  3ZSO A;  4DQP A;  1NGF A;  4JD2 B;  5BRD A;  1LCU A;  4B9M A;  3VGL A;  4K8Z A;  3CER A;  1ZBI A;  3O8M A;  3QNO A;  4JI6 K;  4CFF A;  1LWF A;  2PY5 A;  2ZFD B;  4NB4 A;  3ZT3 A;  3M6G A;  2B5J A;  4O8K A;  5DK5 A;  3LP0 A;  4EHU A;  2P1J A;  1K8K A;  4DR6 K;  4CBX A;  1BQM A;  3JS6 A;  4CJP A;  1KQS M;  3EO3 A;  3CVS A;  2IDO A;  3OC3 C;  1S72 N;  4N41 A;  4M63 C;  5IT9 O;  4E7J A;  1BGX T;  1T03 A;  1N39 A;  1JCE A;  3VET A;  3VQB A;  1DLO A;  2FLO A;  4B3O A;  1XC3 A;  2IS3 A;  2ZQB A;  2Y1I A;  5D3G A;  3OYB A;  4QS7 A;  5LL6 Z;  3FLC O;  3VN5 A;  1EBM A;  1JXE A;  3AVI A;  5KL0 A;  4YDU A;  4A5B A;  4H5T A;  4DFM A;  1L3V A;  1NJW A;  1UOC A;  4BRM A;  4CHN A;  4BRF A;  4F9O A;  3HOS A;  1YXQ A;  3VEN A;  5AQR A;  1N3C A;  2G8K A;  1U48 A;  4Z94 A;  3LPU A;  3I3W A;  2Y8Q A;  1R59 O;  5AQS A;  3U9Z A;  4DLE A;  2AP1 A;  1KFS A;  2O3O A;  3BUZ B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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