2D20A

Crystal structure of michaelis complex of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces olivaceoviridis
total genus 164
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d20A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d20A01
2VR5A 3DHPA 2IUZA 2XOAA 1OBAA 1WZMA 2EPLX 4HZ8A 5C71A 2XYLA 1MW0A 1CWYA 3AROA 3TTYA 1QNPA 4CVWA 4PYSA 2YL5A 3RMXA 3VTRA 2GZBA 3M46A 1LLOA 2VVNA 3AHYA 3FUQA 5E0FA 1ZBWA 1UD6A 5HNNA 1D3CA 1TVNA 4GZIA 1XHBA 1QBAA 3WEMA 1J0HA 1E6NA 4JFTA 1DQOA 1G1YA 2JALA 5A6LA 3HBWA 3FJFA 1HJUA 1XSJA 2BEAA 1TOOA 1JDDA 1MXGA 4QBCA 5HPZA 3AJ5A 1NP0A 3BAIA 1HP4A 3PZIA 1KCKA 2BVTA 3SEPA 1ISXA 3GDBA 4ML4A 1UR0A 1J0YA 1UH2A 3A3HA 5M17A 3SCOA 2Y9XE 1OB0A 1CLXA 1UUQA 5FZYA 4X0VA 2FGFA 4AN7B 5FZZA 3ZR5A 6CGTA 3PZTA 1H11A 3T0BA 1UZ1A 1B0IA 4DEPA 3FUOA 1DWHM 3RO8A 4WK9A 1WD4A 1TUXA 1NOWA 2BFGA 4DUWA 1GOIA 2WVVA 2BY2A 3TC2A 1W1TA 4GKLA 4Z2GA 5I77A 2VUAA 4I1EA 2VZTA 1ISZA 4ZKTB 2J7GA 3W4RA 1FH7A 2J7BA 4J3SA 2JE8A 1KCLA 3BAYA 3CA6A 5BXTA 3MANA 3IM7A 3ZT5A 3Q7WA 2OYKA 1K5VA 3NSMA 1MYRA 2XIBA 3A07A 4KGJA 1ABRB 3VUOA 3WNMA 1ISVA 1IT0A 3BLKA 1JNDA 4UNIA 1RY7A 2CKSA 3AMGA 1R8LA 2XG9A 2W91A 2QHAA 5E6ZA 2WCSA 1U33A 1VBRA 4H41A 1KR0A 1QW8A 4P0LA 3WBEA 1FP9A 1ZBVA 5BROA 1ITCA 1CGUA 4E4PA 1CLVA 2CHNA 3MV01 1B3XA 1GOQA 1CE7B 1HWOB 1SMDA 1NWRA 4UQAA 4GP3A 3ARQA 1DFCA 1AMYA 2UUSA 5ABFB 4M56A 2DQXA 5HPOA 1GQLA 3L4UA 2HZ9A 4P7NA 3GZAA 3WO4A 1UWUA 1K9EA 4D6EA 4YHEA 3VILA 1DWFM 3EMQA 2CYGA 2ZX6A 1ODUA 3BADA 1W3KA 1V03A 4UFKA 3ARRA 1B9ZA 5F8WA 1BGAA 1KGWA 2WMKA 4IZXA 5DMYA 1BARA 2WMFA 3BSGA 2VZUA 1HWMB 4WKFA 4H2CA 5A8MA 3UERA 1BG4A 1LG1A 3VGDA 3LTQA 2VQUA 1CGXA 5E24E 1W3LA 5I6SA 1MFVA 4B15A 2W61A 3CA0A 4AXNA 4ACZA 1GGPB 3R4SA 1TCMA 1D0HA 5EG6C 3SCTA 1TA3A 2J7EA 4DM1A 5BQUA 1E55A 3HMCA 2P23A 1BF2A 1M7XA 3UEQA 4ZBVB 1K6AA 1S46A 4UOZA 1HL9A 3T2QA 3UG4A 3AHVA 4EK7A 3UD9A 1JGIA 4B3KA 4BQ2A 1OWQA 1K9DA 4W87A 4LO2C 2R9KB 2EXOA 3WQVA 3FN9A 1H41A 2XVGA 2FO1A 4X37A 2PI6A 21BIA 3VIPA 3BB2A 4KRTA 3VINA 3VIOA 5CJ5A 3CGTA 3QYDA 1HIBA 2X0HA 2G3JA 1C93A 4QLKA 1I1BA 4ZFMA 5D4YA 5JIPA 4TX6A 3BAJA 1J0JA 4W86A 4D0ZA 4JZ5A 4OBRA 2VZVA 3VUPA 3UJ0A 5BWFA 1Y7VA 1E0XA 1CXIA 1J0KA 5TD4A 4JCLA 3WEOA 1W9XA 1V02A 1W91A 3PN8A 1WZLA 4W84A 1UWSA 3N04A 1HF6A 4AISA 1BYCA 4LQ1A 2X05A 3NCOA 4XB3A 3E1F1 1GOKA 4U5IA 3AXXA 5FOOA 1VFOA 1E3XA 3DYOA 3M7SA 2ET2A 1A3HA 2FGLA 2YLLA 2WVSA 3A4AA 3CU1B 1QPKA 2YUGA 1XSIA 4R5EA 5DO8A 4W7WA 2PBGA 3N7KA 3W29A 6A3HA 1KWKA 3F5KA 1BFGA 1JXKA 1V02E 5E0CA 1T9FA 1HKKA 2VTFA 4AZ7A 1HP5A 4DWSD 5A95A 3HN1A 2XTKA 1FOBA 1VFUA 3PTKA 3BGAA 4U2ZA 3CZGA 2F2FA 1LF1A 2ZXDA 1V6UA 3AKIA 1QHOA 3KL5A 2WXDM 3O2LA 4UQDA 2EQDA 2GJRA 4MDPA 3ZO9A 1Z32X 4YN5A 3RJYA 3ZJ7A 5GNYA 4J2SA 3ALGA 1GOWA 4E2OA 4OUEA 3OZOA 1YTOA 3II1A 3RDKA 2KLLA 1TWMA 2BFHA 5JLVA 3IK2A 4LYPA 4MB4A 4P7RA 1TA3B 4J2XA 1XH0A 1XYFA 2OYLA 1EO5A 2V38A 3ZQ9A 1WZKA 3GTNA 1QI5A 4P0JA 4I1BA 5F8SA 1T4QA 2ZXBA 3GNPA 1HCEA 3ZC8A 3EDEA 1P6WA 3IAQA 3N18A 4KH2A 4ATWA 1NWUA 1BHGA 1F4HA 2XHYA 3MPPG 1H0IA 1M16A 2GSJA 2WBKA 3WQ6A 4U5KA 2E8YA 1FH8A 3B9EA 5A2CA 1G94A 4BZYA 3K4DA 1VJZA 4AZHA 3EMCA 4M1RA 3F4VA 1GJUA 1UKOA 3RTJB 3B9DA 4KBBA 3FJ8A 4DWSA 1R86A 3ZMRA 1PBGA 1VJSA 4HP5A 2WVUA 4UTFA 2VZSA 3KE0A 2V3FA 3ARXA 3VT0A 1UD8A 1E4LA 3POKA 3VSFA 1W2VA 4USPA 1BLAA 1BAGA 1RG8A 1J0ZA 3NBEA 2JF7A 1GUVA 3VD5A 2CESA 1HJXA 3SUUA 4ZXOA 1AFCA 3S8JA 4I4QA 1OGBA 4N0RA 1FWUA 3WY1A 4FK9A 1WKYA 2CXGA 4A4AA 3SUWA 3VKKA 5LYRA 3U5YA 3RSJA 3LLPA 1CENA 4LO0A 4ZOTA 3NJ3A 1LL4A 2VU9A 2D0GA 1ESWA 2PWDA 3MMDA 1BFBA 1IRPA 4M8UA 2ZX5A 2Q9XA 1WB0A 1FV3A 2E8ZA 1E72M 2ZX7A 3CUJA 1FHDA 4D6GA 2VUYA 2ESCA 3OGRA 1JZ6A 1MW1A 3ZM8A 3FFZA 1E40A 4X39A 2WANA 3EDFA 4AZCA 5I5RA 3PHAA 2BVDA 1HVQA 4AN6A 2BHUA 3O4CA 4I6IA 2WHJA 1KXQA 3VDCA 2F8XC 1CIUA 4ENDA 4P0KA 3K4AA 1AVXB 1AVUA 1QBBA 3WO3A 2W62A 4AZGA 1LWJA 1QQKA 3FHQA 3O49A 1H3GA 1L8NA 4J3TA 1UR1A 4A3YA 4M29A 3FXYA 4P8VA 2NW0A 3W25A 5BP5A 3HN3A 3PMEA 2UY4A 1CXKA 4JKXB 5E6YA 1BVZA 1EQCA 2GK1A 2NT0A 2WMGA 4UZSA 1QNOA 4W88A 1QHPA 3AHZA 1I1WA 2ZQNA 4W8BA 1B90A 1GOOA 2XFYA 4AIOA 4QLLA 1FV2A 4DWSB 2BHYA 4LO3C 4HOZA 3AMLA 2RG9B 1C92A 3WF2A 1ZJBA 3RPMA 1F4AA 2XWEA 4CD8A 2ZXQA 2VC9A 1B1YA 2VXTI 2YOCA 2M49A 2RSTA 2DSKA 4BQ4A 1GQJA 4AD4A 4DUVA 2KI4A 2O9RA 5FL0A 3VDBA 1E5NA 1PC8B 3HU7A 1ISYA 1H5VA 3BMVA 1XH1A 1C91A 5A8PA 3JRRA 3RIKA 4LO7C 1EVTA 3CRGA 3NBDA 1CXEA 1SR0A 1DJSB 1E71M 4AZ5A 2UY5A 5DVHA 3GBDA 2VX7A 1FP8A 4JPZA 1Q6DA 1SMAA 2V3GA 3W26A 3UG5A 2WHKA 1NWTA 4EE9A 2YBUA 1JI2A 4AZCB 3WD1A 1CDGA 3WNNA 5C70A 4IYBA 4P8UA 2IHOA 2J25A 4PMDA 3OB8A 5BXPA 4MJ2A 1HXJA 2VL4A 2W92A 4HMDA 3K1DA 3U57A 1FQ9A 2WNWA 3U5UA 2XGIA 2I1BA 1J10A 2ZICA 1OD8A 3AIBA 4L4OA 4F79A 1KGXA 3N11A 3FJJA 2UY2A 4X0NA 2D3NA 3OA5A 1AVWB 1UWIA 4I4VA 1LL6A 1R87A 3BCFA 1Z2VA 2VLCA 3FAWA 4PMZA 2NYYA 3THCA 1B3YA 4I7IA 3AIUA 5GNZA 3AH2A 1CGWA 3VOCA 1OINA 1GCYA 3L4ZA 5I24A 4U3AA 1XYZA 5BRPA 5JBFA 1PJ9A 4Z2HA 3O4BA 2UWFA 2VCCA 5AC5A 4P6AA 3UR7A 4CJMA 1X1NA 1JI1A 2CBJA 3ARZA 7TAAA 3J7HA 4J3UA 1WCGA 4IPLA 5JMCA 4F9DA 2DT1A 2C8NA 3QHNA 1MFUA 4D6JA 5BCAA 3KL3A 2DT3A 1TTUA 1FFRA 2Q3NB 5E09A 4J3XA 2VRJA 4KEIA 3A6OA 2EPKX 3WFZA 3AS1A 1CZ1A 1XHGA 3ARSA 2BY3A 2WM0A 2QPSA 1UKTA 5DT5A 4AZIA 1WDRA 3I3DA 4HA3A 2RGMA 3N9KA 3T2PA 1BLIA 2YA2A 2DRZA 5D9NA 1V6VA 1RH9A 4UFLA 1JZ8A 1JDCA 4CD4A 2D7RA 1E6QM 3AMCA 4OBSA 3BAOA 4LXFA 2ZUVA 3VMNA 1M53A 1M01A 2PF0A 4WSJA 3AYSA 4I4UA 3WDIA 4GAIA 5E70A 4JHOA 2XVLA 2DSZA 3KWXA 3G6MA 1CNVA 1G01A 2WZHA 3GXIA 3TTOA 4MJ4A 4D1IA 3VGHA 3CZLA 3BAQA 2VRQA 4EFPA 5BXSA 1BA7A 3AISA 4QAWA 3LPOA 1ZJAA 4GQRA 1PUMB 4CD7A 1LL7A 1V08A 1YYNA 2OWXA 2Z1KA 4D6CA 2ZXAA 2CERA 1BLDA 4D1JA 1JD7A 3CTTA 2Y9WC 3AIRA 1TZ7A 2VR4A 3VIIA 4QD2C 2NZ9A 3WFLA 3O4AA 1PIGA 2CBIA 1M2TB 3POHA 3W38A 2FDMA 2ZUSA 4EANA 3AMKA 1DTUA 4CGTA 4LO7B 1US2A 4PMOA 2GO2A 1LWHA 1EV2A 3B9UA 3L2MA 7CGTA 1S0LA 4D8HA 4G6MA 5I1BA 2BY1A 3L4WA 2O92A 1EO7A 4CN1A 4TTGA 1I75A 2DSVA 2HVMA 1AQHA 2G4FA 1XG6A 3LPFA 3UCQA 5D9PA 1G9BA 1RMLA 5F90A 4U33A 1PZ3A 5EFDA 1E3ZA 3P6JA 3AZWA 5AY7A 2E4MA 1DHKA 1XGZA 4PN2A 1J9YA 3FJKA 3WH5A 5DSSB 2FHCA 4TOQA 4BQ5A 4OEFA 2O9PA 2ZUWA 1DLLA 1VIWA 1V0LA 3WENA 4AD0A 4XZWA 3H6SE 2W67A 2OWCA 3ZSTA 1GONA 1DWIM 4WKAA 4P8XA 5LA0A 4YOLA 4ZENA 4D6FA 3AS0A 3RMYA 3N1AA 4GI8A 3V0AA 5A69A 1LQ0A 2FH6A 3ZT6A 4TX8A 1QNQA 3FHAA 3S2CA 1FN0A 3A47A 2G41A 3WO2A 4OKDA 5BQUC 4J2KA 1R8OA 2IXVA 2EPMX 3AICA 3CZJA 4BCEA 2J62A 4OOUA 1HJWA 4PMNA 4FGFA 3VD9A 3L4XA 4LPCA 3OBTA 4JP0A 2WPGA 3QGVA 1BYAA 1ONKB 1E70M 1VEMA 4MNLA 2JIEA 5IFPA 4QBVA 2X1IA 1W3HA 1EGZA 2ZIDA 4HPHA 1E5JA 5FZUA 3CRHA 4M80A 1Q4NX 4G9MA 3BA4A 4JL2A 2J7CA 1CBGA 4UOJA 3ZX7A 1AVAA 5A6SA 2CBUA 4AEEA 3T8SA 1QNRA 3CBWA 4UOQA 1US3A 2Y2WA 1MC9A 1C7SA 3CQAA 3DYPA 3AJ6A 4PSPA 1AF9A 3ZT7A 1ECEA 4ZLBB 4TVUA 3CUIA 1PUUB 8A3HA 2K4AB 1O6IA 4GXPA 3OGGA 5BYWA 1QI3A 3CZEA 8I1BA 1IZKA 3AFBA 4PMYA 2FHBA 5CPTA 1FFQA 2ESUA 3ARUA 4ZE4A 1V6YA 1B3WA 1XRVA 3PTQA 1ZL1A 2NSXA 2XJ7A 3EYPA 1Q6FA 3FNDA 4J23B 5IDIA 1OQLB 4GP0A 1CGTA 2VCAA 5CGMA 2ZX9A 1WBCA 3WUEA 1J0IA 2DEPA 3UESA 1HWNB 1HKNA 2OLHA 1H4PA 4MPKA 3W37A 3WDPP 3AYRA 1MD6A 3H6QA 3FJDA 5HOSA 1WP6A 1ISWA 2WVVB 3QHOA 4UQBA 2F2FC 2HWAA 3UDAA 1EOMA 4OEGA 2BXYA 1PPIA 4HTYA 3PUBA 5D9OA 3B8SA 4UR9A 4EB2B 1BFFA 2A3AA 2UY3A 2F61A 4GI9A 1EQPA 2B31A 1R7AA 1WBAA 1NP2A 4DUXA 4JQ0A 4IISA 1GW1A 4QD2B 3SCSA 1IRAX 1PEZA 4Z2KA 2A3BA 5IXEA 3SCVA 4TTUA 5CPQA 1HKIA 3WEZA 1JF5A 4AYSA 3G6LA 3K8LA 2PBOA 1SZ6B 4J3WA 4W93A 4I4XA 1WPCA 4KMQA 2MIBA 1E1EA 3W28A 2PWGA 2ZR1B 3O5WB 2QF8A 3AKHA 5FKYA 4P7QA 5CLTA 2W63A 4QDMA 3L4VA 4L4PA 4ATDA 1UOKA 1V3IA 4U3CA 4ZXLA 4JCMA 3NUKA 1GHSA 1QHZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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