2D22A

Crystal structure of covalent glycosyl-enzyme intermediate of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces olivaceoviridis
total genus 166
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d22A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d22A01
4W93A 2XVKA 4P6AA 5CLTA 2E8YA 3H6RA 1Q6DA 4M1RA 1AF9A 3WF4A 3RCNA 3UERA 3N12A 3T0AA 1ZB5A 4X38A 4BF7A 1W3AA 4QLJA 1B90A 1OIMA 2AMGA 4MJ2A 3WFLA 4EAMA 3UG5A 6A3HA 4I4XA 1XD1A 2PWHA 2X09A 3IM7A 2ZXDA 2WHKA 1W9VA 4UQDA 1XH2A 4PMOA 1HIZA 2DRYA 3K8MA 3R4UA 4IQPA 3BTAA 5AC4A 1JT7A 3FJEA 2DGAA 3WL0A 1OSEA 1MFVA 2GDVA 1WZLA 3W81A 3OZOA 2ZUWA 4GP0A 1QI3A 3F5LA 1UZ1A 4FMVA 1DQGA 4UFJA 4ZXLA 4ZBVB 1M2TB 4F9DA 2JEPA 4GI9A 31BIA 2V5CA 4KEJA 3TTQA 3S6TA 3D5HA 3CUJA 1CGYA 1MW3A 3MMDA 2UY2A 4OWJA 4H7VA 3UESA 1JYVA 2DIJA 3GNOA 2YL8A 2BS9A 4CD4A 1EDGA 3H6SE 1WZAA 4G9MA 2XGIA 3OLDA 5E0CA 1SYTA 2BFHA 3B9EA 2DT2A 1VAHA 1V6VA 5EFDA 5A6BA 2D22A 1MD6A 3WNNA 1GUVA 1IZJA 1TUXA 4E2OA 1G01A 3O4DA 1W9PA 3A3HA 2VZVA 1OWQA 3VINA 1DQOA 1FV3A 1H09A 2GJXA 3VIIA 4EE9A 2E40A 2BY2A 2J78A 4V28A 1DWIM 2XVGA 2Q8XA 4UTFA 2WBKA 3WQ4A 3AYSA 1DFCA 4AZ6A 4D6FA 3UD9A 3CA3A 2VR5A 5ABGA 5DVHA 2D24A 1HJSA 1Z4SA 1W2PA 3U7VA 4PMQA 1LLOA 3VSZA 2FHCA 4N0RA 4LPCA 4CCCA 5ABEA 1VEOA 1B3XA 3UR7A 4FK9A 2J7HA 5CG0A 3WBEA 4HR6C 2FDBM 3J7HA 3ARYA 5D8WA 1OT1A 4TOQA 3OIHA 4IISA 4Q9PA 4QD2B 5FZUA 3QHOA 2J7BA 2WMIB 4ATDA 4GAIA 1GW1A 5F8YA 1TWEA 3AMKA 1QQKA 2VRJA 2WMKA 3IK2A 3CZGA 3WQWA 1L0PA 8A3HA 3RDKA 4AD2A 1EOMA 3CLWA 3WDHA 1JQZA 2A3CA 1JI2A 1BYCA 5GNZA 1ZU8A 1QI5A 1XSIA 1QW8A 3U5UA 4NSBA 2Q3NB 5HXMA 2PBGA 2ZXAA 1R7AA 3PG0A 4UCFA 3AS1A 3N9KA 3HBWA 2RQ9A 1JDCA 2VQTA 3NBCA 2YLLA 2VZOA 1E6QM 1BYBA 1FHDA 1HX0A 1W3HA 5A6LA 3WFZA 1QHOA 3RIKA 4UOZA 1NH6A 4MB4A 2WKLA 5ABFB 2WYSA 1W91A 3S8JA 5FNWA 4P7QA 4L4PA 4AMCA 2VUAA 1TA3A 1JDDA 2F2HA 3QHNA 4J3TA 3WDJA 1E55A 1PUMB 4AXNA 3IIRA 2WMJA 1DIWA 4X9YA 1B3WA 2QMKA 1B30A 1J10A 1EH9A 2JEQA 1FP8A 1F31A 4HZ8A 1W3FA 4PMRA 1DZCA 1JAKA 4NF7A 5E6YA 4GINA 1QI0A 3DYOA 3L2MA 4JQ0A 3AMGA 4ACYA 4C7GA 2EPMX 4RE2A 2VTFA 4AD4A 3VSFA 1RD6A 2J77A 2VVSA 3APGA 3SEPA 3EDEA 2ZUVA 2CBJA 1K6AA 4ZKTB 1DTUA 1EGZA 4QO3A 1R87A 3AKIA 3FUOA 4BS0A 1R85A 2L5XA 1B0IA 3SCSA 4YHEA 1FH8A 5KZ6A 1FFQA 1KXTA 4UZUA 2FFUA 2WCGA 2VSEA 3CIVA 3P6JA 2OYMA 3KMVA 1WDQA 1JXKA 1H0GA 1GOIA 3BA5A 3IAQA 2P39A 1E73M 1D2KA 1JZ5A 3W24A 3U57A 3WH5A 1QPKA 1R8LA 4DWSB 3O49A 2K43A 5IFPA 3SCQA 3A21A 3BAGA 1JIBA 3ZT7A 3GBEA 3M07A 4UFKA 1CEOA 5I1BA 3KL3A 4J28A 4FLOA 3VGBA 4J2SA 3L4UA 3MPPG 3NCOA 1V08A 1KBBA 3MUIA 4W85A 2WVSA 1CE7B 2YA0A 2DRZA 4P8UA 4CCDA 4PEEA 1E4LA 4TVCA 2VLCA 4PUDA 4CD7A 2WZEA 3WQ8A 4GXPA 1V6UA 1BVNP 1DWFM 2XSBA 4ACZB 5E9AA 4AZ7A 1V6WA 1MQQA 2VURA 6CGTA 2QMJA 2CEQA 4D71A 2CESA 5A8PA 1JAEA 2X2TA 1HP5A 3GXDA 4QP0A 2ZQOA 4TXEA 1W9DM 2IUZA 2F8XC 2J7FA 3SUWA 1R86A 2YOCA 1V0NA 4W86A 4B9YA 1UKSA 2DDXA 2XOAA 4QKSA 2BV9A 1DWHM 5M5DA 4EKJA 1DZDA 2E0PA 5FL1A 1EHAA 3AZTA 4QDMA 1KXQA 3T2QA 1FQ9A 2BHYA 2WPGA 3ZSSA 3DYMA 4ISQA 3ZXGA 4I4QA 4OBSA 1KBKA 2GZBA 2WK2A 3DECA 3NIYA 2J8GA 4J3XA 1K5UA 1NZKA 3HJEA 3VD7A 2VQUA 3OJVA 2MLLB 4W7UA 3UG3A 3VD5A 1E6ZA 2OWXA 3A4XA 3VDHA 1IZKA 3T8SA 4HA3A 2DSUA 5AY7A 4CU6A 1GGPB 1D0HA 3L4ZA 1NQ6A 5BQUA 4YPJA 2XUCA 3O4AA 1G9BA 3NJ3A 4PMUA 4GQRA 1YF8B 1XHGA 1W32A 1CGXA 3W38A 5BCAA 1WDRA 3WF1A 1BFNA 3BAWA 1YBIA 3CZKA 3AKHA 2ZQNA 1EYLA 3AH1A 4J2KA 2W61A 4F8XA 3A07A 3BAXA 3VMOA 1NWSA 3CBWA 4PMDA 1TMQA 4ZENA 4AEFA 3L4TA 3WUGA 1ABRB 5C70A 4X0NA 1NM9A 1B1YA 4G6JA 5A6KA 2KI6B 2XTKA 2OSWA 1H0IA 3AOFA 4ZGRB 4Z2GA 6TAAA 2BVDA 3AMDA 2VU9A 4Y7EA 4DUWA 1ILR1 1TZ7A 1ZBWA 3OGGA 1XG6A 1LG2A 1HCEA 1QNSA 1KGUA 1W3LA 1TG7A 2GUYA 1Z0HA 2FGFA 3VUPA 2WMFA 5I78A 4P7OA 4X39A 4W8LA 3NYDA 3P53A 1B3ZA 1IJTA 5DSSB 1WB0A 3HMCA 4DUXA 3OGSA 5JUVA 2BXZA 4DENA 5FOOA 3WO3A 4MPKA 4ML4A 4LYQA 2BY1A 1C7SA 1C92A 4MAVA 2W63A 2E9LA 2XVNA 1UWQA 3ZJ6A 4Q91A 5HBFA 5M17A 3M6DA 3PZQA 2DSVA 3BRDA 3UETA 2O9TA 4MADA 3A47A 5EFFA 2V3DA 4H8VA 1A3HA 1II4A 2JF7A 3AS2A 4CU7A 2G3NA 5BWFA 1UWUA 4PMYA 1H49A 2JF6A 1W3KA 2ZXBA 1DJSB 3UG4A 4IZEA 3FHQA 2OSXA 2ZOXA 3AYRA 1J11A 2KLLA 4U2YA 4HPHA 3N1AA 3T2PA 1K9FA 1QI2A 4H2CA 4IUGA 4UR9A 4R6UB 2D23A 4ZLBB 3DC0A 3GNPA 1H4PA 1QQLA 3HSMA 1HJVA 3MUZ1 4DCKC 2QV4A 3AH2A 3CUIA 4YOLA 3O5WB 3DHUA 3ZJ7A 2BVYA 1ISYA 9ILBA 5JLVA 5DMYA 3KZSA 1S0DA 2XFFA 4JP0A 2BNJA 3VX0A 3UD8A 1QVBA 4KWUA 3CHDA 1P63A 3CRIA 2VI0A 3SCUA 1S0BA 4OWKA 3KE0A 3VIKA 3EDJA 3CMJA 4Q9GA 2XWDA 1UKPA 3PZVA 3GXIA 4D6CA 4U5IA 4MTVA 2GJPA 1UH3A 5M3WA 1VCLA 1EV2A 5CZKA 1G82A 5A6MA 2WCSA 2YDQA 2NVHA 4MNKA 1JL8A 3CA0A 1V03A 1MQPA 1US2A 4LO7C 3UD7A 1ZL1A 3WNPA 4M80A 4F83A 5JIWA 3A23A 1PWAA 1UZ4A 2PI6A 4MNJA 3K1DA 4M56A 5BROA 3VDAA 3H6RB 5D62A 1AVUA 1DFQA 3VIGA 4PCSA 1TCMA 1FA2A 2DIEA 3A6OA 2VVNA 4CJMA 1LL7A 1HCDA 3UEQA 2BHUA 1QHZA 4JCLA 3RPMA 4ZFYB 2XGBA 2NTDA 3GH5A 2DREA 1UA7A 4HZ6A 5DUYA 1ZBCA 3LPFA 3NSNA 4IZXA 4MDPA 1OD8A 1QXMA 3R4SA 2EEXA 2HWAA 3CAHA 3BGAA 1V3MA 1HP4A 3T09A 1BG9A 1S0EA 2X0HA 2X1IA 1N4KA 1D3CA 3B9AA 4M8UA 2CKRA 1R7OA 2E4MC 2CBUA 5CQ1A 1UR4A 5I23A 1TFMB 3VX1A 1HVQA 2PF0A 1AXMA 1ZJAA 4CVWA 2AAIB 2A3HA 3WNKA 3OLIA 1V3IA 2EPNA 3ARSA 1LL4A 4W8BA 1OGSA 2JIWA 3N7MA 2UY4A 4P0JA 1SMDA 2PBOA 7I1BA 3AHYA 3QOKA 4D6IA 5F7UA 4EFRA 1T4QA 1FHLA 3AXIA 2VSAA 2OWCA 3K8KA 1HVXA 1OBAA 4C7DA 4F66A 7A3HA 1EHNA 2VRQA 5LA2A 2CYGA 2O92A 4XFUA 2VX4A 3WSUA 1OINA 3BAUA 1MW1A 3A22A 2YKKA 4U33A 2FO1A 1VJZA 1B31A 3BAKA 5I79A 4J3WA 2NT1A 1UR9A 1KGXA 2VRKA 4B3LA 1E4MM 3A4AA 1JFHA 5A1AA 2D44A 4XKIA 1CGWA 1HF6A 3FGMA 4J3VA 4AIOA 3PTQA 3SUTA 1BFBA 4I1BA 4OOUA 1C7TA 3AIUA 1KFWA 3V0BA 1GOMA 4CN4A 3MU7A 3RJXA 1J01A 1U2YA 2VZUA 5E6ZA 1HNYA 3WDQA 1JYNA 1M04A 2ZUMA 1KCLA 4Z8SB 2G4FA 1VJSA 4U3CA 5F90A 1GQLA 3N15A 1HJUA 1UWTA 4UZSA 1JZ4A 3VT2A 2J62A 2O9RA 5EHAA 3POHA 2CIPA 3BA4A 4G9NA 3FJHA 4W84A 4I2SA 1KNMA 3ZXDA 4P7NA 3GBDA 4ZE4A 8CGTA 1CLVA 3WENA 5GNXA 4W5UA 1HWMB 1MXGA 4W5ZA 4JKKA 3FNDA 2E4TA 1GZJA 2IWTB 3NDYA 4UQCA 4Z2LA 4ZFUB 3AH4A 3AZWA 2J25A 1CGVA 2A3EA 1NOFA 2M49A 4D1IA 5A2AA 4BCEA 4ATLA 1US3A 5A6SA 4ZFMA 1V3KA 4JPZA 3GYCA 3WQVA 1UR2A 4LXFA 4XZWA 1WZKA 2WSKA 3WMBA 4EK7A 1E4NA 1X6LA 1GVIA 1PZZA 2G41A 2D3NA 4WIWA 2W67A 4Q7NA 1VFOA 2Z1KA 1Q6CA 2C0HA 3VT1A 2W91A 1H2JA 1JT3A 4QFUA 4J23B 1J0YA 3EYPA 2Y4SA 1C8QA 3WD1A 1LG1A 1WO2A 2GSJA 4L4HA 5DEZA 3BAOA 1CLXA 4Z9WB 5I5RA 4LO3C 2JE8A 3HU7A 2BEBA 3V0AB 1YYNA 1HJQA 4I4PA 2EPLX 1GOQA 3TTSA 2YA1A 2D43A 1ISZA 4PMVA 5CPTA 4UQBA 1E1FA 1ZS2A 4KEKA 1VIWA 5ABHA 2J7EA 1XZZA 3W82A 1XC6A 5A6JA 3AJ6A 1KGWA 5DO8A 3U7BA 2D7RA 3O4BA 4OEGA 2EPOA 3F5KA 4HA1A 3RM9A 2PWEA 3LLPA 2QHAA 4GAFA 3MUAA 3CUHA 1PX8A 5CGTA 4ZA3B 1JLYA 1Q6FA 4LO3A 4A4AA 4PUEA 3BAHA 3HN3A 1JZ8A 3E8LC 4PCTA 1LL6A 3GXFA 1UD3A 3FXYA 2QF8A 4AC1X 3VD3A 2GO2A 4TLPA 1H11A 3QGVA 4PBGA 3BADA 2JALA 2YJQA 3WH8A 3I2XA 5BRPA 3AI0A 1L2HA 2KH2A 1XH1A 1MXDA 2ZX9A 2NYYA 2NP0A 2JFEX 3VVGA 4CN6A 2AOSA 2UY3A 1J18A 3MO4A 4AEEA 1T9FA 3AS3A 3V79C 3FHAA 3GTNA 4HA4A 5IHSA 3OJ2A 3WF2A 4WSJA 3WMCA 1SR0A 1BARA 2KKIA 1TR1A 1X1NA 1E0OA 1UUQA 2NT0A 3RM8A 1WAWA 1K9DA 4I37A 5D9NA 4BA0A 2YIHA 4EEEB 3FN9A 2VXRA 5I2UA 5DZUA 4QLKA 3FJ9A 5BRQA 2VT0A 5JBDA 4AD0A 3OBTA 4AN6A 1G0CA 2WXDM 3VGHA 4B16A 1PJ9A 1PBGA 3MSGA 4L4IA 1VBRA 3ZR6A 2AFGA 1FFRA 4M82A 5A8OA 1B3YA 4GOYA 2DSZA 4Q22A 5BOWA 1NP0A 4KGJA 1BPLB 1H3GA 3WD0A 4XZBA 2W66A 5D8ZA 1WNOA 1CXHA 1GHSA 3O3QA 2J7DA 3OJMA 1C90A 1PPIA 1VFUA 1K5VA 3OLGA 2IXUA 4JKXB 4XUYA 4I6IA 2D0HA 1UR0A 2YBTA 3IAGC 1XRVA 1EPWA 1WPCA 3N04A 4H8HA 1E70M 4CD6A 2ZWYA 4C7FA 2Y9FA 1RY7A 4AZ5A 5CGMA 3FJAA 2ZWZA 2G3JA 1CGUA 4LYPA 3O4CA 4MB1A 3BAJA 1V02E 2ESCA 1PEZA 1BSIA 4AISA 2IHOA 4FLRA 4F79A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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