2D4WA

Crystal structure of glycerol kinase from cellulomonas sp. nt3060
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
503
structure length
503
Chain Sequence
ADYVLAIDQGTTSSRAIVFDHSGEIYSTGQLEHDQIFPRAGWVEHNPEQIWNNVREVVGLALTRGNLTHEDIAAVGITNQRETAVVWDKTTGKPVYNAIVWQDTRTQKIVDELGGDEGAEKYKSIVGLPLATYFSGPKIKWILDNVEGAREKAEKGDLLFGNTDTWVLWNMTGGTEGGVHVTDVTNASRTMLMDLDTLSWREDIAADMGIPLSMLPDIRSSSEVYGHGRPRGLVPGVPIAGILGDQQAATFGQACFEVGQAKNTYGTGNFLLLNTGTEKVMSKNGLLTTVCYKIGDAPAVYALEGSIAVTGSLVQWLRDNLGMFEDAPDVEWLAGKVQDNGGAYFVPAFSGLFAPYWRPDARGALVGLTRYVNRNHIARAALEATAFQSREVVDAMNADSGVDLTELRVDGGMVANELLMQFQADQLGVDVVRPKVAETTALGAAYAAGIAVGFWKGEQDVIDNWAEDKRWSPSMESGERERLYRNWKKAVTKTMEWVDEDVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords glycerol kinase
publication title Structure of glycerol kinase from Cellulomonas sp. NT3060
rcsb
source organism Cellulomonas sp.
total genus 186
structure length 503
sequence length 503
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2005-10-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2d4wA01
2BUPA 2QXLA 2YCHA 1R59O 2HMPA 2QWRA 4JNEA 1E4GT 5EOYA 4H0TB 3VEWA 1XUPO 2F9WA 1T6CA 3EO3A 3GDQA 3L6QA 1C0GA 5AZIB 5CE3A 1Z6RA 2CH6A 3IFRA 4MO4A 3LM9A 1MDUB 2HF4A 4BVPA 3WQUA 4CD1A 4Z94A 5AQGA 4M7YA 2E8AA 1HLUA 3LDNA 5BRFA 2ZGZA 1QQNA 1HX1A 3ZEUB 2NRHA 5AFUH 2P9UB 3UKRA 3WQTA 3ZEUA 4J8FA 4WQ4C 4CZMA 3A5OC 4BG9A 4BG8A 2H3GX 3CJBA 4AM7A 1BO5O 4IO8A 4BR5A 3VETA 3VF2A 3DWLA 2P9IB 3KVGA 3L0QA 3G25A 3MDQA 4FL9A 4KBOA 3VPZA 1OKJA 4E1JA 1GLCG 1QQMA 5ADXA 3FZMA 3BF1A 2UYTA 4ISGA 1S22A 1BA0A 2E2PA 1BU6O 1DKGD 2WUSA 2ASPA 3LDQA 3MN9A 4MLEA 4B1VA 5AQWA 4BREA 2D0PA 4BGBA 4ISEA 1BUPA 4K41A 4NB4A 2QWLA 1H1VA 4WQ4A 3GOIA 1WOQA 4FWLA 3MCPA 2I7PA 3H45C 5FPEA 4H5WA 2QM1A 2F9TA 3WXLA 3VEZA 5TKYA 1YXQA 3D7EO 5AQYA 2ASOA 2VYPA 2E2OA 2NLXA 3EZWA 3ZETA 1WUAA 2E1YA 3QFPA 5F1XA 5AQOA 1XC3A 2CGJA 2QW9A 3IUCA 4CZHA 3MN6A 5AQXA 1K8KA 2VWBA 3U8XA 3P4IA 4DHYA 5BPMA 4FWRA 4JD2A 4YDUC 2P9PB 2GEMA 4CZLA 2P9PA 5FPMA 4HTLA 4DQ8A 1NM1A 4CZEA 3BUZB 3M6GA 2Q0UA 1LCUA 5KQDA 3CJ7A 4H0PA 3A5NC 5AQFA 3RSEA 4FWSA 4EHTA 3GG4A 3CERA 4Y0WA 4F9OA 4H03B 4BRMA 4CD3A 2ZGYA 2ITMA 4JN4A 5KPZA 4XH4A 2IVOA 1KAXA 4I6MB 2V51B 1MWKA 1TYQB 5AR0A 4I6MA 4IJNA 4IJAA 4JAXA 2CGKA 1NGIA 5EVZA 2D0OA 2D4WA 4DCHA 5BPNA 2I7NA 3H1VX 1V4TA 4CBUA 3UE5A 3H3OB 1NGGA 2NZTA 3SMPA 3CIPA 4CBWA 4YDUA 4PKHA 2D1KA 4FWKA 2YHXA 2P9NB 4EIAA 2P9KA 2P9LB 3MMVA 3FZHA 2QWOA 3WXKA 4AM6A 1ATRA 1D4XA 2IVNA 3HI0A 5AQTA 5BR9A 3A5MC 4A2AA 2A42A 1G99A 1GLDG 4HWIA 2FSJA 1Z05A 4RWTA 2VCPA 2IIRA 3I33A 2Q97A 3H1QA 4BRHA 4BQLA 5B8HA 4BRLA 3VEXA 3F9MA 2A41A 3FZLA 5BRHA 1IG8A 4GY2B 4BRCA 5JLHA 2E2QA 3UKRB 5JICA 2A3ZA 3O8MA 5AQHA 1QZ6A 4H0YB 5AQMA 2YHYA 4M63C 1NGAA 3WXJA 5E26A 1J6ZA 1KAZA 1GLJO 3ULEB 2FSKA 2AA4A 3ULEA 3VEYA 5AQRA 3M1FA 4B1UB 2CGLA 3TPQA 2W41A 3EL2A 3J8AA 1BG3A 1JCEA 1QQOA 2IVPA 5BREA 1P8ZA 3QFUA 2FXUA 2QWMA 3EKSA 4GNIA 5ELZA 3HZ6A 3SJHA 2GWJA 3AAQA 1T6DA 2GUPA 3U9DA 2CH5A 3ENOA 1X3MA 2FF6A 3A5LC 1NGFA 3FZFA 4CJ7A 1ESVA 1NLVA 3GE1A 3TU5A 2W40A 3VESA 5FPDA 1TUYA 1Y64A 3VGLA 3FFKB 5KPRA 4MO5A 5AQNA 3QICA 4IWVA 1HJOA 2FLOA 3FE1A 3ID8A 2ZWHA 1HKGA 2AP1A 3WXIA 5EXWA 5ADXH 3SMSA 3BF3A 4FPBA 5LJWA 4B9QA 2ASMA 5F2RA 3ZETB 1HKCA 3D2FA 3H46O 3B8AX 3QDKA 3GL1A 3O5BA 5KPTA 3ATVA 1K8KB 3SLCA 1BOTO 5AQJA 1V4SA 3CETA 4JD2B 3VF6A 4BC3A 4CBXA 3C0BA 4EAHD 2FSNA 4NO7A 3CHWA 4PL7A 4JHDB 3R8EA 4JHDA 3RSEB 4BRNA 4CZGA 1C0FA 4FWPA 3H3NO 5BN8A 4BC2A 4BRKA 1GLLO 5AZJB 4B1ZA 3ENHA 5AZJA 2YI1A 4PKGA 1HKBA 3DJCA 3O80A 3R9PA 3LDLA 4BR9A 3WT0A 1ZXOA 4K42A 4A62A 3C7NA 3MN7A 1TUUA 4PKIA 3D2EA 4BR4A 4BRIA 3R6MA 5AQSA 3VOVA 4FOEA 5AQVA 4BRAA 3I8BA 2E2NA 2PBDA 4RTFD 3DXMA 1JCFA 3JS6A 4FWNA 4M7XA 4XH5A 2Q2RA 3U4LA 2YHWA 3WEEB 3ZX3A 3AAPA 4XEIA 3EN9A 5JLFA 4BRDA 2P9KB 1RDWX 4CZFA 2GELA 1ATSA 4BROA 1JCGA 3FZKA 3W0LA 3O1BA 4IZ9A 4BR0A 4BRPA 3ATUA 4ISFA 4EHUA 5AQQA 1Q18A 1LOTB 2Q1NA 5AQUA 2V7YA 4A61A 3S41A 4B1YB 3CJ1A 4XH1A 3JXUA 4H5NA 5AFUA 5KQ8A 2A40A 1BWFO 3O4WA 3QMLA 2Q0RA 2PAVA 2E20A 3CI5A 3VENA 4FPAA 4O5FA 5AQKA 3O08A 1HPMA 4QS9A 3WEEA 5I9EB 2HF3A 1U6ZA 2QWQA 4EFHA 2V7ZA 1GLAG 2A6AA 3VGMA 4FWMA 3CJCA 1NGEA 3QBXA 4LC9B 4PL8A 4WQ5C 5AQLA 5AZIA 1QHAA 2E88A 4FO0A 3L4IA 3HM8A 1NGDA 3AY9A 4H0XB 1MA9B 1X9JA 2Q36A 4BR7A 3HSCA 4BR2A 4MLHA 1E4FT 2P9UA 2KHOA 3AARA 1ZBSA 5BRDA 3IDHA 4BC4A 4C23A 3BEXA 3MK6A 4O8KA 1SAZA 2HOEA 2P9IA 3CJAA 5EX5A 3VEOA 1DGKN 2V52B 1RFQA 2YJFA 5EY4A 1CZAN 4QS8A 3O6WA 4BVOA 3LL3A 1SZ2A 2ZF5O 3U9ZA 3DXKB 4CZJA 3DXKA 3UB5A 4WQ5A 1QZ5A 2P9SB 1GLFO 4IXCA 2P9SA 3H6EA 1YAGA 3M3ZA 4B1WB 4B1XB 4A2BA 3CQYA 3D2FB 5AQIA 3LM2A 2FF3B 4K43A 2E1ZA 3HTVA 3CJ9A 3VERA 1U2VB 3KHYA 1S3XA 1HUXA 3DAWA 1U2VA 1ZC6A 5FPNA 5BPLA 1YUWA 1KXPA 3FR0A 3A8YA 2EWSA 4H5VA 4FSVA 5F0XA 1DEJA 1GLEG 4H0VB 1NMDA 1T44A 2BTFA 3ZX0A 3UKUB 3UKUA 3LDOA 3VEVA 2OANA 4BQZA 5AQPA 3LDPA 1NWKA 1NGBA 3C7NB 3BP8A 1NGJA 3D2EB 4BGAA 1NGCA 3O1WA 4K25A 5BN9A 2QWNA 4L3QA 2A5XA 2GTDA 3WUHA 3W3DA 1RGIA 3OHRA 1SQKA 4DB3A 1IJJA 2DPNA 1NGHA 1NBWA 3A0IX 3DXMB 1X3NA 4BRQA 4WYBA 2J4RA 3VF4A 1BA1A 4BC5A 1XQSC 1KAYA 4QS7A 1YVNA 4RCHA 3FLCO 5AQZA 1GLBG 4BRGA 3CQXA 3MN5A 1BDGA 1TYQA 3VGKA 1EQYA 3EKUA 4CZIA 4FOIA 3HBTA 3QB0A 4FWQA 4FWOA 1MWMA 3KZBA 3GBTA 5JMVA 1ATNA 3FGUA 3QBWA 2QWPA 4CZKA 4BRFA 4CI6A 5LJVA 4H5TA 3ZX2A 2GWKA 5LY3A 3SK3A 2YJEA 2P9NA 5E84A 3IMXA 2P9LA 4H5RA 4H0OA 2Q31A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XY7A 2HMPA 4LH4A 1E4GT 1TL1A 2XY8A 3S3OA 1S9EA 4H0TB 3VEWA 4CJSA 1XUPO 4MDAA 3CXCM 2R7YA 2GV9A 4X64K 4O0JA 1C0GA 1J53A 5M1KA 1YTUA 4CK2A 3KLHA 3NF8A 2CH6A 4YOXA 4I2QA 3OYMA 4KI6A 2HF4A 3K5NA 4JK7A 4AQYK 3WQUA 4Z94A 4M7YA 2IGIA 2OPSA 3L2UA 2D0AA 1QQNA 3T1YK 1L3VA 3ZEUB 3NVKA 4M3UA 4ZHRA 1I94K 4J8FA 3TSPA 4LFAK 1HNVA 4AM7A 4DR2K 1HR0K 3ITHA 3MCAB 2O4GA 3L0QA 3AVBA 3MDQA 1BQMA 4FL9A 1S1VA 1I3AA 4KBOA 4CJKA 3AA5X 3HT3A 3CMAN 4JKBA 4DR6K 1LW0A 2E6MA 5SWMA 5HRNA 1DKGD 3A2FA 1BIUA 1RDUA 3J80O 4RW7A 3F73A 1TGOA 4DTNA 4BREA 4FVUA 2UUCK 4K41A 5HRRA 1HQUA 3SAFA 4YFUA 4WQ4A 3GOIA 3V1OA 1XNRK 2I7PA 3H45C 3VEZA 1YXQA 4B9SA 3DRRA 1HRHA 1Z25A 2ZM6K 2VYPA 2VG7A 3EZWA 4LF5K 3QFPA 2E1YA 3L2QA 2G8VA 5AQOA 1UWBA 2QW9A 3IUCA 5BR8K 3WNHA 2ETJA 4KHQA 1XI1A 4O8UA 2PYJA 3P4IA 3LZIA 4CJRA 4NCAA 4LSNA 4HCCA 4CW7B 2ZQBA 4YDUC 3OYEA 3AO3A 4JI7K 1YJ9N 3BDPA 3HPGA 4HTLA 4DQ8A 1NM1A 3CFPA 3SQ4A 2HBMA 1YHQN 1DTQA 1RT1A 2HB5A 3NF7A 3RSEA 4H0PA 5AQFA 3OW2M 4FWSA 3IS9A 4KB1A 4NLCA 1C0MA 4EHTA 3AVLA 4Y0WA 4L8RB 4F9OA 2X78A 4H03B 4B3TK 2KZZA 1U04A 1TK0A 4O4GA 3VQ8A 5J2MA 3VQEA 4XH4A 2QKKA 3J7ZO 2VG6A 1TYQB 1KFSA 4I6MA 4K8ZA 4IJAA 4F3TA 1LWFA 3SAGA 3LDSA 2XHBA 4FCYA 1TV6A 3H1VX 1B9FA 1KTQA 4CFDA 1SL0A 1KRPA 3H3OB 3ZSZA 3SMPA 4DR1K 3SNNA 3T69A 4DV6K 4PKHA 4FWKA 5AJ3K 2P9KA 5C0YA 2P9LB 1XWLA 3PUFA 4Q5VA 4B8CA 3HI0A 5AQTA 1HJRA 4CJQA 5KRTA 4B9UA 1IKXA 2Z1IA 2VWJA 3QETA 3I33A 4DSEA 2YNIA 3H1QA 4BRHA 4ELVA 2HHHK 4KI4A 3VQCA 2A41A 3FZLA 2F8TA 1RBRA 4I9QA 3DLGA 4GVMA 1C0TA 4DQQA 1QSSA 2YHYA 3AO4A 3C6TA 3RWUA 5FRMA 4WFAL 4C8LA 3ULEA 3VEYA 3J7YP 1SKWA 2P5GA 4B9TA 2CGLA 1YF5L 2W41A 4IG3A 1WSJA 3V81A 1N33K 1LAWA 1BG3A 3DLHA 5CZ1A 1P8ZA 4WCEL 1W7AA 1J5OA 3QFUA 3CCUN 3WNEA 3OJSA 5DMRA 4KHPK 3QESA 2GWJA 2GUPA 4OPHA 2CH5A 4UY8O 1BCMA 3NE6A 1X3MA 4DS5A 4I9LA 4CJ7A 3Q7BA 4A5BA 4FZXC 1FJGK 4PHTX 3M8QA 3QIPA 1NK8A 4MO5A 5C24A 1HJOA 2FC0A 4DSLA 1NK7A 1HKGA 3AO2A 2P51A 4B9QA 3O9SA 1EWRA 3D2FA 5CYQA 4CF9A 5HP1A 3GL1A 5C12A 1RTIA 5GIOA 1K8KB 3SLCA 5KI6A 4FLXA 1BOTO 4V19S 4E7KA 3MX5A 3VF6A 4CBXA 4FVMA 3C0BA 5E41A 3U6FA 3OYCA 4CHPA 1NJZA 4YOUA 4PL7A 2YNGA 3CCVN 1TKZA 4JHDA 3ZSQA 4HUFA 1SUQA 1MU2A 3H3NO 3WNGA 2HBLA 3O9RA 4C8KA 3ENHA 4X62K 4AF1A 3B6OA 3O80A 3OS1A 5GINA 4IOAL 1LAVA 4NYNA 3MN7A 1I39A 1TUUA 1VAZA 1SL1A 3ZT1A 2ZJRL 2G8WA 3HPOA 3LP2A 3R6MA 5AQSA 2QTDA 4FOEA 1UOCA 5AQVA 4BRAA 1T05A 3I8BA 4UQGA 4HTUA 4DLGA 5HL7L 3U4LA 3ZX3A 2YHWA 3EN9A 4DUZK 4CZFA 4KKOA 4BROA 1JCGA 1IV0A 4OLAA 4IZ9A 1S6QA 4CJ4A 5AQQA 1Q18A 3HYFA 3MXJA 3MWPA 2V7YA 4M3XA 3R3LA 1WSFA 3L3UA 4DSFA 4FK4A 3TTDA 3RMAA 1WBDA 4N41A 1RTHA 3QMLA 1QTMA 4YNQA 2E20A 4C1NK 3L4QA 1HPMA 1FKOA 4DTJA 4JKAA 3HXMA 4CVNE 3ZSYA 3CC4N 4CIGA 2KFNA 2Z1GA 4DV0K 2RN2A 3DLEA 5I42A 2OZSA 4F2SA 4PL8A 4WFNL 3KD5E 4CHZA 1LWCA 3CCMN 1RTJA 4FO0A 5M1OA 2G8FA 4E89A 2NUBA 4BR7A 4PUOA 3HSCA 4FW2A 4U7BA 1DLOA 1RT2A 2KHOA 3V9UA 3V9XA 2VWKA 1ZBSA 4JKDA 3AA2A 2Q3SA 4DFPA 3BEXA 4PWDA 1C0UA 1E3MA 2HOEA 4MQ3A 4OKEA 3VEOA 3P39A 2YJFA 1RFQA 2UXBK 4KHYA 1S9GA 4BVOA 1SZ2A 3U9ZA 3MEDA 3DXKB 2FBYA 4WQ5A 4IOXA 1GLFO 4FYDA 3SZ2A 1YAGA 4C1NI 3M3ZA 5HRPA 2HHWA 3ZSRA 3LP3A 1XHXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LDL A;  4BR9 A;  1ZXO A;  4A62 A;  2UUA K;  1S1U A;  4PKI A;  4QCL A;  5M1N A;  2Z1J A;  3MXI A;  1OVY A;  4DU3 A;  1VQN N;  4CJV A;  2E2N A;  4CFB A;  3VMF B;  4RTF D;  1JCF A;  4GV9 A;  4XEI A;  3CCE N;  2OPP A;  5CR4 A;  4NLB A;  3CFR A;  4AHS A;  3KK1 A;  3O1B A;  4IFV A;  4BRP A;  1B92 A;  2Q1N A;  4O44 A;  4B1Y B;  3CJ1 A;  4XH1 A;  4FJN A;  3JXU A;  2A40 A;  4CF2 A;  4U67 L;  2Q0R A;  1QVG M;  3VEN A;  4FPA A;  1ZBH A;  3O08 A;  4ID1 A;  1DT9 A;  2QWQ A;  2V7Z A;  1IBK K;  3PIP L;  3J81 O;  1VSD A;  2G8U A;  4FWM A;  3E9L A;  1VQ7 N;  4HUE A;  1NGE A;  5D3G A;  4LC9 B;  5AQL A;  1UA0 A;  2E88 A;  3IRX A;  1DTT A;  3L4I A;  3HM8 A;  1MA9 B;  3AVG A;  2HHU A;  3LWM A;  4N76 A;  3AVK A;  1YJN N;  4MLH A;  1E4F T;  4RW8 A;  5C10 A;  3AGR A;  3F2K A;  2QKB A;  3HVT A;  3IDH A;  4C23 A;  3DOL A;  2P9I A;  2AJQ A;  1DGK N;  3M8R A;  3OYI A;  4DLE A;  1HNW K;  1JLB A;  3I55 N;  1TAQ A;  1T7P A;  1M90 O;  1JKH A;  4CZJ A;  3DXK A;  2P9S B;  3H6E A;  1WLJ A;  4DKW A;  4DQI A;  4CED A;  2FF3 B;  4K43 A;  1NKE A;  3VER A;  3KLF A;  3DAW A;  1U2V A;  2E4L A;  1YJW N;  1HNX K;  4DFK A;  1YUW A;  4Z4H A;  4FJX A;  3DLB A;  3Q7C A;  3QIN A;  5TKW A;  1DEJ A;  1NK4 A;  1NMD A;  2BTF A;  3UKU B;  1WN7 A;  3VEV A;  4CEA A;  5GAE P;  3KK2 A;  2HBJ A;  3OVN A;  2O8D A;  4XIU A;  3RR7 A;  4KH6 A;  4CFC A;  3BP8 A;  4MDB A;  5BN9 A;  4B3S K;  2XY6 A;  4KTW A;  2VQF K;  2O8C A;  1S6P A;  2HMI A;  1SQK A;  3SBT A;  2BGG A;  4DB3 A;  4E7I A;  4IKF A;  5A2Q O;  2DPN A;  3DM2 A;  3DXM B;  1YIJ N;  3A0I X;  2W42 A;  3OYG A;  3TAG A;  1BA1 A;  4DFM A;  3HOS A;  1GLB G;  3AVF A;  4BRG A;  4CJ5 A;  3MN5 A;  1EQY A;  1Q82 O;  1BIS A;  1MWM A;  3OS2 A;  3GBT A;  1ATN A;  2WC9 A;  1FKP A;  3TAE A;  4M45 A;  3P83 D;  4CZK A;  4A59 A;  4LF7 K;  1ZYQ A;  5IWA K;  5LJV A;  4OVL A;  3L8B A;  1U4B A;  2GWK A;  3OYH A;  2YJE A;  5E84 A;  4E3S A;  3IMX A;  1JL1 A;  3WEE B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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