The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
97
|
structure length |
97
|
Chain Sequence |
GSSGSSGMLSARTMKEVVYWSPKKVADWLLENAMPEYCEPLEHFTGQDLINLTQEDFKKPPLYRVSSDNGQRLLDMIETLKMEHHMEAHKNSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
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| molecule keywords |
Phosphatidylcholine:ceramide cholinephosphotransferase 1
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| publication title |
Solution structure of the sam-domain of mouse phosphatidyl ceramidecholinephosphotransferase 1
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
|
| total genus |
11
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| structure length |
97
|
| sequence length |
97
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| ec nomenclature |
ec
2.7.8.27: Sphingomyelin synthase. |
| pdb deposition date | 2005-12-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Transcription Factor, Ets-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BS5 B; 5J8Y A; 2LMR A; 1DXS A; 1Z1V A; 2F44 A; 1V38 A; 1LKY B; 4PZO A; 5L1M A; 3K1R B; 3TAD C; 1SXD A; 1UQV A; 1OW5 A; 2Y9T A; 3BS7 A; 5F3X B; 2QB1 A; 2E8P A; 2D8C A; 2KG5 A; 1JI7 A; 3KKA A; 3BQ7 A; 1KW4 A; 1SV0 C; 3IDW A; 2F3N A; 2EAM A; 1B0X A; 2EAN A; 2K4P A; 1PK1 A; 2B6G A; 2KSO A; 2QB0 A; 2KE7 A; 4NJ8 A; 1RG6 A; 2QB0 B; 2YTU A; 1X9X A; 4RQM A; 1F0M A; 5J8Y C; 2FE9 A; 1X66 A; 2L5Y A; 2LPE A; 2KIV A; 1COK A; 4NL9 A; 4IS7 A; 2JV3 A; 5KNI A; 5JRT A; 1SV4 A; 2KMD A; 1X40 A; 2EAO A; 2F8K A; 4RQN A; 4PZN A; 1PK1 B; 2E8M A; 2Y9U A; 3H8M A; 2KSO B; 3TAD A; 3KKA C; 1SXE A; 2EAP A; 3BS5 A; 1V85 A; 2QAR A; 2DL0 A; 2ESE A; 2GLE A; 1WWV A; 5JU5 A; 2QAR B; 1LKY A; 2E8N A; 2D3D A; 3HIL A; 2DKZ A; 1WWU A; 5JTI A; 4MHV A; 1PK3 A; 1SV0 A; 1UCV A; 2DKX A; 3TAC B; 2QKQ A; 1SGG A; 2K60 A; 2E8O A; 2ES6 A; 4NL9 C; 3SEI A; 3SEN A; 1OXJ A; 1B4F A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1S8O A; 3ETR A; 2EZZ A; 1NNL A; 1Z1V A; 3OJU A; 1BPB A; 1SWV A; 2AH5 A; 4NLB A; 4FO6 A; 2V4Q A; 1UQV A; 2ZXH A; 4JV1 A; 4P4O A; 3MAB A; 1NZP A; 1P7D A; 2R18 A; 3ZDE A; 2LKY A; 5DB6 A; 2F3N A; 1KRP A; 4GIB A; 8ICO A; 3QU7 A; 4F4Z A; 9ICO A; 4R63 A; 4QWE A; 2ZIU B; 3V6J A; 4OCZ A; 2Y0S F; 3C1Z A; 5DLG A; 2HHW A; 5AIA A; 4KN7 A; 4UAV A; 4YR3 A; 3MR2 A; 2VA2 A; 5AKZ A; 4ECQ A; 5ALM A; 2A19 A; 4IL6 U; 2VA8 A; 5ALW A; 3A0B U; 2KTQ A; 3QEB Z; 2K8C B; 3CP8 A; 4IR9 A; 4ZH4 A; 5DBA A; 2W8L A; 2XY5 A; 4RQN A; 3RR8 A; 1YZ7 A; 2KP7 A; 3H8M A; 2YMM A; 5J0Y A; 3JPN A; 4CF3 A; 1X6I A; 1XU4 A; 2KSO B; 3GU3 A; 4E0D A; 5KFW A; 4NLK A; 2KVC A; 1L3S A; 2WAQ C; 3NRW A; 5T14 A; 4UAT A; 1PK3 A; 1J97 A; 3AM9 A; 5J2I A; 3QU4 A; 4LJX A; 1JX4 A; 3PW0 A; 4M9J A; 5KFT A; 4IRD A; 4RPY A; 2ZXI A; 4DOB A; 1PUZ A; 3WKE A; 4PHP A; 2HW3 A; 3V72 A; 1K5O A; 2W7P A; 2IHM A; 2ZIU A; 3IP4 B; 1COO A; 2IBK A; 1BPD A; 5KG1 A; 2HVH A; 2HSZ A; 1LKY B; 8ICW A; 1DK2 A; 3H8W A; 2JHD A; 2W11 A; 2W9M A; 4I2J A; 4RNM A; 4F5P A; 5F9L A; 3FAH A; 4F92 B; 1BPE A; 1IIP A; 8ICV A; 3NVZ A; 5J0P A; 1CRX A; 1RQN A; 5AKJ A; 4DLE A; 3RH6 A; 3MFH A; 4GXJ A; 4DL2 A; 2KSO A; 5J0U A; 2W8K A; 4Y2U A; 3ZD9 A; 4YQW A; 2P6U A; 5IIL A; 1ZQW A; 2QB0 A; 1NJZ A; 5CR0 A; 5AM3 A; 3MR3 A; 4RUA A; 2NRZ A; 3OJS A; 1MQ2 A; 3KHR A; 1N61 A; 3FC4 A; 4TUR A; 3THV A; 5ALN A; 4F4K A; 1QQ5 A; 1K1Q A; 3KD3 A; 5FP0 A; 4C4S A; 1AQ6 A; 4QZA A; 2JMG A; 3MDC A; 9ICG A; 5AKX A; 2K4I A; 5J2H A; 2BDP A; 5KFY A; 3R9K A; 2GOL A; 2AU0 A; 5DG8 A; 3RRH A; 2G5I B; 1A0P A; 1FO4 A; 3C2K A; 4BDP A; 4KLH A; 4O9M A; 5ALQ A; 5AM5 A; 4B9N A; 2I5H A; 3JPS A; 2YQE A; 9ICT A; 4B9U A; 1LKY A; 1ZQU A; 2PI5 A; 2DKZ A; 2BZF A; 2A3V A; 2W54 A; 5AKI A; 4PL1 A; 3HRD D; 3BZK A; 2GO7 A; 5TIS U; 1UT8 A; 5DB8 A; 2UVU A; 1FFV A; 2H5X A; 5HML A; 1FFU A; 2E1F A; 1IM4 A; 7ICV A; 4NV0 A; 3KHL A; 1L7N A; 1C20 A; 4ECX A; 4XA5 A; 2HVI A; 4GFJ A; 2LYA A; 7ICJ A; 3RRG A; 4LVS A; 1ECW A; 4GXK A; 3IRU A; 1X2I A; 1FIQ A; 2XCP A; 1X6J A; 2BHN A; 2AQ0 A; 4JWN A; 2Z7J A; 3KOO A; 4I2G A; 4EYH B; 4KLD A; 8ICG A; 4C8N A; 1S10 A; 4P4M A; 1ZQL A; 4NM2 A; 3MBY A; 3N7R C; 2Y9T A; 9ICV A; 5F3X B; 4ZOH C; 1BNP A; 1BPX A; 1QTM A; 2V4R A; 1QSL A; 3NRZ A; 4RQ7 A; 2PFP A; 2FI1 A; 2RDI A; 3RJJ A; 3MR6 A; 2ISO A; 1TFR A; 3TI0 A; 4JB3 A; 2F1I A; 3ISD A; 4DQS A; 3C29 A; 1ZQV A; 3PSF A; 4KMU A; 2JRZ A; 1JXE A; 2AXT U; 1L6N A; 1J2M A; 2H3I A; 3FM9 A; 1SV4 A; 7ICN A; 4KLQ A; 3RH4 A; 3C23 A; 2ZG6 A; 2KVS A; 5CEH A; 3TAP A; 2J6S A; 3I28 A; 2BQU A; 4PGX A; 3UMG A; 3IG5 A; 3ZDB A; 2EAP A; 1ZQQ A; 1D8L A; 2E8N A; 1WCL A; 2R8H A; 8ICU A; 5KFE A; 2HBK A; 3K4G A; 5CA7 A; 1QSS A; 5J0S A; 9ICA A; 4M6W B; 1ZJM A; 4DQP A; 4PHA A; 4I2D A; 1V9P A; 1TVA A; 5KFD A; 5ALJ A; 2EQY A; 2ATL A; 1BVS A; 5J2E A; 4P0Q B; 2UVR A; 5J2C A; 3BQT A; 2MAX A; 1DK3 A; 2BKE A; 3RTV A; 4IRC A; 3UXP A; 4RQ0 A; 4CF4 A; 2F2A B; 4EEK A; 4EEN A; 1VLB A; 2XIC A; 1UT5 A; 1MN8 A; 9ICB A; 3WKC A; 5ALZ A; 2VIX A; 4MFC A; 9ICJ A; 2I9G A; 1JUD A; 3BS7 A; 1T7P A; 2XGQ A; 3QE9 Y; 2W03 A; 2WFA A; 3IM1 A; 5CRX A; 4FBT A; 4NLC A; 7ICI A; 2ZIW B; 3WK4 A; 4QWD A; 2KJ8 A; 3SV4 A; 4DLG A; 2R8G A; 5AI4 A; 5EOZ A; 1BPZ A; 4NJ8 A; 4O3M A; 3L5K A; 1RG6 A; 2F76 X; 4YMN A; 2DFL A; 3RF9 A; 3SZ2 A; 3NVY A; 3M6Z A; 2WF6 A; 3NTU A; 4M6W A; 4I2E A; 3PVX A; 5KFA A; 1X40 A; 3HX0 A; 4CGZ A; 4YR2 A; 1ZQE A; 5J0Q A; 3GIJ A; 2HHT A; 4PZN A; 4O3P A; 4FZL A; 4Y2S A; 1HUO A; 5KFM A; 3TAN A; 3AN1 A; 1ZQY A; 4K4G A; 4OD0 A; 4Z6F A; 2HMX A; 3HIL A; 4RUC A; 4F4X A; 2K4H A; 3M1Y A; 3M9O B; 4F91 B; 4RQ3 A; 1N60 A; 2NRW A; 4OJ6 A; 3GV8 B; 4PHE A; 2QKQ A; 1LB2 B; 2FPK A; 1U47 A; 2FMS A; 2IA6 A; 4F3O A; 4FFD A; 2OYY A; 2KHQ A; 2H3Q A; 1DGS A; 2N1R A; 5DDY A; 3RAQ A; 1JAL A; 5EWE A; 2FMQ A; 4IC9 A; 1WCN A; 3AQE A; 4A8E A; 4KLT A; 1QQ6 A; 3J81 j; 4RQ2 A; 2HHS A; 5J2D A; 3F5E A; 5KFH A; 1SXD A; 2CRX A; 8ICS A; 4KLM A; 1UHU A; 5ALF A; 4ED8 A; 4UB8 U; 1JI7 A; 4ED0 A; 1QSY A; 2EDU A; 1JRO A; 3D6J A; 2YY6 A; 3Q8K A; 5G5H A; 4ECU A; 1JN3 A; 3F5A A; 5KT3 A; 3QZ8 A; 1Q3U A; 1SKR A; 5AK5 A; 2ASJ A; 5ALT A; 3BQ2 A; 3CW2 C; 8ICF A; 2HBM A; 2PMZ F; 4UB2 A; 5C0Y A; 2F77 X; 2KIW A; 1T94 A; 4IS7 A; 1N62 A; 5KNI A; 3HKZ F; 3ONN A; 2KOB A; 2HCF A; 2KJ9 A; 4KX5 A; 3QU9 A; 5III A; 1TAQ A; 5L1J A; 2FLN A; 4GLX A; 4BX9 C; 3H8J A; 2ZIX B; 2ZUD A; 4UB6 U; 4UB4 A; 2DPI A; 2DGZ A; 2G5H B; 5BOM A; 3LK9 A; 2A1A A; 1T3Q A; 4DOC A; 4Q44 A; 3PW5 A; 3MGI A; 3KBB A; 2D3D A; 1MQ3 A; 4USA A; 1XSN A; 4ED7 A; 4DL6 A; 3PX4 A; 1KN5 A; 4YP3 A; 4FS2 A; 4R66 A; 7ICH A; 4MEY A; 4B9L A; 4QW9 A; 5AI9 A; 4NL9 C; 3SEI A; 3LVW A; 5IIM A; 2ZIV A; 4UAW A; 2W9B B; 1NI3 A; 4KN4 A; 2YX8 A; 1ARO P; 4KLG A; 1S97 A; 4DQI A; 5L9X A; 3UPQ A; 2GH1 A; 1L8L A; 4UAY A; 1TAU A; 1URJ A; 4CRX A; 3UQ0 A; 4RQ5 A; 3SR6 A; 5ALK A; 4RNO A; 3G6Y A; 4DF8 A; 4I2A A; 5D46 A; 4J9K A; 4R8U B; 1MSW D; 4KTQ A; 1ZQO A; 2EAM A; 1CEZ A; 3H4D A; 3K75 D; 4JV2 A; 1MC8 A; 4CCH A; 3Q8Q B; 3PST A; 2ZIX A; 4OJO A; 5J0T A; 4UAR A; 9ICL A; 4F72 A; 2Y0S C; 5DB7 A; 2C2E A; 5CP2 A; 4I2C A; 1JIH A; 1T4G A; 3H7I A; 2NV3 A; 3CRX A; 1TKD A; 1F44 A; 3SQI A; 4Z6C A; 3QXG A; 4UW9 A; 5ALE A; 4DSK A; 4YD2 A; 4KLO A; 3SAF A; 3WK9 A; 5KFF A; 5KFB A; 2BCU A; 2ZUB A; 2I1Q A; 3EPG A; 2RLT A; 1ZRM A; 5J0X A; 1PK1 B; 4DF4 A; 2BQR A; 1Z3E B; 3HJE A; 2HDO A; 2ZJA A; 3IV6 A; 1Z4N A; 4I2F A; 1ZQS A; 1NOM A; 2JGA A; 5JU5 A; 4IQW A; 1SIJ A; 3LVV A; 4DL7 A; 4Y2V A; 5L1K A; 2ASL A; 2BCR A; 3F2B A; 5KFN A; 4M9G A; 4NWI A; 2RQ5 A; 2KK0 A; 5J2B A; 1SGG A; 4DS4 A; 2ES6 A; 3H0R B; 2FJ6 A; 2DWQ A; 4R8U A; 5KT7 A; 4G9B A; 5EWF A; 1ED1 A; 3WK8 A; 2KHV A; 9ICH A; 3CNH A; 4BXO B; 4DL5 A; 3PW7 A; 2Y1J A; 3B0Y A; 2Q4T A; 2KJ5 A; 1T8E A; 4C4T A; 3M8R A; 2JZB B; 2JEI A; 4M9N A; 5KG0 A; 1Q46 A; 2MA1 A; 2G09 A; 4F93 B; 4DO9 A; 4DSE A; 2WB1 F; 1ZRN A; 3T5K A; 4TQS A; 2PFN A; 4Y2T A; 4BWJ A; 4M9L A; 1Z4O A; 3RB6 A; 4C80 A; 2EH9 A; 8ICM A; 4XRH A; 2EAN A; 1ZQA A; 1PK1 A; 1KLN A; 4DFD A; 3QYP A; 4MEX A; 5AKH A; 4QWA A; 1Q3V A; 3H0L B; 3DEE A; 3B9J A; 3ICX A; 4DSI A; 2FE9 A; 5EWG A; 4J9N A; 1X66 A; 3Q8S B; 2L5Y A; 5KL1 B; 1U48 A; 4NL9 A; 1HUZ A; 3RBD A; 2KFN A; 3ZDD A; 5KT4 A; 4KLI A; 4J9S A; 2G07 A; 4LZD A; 5IIK A; 3C5F A; 2HOQ A; 3E58 A; 2W7O A; 8ICT A; 2AGO A; 4P0P B; 4BXO A; 4DFM A; 3RJK A; 2DF4 B; 1TV9 A; 5ALR A; 1NJW A; 4PJ0 U; 3C21 A; 3L4P A; 5EE3 A; 2JZB A; 3ETL A; 5ALI A; 3OHA A; 2G0A A; 3VC8 A; 1TAM A; 4J9R A; 3PR5 B; 3Q8M A; 2RHF A; 2YML A; 8ICJ A; 4DFK A; 4ECR A; 2JH1 A; 2VJ5 A; 1S0O A; 4Z6E A; 4DS5 A; 2YB1 A; 5IIN A; 1RYS A; 3T5J A; 7ICO A; 4F2S A; 4QZ9 A; 4ED6 A; 1XNS A; 4J9M A; 4PZO A; 5KFL A; 5AHX A; 3TAD C; 1NKB A; 1KQQ A; 2UVV A; 5KFP A; 3AEV A; 5CB1 A; 4QZB A; 4EX7 A; 4YN4 A; 4B9S A; 3OSP A; 1S76 D; 3N7P D; 9ICM A; 1A76 A; 2K4E A; 1C7Y A; 4F5Q A; 1WYG A; 2IMW P; 4EEY A; 1NK6 A; 1RM6 C; 4DSF A; 4DCC A; 2C28 A; 3EWA A; 4B9V A; 1U4B A; 4QZH A; 1ZQH A; 1L5U A; 3FYH A; 4C4R A; 1TK8 A; 1Q8K A; 3TFR A; 4P0P A; 1U45 A; 1NK8 A; 1UPH A; 4XUS A; 5L1L A; 5KT6 A; 2NYV A; 2OEH A; 2XY7 A; 5DG9 A; 3KZX A; 3KZI U; 4EBE A; 3N97 B; 4EZ9 A; 1Y88 A; 4C8M A; 4JWM A; 3T5L A; 5KFZ A; 1QQ7 A; 3MDA A; 4F4W A; 2C2R A; 4K4I A; 3QU5 A; 2KNJ A; 2XO7 A; 2MUT B; 5AKG A; 4DOA A; 4ECT A; 9ICR A; 8ICQ A; 3UQ2 A; 2H3V A; 2DPJ A; 2H3F A; 2YN4 A; 7ICF A; 5J0O A; 2VA3 A; 3WK6 A; 3DDH A; 1XC9 A; 1L3U A; 2QAR B; 3OSN A; 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1WWV A; 2J6T A; 5DGB A; 4O5K A; 5BPC A; 2JH7 A; 7ICP A; 1UCV A; 1XO0 A; 2PKE A; 2DKX A; 2K8B B; 3OTQ A; 2OH2 A; 4P0Q A; 3V6K A; 7ICL A; 4KLL A; 5KFJ A; 3V7K A; 1PZN A; 1KTQ A; 4B9T A; 4JV0 A; 4KLJ A; 2HHV A; 3RJG A; 1Z19 A; 8ICA A; 1J2N A; 1IV8 A; 4UAS A; 2K89 A; 3C5G A; 3UXN A; 3K1R B; 3NAS A; 5CHG A; 2MRL A; 3SV3 A; 5ALS A; 3QUQ A; 5AIB A; 4QZ8 A; 3HP6 A; 2ZIW A; 3OHB A; 3NVV A; 1KW4 A; 8ICH A; 3WKA A; 8ICN A; 2K4P A; 5DBB A; 4O3Q A; 8ICX A; 2E5S A; 5DB9 A; 3PML A; 8ICC A; 3AL0 B; 1ZOL A; 3WKD A; 3F2C A; 8ICL A; 5J2G A; 1SWW A; 2NRX A; 3O0F A; 1ZQI A; 4YR0 A; 1X9X A; 2OXO A; 2Y1I A; 4F8R A; 2XID A; 3ORY A; 2PMZ C; 3GV5 B; 1L7O A; 2JV3 A; 2G06 A; 2D6F C; 5JUM A; 2CN1 A; 3ZI4 A; 3HKZ C; 4UB3 A; 4I2H A; 2JXJ A; 2EAO A; 4R64 A; 1RQL A; 2FPL A; 2W3S A; 3LYS A; 1OUQ A; 4FZN A; 1SZH A; 4CDG A; 5KFV A; 3TKA A; 3TAQ A; 2BPC A; 4AYB F; 3JPO A; 3PY8 A; 4OJL A; 2FLL A; 3V6H A; 1IXR A; 9ICI A; 1L7M A; 2W9C B; 1L3V A; 4QWC A; 1K1S A; 3TAC B; 1N5X A; 3WK7 A; 4RPX A; 2YMQ A; 3L3F X; 2VKQ A; 1ZD4 A; 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