The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
80
|
structure length |
80
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Chain Sequence |
GSSGSSGHERVGNLNQPIEVTALYSFEGQQPGDLNFQAGDRITVISKTDSHFDWWEGKLRGQTGIFPANYVTMNSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Unknown function
|
| molecule keywords |
SH3YL1 protein
|
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of Hypothetical protein SH3YL1
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
8
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| structure length |
80
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J6K A; 1BB9 A; 1X2Q A; 2KT1 A; 1G2B A; 2JT4 A; 3I5S A; 4CC3 A; 2V1Q A; 2EYW A; 5FWB A; 2KXD A; 1YWO A; 2VVK A; 1X69 A; 2FPF A; 2LJ1 A; 2RQV A; 1AWJ A; 1H3H A; 1GCQ A; 1I0C A; 4LUE A; 2K9G A; 1B3Q A; 2KRN A; 4AG2 C; 3RBB B; 4D8K A; 5IH2 A; 1UHF A; 1ZLM A; 2C0O A; 5I11 A; 2LZ6 B; 2ABL A; 2SEM A; 3VS5 A; 1GL5 A; 1WXU A; 2PNI A; 2RNA A; 2EW3 A; 1QWF A; 2DBM A; 4KRT A; 4J9F A; 1OPK A; 2HCK A; 2FPE A; 2K6D A; 2ECZ A; 1BBZ A; 1SHG A; 1WA7 A; 1ABO A; 2ROT A; 1K9A A; 1JO8 A; 2CDT A; 1ZSG A; 4X1V A; 4R0K A; 4ESR A; 2CSI A; 1EFN A; 1T3S A; 1Y0M A; 1YWP A; 1W6X A; 1PKT A; 2L3S A; 2K2M A; 2KNB B; 1UUE A; 2AKK A; 1S1N A; 2FO0 A; 1X6G A; 1JU5 C; 1IO6 A; 5ECA A; 4J9C A; 2HEQ A; 3VS7 A; 2GQI A; 1TUD A; 1GCQ C; 2EVR A; 5EC7 A; 2EGA A; 1VYU A; 3KFV A; 4IIM A; 4E6R A; 5IXF A; 2VKN A; 1V1C A; 1BK2 A; 1WYX A; 1ZX6 A; 1I1J A; 4HXJ A; 4HVU A; 2YDL A; 2C0T A; 2AK5 A; 4F14 A; 3EG1 A; 5FWC A; 1CSK A; 2DL8 A; 3REA B; 3M0U A; 1TUC A; 2EGE A; 3C0C A; 3THK A; 2GBQ A; 4Z89 A; 1UG1 A; 1H92 A; 3H0I A; 2LNH B; 1AOJ A; 1PNJ A; 2XMF A; 3ZL7 C; 1E6H A; 1JXO A; 4LUD A; 3PE0 A; 1WIE A; 2OAW A; 2LP5 A; 3JV3 A; 1FYN A; 1RLQ C; 1PRM C; 2RMO A; 1HD3 A; 2YSQ A; 4OMO A; 4RTT A; 3TSZ A; 4Z88 A; 3SHW A; 4AG1 C; 5IXB A; 2P4R A; 1Z9Z A; 2DA9 A; 2EBP A; 1X27 A; 1WX6 A; 5IHI A; 3EG0 A; 4OMM A; 2GNC A; 1UFF A; 2L3Q A; 1JEG A; 4F17 A; 1K76 A; 2DVJ A; 2CUB A; 4RTX A; 2GGR A; 1VYV A; 2ROL A; 2M51 A; 2G6F X; 4GBQ A; 4HVW A; 4CC2 A; 4CC7 A; 3VRZ A; 1SSH A; 2SRC A; 1PKS A; 3VS6 A; 3EGU A; 2KBT A; 2L3P A; 2RQR A; 1NG2 A; 1GRI A; 2GTJ A; 3PVQ A; 4JJD A; 2O31 A; 2NWM A; 1B07 A; 1W70 A; 2LQW A; 3VRY A; 2IIM A; 1AZE A; 2RF0 A; 2LMJ A; 4J9I A; 1H8K A; 2ENM A; 3A98 A; 1QWE A; 2A28 A; 2W0Z A; 1RLP C; 2KRO A; 4A63 B; 2LJ0 A; 4RTW A; 3UA6 A; 2DJQ A; 3UA7 A; 2D8H A; 3NPF A; 1E6G A; 3M0T A; 2MIO A; 4LN2 A; 4AFU C; 2OJ2 A; 2AKL A; 2VWF A; 2L0A A; 1X43 A; 1E7O A; 2GTO A; 2F2V A; 1JQQ A; 4LNP A; 1AWO A; 4DEX A; 1W1F A; 1VYT A; 2DBK A; 1GBR A; 1WI7 A; 1YP5 A; 3H0F A; 1M27 C; 4RTV A; 1WLP B; 1PWT A; 1J3T A; 1NLP C; 2EKH A; 4LE9 A; 4OMQ A; 1KSW A; 1I07 A; 4HCK A; 1QCF A; 1U06 A; 5IHK A; 1WXT A; 1UJ0 A; 4FSS A; 2DL7 A; 3I5R A; 3NHN A; 2HSP A; 2C0I A; 2V1R A; 2JS2 A; 2JXB A; 1M3C A; 2PZ1 A; 4Y92 A; 3EG2 A; 2JMC A; 2JTE A; 1HSQ A; 1K0S A; 2FRW A; 1MV0 B; 2OI3 A; 2K7A A; 3R6N A; 3ULR B; 2K79 A; 4JJB A; 3O5Z A; 1UEC A; 1T3L A; 1UDL A; 1Y57 A; 2EPD A; 1M30 A; 5GJW B; 2I0N A; 1SRL A; 4EIK A; 1ZUY A; 2KRS A; 1MUZ A; 2KXC A; 2EYX A; 2CSQ A; 2BZX A; 2K3B A; 4DEY A; 2CH4 A; 1UHC A; 2KE9 A; 2KYM A; 2FPD A; 3VS3 A; 2DL4 A; 2JM9 A; 4J9B A; 2RN8 A; 3UAT A; 1NEB A; 2BTT A; 2JM8 A; 1UGV A; 1SEM A; 2RQW A; 4JZ3 A; 2FRY A; 2J6F A; 4JJC A; 5I22 A; 1SHF A; 3H41 A; 1ZUU A; 3REB B; 1OV3 A; 2X3X D; 4ZNX A; 4HVV A; 2AZS A; 1GCP A; 1UE9 A; 2J05 A; 3GBQ A; 4RTY A; 2DF6 A; 3VS2 A; 1AWW A; 1T0H A; 3SEM A; 2DM1 A; 3CQT A; 4AFS C; 2DNU A; 2DLP A; 2HBW A; 2M0Y A; 2QDL A; 1X6B A; 4ORZ A; 1XOV A; 2MCN A; 1CKB A; 1ARK A; 4OMN A; 2YUO A; 1N5Z A; 2EGC A; 4J9H A; 4M4Z A; 2BZ8 A; 1UJY A; 1G83 A; 1NEG A; 2RPN A; 3U23 A; 4J9G A; 1NYF A; 3EHR A; 3M0R A; 4AFZ C; 2W10 A; 5HCK A; 5FW9 A; 4J9D A; 2J06 A; 2MOX A; 1PHT A; 1K4U S; 1BU1 A; 1NYG A; 3QWX X; 2CRE A; 2DX1 A; 2YUP A; 1U5S A; 2E5K A; 2LQN A; 1K1Z A; 1SRM A; 2ED1 A; 4RUG A; 2CT4 A; 2B86 A; 3I35 A; 4D8D A; 2FEI A; 1AWX A; 3VS0 A; 1KFZ A; 2KR3 A; 4K11 A; 1QLY A; 2DMO A; 2L2P A; 1U3O A; 1KJW A; 1LCK A; 2KT8 A; 1WDX A; 4OML A; 4GLM A; 3UF4 A; 2RQU A; 1HJD A; 1SPK A; 1M8M A; 4QT7 A; 4AFQ C; 4JPB W; 5L23 A; 2CH4 W; 2EQI A; 1YN8 A; 2O2O A; 3NGP A; 2ED0 A; 2CUD A; 2JW4 A; 2NUZ A; 3QWY A; 3VS4 A; 1NLO C; 1AZG B; 1YNZ A; 2DE0 X; 2YUQ A; 3TSW A; 1OPL A; 1GFC A; 2X3W D; 1A0N B; 1MV3 A; 4F16 A; 4RTU A; 1AD5 A; 1NM7 A; 1X2K A; 3TVT A; 2AZV A; 3EHQ A; 3NMZ C; 4CC4 B; 2LCS A; 2D1X A; 2O9V A; 4WCI A; 1K0X A; 1PRL C; 4J9E A; 1JXM A; 3EG3 A; 1GBQ A; 2YUN A; 2EYZ A; 2A36 A; 2FG0 A; 3IQL A; 2KGT A; 1GFD A; 4OMP A; 3M0P A; 2LJ3 A; 4JZ4 A; 1AEY A; 2KEA A; 4IIO A; 2D8J A; 2DYB A; 3PVL A; 2JMA A; 1UTI A; 2LX7 A; 2DIL A; 2DRK A; 1ABQ A; 2PTK A; 1OEB A; 1QKW A; 2DL3 A; 1RI9 A; 1M3B A; 1TG0 A; 1YCS B; 2CT3 A; 2H8H A; 2A08 A; 3VS1 A; 1OOT A; 1KIK A; 2BZY A; 2EYY A; 2F2X A; 1AVZ C; 1FMK A; 2J6O A; 2A37 A; 1M3A A; 1ZBJ A; 1ZUK A; 1QKX A; 1RUW A; 1T0J A; 3H0H A; 2HDA A; 3I9Q A; 2F2W A; 2RQT A; 2KYB A; 1CKA A; 3M0Q A; 3LH5 A; 2DL5 A; 3RNJ A; 4Z8A A; 4RTZ A; 5GJV B; 2DRM A; 5IHN A; 2YT6 A; 2J7I A; 2KRM A; 1WFW A; 2O9S A; 2ESW A; 2D0N A; 3FJ5 A; 1Z9Q A; 3M0S A; 2O88 A; 2JS0 A; 1VA7 A; 1WXB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCM Q; 4PJN A; 3I5S A; 4PKC C; 4FW1 A; 3CBP A; 2VVK A; 1YWO A; 2DEQ A; 1YJN T; 3G71 Q; 5GAN f; 1JRI A; 5CK9 A; 2LJ1 A; 2X51 A; 1H64 1; 2RQV A; 3JRZ A; 4OGE A; 4VUB A; 2HQH A; 1LPL A; 1M2V A; 4L59 A; 2KRN A; 5IH2 A; 3H6Z A; 2PU9 B; 2ABL A; 3SWN B; 1V76 A; 2E1H A; 2Y90 A; 3CPW S; 1WXU A; 2PNI A; 1TWB A; 5IT9 E; 1LJO A; 1OPK A; 3I55 T; 3CCE T; 2FB7 A; 3MPU B; 4KGX B; 1WA7 A; 2ROT A; 3VYH B; 5GAN 5; 1M9S A; 4XTV A; 2LQ8 A; 1ZSG A; 1Q81 U; 2QXF A; 2QI2 A; 3TEE A; 1EFN A; 1YWP A; 1U8R A; 4JDS A; 2KNB B; 2FO0 A; 1X6G A; 2LRQ A; 2DXT A; 1PCX A; 3CCV T; 4ZGD B; 3VJP A; 4PLL A; 2HEQ A; 5A0L A; 1WPY A; 5J39 A; 2EGA A; 3PGG A; 4E6R A; 1FXX A; 3E19 A; 2XIC A; 1I1J A; 4HXJ A; 2YDL A; 4XAX B; 2QA4 A; 4ATO A; 1UGQ B; 3OYH A; 2DL8 A; 3REA B; 2JN0 A; 1TUC A; 3ASK A; 3C0C A; 2GBQ A; 2VV5 A; 5GMK j; 4C8Q A; 2OAU A; 4M77 B; 2LNH B; 2XMF A; 1SSF A; 3ZL7 C; 1H3Z A; 1N8R C; 2COW A; 4FYX B; 2IG0 A; 4E47 A; 4C0F A; 2FZG B; 3PFS A; 3JV3 A; 4C5G A; 3JCM Q; 4NL3 A; 4NS5 A; 5LJ5 j; 2RMO A; 1JBM A; 4RCC A; 3QUI A; 3TSZ A; 3X25 B; 2CP6 A; 5IXB A; 4DBQ A; 1BCM A; 3OYG A; 5LJ3 d; 1OU9 A; 2EBP A; 3OBY A; 1X27 A; 4PFZ A; 2D9T A; 3GP8 A; 4PJO B; 4N4G A; 2DVJ A; 1VYV A; 2G6F X; 4HVW A; 3VRZ A; 1SSH A; 1KG1 A; 2SRC A; 1C0M A; 3EH2 A; 2M02 A; 3VS6 A; 2KBT A; 2RQR A; 2EJF A; 3CCJ A; 1F1B B; 1GRI A; 2JNG A; 2GTJ A; 3JCM P; 2KMT A; 1PG5 B; 2DZ9 A; 2YLB A; 4OB3 B; 1B07 A; 2VXF A; 2LQW A; 3VRY A; 1VQP Q; 4FL6 A; 1IHW A; 3CCR A; 4M7D B; 3EFR A; 1MMG A; 4D6W A; 2E70 A; 3CCS Q; 4E7I A; 3GLX A; 4RTW A; 2DJQ A; 3V8J A; 3P8B B; 3CCM A; 3OSV A; 3EGX A; 2AKL A; 4PFP A; 5GAM g; 1RI0 A; 2L0A A; 4XTZ A; 3HFN A; 2DKG A; 2RJE A; 5CKD A; 4OF1 A; 3C4S A; 4E7L A; 4DEX A; 3OYL A; 5CKH A; 8AT1 B; 2DBK A; 4RTV A; 1VQ4 T; 1WLP B; 3CMA Q; 5LJ5 f; 4DOV A; 3CD6 Q; 4HA8 A; 3G6E T; 2ZPI B; 1WXT A; 3GF5 A; 3NHN A; 2EFI A; 1MMN A; 2JXB A; 4HCB A; 1DJ7 B; 2QYZ A; 3EG2 A; 2JMC A; 2X35 A; 2FZK B; 4B6M A; 2JTE A; 1YIT T; 2K7A A; 4PK4 A; 2K79 A; 3RKY A; 3O5Z A; 1UEC A; 1VQM Q; 4IUT A; 2EPD A; 1VQL Q; 5KYN A; 2OTJ Q; 1Q7Y U; 3LYI A; 2V8J A; 2D6F A; 5GAO l; 3CCQ Q; 3CBO A; 1KD1 C; 2KRS A; 5LJ3 e; 5CAI A; 2CSQ A; 3JAM E; 2EJG A; 3D7S B; 3OYC A; 1UHC A; 1SKU B; 3OYF A; 4J9B A; 2COY A; 2IPO B; 3L2W A; 1WHL A; 1SEM A; 2RQW A; 4JJC A; 4OB1 B; 4ANJ A; 5IAY A; 4LXC A; 1PM3 A; 1VQ7 T; 2KAF A; 2R57 A; 3CC4 T; 2VGM A; 3QPH A; 1QP2 A; 3NTK A; 1M5Q 1; 2EAY A; 2DAQ A; 4HVV A; 4E2F B; 2VGN A; 2DF6 A; 1QVG S; 3L2V A; 5LJ3 h; 3CQT A; 4C0Z A; 2EQJ A; 5A0G A; 3LWI A; 3OS2 A; 2QDL A; 1XOV A; 2C06 A; 1YIJ T; 5GMK i; 3CXC S; 2O4X A; 1N5Z A; 5HK3 A; 3AT1 B; 4HCC A; 1NYF A; 1M1F A; 3EHR A; 3G7Z A; 3HL8 A; 3X24 B; 2P0K A; 5FW9 A; 3EGD B; 3QWX X; 2HBP A; 2DX1 A; 2RI2 A; 4BI8 B; 4RKU E; 1SRM A; 1W2B P; 4OMF B; 2VC8 A; 4PJO A; 2FEI A; 1WJS A; 1KFZ A; 1WHG A; 1U1S A; 1VQ6 T; 2KR3 A; 1ZBX A; 3HHT B; 1D0X A; 2OTL T; 1QLY A; 2AHJ B; 1U3O A; 1QVP A; 4XU0 A; 1KJW A; 4EPC A; 1LCK A; 3NTI A; 2KT8 A; 3UF4 A; 2RQU A; 3MEU A; 1HJD A; 1ZSZ B; 2K5L A; 1BKB A; 3M53 A; 2P0Q A; 1YN8 A; 1MNE A; 2ED0 A; 2CUD A; 2RHZ A; 1VQP A; 3CC2 Q; 3CME T; 2ZCF B; 5HY6 A; 2EWN A; 1AZG B; 4FT2 A; 4MMK A; 4V2S A; 1YNZ A; 3CCS A; 2QQA A; 2DET A; 1AD5 A; 4X9D A; 1I81 A; 2QG9 B; 1N27 A; 3EG9 A; 1BI3 A; 1X2K A; 3FLG A; 2GF7 A; 4CC4 B; 2LCS A; 2D1X A; 2KVQ G; 4C92 E; 3CMA A; 1D1C A; 1ZA2 B; 3CD6 A; 2JUF A; 3C94 A; 3PMT A; 4BD3 A; 2GFU A; 3HRT A; 2KGT A; 2DXU A; 2K5F A; 3EH1 A; 1GFD A; 1XJW B; 4JZ4 A; 5D6X A; 3VYG A; 1VQ9 T; 1VQM A; 2XK0 A; 1EIF A; 5GAN g; 1VQL A; 3Q1J A; 2OTJ A; 1WHJ A; 2LX7 A; 1KQ1 A; 2DIL A; 4EMH A; 3CCQ A; 4FYW B; 5GAN 2; 1ABQ A; 5FU6 C; 5DM7 R; 1QKW A; 4LDU A; 2E5Q A; 4A4F A; 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2XHC A; 1WYX A; 1TTH B; 1YJW Q; 4HVU A; 1AT1 B; 3TCJ A; 3PT9 A; 4BY6 C; 4BUG A; 1CSK A; 1G5V A; 4PJL A; 2CZ1 B; 3V7S A; 1KC8 C; 3VUB A; 4IUU A; 2LT4 A; 4J6W A; 1YJ9 T; 3THK A; 4RCB A; 2RD1 A; 4ELY C; 1UG1 A; 3L42 A; 2YXY A; 1H92 A; 5LJ3 f; 1JJ2 P; 3H0I A; 3QKJ A; 1IRE B; 5L8R E; 3DKM A; 1E6H A; 4LUD A; 1WIE A; 3M59 A; 1VQ8 Q; 4N0A C; 1QCO A; 4RG8 A; 5AT1 B; 5LJ5 g; 4HT8 A; 1PRM C; 5CQX A; 5CQY A; 3CCU Q; 3OY9 A; 4Z88 A; 3PMI A; 4DBF A; 1B7T A; 4J6X A; 3EAE A; 1BIA A; 2QQ9 A; 1WX6 A; 4JRK A; 2HL5 C; 2RK2 A; 2NUT A; 5D6Y A; 3CCR T; 3A8M B; 3E1S A; 5KYY A; 3RER A; 4RG2 A; 3CC7 A; 1D3B A; 3RKX A; 2X4W A; 2CUB A; 4RTX A; 4QVZ A; 4XU1 A; 4C5I A; 5GAM d; 3P8D A; 3R6O A; 4J8O A; 4M7A D; 3QZ9 B; 1VQ5 T; 4N4H A; 5C0M A; 3HRS A; 4PNO A; 4OB2 B; 3G71 T; 3DB4 A; 3EGX B; 1ZA1 B; 2HQX A; 2O31 A; 3G4S T; 1QVF A; 2M1H A; 2NWM A; 1W70 A; 2O01 E; 3A8L B; 1IRX A; 3OYA A; 3M9Q A; 1H8K A; 3A98 A; 2YRC A; 3V7R A; 2A28 A; 1NZ9 A; 2KRO A; 2XKO C; 3OS0 A; 1Q86 R; 3JB9 D; 4C5E A; 4LN2 A; 3HP9 A; 4C5H A; 1NJI C; 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