2DEPA

Crystal structure of xylanase b from clostridium stercorarium f9
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
340
structure length
340
Chain Sequence
DIPSLAEAFRDYFPIGAAIEPGYTTGQIAELYKKHVNMLVAENAMKPASLQPTEGNFQWADADRIVQFAKENGMELRFHTLVWHNQTPDWFFLDKEGKPMVEETDPQKREENRKLLLQRLENYIRAVVLRYKDDIKSWDVVNEVIEPNDPGGMRNSPWYQITGTEYIEVAFRATREAGGSDIKLYINDYNTDDPVKRDILYELVKNLLEKGVPIDGVGHQTHIDIYNPPVERIIESIKKFAGLGLDNIITELDMSIYSWNDRSDYGDSIPDYILTLQAKRYQELFDALKENKDIVSAVVFWGISDKYSWLNGFPVKRTNAPLLFDRNFMPKPAFWAIVDP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Thermostable celloxylanase
publication title Molecular anatomy of the alkaliphilic xylanase from Bacillus halodurans C-125
rcsb
source organism Clostridium stercorarium
total genus 129
structure length 340
sequence length 340
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2006-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2depA00
2RGLA 3VNZA 5A95A 1W91A 4J28A 4W7VA 1HKMA 4RE2A 3U7BA 2ZUNA 2W5FA 1JZ4A 3W81A 1XH2A 2W61A 5E6ZA 2X0YA 5ABEA 1XC6A 3W53A 4HZ6A 1CXEA 2DT3A 2E4TA 1V3IA 1EQPA 1UD4A 3ZJ6A 4CU7A 1TMQA 1KBBA 2DPEA 1DWIM 4XZWA 4ATLA 2WMFA 2BV9A 3L4YA 4D6GA 1PJ9A 1W2PA 5FCZA 2O9RA 1UH4A 2GK1A 4TX6A 2FHFA 3W26A 2VJXA 3L4TA 3VDCA 5BWFA 3NCOA 1MFUA 4GI8A 5IFPA 4PBGA 3WDQA 1JGIA 4ATDA 2FGZA 2J7GA 5D8WA 3WUFA 3IANA 3MS8A 5EFFA 4J3TA 3WSUA 1XCXA 5C71A 5BCAA 3VM5A 1ITCA 4Z2JA 5A6KA 3W38A 2VCAA 4UQ9A 6A3HA 1EDQA 4WKHA 1UOKA 1E6ZA 4QP0A 2QMKA 5M3WA 1ZJAA 2EQDA 1D7FA 2XYLA 1DTUA 1GQJA 4YPJA 1HKJA 1E5JA 3VGGA 5A8MA 3NDYA 2VX5A 2BHYA 1AQHA 4HA3A 1J0JA 5D9OA 3OZPA 4S3KA 4J3WA 4CN6A 1V6XA 1V6WA 1BGAA 3NSNA 3VIJA 1UH3A 1UYQA 3OLIA 4LXFA 3HU7A 1SR0A 3WNNA 2BHUA 2ZUVA 3POHA 2FGLA 5HOSA 3UEQA 2JFEX 1KBKA 3OLEA 1OGBA 3N18A 4PMOA 3VMPA 3W29A 1TA3A 3AIRA 1CDGA 3ALGA 4X9YA 2BVYA 3VD7A 4YN5A 4M29A 4MJ4A 1W3KA 7CGTA 3AMDA 2ZX5A 1PX8A 4JFUA 5E09A 3VX1A 4AD0A 2PWGA 2OYKA 4CCCA 3OLGA 2E9MA 3GH4A 4DWSC 3WH8A 4KH2A 2EXOA 4W89A 1LWHA 5IHRA 1E0XA 5I77A 1VRXA 2WSKA 3AICA 3PZ9A 1QI2A 3M7SA 4GIAA 4AEFA 4U2ZA 3IJ7A 3T09A 3WDHA 2VCBA 3N04A 5LA1A 1UKQA 3GYCA 3L4UA 4AZCB 2QV4A 1VEOA 4AD5A 3KZSA 4V27A 2CBVA 1HL9A 2D3LA 5FD0A 2J7EA 1HJSA 1MW2A 3W28A 1KWGA 5M17A 2EPMX 1FHLA 1M01A 1Y7VA 2BY3A 5IFTA 1L0PA 4FMVA 4UFJA 1H4PA 4LGXA 3VKKA 5A94A 2D22A 2D23A 2J62A 3N12A 3VD5A 2AAAA 2WW5A 1QNQA 3AHZA 2AMGA 3DYOA 1YHTA 1GHRA 3ZMRA 4MB1A 1PEZA 1QW9A 1NWSA 4GO9A 1XYFA 4AD3A 1NOWA 2UY4A 3MANA 4MB3A 4UFMA 4NRRA 4D1JA 2J47A 1UWTA 3HN3A 1OCQA 3BAXA 4HZ8A 2PB1A 2XUCA 2VZOA 1GJWA 4Z2LA 2WK2A 1WCGA 4WSKA 2VC9A 3AJ7A 5I2UA 3AZRA 3SCPA 2DDXA 1EH9A 3NIYA 1JXJA 1ZBKA 1L8NA 4NF7A 5HDRA 1H41A 4JHZA 4JL2A 2VMFA 3OB8A 1CWYA 3MMWA 3PZMA 3WMBA 5CLWA 1E56A 5CPTA 3B8SA 3DHPA 3BSGA 3BCFA 1LG2A 2YOCA 1DWFM 3SCUA 2ZXQA 4HA4A 2CITA 3NJ3A 3O6AA 1PAMA 2VT0A 2OSXA 4L4OA 1OB0A 4MNKA 1XCWA 1E73M 1QBAA 4IISA 1V3MA 2VZTA 3EDEA 4PUDA 4S3JA 2QHAA 1RP9A 1QNRA 4TUFA 5A3HA 3TTQA 1GOMA 4MNMA 4GZEA 3CMGA 3A4AA 3D5HA 4MADA 4W5ZA 4AW7A 3ARPA 5CSUA 3GH7A 3L4WA 2GDUA 4P8VA 2UY2A 1GJUA 1CGTA 1CYGA 2V3GA 4DWSA 2J8GA 4PMNA 3MMDA 2WKGA 1TCMA 1XSKA 2QLYA 3N13A 5A69A 1BYDA 4WK9A 1TZ7A 1UKSA 2YDSA 3JUGA 3W27A 2G3JA 3AI0A 2BS9A 4H7VA 1GVYA 4FLRA 1E4MM 1JZ5A 1KWKA 2E40A 4C7FA 1CENA 1EXPA 1QHZA 4E2OA 5A6AA 1U33A 1MFVA 3K1DA 4JKKA 1ZBWA 2FH8A 4DWSD 2DT1A 2Z1SA 2XSBA 3AISA 3KL5A 1V0KA 3AIQA 4U31A 4PMDA 2GJPA 2QF8A 1HNYA 2WMJA 4UZSA 1GQKA 4UFIA 4HOZA 1GHSA 4XX6A 1H3GA 4CCDA 3WKZA 2VI0A 3VIOA 3N17A 3LPPA 3WL1A 5JBFA 3WUBA 2PWFA 3ARVA 3MUIA 4UTFA 2J79A 2JF6A 3CHDA 3PZNA 1NP2A 2ZXDA 1CBGA 1VBUA 1UUQA 2W66A 1WZAA 5I3DA 2A3BA 2ZUSA 1VEPA 2VRQA 3QHOA 5BRQA 4DUWA 5CXPA 4GPNA 3ARZA 3BCDA 4AIEA 1UG6A 1VFUA 3SIMA 4CD5A 2X8RA 5A8QA 5E70A 2YBUA 4UCFA 4AXNA 3CZLA 1GW1A 3UG4A 4Q22A 2F61A 2VQUA 2XVGA 3RM9A 1EDGA 2E8YA 4HMDA 1J11A 1KCLA 3WIJA 2XHYA 4RE3A 4CD7A 3AXXA 4LX4A 1OT2A 1BHGA 4CCEA 2YLAA 2J77A 1QBBA 1UWIA 4U3CA 4U5KA 3WQ5A 3AMCA 1HVQA 4P8XA 3WNLA 1H11A 2J25A 1H2JA 3MMUA 2XM2A 3M07A 2VRJA 4NZCA 1XH1A 2B31A 3VIMA 2NW0A 3GXMA 4W8BA 1UWUA 1KXVA 1ZL1A 1Q6DA 2YDQA 3E1F1 1QPKA 2WANA 4CD8A 3SUWA 4PCSA 1W1PA 2DSWA 4OIFA 1GOIA 2GJXB 1O6IA 2CETA 1JAKA 4QLJA 5CZKA 7A3HA 1FHDA 4MDOA 4W84A 1TUXA 1V3KA 1XRVA 4B15A 2WVVB 4HMCA 4A4AA 3LPOA 4D6DA 1TVNA 5DO8A 1ODUA 3VIHA 3EDFA 1E55A 2YA2A 4UOQA 4U5IA 1OWQA 2WWCA 4L4PA 1E1EA 5IDIA 1LQ0A 4PRWA 5CGMA 1VJSA 2FHCA 1ECEA 3PZIA 2O9OA 1MQQA 1EA9C 2XGBA 1M04A 3BAKA 2WSPA 1W9VA 1G1YA 4AZHA 1J0IA 4PCTA 4QFUA 3N11A 1B3XA 1TR1A 3VDHA 5GNZA 4UOZA 4XZBA 1W2VA 1VFMA 1KXQA 2CBIA 1VENA 2W63A 1RH9A 1HL8A 3AIBA 1NARA 3D3AA 4N0RA 2EEXA 1E4IA 2D24A 1EOMA 1IV8A 3CUIA 2WMIA 1XV8A 3SCVA 2XWEA 1EIBA 2WB5A 2WHKA 4F79A 4JHOA 2XJ7A 4IPLA 1UD2A 2BY1A 4WKAA 3VGFA 3PZOA 1D2KA 2OYMA 4PN2A 3CLWA 3I3BA 2WZIA 1A47A 1YQ2A 3CZEA 4J3VA 3NUKA 3DC0A 2O9TA 5A2BA 4TXEA 4D6FA 3A6OA 4AZ6A 2CXGA 3UETA 4FLQA 4BF7A 1HJQA 2VCCA 1Q4NX 3K4DA 3PBGA 4OOZA 1E1FA 4M8UA 2VNCA 2DT0A 3W6LA 4PSRA 2EPOA 1VAHA 3VDBA 1HVXA 4QCEA 3GM8A 4M82A 1G0CA 3ARUA 4BCEA 1UZ4A 3CO4A 1K9DA 3SCQA 1CZ1A 1BG4A 4WF7A 4UNIA 3T0AA 5DF0A 3NSXA 1E6RA 5EB8A 1WDPA 4AY1A 4KGJA 2BY0A 1FFQA 4GZJA 2JF7A 1J0HA 4R5EA 1KGXA 1EDTA 2OYLA 3ZT7A 1E4LA 5GPRA 1CLXA 4YHGA 4CUCA 5FOOA 1BF2A 3FAWA 1AQ0A 3AQUA 3AMLA 1B2YA 1C8YA 1J01A 1G9HA 5E0CA 4W7UA 2CIPA 1BYAA 4WJXA 1MVYA 3TTOA 1R7OA 1P6WA 2ZXBA 3WENA 1UD3A 3CHEA 1JF5A 4F9DA 4ACZA 1E6PA 5FKYA 1PZ2A 1CTNA 4JFVA 1J10A 4JIEA 1E6SM 1J0KA 3CUFA 4MNLA 4BQ5A 2WC4A 1J12A 3SCWA 2YIHA 2Z1KA 3ZJ7A 2WKLA 2C7FA 3QOMA 3WUGA 5LA0A 3L4XA 1KFWA 3WD3A 2WHJA 4AD4A 4MAZA 4A3YA 1RP8A 1EHAA 2DT2A 4Z2KA 6TAAA 3VIPA 2DSUA 2C8NA 2VVNA 3WNOA 3WBEA 2VX7A 2Y2WA 1BGGA 3RMEA 3WMSA 1JFHA 3J7HA 3VIIA 2YBTA 2ZUWA 3PN8A 4H8UA 3SCRA 2EPLX 4JFWA 2VVSA 3VX0A 1W9UA 4QDMA 4OBSA 3W82A 1V3HA 2CHNA 3WEMA 1CECA 4EKJA 2CERA 4A3HA 2VTFA 1H0IA 2DSVA 1XYZA 2PWEA 1GPFA 2HVMA 2WZEA 3UG5A 3PZQA 3ZJKA 1E3ZA 4CU8A 1GOQA 1J18A 1MQRA 1W9PA 4NSBA 1H1NA 4NRSA 4OUEA 2WCGA 2VR5A 2EO7A 3QHNA 2HISA 1PX3A 1PPIA 3I3EA 8CGTA 4JZ5A 2Q8XA 2VZVA 3KL0A 5KZ6A 4PTMA 3APGA 3WD1A 1OIMA 1HJUA 1Q6CA 5BXPA 3AHXA 1M7XA 4AZ7A 3AIUA 1EO7A 3U57A 4TOQA 4JFTA 1PZ3A 4OJYA 5BXTA 1UKPA 3CIVA 2C0HA 1N82A 1F4AA 3AHTA 4HP5A 2JIEA 1KQYA 1VF8A 3OA5A 4W8AA 3VMNA 2PBOA 1AVAA 3CHFA 5A1AA 5F7UA 1R87A 1ZJBA 2XGIA 3WH9A 1IT0A 4F8XA 4GXPA 2W62A 2WCAA 1LLOA 2DEPA 5AC4A 1OIFA 4Y7EA 5C8BB 2XFYA 1WZLA 3SUSA 1ISXA 2D0GA 3WBAA 1EGZA 2OSYA 9CGTA 2CYGA 4IM4A 4BQ2A 2W91A 3GXFA 3S2CA 5CQ1A 3WL0A 3AMKA 3ZQ9A 1LL4A 2BVTA 1NQ6A 2WPGA 1UH2A 1FP8A 1HJVA 1WDRA 1WP6A 3WQ6A 4TTUA 3FHQA 1E4NA 3VVGA 4PMVA 1S46A 2Y4SA 1ITXA 3O2LA 3AHVA 2VZSA 1V02A 3ARSA 4B9ZA 3ZR6A 1PX4A 3MO4A 5AY7A 2W4XA 3EMCA 4M24A 3N15A 4PUEA 3CZKA 4K68A 1MXGA 2W92A 3VD9A 4UQBA 1KQZA 2G41A 3FAXA 1BQCA 1QI0A 5I6SA 1GOKA 2WAGA 1X6LA 1UR0A 5CG0A 3VNYA 3ARXA 1KGWA 4DM2A 1V6YA 1BTCA 5HPOA 1JAEA 3KL3A 3RO8A 2X1IA 3AMGA 1BVNP 4J7RA 2JIWA 4JCMA 1J0ZA 2TAAA 3VIKA 2ZIDA 1QOXA 2XM1A 3I3DA 5HXMA 3L2MA 1H49A 5A6BA 1OGSA 1PIGA 3MUY1 3OGRA 3UCQA 1GOWA 3MSDA 1QI4A 1BPLB 2J78A 4H41A 3OG2A 3BLPX 1CXKA 4J3SA 4QCFA 1OGGA 4AIOA 1CIUA 2A3EA 4EAMA 3DYMA 4UFHA 4U3AA 3L4ZA 2GSJA 4DUVA 3SUTA 2WC7A 5A6SA 4WSJA 3OZOA 1SMAA 1JFXA 1VBRA 3TP4A 1QI5A 1CGWA 2XWDA 3W37A 5A6BD 3FHAA 2J7HA 4HTYA 3CPUA 3UG3A 1LL7A 4TVCA 4BQ3A 1V3JA 4TX8A 2XVLA 1BFNA 4KWUA 5D8ZA 4OZOA 2IXVA 4D71A 1B3VA 4CVWA 1UHVA 1HX0A 4RL3A 2XG9A 1QNOA 3WQ8A 1NP0A 4MTVA 3ZO9A 4EANA 2YLLA 2ZX6A 1JZ6A 4J3UA 3WDJA 3PHAA 5M5DA 1DWGM 4Z2GA 3GH5A 4CN4A 3RM4A 1E0WA 3G6MA 2E9BA 5I24A 4F9JA 2X05A 3VTRA 3WQWA 1MW3A 4PTVA 2ZXAA 4LQ1A 2BHZA 1CLVA 3BMWA 3RIKA 5ABGA 5D4YA 1HKIA 4MDPA 4X0VA 3VIFA 1FOBA 3ZSTA 2GK1B 2Y8VA 2XFFA 1JD7A 2PWHA 1BYCA 1US2A 1UKOA 4XUYA 5BROA 3RM8A 3W25A 1UR9A 4CVUA 3THDA 4P8UA 3WD2A 3BAIA 3QGVA 3VINA 3WH6A 2YL8A 3A4XA 3BAWA 4M1RA 3F5LA 4DUXA 2VZUA 1E40A 2BFGA 4ZFMA 2OSWA 3SUVA 4AZGA 2WMKA 3TONA 2XTKA 4D6IA 2G3MA 3MUAA 3U7VA 2YKKA 1A3HA 2F8QA 3MUZ1 1OT1A 3AOFA 2DGAA 4H8VA 2NT1A 1GOOA 1VFOA 5ECUA 2WMGA 2EPNA 4QLKA 2PWDA 3BC9A 4D72A 2GDVA 2ZX8A 1C93A 4HU8A 4AZ5A 1KR0A 1G94A 2X09A 2Y5EA 2CBJA 3T2PA 1W1VA 4HU0A 2E0PA 2WZHA 4MPKA 5D9NA 3AIVA 2J8FA 1I1XA 3RCNA 1UQYA 4GI6A 1E70M 3AYSA 2AOSA 4AISA 1UWRA 2DH2A 1UA3A 1TA3B 2E9LA 2VUYA 1C90A 3WEOA 1UD5A 2DIJA 3NDZA 3VMOA 3WY1A 4E4PA 2J4GA 3MV11 2Y8KA 1WAWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2RGL A;  3VNZ A;  5A95 A;  1W91 A;  4J28 A;  4W7V A;  1HKM A;  4RE2 A;  3U7B A;  2ZUN A;  2W5F A;  1JZ4 A;  3W81 A;  1XH2 A;  2W61 A;  5E6Z A;  2X0Y A;  5ABE A;  1XC6 A;  3W53 A;  4HZ6 A;  1CXE A;  2DT3 A;  2E4T A;  1V3I A;  1EQP A;  1UD4 A;  3ZJ6 A;  4CU7 A;  1TMQ A;  1KBB A;  2DPE A;  1DWI M;  4XZW A;  4ATL A;  2WMF A;  2BV9 A;  3L4Y A;  4D6G A;  1PJ9 A;  1W2P A;  5FCZ A;  2O9R A;  1UH4 A;  2GK1 A;  4TX6 A;  2FHF A;  3W26 A;  2VJX A;  3L4T A;  3VDC A;  5BWF A;  3NCO A;  1MFU A;  4GI8 A;  5IFP A;  4PBG A;  3WDQ A;  1JGI A;  4ATD A;  2FGZ A;  2J7G A;  5D8W A;  3WUF A;  3IAN A;  3MS8 A;  5EFF A;  4J3T A;  3WSU A;  1XCX A;  5C71 A;  5BCA A;  3VM5 A;  1ITC A;  4Z2J A;  5A6K A;  3W38 A;  2VCA A;  4UQ9 A;  6A3H A;  1EDQ A;  4WKH A;  1UOK A;  1E6Z A;  4QP0 A;  2QMK A;  5M3W A;  1ZJA A;  2EQD A;  1D7F A;  2XYL A;  1DTU A;  1GQJ A;  4YPJ A;  1HKJ A;  1E5J A;  3VGG A;  5A8M A;  3NDY A;  2VX5 A;  2BHY A;  1AQH A;  4HA3 A;  1J0J A;  5D9O A;  3OZP A;  4S3K A;  4J3W A;  4CN6 A;  1V6X A;  1V6W A;  1BGA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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