2DFFA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-204)-c
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
210
structure length
210
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKITQDMIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HII
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 59
structure length 210
sequence length 210
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dffA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dffA01
3OY9A 2FBYA 4O55A 5SWMA 3BDPA 3O4NA 1X9WA 3ALYA 4CFDA 3HL8A 2OA8A 1GOCA 4DFMA 4J2AA 3ASMA 1WAFA 3KK2A 4IKFA 3O3FA 3P1GA 4NCAA 2YV0X 3RMAA 4ZTJA 4F3TA 1S1XA 4CJQA 4KO0A 1LV5A 4FJJA 4FJ7A 4H4OA 4DF8A 3QEIA 1KLNA 4ELUA 2XO7A 4DQSA 1S6PA 5HBMA 4DTJA 1RT7A 3D45A 1HYZA 1L3VA 4PY5A 3DI6A 2RF2A 4CGHA 3L2UA 2OPSA 1NK6A 5J2QA 3WNHA 1JLBA 3QEVA 1RDBA 3AVHA 3ISNC 1D9FA 3C6UA 3AVAA 3V81A 4B8AB 4FZXC 2EX3A 2P5GA 1HQUA 2BANA 4JRQA 4CJKA 4CHOA 4LSLA 3KKSA 2DFEA 4PA1A 3PV8A 3VQ8A 2FC0A 1RT6A 2P1JA 5FDLA 4C8NA 1LW2A 4UQGA 3LDSA 3VA0A 2HVIA 4DS5A 1NJWA 1S6QA 5HRRA 1JL2A 4CHNA 1ITGA 2HNDA 2E6MA 3S9HA 3FFIA 4CGJA 1WLJA 4FJXA 3T1AA 2X74A 3V9SA 3SQ4A 3AV9A 1TL3A 3CFOA 2ATQA 4K8XA 5J2MA 1N6QA 1J53A 1L3UA 4Y1CA 3VQDA 4KPYA 3IRXA 2RPIA 4MFBA 4OGCA 4CEBA 2HW3A 3OYGA 3NE6A 1VRTA 1U45A 3TAFA 2XHBA 1HNVA 5C24A 2FBVA 3U3GA 1WN7A 3NGYA 4CJTA 2A1RA 4CJEA 2KZZA 3NBPA 4ZHRA 3CFPA 1XC9A 4B9MA 4FJ5A 4F2RA 1RT1A 4F8RA 3KLHA 4E7KA 4HCBA 3AA3A 1D9DA 4ELTA 4DSIA 1RDCA 1TAQA 3I0RA 1FKPA 3RR8A 4DTPA 2YNGA 1LW0A 3MXIA 3S3NA 1NK0A 4RW4A 4CHZA 4FVMA 1NK5A 1J9AA 1A5VA 3AVIA 1VSKA 3MAQA 1LWCA 4CJUA 4HHTA 1SKWA 2HVHA 4CGGA 4OJRA 3IG1A 3OYIA 4KB0A 4FJNA 4NCBA 4BWJA 1VSMA 4JLHA 2HHSA 4BE0A 4FJ8A 5E41A 4WE1A 4ID5A 1LAWA 4IG3A 2HHTA 1EP4A 3OJSA 4C8OA 4QCLA 1ASWA 1NK8A 1TKTA 2AJQA 4OGEA 3OYCA 1BQMA 3TAQA 3VQAA 4FJHA 1G15A 4QAGA 1C6VA 3BGRA 2YHBA 1Y97A 3OYDA 1IG9A 2QKBA 3U3YA 1X1PA 3SUOA 2D0CA 2X6SA 3LPUA 1ZBLA 3VQQA 3NAEA 4B9SA 3NH0A 3IS9A 4QOZB 4KHNA 4RW9A 1XI1A 3K5OA 1IKYA 4CESA 5I42A 2PYJA 3OJUA 1S9EA 4F3OA 3PY8A 3LWLA 1RTDA 4FJLA 4G1QA 1UOCA 1S5JA 2IGIA 1MU2A 1XWLA 3EYZA 1WSFA 1O1WA 3K5MA 4H4MA 2B6AA 4CF8A 3QIPA 3SZ2A 1UAXA 1RTHA 1EKEA 4MQ3A 3ZT0A 2B5JA 4LSNA 4CERA 3T3FA 2LSNA 4FLZA 4Z0UA 2XY7A 3HPHA 3IAYA 1Z25A 2ZQBA 1QTMA 2Y1JA 2G8FA 4PUOA 4FLYA 3CM5A 2PYLA 4KI6A 5HLFA 4DTUA 3OYHA 1WSGA 1RBUA 3K2PA 3ULDA 3V9UA 4CF1A 4W5QA 4BDYA 3G10A 3V9ZA 3QEPA 3TANA 3KLIA 1BQNA 1JLCA 2HHXA 1RILA 1KFSA 4AHUA 1LWFA 4DG1A 3HXMA 1VSFA 4DS4A 4E7HA 3SQ2A 4I2PA 1EETA 3K59A 4KTQA 5FRNA 3M8PA 3HM9A 4CHPA 2YNIA 3QETA 2ZE2A 5HRPA 1YTAA 4CECA 4IDKA 1ZBHA 4FYDA 1HPZA 4FLVA 4M3UA 3SNNA 4CK2A 4CIFA 3V1RA 1TK0A 4CJ5A 4W5RA 2IS3A 3K57A 3OYJA 1C1CA 1RCHA 3OVNA 3AO4A 3DLHA 2X78A 4C8KA 4J2BA 2VG6A 4FZYA 3ZSZA 4FW2A 3OYFA 3VQ6A 3HP6A 1EXQA 1U04A 1Q9XA 4DFKA 4O5BA 4EP4A 3CM6A 1NKCA 4B08A 3AVLA 4CIEA 2G8HA 1HYVA 4DU1A 4LH4A 3S3MA 3HVRA 2XY5A 4M3ZA 5FRMA 3MXMA 3K5NA 3KJVA 1F21A 1JLEA 4OKEA 4FLUA 4KREA 3QERA 2XY8A 1YTUA 3TAMA 3MXJA 4DTSA 3O4QA 3HK2A 2OPRA 3NF7A 4CEZA 4CF9A 2GUIA 5J2PA 3KD5E 3L2RA 4CHYA 4AHSA 1RT4A 3ZSQA 5HRNA 3AVMA 4CJRA 1NK7A 5I3UA 4M3TA 4ICLA 3CQ8A 1JKHA 4E7JA 4O0JA 3A2FA 1VSJA 4CEQA 3PX0A 1C0MA 1BI4A 3HPOA 1ASUA 1BCMA 4N5SA 3ZSYA 1ZBUA 4CK3A 2JGUA 4Z4FA 4I7FA 1WSEA 4M3WA 2BDPA 4DMNA 4DWIA 1RT5A 4Z4GA 4W5OA 3B6PA 3NFAA 4CJWA 3LANA 4B9LA 2F96A 2HNYA 3LP1A 4DLGA 4DFJA 1K6YA 1VSDA 3V9XA 3NF6A 2ITGA 1IKXA 3F73A 4R5PA 1TK8A 3L2VA 1YT3A 4OKJA 4FCYA 3OS2A 5EU7A 4CF0A 3KLFA 1Z26A 3OYKA 3KIOA 1JXBA 4F2SA 2HMIA 4M3XA 3THVA 1BIZA 3EY1A 1JLQA 4DSLA 1VRUA 5T7BA 2YNHA 3VN5A 1RNHA 5J1EA 3EZ5A 3VA3A 5J2NA 4J2EA 1TKXA 2GV9A 1CXUA 4LH5A 1SL2A 3F9KA 3SUPA 4KTZA 4EZ9A 3LP0A 1J54A 4H8KA 4CJVA 1U4BA 1NJXA 4HUGA 3VQ9A 3DM2A 1JL1A 4AHVA 4C8MA 4FJGA 1YVUA 2YHAA 4ELVA 2E4LA 2YNFA 5KRSA 1TV6A 4DTMA 1NKEA 1SKRA 2G8KA 2KFZA 2P51A 3AO2A 4N76A 4Y1DA 5KRTA 2XY6A 1L5UA 4RW7A 1DLOA 5KI6A 4HUEA 5DMRA 3LP2A 4TSXA 3PO4A 2P5OA 1TL1A 4FJIA 4FK2A 1HQEA 4RW8A 2D0BA 3D0PA 2PY5A 1CLQA 1ZBFA 3SV4A 2KFNA 1JLGA 3LAKA 3SYZA 3DLBA 5KTQA 4CGFA 2I5JA 3K5LA 4IBNA 3ZSOA 4Z4IA 3AVKA 1GOBA 3AVBA 3OS1A 4JRPA 1TGOA 4O44A 4OPJA 4HVJA 1U48A 4DQPA 2HHUA 3WNFA 3SJJA 2Y1IA 1RT3A 2OPQA 2WONA 4IFYA 3LZJA 2QK9A 3M8QA 1S1TA 1VSHA 4CEEA 1BCOA 3V1OA 3HYFA 2IAJA 1FK9A 3AVCA 4CEDA 4CHQA 3TAGA 3AA2A 4LD0A 3ZSRA 4F4KA 3CYMA 3L3UA 2OPPA 3OYAA 3NHGA 1NK4A 4L8RB 3ZT4A 4Q5VA 3DRRA 2GBZA 3OYEA 4E3SA 4ID1A 3WNEA 1TVRA 3AA4A 4CK1A 3L3VA 3TAEA 4M45A 1B92A 2D0AA 4NYNA 4W5TA 2PZSA 3M8RA 3HPGA 1BI4B 1T05A 4CFBA 1TKZA 1R0AA 3TARA 3NH1A 3TI0A 1XHXA 3QNOA 1VK0A 3ZT1A 1SV5A 5K14A 3SQ0A 3LALA 2KW4A 1ZYQA 3V4IA 3HSTB 3NDKA 1RBRA 4AHRA 3VQEA 4B9VA 2DTUA 1QSYA 4E1NA 2VG7A 1L3SA 1Q9YA 4B9TA 3HVTA 5SZTA 2OZMA 3JYTA 4GMJB 4DTNA 1RBTA 3AVNA 1X9SA 4CEAA 4RG8A 4GVMA 1TKDA 2Q3SA 3OYBA 1KCFA 2YKNA 3K58A 3SCXA 3KD1E 1T03A 3RR7A 4DF4A 5JS2A 4CGIA 1SL0A 4CF2A 4EP5A 3UIQA 1WSIA 4CGDA 4KI4A 4DU3A 2W42A 4DTRA 1HYSA 4E89A 1S1UA 3KKRA 3HJFA 2F8TA 3HO1A 4E0DA 1VSLA 4OVLA 1A5XA 3I8DA 3JSMA 3ZT2A 3SQ1A 1SL1A 4J2DA 3QEWA 4B3OA 1S9GA 4DSFA 4KHUA 5CZ2A 3VQ5A 1RBSA 2Z1HA 1NOYA 3C94A 1VSEA 4KKOA 4CFCA 1LAVA 2E6LA 3E01A 3V6DA 1EX4A 1QHTA 3SPZA 3KK3A 3PX4A 3HP9A 4M41A 4FM2A 1SKSA 2A1SA 4Z4HA 2Z1IA 4BDZA 1B9DA 3DLKA 4CJ3A 1NK9A 1A5WA 1RTJA 1FKOA 2RN2A 3OYMA 3L2QA 3LPTA 4CCHA 3KLGA 4BE1A 4IFVA 3G0ZA 3OYLA 4AHCA 1BL3A 3AVFA 1KRPA 4HTUA 3MEEA 4PWDA 3KLEA 1I3AA 3QINA 1U47A 1HRHA 2O4GA 1KVCA 5CZ1A 4M3RA 4DQQA 2Z1JA 4N56A 3SUQA 1C1AA 4RW6A 4FZZA 3ZCMA 3U6FA 1QQCA 1WNSA 3DLGA 3DYAA 4LY7A 5C42A 2Z1GA 1XHZA 3QESA 4FLWA 1C0UA 3AA5X 4KFBA 4OKKA 1KVBA 3NH2A 1N5YA 3L2WA 3AO3A 4Q0BA 5HP1A 2XRIA 4B9UA 3VQCA 2X6NA 5HROA 1S1WA 5CYQA 3C6TA 3TR8A 4CE9A 1BHLA 3DLRA 4O4GA 4YNQA 3TWHA 4DFPA 1KVAA 2QKKA 1HNIA 3WNGA 1T7PA 2IOCA 3RMBA 2G8VA 1CZ9A 2R7YA 2HHQA 1LWEA 3PO5A 2OYQA 1CZBA 2DFHA 1D5AA 3MEDA 3NCIA 3SI6A 1C1BA 3LP3A 2IDOA 3NF8A 2HNZA 3VQPA 4KHYA 1DTTA 4HUFA 2B4JA 1KSPA 2D5RA 2RKIA 3B6OA 1IO2A 4PQUA 4GW6A 1IKWA 3T19A 4E19A 5KGWA 2BE2A 2DY4A 1IH7A 1DTQA 3LAMA 4NCGA 2VWKA 1NJZA 4I2QA 1WSJA 3AVJA 1SUQA 1RBVA 3VQ4A 4XIUA 3CFRA 1TK5A 4Z4EA 1S1VA 3RRHA 4BACA 1CXQA 3ZSVA 1RDAA 1NJYA 3P5JA 3ZT3A 3KK1A 3DOKA 4CEFA 4FJ9A 5KGXA 4DLEA 4N41A 3SUNA 4FK4A 4C8LA 2G8IA 1BIUA 1RDDA 2KQ2A 4DSEA 3M8SA 3H08A 4I9LA 4CJ4A 3VQ7A 4JS5A 4KV8A 3OS0A 4BWMA 1J5OA 4OLAA 4KTWA 3QLHA 3QO9A 4IG0A 3O3HA 4BE2A 4FLTA 3RRGA 3V1QA 4AHTA 1WAJA 2ETJA 3QEXA 1W9HA 3LZIA 1QSSA 4FLXA 3AO1A 3DRPA 2VG5A 4OLBA 3ZSXA 4M42A 3S3OA 2KZMA 3PX6A 1BGXT 1D8YA 1KTQA 4DU4A 3TABA 2ZD1A 1UA1A 2KTQA 3MECA 1B9FA 4CJLA 4CEOA 2VWJA 4OPKA 4DTOA 2IC3A 3DLEA 4DSJA 1WSHA 4I9QA 4FK0A 4CFAA 2FBXA 3QIOA 1NOZA 3RMDA 1UWBA 4DSKA 4W5NA 3SPYA 3CG7A 1JLAA 1ASVA 1HJRA 4N47A 1W0HA 4E1MA 4YFUA 3RMCA 4EZ6A 4FJMA 5C25A 2G8WA 4M3YA 1KFDA 2O4IA 4K8ZA 3SV3A 3VQBA 2F8SA 5CY4A 1UA0A 3NF9A 3NGIA 3NGZA 1HMVA 4Z4CA 4JS4A 3RWUA 4KAZA 1BISA 1QSLA 1JLFA 1U49A 1JXEA 2FBTA 4HCCA 5JS1A 2EHGA 3HT3A 4ZTFA 3QNNA 4FM1A 4DQIA 3P83D 3L8BA 2HHWA 1REVA 3ITHA 1T8EA 1QS4A 2QXFA 5HRSA 2HHVA 2NUBA 1TAUA 3KTQA 4KHWA 1L3TA 3DMJA 3AO5A 3LWMA 3V9WA 5CYMA 1C0TA 5DK5A 3I0SA 3OYNA 4E7IA 4FXDA 1NKBA 4CJPA 1GOAA 1I39A 4KB1A 2OZSA 4KRFA 1RTIA 1IKVA 3MEGA 3TAPA 4B8CA 4O0IA 1KLMA 3RTVA 4AILC 4KHSA 1VSIA 2HB5A 4NYFA 4CJFA 2G8UA 1ZBIA 3O3GA 2WOMA 4CIGA 4B9NA 2DFFA 4KHQA 2BGGA 1X9MA 5D3GA 1RT2A 1FXXA 2JLEA 3DOLA 4FM0A 2YKMA 5FROA 1Q8IA 4BDPA 4CJSA 3AVGA 3DRSA 3C95A 3ZSWA 3PUFA 4FW1A 4AH9A 4E7LA 4DQRA 4DTXA 1QE1A 4FJKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBYA 4AF1A 4ETSA 1BOTO 1VI0A 2IJLA 3PSIA 5EOYA 2ISZA 2GA1A 1ONVA 5K7HA 4HF2A 4ISGA 5FJ8J 2L9VA 4CJKA 3G6EI 1K83J 1S6QA 3K2AA 4A3KJ 3PFYA 4BG9A 1FJGK 3H3VK 2HFHA 3NE6A 2QQBA 1FYMA 4B9MA 1JCFA 2WAEA 2OANA 3CPEA 1Z05A 1XCBA 2EZLA 2NRRA 2I8DA 1WCMJ 4I7HA 2E1CA 4HHTA 4CGGA 4RWTA 4NCBA 1FZPB 2AJQA 3OYCA 2MG4A 2WC9A 1EH8A 1FPQA 1XGMA 1XI1A 1W0TA 4CESA 4XRMA 5HLTA 2LYCA 5TGTA 1S5JA 3RYPA 3SZ2A 2G8FA 1UAXA 2V7ZA 3HPHA 3DEUA 3F8BA 3LSJA 1MBJA 3ABLH 3V9UA 4CF1A 1O7LA 4XRFA 5GP9A 1JGSA 2ZMEC 4HWIA 4YORA 2QSHX 2OCEA 2P9IA 4HF0A 2OPTA 2WV0A 4G6TB 2VG6A 1M90O 3O6WA 2OF7A 1YW7A 1HYVA 4HQEA 2XY5A 3ZP5A 4XLAA 4H0PA 1HPMA 5J2PA 3WTUC 4MTEA 1FMWA 1JXSA 1JUPA 5LL6Z 4DW6A 1D1AA 1ZC6A 4PHTX 4Z4FA 4MO4A 5HDNA 1RT5A 4CJWA 1FBUA 1F5TA 2LNBA 3E7LA 2XRNA 1TK8A 4R5PA 4HRIA 4FT8A 2XKPA 3CHWA 3THVA 4DSLA 2BY3A 5IYCJ 3SFZA 3EZ5A 4LH5A 4DZPA 1SANA 1QZZA 2KISA 3FK6A 3M4OJ 4C23A 1JL1A 3QPLA 9ANTA 1YIJN 2BYVE 3HRSA 2P51A 4IRHA 4LFUA 1ZG1A 4BR5A 4DV6K 1XGNA 1ZBFA 3QYFA 2ZSHB 1TGOA 4R79A 5AQWA 5JVTA 4L9VA 2IAJA 3F6OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FBY A;  4AF1 A;  4ETS A;  1BOT O;  1VI0 A;  2IJL A;  3PSI A;  5EOY A;  2ISZ A;  2GA1 A;  1ONV A;  5K7H A;  4HF2 A;  4ISG A;  5FJ8 J;  2L9V A;  4CJK A;  3G6E I;  1K83 J;  1S6Q A;  3K2A A;  4A3K J;  3PFY A;  4BG9 A;  1FJG K;  3H3V K;  2HFH A;  3NE6 A;  2QQB A;  1FYM A;  4B9M A;  1JCF A;  2WAE A;  2OAN A;  3CPE A;  1Z05 A;  1XCB A;  2EZL A;  2NRR A;  2I8D A;  1WCM J;  4I7H A;  2E1C A;  4HHT A;  4CGG A;  4RWT A;  4NCB A;  1FZP B;  2AJQ A;  3OYC A;  2MG4 A;  2WC9 A;  1EH8 A;  1FPQ A;  1XGM A;  1XI1 A;  1W0T A;  4CES A;  4XRM A;  5HLT A;  2LYC A;  5TGT A;  1S5J A;  3RYP A;  3SZ2 A;  2G8F A;  1UAX A;  2V7Z A;  3HPH A;  3DEU A;  3F8B A;  3LSJ A;  1MBJ A;  3ABL H;  3V9U A;  4CF1 A;  1O7L A;  4XRF A;  5GP9 A;  1JGS A;  2ZME C;  4HWI A;  4YOR A;  2QSH X;  2OCE A;  2P9I A;  4HF0 A;  2OPT A;  2WV0 A;  4G6T B;  2VG6 A;  1M90 O;  3O6W A;  2OF7 A;  1YW7 A;  1HYV A;  4HQE A;  2XY5 A;  3ZP5 A;  4XLA A;  4H0P A;  1HPM A;  5J2P A;  3WTU C;  4MTE A;  1FMW A;  1JXS A;  1JUP A;  5LL6 Z;  4DW6 A;  1D1A A;  1ZC6 A; 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