2DFHA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-212)-c
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKTQDMINKST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HII
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 74
structure length 221
sequence length 221
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dfhA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dfhA01
1S1TA 4FK0A 1BCMA 1VSJA 1NJXA 2X6NA 3C6TA 1NJZA 2G8KA 3IS9A 4HCBA 1GOCA 2WOMA 2AJQA 3K58A 1JLQA 3IG1A 4NYFA 2RN2A 4I9LA 4DF4A 1D9FA 4J2DA 5FRMA 1RBRA 5J2PA 2BANA 4LH5A 4KTZA 4MFBA 1FXXA 4C8NA 1LWCA 1U04A 4IG3A 4FJ8A 4KTWA 4C8KA 1N6QA 3ZSXA 3KK3A 2O4IA 3KK1A 3L3UA 2F8TA 3M8PA 3NHGA 3ZSRA 1JLCA 4BE0A 3NH0A 3VQAA 1Z26A 1NOZA 2FBTA 1Y97A 2WONA 1GOBA 1S6PA 1TKZA 3MXMA 4OLBA 4DLEA 3PY8A 4JS5A 4FJLA 4Z4FA 3OYNA 3VQ7A 4CJ5A 1XC9A 3K59A 4HCCA 4CHZA 4IDKA 3TAGA 3LDSA 4FM2A 4CFDA 2Z1HA 3TAPA 1RTDA 1S1UA 2EHGA 4KFBA 3TR8A 4B9LA 4DSIA 3OYDA 3NDKA 1DTTA 1U47A 2HMIA 4OGCA 1WSIA 3L2WA 2YNHA 3RMAA 4O55A 3CQ8A 1TL3A 3QINA 2F8SA 1SUQA 4UQGA 3TANA 1IKVA 4FJHA 3K5MA 4RG8A 4PUOA 1O1WA 3QETA 4FM1A 1JKHA 1A5VA 1VSKA 1IO2A 3C6UA 1WSFA 1UWBA 1TK5A 2OYQA 3ZSZA 1X9MA 2HHVA 4FXDA 4FZXC 3AVLA 4FZZA 1T03A 3AVGA 1BHLA 3HM9A 3SNNA 1SL2A 2FBVA 2YNGA 4H4OA 4RW7A 3I8DA 4O5BA 1UOCA 4ID5A 4DTPA 3RRHA 5D3GA 5KRSA 4E7IA 4ELUA 2D5RA 3OYGA 5KTQA 1CXUA 3DLRA 1B92A 2F96A 2KW4A 3TAEA 1HYZA 1YT3A 4RW9A 4CF1A 3EZ5A 4DS5A 1JL1A 1TK0A 4M3ZA 2YKMA 1RNHA 1LWFA 2D0BA 5FRNA 4AHRA 1RDBA 3KLIA 2P5OA 4FJ9A 4KKOA 4W5OA 4BE1A 1WSHA 1N5YA 2KZMA 3HVRA 1NJYA 4WE1A 4I2PA 2E6MA 3G10A 4DFKA 2QXFA 2Z1IA 4KPYA 3UIQA 4OKKA 4H8KA 3SPYA 3QIPA 4G1QA 1TGOA 1GOAA 3V6DA 1Z25A 1RTIA 2XRIA 3AV9A 4CF9A 3OY9A 1RTHA 1QTMA 2BE2A 3U3GA 3K5LA 3PO5A 4CJ4A 2BGGA 1VSIA 3OJSA 2IAJA 1QSYA 2OA8A 2ITGA 4DTUA 3LANA 3VQDA 4AH9A 3WNFA 4AHTA 5DMRA 1UA0A 1SKRA 4JRQA 1J53A 3SV3A 3QNNA 4E89A 3RMBA 3L2RA 4DU3A 1TAUA 3ZSWA 1KVCA 3NGZA 3L2VA 3SQ2A 3OS0A 2B5JA 4CF8A 2A1SA 2YHBA 3SUOA 1YTUA 3VA0A 1TKXA 3OS1A 2BDPA 4QCLA 4CK1A 1HJRA 1RDCA 2E6LA 4O44A 1SKSA 4CJKA 4CHNA 4O0IA 3D45A 1RTJA 4FW2A 4M3RA 2ZD1A 1NK9A 4Z4HA 1VSFA 3AO4A 4CFBA 1JL2A 3AVJA 2HHQA 5HRRA 3SQ1A 3KTQA 1TKTA 3VQCA 4DQRA 4EP4A 4FJNA 1LWEA 3HT3A 4FLWA 4FK2A 2XO7A 5HRPA 4HHTA 1A5WA 4ID1A 1C6VA 3OJUA 3S3NA 2JGUA 1NK6A 4CGFA 1HQEA 1IH7A 3HP9A 4FLTA 4M3XA 3ZCMA 2O4GA 4CJWA 3K5NA 2PYLA 2XY5A 4DFMA 3NF6A 2ZQBA 5CYMA 1J5OA 1WLJA 3SCXA 3SYZA 1ZBLA 4KV8A 4IG0A 2FC0A 4O0JA 4E1MA 1T05A 4F3OA 1WSEA 5SWMA 1D8YA 1KSPA 3QIOA 1VSHA 2NUBA 3WNGA 4W5TA 1C1CA 4N76A 1VRUA 4BWJA 1TK8A 1HMVA 1WSJA 4KHNA 1UAXA 1FKOA 3AO3A 1B9DA 3ZT1A 2PY5A 1CZ9A 2YNFA 2X74A 2Y1JA 1KFSA 3DLKA 4CK3A 4HTUA 4FLVA 2D0AA 1KFDA 1QS4A 4QAGA 4DTOA 2X78A 2EX3A 1KVAA 3MEEA 4CIGA 5SZTA 3VQQA 3HYFA 4LY7A 1VK0A 3VQ4A 4LSNA 2D0CA 3SJJA 1SKWA 5I42A 3TAQA 3THVA 4CF0A 3AO1A 3TAFA 4BE2A 3T1AA 3SUNA 5KI6A 1RBUA 3S3MA 1TAQA 3ALYA 1ZYQA 2YV0X 3U3YA 4PQUA 4PWDA 3DOLA 3SQ4A 1J9AA 3VQ5A 3RMCA 4C8LA 3FFIA 4N5SA 1C1BA 1LAVA 4NCGA 4CEBA 2I5JA 4CJPA 3NH2A 3O3HA 3M8QA 4W5QA 5C24A 4J2BA 2ETJA 1XI1A 3DRRA 1XHZA 3RR8A 1HYSA 1YTAA 1SL0A 1C0TA 2B6AA 4JLHA 3ZT0A 2IGIA 3DLGA 3WNHA 3OYMA 4ZTJA 1U48A 3KJVA 3KD1E 4CJVA 2YNIA 4F2RA 4C8MA 3IAYA 4CJQA 3M8RA 3CG7A 4MQ3A 3O4QA 4GVMA 4B9NA 1IG9A 4F8RA 4M3YA 1RBTA 4N47A 1B9FA 3ZSVA 2E4LA 4R5PA 3KLEA 3KLHA 1LV5A 4E3SA 4W5NA 3HO1A 4CK2A 3NCIA 1S6QA 4Z0UA 3BDPA 3I0RA 3QEPA 4BDPA 3AO2A 4CGHA 3CFOA 5FDLA 2FBYA 3TAMA 1TVRA 3OYAA 2XY7A 5HBMA 1IKWA 1YVUA 2OPRA 4DSEA 3AA3A 1EP4A 5KGWA 4DTJA 3HP6A 3MXJA 4FLUA 1NKCA 1X9WA 4KAZA 1KTQA 1JXEA 4CECA 1CXQA 3AA4A 1ZBFA 3KIOA 4CEZA 4DFJA 1X1PA 4LH4A 3ZT2A 5I3UA 1ZBUA 3D0PA 5HLFA 3LP3A 1FK9A 4CEEA 1D9DA 4FZYA 3NF7A 1BGXT 3V9XA 4KB1A 4Z4EA 3DMJA 3V4IA 3L8BA 1VSMA 3QLHA 3DM2A 5CZ1A 3ZSQA 4J2EA 1C1AA 4CEOA 1VSEA 4KHYA 1WAFA 3P1GA 3O3FA 3JSMA 4DF8A 5J2MA 1ZBHA 4PY5A 2VG5A 1Q8IA 4DQPA 1WAJA 3C95A 2P51A 3JYTA 2G8VA 2KZZA 4RW8A 1NK5A 4B3OA 4IBNA 4RW4A 3C94A 3ZT4A 1A5XA 1JLEA 4LD0A 4Z4CA 1WN7A 3M8SA 4DLGA 2XY6A 2DFFA 3SUPA 4KI4A 2VG7A 3VQ8A 1QSSA 3B6PA 3MXIA 4KHWA 4IKFA 1C0UA 1L5UA 1NKEA 4F3TA 3HSTB 5DK5A 1Q9XA 1KRPA 3NFAA 2KTQA 4B9TA 4DFPA 3CM5A 3PUFA 4B8CA 1ASUA 3LP1A 2RF2A 1F21A 4CHPA 3DLHA 4W5RA 1REVA 1MU2A 3I0SA 3OYIA 5E41A 4CF2A 1JLFA 4CGJA 3TWHA 4CGIA 1G15A 2HW3A 3SV4A 3OYLA 4CGGA 1SL1A 5JS2A 4ZHRA 1EETA 1FKPA 3EYZA 4FCYA 1CLQA 2YHAA 3TI0A 4B8AB 2G8IA 1VSLA 1HYVA 3SUQA 4B9VA 1U49A 4DMNA 2X6SA 3QERA 4E0DA 4NYNA 5K14A 4DWIA 3ZSYA 3WNEA 1BI4A 3DYAA 4FM0A 4FYDA 2HHSA 4IFYA 2HNYA 2HHXA 3VQ6A 3ITHA 4NCBA 1XHXA 4QOZB 1CZBA 4HUGA 5CY4A 1BISA 5EU7A 4AHSA 1S9EA 1JXBA 3B6OA 1L3SA 4M3UA 3OS2A 2RKIA 3ZSOA 2OPPA 5C42A 2QKKA 2GV9A 3KKRA 3LWMA 4DSLA 3V1OA 1Q9YA 1RT4A 2HVHA 2KFZA 1VSDA 1NJWA 1HRHA 1VRTA 4CE9A 3LWLA 1ITGA 3K5OA 4OGEA 3F73A 4YNQA 1KLMA 4HUFA 3S3OA 3T19A 4DTRA 4CERA 4FJMA 3LZJA 3CFPA 4BWMA 2KFNA 4BDZA 3L3VA 4PA1A 4E7JA 4OKEA 1NK7A 1JLBA 1WNSA 3V1RA 1T8EA 4B9SA 3AA5X 2Z1GA 3EY1A 3QESA 2FBXA 1S9GA 2IC3A 4IFVA 4CJUA 1QSLA 2PZSA 4I7FA 1U4BA 3OVNA 1RBVA 3AVCA 3RRGA 4KREA 3HPHA 3V1QA 3AVMA 4ZTFA 2KQ2A 2OPQA 3RMDA 3T3FA 4CFCA 4CJFA 1S1XA 1HPZA 1ASVA 4Y1DA 3MAQA 4FJGA 1RILA 4CJSA 1W9HA 1I39A 1KVBA 3AVFA 3QO9A 4E7HA 1ASWA 2DY4A 1NK0A 1WSGA 4J2AA 3AVIA 4FK4A 1C0MA 1BL3A 2A1RA 4CJRA 3NF9A 3VQPA 2Y1IA 4FLYA 3LP0A 2IS3A 4AHUA 1XWLA 3OYEA 2G8UA 4ELTA 4KB0A 3IRXA 1EKEA 1S1VA 2P1JA 1LW2A 3K2PA 3P83D 4M42A 3OYCA 3VQBA 1BQNA 3HL8A 2G8HA 1SV5A 3PX0A 1DLOA 3NGIA 3SI6A 1HNVA 3RR7A 4CFAA 3KK2A 2G8WA 4KI6A 3DLBA 4DSKA 5KRTA 1BI4B 3QEXA 2ZE2A 3TARA 4OJRA 1QQCA 1DTQA 4CHQA 1X9SA 4EP5A 1NK4A 3DRPA 3L2UA 2W42A 1RT7A 3V9ZA 4M41A 4L8RB 4AHVA 1LAWA 3G0ZA 4DQQA 4CCHA 3DOKA 3O3GA 1U45A 4HUEA 2P5GA 2IDOA 4KO0A 1HQUA 3VN5A 5KGXA 4DTMA 4O4GA 2QKBA 3LAMA 4FW1A 4FLXA 2XHBA 3LP2A 3ULDA 3HPGA 5CZ2A 4F4KA 2GBZA 2HVIA 4B9MA 4CJ3A 3S9HA 3NF8A 3V9UA 1TKDA 1JLGA 1LW0A 4E19A 3PX4A 1T7PA 2DTUA 4I9QA 1RT6A 2HB5A 4M3WA 3LPUA 1IKXA 4GW6A 4HVJA 3QEWA 2JLEA 1K6YA 4B9UA 1IKYA 1HNIA 2Z1JA 4JRPA 4CHYA 5FROA 1RT1A 1NOYA 3AA2A 4C8OA 1JLAA 3F9KA 4CHOA 4FJXA 4ELVA 4CEDA 4DU1A 4E7KA 4RW6A 3OYHA 3AO5A 1I3AA 2B4JA 1RT2A 1BIZA 2HHTA 3OYBA 3HPOA 3BGRA 3LZIA 3PO4A 4EZ6A 4KTQA 5HRSA 4CGDA 4EZ9A 4H4MA 3NAEA 3AVKA 4DTSA 2YKNA 3V9SA 3LPTA 3AVNA 1TV6A 3SQ0A 2HNZA 1S1WA 3NE6A 4Y1CA 4BDYA 3DI6A 4FJ5A 4OVLA 4KHQA 2QK9A 3U6FA 3KLGA 3QEVA 4K8ZA 3NBPA 3OYKA 4N56A 4XIUA 3PX6A 5J2NA 4CEQA 2DFHA 1QHTA 4CEFA 3PV8A 4Z4GA 4LSLA 3OYFA 1NK8A 4DQIA 1BCOA 1RDDA 4DSJA 3ISNC 1QE1A 4E1NA 3LAKA 3MEGA 1RT5A 4B08A 3KLFA 3L2QA 3CFRA 3HVTA 1L3TA 1L3UA 3MEDA 4CEAA 4K8XA 1J54A 1D5AA 3NH1A 4FJ7A 4F2SA 3ASMA 3RTVA 1BQMA 3TABA 5HRNA 1BIUA 3MECA 4CESA 3K57A 3HK2A 4Q5VA 4N41A 4FJKA 4NCAA 4M3TA 1KCFA 4OPJA 4BACA 4DU4A 2OPSA 2ATQA 3CYMA 3ZT3A 3QEIA 3SPZA 3H08A 4FVMA 4JS4A 1RT3A 3DRSA 2HNDA 1TL1A 1W0HA 4ICLA 4OKJA 3AVHA 4AHCA 2VWKA 1UA1A 2DFEA 4CJLA 4FJIA 2LSNA 4OLAA 4FLZA 2IOCA 2PYJA 3KKSA 4YFUA 4E7LA 4DS4A 3LALA 2HHUA 4DG1A 4AILC 5JS1A 4DTNA 1S5JA 3O4NA 3E01A 5HP1A 4KHSA 4OPKA 5C25A 4GMJB 1EXQA 1KLNA 3P5JA 3RWUA 5J1EA 3AVBA 1RDAA 4Z4IA 2OZSA 2G8FA 2HHWA 3HJFA 3AVAA 2Q3SA 1RBSA 3VQ9A 2R7YA 3SZ2A 5HROA 2RPIA 3V81A 4FJJA 4KHUA 1EX4A 4TSXA 4DTXA 4CIFA 4KRFA 3DLEA 5J2QA 2XY8A 2VG6A 3NGYA 3VA3A 4M45A 4I2QA 1L3VA 3QNOA 2OZMA 2GUIA 3OYJA 3HXMA 4CJEA 3V9WA 4DSFA 1ZBIA 4Q0BA 4CJTA 3VQEA 1R0AA 1RCHA 4CIEA 4DQSA 3A2FA 3KD5E 1NKBA 3CM6A 5T7BA 5CYQA 2VWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O1BA 3HSRA 2AJQA 3IG1A 1IN8A 4I9LA 5AQNA 1GLCG 2CQQA 3CDLA 3J8AA 4KTWA 3GCMA 4KH4A 1DEJA 1Z26A 4H0VB 2Q0OA 4Z4FA 2NNWA 4JHDA 3R8EA 4CJ5A 1XC9A 3F8NA 2BY1A 1OKRA 5ICCA 3TAPA 2ZM6K 4O55A 3QINA 3P39A 2WWYA 2CV2A 2NAZA 3CD6N 4AM7A 1S72N 2VKEA 2FMYA 1BJAA 4BGBA 5C15A 3OYGA 3CD6I 2LBFA 1S72I 3I5UA 1LE8A 1G3SA 4I2PA 3FBIB 5DYMA 1GOAA 5HLHA 3AV9A 4G6QA 3DXKB 2UXXA 3K2ZA 2OA8A 4WYBA 2ITGA 1ZARA 5DMRA 4OMYA 1TAUA 5GTIC 5D5VB 3UNGC 2IA0A 3HOSA 2ISYA 3LA3A 1IRGA 3QYFA 3ZCOA 1DT9A 2A68F 4N9HA 3I54A 1C6VA 1OYWA 1XGSA 4CJWA 1P6RA 3SYZA 1ODDA 2ZJRF 1W5CC 3SDBA 2EIKH 3DLKA 1O3SA 2X78A 2EX3A 2HVQA 3BG7A 4Q4ZF 3N4QA 2D0CA 1SKWA 1FMVA 1E0EA 2UV1A 3GX4X 1KQSM 1XC5A 1U48A 4M6YA 5AZIA 1P2FA 1WB9A 1WFXA 1USTA 2M45A 1NGEA 3BJ6A 2L7ZA 3WXMB 3M5RA 1S6QA 1ZXOA 3GZNB 1IRZA 3I0RA 2FBYA 4K42A 4C2TA 9ANTA 2W57A 1F5TA 3RSEB 1FY7A 4IHVA 3KP3A 1X3WB 4RAFA 3ZT2A 1BGXT 1OH8A 3QLHA 4PL7A 1W0UA 2O8EB 4DQPA 1TWHJ 3FXKA 4MO5A 2G8VA 5CQEA 3JREA 1WN7A 3HDDA 4Z6YA 1J0RA 3MXIA 2K5CA 2KJBA 3G1LA 2OPTA 1MA9B 3K4MA 4QS9A 5F0CA 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 3DRS A;  2HND A;  1TL1 A;  1W0H A;  4ICL A;  4OKJ A;  3AVH A;  4AHC A;  2VWK A;  1UA1 A;  2DFE A;  4CJL A;  4FJI A;  2LSN A;  4OLA A;  4FLZ A;  2IOC A;  2PYJ A;  3KKS A;  4YFU A;  4E7L A;  4DS4 A;  3LAL A;  2HHU A;  4DG1 A;  4AIL C;  5JS1 A;  4DTN A;  1S5J A;  3O4N A;  3E01 A;  5HP1 A;  4KHS A;  4OPK A;  5C25 A;  4GMJ B;  1EXQ A;  1KLN A;  3P5J A;  3RWU A;  5J1E A;  3AVB A;  1RDA A;  4Z4I A;  2OZS A;  2G8F A;  2HHW A;  3HJF A;  3AVA A;  2Q3S A;  1RBS A;  3VQ9 A;  2R7Y A;  3SZ2 A;  5HRO A;  2RPI A;  3V81 A;  4FJJ A;  4KHU A;  1EX4 A;  4TSX A;  4DTX A;  4CIF A;  4KRF A;  3DLE A;  5J2Q A;  2XY8 A;  2VG6 A;  3NGY A;  3VA3 A;  4M45 A;  4I2Q A;  1L3V A;  3QNO A;  2OZM A;  2GUI A;  3OYJ A;  3HXM A;  4CJE A;  3V9W A;  4DSF A;  1ZBI A;  4Q0B A;  4CJT A;  3VQE A;  1R0A A;  1RCH A;  4CIE A;  4DQS A;  3A2F A;  3KD5 E;  1NKB A;  3CM6 A;  5T7B A;  5CYQ A;  2VWJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3O1B A;  3HSR A;  2AJQ A;  3IG1 A;  1IN8 A;  4I9L A;  5AQN A;  1GLC G;  2CQQ A;  3CDL A;  3J8A A;  4KTW A;  3GCM A;  4KH4 A;  1DEJ A;  1Z26 A;  4H0V B;  2Q0O A;  4Z4F A;  2NNW A;  4JHD A;  3R8E A;  4CJ5 A;  1XC9 A;  3F8N A;  2BY1 A;  1OKR A;  5ICC A;  3TAP A;  2ZM6 K;  4O55 A;  3QIN A;  3P39 A;  2WWY A;  2CV2 A;  2NAZ A;  3CD6 N;  4AM7 A;  1S72 N;  2VKE A;  2FMY A;  1BJA A;  4BGB A;  5C15 A;  3OYG A;  3CD6 I;  2LBF A;  1S72 I;  3I5U A;  1LE8 A;  1G3S A;  4I2P A;  3FBI B;  5DYM A;  1GOA A;  5HLH A;  3AV9 A;  4G6Q A;  3DXK B;  2UXX A;  3K2Z A;  2OA8 A;  4WYB A;  2ITG A;  1ZAR A;  5DMR A;  4OMY A;  1TAU A;  5GTI C;  5D5V B;  3UNG C;  2IA0 A;  3HOS A;  2ISY A;  3LA3 A;  1IRG A;  3QYF A;  3ZCO A;  1DT9 A;  2A68 F;  4N9H A;  3I54 A;  1C6V A;  1OYW A;  1XGS A;  4CJW A;  1P6R A;  3SYZ A;  1ODD A;  2ZJR F;  1W5C C;  3SDB A;  2EIK H;  3DLK A;  1O3S A;  2X78 A;  2EX3 A;  2HVQ A;  3BG7 A;  4Q4Z F;  3N4Q A;  2D0C A;  1SKW A;  1FMV A;  1E0E A;  2UV1 A;  3GX4 X;  1KQS M;  1XC5 A;  1U48 A;  4M6Y A;  5AZI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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