2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
2ARDA 2C64A 2EQ8A 1GESA 2ZBWA 3GD4A 3II4A 3GWDA 3AE5A 1E6EA 1H84A 4ZN0A 1ZMCA 3UTHA 3I3LA 3NYEA 4O5UA 2CULA 4XWZA 1GRTA 3VRDB 2GF3A 5JCMA 3FIMB 3RP8A 3VR9A 2FJDA 2R46A 1DJQA 2C3CA 4JY3A 3AB1A 2GAGB 2VQ7A 4YSHA 3RP7A 5BULA 1P2HA 1NDAA 2B9WA 1K0JA 1ZP0A 4FK1C 1XDIA 5C2TA 3F8PA 4H4YA 3S5WA 4AP3A 3NK1X 3KKJA 2RABA 4C3YA 2XYOA 4U8LA 1IUVA 3C96A 2QAEA 4K8DA 3GWFA 3DMEA 3GMBA 1B8SA 2OALA 3CTYA 5IQ1A 5JCLA 3NG7X 4IVMB 1S2QA 5M0ZA 2B7RA 4H4ZA 1JNZA 2B9XA 4BV6A 4Z25A 4NTCA 5BUKA 2XFNA 4A5LA 3NK0X 1PJ7A 3FPZA 1OJ9A 1N1PA 2WDQA 3FMWA 3QFAA 1Y56A 2WQYA 3NT6A 2DKIA 1PS9A 4GRTA 4OPLA 3ALJA 3ADAB 4X9MA 4A99A 4NZHA 3K7TA 3RP6A 1E7PA 1BZLA 1ZX9A 4CY6A 3LZWA 3KU9A 3NGCX 4TM4A 1E1LA 2BS2A 2PYXA 4RG4A 1XANA 2F5ZA 2VQBA 1JU2A 2OA1A 4YWOA 1V59A 3CNTA 5HXIA 4UP3A 2R0CA 2X8CA 3Q6JA 1GRHA 2YG7A 1CC2A 4CY8A 2GQFA 4K7ZA 1LVLA 1YQZA 2YM1A 4O5QA 1GTHA 3NYFA 4KX6A 4A9WA 4FDCB 4EMWA 3AD9B 1FL2A 3SM8A 4B1BA 3P9UA 2GR2A 4PAAA 1JOAA 1TRBA 4GF7A 2XFUA 4IVOB 4J33A 4N9XA 4GDPA 2H89A 4A7AA 4AP1A 2AQJA 2BYBA 2Z5XA 1Y56B 2E4GA 3LXDA 3QSSA 4WCTA 3UP5A 5J60A 1NEKA 1PDHA 5KOWA 4JQ9A 2GR3A 2X99A 1GETA 1PN0A 4X9NA 3T37A 4BK2A 4MJWA 3DJGX 2IIDA 3CGDA 3O0HA 2VVLG 4H4XA 1YKJA 1YQ3A 2V5ZA 2XFPA 2V6OA 2RGHA 1GRAA 3S61A 4AOSA 2C75A 2Z5YA 5KVHA 1F8RA 4Z26A 2WP9A 3AXBA 4IA6A 4EIPA 3KPFA 2X8HA 3QVPA 3D1CA 3FBSA 3KVEA 3LB8A 3VRBA 2GQWA 4J57A 4B63A 3QJ4A 1PXBA 2EQ9A 3AYJA 2GAHB 2BCPA 2IVEA 4GCMA 1KDGA 1GV4A 1TYTA 1GRFA 4LIIA 1EL9A 2J3NA 2WBAA 3DGZA 1Q1RA 2FJAA 2JKCA 1KSUA 3AD8B 4JNAA 1F3PA 3ISHA 1F6MA 1OJCA 4TM1A 4I58A 1OJDA 2GR1A 3HZLA 3P1WA 1FCDA 4USRA 4EQXA 1PBDA 1H81A 3GRTA 1H6VA 3M0OA 4OPDA 1NG3A 2WHDA 3CPJG 4Z44A 3BHFA 4U8MA 4B69A 3B6DA 5U63A 1PBEA 3AEEA 1GRGA 3BHKA 3ICSA 3ALLA 3GDNA 4NEVA 1PXCA 3E1TA 4BK1A 3R9UA 3F8DA 1ZDLA 5CQFA 3NTAA 2WPCA 2JB2A 4CCRA 3P4RA 2VRLA 1KSSA 3ZYXA 2WOIA 3AD7B 2WU2A 4LA1A 2VOUA 4J34A 1COYA 1KFYA 4B67A 3ABVA 4CNKA 4JNQA 4APNA 3ATQA 4Y4LA 2WPEA 1FEBA 3UP4A 2EQ6A 5HYMA 2YG6A 1PBFA 3AE1A 1EBDA 2WETA 2GH5A 5DBJA 4H4WA 4OCGA 3ITJA 4EQRA 2FJBA 2XDOA 1E1MA 1S3BA 3NYCA 3P4SA 3V3OA 2ZZ0A 3AE3A 1Q1WA 2R4EA 2W0HA 3C4AA 4KPRA 5FS9A 2C76A 4Y4NA 4Z2TA 2TPRA 2XFQA 3P4QA 1D4EA 3K7QX 1IUUA 4TM0A 1CC6A 1YY5A 1LTXR 5BRTA 5U25A 2GR0A 1E1KA 2H88A 4Z24A 2XVEA 5FS7A 3QSEA 3H4KA 2C66A 1DOBA 1JNRA 1CHUA 1DXLA 3AYIA 3DGHA 3UTGA 2V60A 1NHQA 1B4VA 1NHPA 3L8KA 1PBCA 3AE8A 1K0LA 2JK6A 3URHA 3AECA 3NH3X 4J31A 3PS9A 1DODA 4YKFA 2V3AA 1N4UA 2X50A 1KNPA 4EMIA 1MO9A 5L46A 4C77A 2C73A 4RSLA 4YTMA 2V3BA 2WS3A 3IF9A 3VQRA 2XLPA 3NK2X 3M13A 1L0VA 5JCNA 5KRQA 1W4XA 5EOWA 3WE0A 2NPXA 3UTFA 1E1NA 3NHOX 3ALMA 4A79A 1GREA 1LQTA 2Q0LA 2WP6A 2BACA 2C65A 2AAQA 2YR6A 4UDQA 3CNJA 3GRSA 4A6NA 1KNRA 2RGJA 3IWAA 2R45A 3AWIA 4Z2UA 3G5QA 3UCLA 4EIQA 2Y6RA 3CGCA 4GUVA 5LV9A 2BC1A 4H7UA 4CBQA 2YR4A 1OJAA 1FOHA 3GDPA 2YG5A 1DJNA 4AOXA 3EF6A 2Q6UA 3UKHA 1HYUA 4UDPA 1AOGA 1JEHA 1L9EA 2FJEA 2X8GA 1JRYA 1VQWA 2C7GA 2WU5A 4GDEA 4Y4MA 3EAOA 3QSMA 3COXA 3SFEA 3UKAA 3ATRA 4OPGA 4ADWA 4B66A 4YSXA 1CJCA 1NHRA 3EANA 4JY2A 3AEAA 1LV0A 3EPTA 2A87A 2YQUA 3F8RA 1CC4A 2YWLA 3AEDA 2WESA 1BKWA 3AYLA 2JB1A 2YG3A 2C70A 3LJPA 4FX9A 2A8XA 5EB5A 1NAAA 4B65A 1F8SA 1H86A 1S2YA 3PO7A 5KXJA 4DNAA 3OC4A 4YT0A 3NNEA 4H4TA 3L1RA 1VG9A 1NG4A 1H7XA 1LPFA 3NTDA 4JDRA 4A6NB 4C3XA 4NEWA 4H50A 3CNSA 4D03A 2HQMA 4TLZA 4C5OA 3RHAA 1B37A 3ICRA 2UZZA 1ZOVA 4EQSA 3KA7A 2OAMA 2YLZA 3BI5A 3CPHG 3FG2P 2JAEA 4U2TA 1RYIA 1GSNA 2CFYA 2XVFA 5TR3A 1IUXA 3DJJA 2R0PA 2OLOA 2WEUA 2FBWA 2B9YA 2YAUA 3OZ2A 3V76A 3AEFA 1BGJA 1XPQA 2YVJA 3ICTA 3IHMA 3QFBA 4K2XA 4DGKA 3BI4A 3AE2A 1Q9IA 4IV9A 1GT8A 4EMJA 1ZOYA 5BVAA 3GYJA 4DSHA 1CJ2A 3UOZA 5J7XA 3K7MX 1D4CA 4OPCA 4OPUA 1VRQB 1KF6A 3M12A 1RSGA 2E5VA 5C3JA 2BK4A 5FS8A 4YTPA 3GYIA 3CGBA 3H8IA 3P4PA 1CF3A 2O9ZA 2C3DA 1EL8A 3RNMA 4H4SA 2R4JA 1VDCA 2Y6QA 3LADA 2DKHA 1VG0A 3CIRA 4LU6A 3UKQA 3DK8A 3H8LA 1Y0PA 3BI2A 2YLTA 4H4VA 4J56A 4H4RA 1JRXA 2R0GA 1CJ4A 1QLBA 3DJDA 3NN6X 4U8IA 3UKLA 2V61A 2YG4A 4U8NA 3VR8A 2BK3A 4K5RA 4JN9A 1S3EA 1FEAA 3NLCA 2XLTA 2XVIA 2YLRA 2WPFA 2YLSA 5CKUA 1NPXA 2BXRA 1TDFA 4U8JA 4BURA 2YVFA 4OPIA 3AE6A 3UKKA 4EM3A 1UKVG 4H4PA 5ER0A 1L9CA 4H4UA 4FK1A 4D04A 3LOVA 4A65A 2VVLA 5GRTA 3NRNA 1XHCA 2BS4A 3NIXA 1DOEA 2GVCA 1RP0A 3G5RA 5FMHA 4NTDA 4BJYA 2X3NA 4H2RA 4C74A 1IJHA 2GMJA 3GMCA 2XFOA 2XLRA 1ONFA 1JRZA 2WDRA 1CL0A 4DSGA 2TMDA 2XLUA 1B5QA 2GV8A 4J2WA 2ACZA 4YTNA 1NHSA 2ZZBA 5KVIA 2OLNA 2JBVA 1ZY8A 1QJDA 2VZ2A 1TDOA 4TLXA 4ZCCA 4E0VA 3SFDA 1IUSA 3UKFA 2XVHA 1ELIA 4UDRA 5HHFA 3DA1A 1GNDA 4P9SA 1D4DA 1L9DA 1E39A 2YVGA 3CN8A 2BK5A 3KD9A 1PXAA 1EL5A 1GRBA 2QA2A 3REDA 4YKGA 1YQ4A 2E1MA 2XVJA 4OPTA 4OVIA 4XXGA 3DH9A 4CCQA 1TYPA 4YSYA 4Z2RA 2QA1A 3GD3A 4U8PA 1CJ3A 1EL7A 4ECHA 2XLSA 5IQ4A 2CVJA 1BGNA 2VRMA 3G5SA 3QVRA 1X31B 1F8WA 1IUTA 4K5SA 1LJ1A 2NVKX 2R9ZA 1O95A 2WDVA 5U1OA 4YSZA 4EQWA 2BXSA 1TDNA 2GMHA 3B3RA 3C4NA 2BC0A 1K4QA 2PHHA 3LZXA 4NTEA 4U8KA 2WOVA 1O5WA 4XWRA 1FECA 1BF3A 2C72A 1ZK7A 2XCGA 4RG3A 3CPIG 3BNUA 1N4VA 3PVCA 4BK3A 2YLXA 4Z43A 1GPEA 5EB4A 3AEBA 5JCIA 3SQPA 4AT0A 2B7SA 3AE4A 3DK9A 1D5TA 1TDKA 3DJEA 5FS6A 2ZZCA 1GALA 2APGA 3UOXA 2YR5A 2BABA 1O94A 1ZMDA 4J36A 4USQA 1M6IA 2RGOA 2YLWA 2B76A 1GERA 1OJTA 4U2SA 5EBKA 2EQ7A 1CBOA 3JSKA 3VRAA 3SGLA 4H4QA 1H7WA 3GSIA 2I0ZA 1GTEA 1PJ5A 1BWCA 4B68A 4BJZA 5KWFA 4K22A 1GXFA 1K0IA 1GOSA 4WX1A 1M64A 2VVMA 4U8OA 1PBBA 5M10A 4H2NA 3AE9A 2IVDA 4YXDA 2AR8A 3UOYA 4AT2A 1DOCA 1NENA 4M52A 4CNJA 1DNCA 1Z6LA 2CDUA 2WOWA 3CNPA 4HA6A 1N4WA 4ZCDA 4CRTA 4TM3A 1ZKQA 3BNMA 1MOKA 3NKSA 1PJ6A 2QCUA 3AE7A 4H2PA 1H83A 4B64A 3UOVA 5JCKA 1D7YA 2YM2A 1LQUA 3CGEA 1H82A 3UKPA 4IA5A 3UTEA 2Q0KA 3D8XA 3K30A 5GSNA 1QO8A 2Q7VA 5IPYA 1D7LA 3CNDA 4ICYA 3IHGA 1IUWA 4HB9A 3DK4A 3I6DA 2GB0A 1GEUA 3ZDNA 2BS3A 2GRTA 2BA9A 3KLJA 4EM4A 5HY5A 2GEWA 3NN0X 2A89A 2WP5A 5KOXA 4GR1A 2C67A 1TDEA 1PHHA 3IC9A 1MXTA 2BCGG 1P2EA 3Q9TA 4REKA 4X4JA 4H2QA 3V3NA 1REOA 1SEZA 4I59A 4U2LA 4PABA 3AEGA 2JB3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WOUA 4GQCA 3FZ5A 2C64A 4KDUA 1GNEA 1GESA 2BRAA 4MF5A 3GD4A 3II4A 1EV4A 5KN1A 2H72A 3TKSE 4IP6A 4O5UA 4XWZA 2QKEA 5COHA 3ZNPA 4ZB9A 2CULA 5JCMA 4FYUA 4YSHA 4JY3A 4D73B 2GAGB 1AUCA 2P31A 1GH2A 2YNXA 3CSHA 1ZP0A 3KEBA 4FK1C 2ON7A 14GSA 3F8PA 5DQYA 4AP3A 2RABA 4C3YA 2MZCA 4L8EA 4TXOA 1WIKA 3UEMA 4K8DA 1TKDB 5JWOB 4PQ1A 3W4KA 2PERA 2OALA 3CTYA 5JCLA 1FO5A 3NG7X 2B7RA 4BV6A 2B9XA 1FB0A 5BUKA 2MYGA 3LW9A 1PJ7A 3FPZA 2WDQA 4OPLA 2ZNMA 3KXOA 2DKIA 4A99A 2X64A 4Z7XA 3G7YA 1ZX9A 2I1UA 3NGCX 5DJLA 2VIMA 1JU2A 1J9BA 2OA1A 4MF6A 2C80A 3C73A 4UP3A 4KW6A 2X8CA 3CYNA 1CC2A 2L57A 2GDRA 3FW2A 3L4NA 2DJJA 4XCSA 3TOUA 1HD2A 3FZ4A 4MK3A 4FDCB 4TXOB 1FL2A 1OAZA 3FHKA 3P9UA 1ZMAA 2CV4A 4N11A 1KTEA 1Z3EA 4KUNA 5IMFA 4GDPA 4GSSA 4AP1A 2BYBA 3LXDA 2H75A 2H1GA 2R6KA 3TKQA 2GR3A 1YDKA 3DJGX 3W8SA 4RQXA 2IIDA 3CGDA 3O0HA 1YKJA 5A4UA 2GQMA 2XFPA 3NZNA 4K1FA 2RGHA 1QQ2A 2OBIA 3S61A 4FYCA 4AOSA 5KMRA 1NHOA 2V6KA 4OCFA 2Z5YA 3KPKA 1I9DA 5B8BA 3M9KA 1F8RA 5KVHA 3BD2A 4MH2A 4XS6A 2X8HA 2O87A 4B63A 4KDXA 2PPTA 2AJQB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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