The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
73
|
structure length |
73
|
Chain Sequence |
GSSGSSGGTAVARYNFAARDMRELSLREGDVVRIYSRIGGDQGWWKGETNGRIGWFPSTYVEEEGIQSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Protein vav-2
|
| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human protein vav-2
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
7
|
| structure length |
73
|
| sequence length |
73
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DNU A; 2KBT A; 1WYX A; 1GL5 A; 2GTO A; 1CKB A; 2ED0 A; 4F17 A; 3EG0 A; 3KFV A; 2JMA A; 4F16 A; 1LCK A; 2JT4 A; 2NUZ A; 5ECA A; 1AD5 A; 5IHN A; 1HD3 A; 2ECZ A; 1OOT A; 2JS0 A; 2K6D A; 1SHG A; 3LH5 A; 2AKK A; 3GBQ A; 2DF6 A; 1T3S A; 2D1X A; 2RQW A; 1I1J A; 2KYM A; 2F2V A; 1U5S A; 1S1N A; 4J9F A; 1E6H A; 2L0A A; 1PNJ A; 4Y92 A; 1CSK A; 1M8M A; 1UJ0 A; 4HXJ A; 1U06 A; 1EFN A; 1K1Z A; 2MOX A; 1TUD A; 2KE9 A; 3UF4 A; 2FO0 A; 1W1F A; 2W10 A; 2EYY A; 4AFU C; 2RQR A; 2EGA A; 4RTT A; 2FPE A; 3O5Z A; 2YDL A; 2LMJ A; 4RTZ A; 1K76 A; 4RTV A; 2GGR A; 1I0C A; 2EYX A; 1VYT A; 1UHC A; 4J9D A; 1W70 A; 1GFD A; 1MV3 A; 3EHQ A; 2XMF A; 1AWJ A; 2L3Q A; 5IH2 A; 2J06 A; 1GCP A; 1JU5 C; 1ZUY A; 2YUP A; 1YNZ A; 3TSZ A; 5FWC A; 1NEB A; 2JMC A; 1K0X A; 1UTI A; 1TUC A; 1WXU A; 1GRI A; 2CDT A; 2KGT A; 2LZ6 B; 2V1Q A; 5IHK A; 3THK A; 1BBZ A; 2MCN A; 2NWM A; 4J9B A; 2O88 A; 5HCK A; 2DL8 A; 2GQI A; 3C0C A; 2LJ1 A; 1KJW A; 1QWE A; 1YP5 A; 2OAW A; 2DRK A; 1GBQ A; 1UDL A; 2O9S A; 1UEC A; 1M27 C; 2CH4 A; 2GTJ A; 2EQI A; 1VYV A; 3JV3 A; 3NGP A; 2EGC A; 4JZ4 A; 1M30 A; 1SSH A; 2DX1 A; 2LX7 A; 3NMZ C; 1A0N B; 3PVL A; 2DVJ A; 1SRL A; 2C0I A; 2D0N A; 2FEI A; 1CKA A; 2AZV A; 1MV0 B; 2HDA A; 1HJD A; 1QWF A; 2EYZ A; 4CC7 A; 1IO6 A; 2BZY A; 3UA6 A; 1OV3 A; 1H92 A; 1RLQ C; 1OPK A; 5IXB A; 2D8J A; 1B3Q A; 1QKW A; 1PRL C; 3R6N A; 3CQT A; 2QDL A; 3QWY A; 3VS5 A; 4CC4 B; 2K9G A; 1WXT A; 2EBP A; 4Z89 A; 1AVZ C; 1BU1 A; 1UFF A; 1PKT A; 4Z88 A; 4HVV A; 1J3T A; 1X6B A; 1N5Z A; 4D8D A; 2KRN A; 2DE0 X; 4LN2 A; 4RTY A; 1B07 A; 2RMO A; 2CT3 A; 2I0N A; 4HCK A; 2AKL A; 2EYW A; 3I5S A; 2A28 A; 3U23 A; 4CC3 A; 4GLM A; 2AZS A; 3FJ5 A; 2CT4 A; 2OI3 A; 1X2Q A; 1AZG B; 3A98 A; 4AFS C; 2M51 A; 1XOV A; 1KSW A; 2X3W D; 2RPN A; 2C0O A; 2DL7 A; 2MIO A; 1ZLM A; 2FG0 A; 3ULR B; 3M0P A; 1NG2 A; 1JQQ A; 2DJQ A; 2ENM A; 1W6X A; 3TSW A; 1K4U S; 2BTT A; 2KYB A; 4Z8A A; 1U3O A; 2AK5 A; 2K79 A; 2YSQ A; 1AEY A; 2CSQ A; 2DLP A; 2KR3 A; 3I35 A; 1WXB A; 2DBM A; 2DMO A; 1X69 A; 1ZX6 A; 2DYB A; 1K9A A; 4M4Z A; 3PVQ A; 2LJ3 A; 4DEX A; 1WX6 A; 1OEB A; 2A36 A; 4ESR A; 2JW4 A; 2DM1 A; 2SRC A; 2DA9 A; 4A63 B; 1QKX A; 2CH4 W; 3EHR A; 1AOJ A; 2BZX A; 4OMO A; 3RNJ A; 1AWO A; 2PNI A; 1M3C A; 4J9I A; 2JTE A; 2FRW A; 4IIO A; 1X43 A; 1ZUU A; 2VWF A; 3VS3 A; 4AFQ C; 3SHW A; 3VS1 A; 1KIK A; 2KXC A; 1NLP C; 2FPD A; 4J9G A; 3VRZ A; 1K0S A; 1X6G A; 1G83 A; 2HCK A; 1GCQ C; 3H41 A; 1UG1 A; 2GNC A; 2KXD A; 1NYF A; 5GJV B; 1SPK A; 2K2M A; 2KRO A; 2ED1 A; 2YUN A; 4JPB W; 2FRY A; 2IIM A; 3M0S A; 4JJB A; 2CUD A; 2G6F X; 1AWX A; 2EW3 A; 3EGU A; 3H0H A; 4RTX A; 2YUQ A; 1FYN A; 4OMQ A; 5EC7 A; 1V1C A; 3M0U A; 2O31 A; 3EG2 A; 4R0K A; 1Y57 A; 2DL4 A; 1T0J A; 1WA7 A; 1UE9 A; 2J6O A; 2P4R A; 1X27 A; 2RQV A; 3IQL A; 3I9Q A; 2K3B A; 2W0Z A; 4J9C A; 3VS6 A; 3I5R A; 1ABQ A; 3EG1 A; 1T3L A; 1VA7 A; 4EIK A; 1JO8 A; 2LCS A; 1JXM A; 4GBQ A; 3H0I A; 3PE0 A; 3VRY A; 3M0Q A; 5I11 A; 2DIL A; 2C0T A; 3VS0 A; 1GCQ A; 1QCF A; 1ZUK A; 4RTU A; 3VS2 A; 4KRT A; 1WDX A; 1NEG A; 4X1V A; 2RNA A; 4E6R A; 5FWB A; 5IHI A; 2DRM A; 1M3B A; 4RUG A; 4IIM A; 2ROL A; 1OPL A; 3EG3 A; 1WI7 A; 4LNP A; 2CRE A; 2X3X D; 2RQU A; 4OMN A; 1ABO A; 1TG0 A; 2SEM A; 1SHF A; 1HSQ A; 1NM7 A; 4OMM A; 2HBW A; 2L3P A; 3TVT A; 4D8K A; 1M3A A; 1MUZ A; 3VS4 A; 2D8H A; 2KRM A; 1JXO A; 2KRS A; 4AG1 C; 2KT1 A; 1SEM A; 2DL3 A; 2RQT A; 1QLY A; 1UUE A; 4OML A; 1VYU A; 2V1R A; 2L3S A; 2ABL A; 2HSP A; 2JS2 A; 3H0F A; 2OJ2 A; 2LP5 A; 2E5K A; 1UJY A; 1BB9 A; 2LQW A; 2CSI A; 2PZ1 A; 2F2W A; 1RLP C; 1E6G A; 2YT6 A; 4RTW A; 1PRM C; 4WCI A; 2PTK A; 2GBQ A; 1RI9 A; 1H8K A; 2K7A A; 2O9V A; 1JEG A; 2A08 A; 3UA7 A; 2BZ8 A; 4LUD A; 1SRM A; 2KT8 A; 3SEM A; 2KEA A; 2EPD A; 4AG2 C; 5IXF A; 2VVK A; 2RN8 A; 4JZ3 A; 4LUE A; 2LJ0 A; 2M0Y A; 3RBB B; 1NLO C; 2RF0 A; 4JJC A; 5L23 A; 2EVR A; 2YUO A; 2J7I A; 2ESW A; 1WFW A; 2H8H A; 2ROT A; 1YN8 A; 1WLP B; 4HVU A; 1WIE A; 2FPF A; 1PHT A; 1YWO A; 1ARK A; 1GBR A; 1PKS A; 3NPF A; 1UGV A; 2J6K A; 2B86 A; 2VKN A; 3M0T A; 4DEY A; 1YCS B; 2J05 A; 1KFZ A; 2EGE A; 2J6F A; 3M0R A; 1X2K A; 1AZE A; 2JM9 A; 1T0H A; 4K11 A; 1I07 A; 4FSS A; 1YWP A; 2JXB A; 2HEQ A; 4ORZ A; 2JM8 A; 3QWX X; 2KNB B; 1PWT A; 2EKH A; 4J9E A; 4OMP A; 3REB B; 1ZBJ A; 4ZNX A; 4AFZ C; 3REA B; 1GFC A; 4HVW A; 1NYG A; 1Z9Z A; 3ZL7 C; 1UHF A; 1ZSG A; 5FW9 A; 5GJW B; 4LE9 A; 1AWW A; 4F14 A; 5I22 A; 2CUB A; 4J9H A; 1G2B A; 2A37 A; 1Y0M A; 4CC2 A; 3NHN A; 1RUW A; 2F2X A; 1FMK A; 4JJD A; 4QT7 A; 2DL5 A; 1Z9Q A; 2LQN A; 2DBK A; 2O2O A; 1BK2 A; 2L2P A; 3VS7 A; 1E7O A; 3UAT A; 2LNH B; 1H3H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQN A; 2GTO A; 2ED0 A; 2HKN A; 3EG0 A; 1Q95 G; 4ZTF A; 2JMA A; 3OYC A; 4F16 A; 4F7U G; 2XD0 A; 4M78 C; 3X20 B; 1VQ9 A; 4E7L A; 3CD6 Q; 4PFZ A; 1YJN A; 3PFS A; 2RHU A; 2AKK A; 2CP5 A; 4PJO C; 3GBQ A; 4OGC A; 3P8H A; 1KQS S; 2IG0 A; 4M7A B; 4NL2 A; 1T3S A; 4JUV A; 3CMA A; 1RAB B; 1WGS A; 5A0G A; 1S1N A; 3M58 A; 1KQS P; 3CCL Q; 1PNJ A; 5DY9 A; 4HXJ A; 4JRI A; 5GAM h; 2MOX A; 2M1H A; 3SB2 A; 3CC4 T; 2W10 A; 2EYY A; 4M78 A; 4E7J A; 3DLM A; 2EGA A; 4PNO A; 4PFO A; 1TOV A; 2VGM A; 3FEO A; 3O5Z A; 1N8R R; 2EYX A; 4C92 B; 5GAM e; 1VYT A; 1UHC A; 4J9D A; 2DO3 A; 4ZGE B; 3MEV A; 3EG9 A; 4PJO A; 2XMF A; 1N8R U; 3EFO B; 5IH2 A; 1GCP A; 1ZUY A; 2YUP A; 1VQK T; 1KHI A; 2HBP A; 1ZSZ C; 2E70 A; 3DLL A; 4MDW A; 2JMC A; 2NLU A; 3C4S A; 2KGT A; 4LDX A; 3A1P A; 1R77 A; 4M77 B; 1WHJ A; 4HA8 A; 5GAM d; 4ZN1 A; 2DL8 A; 1BI2 A; 2WSF E; 4M7A D; 2EWN A; 1UGQ B; 5GAN 2; 4M7A F; 3R6O A; 3M57 A; 2E6Z A; 4A53 A; 5LJ5 h; 2OTJ A; 2GTJ A; 3M53 A; 1VQ4 T; 3NGP A; 2EGC A; 1OX9 A; 1SSH A; 2EKO A; 3JCM b; 5FRN A; 1JBM A; 1N8R C; 1SRL A; 2C0I A; 3P8B B; 1CKA A; 4XK8 E; 5C6S A; 3TQ7 P; 2JUF A; 4CC7 A; 3QSU A; 5LJ5 e; 4HCZ A; 3UA6 A; 3URG A; 1RAH B; 1M90 R; 1ZSZ A; 4MDX A; 2D8J A; 3I55 T; 1B3Q A; 2L3R A; 3OSS C; 2MYS A; 4C92 D; 3CQT A; 1PSF A; 2QDL A; 4ZGJ B; 3L1A A; 4OB3 B; 1PKT A; 4C92 F; 1M90 U; 2YWW A; 3O8V A; 2RHY A; 3M56 A; 3TCJ A; 1B7T A; 4FYV B; 1N5Z A; 4D8D A; 5LJ5 d; 2BIV A; 2KRN A; 3JCM V; 3A8M B; 2DE0 X; 1VQ5 A; 4RTY A; 3BY7 A; 2JN0 A; 4HCK A; 4FL6 A; 4M77 D; 4UC4 A; 2O01 E; 1IB8 A; 1WZO A; 4PJL A; 2A28 A; 4M77 F; 1M1G A; 2CZ1 B; 3FJ5 A; 1X2Q A; 2OTL T; 5CVI A; 1MMA A; 4ELY C; 2ZPF B; 1KSW A; 1MGQ A; 2ZCF B; 4ZGD B; 3V8K A; 1M90 C; 2QQA A; 3EH1 A; 3QO3 A; 1X01 A; 3N5B B; 2MIO A; 2M16 A; 4M78 E; 2DJQ A; 2ENM A; 3AHU A; 3V8J A; 4Z8A A; 2DBM A; 3CCR A; 1YI2 A; 4FIB A; 4PJO E; 3C95 A; 1QCN A; 4IKF A; 1OEB A; 3I56 A; 3S3N A; 4ESR A; 2CZ7 B; 1RAA B; 5GAM f; 1OZ3 A; 1IRE B; 3CC2 A; 2JTF A; 4XU3 A; 1S72 A; 2E3H A; 3QJ6 A; 4AT1 B; 3L2Q A; 2M9U A; 4C8Q B; 1RAC B; 3QDF A; 4IUT A; 2FRW A; 2K2V A; 1BI1 A; 1X43 A; 3TRE A; 2FB7 A; 3SHW A; 3NTK A; 4A4E A; 1NLP C; 1B34 B; 5A0L A; 5GAN 4; 4J9G A; 2EJG A; 1X6G A; 1G83 A; 4PK4 A; 4KH1 B; 5FU7 B; 1GCQ C; 2DZC A; 3H41 A; 5GAN 3; 4KBM B; 4PFP A; 4BDY A; 1IXD A; 3RIR A; 4FYY B; 2DKG A; 5IN1 A; 4DBH A; 2X9H A; 3EGU A; 5CR2 A; 4RTX A; 2KAF A; 3OS5 A; 3J80 E; 5LJ5 f; 3JCM W; 5GMK j; 2KI7 A; 4BE2 A; 2P4R A; 2K3B A; 2Y90 A; 3VS6 A; 3ASK A; 1VA7 A; 2R5A A; 4ME7 A; 3PE0 A; 4RG8 A; 1C1A A; 1X75 C; 4KGX B; 2K3X A; 3CC4 A; 3PTA A; 3VS0 A; 4C8Q D; 4EMG A; 1GCQ A; 4BY6 C; 4LDW A; 4RTU A; 5KE2 A; 3OYJ A; 2K5F A; 2ZPE B; 3LGL A; 3INZ A; 4DOV A; 2RNA A; 4E6R A; 5IHI A; 3DB3 A; 3G1J A; 2M0O A; 4OB1 B; 4X9D A; 3JB9 I; 3E2U A; 4FCY A; 2ROL A; 2H3E B; 5CIU A; 5A0D A; 4MZP A; 1OPL A; 1VQK A; 2DYI A; 1VQ7 Q; 3GIB A; 3OY9 A; 1ABO A; 1TG0 A; 2SEM A; 1SHF A; 4F7U A; 1PSE A; 2QG9 B; 3ME9 A; 4OMM A; 1D3B A; 2RD1 A; 2CKK A; 3OBW A; 3TVT A; 4D8K A; 1Y96 A; 3MEA A; 3HPW A; 2IVW A; 3E1S A; 3MCA B; 3VS4 A; 4NS5 A; 1X6O A; 4KH0 B; 2DL3 A; 1VQ4 A; 1M8V A; 1UUE A; 2XG8 D; 5FU6 B; 2EJ9 A; 2QEX Q; 2V1R A; 2L3S A; 3HL8 A; 4J6X A; 3H0F A; 2OJ2 A; 2E5K A; 1OZ2 A; 1BB9 A; 1UJY A; 8ATC B; 4A4F A; 4C5H A; 2GFU A; 4RTW A; 1QCO A; 1PRM C; 2PTK A; 1VQ8 T; 4FW1 A; 2GBQ A; 1RI9 A; 1LJO A; 3MEU A; 3I55 A; 1QMC A; 1QQJ A; 1U8R A; 1SRM A; 3PIP A; 1WHM A; 2EPD A; 2MF2 A; 3JB9 G; 1QP3 A; 1U1S A; 3MP1 A; 2QTX A; 2M0Y A; 2F5T X; 3M5A A; 4M78 B; 2RF0 A; 4O5V A; 5L23 A; 2EVR A; 2YUO A; 2J7I A; 2ESW A; 3EGD A; 4L5G A; 1R8O B; 4DBQ A; 1G3S A; 3JCM c; 1K73 C; 1PHT A; 2OTL A; 4C0D C; 3GF5 A; 3P8D A; 3EG9 B; 2CP2 A; 4PJO B; 3QKJ A; 1PKS A; 5LJ3 h; 3CME Q; 2QDY B; 4LD9 K; 3A8H B; 2GQV A; 1X2K A; 2RHX A; 5CO7 A; 3CCU Q; 2JM9 A; 4Y28 E; 4K11 A; 3CCV T; 1D0Z A; 5GMK e; 1FWZ A; 4B6M A; 2JXB A; 3BDL A; 2EKH A; 4KUL A; 3BE3 A; 4AFZ C; 4ZNX A; 2DEQ A; 3REA B; 5GMK l; 3EAE A; 2PVG B; 1W2B P; 1NYG A; 3ZFJ A; 4BDZ A; 4M7A E; 5GJW B; 1BCM A; 1AWW A; 1G2B A; 1BIB A; 1VQL T; 4CC2 A; 2RO0 A; 5FLX E; 4JJD A; 3E9F A; 2DL5 A; 1I4K 1; 2LQN A; 1BK2 A; 4M78 D; 2F1L A; 2DTH A; 3WVE B; 1BIA A; 2RJE A; 3UAT A; 1RI0 A; 1ZSZ B; 1LNX A; 1WYX A; 4M78 F; 4E7S A; 1YIT Q; 1GL5 A; 1WHK A; 1CKB A; 1IHW A; 3QJY A; 3KFV A; 3JRZ A; 2E6N A; 1BKB A; 2L5Q A; 4C92 E; 4E2F B; 2NUZ A; 1YHQ T; 3RKW A; 4PJO F; 1AD5 A; 3JSC A; 5IHN A; 2ECZ A; 1YFN A; 1W2B A; 2XIC A; 4M7D G; 1D1C A; 3V7R A; 2FZG B; 3G4S T; 3LH5 A; 1Q81 R; 2O4X A; 1LOJ A; 4M77 E; 5KYU A; 2D1X A; 1HYO A; 2F2V A; 2RJF A; 2KDS A; 4R55 A; 4C8Q A; 3CXC S; 1XNI A; 2RI3 A; 1G5V A; 1VQP T; 1K1Z A; 4M75 G; 2VUB A; 2RQR A; 2MWO A; 2FPE A; 2P0P A; 3WXM B; 2DEU A; 2DIQ A; 4RTZ A; 4RTV A; 3CCS Q; 2FL7 A; 2XK0 A; 1I0C A; 2D6F A; 2ZGW A; 3SDZ A; 2JVV A; 1M1K R; 3QYH B; 3H8Z A; 1PD0 A; 3MKD A; 3CPW P; 4WF2 A; 1SG5 A; 3OSV A; 2MPX C; 2A0F B; 2K5I A; 4E7Z A; 1AWJ A; 1Q81 C; 1RAG B; 1M1K U; 5FWC A; 1UTI A; 3G71 Q; 1GRI A; 4BE0 A; 1K8A R; 3HFN A; 3THK A; 5HCK A; 3L2U A; 1ACM B; 1VQ7 T; 4O6J A; 2VC8 A; 1KJW A; 3QUI A; 1YP5 A; 2OAW A; 1K8A U; 2NYS A; 4XTZ A; 1M27 C; 2VAS A; 1O9S A; 2CS7 A; 2DXU A; 2EQI A; 2LX7 A; 2COY A; 3JCM P; 3OYE A; 2HDA A; 4N4G A; 2A3L A; 1M1K C; 3CPW A; 5GAO n; 2BZY A; 3OBY A; 2QI2 A; 5DLO A; 4E47 A; 3CCM Q; 1H92 A; 2QEX T; 3M55 A; 5IXB A; 4L6V 5; 1VQ8 A; 3VS5 A; 2K9G A; 1WXT A; 1AVZ C; 5KYW B; 3FJP A; 1K8A C; 3G6E T; 1UB4 A; 3MEW A; 4Z88 A; 3WVD B; 1J3T A; 1X6B A; 2RK2 A; 5GAN 7; 2KY9 A; 3LX7 A; 5GAN j; 1OYX A; 2RMO A; 4P5N A; 5D6W A; 5CQY A; 2I0N A; 2AKL A; 1VQM T; 1K9M R; 3I5S A; 2MAM A; 4N4H A; 4GLM A; 2WSE E; 4C8Q E; 1WJQ A; 1JB0 E; 3JAM E; 3S3O A; 1IGU A; 1K9M U; 5CCA A; 2QAS A; 2RPN A; 3OYY A; 2XDD A; 1JJ2 S; 2HNI A; 4D6W A; 1GXI E; 2DL7 A; 2FG0 A; 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