2DPNA

Crystal structure of the glycerol kinase from thermus thermophilus hb8
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
FLLALDQGTTSSRAILFTLEGRPVAVAKREFRQLYPKPGWVEHDPLEIWETTLWAAREVLRRAGAEAGEVLALGITNQRETTLLWDRKTGKPLHNAIVWQDRRTTPLCEALRAKGLEPLFRERTGLLFDPYFSGTKLVWLLENVPGLKARAEGGGVAFGTVDTWLIWNLTGGKVHATDPTNASRTLLFNLHTLAWDPELLEALGIPAALLPEVRPSDGDFGETLPELLGAPVPIRGVLGDQQAALFGQAALGGGEGKCTYGTGAFLLLNTGKRPVLSEKGLLATVAWSLGGRATYALEGSLFVAGAAVGWLKEVGLIRESAEVEALAASVEDTGDVYFVPAFTGLGAPYWDPYARGTLLGLTRGTSRAHLARAALEGVAFQVRDVVLAMEEEAGVRLKVLKADGGMAQNRLFLKIQADLLGVPVAVPEVTETTALGAALMAGVGAGALSPEDVAGRFREAERFLPTMPEGRREALYRRWREAVERAKGWARE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Nucleant-mediated protein crystallization with the application of microporous synthetic zeolites.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 161
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2dpnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2dpnA01
2OANA 4BRLA 2P9IA 4BGBA 3H45C 1J6ZA 2VWBA 5AQLA 3C7NB 4K43A 1QHAA 4XH4A 1BOTO 4BG8A 2P9LB 1U2VB 1NLVA 1NGCA 4BREA 4BRDA 2ASPA 1ZBSA 2ASMA 4EHUA 2V7YA 2CGKA 1RDWX 3LDPA 3CJCA 4FWRA 2P9KA 4A61A 2IVPA 4ISEA 1ZXOA 1NGIA 1K8KB 3S41A 5BRHA 4WQ5A 5LJVA 3DWLA 3HBTA 2D1KA 3ATVA 4A62A 2GTDA 3LL3A 3CQYA 3FLCO 3IUCA 1NGEA 5AQIA 5AQYA 4BRHA 4RWTA 2W41A 3LDOA 3BF3A 1HX1A 4H0PA 1ATRA 2P9IB 3UKRA 2QM1A 3VGMA 4J8FA 5AQJA 1NWKA 2P9UA 1RGIA 5AQQA 4JAXA 2W40A 3SK3A 1GLCG 1YUWA 3D2EA 1BWFO 3FZHA 3M3ZA 4BRNA 5AZIA 4B9QA 3CI5A 3VEYA 1C0GA 2A42A 4H0YB 5ADXH 5AQTA 1QZ5A 2P9KB 3ATUA 4L3QA 2V52B 3F9MA 1MA9B 4QS9A 3SLCA 3CJ7A 1BU6O 1BG3A 3EN9A 1TYQA 2I7NA 3GBTA 4BVPA 4BRQA 2F9WA 4BR9A 3WT0A 2QWRA 4BR4A 3MMVA 4FOEA 5BPMA 2J4RA 1NM1A 3UKUA 3ENHA 3O6WA 3RSEA 2FXUA 2GELA 3UKRB 2DPNA 4H0VB 3CJ1A 2P9UB 3D2EB 2FSJA 1JCGA 1DGKN 4FWNA 2H3GX 5AZIB 2HF3A 1NGHA 4IXCA 3A5OC 3FZKA 5F0XA 4FOIA 1D4XA 2P9NA 4QS8A 4BC5A 3SMSA 3C0BA 1NGFA 3GL1A 2BTFA 1S3XA 4CBWA 5FPDA 3VOVA 3H3NO 4BROA 1TYQB 3MK6A 3GE1A 4PL7A 5AQVA 4MO4A 3JXUA 1XUPO 4FWSA 2Q0UA 5AQZA 4H5TA 5KPRA 3P4IA 3LDNA 3M6GA 1YXQA 4BRIA 1NGJA 1ESVA 2A6AA 3A8YA 4CZIA 4H5RA 3B8AX 2Q1NA 3UKUB 3FE1A 3QMLA 3RSEB 3VEZA 4AM6A 4B1YB 3U8XA 5E26A 3QBWA 4B1WB 4GY2B 1MWMA 3AAQA 4BRMA 3MN7A 2D4WA 1GLJO 5AFUA 5F2RA 4CZMA 3FZMA 4CZKA 3BP8A 1NGGA 3HI0A 3WXKA 3GG4A 4YDUA 2P9NB 4B1XB 2EWSA 3ZEUA 5FPEA 5EY4A 2AP1A 4JD2A 2QWQA 3EO3A 2E1YA 4WQ4A 3O1WA 3VEVA 4EFHA 3CERA 2IVNA 3BUZB 5JICA 3QICA 3AARA 4H0TB 5B8HA 1WOQA 2A41A 5KQ8A 1CZAN 3BEXA 5AZJA 5ADXA 3MN5A 4EAHD 4H03B 5AQHA 3WXJA 3CJAA 3ULEA 3WUHA 1HPMA 3H1QA 3GDQA 4I6MB 3MN9A 3R6MA 4ISGA 3OHRA 2P9PA 2FF6A 5EX5A 5E84A 2GWKA 3MN6A 1R59O 2ZWHA 4BR2A 3VPZA 3A5LC 3TU5A 2E88A 3ZEUB 1GLAG 3JS6A 4FWKA 4JD2B 4A2AA 1BO5O 4XH1A 4ISFA 1T44A 1Z05A 3L0QA 4CZLA 2YJEA 5EXWA 2ZGZA 4MLEA 3ZX0A 3FGUA 3VEXA 3KHYA 4BC3A 4BVOA 5AZJB 3CJBA 3EKUA 1RFQA 4JNEA 1HKBA 5BPNA 3A5MC 3FR0A 3ULEB 3H1VX 4C23A 3UB5A 3DXMA 3H46O 3MCPA 4IJNA 3QDKA 5AQWA 1ATSA 1MDUB 4RTFD 4H0OA 1ATNA 2P9PB 2NLXA 4HWIA 3M1FA 3FZLA 3CIPA 4CZJA 2V51B 4FWMA 3U9DA 1SQKA 4IZ9A 3D7EO 4FWLA 1GLEG 2YHXA 2E20A 1GLBG 3G25A 4A2BA 3ID8A 3L6QA 1MWKA 3VESA 3LM2A 2AA4A 2Q31A 4DHYA 2QXLA 4NB4A 2A40A 3FFKB 1JCFA 4O5FA 4B1VA 1GLDG 1YAGA 3A0IX 4HTLA 2GUPA 2FLOA 3VETA 5AQOA 3MDQA 4Z94A 4PL8A 2FF3B 2V7ZA 3DXKA 1HLUA 4MO5A 3SMPA 3VF6A 3GOIA 3VF4A 3DAWA 3LDQA 4GNIA 3I8BA 4DQ8A 4B1ZA 2Q0RA 3DXMB 1V4TA 3L4IA 5AQFA 4WYBA 4BRKA 4BC2A 1NGBA 4KBOA 3CQXA 3WXIA 4WQ5C 1QQOA 4BR0A 4BRFA 1T6CA 2VCPA 1E4FT 5KPTA 1IG8A 5FPMA 1SAZA 3O80A 4BR7A 5LJWA 3HSCA 4BQLA 3W3DA 1NGDA 2E2OA 5AQPA 2GWJA 1NMDA 2WUSA 1BDGA 2NRHA 2E1ZA 3J8AA 2A5XA 2Q97A 2D0OA 4FPAA 5EOYA 4CD1A 3DXKB 3IDHA 4Y0WA 3CHWA 4FO0A 3VERA 2HF4A 3R9PA 4BRAA 3FZFA 2QW9A 4BRGA 4BRPA 3QFUA 3U4LA 4IO8A 3EKSA 5BRFA 4BG9A 3O08A 3VGLA 4LC9B 2CGLA 3WEEA 4K42A 4CZEA 2IVOA 4BR5A 1G99A 5AQUA 4BC4A 3DJCA 4E1JA 3LDLA 5TKYA 4RCHA 1S22A 2CGJA 3H3OB 1DEJA 2E8AA 4F9OA 4H5WA 5F1XA 5KQDA 1T6DA 4PKHA 2QWNA 2HMPA 5KPZA 1XQSC 3H6EA 1ZC6A 1Z6RA 4IJAA 4M63C 5AQKA 2UYTA 1NBWA 2IIRA 3ZETA 3KVGA 3VF2A 2KHOA 4CJ7A 1QZ6A 5LY3A 2YHWA 1GLLO 4O8KA 4H5VA 1HJOA 4FPBA 5BRDA 2CH6A 3QBXA 3KZBA 4BQZA 3AAPA 1BA0A 1Q18A 1HKGA 4DB3A 5AQNA 1KXPA 3WEEB 2E2PA 3LM9A 2P9SA 5AFUH 1BA1A 2YCHA 5JLHA 2QWMA 4AM7A 4EHTA 4CZGA 4K25A 3EL2A 5ELZA 5AQGA 2E2NA 2QWOA 2YHYA 4FSVA 3WQTA 2HOEA 1X3NA 1E4GT 3CETA 3O5BA 3ZX3A 5CE3A 3ZX2A 4YDUC 5EVZA 3ZETB 3EZWA 2YJFA 4EIAA 4CI6A 2ZF5O 1KAYA 5BR9A 1X3MA 2FSKA 3SJHA 4WQ4C 3O1BA 3D2FA 4M7XA 1X9JA 5AQSA 4CD3A 3BF1A 2A3ZA 5AQRA 3VGKA 1QQNA 3VEWA 1NGAA 3VENA 4CZFA 3ENOA 4MLHA 1XC3A 3U9ZA 2QWLA 5AR0A 2P9SB 1TUYA 1SZ2A 5BN9A 4QS7A 3R8EA 1LCUA 4H0XB 3HZ6A 4JHDA 2QWPA 2CH5A 4FWOA 3IMXA 2I7PA 3QFPA 4NO7A 5JMVA 2D0PA 3A5NC 1C0FA 5JLFA 3WQUA 2ZGYA 4H5NA 2Q36A 3HM8A 3WXLA 4BGAA 5BPLA 4IWVA 4DCHA 4M7YA 1HUXA 2VYPA 3HTVA 2F9TA 4B1UB 1TUUA 2PBDA 1EQYA 4XH5A 1YVNA 1JCEA 3D2FB 1WUAA 2BUPA 5AQXA 3QB0A 3C7NA 1GLFO 4FWPA 3VEOA 5FPNA 4PKIA 1LOTB 1BUPA 1OKJA 1H1VA 2Q2RA 4BRCA 1DKGD 2P9LA 4CZHA 1U2VA 5BN8A 1QQMA 4JHDB 3AY9A 4JN4A 1IJJA 5I9EB 1P8ZA 3TPQA 4FWQA 4PKGA 2ITMA 3IFRA 5BREA 4XEIA 2PAVA 1V4SA 2ASOA 1HKCA 3W0LA 4CBUA 4FL9A 4I6MA 2YI1A 3O4WA 4K41A 2E2QA 1K8KA 3UE5A 1KAXA 2FSNA 3I33A 5AQMA 2NZTA 4CBXA 3CJ9A 3O8MA 2GEMA 1KAZA 1U6ZA 1Y64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2X6SA 1K6YA 4BRLA 2P9IA 1J6ZA 4Z4FA 1QHAA 3QIOA 4BG8A 4KHWA 3AO5A 4LF8K 3LPUA 1NGCA 3OYAA 4JI2K 2ASMA 4EHUA 3TAQA 2OPSA 2P9KA 2LSNA 1JLAA 1W0HA 4ISEA 1QVFM 4DSJA 5FRMA 4Z4GA 1NMNA 2NUBA 3R3LA 3ATVA 4DQSA 4A62A 2GTDA 3CQYA 3O4NA 1NGEA 5AQYA 4RWTA 4DSEA 4HTUA 5CY4A 4ELVA 1SS6A 1VQNN 3VGMA 4FJXA 1NWKA 3I8DA 2W40A 2XHBA 4DTRA 1QE1A 3FZHA 3M3ZA 2GV9A 4HVJA 3VEYA 4M3RA 5ADXH 4DU3A 1BQNA 3AVLA 2XY8A 4Z4CA 4L3QA 4KH6A 1HNXK 4RW9A 1MA9B 1SKSA 1BU6O 3C6UA 4BRQA 4E7LA 2F9WA 2NRWA 4B9SA 4ELUA 2OPRA 3R1XA 2J4RA 1NM1A 4DV4K 3E9OA 3C6HA 3SYZA 1VQKN 4AILC 1VSMA 3HPOA 2DPNA 4A59A 1RBTA 4LY7A 5HOOA 3TSUA 3KIOA 4CFAA 4ZTJA 4FWNA 5M1NA 5J2NA 4CHZA 3HP9A 1SKRA 3A5OC 4DTMA 3DLLL 3SMSA 4CCHA 3C0BA 1OH5A 4CBWA 5FPDA 4PL7A 5AQVA 1XUPO 3Q7CA 4FWSA 5GAHP 4A5AA 3VA3A 1QSYA 3M6GA 3HRGA 2IOCA 3KLHA 1HJRA 3IS9A 4HHTA 2RF2A 4CZIA 4AHCA 1XNQK 3TAEA 3SAHA 3FE1A 2QKKA 4DR6K 4LH5A 2OYQA 5DMRA 3CMEN 2HBLA 3AAQA 4BRMA 5AJ3K 4Z4EA 1NG9A 2D4WA 1HMVA 5F2RA 4B9MA 3BP8A 3K5LA 1NGGA 2ZJRL 4NCAA 1UA0A 4BDPA 1VSKA 2P9NB 2EWSA 1JLFA 2AP1A 4KHQA 4WQ4A 4M45A 3AVHA 2YNFA 1GOAA 3BUZB 3QICA 4KRFA 4H0TB 5B8HA 4DTJA 1VQ9N 1WOQA 3I0RA 2A41A 4DU4A 5KQ8A 2O8CB 1CZAN 4CGIA 3AVGA 4N76A 2AJQA 3THXB 4FJ9A 4W5NA 1L3TA 4LF5K 2HBMA 2O8DB 3WUHA 1HPMA 2FC0A 4L8RB 2PZSA 4FK2A 3MN9A 3R6MA 4ISGA 1D5AA 3OHRA 3V9SA 5EX5A 3FFIA 3L2UA 4K0KK 3AVBA 4BR2A 1S9EA 3K5OA 1ZBIA 1F21A 3ZEUB 3JS6A 3VA0A 4FWKA 4A2AA 4XH1A 5M1QA 2BDPA 4IKFA 1Z05A 3OYGA 3LZJA 3O3HA 3FGUA 5HRSA 3KHYA 3OYNA 5C15A 3OYCA 1RFQA 4JNEA 3ULEB 3H1VX 3P38A 3ZSYA 3DXMA 1EKEA 3MCPA 5AQWA 1ATSA 3RRHA 4OPHA 1FKOA 1ATNA 1WLJA 2P9PB 3T69A 3FZLA 2F8SA 2E5LK 3CPEA 3ZT0A 4IZ9A 1VQPN 5DM7L 3KKSA 1MWKA 2NRRA 4MDBA 3LM2A 4LF9K 1U4BA 1RBVA 1GOCA 1KTQA 1W9HA 4CJFA 5GIPA 4B1VA 4CESA 4LF4K 1C0TA 1BIZA 4HTLA 3V9WA 2FLOA 1DT9A 4I2QA 3V9XA 2V7ZA 3VMFB 1NJYA 3VF6A 3VF4A 3V4IA 3GOIA 3LDQA 4GNIA 5FRNA 4DQ8A 4CEDA 4B1ZA 1V4TA 4HCCA 4ELTA 4C8NA 1NGBA 1EXQA 4OKKA 5HBMA 3HL8A 2WFBA 2ITGA 2JWLA 3NF8A 3QETA 4CHYA 1L5UA 2IGIA 5FPMA 4JI1K 5HL7L 3NAEA 3NF7A 3SQ4A 3AA5X 4BQLA 2GWJA 1D8YA 5E41A 3QESA 2HBJA 3N4PA 1CZBA 1LAWA 4GW6A 4CJLA 4CD1A 3DXKB 1WN7A 1L3UA 3CC4N 4KHPK 3K5MA 3LZIA 4YOWA 4DV1K 4LFBK 3VERA 3R9PA 3L8BA 1N6QA 3QFUA 3EKSA 4JK8A 3NGYA 3O08A 4OPJA 2F8TA 4LC9B 2G8HA 2CGLA 3K2PA 4E1JA 3M8PA 4DFMA 4B8AB 3G71N 4W5QA 5F1XA 4O55A 4PKHA 3V81A 2QWNA 5KPZA 3H6EA 2YNHA 1TK0A 5LMNK 1NBWA 2IIRA 4JS4A 1TV6A 4FJ8A 4YORA 1EWQA 2YHWA 4MQ3A 3QEVA 3HVTA 3CCMN 2F96A 4O5BA 3SV3A 1XC9A 3THVA 2CH6A 3M8QA 4DMNA 5C12A 3AAPA 3DRPA 3RWUA 1TKXA 3VQPA 3ASMA 1HQUA 1RTJA 4DR7K 2QWMA 4AM7A 2ATQA 4NCGA 3T7ZA 5C2FA 4CVNE 1UOCA 5AQGA 2E2NA 2QWOA 2VGNA 5CHIA 4FSVA 4DV2K 3ZT1A 4YNQA 3KWIA 3ZX2A 2YNGA 3OYBA 4YDUC 3ZETB 2DFFA 3EZWA 4FLXA 3MCAB 3JYTA 2FSKA 3SJHA 3KD1E 1X9SA 3L3UA 3MX5A 4Z0UA 4M7XA 3KTQA 1X1PA 2A3ZA 4BACA 1GOBA 3O4QA 3VGKA 1QQNA 3VEWA 1BGXT 4HUFA 3VENA 4ILHA 5AR0A 1SZ2A 4QS7A 1RCHA 2CH5A 1HYZA 1I94K 1EO1A 5JMVA 3SV4A 1JL1A 4IOXA 3AGKA 4FVUA 2VG5A 3WQUA 5C2DA 2VQEK 4IWVA 1P90A 2FBYA 2Z1JA 2OTLN 4M7YA 2F9TA 4B1UB 3AV9A 2NRTA 1T7PA 1RDDA 1EQYA 3S3OA 3DLRA 4KB0A 1I39A 4OO1J 5AQXA 3L3VA 4CJKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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