The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
59
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structure length |
59
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Chain Sequence |
GSPGIQVKALYDYDAQTGDELTFKEGDTIIVHQKDPAGWWEGELNGKRGWVPANYVQDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Contractile protein
|
| molecule keywords |
Myosin heavy chain IB
|
| publication title |
The crystal structure of the SH3 domain of Acanthamoeba myosin IB bound to Acan125
rcsb |
| source organism |
Acanthamoeba castellanii
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| total genus |
13
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| structure length |
59
|
| sequence length |
59
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2C0I A; 2KYM A; 2AZS A; 2V1Q A; 1W70 A; 1AD5 A; 4EIK A; 3CQT A; 3NGP A; 2LNH B; 2DRM A; 1CKB A; 2KNB B; 2VWF A; 1U5S A; 4J9G A; 3TSZ A; 1T3L A; 4KRT A; 1RLP C; 2LX7 A; 1WXU A; 4JZ3 A; 1ZBJ A; 3PVQ A; 3UF4 A; 1WLP B; 2KXD A; 2A28 A; 4RTV A; 1M27 C; 1VYV A; 2KRO A; 2J05 A; 2FRW A; 1NLP C; 2J7I A; 1I07 A; 1PNJ A; 2YUN A; 3M0P A; 1OEB A; 2O2O A; 2RQW A; 2BTT A; 4GLM A; 2CRE A; 3LH5 A; 1WYX A; 4DEY A; 1B07 A; 2LQW A; 2ECZ A; 4RTX A; 1JEG A; 3RNJ A; 4E6R A; 4JJD A; 1SEM A; 1G83 A; 1QCF A; 1BK2 A; 2VVK A; 1XOV A; 4J9E A; 3TVT A; 2KRN A; 2DL7 A; 2X3X D; 2EQI A; 4F17 A; 2C0T A; 3PVL A; 4CC7 A; 2D8H A; 1BU1 A; 1Y57 A; 4OMQ A; 2LMJ A; 2PTK A; 3EG2 A; 1UE9 A; 5IHN A; 1BBZ A; 2K6D A; 5I11 A; 4JJC A; 3KFV A; 3M0U A; 2K3B A; 2YSQ A; 5IXB A; 1PKT A; 2H8H A; 1W1F A; 4M4Z A; 4ORZ A; 2A36 A; 2ROL A; 2RN8 A; 2FRY A; 1K0S A; 4OMN A; 2B86 A; 1GCQ C; 1MUZ A; 1PHT A; 1QLY A; 2O9V A; 2MIO A; 1GCQ A; 2DBM A; 3VS6 A; 2EGA A; 1SPK A; 2DLP A; 1M30 A; 1JQQ A; 3I35 A; 2K7A A; 2AKL A; 2JW4 A; 2KEA A; 2L2P A; 3U23 A; 3QWY A; 1N5Z A; 2RMO A; 4OMM A; 1RLQ C; 3I5R A; 1AWW A; 4IIM A; 1AZG B; 2DA9 A; 2ENM A; 2DBK A; 2GGR A; 2J6O A; 4J9B A; 2CDT A; 3THK A; 2JTE A; 5IXF A; 2FPD A; 3I9Q A; 1W6X A; 2DL3 A; 2RPN A; 3NMZ C; 3I5S A; 1YN8 A; 2ED0 A; 2DM1 A; 1UTI A; 1M3A A; 1YCS B; 3VS3 A; 4K11 A; 2JM8 A; 1QWF A; 4LE9 A; 2X3W D; 1SHF A; 1U3O A; 1J3T A; 4RTZ A; 2EPD A; 2OJ2 A; 2W0Z A; 4HXJ A; 1HSQ A; 1OV3 A; 1AWX A; 4X1V A; 1Z9Q A; 2IIM A; 5I22 A; 2EYZ A; 2GBQ A; 1K0X A; 2O31 A; 1NM7 A; 2KT8 A; 1WA7 A; 2HEQ A; 3QWX X; 3UA7 A; 3VS7 A; 2CT3 A; 4RTU A; 1UHC A; 1AZE A; 4ESR A; 2NUZ A; 3FJ5 A; 1UFF A; 2O9S A; 2EBP A; 2CUD A; 4LUD A; 3M0R A; 3H0I A; 4J9F A; 4AG2 C; 2YUO A; 1E6H A; 1YWO A; 1X27 A; 2VKN A; 2DE0 X; 3M0S A; 1FYN A; 1WI7 A; 1ARK A; 4ZNX A; 3H0F A; 2KRM A; 5GJW B; 2CSI A; 4JZ4 A; 2PNI A; 1ZUY A; 1X6B A; 3REB B; 2DF6 A; 2FEI A; 2W10 A; 2KGT A; 2XMF A; 2LJ1 A; 1UJY A; 5EC7 A; 1OOT A; 1TUD A; 1YP5 A; 4F14 A; 2EKH A; 1GCP A; 2LZ6 B; 1AWO A; 2HSP A; 2YUP A; 1M3B A; 4AFQ C; 1X43 A; 1GBR A; 2JM9 A; 1BB9 A; 5FW9 A; 4LNP A; 2DNU A; 1G2B A; 1CSK A; 1M8M A; 3VS4 A; 1WXT A; 2KE9 A; 2YDL A; 2ESW A; 1QKX A; 3C0C A; 1E6G A; 1UGV A; 4Z88 A; 2EVR A; 2AZV A; 1JU5 C; 3RBB B; 2LP5 A; 1KIK A; 4J9C A; 4RTT A; 1SRM A; 3EG3 A; 1I0C A; 2KBT A; 1JO8 A; 1WIE A; 2DL4 A; 1PRL C; 4AFS C; 1K9A A; 2EGC A; 2JMC A; 4JJB A; 4RTW A; 3SEM A; 2KR3 A; 4LUE A; 2FO0 A; 1WDX A; 2P4R A; 4IIO A; 3SHW A; 1RUW A; 1SRL A; 1WX6 A; 1ZUK A; 1NEG A; 1Z9Z A; 2NWM A; 3EHR A; 2A37 A; 2RQU A; 1NEB A; 1AWJ A; 4AFU C; 2CT4 A; 1X6G A; 4LN2 A; 1UEC A; 1A0N B; 2J6K A; 1S1N A; 2CUB A; 2BZY A; 2L0A A; 1EFN A; 3VRY A; 2DVJ A; 2KT1 A; 2YUQ A; 1UDL A; 1NYF A; 1TG0 A; 1KSW A; 1QKW A; 2DRK A; 1OPL A; 1VYU A; 1MV3 A; 2BZX A; 1T0J A; 1KFZ A; 2CSQ A; 1GBQ A; 1IO6 A; 5HCK A; 2K9G A; 2ABL A; 2QDL A; 4RUG A; 2EW3 A; 1ZLM A; 3VS5 A; 1I1J A; 2EYW A; 1E7O A; 2G6F X; 4WCI A; 1WXB A; 1MV0 B; 2DYB A; 1WFW A; 2HBW A; 3EG1 A; 2A08 A; 1GFD A; 2D1X A; 4J9I A; 1GFC A; 2D8J A; 2BZ8 A; 5IH2 A; 3GBQ A; 3EHQ A; 4D8D A; 4Z89 A; 5IHI A; 4QT7 A; 5GJV B; 2CH4 W; 1SHG A; 1JXM A; 2GNC A; 1ABO A; 2LJ0 A; 3VS0 A; 2JT4 A; 4Y92 A; 1K4U S; 4J9D A; 4D8K A; 2KRS A; 1NG2 A; 2EGE A; 4OMO A; 2K79 A; 2M0Y A; 3H41 A; 3ZL7 C; 2DL5 A; 1CKA A; 3ULR B; 2DJQ A; 1QWE A; 2GTO A; 1YNZ A; 2L3S A; 3JV3 A; 1K1Z A; 5FWC A; 4DEX A; 5FWB A; 3EG0 A; 3M0T A; 1GL5 A; 1HD3 A; 2MOX A; 2YT6 A; 3VS1 A; 2ED1 A; 4HCK A; 3VS2 A; 3M0Q A; 1AOJ A; 2SEM A; 2LCS A; 1UG1 A; 4CC2 A; 2DMO A; 2O88 A; 4OML A; 4RTY A; 3PE0 A; 1NYG A; 3IQL A; 1X69 A; 3NPF A; 1X2K A; 4OMP A; 1PKS A; 2F2V A; 2RQT A; 3UA6 A; 4R0K A; 1VA7 A; 4A63 B; 2JMA A; 2V1R A; 5L23 A; 2HDA A; 2RQV A; 1T3S A; 2JXB A; 4GBQ A; 2RF0 A; 2MCN A; 2F2X A; 2HCK A; 1X2Q A; 1ZUU A; 2D0N A; 2KYB A; 5ECA A; 1V1C A; 2RQR A; 2ROT A; 2JS0 A; 2DIL A; 4Z8A A; 3O5Z A; 2J6F A; 4HVW A; 2E5K A; 2GQI A; 1H8K A; 1UJ0 A; 4CC3 A; 4FSS A; 2C0O A; 3NHN A; 3TSW A; 4J9H A; 1KJW A; 2OAW A; 2KXC A; 2FPF A; 4AG1 C; 4JPB W; 2EYX A; 2AK5 A; 4AFZ C; 3R6N A; 1PWT A; 1U06 A; 1H92 A; 1VYT A; 1FMK A; 1K76 A; 1LCK A; 2RNA A; 2F2W A; 1ZSG A; 2AKK A; 3VRZ A; 2DX1 A; 2OI3 A; 2EYY A; 2PZ1 A; 1PRM C; 1TUC A; 1NLO C; 1RI9 A; 1ZX6 A; 2LJ3 A; 3REA B; 1Y0M A; 2M51 A; 1AVZ C; 1T0H A; 2I0N A; 1OPK A; 1B3Q A; 1H3H A; 1HJD A; 2FG0 A; 2SRC A; 2K2M A; 1UHF A; 1ABQ A; 4CC4 B; 2L3Q A; 4HVU A; 1UUE A; 2CH4 A; 2DL8 A; 5IHK A; 3EGU A; 1GRI A; 3UAT A; 2JS2 A; 1YWP A; 1JXO A; 3H0H A; 1AEY A; 2LQN A; 4F16 A; 1SSH A; 2L3P A; 2FPE A; 4HVV A; 1M3C A; 2J06 A; 3A98 A; 2GTJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQM T; 1DJ7 B; 2AZS A; 2V8I A; 1YIT A; 3G6E A; 1W70 A; 4EIK A; 3CQT A; 3OMC A; 2EKO A; 1KQS P; 2O4X B; 4L59 A; 4M7D D; 4J9G A; 3TSZ A; 4JRQ A; 4TVR A; 4HT9 A; 1D3B B; 4FIB A; 2JTM A; 4KRT A; 2ZPF B; 3OYI A; 2AHJ B; 3SB2 A; 2EYQ A; 3FDR A; 2OTL T; 3OW2 S; 1VQ4 Q; 3EFO B; 2K4Y A; 3UF4 A; 3A8H B; 2BUD A; 2M9U A; 1MMG A; 2CGH A; 2J05 A; 2FRW A; 3E1S A; 2QYZ A; 3M59 A; 2L89 A; 2J7I A; 1YIJ Q; 1OEB A; 1JJ2 P; 4MML A; 2BTT A; 1PC0 A; 2YHT A; 4C5I A; 3BDL A; 4RTX A; 2LQW A; 1JEG A; 3QZ5 B; 4R55 A; 4JJN K; 1NZ9 A; 4DQ2 A; 2COZ A; 2EWN A; 4JJD A; 4M77 B; 1BK2 A; 1OU9 A; 1XOV A; 2EFI A; 5GAN 4; 1ZA1 B; 5CKB A; 2C0T A; 1SF9 A; 3BFM A; 1RAC B; 2CS7 A; 3CC7 Q; 4BB7 A; 4ZTJ A; 1PSF A; 1QMC A; 3OSS C; 1Y57 A; 4OMQ A; 4E7K A; 2LMJ A; 3NFC A; 2K6D A; 4M7D F; 2K3B A; 4ORZ A; 1RL2 A; 2A36 A; 2ROL A; 2RN8 A; 2FRY A; 5I2S A; 2RM4 A; 3CC4 A; 4OMN A; 2B86 A; 5KYX B; 1C0M A; 1O9S A; 1UGP B; 3RDV A; 2EQM A; 4F7U E; 2DBM A; 3VS6 A; 2FB7 A; 3VKI A; 1SPK A; 3OY9 A; 3KXT A; 1WHG A; 2YLC A; 4M7A E; 4J83 A; 2KEA A; 3JCM d; 2VB6 A; 1S72 Q; 1OX9 A; 3JCM X; 2QQS A; 2GFU A; 4IUV A; 2DAQ A; 4M75 C; 1VQN T; 4PJN A; 3HP9 A; 4OMM A; 1G3S A; 3CCV A; 5M9O A; 2CYZ B; 1JBM A; 4XTX A; 3QO3 A; 1QVF A; 2KDS A; 4EPC A; 3NTH A; 1W2B S; 1H3Z A; 3NMZ C; 1UTI A; 3CD6 A; 2K3Y A; 4K11 A; 1FXX A; 1XTD A; 2H3E B; 2X3W D; 1I81 A; 1N8R U; 4OF1 A; 4ANJ A; 1OV3 A; 3D7S B; 4CI0 C; 1AWX A; 4KH1 B; 5I22 A; 4LDU A; 3GNF B; 4LD6 A; 4JRI A; 2OTJ T; 2GBQ A; 3JSC A; 4JLI A; 2NUP A; 3CCS T; 4PK4 A; 5A2Q E; 4XTZ A; 1WA7 A; 1YIJ A; 3QWX X; 1YJN A; 1M2V A; 2CT3 A; 1M1K U; 4J6X A; 3JCM W; 3EGX A; 1UHC A; 1AZE A; 1N8R R; 2RO0 A; 3H9N A; 2BE9 B; 2O9S A; 3EG9 A; 3M0R A; 5LJ3 f; 4AMC A; 1RAD B; 4PLI A; 1YWO A; 1VQP T; 4XU2 A; 3CCQ A; 4M78 B; 2D9T A; 4BD3 A; 2KRM A; 1QVG S; 2CSI A; 2PNI A; 1M1K R; 3OYY A; 5GAN h; 2ZPI B; 4C0D B; 2HSE B; 5EC7 A; 1TUD A; 2PVG B; 1AWO A; 2K57 A; 5I2M A; 2QEX T; 1FWZ A; 5LJ3 g; 1X43 A; 1BB9 A; 1G2B A; 1NE8 A; 3L2Q A; 1K73 U; 4PFO A; 1YBY A; 2ESW A; 3SFM A; 1VQL T; 2AZV A; 3PNW C; 2LTO A; 3I56 Q; 5KYW B; 4BI3 A; 2DIQ A; 1UGQ B; 2HD0 A; 4AFS C; 1VQ6 T; 2JMC A; 5FRN A; 1K73 R; 2ATC B; 3OYG A; 3RKW A; 2QG9 B; 1VQK Q; 1OZ2 A; 1IZ6 A; 2HL3 A; 1WX6 A; 2DKG A; 2A37 A; 4J7F A; 1YI2 Q; 2LT1 A; 2PVD B; 2K2V A; 2DD5 A; 4C5H A; 1HYO A; 1S1N A; 4KH0 B; 2QA4 Q; 2CUB A; 2MAM A; 2L0A A; 1ZHI A; 4C8Q C; 4F04 B; 2KT1 A; 2YUQ A; 1VQ7 Q; 2OX7 A; 3EGD B; 2F5T X; 1OPL A; 1MV3 A; 4X9D A; 3FC3 A; 1KHC A; 2HAX A; 5HCK A; 3TQ7 P; 2RJF A; 4DOV A; 5GAN 7; 2ABL A; 3NTK A; 1IGQ A; 2EW3 A; 1VQ9 T; 1G3Y A; 2EYW A; 3PGG A; 1WHH A; 3DB3 A; 1WXB A; 2DYB A; 1IGU A; 3EG1 A; 3SD4 A; 2A08 A; 2D1X A; 2D8J A; 3CC2 Q; 3EHQ A; 4Z89 A; 3S3N A; 2CP7 A; 1MMA A; 4HCZ A; 5C0M A; 2BIV A; 2VXE A; 5FU6 C; 4FYY B; 1Q7Y U; 3VS0 A; 1B7T A; 1VQ4 T; 3HL8 A; 3L42 A; 3UT1 A; 5KE3 A; 3HHT B; 2KRS A; 3DKM A; 4OMO A; 4IUU A; 3JCM h; 1Y71 A; 2K79 A; 4YTL A; 2DL5 A; 2M16 A; 5GAM d; 1QWE A; 3VYG A; 2L3S A; 5CKH A; 1WGS A; 5LJ3 j; 3EG0 A; 4VUB A; 5GMK i; 2MOX A; 2YT6 A; 2HQH A; 1VQ5 A; 3CCJ Q; 1Q7Y R; 1WPY A; 3JB9 I; 2DMO A; 5FRO A; 3QPH A; 4N0A A; 2KY9 A; 1NJI U; 4BUG A; 2QQ9 A; 2DVE A; 3IQL A; 3CME Q; 4KUD K; 4WTO B; 3EH2 A; 5GAN 8; 3MHX A; 4PJL A; 1Q81 C; 4PJO G; 1QVF S; 4R0K A; 1QCO A; 1BCO A; 4ZN1 A; 1C1A A; 1NJI R; 5CK9 A; 3FIF A; 4GBQ A; 2X4Y A; 3HFN A; 1NJI C; 2MCN A; 4FSX A; 2D0N A; 4A4G A; 5ECA A; 1Q82 U; 2ROT A; 1X75 C; 3O5Z A; 3OQ5 A; 1BIA A; 2CZ7 B; 1VQ8 Q; 1VIE A; 2Y4Y A; 1UJ0 A; 4CC3 A; 4LD9 K; 3OYC A; 1MMN A; 1OX8 A; 4C5G A; 1BYM A; 4Y91 A; 3OYA A; 1Q82 R; 4AFZ C; 3Q1J A; 1Q82 C; 1RI0 A; 4IUR A; 4EMK A; 3E19 A; 2AKK A; 3CEY A; 2MF2 A; 4M78 E; 3CCL Q; 2PZ1 A; 4DA4 A; 1NLO C; 3QHS A; 2NUT A; 1Y0M A; 2M51 A; 2DTI A; 2KVQ G; 3FLG A; 3FJP A; 2CZ1 B; 4E2F B; 4E7S A; 1H3H A; 1I5L A; 3CCE Q; 4P5N A; 3C12 A; 4HVU A; 5FU7 C; 2DL8 A; 4N4G A; 4QVC A; 1GRI A; 5CVI A; 3JB9 D; 1JXO A; 3OS0 A; 2OAU A; 2DFU A; 4Z02 A; 3N5B B; 1M1G A; 1AEY A; 3G4S Q; 2DXT A; 3JRZ A; 3A1P A; 2FPE A; 4HVV A; 2VV5 A; 3CC2 A; 5CCA A; 2WAC A; 4M77 C; 2C0I A; 2KYM A; 2GF7 A; 2V1Q A; 3M9Q A; 1RAE B; 2HL5 C; 1O75 A; 1YIT Q; 1CKB A; 2KNB B; 2NYS A; 1T3L A; 4OMF B; 1H64 1; 3QSU A; 1RLP C; 3JCM Q; 5IN1 A; 1B34 B; 4PJO F; 3RMQ A; 4PJO E; 2QXF A; 2L5Q A; 1K9M U; 4RTV A; 4M7D B; 3CCJ A; 2EJG A; 1ZA2 B; 2ZPB B; 3CPW S; 3OYM A; 4UC4 A; 1MNE A; 2KSS A; 1OI1 A; 2CP5 A; 2VUB A; 3RUX A; 1X6O A; 1K9M R; 1B07 A; 3M4Y A; 2ZPH B; 3M57 A; 4E6R A; 1AT1 B; 1K8A U; 3UPU A; 4J9E A; 2KRN A; 2X3X D; 1LVK A; 2DEQ A; 5HK0 A; 2EQI A; 4FW1 A; 4C92 G; 4QVD A; 2P84 A; 4B9X A; 2X51 A; 3J7A F; 5CKF A; 2ZGW A; 3CCM A; 3CMA T; 2XID A; 3V8L A; 1BBZ A; 5I11 A; 4JJC A; 3M0U A; 2YSQ A; 5IXB A; 3I56 T; 4IUT A; 4M4Z A; 1VQO T; 1KQ1 A; 2XKO C; 2JOY A; 1Y96 A; 4GLK A; 3URG A; 4B9W A; 3C94 A; 1GCQ C; 1PHT A; 1R0B G; 4M75 E; 3I55 A; 2MIO A; 4OB2 B; 1SSF A; 3GNG A; 2EGA A; 2DLP A; 3CCL A; 1JQQ A; 1RAB B; 3QUI A; 1LPL A; 2JW4 A; 1HXD A; 3OS5 A; 2DK3 A; 3CCE A; 4E47 A; 1VUB A; 1D1C A; 4J6Y A; 1BCM A; 1SG5 A; 1AWW A; 3HPW A; 3G4S A; 2COY A; 1N9S A; 2ZPE B; 4F7U G; 4F7U A; 5CAI A; 1RAI B; 4WF2 A; 3HRT A; 2RPN A; 4M7A G; 1BI1 A; 4C0D C; 2HKQ B; 3MET A; 1SKU B; 4FYX B; 1M3A A; 1YCS B; 3CCU T; 3CD6 Q; 1LJO A; 2E12 A; 2DZC A; 3C4S A; 1J3T A; 4OGE A; 1UEB A; 3GP8 A; 3HTR A; 3GIB A; 2E6Z A; 2IIM A; 3CXC S; 2EYZ A; 1K0X A; 1I5O B; 2O31 A; 2KT8 A; 5GAN 5; 1P92 A; 3UA7 A; 5HY6 A; 3MCA B; 3VS7 A; 4C92 F; 3RER A; 5KCH A; 4C92 E; 5GAN f; 1YJN Q; 4MZT A; 4ESR A; 2YWW A; 3FJ5 A; 3LX7 A; 5CKD A; 1UFF A; 5FU7 B; 3OYB A; 4LUD A; 2XDD A; 1QQJ A; 2YUO A; 4KT0 E; 1X27 A; 3M0S A; 4L6V 5; 4N0A C; 4HCB A; 1WI7 A; 3CCQ Q; 3MP8 A; 1ARK A; 1XJW B; 2LCC A; 5GAN g; 2W10 A; 5GAO r; 1IRE B; 1YCY A; 2ZZD A; 4E7Z A; 1UJY A; 4JRP A; 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