2DT1A

Crystal structure of the complex of goat signalling protein with tetrasaccharide at 2.09 a resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Carbohydrate-binding properties of goat secretory glycoprotein (SPG-40) and its functional implications: structures of the native glycoprotein and its four complexes with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
total genus 123
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dt1A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dt1A01
5KZ6A 4RL3A 3N1AA 4P7OA 1J9YA 5JBFA 4MDPA 4U5IA 3VTRA 1F4HA 2DSKA 2DEPA 4KWUA 2HVMA 1VBUA 3WD1A 1QNSA 1XYFA 1H4PA 2WKLA 2WCSA 2VZVA 3VGGA 1ISWA 2X05A 2C7FA 3WH9A 3EDFA 2DH2A 5CJ5A 1V6VA 3EDJA 1XCWA 2Y8VA 4E8CA 1GQLA 1W9UA 2ZXBA 3SCTA 3UG3A 3DECA 5CPTA 5A6MA 2A3AA 1UD4A 4R5EA 3AOFA 1TE1A 3AICA 4HZ8A 2E8ZA 2WZEA 3WFLA 4AZ7A 2F8QA 1HKIA 1CXEA 1XSKA 1VF8A 1UA3A 1DTUA 3VD7A 4J3UA 4Z2GA 4TVUA 2CEQA 3TOPA 1UKQA 4GI6A 2ZOXA 5HXMA 4N42A 1HNYA 1A47A 1E6XM 2WCGA 1JXJA 2ZXAA 2YA0A 2QF8A 2DSUA 3UESA 2WPGA 3VGDA 5I79A 1NM9A 1HL9A 3AIWA 1LL4A 4QDMA 1E9LA 1B31A 2FH6A 4S3KA 1RP8A 3A6OA 4MDOA 4CU6A 2XG9A 4V27A 2CETA 1CECA 1D7FA 3RM4A 2J78A 4J28A 5HOSA 3BC9A 4JIEA 4PMQA 5M5DA 1JZ3A 2CCRA 5E9AA 6CGTA 4NF7A 4ACZA 3SCNA 3ARTA 2VMFA 3KL5A 4MB3A 3WF3A 1KWGA 3VMPA 4MJ4A 1ZBWA 1JZ6A 2J79A 3PZNA 4W88A 2XFFA 3VIKA 3QGVA 1B0IA 3PZIA 2ZUWA 1WCGA 3CHCA 4YN5A 1J0ZA 2OSWA 2BY2A 1ITXA 2VRKA 1H1NA 1ZBCA 1B9ZA 2EPLX 2VX6A 4M80A 2WYSA 2VURA 4FLRA 2VC9A 3AIQA 1GJUA 1EO5A 1GOWA 3GH4A 4JFTA 2FH8A 1E15A 4ACZB 1J18A 1GHSA 2RGMA 3ECQA 3PZGA 3WEZA 1NP2A 2J7CA 1GHRA 2ZX5A 3UG5A 3VDAA 1JGIA 1W32A 2WMKA 1CTNA 4CN6A 7A3HA 4BQ3A 3VMOA 2E0PA 4AYSA 2FHFA 1ISXA 3RM9A 1GOIA 2PI6A 2GFTA 1CENA 1BG9A 3U7BA 3CHDA 4X0NA 3A3HA 3VIHA 3VM5A 1MW3A 1XYZA 3W26A 2WC7A 2YJQA 2Y5EA 3VNYA 5EFDA 1TA3A 2D0FA 2WWCA 1TR1A 2PBGA 2J7DA 4B3KA 2YLAA 3CUGA 3BXWA 4H7VA 4D6HA 3WMSA 3W53A 1BHGA 1G94A 4GI8A 1BLIA 3S6TA 1UZ4A 4QFUA 1UHVA 4UQDA 3T2OA 1W1PA 4WLCA 1P6WA 2ZUSA 1GOMA 3VMNA 4MB4A 3WQVA 3AS3A 1XV8A 3W4RA 2UY5A 4U2ZA 3AJ7A 2V3EA 1W91A 4AEEA 1OGGA 2DH3A 2PF0A 5C70A 4NZCA 1MWOA 1SFSA 3L4XA 1TA3B 4AD1A 2CBJA 1H09A 2YOCA 4Z2IA 2ZXQA 3PZQA 5LA0A 1D3CA 2JEQA 1EGZA 4MNLA 4UNIA 1HL8A 1SYTA 1KWKA 2DIEA 1NQ6A 3U57A 1NARA 1TCMA 2GSJA 3W27A 3BCFA 4J27A 3E1F1 3N17A 5BROA 5GQBA 3AYRA 4M56A 4KGJA 1Y7VA 1BFNA 3AXHA 5M03A 1KCLA 3BLPX 2VRJA 2RGLA 4MAVA 4PMDA 1HJVA 3WL1A 2J7GA 3UG4A 9CGTA 2VZTA 2VX5A 2FHCA 3K8KA 4OJYA 4PUDA 1E0VA 1KR1A 3DC0A 1CGVA 4FLQA 2UY3A 2WVVB 3ARWA 4UQCA 5CPSA 5AYBA 1NOFA 1PZ2A 1QHOA 1UKSA 2F61A 2NW0A 1VFUA 2VQTA 5I23A 1GW1A 3WH5A 1A3HA 2UY2A 1V08A 4D6EA 1TFVA 4AWEA 1JZ4A 4PRWA 4AZ5A 3MSGA 1OINA 1C93A 1GOOA 2CESA 1IT0A 2BHUA 1E73M 3CZLA 2ZWYA 1H41A 1FFRA 4LXFA 1EXPA 1E5JA 3OLGA 1B2YA 3NSXA 5E70A 1MYRA 2CBVA 1J11A 1KXHA 1VFFA 5GNZA 5IFTA 1EA9C 3WDRA 3W29A 1R86A 1B30A 3ARSA 5DMYA 4CN4A 1E3XA 4CVWA 4TXEA 2VCBA 4CKQA 2WHMA 5A6BD 3W82A 1V3IA 3VX1A 1CGTA 1Q4NX 4AZGA 2D20A 2PB1A 2WZIA 1E72M 1HN1A 2J7EA 3TONA 4AZCA 3SUWA 2XSBA 1US3A 1OBAA 1SR0A 1CPUA 4W87A 3WUGA 4ATWA 2CERA 1VFOA 1HXJA 4AISA 4QLKA 4HMCA 1JL8A 3GM8A 3NDZA 3A4WA 1CXKA 1OM0A 3SUSA 1BGAA 3PZVA 1JD9A 5FCZA 1Q6CA 3EDDA 3II1A 3DHPA 1GONA 5IFPA 2V3GA 4JHOA 4CVUA 4UFJA 4PMXA 1UKOA 3VD4A 1DP0A 3TA9A 1VRXA 3DYMA 3WENA 3MSDA 1HP4A 4JFVA 5CG0A 2WHLA 2XSAA 5A8QA 4FLOA 1GCYA 1CXIA 5A3HA 2BY3A 1K9TA 3M46A 2CITA 4AZCB 4M24A 3QOMA 1GOKA 4P8XA 4MPKA 4UFMA 1UKPA 4C7DA 1XH0A 2VL4A 1W9BM 1PAMA 4LQ1A 1ZBKA 1HJSA 4UZSA 3NDYA 2MANA 2VJXA 3BMVA 1DWFM 2GJXA 2BNJA 4HP5A 4PSPA 3KL3A 2VNCA 4H8VA 3OGVA 3OG2A 3VIMA 1K9DA 3UETA 4AW7A 4E2OA 5A6AA 2G3JA 2OWWA 4P8WA 3WUFA 1K9EA 1Q6GA 3SUUA 4D6DA 3WF1A 1M53A 2O9PA 3GH7A 3N18A 4LYRA 1BTCA 4UQBA 1VEOA 3N13A 3QHOA 1EDGA 3W81A 3CTTA 2WMIA 4P8UA 1B90A 3AHZA 1E4IA 3OBAA 1UA7A 3CUFA 2JFEX 3CZKA 3M6DA 5I77A 2NSXA 2DQXA 4PMZA 3BAYA 1UKTA 3BAXA 2GJXB 5BXTA 1ISVA 4ML4A 3WEMA 4XX6A 4RE3A 2YL9A 1M7XA 3RDKA 4P8VA 4XB3A 3TTYA 3L4WA 3GXFA 2B31A 2XHYA 1MQPA 4AEFA 5I2UA 4MB5A 3RM8A 4WF7A 1WZKA 1RP9A 1WKYA 5TD4A 1V03A 4GKLA 2GK1A 2YDRA 1FA2A 3VGBA 1TVNA 1JZ2A 1HKKA 5EFFA 1ZJBA 3HJEA 1M03A 1UH3A 4U3CA 3OA5A 1JXKA 4BZYA 2Y8KA 4GIAA 1H3GA 1UQYA 4H41A 2A3EA 2C8NA 5DF0A 4F66A 1UR0A 1GVYA 4CGTA 3MO4A 2ZUUA 4KRUA 3WDPP 2VZSA 1UWIA 4UR9A 1UYQA 3QOKA 1FH9A 3NYDA 1WE5A 3KZSA 4W7VA 3AIVA 1H2JA 3B8SA 4OKDA 4HOWA 1W1TA 1C8YA 4OUEA 1KGUA 3FHQA 3LPOA 1V6WA 3WIJA 1C92A 5E0CA 1TVPA 1KGWA 4UFLA 3VD3A 3L4ZA 5DEZA 1RH9A 1QBAA 3THDA 1ODUA 3VVGA 2JIWA 3PZTA 4J3XA 1L0PA 1XRVA 3WDHA 5A2AA 3D3AA 4U31A 2WAGA 4D72A 3TP4A 3GZAA 1FHLA 1UWUA 3BAIA 2GJPA 5BYWA 1WDPA 4LX4A 5JBEA 1AQ0A 3CBWA 1VJZA 1HKJA 4M29A 4J3VA 5JIPA 2XFRA 3FNDA 5JH8A 1E0XA 1E40A 2NT0A 2J8FA 1Q6FA 1W9XA 5BXPA 3WD0A 1LG2A 3FXYA 4JKLA 5A6LA 1QNOA 5CXPA 3VGEA 3WKZA 1WZMA 1HF6A 2DT2A 1MXGA 1R87A 5CQ1A 4UOJA 1XD1A 3WUBA 4M1RA 3F4VA 4HA1A 3SCQA 5A69A 3ZMRA 1E55A 1CGXA 3WBAA 2ZICA 2QHAA 2XUCA 3EDKA 3U5YA 1QW8A 2VTFA 3F5JA 1TUXA 2E9BA 3UERA 2GVYA 3WNPA 3WNNA 1JDAA 3RIKA 1JNEA 1H0IA 1CGWA 3SUTA 1XH2A 1HX0A 2X0YA 4J3WA 1J01A 2PC8A 4W93A 1BVZA 3IAQA 3L4UA 3LMYA 4GZEA 4AIEA 1IZKA 3N12A 5A6KA 4GPNA 1N82A 1WNOA 1UR1A 3ZT5A 1HJXA 4YPJA 3AMKA 4CD6A 3DHUA 3WQ5A 4PUEA 4URIA 1HVQA 2BY1A 2WMHA 1J12A 4AZHA 1E4MM 2VR5A 3AMDA 3FAXA 2EQDA 3WUEA 4RE2A 1UR4A 1E0WA 2W63A 1CEOA 1R7AA 1E6RA 2BS9A 2D23A 5A6BA 1Q6DA 3S2CA 1X1NA 3AYSA 1UR2A 3WD2A 4DWSD 5A1AA 2DDXA 3RPMA 1QI4A 2ZX8A 3VO0A 3VD9A 1WDQA 1GQJA 1E1EA 3WY1A 1GOQA 3FW6A 1L8NA 1K6AA 4FK9A 5JIWA 1MQRA 2A3CA 3RILA 1K9FA 3MKKA 2D24A 1FP8A 4MNKA 3T2PA 1XGZA 3AXIA 2DT0A 2BV9A 1H5VA 1HT6A 3GYCA 1WZLA 1OCQA 5F7UA 2E9MA 3L4VA 3SEPA 1CNVA 1PBGA 3L4TA 4UQAA 3AHTA 1J0IA 1GZJA 3WEOA 3I3EA 1G0CA 1DEDA 4GO8A 4RE4A 2X09A 2WVSA 3T0AA 2TAAA 1PEZA 3POHA 1QHZA 1ZJAA 5CSUA 2OSYA 2YKKA 2V38A 2CXGA 4FLSA 1IZJA 3SCOA 4BQ5A 2FHBA 1WB0A 2YA2A 1WP6A 2YBUA 1DHKA 1WAWA 1MXDA 1E4LA 2Q8XA 1E6NA 3VINA 4D6FA 4BA0A 1JIBA 4ZEPA 1V6YA 1C3FA 2GJRA 5DFAA 1MW1A 1OD8A 5C8BB 1C90A 4A4AA 1EOKA 4EANA 4R27A 3WMCA 3N9KA 3APGA 1SMDA 3AMLA 5I24A 1J0KA 4DWSC 2WBGA 1W3HA 1QPKA 2FDMA 5FL1A 1I1XA 1JAKA 3W6LA 4CD7A 3SUVA 8CGTA 4YHGA 5DT5A 3NSMA 2W4XA 2O9RA 1ISYA 3ZJ7A 5CLTA 2J77A 4JFWA 1JF5A 2XM1A 1JZ8A 5JBDA 4QLLA 3BSHA 3SCUA 2DT3A 2Z1SA 1NOUA 4JCLA 3M7SA 4W7WA 1WZAA 1X6NA 2PWHA 4PEEA 4QP0A 1ESWA 3MMDA 1E6QM 2OSXA 4UTFA 4MJ2A 1JYNA 1LL7A 1OSEA 2ZIDA 2D1ZA 2VCCA 2CKSA 5BCAA 1VJSA 2EPMX 2CBIA 2CHOA 2ESCA 1CXHA 4AD3A 1XSIA 5ABEA 1UWRA 3CUHA 3EMQA 1H11A 1BF2A 3VGHA 7TAAA 4KMQA 4N0RA 3SURA 3GH5A 1QHPA 3SIMA 1C7SA 1UD5A 3IJ8A 2XIBA 3K8LA 5GPRA 1LG1A 3AZTA 1E4NA 1VFMA 5LA1A 1FH7A 1HJQA 3AS0A 1CDGA 4Z2HA 3OGSA 3N11A 2VZOA 3IJ7A 3ZQ9A 4PMOA 1QW9A 1W3LA 1US2A 3A4AA 3ZM8A 3CLWA 5D8ZA 3OZOA 4P7NA 2X1IA 2G3IA 1E70M 3SCWA 3WSUA 1JF6A 2OYKA 2JIEA 1G1YA 3GNRA 1QI3A 3OLIA 4W8AA 3BAKA 3ZJKA 4AC1X 3ALGA 3WF2A 1NP0A 1AQHA 1ZB5A 3VD5A 4S3JA 3ZO9A 2XYLA 4K68A 1AMYA 5DO8A 4GZJA 3EBVA 5E0FA 1ZS2A 3WQ6A 2IUZA 3ZJ6A 4MAZA 3EYPA 3CZEA 4H8HA 4D1JA 4TX6A 3FAWA 2XGBA 4JHZA 1BQCA 1CYGA 2J75A 4HA3A 2OWCA 4DM2A 3ARYA 2E3ZA 3W37A 1HJUA 3WBEA 1KXTA 3CO4A 2J74A 1PIFA 5CGTA 3VGFA 5CSYA 1NWRA 1VEMA 2G41A 4PSRA 1V0KA 3GXDA 2WK2A 4YHEA 5D8WA 2WXDM 3WDIA 1E6ZA 5AY7A 4AD5A 1M01A 1OD0A 4CU8A 3GNOA 1LQ0A 2V5CA 4AD4A 1QOXA 2XVNA 2XFYA 2YDSA 3KWXA 4GQRA 5M17A 3WH6A 4UOZA 1E6SM 4WKFA 2GDVA 3J7HA 2QMJA 5D9PA 3L2MA 2X2YA 3TTOA 1MQQA 3SCRA 4DUVA 1LWHA 1KCKA 1QNRA 5M3WA 2WB5A 2EBNA 3WQ8A 2W91A 3EDEA 1KQZA 2EJ1A 3O6AA 2ZUNA 4D6CA 5BRPA 1BG4A 1MW0A 3VIGA 3W0KA 2VX7A 5GNXA 1PZ3A 5BWFA 1OWQA 4HMEA 4OBSA 1HJWA 4W5ZA 5EB8A 3WQWA 1MFVA 1QI5A 2BVDA 2XVPA 3WD4A 3W38A 3GTNA 2VI0A 1HIZA 4V28A 4M82A 3W24A 1JD7A 3O9NA 1JG9A 2OYLA 3A4XA 1KXVA 3LPPA 4PN2A 2E40A 4TUFA 4JL1A 3VU2A 4DWSA 3SCPA 4GINA 1VEPA 2VCAA 3NUKA 4MB1A 1W9VA 1WDRA 2QMKA 4IPNB 1W9DM 3AXXA 1XCXA 2ZE0A 1C8XA 3KE0A 3B9EA 3PHAA 2DSWA 2J7HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4ACY A;  1RD6 A;  1QBB A;  3NSN A;  5D4Y A;  3BAJ A;  2W66 A;  4J3T A;  3CZJ A;  1EH9 A;  2VZU A;  5KEZ A;  2G8Z A;  1V3M A;  2G3N A;  2BHY A;  2VRQ A;  1B3Y A;  3FN9 A;  3M07 A;  3HMC A;  3BSG A;  3B9D A;  2XVL A;  2WSK A;  1QI0 A;  2XTK A;  4PCS A;  4FF5 A;  2WMJ A;  4JKM A;  2OWX A;  4ZFM A;  2PWE A;  5BXS A;  5E6Z A;  4CCE A;  2D0G A;  4HPG A;  1PX8 A;  1V3H A;  3VM7 A;  2Y24 A;  5FD0 A;  3AS2 A;  4DUW A;  1JYW A;  1VBR A;  2WC3 A;  3F5L A;  4QAW A;  2J7F A;  4JFS A;  2UY4 A;  3ARP A;  4B9Z A;  2YLL A;  4DM1 A;  4OBR A;  1JI2 A;  1KBB A;  3I3B A;  2ZWZ A;  2WW5 A;  1UWQ A;  2DSZ A;  1EQP A;  1S46 A;  3HN3 A;  2BXY A;  3ZJ8 A;  2WZH A;  3AS1 A;  1C7T A;  2O9T A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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