The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
86
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sequence length |
539
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structure length |
539
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Chain Sequence |
MRFDIKKVLELAEKDFETAWRETRALIKDKHIDNKYPRLKPVYGKPHPVMETIERLRQAYLRMGFEEMINPVIVDEMEIYKQFGPEAMAVLDRCFYLAGLPRPDVGLGNEKVEIIKNLGIDIDEEKKERLREVLHLYKKGAIDGDDLVFEIAKALNVSNEMGLKVLETAFPEFKDLKPESTTLTLRSHMTSGWFITLSSLIKKRKLPLKLFSIDRCFRREQREDRSHLMSYHSASCVVVGEDVSVDDGKVVAEGLLAQFGFTKFKFKPDEKKSKYYTPETQTEVYAYHPKLGEWIEVATFGVYSPIALAKYNIDVPVMNLGLGVERLAMIIYGYEDVRAMVYPQFYEYRLSDRDIAGMIRVDKVPILDEFYNFANELIDICIANKDKESPCSVEVKREFNFNGERRVIKVEIFENEPNKKLLGPSVLNEVYVYDGNIYGIPPTFEGVKEQYIPILKKAKEEGVSTNIRYIDGIIYKLVAKIEEALVSNVDEFKFRVPIVRSLSDINLKIDELALKQIMGENKVIDVRGPVFLNAKVEIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase
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| molecule keywords |
O-phosphoseryl-tRNA synthetase
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| publication title |
Structural insights into the first step of RNA-dependent cysteine biosynthesis in archaea.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| total genus |
86
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| structure length |
539
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| sequence length |
539
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.27: O-phosphoserine--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 2006-07-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01409 | tRNA-synt_2d | tRNA synthetases class II core domain (F) |
| A | PF18006 | SepRS_C | O-phosphoseryl-tRNA synthetase C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | BirA Bifunctional Protein; domain 2 | Bira Bifunctional Protein; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Z7N A; 2C8M A; 1E22 A; 2ZXF A; 2C7I A; 1HTT A; 1YFT A; 4K86 A; 4YCW A; 1B8A A; 4YRM A; 1PYS B; 4YRS A; 3MF1 A; 3V8L A; 2Q5I A; 3QO5 A; 4TVA B; 4XEM A; 2QHV A; 2E10 A; 4CH6 A; 3P8Y A; 1BBU A; 3PZC A; 2I4N A; 1E1O A; 2ZIN A; 2DEQ A; 2E65 A; 4TVW A; 4ZTZ B; 3NEL A; 4YRE A; 2P0L A; 4ZTU B; 3V7S A; 1PYS A; 3V8J A; 4TWA A; 3ICA A; 3EFS A; 1N9W A; 4HWO A; 2I4L A; 4P74 C; 2FYK A; 4TVA A; 1SES A; 3IG2 A; 3VQV A; 2ZT7 A; 3WQZ A; 2E5A A; 1EQR A; 4OLF A; 3I7F A; 2EJG A; 2EJF A; 1YFS A; 1YFR A; 4CH5 A; 4CH4 A; 4YRG A; 3HRI A; 3PCO B; 1BBW A; 4G84 A; 2DU5 A; 3V7C A; 1HC7 A; 2AKW B; 2DJZ A; 4TTV A; 1H4S A; 1IL2 A; 3MF2 A; 3KFU A; 4NCX A; 3IAL A; 3RKY A; 2P5I A; 4YRO A; 2G4C A; 3G1Z A; 2ARU A; 4YRT A; 1JJC A; 1SET A; 3RAC A; 1B70 A; 4OP0 A; 3PCO A; 2CJB A; 1ADJ A; 2I4M A; 1ASY A; 1HXD A; 4BW9 A; 1WNL A; 2ALY A; 2QHS A; 2DQ3 A; 4HWP A; 3L4G B; 4TVY A; 2CGH A; 2ZTG A; 2ZT8 A; 4H2X B; 3L2Z A; 2ZCE A; 3P8V A; 3VQW A; 4EX5 A; 2HNI A; 2DXU A; 4XU0 A; 5F5W A; 4YYE A; 1BIA A; 1KOG A; 1Z7M A; 1QF6 A; 2DTH A; 4H2Y A; 2ZNI A; 2RHQ B; 1EVL A; 3L4G A; 2IY5 B; 4WJ4 A; 1WPY A; 3FJP A; 3UGT A; 2DZC A; 4TQD A; 4YRJ A; 4AH6 A; 4P73 C; 3HXY A; 3E9H A; 4CS2 A; 5C52 B; 1NJ6 A; 4YRQ A; 1ASZ A; 1WU7 A; 3BFM A; 3A74 A; 3HRK A; 4H2T A; 2RHQ A; 2QHT A; 3HTZ A; 4P73 A; 1FYF A; 2AMC B; 2IY5 A; 2DQ0 A; 4XTU A; 1USY C; 4O2D A; 3V7R A; 4EO4 A; 1H4Q A; 3CMQ A; 3HXX A; 3RUX A; 2PMF A; 4XTZ A; 1RIQ A; 11AS A; 1USY A; 1QE0 A; 4YRI A; 1WYD A; 4YP0 A; 3R07 A; 2EJ9 A; 4KR2 A; 1GGM A; 2EL9 A; 4P3O A; 2ODR D; 4ZIB A; 1X01 A; 2Q5H A; 3QO8 A; 1ATI A; 1KMN A; 4K87 A; 1G5H A; 4YRL A; 4HWR A; 2ZZG A; 3W3S A; 2ZGW A; 3QTC A; 5C51 B; 4DPG A; 3NEM A; 4PHC A; 4UPA A; 2XTI A; 4P3N A; 3E9I A; 2ZIM A; 2DVE A; 3VBB A; 2AKW A; 3IKL A; 4XTV A; 1EVK A; 4HWS A; 2ZT6 A; 2DDZ A; 4P71 C; 4E51 A; 1B76 A; 2Q7E A; 1H4V B; 1EOV A; 3MEY A; 4H2W A; 3M4Q A; 4DQ2 A; 4P71 A; 1B7Y B; 4P72 A; 3HY1 A; 1LYL A; 4CS3 A; 4KQE A; 3ERR A; 3A7A A; 3OD1 A; 2E1H A; 2DTO A; 3NET A; 4HVC A; 4YRN A; 3A32 A; 3HXU A; 1SER A; 1X56 A; 3HFV A; 3REU A; 2DXT A; 3HFZ B; 2DKG A; 4H2S A; 1YB3 A; 4YRK A; 1G5I A; 4CH3 A; 2E41 A; 3HXZ A; 1E1T A; 4P75 C; 4H2X A; 4CS4 A; 1SRY A; 2RHS B; 4WI1 A; 2Q7G A; 4RQE A; 1H4T A; 3RKX A; 1NYR A; 3TEH B; 4P75 A; 4H2U A; 2J3M A; 4G85 A; 4YDQ A; 4HA8 A; 1L0W A; 3HFZ A; 2ZR2 A; 4H2V A; 3HXW A; 3HXV A; 1NJ5 A; 1YGB A; 1C0A A; 2E64 A; 2RHS A; 1NJ2 A; 2I4O A; 3RF1 A; 1BIB A; 5K1X A; 4WJ3 M; 2PME A; 3TEH A; 5K1P A; 4XU3 A; 2ART A; 1KMM A; 4K88 A; 3A7U A; 1EFW A; 4PG3 A; 2ZZF A; 4XTX A; 2ODR C; 3QO7 A; 2AMC A; 2CJ9 A; 1VQZ A; 3VQY A; 4H02 A; 4LNS A; 1NYQ A; 4UP7 A; 4XTY A; 2DZ9 A; 3LC0 A; 5HGQ A; 3LSQ A; 3VQX A; 4YRP A; 1X2H A; 3A5Z A; 4UP8 A; 1X54 A; 1X55 A; 5E3I A; 3TEG A; 4UP9 A; 4X5O A; 3TUP A; 3RIR A; 1WQW A; 12AS A; 3NEN A; 4RMF A; 3UGQ A; 1EIY B; 4YCV A; 2EAY A; 1JJC B; 4P74 A; 4YPF A; 1B70 B; 1NNH A; 1NJ8 A; 3L1A A; 1ADY A; 4YRR A; 4YRC A; 1J5W A; 3RL6 A; 3V8K A; 3RGL A; 4WF2 A; 1EIY A; 2ALY B; 1WQ7 A; 2J3L A; 1NJ1 A; 4P72 C; 3A7R A; 3UH0 A; 3A5Y A; 3BJU A; 4J15 A; 3QNE A; 4XTW A; 4P3P A; 2ZT5 A; 4XU2 A; 5ELO A; 3A31 A; 2ARS A; 1WLE A; 2XGT A; 4L87 A; 2ZZE A; 4Q6G A; 3P8T A; 2DU7 A; 5ELN A; 4RDX A; 2EWN A; 3HY0 A; 1B7Y A; 2ZIO A; 4Q15 A; 4YRF A; 3RKW A; 3EFR A; 4KR3 A; 4XEO A; 1W66 A; 3REX A; 2Q7H A; 2ZR3 A; 2CJA A; 2QHU A; 4BWA A; 3LSS A; 3IKM B; 2ZNJ A; 4HWT A; 1E24 A; 2CIM A; 5KNN A; 3UFG A; 4YCU A; 1G51 A; 2DTI A; 1X2G A; 4XU1 A; 4TQF A; 5C53 B; 3M4P A; 4RQF A; 2E3C A; 3DSQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Z7N A; 2C8M A; 1E22 A; 2ZXF A; 2C7I A; 1HTT A; 1YFT A; 4K86 A; 4YCW A; 1B8A A; 4YRM A; 1PYS B; 4YRS A; 3MF1 A; 3V8L A; 2Q5I A; 3QO5 A; 4TVA B; 4XEM A; 2QHV A; 2E10 A; 4CH6 A; 3P8Y A; 1BBU A; 3PZC A; 2I4N A; 4LVL A; 1E1O A; 2ZIN A; 2DEQ A; 2E65 A; 4TVW A; 4ZTZ B; 3NEL A; 4YRE A; 2P0L A; 4ZTU B; 2NS6 A; 3V7S A; 1PYS A; 3V8J A; 4TWA A; 3ICA A; 3EFS A; 1N9W A; 4HWO A; 2I4L A; 4P74 C; 2FYK A; 4TVA A; 1SES A; 3IG2 A; 3VQV A; 2ZT7 A; 3WQZ A; 4LVM A; 2E5A A; 1EQR A; 4OLF A; 3I7F A; 2EJG A; 2EJF A; 1YFS A; 1YFR A; 4CH5 A; 4CH4 A; 4YRG A; 3HRI A; 3PCO B; 1BBW A; 4G84 A; 2DU5 A; 3V7C A; 1HC7 A; 2AKW B; 2DJZ A; 4TTV A; 1H4S A; 1IL2 A; 3MF2 A; 3KFU A; 4NCX A; 4LVJ A; 3IAL A; 3RKY A; 2P5I A; 4YRO A; 2G4C A; 3G1Z A; 2ARU A; 4YRT A; 1JJC A; 1SET A; 3RAC A; 1B70 A; 4OP0 A; 3PCO A; 2CJB A; 1ADJ A; 2I4M A; 1ASY A; 1HXD A; 4BW9 A; 1WNL A; 2ALY A; 2QHS A; 2DQ3 A; 4HWP A; 3L4G B; 4TVY A; 2CGH A; 2ZTG A; 2ZT8 A; 4H2X B; 3L2Z A; 2ZCE A; 3P8V A; 3VQW A; 4EX5 A; 2HNI A; 2DXU A; 3MQZ A; 4XU0 A; 5F5W A; 4YYE A; 1BIA A; 1KOG A; 1Z7M A; 1QF6 A; 2DTH A; 4H2Y A; 2ZNI A; 2RHQ B; 2A8E A; 1EVL A; 3L4G A; 2IY5 B; 4WJ4 A; 1WPY A; 3FJP A; 3UGT A; 2DZC A; 4TQD A; 4YRJ A; 4AH6 A; 4P73 C; 3HXY A; 3E9H A; 4CS2 A; 5C52 B; 1NJ6 A; 4YRQ A; 1ASZ A; 1WU7 A; 3BFM A; 3A74 A; 3HRK A; 4H2T A; 2RHQ A; 2QHT A; 3HTZ A; 4P73 A; 1FYF A; 2AMC B; 2IY5 A; 2DQ0 A; 4XTU A; 1USY C; 4O2D A; 3V7R A; 4EO4 A; 1H4Q A; 3CMQ A; 3HXX A; 3RUX A; 2PMF A; 4XTZ A; 1RIQ A; 11AS A; 1USY A; 1QE0 A; 4YRI A; 1WYD A; 4YP0 A; 3R07 A; 2EJ9 A; 4KR2 A; 1GGM A; 2EL9 A; 4P3O A; 2ODR D; 4ZIB A; 1X01 A; 2Q5H A; 3QO8 A; 1ATI A; 1KMN A; 4K87 A; 1G5H A; 4YRL A; 4HWR A; 2ZZG A; 3W3S A; 2ZGW A; 3QTC A; 5C51 B; 4DPG A; 3NEM A; 4PHC A; 4UPA A; 2XTI A; 4P3N A; 3E9I A; 2ZIM A; 2DVE A; 3VBB A; 2AKW A; 3IKL A; 4XTV A; 1EVK A; 4HWS A; 2ZT6 A; 2DDZ A; 4P71 C; 4E51 A; 1B76 A; 2Q7E A; 1H4V B; 1EOV A; 3MEY A; 4H2W A; 3M4Q A; 4DQ2 A; 4P71 A; 1B7Y B; 4P72 A; 3HY1 A; 1LYL A; 4CS3 A; 4KQE A; 3ERR A; 3A7A A; 3OD1 A; 2E1H A; 2DTO A; 3NET A; 4HVC A; 4YRN A; 3A32 A; 3HXU A; 1SER A; 1X56 A; 3HFV A; 3REU A; 2DXT A; 3HFZ B; 2DKG A; 4H2S A; 1YB3 A; 4YRK A; 1G5I A; 4CH3 A; 2E41 A; 3HXZ A; 1E1T A; 4P75 C; 4H2X A; 4CS4 A; 1SRY A; 2RHS B; 4WI1 A; 2Q7G A; 4RQE A; 1H4T A; 3RKX A; 1NYR A; 3TEH B; 4P75 A; 4H2U A; 2J3M A; 4G85 A; 4YDQ A; 4HA8 A; 1L0W A; 3HFZ A; 2ZR2 A; 4H2V A; 3HXW A; 3HXV A; 1NJ5 A; 1YGB A; 1C0A A; 2E64 A; 2RHS A; 1NJ2 A; 2I4O A; 3RF1 A; 1BIB A; 5K1X A; 4WJ3 M; 2PME A; 3TEH A; 5K1P A; 4XU3 A; 2ART A; 1KMM A; 4K88 A; 3A7U A; 1EFW A; 4PG3 A; 2ZZF A; 4XTX A; 2ODR C; 3QO7 A; 2AMC A; 2CJ9 A; 1VQZ A; 3VQY A; 4H02 A; 4LNS A; 1NYQ A; 4UP7 A; 4XTY A; 2DZ9 A; 3LC0 A; 5HGQ A; 3LSQ A; 3VQX A; 4YRP A; 1X2H A; 3A5Z A; 4UP8 A; 1X54 A; 1X55 A; 5E3I A; 4HT4 A; 3TEG A; 4UP9 A; 4X5O A; 3TUP A; 3RIR A; 1WQW A; 12AS A; 3NEN A; 4RMF A; 3UGQ A; 1EIY B; 4YCV A; 2EAY A; 1JJC B; 4P74 A; 4YPF A; 1B70 B; 1NNH A; 1NJ8 A; 3L1A A; 1ADY A; 4YRR A; 4YRC A; 1J5W A; 4LVK A; 3RL6 A; 3V8K A; 3RGL A; 4WF2 A; 1EIY A; 2ALY B; 1WQ7 A; 2J3L A; 1NJ1 A; 4P72 C; 3A7R A; 3UH0 A; 3A5Y A; 3BJU A; 4J15 A; 3QNE A; 4XTW A; 4P3P A; 2ZT5 A; 4XU2 A; 5ELO A; 4LVI A; 3A31 A; 2ARS A; 1WLE A; 2XGT A; 4L87 A; 2ZZE A; 4Q6G A; 3P8T A; 2DU7 A; 5ELN A; 4RDX A; 2EWN A; 3HY0 A; 1B7Y A; 2ZIO A; 4Q15 A; 4YRF A; 3RKW A; 3EFR A; 4KR3 A; 4XEO A; 1W66 A; 3REX A; 2Q7H A; 2ZR3 A; 2CJA A; 2QHU A; 4BWA A; 3LSS A; 3IKM B; 2ZNJ A; 4HWT A; 1E24 A; 2CIM A; 5KNN A; 3UFG A; 4YCU A; 1G51 A; 2DTI A; 1X2G A; 4XU1 A; 4TQF A; 5C53 B; 3M4P A; 4RQF A; 2E3C A; 3DSQ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1Z7N A; 2C8M A; 1E22 A; 2ZXF A; 2C7I A; 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