2DVSA

Crystal structure analysis of the n-terminal bromodomain of human brd2 complexed with acetylated histone h4 peptide
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
GRVTNQLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQPMDMGTIKRRLENNYYWAASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASMPQEEQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords bromodomain-containing protein 2
publication title Structural Basis for Acetylated Histone H4 Recognition by the Human BRD2 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 26
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2dvsA00
4O76A 3U5KA 3UVDA 2L85A 4IORA 5FFWA 5FE0A 5CS8A 3MXFA 5LJ2A 4TTEA 5L8UA 2E3KA 5E9VA 4CLBA 3MB3A 5A85A 4YYMA 3FKMX 3QZSA 2D82A 5HQ6A 5FFVA 4O7EA 4UYGA 4A9OA 5ETBA 4QSVA 4Z6IA 4A9MA 5D3HA 4KCXA 5D3NA 4LZRA 2YEKA 3U5JA 5HJCA 2YEMA 5H1TA 5IG6A 5LKUA 2DWWA 5CUGA 5E9LA 4QSWA 5LKXA 4NQNA 5KO4A 3JVLA 5H1UA 5DFBA 5FBXA 2YDWA 5ENBA 2DVVA 4NR6A 5A5QA 4J3IA 3JVJA 4TU6A 1JSPB 4NYWA 5DYAA 5FB0A 5E73A 3P1DA 3SVGA 4QSRA 4UIXA 5CUEA 5CGPA 5F3AA 4AKNA 4TZ8A 5AD2A 3Q2FA 5BT3A 5I7XA 5CY9A 4QEWA 4HXNA 5E0RA 5F61A 4NR4A 5D26A 4GPJA 4QNSA 4J1PA 5F62A 5IGKA 5DKDA 4BW4A 4UYFA 3UV5A 4CUQA 4MEPA 3DAIA 4TT6A 4ALGA 3SVFA 2OO1A 4OGIA 4QSUA 4A9HA 4UYEA 5FG6A 1E6IA 5HM0A 4N4HA 4WHWA 4YYDA 1ZS5A 4HBVA 4O7BA 5A5SA 3G0LA 5DYXA 4UYFB 2I8NA 5L96A 3DWYA 4MENA 5E7DA 2YW5A 3MULA 4C66A 5F60A 4BJXA 3G0JA 3D7CA 4IR5A 2F6NA 3HMHA 4LZ2A 4HBXA 4J0RA 5CUDA 5D3SA 4Z1SA 4XUBA 4UIUA 5I86A 4NUCA 5HQ7A 5HRVA 5C7NA 5EWHA 4CUSA 4Z93A 4QSXA 4HXLA 5CQAA 5A5NA 5CQ7A 4QC1A 4NS5A 5E9YA 4NYXA 5A7CA 4HXKA 5KU3A 4YYKA 4HXRA 5CRMA 4PTBA 5II2A 5C85A 5C4QA 4QB3A 5FE1A 4WIVA 4XY8A 5FH6A 4FLPA 5EV9A 2R0YA 4NXJA 5AMEA 4YBMA 5I89A 4QSQA 5AD3A 4YK0A 5A83A 4YC9A 4BW2A 3P1EA 4Q0OA 3UVXA 5HRWA 5CQ4A 2DVQA 5FE3A 5DKCA 5I1QA 2OSSA 4UIYA 5EISA 4TU4A 3P5OA 2NXBA 2F6JA 5I7YA 5II1A 2RNWA 5L8TA 5IGMA 2WP2A 5F1HA 4OUFA 5I29A 2RFJA 5A5OA 4NQMA 5FE6A 4YH3A 4NRBA 4QYLA 2E7NA 4O71A 4O7CA 2FSAA 5C87A 4UIZA 5C89A 3P1CA 5EVAA 5ENJA 4MR3A 2YYNA 5G4RA 4ZC9A 4CL9A 2DVRA 4PS5A 3UV4A 3O37A 5DLZA 4OGJA 5CQ6A 4PCEA 4YYIA 2OUOA 4MEOA 3O33A 4BHWA 4BW3A 5FDZA 3AQAA 4LYWA 4YY6A 5EQ1A 4CFKA 2KTBB 3LJWA 4N4IA 4O72A 5TB6A 3SVHA 2DATA 5D3RA 4O75A 5EWDA 2WP1A 2R10A 5EWCA 5DY7A 3I3JA 5D0CA 5HENA 5FG5A 1X0JA 4MR4A 3UVYA 2R0VA 5ENGA 3LQIA 5CUAA 4YAXA 4PKLA 5ACYA 5ENHA 2YQDA 4J0SA 4YYJA 4PCIA 5LVRA 4A9NA 4E96A 5D25A 5CQTA 4RVRA 1WUGA 5KTWA 4QYDA 4ALHA 4MEQA 3JVKA 4NR5A 4TZ2A 5DBMA 4KV1A 4HXSA 4LRGA 5HEMA 4MR6A 4NR7A 4XY9A 4DONA 4A9JA 4YY4A 2RI7A 4C67A 5E9KA 4UIWA 4LC2A 4UIVA 1WUMA 4IR3A 5HFQA 5E3DA 4ZQLA 4YYHA 5CZGA 4QR3A 3UV2A 5LUUA 2E7OA 3UVWA 5BT4A 2DVSA 5F36A 5FE2A 5AMFA 5HFRA 3P1FA 5FFYA 3K2JA 4YYNA 5CQ3A 5DW2A 3U5PA 2YELA 5F2PA 1JM4B 4CUPA 3MUKA 5E9MA 4WHUA 4IOQA 5F1LA 5KTXA 5TCMA 4LYSA 5FH7A 4CUTA 4QR5A 3Q2EA 3JVMA 5DYCA 4LZSA 3RCWA 5COIA 3UW9A 3U5MA 2N9GA 5EM3A 5BT5A 3O36A 5I80A 4ZW1A 5HRXA 5IIDA 5EU1A 5CQ8A 5LKTA 5FB1A 3U5NA 5CQ5A 4YATA 5L98A 4Z1QA 5IGNA 2MJVB 5HLSA 5ENIA 5E9IA 5ENEA 4YABA 4NUEA 4QSPA 4LDFA 4QBMA 5KTUA 2G4AA 5EPBA 4QZSA 2LSPB 4IR4A 5FE4A 5D3TA 5DKHA 4A9FA 3QZTA 4TS8A 5D3LA 5EA1A 5EP7A 4UITA 4Z6HA 5EWWA 5LVQA 4UYHA 5L97A 4MR5A 4X2IA 3QZVA 5ETDA 3IU5A 1F68A 3ZYUA 5KHMA 5JI8A 4TYLA 5CTLA 3MQMA 4NR9A 5K29A 5EWVA 5F25A 5EPSA 3GG3A 5CPEA 3O34A 5HCLA 5CUBA 5F63A 4O70A 4QEUA 3U5LA 5LJ1A 5FE7A 3MB4A 4HBYA 5I40A 4TQNA 4NR8A 4HXMA 4QC3A 2L5EA 5A5RA 5CUCA 2RNXA 4QSTA 3S92A 4A9IA 4QUUA 4A9KA 4Q0NA 3ONIA 4LYIA 4YH4A 5D24A 5IGLA 5D7XA 4YBTA 5IBNA 5CU8A 4QUTA 3LQJA 4BW1A 5LJ0A 4HBWA 5F5ZA 5ENCA 4QSSA 4TT2A 5G4SA 4CURA 5DLXA 4XUAA 5FE5A 5A82A 4NYVA 2DKWA 5JWMA 5A5PA 4PY6A 5CFWA 3O35A 4N3WA 5E74A 4O7FA 5DFCA 4O78A 5J0DA 4KV4A 3HMEA 4N4GA 5EICA 2L84A 5I83A 3U5OA 3LQHA 4IOOA 3HMFA 4A9LA 5DW1A 4LR6A 3TLPA 5DX4A 5FE8A 5FE9A 4A9EA 4YYGA 2RS9B 3AADA 4O77A 5EGUA 5FH8A 4NUDA 5EK9A 2I7KA 5HQ5A 5A81A 5I88A 3NXBA 5L99A 5EI4A 2RNYA 4O7AA 3IU6A 4QR4A 4YADA 5H1VA 2RO1A 5FG4A 2R0SA 4NRAA 1N72A 2GRCA 4TT4A 5HELA 5CRZA 4CUUA 4F3IA 4XYAA 2H60A 2D9EA 5DFDA 4N4FA 4HXPA 4Y03A 5EPRA 4IR6A 1EQFA 5LKZA 5ENFA 5CP5A 5D3JA 4CFLA 3S91A 5DYUA 4HXOA 4NRCA 5E3GA 4QEVA 5H85A 5C8GA 4QY4A 4YBSA 4UYDA 5D3PA 4O74A 3LXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O76A 3U5KA 3UVDA 2L85A 4IORA 5FFWA 5FE0A 5CS8A 3MXFA 5LJ2A 4TTEA 5L8UA 2E3KA 5E9VA 4CLBA 3MB3A 5A85A 4YYMA 3FKMX 3QZSA 2D82A 5HQ6A 5FFVA 4O7EA 4UYGA 4A9OA 5ETBA 4QSVA 4Z6IA 4A9MA 5D3HA 4KCXA 5D3NA 4LZRA 2YEKA 3U5JA 5HJCA 2YEMA 5H1TA 5IG6A 5LKUA 2DWWA 5CUGA 5E9LA 4QSWA 5LKXA 4NQNA 5KO4A 3JVLA 5H1UA 5DFBA 5FBXA 2YDWA 5ENBA 2DVVA 4NR6A 5A5QA 4J3IA 3JVJA 4TU6A 1JSPB 4NYWA 5DYAA 5FB0A 5E73A 3P1DA 3SVGA 4QSRA 4UIXA 5CUEA 5CGPA 5F3AA 4AKNA 4TZ8A 5AD2A 3Q2FA 5BT3A 5I7XA 5CY9A 4QEWA 4HXNA 5E0RA 5F61A 4NR4A 5D26A 4GPJA 4QNSA 4J1PA 5F62A 5IGKA 5DKDA 4BW4A 4UYFA 3UV5A 4CUQA 4MEPA 3DAIA 4TT6A 4ALGA 3SVFA 2OO1A 4OGIA 4QSUA 4A9HA 4UYEA 5FG6A 1E6IA 5HM0A 4N4HA 4WHWA 4YYDA 1ZS5A 4HBVA 4O7BA 5A5SA 3G0LA 5DYXA 4UYFB 2I8NA 5L96A 3DWYA 4MENA 5E7DA 2YW5A 3MULA 4C66A 5F60A 4BJXA 3G0JA 3D7CA 4IR5A 2F6NA 3HMHA 4LZ2A 4HBXA 4J0RA 5CUDA 5D3SA 4Z1SA 4XUBA 4UIUA 5I86A 4NUCA 5HQ7A 5HRVA 5C7NA 5EWHA 4CUSA 4Z93A 4QSXA 4HXLA 5CQAA 5A5NA 5CQ7A 4QC1A 4NS5A 5E9YA 4NYXA 5A7CA 4HXKA 5KU3A 4YYKA 4HXRA 5CRMA 4PTBA 5II2A 5C85A 5C4QA 4QB3A 5FE1A 4WIVA 4XY8A 5FH6A 4FLPA 5EV9A 2R0YA 4NXJA 5AMEA 4YBMA 5I89A 4QSQA 5AD3A 4YK0A 5A83A 4YC9A 4BW2A 3P1EA 4Q0OA 3UVXA 5HRWA 5CQ4A 2DVQA 5FE3A 5DKCA 5I1QA 2OSSA 3VKHA 4UIYA 5EISA 4TU4A 3P5OA 2NXBA 2F6JA 5I7YA 5II1A 2RNWA 5L8TA 5IGMA 2WP2A 5F1HA 4OUFA 5I29A 2RFJA 5A5OA 4NQMA 5FE6A 4YH3A 4NRBA 4QYLA 2E7NA 4O71A 4O7CA 2FSAA 5C87A 4UIZA 5C89A 3P1CA 5EVAA 5ENJA 4MR3A 1ZKRA 2YYNA 5G4RA 4ZC9A 4CL9A 2DVRA 4PS5A 3UV4A 3O37A 5DLZA 4OGJA 5CQ6A 4PCEA 4YYIA 2OUOA 4MEOA 3O33A 4BHWA 4BW3A 5FDZA 3AQAA 4LYWA 4YY6A 5EQ1A 4CFKA 2KTBB 3LJWA 4N4IA 4O72A 5TB6A 3SVHA 2DATA 5D3RA 4O75A 5EWDA 2WP1A 2R10A 5EWCA 5DY7A 3I3JA 5D0CA 5HENA 4AKIA 5FG5A 1X0JA 4MR4A 3UVYA 2R0VA 5ENGA 3LQIA 5CUAA 4YAXA 4PKLA 5ACYA 5ENHA 2YQDA 4J0SA 4YYJA 4PCIA 5LVRA 4A9NA 4E96A 5D25A 5CQTA 4RVRA 1WUGA 5KTWA 4QYDA 4ALHA 4MEQA 3JVKA 4NR5A 4TZ2A 5DBMA 4KV1A 4HXSA 4LRGA 5HEMA 4MR6A 4NR7A 4XY9A 4DONA 4A9JA 4YY4A 2RI7A 4C67A 5E9KA 4UIWA 4LC2A 3ERRA 1WUMA 4UIVA 4IR3A 5HFQA 5E3DA 4ZQLA 4YYHA 5CZGA 4QR3A 3UV2A 5LUUA 2E7OA 3UVWA 5BT4A 2DVSA 5F36A 5FE2A 5AMFA 5HFRA 3P1FA 5FFYA 3K2JA 4YYNA 5CQ3A 5DW2A 3U5PA 2YELA 5F2PA 1JM4B 4CUPA 3MUKA 5E9MA 4WHUA 4IOQA 5F1LA 5KTXA 5TCMA 4LYSA 3VKGA 5FH7A 4CUTA 4QR5A 3Q2EA 3JVMA 5DYCA 4LZSA 3RCWA 5COIA 3UW9A 3U5MA 2N9GA 5EM3A 5BT5A 3O36A 5I80A 4ZW1A 5HRXA 5IIDA 5EU1A 5CQ8A 5LKTA 5FB1A 3U5NA 5CQ5A 4YATA 5L98A 4Z1QA 5IGNA 2MJVB 5HLSA 5ENIA 5E9IA 5ENEA 4YABA 4NUEA 4QSPA 4LDFA 4QBMA 5KTUA 2G4AA 5EPBA 4QZSA 2LSPB 4IR4A 5FE4A 5D3TA 5DKHA 4A9FA 3QZTA 4TS8A 5D3LA 5EA1A 5EP7A 4UITA 4Z6HA 5EWWA 5LVQA 4UYHA 5L97A 4AI6A 4MR5A 4X2IA 3QZVA 5ETDA 3IU5A 1F68A 3ZYUA 5KHMA 5JI8A 4TYLA 5CTLA 3MQMA 4NR9A 5K29A 5EWVA 5F25A 5EPSA 3D1BA 3GG3A 5CPEA 3O34A 5HCLA 5CUBA 5F63A 4O70A 4QEUA 3U5LA 5LJ1A 5FE7A 1PUOA 3MB4A 4HBYA 5I40A 3D1DA 4TQNA 4NR8A 4HXMA 4QC3A 2L5EA 5A5RA 5CUCA 2RNXA 4QSTA 3S92A 4A9IA 4QUUA 4A9KA 4Q0NA 3ONIA 4LYIA 4YH4A 5D24A 5IGLA 5D7XA 4YBTA 5IBNA 5CU8A 4QUTA 3LQJA 4BW1A 5LJ0A 4HBWA 5F5ZA 5ENCA 4QSSA 4TT2A 5G4SA 4CURA 2EJNA 5DLXA 4XUAA 5FE5A 5A82A 4NYVA 2DKWA 5JWMA 5A5PA 4PY6A 5CFWA 3O35A 4N3WA 5E74A 4O7FA 5DFCA 4O78A 5J0DA 4KV4A 3HMEA 4N4GA 5EICA 2L84A 5I83A 3U5OA 3LQHA 4IOOA 3HMFA 4A9LA 5DW1A 4LR6A 3TLPA 5DX4A 5FE8A 5FE9A 4A9EA 4YYGA 2RS9B 3AADA 4O77A 5EGUA 5FH8A 4NUDA 5EK9A 2I7KA 5HQ5A 5A81A 5I88A 3NXBA 5L99A 5EI4A 2RNYA 4O7AA 3IU6A 4QR4A 4YADA 5H1VA 2RO1A 5FG4A 2R0SA 4NRAA 1N72A 2GRCA 4TT4A 5HELA 5CRZA 4CUUA 4F3IA 4XYAA 4AKGA 2H60A 2D9EA 5DFDA 4N4FA 4HXPA 4Y03A 5EPRA 4IR6A 4AKHA 1EQFA 5LKZA 5ENFA 5CP5A 5D3JA 4CFLA 3S91A 5DYUA 4HXOA 4NRCA 5E3GA 4QEVA 5H85A 5C8GA 4QY4A 4YBSA 4UYDA 5D3PA 4O74A 3LXJA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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