The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
322
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structure length |
297
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Chain Sequence |
AESDFEQLPDDVAISANIADIEEKRGFTSHFVFVIEVKTKGGSKYLIYRRYRQFHALQSKLEERFGTLPTLPAKVYVGVKQEIAEMRIPALNAYMKSLLSLPVWVLMDEDVRIFFYQSPYDSEQVPQALRRLRPRRMAAPRAEALFDFTGNSKLELNFKAGDVIFLLSRINKDWLEGTVRGATGIFPLSFVKILKDFPEEDDPTNWLRCYYYEDTISTIKDIAVEEDLSSTPLLKDLLELTRREFQREDIALNYRDAEGDLVRLLSDEDVALMVRQARGLPSQKRLFPWKLHITQKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
molecule tags |
Oxidoreductase
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molecule keywords |
Neutrophil cytosol factor 4
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publication title |
Full-length p40phox structure suggests a basis for regulation mechanism of its membrane binding.
pubmed doi rcsb |
source organism |
Homo sapiens
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total genus |
64
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structure length |
297
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sequence length |
322
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2006-09-08 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
A | PF00564 | PB1 | PB1 domain |
A | PF00787 | PX | PX domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains | ||
Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | PX Domain | Phox-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4W9K A; 3KW5 B; 3QQ8 B; 2FPD A; 2BZX A; 2IO1 B; 2KDI A; 1WMH A; 2EMT A; 1HD3 A; 2KMA A; 1P1A A; 5L95 C; 4WJQ A; 2LJ5 A; 2AZV A; 1NEG A; 2AKK A; 3UGB B; 2F2V A; 1WGD A; 1P0R A; 3L10 B; 4ZRJ A; 1SEM A; 2KBT A; 5J2R A; 1EO6 A; 2A4Z A; 2DBM A; 4EZK A; 4FJV B; 4M0W B; 2V3S A; 1RFA A; 2GNC A; 1ISN A; 2MCN A; 4Z89 A; 2KZR A; 3B08 A; 2KXC A; 1K4U S; 1SHF A; 3KYD D; 3LDZ E; 4BVU C; 4J9I A; 1I42 A; 5FW9 A; 2YUO A; 4MH0 E; 2GTJ A; 2DL5 A; 3VFK A; 3MJW A; 4RTW A; 4JGH B; 3SHQ A; 5JH5 C; 4RM9 A; 2L3P A; 2EYZ A; 2CR5 A; 1G2B A; 3M62 B; 3ZNZ B; 1PNJ A; 1K1Z A; 3UA6 A; 5D94 A; 2IY0 B; 3U30 A; 1A0N B; 4DHJ B; 2FO0 A; 4DBG A; 3T8M A; 4LUD A; 2D1X A; 2KJR A; 2AKL A; 2PPH A; 4HXD A; 3A4S C; 1MV3 A; 1WGY A; 3ZIM A; 4F17 A; 5BO4 B; 5DPT A; 4GU2 A; 1LCK A; 1V49 A; 4HAS A; 3OJ3 A; 2DL3 A; 2HSP A; 4MGI E; 2EKE C; 2YLM A; 2PNI A; 1FXT B; 5J18 A; 2KC2 A; 1QKW A; 4AP4 C; 2IIM A; 3VRY A; 2J7I A; 1PQS A; 1RRB A; 4LCD E; 2LJ1 A; 4XX5 A; 4LUE A; 4AG1 C; 3U23 A; 3FJ5 A; 5ECA A; 3ZVV A; 2CT3 A; 2K8B A; 3VUW A; 3ULR B; 4NQK E; 2BYE A; 1WX7 A; 4PYZ A; 4ANV A; 2CHX A; 2L00 B; 4BKT A; 4HDQ A; 4HPL B; 1AWJ A; 4W9D A; 2KAN A; 4IKB A; 4FA6 A; 3QK0 A; 1ZKH A; 2KR3 A; 3IHP C; 5FWC A; 1V81 A; 4M4Z A; 3TL5 A; 1TG0 A; 1X2K A; 1SSH A; 4MDK E; 1RLQ C; 1E8Y A; 4RM8 A; 4IM0 A; 3M0R A; 4F16 A; 4ZDV A; 4IW0 A; 1IO6 A; 4ZNX A; 3V61 A; 1UFF A; 4J6I A; 1V1C A; 1OQY A; 2LVP A; 4MSQ B; 2DRK A; 1SE9 A; 4G11 A; 3BY4 B; 2GOW A; 4P7I A; 2O2O A; 1U5S A; 5TR5 A; 2LJ0 A; 4P2I A; 2K6Q A; 4K7U A; 2L3Z A; 3M0Q A; 2KT1 A; 1YX6 B; 2EYW A; 1UE9 A; 4HVW A; 2GBM A; 2OJ2 A; 5JHA A; 1YWO A; 3VH4 B; 1WM3 A; 4OML A; 3CMM B; 2HTH A; 1TBE A; 5LXI B; 4HLE A; 4PS3 A; 1P98 A; 3T9L A; 2EGA A; 2JT4 B; 2KFJ A; 3P2B A; 1KJW A; 2DE0 X; 2CT4 A; 2GBK A; 1WZ0 A; 2NR2 A; 2BKR B; 4NAW A; 1Z9Z A; 3VAW A; 4PQP A; 3WAL A; 2DYM A; 4MJS B; 1WE7 A; 4FHK A; 3QWY A; 3IVF A; 2YDL A; 1OCU A; 3EHR A; 1S1N A; 3W1Y A; 2WX0 A; 2FPF A; 2REA A; 1RAX A; 1H92 A; 1ZUY A; 2HBW A; 2JXX A; 3M0S A; 4AG2 C; 2ECZ A; 2YT6 A; 3APC A; 4AOF A; 3WIM A; 2KYB A; 4JZ4 A; 1K0S A; 2KWU B; 2JMC A; 4IM3 A; 3N32 A; 5IXF A; 4DXA B; 3ZRF A; 3EGU A; 2L2P A; 3A1Q A; 3QHT A; 4EKU A; 4GIV A; 1Q0W B; 3AU4 A; 1XD3 B; 2ZJD A; 3VS2 A; 4RTX A; 2G45 B; 2OJR A; 5GMV A; 1AAR A; 2LD9 A; 4FUL A; 3AUL A; 5CX3 A; 2L0A A; 1JO8 A; 4RTZ A; 3VH3 B; 2KD0 A; 3PZD A; 4E74 A; 2B86 A; 2AWT A; 2CZO A; 4LN2 A; 4FJY A; 1S1Q B; 2UWQ A; 2LXA A; 2BZ8 A; 2IO3 B; 3AXC A; 1KLV A; 1MG8 A; 2JRI B; 2LCS A; 5E6N A; 2KFK B; 2ZVN A; 1I0C A; 3EEC A; 2K39 A; 4G3X B; 1PKS A; 1NLO C; 3M0U A; 3DVN U; 3RUI B; 4F8C B; 2L76 A; 2SRC A; 4EZL A; 4K81 A; 1BT0 A; 3IBE A; 4RTV A; 1B07 A; 4MEL A; 1T0Y A; 1QWE A; 1HE8 A; 1WY8 A; 2MIO A; 2KRS A; 2BF8 B; 4B9K A; 1AWX A; 1ZW7 A; 4DHJ D; 3C0C A; 4MM3 A; 2OAW A; 2AK5 A; 4KZC A; 2I1K A; 1E8X A; 2KYM A; 2IO0 B; 3VS7 A; 3PS6 A; 3REB B; 5DCN A; 4KZ0 A; 1J3T A; 1XQQ A; 2MBQ A; 2KN5 A; 1X69 A; 2EVR A; 1E6H A; 2C7N B; 4I6L B; 2O88 A; 1X6G A; 1LFD A; 5GJV B; 4ASW C; 1H3H A; 2NBU A; 3ML9 A; 2F2X A; 3H7S A; 2AL6 A; 1ZLM A; 2Z59 B; 2KGT A; 4KIK B; 2JRH A; 3M95 A; 2VKN A; 4W9C A; 1M94 A; 4OMO A; 2LX7 A; 2XK5 B; 2CDT A; 3W1S C; 2LWP A; 3QWX X; 3VVW B; 2V1Y A; 1UD7 A; 2DYO A; 5KHQ A; 1QWF A; 3ZKJ C; 2J6K A; 3THK A; 2R2Q A; 1J19 A; 2CH4 W; 5E6P A; 4LDT B; 3HM6 X; 4DDG D; 3VS6 A; 1OV3 A; 1SRM A; 1LXD A; 1WGH A; 1Z9Q A; 1NG2 A; 4GDL B; 3JSV A; 2QDL A; 3VRZ A; 2HD5 B; 1WA7 A; 3QX1 A; 4GDK A; 2XMF A; 3U7D A; 5CHV C; 2IYD B; 2FEI A; 5HKH A; 3IQL A; 3H1U A; 3IG3 A; 2K8H A; 4EUT A; 2RAK A; 5D2M B; 1AZE A; 1WGR A; 2W10 A; 1V5O A; 2O6V B; 2NVU I; 2MP2 A; 1OCS A; 2J7Q B; 2N1V A; 1NEB A; 1EF5 A; 3EG0 A; 3QWZ B; 4W9F A; 5CHW A; 4FBJ B; 2PJH A; 2JWZ A; 2LQN A; 2JXB A; 1CKB A; 2YUN A; 4IC7 B; 4PYU A; 1JXM A; 2LGX A; 3ZO5 B; 2V1Q A; 4FSS A; 3PRZ A; 1T3L A; 3KH0 A; 4M8M A; 5EDS A; 4JJB A; 2MWS B; 2N9E B; 2FUH B; 4TV3 A; 3X0W A; 4PQO A; 2JUO A; 2WWZ A; 2DRM A; 3JV3 A; 2RSU A; 3I3T B; 5IXB A; 4OMN A; 1V9J A; 4ZYN A; 2FNJ B; 3ZW3 A; 2RQW A; 3JVZ X; 3ZTC A; 3EFU A; 3D32 A; 2L05 A; 4AFS C; 2IY1 B; 2JPH A; 1E8Z A; 3V6C B; 2N1W A; 2LP5 A; 2KTR B; 4CC3 A; 3H7P A; 1WXA A; 4II2 B; 5IH2 A; 4E71 A; 3EG3 A; 4DHZ B; 1Y8R C; 1NLP C; 3SD5 A; 4RTY A; 1ZX6 A; 1YD8 U; 4AJW A; 5IHN A; 1GCQ C; 3WA0 A; 1E7U A; 2DJQ A; 1PRM C; 1V2Y A; 3GZN I; 4XZ4 A; 3DOW A; 2YSQ A; 3HM3 A; 1XT9 B; 3RCZ A; 5GJW B; 3VDZ A; 4HWI B; 2KK8 A; 2WDT B; 1UHC A; 3RNJ A; 2GBR A; 4K7W A; 1X1M A; 2KDF B; 4W9L A; 3U8Z A; 4WJP A; 4F14 A; 2VWF A; 3PE0 A; 1NI2 A; 3L54 A; 1LM8 B; 4HCN B; 4KV2 A; 1K0X A; 3I35 A; 4FN2 A; 2K79 A; 3NZU A; 1E90 A; 4A20 A; 3R7Q A; 3QA8 A; 1UDL A; 2EGC A; 1GBR A; 4A63 B; 2DVJ A; 4IIO A; 1L7Y A; 3EHV A; 3ECI A; 1WX8 A; 4G0N B; 4BKS D; 3O5Z A; 2NBW B; 3QC8 B; 1TZ1 A; 2G6F X; 4E6R A; 1WJU A; 2KNB A; 3UQB A; 2KXD A; 1XTE A; 4JQW C; 2KRN A; 4F7Z A; 4GBQ A; 4NJ7 A; 5D7G A; 2P4R A; 1OTR B; 2NPT B; 3ZNI D; 1QCF A; 2ED1 A; 1ZUU A; 2D8J A; 1C1Y B; 1UZX B; 2PZ1 A; 1ZGU B; 1GBQ A; 1GRI A; 2KXJ A; 2N9X A; 2FRW A; 3CSF A; 2DF6 A; 1E8W A; 3PLU A; 2GTO A; 3DYT A; 2M0Y A; 1NM7 A; 1ZUK A; 2NCN A; 3PRM B; 2JS2 A; 2DX5 B; 4IWQ A; 4J9D A; 1UEL A; 2DZJ A; 3HIZ A; 2JZZ A; 4PZG A; 3L17 A; 3H0F A; 4LE9 A; 4HXJ A; 2AYO B; 2DHZ A; 3HPB A; 4JZ3 A; 4ESR A; 1X2Q A; 2V4L A; 3A9J B; 4BBN F; 4K11 A; 4HDO A; 1AWW A; 2FRY A; 1GC6 A; 4GN1 A; 2G4S A; 3VUY A; 4ANW A; 4X1V A; 3LJ3 A; 2KT8 A; 3CQT A; 3A9K B; 3QCA A; 3R7R A; 1BB9 A; 3DBS A; 4EIK A; 5IHI A; 3VTV A; 3EC8 A; 2FID A; 2DX1 A; 2CSK A; 2HE7 A; 3UF4 A; 2FAZ A; 2KRM A; 4AFU C; 3PRE A; 2J0K A; 1VCB A; 1ABQ A; 1U06 A; 2J6F A; 2EMS A; 1K8R B; 3QIJ A; 2N9P C; 4IIM A; 3DVG X; 2LGY A; 5CTR C; 2KLC A; 3PT2 B; 4RTU A; 3AI5 A; 2EW3 A; 3PVL A; 1WYX A; 3H41 A; 3HK0 A; 1WGG A; 3NMZ C; 2K6D B; 3ZUN A; 2ETT A; 2O6V D; 1R4M I; 2DZI A; 1Y57 A; 1I1J A; 4OMQ A; 1P9D U; 3B0A A; 2FPE A; 1IP9 A; 1JU5 C; 3PPA A; 2KE9 A; 2KJ6 A; 3MHS D; 2AEH A; 1G83 A; 2CKH B; 4GGQ A; 4AFZ C; 4EFO A; 4EZJ A; 4W9E A; 1MV0 B; 2MBO A; 4HPM B; 1S3S G; 3DPD A; 2BGF A; 1IPG A; 2DM1 A; 4GMV A; 1J0G A; 1F9J A; 2RED A; 2ROT A; 2A08 A; 5AZF A; 3NZS A; 2C0T A; 4EEW A; 3WAM A; 3R66 C; 1AZG B; 2MBE A; 1VYT A; 1N5Z A; 4MGZ E; 2D3G A; 2O2V B; 2JZ3 B; 2CUB A; 2MQJ A; 2KTF A; 1E6G A; 3DBH I; 4ANU A; 2JVC A; 2MX2 A; 3JW0 X; 5C23 A; 3TJP A; 4G50 A; 4K1R B; 2HCK A; 2C0O A; 4DK5 A; 1A5R A; 1ZSG A; 4JPB W; 1YJ1 A; 2KWV B; 2MW5 A; 2BZY A; 2DNU A; 1GD5 A; 3NS8 A; 2LQW A; 2MSE D; 1E5W A; 2D10 A; 5LXH A; 4NQL B; 2LVQ A; 1WX9 A; 5HCK A; 4IUM B; 2MRP A; 3APD A; 3ALB A; 3WAO A; 3DQV A; 2L73 A; 3I9Q A; 1UJ0 A; 3SHW A; 3VTU A; 1P3Q U; 2LNH B; 4II3 B; 1QLY A; 2D0N A; 2JT4 A; 4AZ9 A; 4IG7 B; 1M3A A; 1AWO A; 1OEY J; 1H4R A; 2ZPY A; 4X57 B; 4EOY A; 2K6D A; 2C60 A; 2J0M A; 4MJS A; 1SRL A; 1UGM A; 2CU1 A; 2KDB A; 2WYQ A; 4KSK C; 1Q1O A; 2IBI B; 2ZPN A; 1WLP B; 3Q3F A; 4MEM A; 2A5U A; 2ED0 A; 2DZM A; 3EHQ A; 1GL5 A; 4B6W A; 1GG3 A; 2NWM A; 2KQ7 A; 4GSW A; 3N30 A; 4TQ0 A; 3UIN B; 2C9W B; 2BKF A; 2BYF A; 4JIO U; 3TIX A; 4GB9 A; 2PEA A; 3PVQ A; 1QKX A; 2Y5B B; 1WFY A; 1HSQ A; 4CC2 A; 1WH3 A; 1WMH B; 3A33 B; 1I35 A; 2H8H A; 3ZRC A; 1RUW A; 2C7H A; 1VA7 A; 3O65 B; 4D8D A; 3ZNH B; 1Z5S B; 2DZK A; 1W70 A; 1WX6 A; 1FYN A; 4CHK A; 3RT3 B; 2FCN A; 4WAA A; 1YIW A; 2RAJ A; 4WJO A; 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