2E1ZA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a) obtained after co-crystallization with atp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate Kinase
publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA02
3L0QA 3CJCA 2GWKA 1Z6RA 4BRCA 4GY2B 2V51B 2FSJA 1NGCA 2EWSA 2D0OA 3C7NA 4FOIA 2NZTA 3VERA 3LDLA 2ASMA 3MN9A 4JNEA 4WQ5C 4FSVA 5AR0A 3MN6A 1DGKN 5BREA 1J6ZA 3M6GA 2P9NB 4H0OA 4B1ZA 1YXQA 1JCEA 4B9QA 4BRNA 5EVZA 1ZC6A 5AFUH 1D4XA 5LY3A 3G25A 3O4WA 2Q97A 2P9PA 1QZ6A 2Q2RA 3IDHA 3VGLA 3P4IA 4CZIA 2VCPA 1LOTB 1LCUA 2A42A 3CJ9A 5AQYA 3I8BA 3DXMA 4B1YB 3FGUA 3GBTA 5JICA 4FL9A 3WUHA 2P9UA 1XUPO 4BRIA 1NGEA 4NO7A 2D1KA 2W41A 1ESVA 4O8KA 3QICA 4BR7A 3O1WA 3SK3A 4JHDA 3EKUA 2E8AA 1K8KB 2E20A 5AZJB 2J4RA 2NLXA 4I6MB 2ITMA 3AAPA 3WT0A 5ADXH 1ATSA 1C0FA 3ZETA 4MLEA 3CETA 3SJHA 1MDUB 1DEJA 2ZF5O 5BN8A 3W3DA 4DQ8A 4K41A 4BVPA 4FWNA 4ISGA 1Q18A 4LC9B 3UKUB 2FSNA 2E1ZA 2IVPA 2QWMA 4B1WB 2A3ZA 4K43A 3W0LA 4BR5A 4FO0A 3FLCO 3LDOA 4BVOA 4CBWA 4EHTA 1KXPA 3WXKA 4CZKA 1GLDG 2FF3B 3R8EA 2I7NA 4EAHD 3FZKA 3VEYA 1X3NA 4CZHA 3AARA 3D2FB 1NM1A 3EKSA 3LM9A 2YCHA 3HBTA 4H0YB 1ZBSA 1BU6O 3WQUA 2PAVA 3ZX2A 2VWBA 2CGJA 3ENHA 4FWOA 3A5OC 4BR0A 2HOEA 4BC4A 2V52B 4AM6A 4CI6A 2FXUA 3KHYA 4DCHA 3VEZA 3M1FA 3U8XA 1NGAA 3VENA 1TYQB 2P9SB 3GDQA 5AQGA 4BC5A 2CGKA 1HJOA 3F9MA 4CBUA 3VF6A 4FPAA 2CH6A 4BRQA 4IJAA 3ZEUB 1RGIA 3FE1A 3MDQA 4FPBA 3GE1A 3U4LA 5AQMA 3JS6A 3CJBA 3WEEA 3VGMA 1KAXA 1YVNA 3EO3A 2FLOA 3EL2A 4BQLA 4B1VA 5CE3A 2E1YA 2E2QA 5BRHA 1Z05A 3KVGA 4BREA 3HZ6A 5AQZA 1K8KA 1GLBG 2QWQA 1NGBA 1BO5O 4H0TB 1GLLO 4I6MA 1HKBA 4PKGA 2FSKA 1YUWA 4PKIA 4H5RA 3MN5A 4A61A 1P8ZA 5B8HA 1QQOA 3VESA 4AM7A 2Q36A 1NGHA 4PKHA 5BPNA 4CD1A 3FR0A 2IIRA 2P9IB 5FPMA 2GELA 2GUPA 4DB3A 3UKUA 1MWMA 1ATNA 3LM2A 4B1UB 4F9OA 2QXLA 3R6MA 3UE5A 1U2VA 5TKYA 2QWNA 3BP8A 5EOYA 4B1XB 1GLEG 1GLCG 2A6AA 4CZLA 4EHUA 3WXLA 2IVOA 3VF4A 3A8YA 5AQNA 1JCFA 4BRHA 2W40A 1TUUA 1TUYA 4H5NA 2V7ZA 4EIAA 5EXWA 4XH1A 4JAXA 3BUZB 1BDGA 4BQZA 1SZ2A 1QQNA 4ISEA 1T6DA 1BWFO 4WQ5A 3FZHA 2YHWA 4CBXA 3GL1A 4FWPA 1T6CA 3VETA 2PBDA 1T44A 2F9TA 3RSEB 5AQRA 4A62A 5LJWA 1NGIA 2FF6A 3A5LC 1TYQA 2P9SA 5BPMA 3LDQA 5KPZA 1EQYA 5AQHA 2AP1A 4M7YA 3TU5A 3ZEUA 3ZX0A 3QBWA 3QFUA 3L6QA 1KAZA 4FWSA 2P9LB 4BRAA 4RWTA 2DPNA 2GTDA 4L3QA 3MN7A 4CZMA 5I9EB 4BGBA 5E84A 1NGJA 3VPZA 3ZX3A 1C0GA 3OHRA 1G99A 2CGLA 4FWMA 4CZGA 5ELZA 1CZAN 3FZFA 4BG8A 2YI1A 3SMSA 4ISFA 2GEMA 5BRDA 5AQOA 1BG3A 5AZIB 2V7YA 4DHYA 4BR2A 5AQKA 4BRLA 3DXKB 1HKGA 5AQLA 3H1VX 2P9IA 3O5BA 2QWOA 5KQDA 4IWVA 2BTFA 3H3NO 1BOTO 3CERA 4K25A 5AQXA 2YJEA 3ATVA 2P9NA 5AQTA 4HTLA 2Q31A 1RFQA 4WQ4A 5AQIA 4QS8A 2F9WA 2HF3A 3R9PA 4CZFA 4BRFA 3B8AX 5JMVA 2E2OA 3A5MC 4BC2A 5AQUA 3FFKB 1SAZA 5AQSA 2H3GX 4H0VB 4PL8A 4H0XB 3RSEA 5KQ8A 2AA4A 4QS9A 2VYPA 1GLFO 1WOQA 1XQSC 1BA1A 3QB0A 4BROA 5F1XA 2QW9A 1YAGA 3H46O 5FPEA 4JHDB 2A40A 5AZJA 3O08A 4YDUA 1ATRA 2E88A 1NGGA 3L4IA 4RCHA 3QMLA 4K42A 4BRGA 4BRPA 2E2PA 3VEXA 2P9LA 3VEVA 3BF3A 5LJVA 4QS7A 4CZJA 1NGFA 5AQFA 2QWPA 4A2AA 2GWJA 3HI0A 3ULEB 1X9JA 5ADXA 3VEWA 4BR4A 4BG9A 2YHXA 1NMDA 4H5WA 1IG8A 3KZBA 3MCPA 4IZ9A 5AZIA 1SQKA 4XH4A 4BGAA 2ZWHA 4JN4A 3VOVA 2Q1NA 4IJNA 5AQWA 3FZLA 3DXKA 4O5FA 3ID8A 3EN9A 5KPTA 5FPNA 3I33A 3MMVA 4CJ7A 3D2FA 3BF1A 1H1VA 3TPQA 4M63C 5BN9A 3DJCA 2A41A 1NBWA 5F2RA 4H5VA 1E4FT 3CJ7A 4FWQA 4IO8A 3S41A 1RDWX 3HM8A 2IVNA 2A5XA 4BRDA 2E2NA 2Q0RA 3O1BA 4XEIA 3U9DA 2D4WA 2P9KB 3LL3A 4FOEA 4JD2B 5AQVA 2D0PA 3O8MA 4KBOA 3CJ1A 2NRHA 3WQTA 1HKCA 3H3OB 4RTFD 4J8FA 4HWIA 3BEXA 3CHWA 4WYBA 1HX1A 1XC3A 1QZ5A 5EY4A 4PL7A 1MWKA 3WEEB 3AY9A 1HLUA 3D2EB 2HMPA 3QFPA 3HTVA 3CIPA 3UKRB 3IUCA 4XH5A 3GOIA 2QM1A 3QDKA 2QWRA 1QHAA 2ZGYA 3GG4A 4IXCA 4C23A 5E26A 3C0BA 4M7XA 4MLHA 1V4TA 3AAQA 2ZGZA 3ENOA 3CI5A 3LDPA 3A0IX 4CZEA 5JLHA 1WUAA 1BA0A 3UB5A 3EZWA 4BR9A 3HSCA 4MO4A 2CH5A 3O80A 3QBXA 2WUSA 4EFHA 3IFRA 3C7NB 3ULEA 3WXIA 5FPDA 1ZXOA 1U2VB 3A5NC 5AQJA 3LDNA 3CQYA 5AQQA 2BUPA 3DAWA 5BRFA 1KAYA 2P9PB 3SLCA 2ASOA 4BRKA 4WQ4C 5F0XA 5BPLA 1JCGA 5JLFA 3CJAA 3ATUA 4Z94A 5EX5A 2I7PA 3H45C 2YHYA 3VGKA 3DXMB 1U6ZA 5BR9A 1Y64A 3VF2A 1BUPA 2P9UB 4H0PA 4BRMA 4E1JA 5AFUA 3WXJA 1GLJO 2HF4A 5KPRA 2KHOA 4FWRA 1NLVA 4GNIA 2P9KA 3MK6A 3J8AA 2UYTA 2YJFA 4JD2A 2OANA 1OKJA 1MA9B 2ASPA 3H1QA 3SMPA 4YDUC 4BC3A 3JXUA 3FZMA 1NWKA 1E4GT 1S22A 3ZETB 4FWKA 3DWLA 3D2EA 4CD3A 3M3ZA 3UKRA 4Y0WA 2Q0UA 1HUXA 2QWLA 3O6WA 4MO5A 5AQPA 1HPMA 1QQMA 3H6EA 4FWLA 4NB4A 1NGDA 4H5TA 3U9ZA 3D7EO 1S3XA 3IMXA 1R59O 1IJJA 1V4SA 4A2BA 1GLAG 1X3MA 3VEOA 4H03B 1DKGD 3CQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLKA 3CCEN 3AO2A 4GY2B 5HRNA 1BI4B 2V51B 3KWIA 2VQFK 2HHUA 2GBZA 4DU1A 4LH4A 3MN9A 4JNEA 3SQ4A 2AJQA 4B8AB 4CEQA 4WE1A 4Y1CA 3OBWA 3PIOL 1J6ZA 3VQ6A 3VQCA 4B1ZA 2W42A 5EVZA 1ZC6A 1D4XA 1EXQA 3QNNA 3L2QA 4LF8K 5A2QO 4FJ5A 3EE9A 3P4IA 2F96A 3HK2A 3M8QA 1IKYA 3QINA 4W5NA 1B92A 1RDCA 3I8BA 5AQYA 4B1YB 3GBTA 4CF9A 4O44A 1XUPO 2NRRA 1HR0K 1NGEA 4JKHA 1SV5A 3RMBA 1ESVA 4OJRA 3OYJA 5C2FA 3MWPA 1K8KB 2J4RA 1VQ6N 3F2KA 4E7IA 1SUQA 3SBGA 1ATSA 3DOKA 2OTLN 4OPHA 3HPOA 2ZF5O 5M1QA 3V1QA 1QSLA 1XNQK 3OYFA 1JLGA 4ISGA 1Q18A 4LC9B 4PUOA 2FSNA 1HJRA 2E1ZA 2IVPA 2BDPA 1DTTA 2A3ZA 4K43A 4BR5A 4FO0A 1WSGA 1WLJA 2BE2A 1N36K 3T1AA 1IKVA 4FW2A 2UXBK 3KIOA 1KXPA 2YNHA 4CZKA 1YJNN 1TK5A 1JLQA 3LAMA 4ZHRA 3FZKA 1XMQK 3AVMA 4NXMK 1X3NA 4B9NA 3NVMA 4CZHA 4MDBA 4NCGA 3EKSA 3HBTA 4H0YB 3VQDA 3WQUA 3ZX2A 2PAVA 1A5WA 2Z1JA 3DRPA 4OKKA 3P5JA 3KHYA 1Z26A 2RHKA 1EWQA 1KC8O 3M1FA 3VENA 1TYQB 2P9SB 5AQGA 3THYA 5DM6L 4X62K 4CBUA 4KHNA 4BRQA 3V9UA 1ZBIA 4KB1A 1RGIA 3PSFA 2O8BA 3I0SA 3MCAB 4LFBK 2IC3A 4E19A 3CJBA 3EO3A 3DLEA 3EL2A 4EZ6A 4DTJA 4JI4K 1Z05A 3AVKA 3KVGA 3OYDA 3AVGA 5AQZA 1NGBA 1RTIA 4HUFA 4I6MA 4WCEL 1DT9A 3CXCM 1Q9YA 3CMEN 5B8HA 3G6EN 1QQOA 2GUPA 4DV1K 1LW0A 3E9OA 3LM2A 3DYAA 4U67L 1LAVA 1GLCG 2A6AA 3N4PA 4JKFA 2NRVA 1VSLA 4GMJB 3VF4A 1JCFA 4BRHA 2W40A 1TUYA 2V7ZA 5EXWA 3V9ZA 3HJFA 4FLYA 1OH8A 3BUZB 1BDGA 4BQZA 1SZ2A 1KQSM 4OPJA 4LF5K 2YHWA 3AVBA 4CBXA 3DM2A 3GL1A 1T44A 2R7YA 5C2DA 3RSEB 1YITN 1QVFM 4A62A 1X1PA 2HHVA 3TAGA 4K8XA 5BPMA 1JKHA 5KPZA 1EQYA 1QSYA 2AP1A 5KRSA 4M7YA 1T03A 4F2RA 3QIOA 3PLAA 1NK6A 2G8WA 3AO3A 3PO5A 3H08A 3QFUA 3OJSA 1LWFA 2HBJA 1VQPN 5KRTA 2GTDA 3KD5E 5FLXO 4DSLA 2D0BA 3AO4A 3J80O 4H4OA 4NCAA 1NMNA 2YI1A 5BRDA 5AQOA 1BG3A 2V7YA 4W5RA 2O8DA 3T3FA 4BRLA 4WF9L 3KTQA 5IT9O 2HNYA 4DQPA 1IG9A 2HHTA 2QWOA 4IWVA 4KRFA 3NH2A 3H3NO 2HNDA 3CERA 5DM7L 3HVTA 4CJQA 4W5OA 1XNRK 2E5LK 4HTLA 2Y1IA 3SPZA 4CHYA 3MXMA 1EP4A 2F9WA 2HF3A 2VG6A 5J1EA 3HOSA 4BRFA 1SKRA 1QS4A 4B3RK 2ZJRL 5AQSA 2H3GX 1T7PA 1QQCA 4ELTA 1XQSC 3UIQA 4FZXC 1HNVA 5F1XA 3SUPA 2QW9A 1YAGA 3H46O 4HCCA 5FPEA 5AZJA 2KKZA 2O4IA 1L3SA 3L4IA 3QNOA 1X9WA 4C8LA 1J53A 3TABA 2OPRA 1OH5A 1G15A 1VAZA 2P9LA 2QXFA 3VEVA 1VQ9N 4BACA 1HQEA 4QS7A 4CZJA 2NRWA 1IBMK 4GVEA 4BWMA 3ULEB 3HI0A 1NK8A 3Q7CA 4AHCA 1REVA 3VEWA 2D0CA 4H5WA 1SQKA 4XH4A 2ITGA 4BGAA 4JN4A 3VOVA 3OJUA 1KVAA 1ITGA 4JS5A 4JK8A 3LPUA 5FROA 3MMVA 1O13A 4C1NK 4IOAL 3BF1A 4IBNA 4M63C 4FVMA 1BIZA 4CJKA 3OBYA 3AVAA 1XHXA 3HM8A 1OH6A 2E2NA 3P38A 3JYTA 3U9DA 2P9KB 4DQRA 3BZKA 4FOEA 3TAQA 3VQEA 3O8MA 1ASWA 2BANA 4KBOA 4WFAL 3ISNC 3O4NA 2EHGA 2O8BB 4E7JA 1TK8A 4CIFA 3DMJA 1KTQA 4FJ7A 3AY9A 3MEGA 1B9DA 3CIPA 4XH5A 4LF7K 3TAEA 3SJJA 3GOIA 2QM1A 1SL0A 2PYLA 3THVA 2ZGYA 1VRTA 3CCLN 4C23A 3C0BA 4MLHA 5J2QA 1V4TA 3LDPA 4X64K 4ELVA 2ZD1A 4DV3K 4FJGA 4CZEA 1WUAA 3UB5A 4BR9A 1IH7A 3HSCA 1ZBFA 4DTXA 5SZTA 4JK9A 2WUSA 3WXIA 1ZXOA 3A5NC 3EZ5A 4JLHA 3PUFA 1Q81O 2YHBA 4B3TK 2BGGA 4WQ4C 3ZSZA 4BE1A 3BZCA 3SV4A 1S1UA 3CJAA 3ATUA 1ASUA 2I7PA 3H45C 3VGKA 3DXMB 5CYMA 4FLWA 4BRMA 1NJYA 3NCIA 3VA3A 1RBTA 3P31A 3C6UA 3RVCA 2QI2A 4JKGB 3CCMN 4CEOA 4I2PA 4YOXA 1U4BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CJP A;  1NK0 A;  5BRF A;  1KAY A;  3DLH A;  2KQ2 A;  2ASO A;  3ID6 A;  4Z4F A;  5F0X A;  3AVH A;  2JWL A;  3SAG A;  3V9W A;  2YKN A;  4Z94 A;  2Z1H A;  1IV0 A;  5EX5 A;  3MAQ A;  4DSK A;  1GOA A;  3LPT A;  4DMN A;  1U6Z A;  4X65 K;  2P9U B;  3OYE A;  4E1J A;  5AFU A;  3JSM A;  5J2N A;  1GLJ O;  1FKP A;  2HF4 A;  5KPR A;  4F8R A;  2KHO A;  3L3U A;  3KLE A;  4NLC A;  4CJS A;  2VG5 A;  1NLV A;  2F8T A;  4GNI A;  4WFN L;  2UYT A;  3VQ4 A;  4FM1 A;  1LV5 A;  4AHS A;  3THW B;  2OAN A;  2ZJQ L;  1MA9 B;  1TKX A;  4BC3 A;  1NJW A;  3JXU A;  3AGK A;  3C6H A;  1EWR A;  4JV5 K;  4CED A;  4M3Y A;  3O9T A;  2G8H A;  1MU2 A;  3D2E A;  3M3Z A;  4Y0W A;  2KW4 A;  1HUX A;  2QWL A;  5AQP A;  2JWK A;  5C12 A;  1NJI O;  4NB4 A;  5M1N A;  5HL7 L;  2ATQ A;  4H5T A;  1CXU A;  3U9Z A;  5GIP A;  3IMX A;  4DR4 K;  4O8U A;  2Z1I A;  2HHS A;  1X3M A;  4CFC A;  3O9Q A;  4H03 B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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