2E20A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a)
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate Kinase
publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 136
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A02
3HI0A 2FSJA 3LDNA 2FSNA 4FL9A 2CH6A 4BC5A 4C23A 1GLDG 1WOQA 3VEWA 1TYQB 5BPNA 1LCUA 5AR0A 1TUYA 1KAZA 4CZKA 1NGCA 3VEOA 5EX5A 3FZLA 2UYTA 3ATVA 3VERA 5I9EB 1SZ2A 1YXQA 2PBDA 4FSVA 4I6MA 4WQ4C 4FPAA 3LDOA 1P8ZA 1BA1A 2OANA 2P9IB 2HF3A 5BREA 3DAWA 4IXCA 4CZMA 4BQZA 2Q0UA 4ISGA 3SJHA 1TUUA 1QQOA 4WYBA 5BRHA 4JAXA 5ADXA 1H1VA 4BRLA 3IDHA 4QS9A 3L4IA 5F2RA 5LJVA 3O6WA 3LDLA 3QFPA 4JHDA 1LOTB 3MK6A 5KPZA 1BU6O 4BRAA 1C0FA 5BR9A 1HLUA 3MN5A 3WEEA 2E88A 1Z05A 3QB0A 3LDQA 1GLEG 5FPDA 1ATSA 3CJAA 3VPZA 4B1UB 1HKGA 1R59O 3UKRA 1ESVA 3CQXA 4CJ7A 3H46O 2P9UB 1KAYA 4PKIA 3EN9A 2P9PB 3I8BA 4BRQA 2ZGZA 3U4LA 1DEJA 4BR9A 4BC4A 4CD3A 4H0YB 5KQDA 1NWKA 1NGGA 4EAHD 3O08A 5LY3A 3LDPA 4K43A 3S41A 3CQYA 4KBOA 5ADXH 1NGFA 4BRIA 3DJCA 1S22A 2I7PA 2YI1A 5AQSA 3DWLA 2QWRA 4H0VB 4GNIA 3VESA 2ASPA 3KZBA 3A8YA 4BG9A 4CD1A 3C7NA 1NBWA 2AA4A 3CJCA 1XUPO 2F9WA 3D2EA 3U8XA 2Q2RA 4H03B 5JLFA 1D4XA 3FZHA 1Y64A 2P9NB 1QZ6A 4MO4A 2IVPA 1QZ5A 1QQMA 2GWKA 5EVZA 4BRMA 1HPMA 4FOIA 4NB4A 5AQFA 3TPQA 1K8KA 4BRPA 3CJ7A 5AQHA 2QWOA 4CBUA 3QICA 2CGLA 4WQ5A 3VEVA 3EO3A 2V51B 3FLCO 1NGEA 3FZMA 1NGBA 4BREA 5E26A 2YHWA 2HOEA 3H3OB 3M3ZA 3CIPA 4HTLA 3ZEUA 1GLLO 4ISEA 4AM6A 5AZIA 3LL3A 3ULEB 1YVNA 4H0PA 3FR0A 4J8FA 4FO0A 3SMPA 1NMDA 3ZETB 4BR5A 4BQLA 4JD2A 3HBTA 3R8EA 2A40A 4H5RA 5AZJA 1SAZA 4B1ZA 4JN4A 5AQTA 4CZLA 4BR2A 2A5XA 5AQNA 2WUSA 4MO5A 4CZHA 2E2NA 3M1FA 3O4WA 4FPBA 5AQYA 4CZFA 2ASOA 1GLAG 2A42A 4JNEA 1MWKA 3IFRA 3JXUA 3ATUA 1V4SA 3EL2A 4BVOA 4EFHA 3WXLA 2HMPA 3DXKB 4RCHA 5B8HA 3SLCA 4EHTA 1TYQA 5EOYA 2YHYA 2EWSA 4BROA 4WQ4A 4CZJA 3D7EO 3O80A 4FWKA 1RGIA 4A61A 5AQGA 3VGLA 5AQPA 1DGKN 1QQNA 2AP1A 5FPNA 1BUPA 1XC3A 1KAXA 4B9QA 4XH5A 4LC9B 5ELZA 2Q1NA 3D2FB 3C0BA 3BP8A 3F9MA 3ID8A 2PAVA 5AQQA 2D4WA 2Q36A 4CZGA 3H45C 4B1VA 4FWRA 1ZC6A 3EZWA 3FZKA 4CZIA 3ZX3A 5AQZA 5F0XA 2BUPA 2A3ZA 3H3NO 2CH5A 5FPEA 1X9JA 3CHWA 3CJBA 5CE3A 3L6QA 4FWOA 4BC3A 1YAGA 4YDUA 2FLOA 5AQRA 4RWTA 2QM1A 1ZXOA 2D1KA 4CI6A 4HWIA 5AQKA 2ZF5O 5KPRA 3RSEB 3WEEB 2P9SB 3HM8A 1MDUB 5JLHA 2I7NA 3R9PA 2W40A 3J8AA 4BRKA 3VETA 3BEXA 5F1XA 1MA9B 3UKRB 4EIAA 5KQ8A 4MLHA 2E1YA 4Z94A 4K41A 3QBXA 1BWFO 3BUZB 4FWSA 4IWVA 4BR4A 2FF6A 5AQWA 4IO8A 4BG8A 3FFKB 4EHUA 1E4GT 5BN9A 5EXWA 1V4TA 3HZ6A 3OHRA 4CZEA 1SQKA 1X3MA 1ZBSA 3SMSA 2J4RA 3C7NB 1DKGD 3GL1A 2P9LA 5JICA 5AQJA 4FWQA 1U6ZA 1BG3A 3EKSA 2QW9A 2GUPA 4A62A 1KXPA 3AARA 2V52B 1NGAA 4FWMA 2ITMA 5AQUA 4PKHA 4DCHA 3U9DA 2P9KB 1NGIA 2IVOA 2H3GX 4H0OA 3CJ9A 2NRHA 4IJAA 2D0OA 2IIRA 4B1YB 5KPTA 3VF2A 1Z6RA 3ULEA 2IVNA 3KHYA 5BN8A 4E1JA 3QBWA 3UKUB 3WT0A 3ZETA 5LJWA 3BF1A 4GY2B 3CI5A 2GEMA 2E2QA 2QXLA 2BTFA 2VCPA 1JCGA 1CZAN 5AQMA 5FPMA 3VENA 3ZEUB 4H5TA 4MLEA 1HUXA 4B1WB 5AZIB 4F9OA 3WXIA 3WXJA 2VYPA 4BC2A 2ZGYA 3MN6A 3DXMB 3O1BA 1U2VB 1HKBA 2A6AA 5AZJB 3CJ1A 1HX1A 3VEXA 3ENOA 3H6EA 3QFUA 2DPNA 2FSKA 4K42A 1JCEA 2KHOA 1GLFO 4BRCA 2QWMA 3FGUA 1XQSC 1ATNA 1BOTO 5AQIA 3VF6A 3FZFA 4H0TB 2GELA 1BO5O 3H1QA 2NZTA 2VWBA 3B8AX 2P9IA 4BGAA 4FWNA 3D2FA 3M6GA 4BRNA 1C0GA 3A5OC 2GWJA 1E4FT 1ATRA 1IG8A 2QWQA 3O8MA 3P4IA 4O5FA 4PL8A 4I6MB 3KVGA 4IJNA 2Q97A 2W41A 1BA0A 3UB5A 5AQXA 3A5NC 1J6ZA 1Q18A 3LM2A 5AQOA 2QWLA 1NM1A 1MWMA 4H0XB 3GDQA 1WUAA 2YHXA 2CGKA 3SK3A 4DB3A 4BVPA 2YJFA 3W3DA 4JHDB 3WXKA 1NGDA 3QDKA 3GG4A 4BR7A 2QWPA 5BPLA 3ZX2A 4K25A 4DQ8A 2P9UA 4BRGA 4ISFA 2P9PA 3VEYA 3RSEA 1HJOA 3EKUA 3A0IX 2GTDA 2P9SA 3U9ZA 3MCPA 3H1VX 2HF4A 3GBTA 4AM7A 2E1ZA 3MN7A 3A5MC 1OKJA 3BF3A 4DHYA 3AAQA 4PKGA 4B1XB 4NO7A 4BRHA 3I33A 3MN9A 4L3QA 2E8AA 4BRDA 3VGKA 1YUWA 5AFUA 1X3NA 1RDWX 1GLJO 2F9TA 4YDUC 4FOEA 3ZX0A 3GOIA 4Y0WA 2E20A 2FXUA 2P9NA 2ZWHA 1HKCA 1G99A 3TU5A 1EQYA 3WUHA 2Q31A 1GLBG 2A41A 5AQLA 4CBWA 4XEIA 2FF3B 3FE1A 3A5LC 3D2EB 3IUCA 4PL7A 3LM9A 4A2BA 1T6CA 1NLVA 1IJJA 3L0QA 3HSCA 4M7XA 5BRFA 5E84A 4FWLA 5TKYA 1K8KB 1BDGA 2Q0RA 3UE5A 2P9KA 5AQVA 2CGJA 3O1WA 1JCFA 1NGHA 4QS7A 2P9LB 5AFUH 3CERA 3W0LA 3VEZA 3HTVA 2NLXA 4XH4A 2V7YA 4FWPA 3VGMA 4CBXA 4WQ5C 4XH1A 1S3XA 3UKUA 2D0PA 1GLCG 4IZ9A 3MMVA 2YCHA 4M7YA 4QS8A 3VF4A 3R6MA 4BGBA 5JMVA 1NGJA 2ASMA 1T6DA 3QMLA 4A2AA 3MDQA 4H5NA 4JD2B 3WQTA 4BRFA 3GE1A 3JS6A 4RTFD 3DXMA 3AAPA 3O5BA 4M63C 4BR0A 1U2VA 3CETA 2YJEA 5BPMA 1T44A 3DXKA 2QWNA 2E2PA 5BRDA 5EY4A 2E2OA 3WQUA 4H5WA 3VOVA 3ENHA 3AY9A 3IMXA 4O8KA 3G25A 4H5VA 2V7ZA 1QHAA 1RFQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1R0AA 4DG1A 4KH6A 3MXMA 3G71N 2ZE2A 3HPHA 3LDNA 1EWRA 4BC5A 5BPNA 2O4GA 3QEIA 1KAZA 1P90A 4YORA 5CZ2A 1JKHA 4CVNE 3VERA 3M8RA 1YXQA 3HP9A 4I6MA 2OPQA 4CFBA 2UUCK 3SPYA 1NK7A 3ISNC 4DS4A 3SYZA 2AJQA 3HM9A 4Y1DA 3L4QA 2Z1JA 2X74A 4ICLA 1IKVA 3L3VA 4CFAA 1KTQA 2Q0UA 4ISGA 5JVHL 1K73O 1QQOA 4WYBA 2ZQBA 1JXEA 4BRLA 4KTZA 3L4IA 4CJ5A 4BE0A 4DFJA 5LJVA 4AHUA 4EP4A 1OH7A 4CHQA 4DF4A 3ZSWA 2KZMA 1L3SA 2HBJA 4OO1J 1KD1O 1LW0A 4FJMA 4B1UB 4LF8K 4N5SA 4CJ7A 3O9SA 1VQ7N 4BC4A 4FW2A 4FLWA 1NWKA 4CEOA 3O08A 4BDPA 4DQPA 1GOAA 2BGGA 1LWEA 1VK0A 3S41A 2IAJA 4KBOA 4DV6K 1RT2A 1SL2A 3DJCA 4GV3A 1SL0A 4RW6A 4JRPA 1Q9XA 2ASPA 3KZBA 1NBWA 2F9WA 4LSNA 4KTQA 4H03B 4CEDA 4ZHRA 3AVCA 2GWKA 3L3UA 5EVZA 1HPMA 4DV4K 3NH1A 4NB4A 2F8TA 2QWOA 4F2RA 4CBUA 4WQ5A 3E1YA 1KFSA 3O3HA 4KHYA 2X6SA 4CJVA 1NGEA 3FZMA 1NGBA 3CYMA 2HOEA 2UXDK 3ASMA 3SQ2A 1J54A 3FFIA 4JK9A 4DSEA 4DSKA 3AVNA 4JLHA 3FR0A 4H4MA 1N33K 3QIPA 1NMDA 4BR5A 4PY5A 3DLGA 4ID1A 1Q82O 4JN4A 4C8MA 4Z4FA 3RMBA 1EKEA 3AO4A 3T7ZA 4MO5A 4CZHA 2F4VK 3CCVN 1I39A 2HNZA 2OZMA 2YNFA 4FZZA 5AQYA 4JNEA 1JLEA 3ENBA 3IFRA 4DR4K 1GOBA 3OBYA 4EFHA 4OGEA 1MU2A 2EWSA 4KREA 4JKGB 4DTXA 3CG7A 1DT9A 5E41A 3VGLA 1TAUA 3PIPL 1DGKN 4OPHA 1EWQA 3NHGA 1KAXA 4XH5A 4X66K 4KHWA 3D2FB 3ZLJA 5LMUK 4I9QA 3BP8A 2PAVA 1KLNA 1JLCA 2Q36A 3HVRA 4C8NA 3OYGA 3H45C 4B9SA 4B1VA 4FWRA 5T7BA 4DTPA 3ZT1A 1KQSM 5HL7L 3EZWA 3ZT0A 2YNIA 5F0XA 2Y1JA 1WLJA 5J2PA 3NGIA 3G10A 1W7AA 3CCLN 5CE3A 4FWOA 1U4BA 1YAGA 4YDUA 3K9KA 4CI6A 2D1KA 4NLCA 4HWIA 5AQKA 3KJVA 1FKOA 2P9SB 3HM8A 3ITHA 3VQ8A 1MDUB 2I7NA 3VETA 1OH5A 1GOCA 4ILHA 1Q7YO 3THYB 3LP2A 2NUBA 4CJ3A 3SCXA 4EIAA 4PUOA 3AO2A 3TTCA 1HMVA 3AA2A 4M3WA 3P5JA 3M8QA 3BUZB 1KCFA 4BG8A 1E4GT 1RDDA 4AF1A 1HRHA 5BN9A 3CMAN 2KKZA 1FK9A 2UU9K 3OHRA 4CZEA 4OPJA 1Z26A 1X3MA 4ILJA 2Z1HA 1Q9YA 2J4RA 3C7NB 1S1VA 4KI4A 5D3GA 1IKWA 4FWQA 2FC0A 2G8VA 4E7HA 3EKSA 2QW9A 2GUPA 2VQEK 1KXPA 3NF7A 2ITMA 3EYZA 3IKMA 4C8KA 4M3XA 1VRUA 1NK0A 3U9DA 1YT3A 3SPZA 1BISA 2XY7A 4DTUA 4H0OA 4E89A 4FLTA 4FK2A 3CC7N 2NRHA 2D0OA 3AVIA 3SV4A 3KHYA 3B6OA 5M1QA 4Q5VA 3QBWA 2HW3A 3BF1A 4GY2B 3CI5A 2QKBA 2BTFA 1CZAN 3K58A 4B3MK 4H5TA 2JGUA 2R7YA 2ZM6K 3WXIA 3NH0A 3WXJA 5I42A 3CPWM 2ZGYA 3TABA 3DXMB 1TKDA 1XNRK 1T3VA 4DQQA 1U2VB 1HKBA 3VEXA 2VG5A 3B6PA 4FJ5A 4NCAA 3QNOA 3THVA 4DV2K 4K42A 4IDHA 4B3SK 1XWLA 1ATNA 1HQEA 4CHOA 2XRIA 4H0TB 4B3TK 1BO5O 1WSGA 2P5GA 2NZTA 2VWBA 1O13A 3B8AX 3QIOA 4N56A 4DSFA 4KAZA 4KHPK 4KV8A 4BRNA 1VAZA 3O8MA 3P4IA 2OCEA 1KFDA 3DLRA 4PL8A 2G8HA 2QI2A 1J5OA 2DFEA 1WSHA 3T1YK 4KHSA 3A5NC 1J6ZA 3HJFA 2QWLA 3ZSZA 4JI4K 3MCAB 2KFZA 3NH2A 1MWMA 4H0XB 4QAGA 4JI0K 1WUAA 2ZJPL 3DLBA 4FK0A 2YJFA 3W3DA 3WNGA 4JHDB 3KK1A 1UOCA 3RMAA 3T1AA 3L2RA 3DLLL 5HRPA 2NRZA 2X78A 4BRGA 4KFBA 3EKUA 2E6MA 4BDYA 4H8KA 4O55A 2HHHK 1OKJA 3NGYA 1NMNA 1YUWA 1RT5A 3GOIA 2E20A 4DV7K 4NXNK 3PUFA 4X64K 5AQLA 5KRSA 3FE1A 5H1SQ 3C6UA 1NK6A 3A5LC 3OVNA 3D2EB 2ZJRL 2OZSA 1NLVA 4F4KA 4YY3K 3PIOL 3QEXA 4E19A 3CCRN 3L0QA 3HSCA 3OS0A 4LF4K 3LZIA 5TKYA 4FCYA 3TSPA 1K8KB 5C2FA 4E3SA 1LW2A 2P9KA 1RNHA 1VSDA 3OYHA 5AQVA 4JYAK 1JCFA 1WAJA 5AFUH 3HL8A 5CR4A 3VEZA 3AVHA 3W0LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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