2E4LA

Thermodynamic and structural analysis of thermolabile rnase hi from shewanella oneidensis mr-1
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
LKLIHIFTDGSCLGNPGPGGYGIVMNYKGHTKEMSDGFSLTTNNRMELLAPIVALEALKEPCKIILTSDSQYMRQGIMTWIHGWKKKGWMTSNRTPVKNVDLWKRLDKAAQLHQIDWRWVKGHAGHAENERCDQLARAAAEANPTQIDTGYQAES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Structural, thermodynamic, and mutational analyses of a psychrotrophic RNase HI.
pubmed doi rcsb
source organism Shewanella oneidensis
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2e4lA00
3QESA 2FC0A 1EXQA 1QSSA 4FJMA 4CHPA 1JLAA 4B9TA 3D45A 1XI1A 1U49A 2OZSA 4DG1A 4DSLA 1TKZA 3EYZA 4M42A 4KTQA 2IAJA 1WNSA 4DF4A 3F9KA 3O3GA 4DQRA 1ASWA 3MEEA 3VA3A 2VWKA 4B9UA 1VSIA 1B9DA 2VG6A 3KKSA 4OVLA 4C8MA 4CHNA 5HRNA 2ETJA 3NGZA 4O55A 3TAMA 3AA3A 4IG3A 1O1WA 2X6SA 3KD1E 1CLQA 1L3VA 4AHUA 4CEDA 4ZTJA 2E4LA 4KPYA 3AVJA 4CJRA 4FLXA 3K57A 3HVTA 4CGDA 1JXBA 3CM5A 1YTAA 4ID1A 4HVJA 4FXDA 1EETA 1GOCA 2IC3A 5KRTA 3LP2A 3SI6A 1X9MA 2HHVA 3BGRA 4CF0A 3NHGA 4CGHA 2HHWA 1LW2A 1D9FA 1DLOA 1RBUA 4OPJA 4DQQA 3SUPA 2DTUA 3ZSZA 2XY8A 3AO5A 4BWJA 2PYJA 4DQSA 1JLGA 4DWIA 4HHTA 4FZYA 3THVA 2ATQA 2DFEA 3CQ8A 3RMDA 1UWBA 4CJWA 3QNOA 4JS4A 4HCCA 2HMIA 3TAEA 2O4IA 2HVHA 4FJHA 1HYSA 4CJFA 2RPIA 4Z0UA 1JLEA 2OPQA 4F8RA 1BQMA 5CZ2A 3K5MA 2G8IA 4CFDA 5J2QA 4L8RB 3WNEA 1JLFA 1KVAA 4DMNA 4O5BA 1SKWA 4FK0A 4KTWA 1YT3A 3VQ7A 4OGEA 1RT6A 2HNYA 3U3GA 5I42A 4FJGA 4M3TA 3AVAA 3TR8A 2F8SA 2KTQA 5HROA 4BDPA 1TAUA 3RRHA 3AVKA 1S1WA 3OS1A 4BWMA 4Q0BA 2OPSA 3V1RA 4LSLA 4GW6A 3M8SA 3S3NA 4DQPA 2KFZA 4DU4A 3OVNA 3OYMA 3L2QA 2OA8A 4F4KA 4O4GA 4KHWA 1JL2A 1WN7A 4CEBA 1X9SA 5DMRA 3P1GA 3RTVA 3NH0A 3AVMA 3DYAA 2DY4A 1ZBFA 4N76A 3DLBA 2Z1JA 4RG8A 3DMJA 3QINA 2VWJA 3CFPA 1SUQA 4ZHRA 1ZBIA 1RT3A 3OJSA 1WAFA 3DI6A 4DQIA 1F21A 3OYNA 3JSMA 1LWEA 3NGIA 1S1UA 4E0DA 2QK9A 3C95A 2A1RA 3NGYA 5SWMA 4CGFA 3O4QA 4DFPA 1UOCA 2HNZA 4K8XA 1TL1A 4DF8A 3BDPA 3IRXA 1NJZA 1X1PA 3KK3A 1BI4A 4HCBA 3NH1A 3HVRA 1S9GA 1WSFA 2WOMA 3PX6A 4JRQA 4CK3A 4OGCA 1Z26A 1U45A 4ICLA 1ZYQA 1TK0A 1RDCA 3NF6A 1WSIA 3DRRA 2OPPA 5T7BA 5HRRA 4LH5A 3AVGA 3MEGA 2BE2A 1NK8A 3O3FA 3HPOA 4QAGA 4HUEA 1T05A 4FYDA 1RTIA 1XWLA 3OYFA 2EX3A 2Q3SA 3ITHA 4I9LA 4KI4A 4FCYA 4DTRA 3LP1A 3K58A 1DTTA 4FJLA 4C8OA 3SV4A 3SNNA 1GOBA 2YV0X 3OYJA 5CZ1A 4EZ6A 4BE0A 4IBNA 4AH9A 4FLUA 3SQ1A 1BIZA 4CERA 2X74A 4MFBA 3MEDA 4B9MA 1A5VA 4CEEA 1UA1A 1G15A 1BCMA 1C0UA 4OLAA 2DFFA 4DSKA 1ZBHA 4KB0A 3OYCA 3OYKA 3WNGA 1ITGA 1IKWA 3LPUA 3V1OA 4W5NA 4O0JA 3RR8A 4Z4GA 1T7PA 4DSEA 3ZSYA 1WSHA 3FFIA 1BHLA 3VQBA 1RILA 3ZSWA 1BCOA 1JXEA 3HT3A 4CJUA 4M45A 3L2WA 4Z4FA 4PY5A 3VQ5A 1U48A 3A2FA 3ZT0A 3QLHA 4OKJA 3JYTA 3LP3A 3HK2A 1EP4A 4M3XA 4FM1A 1MU2A 1SL1A 4N56A 2FBTA 2E6MA 1S5JA 3NAEA 4AILC 3VQPA 3U6FA 2YHAA 3KIOA 4HUFA 3OYAA 3SUNA 1VRTA 5JS1A 4AHCA 1XHZA 4FJNA 3ZSQA 1VSDA 3ZCMA 4CGGA 3NH2A 2XY6A 1WSJA 2FBXA 4CEOA 4FVMA 2OYQA 4DTSA 4QOZB 1KSPA 1S9EA 3LWLA 4OKEA 3L2RA 3TWHA 1N5YA 4RW9A 3PX4A 5K14A 3ZT4A 3TABA 1UA0A 1LV5A 4KB1A 4KFBA 5KGWA 1C1CA 3L3VA 4J2EA 3RRGA 3ZT2A 4FW2A 1CXUA 5HRPA 3QEIA 1KLNA 2G8UA 4IFVA 4CFCA 1QSYA 1TKDA 2I5JA 1HJRA 1I3AA 3VQ9A 2G8WA 4DSIA 4CJQA 2HHUA 4W5OA 1HYZA 1YVUA 4CFAA 3TI0A 1JKHA 3L8BA 4BE2A 1RDAA 1VSEA 5HP1A 2F8TA 1NK4A 4E89A 3G10A 3LDSA 3LZJA 3HL8A 4EP5A 2XY7A 3SPYA 4M3RA 2XY5A 1SL2A 4C8KA 3K2PA 5SZTA 2NUBA 1EX4A 1ZBUA 1RBTA 1VSFA 3DLKA 4KV8A 4CHZA 2FBVA 3OYDA 1NK6A 1KVBA 4J2BA 1KFDA 4F2SA 4N41A 1LW0A 4KO0A 4CJKA 1NKEA 3L2VA 2Y1IA 1KRPA 1TV6A 2E6LA 1RTJA 2EHGA 3QO9A 4FJKA 2X6NA 1UAXA 4CJSA 4E7IA 1QS4A 3CFRA 4QCLA 2YKMA 4EP4A 4FLVA 4ELTA 3VQAA 4BDYA 4I7FA 1WLJA 4CJTA 1S6PA 3HJFA 1JLBA 3DOKA 3KLIA 4CEAA 3V9SA 3K5LA 1ZBLA 1SL0A 4I2PA 4DFJA 3IAYA 4M3UA 4Q5VA 3QEVA 3HPHA 3WNHA 3DM2A 2RN2A 3IS9A 4CJLA 1RDBA 1L5UA 4CEZA 1NKBA 3L3UA 3OS0A 3QNNA 3SUQA 1L3TA 3DRPA 3WNFA 1RBRA 3LPTA 1QTMA 1NK7A 1TL3A 4AHSA 1J54A 3AVHA 4KHNA 3NBPA 3TAQA 4Z4EA 4PQUA 4E1NA 3KLHA 4FM0A 2PY5A 4J2DA 1WSGA 1WSEA 3B6OA 3D0PA 2HW3A 3VA0A 3TARA 1REVA 3PY8A 4IKFA 2IGIA 4NCGA 3VQDA 4E7JA 4O44A 3OJUA 1RT5A 1JL1A 4RW7A 4R5PA 3MXIA 4KHQA 1Q8IA 4J2AA 3OS2A 4KKOA 4PWDA 3C6UA 5J2PA 3SQ2A 4Y1DA 3CM6A 3KLFA 1FKPA 3NF7A 4CK2A 3OYHA 2YNFA 2G8FA 1HPZA 1KLMA 4CIGA 1VSJA 1WAJA 4UQGA 4CEFA 2HVIA 4W5QA 1T03A 4DSFA 1A5XA 4LSNA 3KK1A 3ZT3A 1C6VA 1NK9A 4CJPA 1IH7A 2XRIA 3C6TA 3NFAA 1KFSA 5FRMA 5C25A 5I3UA 3VQ4A 3AVLA 3QETA 3AO4A 3SJJA 3QIOA 4CEQA 3H08A 2D0BA 1RNHA 2BDPA 2WONA 4OLBA 1LWCA 4H4OA 2P5GA 1RTDA 3I0RA 5FROA 4FLWA 4KTZA 3SQ0A 1BGXT 4HUGA 4G1QA 2QKBA 4CJEA 4F3TA 2RF2A 3VN5A 3K5NA 3T3FA 4FJXA 1ASVA 1S1XA 1J9AA 2QXFA 3PO4A 2PYLA 3DRSA 1TK8A 4I2QA 4AHTA 4KRFA 4F3OA 3V4IA 3AA5X 4FZXC 3PV8A 4FJ7A 2O4GA 4Z4IA 2KZMA 4LD0A 1D8YA 4CFBA 4DS4A 1FKOA 2VG7A 3L2UA 5FRNA 3ZSOA 4E7LA 3HXMA 1U47A 1BQNA 1RDDA 4FJ5A 2GBZA 3LWMA 3OYLA 1R0AA 5J1EA 2A1SA 4K8ZA 4W5TA 2XO7A 4CESA 2QKKA 3M8QA 4CJ5A 1LWFA 3KTQA 5KI6A 1TVRA 4Z4HA 4IG0A 4N47A 5KTQA 4O0IA 3SPZA 4F2RA 1HNIA 4AHRA 3AVBA 4CHYA 1SKSA 2G8VA 4FZZA 4BDZA 3CG7A 1GOAA 3QEXA 4CK1A 1BL3A 4DU1A 4E19A 4GMJB 1W0HA 1U04A 4ELVA 4MQ3A 1KVCA 2P5OA 4KAZA 4I9QA 1JLQA 1VK0A 4CHQA 1Z25A 4W5RA 1T8EA 1C1BA 1LAWA 3ZSRA 3DLGA 1HNVA 2YHBA 4RW4A 2D5RA 4CF8A 3AVCA 3KLEA 3QEWA 4EZ9A 3LALA 3OYBA 1Q9YA 4M3WA 1YTUA 2HNDA 4Y1CA 3V81A 5CYQA 3U3YA 3AA4A 3SQ4A 4CF9A 4FJ9A 4NCBA 2BGGA 2HHSA 4E7HA 3S9HA 4Z4CA 1IG9A 1NOZA 5DK5A 3K5OA 4BACA 3LAMA 1DTQA 1RBVA 3EY1A 1NOYA 3LP0A 3NCIA 3AO2A 3LAKA 4CIFA 4JLHA 2LSNA 5HBMA 3SCXA 1BISA 1TK5A 2W42A 2FBYA 1RCHA 3C94A 1N6QA 4FK2A 4FK4A 1TKXA 4DU3A 4DTPA 2R7YA 2P51A 4KI6A 1FK9A 4LH4A 4DTJA 3B6PA 3SYZA 1U4BA 4NCAA 1VSHA 2VG5A 4B8CA 3V9XA 3CYMA 4FJ8A 1X9WA 3HP9A 1L3SA 4KHUA 3G0ZA 1C0TA 4FJIA 1XHXA 4CE9A 4B9SA 4C8NA 5J2MA 2G8KA 1D9DA 3QIPA 1HQEA 3M8PA 4KHSA 5KGXA 3HO1A 4B8AB 1NKCA 2YKNA 1B92A 3AVFA 5J2NA 3SV3A 4RW8A 3TAFA 5D3GA 2IS3A 2B5JA 3SZ2A 3PX0A 3TAPA 4KHYA 1CZBA 2YNHA 4DFKA 3QEPA 1EKEA 1LAVA 3PO5A 4OPKA 4DTNA 3T1AA 2ZD1A 1IKVA 3TAGA 5HLFA 1VRUA 4RW6A 1CZ9A 3S3MA 4CIEA 1CXQA 1HRHA 2GUIA 1HYVA 4AHVA 3V1QA 2Z1IA 4CECA 4JS5A 1NJYA 5EU7A 3S3OA 3OY9A 2PZSA 3HP6A 3RMBA 3ULDA 1KTQA 4DS5A 3CFOA 1HQUA 1W9HA 3SUOA 3KK2A 4IFYA 3T19A 2HHQA 3OYGA 3I0SA 3TANA 4FJJA 4NYNA 3DLHA 4M3ZA 2D0CA 4FW1A 4ZTFA 3MXMA 4CF2A 2ZQBA 2ZE2A 1C0MA 1J53A 1FXXA 3DOLA 1B9FA 3ISNC 4H4MA 3I8DA 5HRSA 4E7KA 4GVMA 3RMAA 4OKKA 1VSLA 4FLZA 1QHTA 4E1MA 1L3UA 2G8HA 4DSJA 1Q9XA 4DTXA 2HB5A 1XC9A 2KZZA 1RT1A 3KJVA 4FLYA 4PUOA 1A5WA 3OYEA 2XHBA 3HPGA 3PUFA 4DTMA 1HMVA 4B9LA 2AJQA 3O4NA 2D0AA 5CYMA 3RMCA 5FDLA 1JLCA 4OJRA 4CJ4A 4B9NA 3DLRA 3MECA 4WE1A 2HHTA 4M41A 3LANA 1I39A 4B08A 3NE6A 3VQCA 2BANA 1RT4A 1VSKA 4IDKA 2ITGA 3ASMA 1BI4B 1TKTA 3V9ZA 3ZT1A 4NYFA 3V9UA 4YNQA 1D5AA 4LY7A 4DLGA 1RBSA 1SV5A 3DLEA 3P5JA 2JLEA 2B6AA 1VSMA 3AO3A 3IG1A 4FM2A 4DTOA 3ZSXA 1RT2A 1J5OA 3V6DA 4B9VA 1SKRA 2IOCA 5JS2A 1RT7A 4ELUA 1Y97A 2B4JA 4H8KA 1IKXA 3F73A 4JRPA 4CGIA 2DFHA 3RWUA 3M8RA 4YFUA 4HTUA 1S1TA 2Z1HA 4B3OA 3NF9A 4ID5A 3VQQA 2Z1GA 1TGOA 4FLTA 3MAQA 1NJWA 3QERA 3E01A 4XIUA 3HM9A 4C8LA 3VQEA 1NJXA 4E3SA 2KW4A 3NF8A 1IO2A 1ASUA 1C1AA 3MXJA 3V9WA 4DTUA 4KREA 2RKIA 4TSXA 4CHOA 2IDOA 2YNGA 4M3YA 1S1VA 1KCFA 1S6QA 5E41A 4CGJA 3AA2A 5CY4A 4N5SA 5KRSA 1IKYA 1K6YA 3KLGA 3O3HA 2KFNA 4CF1A 1TAQA 3HSTB 3UIQA 1RTHA 3P83D 1QQCA 3KD5E 3NDKA 3RR7A 3AV9A 2YNIA 4DFMA 2X78A 3ALYA 2JGUA 4DLEA 3KKRA 3ZSVA 4PA1A 5C24A 2GV9A 3HYFA 2OPRA 2KQ2A 3OYIA 4CCHA 2OZMA 1QE1A 3VQ6A 4CJ3A 4BE1A 1NK0A 3K59A 3VQ8A 5C42A 3AO1A 2F96A 3AVIA 1NK5A 2P1JA 3EZ5A 4CJVA 2Y1JA 2HHXA 1QSLA 3AVNA 1BIUA 3LZIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QESA 1EXQA 5C15A 3D45A 4DV4K 4DSLA 2P9NA 4M42A 3C6AA 2IAJA 3TTFA 2V7YA 3PIOL 4DQRA 1ASWA 3CJCA 3MEEA 2VG6A 1Q82O 5AQTA 4O55A 1X3MA 4CEDA 3G6EN 4CJRA 2EWSA 3K57A 3HVTA 1JXBA 3LL3A 3K0SA 4IJNA 3VETA 2QM1A 4FXDA 1JCFA 2HHVA 2IC3A 5KRTA 1HLUA 3NHGA 4CZJA 1RBUA 4CBXA 3ZSZA 4MLHA 2PYJA 1T44A 4DWIA 4FWNA 2ATQA 2J4RA 1UWBA 1HR0K 3OTOK 4ILHA 3A5LC 2OPQA 3P4IA 3THYA 3THWB 1BUPA 2NRZA 1XUPO 3EE8A 1BWFO 4FK0A 1HKGA 4JNEA 1YT3A 4KTWA 3U3GA 1U2VA 4PKGA 3AVAA 4BRKA 3ZX3A 2F8SA 3EEQA 4OX9K 4BR4A 4A2AA 3OS1A 4BWMA 4Q0BA 5BR8K 2IVPA 1X3NA 4DU4A 3OVNA 1JCEA 3L2QA 4F4KA 1EWRA 1X9SA 3CQYA 3RTVA 1NGBA 2DY4A 2V7ZA 2HSTA 1IG8A 1WAFA 5AQYA 4BRHA 3W3DA 3CCJN 1LWEA 3J80O 4E0DA 2QK9A 3C95A 5ADXH 2W6KA 4K8XA 4DQ8A 1TL1A 4DF8A 3AAQA 2P9LA 5F0XA 4ISEA 2E8AA 4CK3A 2ITMA 4OGCA 3NF6A 3CJ1A 3DRRA 2OPPA 4BRMA 3AVGA 2BE2A 1NK8A 1O13A 3B8AX 5F2RA 2P9PB 1RTIA 4KI4A 3ITHA 4FCYA 3H6EA 3S41A 1DTTA 3Q7BA 3SV4A 3OYJA 1C0GA 4AH9A 4FLUA 5M1NA 1GLCG 4B9MA 3D2FB 4CZEA 4AM6A 4K0KK 4DR3K 3QB0A 3OYKA 3NVMA 5JVHL 1IKWA 3LPUA 1RFQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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