The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
GSSGSSGFQPGDNVEVCEGELINLQGKILSVDGNKITIMPKHEDLKDMLEFPAQELRKY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
|
| molecule keywords |
Transcription elongation factor SPT5
|
| publication title |
Solution structure of the second KOW motif of human transcription elongation factor SPT5
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
6
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-01-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCV A; 1M1K U; 1NZ9 A; 1NPP A; 2MI6 A; 1JJ2 S; 3P8B B; 1KQS S; 1VQ8 T; 3J7A F; 3G71 A; 4X34 A; 3OW2 S; 1YIT T; 1X6O A; 5FLX E; 1K73 C; 3PIO A; 3CC4 T; 3CC2 T; 1Q82 C; 3CCU A; 2QA4 A; 2QEX A; 3CME A; 1N8R C; 3CC7 T; 3CCQ T; 2G3R A; 1NJI U; 3TRE A; 4ZN3 A; 3LGL A; 1K8A U; 1VQ7 T; 3CMA A; 1Q86 C; 1QVG S; 1YJ9 T; 2MWO A; 3CXC S; 1VQ4 T; 3A5Z B; 3CC4 A; 1Q81 U; 3DB3 A; 2OTL T; 3G6E T; 3I56 A; 1VQ9 T; 3CCL T; 1VQP A; 1W2B S; 1YIJ A; 3CCR T; 3LGF A; 3CPW S; 1M90 C; 1KHI A; 3I55 T; 1K9M C; 4QQD A; 5DM7 R; 1VQK T; 1XTD A; 1VQ9 A; 1VQ5 A; 1KD1 U; 3KBG A; 1S72 T; 1YI2 T; 1M1K C; 2LCL A; 3PIP A; 1QVF S; 1JJ2 A; 1KC8 U; 1KQS A; 1VQ8 A; 2E70 A; 1VQO T; 1VQN T; 1YIT A; 1VQL T; 5J26 A; 2CKK A; 3CC2 A; 3CC7 A; 1YJN T; 3JAM E; 4TVR A; 3CCQ A; 1QVG A; 1NJI C; 1K8A C; 2KDS A; 1VQ7 A; 2DO3 A; 3CXC A; 2JVV A; 2LQ8 A; 3CD6 T; 3CCM T; 2XHC A; 1VQ4 A; 1YJ9 A; 1VQ6 T; 3G4S T; 1Q81 C; 3CCS T; 1W2B A; 3G6E A; 5LL6 S; 2OTL A; 3LH0 A; 2JUF A; 1VQM T; 3CCL A; 4YTL A; 5J3B A; 3CCR A; 3CPF A; 4ZN1 A; 3CPW A; 1Q7Y U; 3CD6 A; 2IG0 A; 3CCJ T; 1YHQ T; 1UEB A; 4RG2 A; 3I55 A; 2E6Z A; 3HKS A; 3CCV T; 3CCE T; 1M90 U; 1RL2 A; 3OW2 A; 1BKB A; 1VQK A; 1KD1 C; 2JOY A; 5IAY A; 3G71 T; 1S72 A; 1QVF A; 3ER0 A; 1SSF A; 1YI2 A; 1K73 U; 1XNI A; 3OYY A; 1Q82 U; 3CCE A; 3CCU T; 2QA4 T; 2QEX T; 3CME T; 1YBY A; 1N8R U; 1VQO A; 2L3R A; 2JNG A; 1VQN A; 3CMA T; 1Q86 U; 5HY6 A; 1VQL A; 3J80 E; 3J81 E; 2KVQ G; 5IT9 E; 1YJN A; 3I56 T; 1NPR A; 1VQP T; 2OTJ T; 1YIJ T; 1YJW T; 3DLL A; 3CCM A; 2MWP A; 1VQ6 A; 3G4S A; 2EIF A; 4CRI A; 3DB4 A; 1IZ6 A; 3CCS A; 5A2Q E; 1K9M U; 5DLQ E; 2LVM A; 1VQM A; 1YHQ A; 2OTJ A; 1VQ5 T; 1Q7Y C; 1YJW A; 3CCJ A; 1M1G A; 1KC8 C; 1EIF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5DLO A; 1MMG A; 1N8R R; 5KE2 A; 1PSF A; 4FM4 B; 3CCL Q; 4BY6 B; 1KK7 A; 2DZ9 A; 2M51 A; 2DPP B; 2RI3 A; 1TOV A; 1Q81 U; 3EHQ A; 2O9V A; 3A1P A; 1XQH A; 1X01 A; 3RMQ A; 4J7F A; 2J06 A; 2YSQ A; 4JS4 A; 2LP5 A; 3QII A; 4R55 A; 1TSF A; 2DYI A; 1C0M A; 3EG2 A; 4AFQ C; 5CQY A; 3KBG A; 3HFN A; 2L3Q A; 5LJ5 g; 4OB3 B; 2HSP A; 2DFU A; 4JDS A; 3M54 A; 2G6F X; 1HSQ A; 2KMT A; 4XU0 A; 1UEC A; 3I9Q A; 2D8H A; 3CXC P; 3OYB A; 2KYM A; 2EWN A; 1U06 A; 4AG2 C; 4AFU C; 4M78 D; 3CD6 T; 3FEO A; 1ZBX A; 1Q81 C; 2ZPE B; 1Y96 B; 1Z9Z A; 2WAC A; 9ATC B; 3CCU Q; 1YCS B; 3QJY A; 2RQT A; 1RL2 A; 2O4X B; 4E7I A; 2JOY A; 4J6W A; 3ZBD A; 3OBW A; 2KT1 A; 3CC2 Q; 1QP3 A; 3I56 Q; 2VVK A; 3NGP A; 5IHN A; 2CH4 A; 2VUB A; 3M4Y A; 4XAX B; 3QPH A; 4FCY A; 2BIV A; 3OS0 A; 2EGA A; 2GGR A; 1GBQ A; 2EIF A; 3L1A A; 3MO8 A; 3QHS A; 4C5E A; 1J3T A; 2K79 A; 1W6X A; 4HVW A; 5CKF A; 4DOW A; 4JRK A; 1UUE A; 4M78 B; 2JM9 A; 4KGZ B; 5J39 A; 2FPD A; 4GLK A; 5IHK A; 2G3R A; 1TUG B; 2CT3 A; 1BI2 A; 2HQX A; 2CZ0 B; 4EPC A; 5KYW A; 5A0G A; 1YJ9 T; 2VGM A; 4UC4 A; 1OZ2 A; 4M7A A; 2MMP A; 2HEQ A; 3L2Q A; 2YUN A; 1ZHI A; 2B8A A; 2LC4 A; 2C06 A; 2ATC B; 2DTH A; 5GAO p; 4B9X A; 2BZY A; 3IQL A; 5IXB A; 2QGF B; 1M1K R; 3E9F A; 2QTV A; 1VA7 A; 2P4R A; 5FRO A; 2NUP B; 2P0Q A; 1NM7 A; 2DRK A; 4Z8A A; 1RAC B; 2YRC A; 4HVV A; 4PFZ A; 2Y4X A; 1YJN T; 2EJG A; 1W2B P; 1YJ9 A; 1VQ6 T; 1LVK A; 2FEI A; 3VS2 A; 5KH6 A; 1RAG B; 4XK8 E; 3QWY A; 3OW2 P; 3L2U A; 1KD1 R; 2VYT A; 2YUP A; 1WXT A; 3JB9 F; 4OMO A; 4E2F B; 3GP8 A; 2NWM A; 3OYG A; 4II1 A; 4J8O A; 2QEX T; 3CCQ Q; 1N8R U; 4FW1 A; 2DJQ A; 1ZA1 B; 2GFU A; 3J81 E; 2RQW A; 1JRI A; 2FZK B; 2RQU A; 1PRM C; 3EHR A; 1VQ9 Q; 2QAS A; 1Y71 A; 1YJN A; 4MML A; 4CC2 A; 1VQP T; 4C5H A; 1VQ6 A; 4BI8 B; 2H8H A; 2CS7 A; 1YFN A; 2P4T A; 1C1A A; 2LVM A; 3HTR A; 1YIT Q; 1U1T A; 3X20 B; 5AYF A; 5CVI A; 5GAM f; 3REB B; 3LWH A; 2BUD A; 4PNO A; 3KXT A; 4AFZ C; 2HD0 A; 1I1J A; 5IH2 A; 3CC7 Q; 2YRV A; 2K57 A; 2LT4 A; 1AWW A; 4RTV A; 1IGQ A; 4M78 E; 3PIO A; 1AHJ B; 3CC2 T; 3MEV A; 1QWE A; 2QEX A; 1OQK A; 4LDX A; 2ZAE A; 2MAM A; 2ROL A; 1N8R C; 2VGN A; 1VQ7 T; 4J6Y A; 2WSE E; 2Z0W A; 2DL5 A; 2LQN A; 5LJ3 j; 3DB3 A; 5KCH A; 4M7A D; 4EMK A; 3VYG A; 4BE1 A; 1VQP A; 2E4H A; 3R6N A; 1I5L A; 4XTY A; 3CCE Q; 3LGF A; 2DJZ A; 4J6X A; 2OAW A; 3MEA A; 5L8R E; 3N5B B; 3KUF A; 3RKW A; 3UT1 A; 2YLC A; 1CKA A; 1PCX A; 3QDF A; 2K6D A; 2AKL A; 4BB7 A; 1FX7 A; 1NBE B; 3CC2 A; 1GCQ C; 4NL2 A; 1I4K 1; 2JTM A; 4A54 A; 4QVD A; 1VQ7 A; 4NS5 A; 4WCI A; 1YHQ Q; 2M0Y A; 3JB9 G; 1RAE B; 3L2R A; 5GAO m; 1BI0 A; 3O5Z A; 4F7U A; 4M7D F; 4OGE A; 3NTH A; 4RTT A; 4ZN1 A; 3CCV T; 3ZFJ A; 1YWP A; 5KYW B; 1UGQ B; 5DY9 A; 4M7A B; 3CC4 Q; 2AIR B; 5FU6 C; 4J83 A; 2RPN A; 3D7S B; 4A4G A; 1B34 A; 2DEQ A; 4OML A; 1GCP A; 2L5Q A; 3GOX A; 2X4W A; 4BDZ A; 1ZUU A; 2YUO A; 5GAM g; 1X43 A; 1OU8 A; 4J9F A; 2DL7 A; 4E7S A; 3UF4 A; 2JN0 A; 3DLL A; 4DEY A; 2CZ7 B; 2BE7 D; 4X1V A; 4RG8 A; 1QVF P; 3QYH B; 2F5K A; 1OEB A; 1M8V A; 4PJO D; 5HCK A; 1M1G A; 3CCV A; 1M1K U; 2KXC A; 1UJY A; 1NZ9 A; 3SWN A; 4L6V 5; 3VS6 A; 1VUB A; 1Q82 R; 4ELY C; 1ZBJ A; 3C94 A; 1Q86 R; 1T0J A; 3E9G A; 1IB8 A; 3CCQ T; 2KEA A; 4QQ6 A; 3G4S Q; 1R0B G; 5LJ5 j; 3JCM g; 3V7R A; 1VQ9 T; 2DXB A; 5GAO r; 3AT1 B; 5KE3 A; 2J6O A; 1OU9 A; 5HK0 A; 1EX4 A; 1ZLM A; 5DM7 R; 3FC3 A; 1RLQ C; 4ESR A; 1PSE A; 3S3N A; 1KD1 U; 3OQ5 A; 2K9G A; 5IXF A; 2DKG A; 2C0T A; 2QDL A; 1M1K C; 3SB2 A; 1JJ2 A; 3RUX A; 4BDY A; 4MZM A; 3CCM Q; 2J6F A; 4M77 A; 4FW2 A; 4RUG A; 2CP5 A; 1VQL T; 1OYX A; 4LDV A; 2KBT A; 2DL8 A; 4LNP A; 3CCQ A; 2CUB A; 2PUK B; 1NE8 A; 3VUZ A; 1ZSZ C; 3NFC A; 3CCE T; 1VYV A; 2DTO A; 3SEM A; 5KYN A; 2KRS A; 3QJ6 A; 1YN8 A; 1KD1 C; 4M75 F; 5GMK i; 2LNH B; 4EMK B; 2D8J A; 2JS0 A; 8AT1 B; 2P0P A; 2F1L A; 4M7A E; 1SKU B; 3UPU A; 3OYL A; 1Q81 R; 1WI7 A; 3TCJ A; 1WHK A; 2RO0 A; 1TUD A; 3A8H B; 1VQL A; 3VKI A; 2L89 A; 3JCM e; 4B9W A; 5CKD A; 1QCO A; 2VXF A; 4LDY A; 1M27 C; 1HJD A; 4CRI A; 2C0I A; 5A2Q E; 3PVL A; 1PWT A; 1HYO A; 3RKX A; 3GPL A; 2EJ9 A; 1JJ2 S; 4K11 A; 1U3O A; 1QLY A; 4RTZ A; 2KNB B; 4EMG A; 4F7U B; 5HKC A; 4XTW A; 3CC4 T; 5GJW B; 5ECA A; 3NTK A; 2A7Y A; 5C6S A; 2V1R A; 2FRY A; 3LGL A; 4DBR A; 4KH1 B; 3VS1 A; 1BI3 A; 5GAN f; 1K9M R; 4JZ4 A; 1B34 B; 3V8J A; 4HT9 A; 1TG0 A; 3QZ9 B; 4F17 A; 2DIL A; 2VV5 A; 3JCM J; 1MGQ A; 4JPB W; 1S72 T; 2K3B A; 1YI2 T; 1RAI B; 3URG A; 1PD1 A; 1N6A A; 2KR3 A; 1VQO T; 2GFA A; 4M77 D; 5CKH A; 2X9H A; 4RMO A; 3X25 B; 2F5T X; 2RHY A; 1K1Z A; 1BU1 A; 2NYS A; 4M75 C; 2GQI A; 5GAN 2; 2L8D A; 1Y7X A; 4HKE A; 3SWN B; 3G4S T; 3RER A; 1N9R A; 1S1N A; 4M75 G; 2R5A A; 2H3E B; 1WQW A; 1JO8 A; 2ZGW A; 3CPW A; 1CSK A; 1LJO A; 1KJW A; 2IPO B; 5LJ3 g; 1BKB A; 5AT1 B; 1S72 A; 3ER0 A; 2RD1 A; 3R6O A; 1YI2 A; 2RHZ A; 4OVA A; 1Q82 U; 3OS2 A; 4F16 A; 2AHJ B; 1AZG B; 4PFP A; 1VQO A; 4ATO A; 4M78 A; 1Q86 U; 3JCM Q; 2O2O A; 3HHT B; 3PT9 A; 3JB9 H; 2KGT A; 3HP9 A; 2K5I A; 4LE9 A; 1KSW A; 3G4S A; 3A8G B; 1Q95 G; 3QG1 A; 4M77 B; 1UFF A; 2WSC E; 1B7T A; 4HVU A; 2CSQ A; 1VOM A; 2PVG B; 2M1H A; 2V1Q A; 1E6G A; 1UHC A; 4KGX B; 4XU2 A; 3M4G A; 1K73 R; 5CK9 A; 1YJ9 Q; 2CZ1 B; 2EVR A; 5GAN g; 4MZT A; 1WNL A; 4DBQ A; 2DER A; 3QXE B; 3OMG A; 3Q1J A; 2MOX A; 4CC3 A; 1Q82 C; 4F7U E; 3OA6 A; 3ME9 A; 2EPD A; 1Q86 C; 1WJR A; 2MWO A; 1TXQ A; 1MMD A; 1OI1 A; 5GMK j; 3CPW S; 2HCK A; 5FRM A; 1KHC A; 5GMK m; 4BE2 A; 2HL5 C; 4KT0 E; 1MHN A; 3L42 A; 2YHT A; 4VUB A; 3TSZ A; 1YJN Q; 3NHN A; 5GAN 6; 1VQ6 Q; 1TH7 A; 2LX7 A; 4M7D A; 1GL5 A; 2OI3 A; 1FMW A; 1I8F A; 2E12 A; 1UGR B; 2CP3 A; 4TVR A; 2MPX C; 1IHV A; 1WLP B; 3OSS C; 1QVG A; 2KRN A; 3NMZ C; 2XHC A; 3JB9 D; 2BTT A; 4RTX A; 1KFZ A; 3RR6 A; 3WVE B; 2DVE A; 2PQW A; 1M30 A; 4JLG A; 2QEX Q; 3MCA B; 3ULR B; 5GAM j; 3TSW A; 2MF2 A; 3BW1 A; 1LOJ A; 1SSF A; 2XI9 A; 1VQP Q; 3OYI A; 2AZS A; 3S3O A; 2DBK A; 1R8O B; 3EFO A; 2E41 A; 5IT9 E; 2IIM A; 2E3H A; 4J9I A; 1W70 A; 4FIB A; 3EGD A; 2DXU A; 1K9M U; 2KK4 A; 4J5Y A; 2CT4 A; 4HCB A; 2OTJ A; 4M77 E; 2ZPI B; 2CP6 A; 1ZUK A; 1D1C A; 2RQR A; 3E1S A; 1AWX A; 1VQ7 Q; 1UE9 A; 4C8Q A; 4C92 G; 1GFD A; 3JRZ A; 1BI1 A; 3M58 A; 3EG0 A; 3FDR A; 2KRO A; 2R58 A; 1QVG S; 2VC8 A; 2CRE A; 3HPW A; 1OPL A; 1ZX6 A; 3PE0 A; 4JZ3 A; 1VIE A; 3KFV A; 1D1B A; 1D0Y A; 5LJ5 e; 1QQJ A; 3M59 A; 2I0N A; 1WXB A; 3EFS A; 4V2S A; 3EAE A; 1K9M C; 1XTD A; 1IXD A; 4QKU A; 4GLM A; 3GNG A; 5CCA A; 3E19 A; 3OYH A; 3V7S A; 2Y90 A; 2XDB A; 4M7D D; 2P84 A; 3A8M B; 1K8A R; 4XTV A; 5CKB A; 4IUP A; 1Y57 A; 3CCV Q; 2EYW A; 1B07 A; 4GY5 A; 5CO7 A; 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2DLP A; 2VWF A; 2K2V A; 3CPF A; 3MKD A; 2COY A; 2E65 A; 2DTI A; 4RG2 A; 4OGC A; 3OS5 A; 3TVT A; 3ZL7 C; 4FYW B; 2JZ2 A; 4DQ2 A; 3ASK A; 3V8L A; 2E3I A; 3EH2 A; 2K2M A; 4AT1 B; 4IIM A; 1UJ0 A; 4C0F A; 4DBH A; 3U23 A; 3J80 E; 3S3M A; 1RAF B; 2KVQ G; 5I22 A; 2OTL Q; 2LJ0 A; 2I2L A; 4PJN A; 2A08 A; 5GAN j; 4CC4 B; 2DMO A; 3I55 Q; 1BCO A; 1WHL A; 2K3X A; 2W0Z A; 3H9N A; 4PLL A; 3NPF A; 1GFC A; 3EFR A; 4M7D E; 1I81 A; 3HRS A; 1K76 A; 2L2P A; 1H3H A; 2JM8 A; 2COZ A; 1HXD A; 1DJ7 B; 1AWJ A; 3OYC A; 2EKH A; 2HKN A; 2RJC A; 3RIR A; 4BD3 A; 1K8A U; 1RLP C; 1LPL A; 5I11 A; 1FXX A; 3BY7 A; 2WSF E; 2B86 A; 1UGV A; 2RJE A; 5LJ3 d; 2LZ6 B; 2AK5 A; 1S72 Q; 5CR2 A; 1YI2 Q; 1YNZ A; 1KQ1 A; 4M78 G; 5HK3 A; 3MJX A; 1OUL A; 3VS5 A; 1BCM A; 2DNU A; 3EG1 A; 1VQO Q; 1M2O A; 3H0H A; 1EFN A; 5GMK e; 3F70 A; 2LCL A; 3OSV A; 5M9O A; 2GTJ A; 1VQN T; 2DL4 A; 3E2U A; 1NJI R; 2QQ9 A; 1Y07 A; 3OMC A; 1K8A C; 5FU7 B; 2JVV A; 4X9D A; 1IHW A; 2GQV A; 2RF0 A; 1TWB A; 4EMH A; 2LJ1 A; 4C8Q E; 2DXC A; 3OYA A; 2CUD A; 3MP6 A; 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