2EKCA

Structural study of project id aq_1548 from aquifex aeolicus vf5
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
262
structure length
253
Chain Sequence
MGRISDKFTELKEKREKALVSYLMVGYPDYETSLKAFKEVLKNGTDILEIGFPFSDPVADGPTIQVAHEVALKNGIRFEDVLELSETLRKEFPDIPFLLMTYYNPIFRIGLEKFCRLSREKGIDGFIVPDLPPEEAEELKAVMKKYVLSFVPLGAPTSTRKRIKLICEAADEMTYFVSVTGYERIKKKVEEYRELCDKPVVVGFGVSKKEHAREIGSFADGVVVGSALVKLAGQKKIEDLGNLVKELKEGLRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
publication title Structural study of Project ID aq_1548 from Aquifex aeolicus VF5
rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 99
structure length 253
sequence length 262
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2007-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2ekcA00
1ZCOA 1TV7A 5CGQA 3M44A 3H55A 2Z2UA 4BWLC 3GX9A 2NV1A 3C8FA 5AFDA 3LERA 4JTSA 1M6JA 5CPOA 2C3ZA 2OT1A 3RMJA 4DO4A 3UY8A 3DFSA 3W70A 3IVSA 4MYAA 3KRZA 3L66A 1YPFA 4TU1A 4AWSA 4S2CA 3M5YA 1C8VA 3GIYA 2X1RA 1OYCA 2RFGA 3TUUA 1XBZA 1R30A 1GYLA 4IXHA 3S1VA 3P81A 4JR5A 3O16A 3INPA 3W72A 5KTLA 4A2SA 5AYXA 4FIQA 3STGA 4DPPA 4Z0JA 4GRSA 3NXFA 2VELA 2ZA2A 2GUUA 2EPHA 1YTDA 3FIGA 4RR4A 1HUVA 4YCOA 2Q3RA 1TRDA 1KBJA 4K6AA 3OVPA 2PRLA 4ML9A 2A2IA 4QJ1A 3QZEA 3B06A 4ZQNA 4HIBA 1YLVA 1H51A 1DHPA 3A22A 4LY8A 3PM6A 5G2WA 2X2GA 1HO1A 3TCEA 3OHIA 4IMGA 5HNRA 3LRMA 5A8GA 1Z48A 5AHLA 4PEKA 3LV5A 4GUIA 2WSYA 4HSOA 3LV6A 4IOTA 3P80A 2J9XA 2WNZA 3BLEA 5FEWA 2BX7A 3W1RA 3EKZA 2YSWA 3BW4A 3CIWA 1TTPA 3TDFA 4QSHA 3W7CA 5FESA 1AW2A 1D9EA 4TMCA 5LNSA 1MZHA 3MI6A 1XXXA 3M43A 4GUHA 3W2MA 4G1KA 2NX1A 1TTQA 1W8SA 1TIMA 3A9IA 2VFIA 5E0KA 4IWWA 3LXAA 4JYEA 2J24A 2NUXA 5AB3A 2RKXA 3W84A 5KZMA 2CLHA 4JS3A 2PRMA 1VCFA 4E38A 1ZALA 3GNDA 3HG5A 1DJQA 1N8FA 2QJIA 4EF8A 1VC4A 5HULA 3S1WA 3M16A 3UWYA 5D02A 3EXRA 1QOQA 3UNDA 3STEA 1FCBA 5E1QA 3I6RA 4H6KA 2A6NA 1TPC1 4XUGA 3S9YA 3MBDA 4MZ8A 3N34A 3PSWA 4O1AA 1QR7A 4O57A 4NNBA 2ZCGA 4MFEA 3I7QA 4O0ZA 1JQVA 3W2NA 3KVJA 4YMZA 4LNYA 2A5HA 3RLUA 3DXIA 1PCWA 5F4XA 1VPXA 1O5KA 2ZRUA 3MHUA 3LLFA 4JTGA 4KFOA 2RH9A 1F76A 1GWJA 4MJZA 3NQCA 3BV4A 4UIOA 3EEGA 1L6WA 1B57A 1E51A 3NQEA 4CQ9A 3NQ2A 3W1UA 4Z0SA 3FYOA 1TQXA 4BK9A 3C0JA 5BOOA 1P4CA 1KFLA 2F84A 4UTUA 3NM3A 4GJ1A 3PVFA 4UR7A 4O15A 3RLVA 3DU0A 3ZWSA 4MY8A 3HB9A 3BW3A 4O10A 3QPZA 2CLIA 1LLZA 2QCDB 1QFEA 3P61A 3H54A 4RLIA 1AMKA 1SZEA 4LTSA 3ZWTA 4AHPA 5K9CA 4LS0A 5T26A 1Q6RA 4XWUA 3HQ1A 1KM5A 2X16A 3FFSA 1A5SA 3IGUA 4AEOA 3UQNA 2YXGA 3TW6A 2H8ZA 4FNQA 3LCWA 1DJNA 2Y7EA 2QEZA 5D37A 4DBEA 1Z44A 3EX1A 4MJMA 1F73A 1VRDA 1SO6A 4XBKA 2V2DA 2H90A 4WXYA 3GR8A 4TX9A 3DFTA 4P61A 4LWWA 5CZJA 3UWWA 4EOUA 5LNRA 3ATYA 1VYSX 5G2IA 3W2UA 1LP6A 3UY7A 1AK5A 1I2NA 1LM1A 3VKJA 1R2RA 3TROA 3W74A 4JTHA 2TSYA 2ZFAA 2G95A 3CHVA 3LX9A 2DZWA 1KM3A 2CFFA 2QKFA 2W6RA 1LOSA 1YDOA 4DF1A 3SZ8A 1SZFA 2YYTA 2WOQA 2WV8A 1VS1A 2EAWA 2WQPA 4O52A 1H7OA 2WNQA 2GVJA 2VXNA 1W5QA 1YPIA 3L68A 1B4EA 1VZWA 1DKWA 2H6RA 1HTIA 1U83A 2HMCA 2PRHA 2VENA 1PCKA 5TQLA 3B04A 1QPQA 2CLMA 3G8EA 3PG9A 3DGRA 4HKPA 4RXFA 1TSIA 4HSNA 4Y6GA 2ZZ7A 1SFJA 3W83A 3NL6A 3NOEA 2QCDA 1TPB1 1HG3A 1C29A 4EF9A 5F2GA 4UUIA 5AN7A 5HR7A 4NXKA 1Q3NA 1ML1A 3UZ5A 2O7SA 1WYIA 1R47A 2PCQA 5LHFA 2Y7DA 1SW0A 2ALDA 1OFPA 4JYFA 4IMDA 5F1VA 1GT8A 4NJKA 1OFQA 4LS1A 1JRBA 1VJIA 3EXSA 4M6QA 1LOLA 3CIXA 3PBYA 4UTJA 1F05A 2A1YA 3T55A 3LTSA 4GXMA 2E6YA 3T44A 1KTNA 5HWJA 4BR1A 4EIVA 4ONVA 1Q6OA 4WXZA 1SZNA 1UUMA 3O07A 3EWZA 3L5LA 3TQ0A 3T4CA 3RK8A 3FLUA 2NXIA 1S5VA 3TQVA 3HGSA 1P0KA 2A6LA 3GKFA 2RDTA 3TR2A 1C9DA 1SO5A 3IEBA 2GVLA 1KLYA 4JDBA 4ZQCA 2ZRWA 5LKYA 1M7PA 3C2FA 3NNTA 1XUUA 5IBXC 2YFOA 5HQEA 4QITA 3O6DA 5FF2A 3IIPA 1WBJA 4LVAA 3UD6A 4ADTA 4I9AA 3NPXA 5HR6A 5KINA 3Q94A 3DFNA 2Z6JA 4TMBA 3QMRA 4RZ4A 5KITA 1ZAHA 4O11A 1VHCA 3W23A 4WQ6A 1GVFA 2JGYA 1JVNA 3NQMA 2UV8G 5F4WA 3N3MA 2DZUA 3DENA 4UFMA 2HSAA 3GR7A 3UXDA 2ATSA 2CLFA 5DCEA 1EUAA 4E2BA 2FB3A 3GDMA 3FA5A 2E5DA 3SIZA 4Z1AA 1TYGA 4K37A 4JYDA 1QDSA 3B4UA 3LI0A 1R2SA 5LNUA 4LT9A 4NZJA 5EBUA 5KSWA 3N14A 1TRIA 4W9TA 4ZL1A 4UTTC 1VQTA 3MHFA 3TSBA 4YXGA 3O15A 3G1VA 4ZQMA 4O8RA 1I2PA 1Q45A 3B8DA 3W2KA 1W3TA 3QC3A 5EA9A 4N4QA 1AW1A 3MJYA 2JKPA 3GYEA 2V82A 3W9ZA 1P5BA 4CCCA 1OABA 4LC6A 2ZRZA 4ZVJA 3TMQA 3BG9A 3G1AA 2YX0A 2Y6ZA 3TH6A 5TBOA 3S1UA 4UTLA 2C14A 3C6CA 2R8WA 4AHOA 4CCDA 2QDHA 1K7XA 2VFEA 3W1LA 3TX9A 5AOUA 2P0OA 4OGZA 1EUNA 2ZZ1A 2ZZ5A 4TIMA 1YTEA 2WKJA 1YXDA 1TO3A 4CLMA 1NF0A 2B7PA 3NPWA 1QWGA 4JN6A 4K8HA 3KOFA 2I1OA 2V2HA 2WO5A 4N6FA 2NLIA 5K3VA 4DF2A 4C1KA 4JNMA 3SECA 3LCFA 1A5BA 4BF9A 1N55A 2YW4A 3LCHA 1F7BA 5G5IA 4A3UA 4JTJA 2W0UA 3W3OA 4Y9AA 5K9DA 1KM4A 4OQVA 3S1XA 3HF3A 2GQAA 1I8JA 4WUIA 3S5YA 2V30A 4KKXA 3F03K 4DO6A 1EA0A 1HL2A 4KWWA 4LRTA 4UFHA 2H8XA 3DFPA 2FQIA 3FYPA 3QW4B 4PL2A 1OHLA 1F2JA 1X8FA 4N9BA 1AW5A 2B7QA 3GXTA 3LHTA 5I3IA 3B03A 3W7HA 3TFCA 5D03A 4JTTA 3CQ0A 3O06A 5D2TA 1KTBA 3STCA 1NFBA 1WDWA 1I4NA 3LCGA 2DORA 5FF7A 5K7JA 2DU2A 2A4AA 2QR6A 2YCEA 2CLOA 3L5AA 1PIIA 2E09A 2ZTKA 3L67A 5L9FA 4FXRA 4Y8FA 4JTEA 1K8ZA 1OVDA 5D2WA 1G67A 1T96A 4L4MA 3HOJA 4FO4A 5A5WA 5BNKA 5K4XA 2G97A 2XN0A 3L0NA 3QYQA 3R12A 3DH7A 4O4VA 2H3BA 3O8AA 1F6PA 4JGDA 3NG3A 2YYUA 3HJZA 4LOCA 3IIVA 2GJLA 1XBXA 4MKNA 3EX2A 4MPQA 4ADUA 1P0NA 3OIXA 3KVKA 4UNLA 1UUOA 1FDJA 3M47A 4GWEA 1W3NA 3Q37A 4ALDA 5CSSA 3PS7A 1TJPA 3NZRA 3W87A 4CNNA 5DLCA 2QCGA 1SU5A 1VGAA 3BARA 5FI8A 3GDLA 1PL9A 2Y85A 3PWAA 4IGHA 1EWEA 5DXYA 3FKKA 1BWKA 2E1DA 3NYZA 3IIZA 2E5CA 3SY5A 4OT7A 3G1YA 2J9ZA 1LTDA 1ZY9A 3LTYA 4PC8A 3VFLA 2AGKA 2ABBA 2ZZ2A 4AAJA 1H63A 5AC8A 2FJKA 1K03A 3HG3A 5BMXA 5D33A 2B7NA 2C6QA 3EWYA 2EKCA 5F4SA 5EMUA 2E6AA 3RF9A 4DEFA 1HFBA 1S5WA 3OG3A 1TMHA 3NPVA 1TPVA 3C2RA 3GAKA 1LLWA 4UXDA 5AHMA 5DCDA 1JCMP 4MZ1A 1KBIA 3ABRA 1GJPA 3QFEA 1P1XA 3LCLA 1LRNA 5EY5A 3PF3A 4LU0A 4M7SA 2EF9A 4CNOA 1FQ0A 2C15A 3UWVA 2JGQA 3R2GA 1DBTA 1W37A 2EHHA 1GTEA 2ZDRA 2YDAA 1W5PA 3SGUA 4KWVA 5LZLA 3I68A 3KVLA 1OFOA 1GG1A 1LOQA 4ORMA 3WK1A 1PS9A 3BVJA 3C61A 1ZENA 3QJAA 3PR2A 2VC6A 4YL2A 3F4WA 3T40A 3TSDA 4UR8A 4Z1BA 1NVMA 3PY2A 4E2DA 2V81A 3NL3A 2CU0A 4HNUA 4IMFA 3W7PA 1B9BA 1BWLA 5IM51 3C52A 2IQTA 3HBLA 4UMCA 4WJEA 3UPWA 3NR0A 3W1TA 2BTMA 5CKSA 3SGZA 1ICPA 1VR6A 3IGSA 4A22A 2TYSA 1GYNA 1A50A 2C16A 1TREA 3NPUA 3KAOA 3PB2A 3NEVA 3WFAA 1K8YA 5LNVA 2NXHA 4MLJA 5D38A 3EWXA 3LXBA 2RHGA 2ZZ3A 4ADSA 3F4NA 4IPJA 1OFBA 2QAPA 4FXSA 3B0PA 1WA3A 1TB3A 1FCVA 2CZDA 3TAKA 1TPWA 2ZA3A 3MYPA 3IRDA 4OU1A 3SJ3A 3LHWA 3SW6A 1IXNA 1OK6A 4KFNA 2GQ9A 2X1TA 1TJRA 3EX6A 5C5YA 1DQXA 4BWLA 3A5FA 3KVMA 3PC0A 3WK3A 3FS2A 2JKEA 5LNWA 4FX6M 4DQWA 3KX6A 5F1UA 3CB8A 3TFXA 1NSJA 2FIQA 3SI9A 2RDUA 4JXCA 4R34A 4OWGA 1EP1A 4UFIA 1GQNA 1V7YA 3BW2A 1JCYA 4GUFA 3QF0A 1ZJIA 1GZGA 1FCQA 1EP3A 3BG3A 2QCFA 2C1HA 4NJGA 4PTNA 1FUYA 3WJZA 4NVTA 4RV8A 3W75A 4WD0A 3G18A 3JR2A 5DY3A 3G1DA 1FXPA 1W0MA 5CZTA 1LORA 4M6VA 2ZTJA 2WJZA 5K2ZA 3C4UA 3BGJA 1KFEA 3DBPA 2E6FA 2A85A 4MFDA 1A5AA 3LTPA 4WX2A 3G1SA 4M19A 5LGXA 5AYYA 2OX1A 5D04C 3NAVA 1OF6A 4IQLA 2V0TA 2Z1BA 1FWSA 4N02A 5DBUA 4QAIA 1H7PA 4A29A 4O13A 4GUGA 1I2QA 1TPFA 2BXVA 5L6UA 1L6SA 3P8JA 3P62A 1WX0A 5CSRA 4IX2A 2TMDA 4NX5A 3NO5A 3R13A 3UZJA 1M5WA 4X9SA 3W7DA 2R94A 5AHEA 3YPIA 1EEPA 3KHJA 3GNNA 4JX5A 3BG5A 3G0SA 3M9YA 2XFWA 5FEPA 4KFPA 3TK7A 3MW7A 3ZFHA 2QF7A 1KA9F 2FTPA 2WSQA 3TKFA 1WOBA 3V75A 3HGOA 3V1PA 3IVTA 1LBLA 3HPXA 2D73A 1W5NA 2A0NA 2BSLA 2VFDA 4MYXA 6ALDA 4HN4A 2Z6IA 4JIQA 4XTIA 5AYZA 2Y62A 5D2VA 3W7MA 2BZNA 3AO0A 2A21A 2E6DA 1SZGA 1XM3A 2OCZA 2HS8A 3ZS4A 2GJNA 3CWOX 3W85A 1AL8A 1K8XA 3LHVA 3UWUA 1KM1A 1JQXA 4I7WA 3W7EA 3LLDA 3T7VA 4JEQA 5DY2A 1OK4A 4DF0A 3M6YA 3R5EA 3I7SA 4AHQA 3L9CA 3MUXA 3P7YA 3R89A 2A7RA 2JBMA 4ZQPA 5G1YA 2B7OA 3GK0A 4CNPA 4M7TA 1TPUA 4O14A 4I7UA 1MXSA 3NM1A 3P67A 3WJSA 2VEMA 2KZHA 3NQAA 3R8RA 5I3HA 1RV8A 3G24A 3IV3A 1S5TA 2VEPA 3UXAA 1XBYA 3HG2A 3W7QA 3QM3A 4GFSA 2QDGA 1MEWA 1QMLA 3I7RA 4LS2A 5D2XA 3E9AA 5C2XA 3TSMA 1LBMA 3ELFA 1XI3A 1GPWA 3FJLA 1RQEA 2ABAA 2XN2A 3HPSA 5CPNA 1G7VA 2X1SA 1AG1O 3WK2A 1LYXA 3L65A 3VCRA 4AWTA 1CI1A 4QQ3A 2CZ5A 4PODA 3E96A 4YLWA 3QW3A 1KTCA 1UJPA 2AAMA 1H60A 4U28A 1AL7A 3QH2A 2DZVA 1XFBA 1SFLA 3EKLA 1K7EA 4N9CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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