The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
77
|
structure length |
77
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Chain Sequence |
GSSGSSGMATKARVMYDFAAEPGNNELTVTEGEIITVTNPNVGGGWLEGKNNKGEQGLVPTDYVEILPNDGKDPFSC
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Endocytosis
|
| molecule keywords |
Sorting nexin-9
|
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain from mouse sorting nexin-9
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
8
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| structure length |
77
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| sequence length |
77
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SHF A; 2EYZ A; 2EW3 A; 1UE9 A; 1WA7 A; 4LUD A; 4CC2 A; 2GGR A; 1SRM A; 2GTO A; 1OV3 A; 2EYY A; 1NLP C; 2O31 A; 2RQU A; 4CC4 B; 1ARK A; 1FYN A; 2EQI A; 2HDA A; 1CSK A; 1ZUK A; 1AWO A; 2K6D A; 2OI3 A; 2CSI A; 2DYB A; 4JZ4 A; 2C0T A; 2G6F X; 1VA7 A; 2ED0 A; 1GBQ A; 4F17 A; 5EC7 A; 4J9F A; 1AVZ C; 2YUQ A; 3ZL7 C; 1SPK A; 1GCQ C; 1PRM C; 1AZG B; 3NPF A; 4IIO A; 2ABL A; 2DLP A; 2YT6 A; 2DM1 A; 1HD3 A; 2PTK A; 1K9A A; 1YWO A; 2FRY A; 2KYM A; 2LNH B; 3REA B; 2FEI A; 1MV3 A; 2J7I A; 3SEM A; 1YWP A; 4QT7 A; 2KT8 A; 4D8K A; 2CSQ A; 1GFD A; 4J9H A; 4RTX A; 5IH2 A; 1UEC A; 1NYF A; 3FJ5 A; 1UHC A; 2K2M A; 3VS0 A; 4LUE A; 3VRY A; 1QKW A; 1GCQ A; 4RUG A; 1OPL A; 1WI7 A; 4HVU A; 1BK2 A; 1H8K A; 1JO8 A; 1PKT A; 1KJW A; 2YUP A; 1M3C A; 4Z89 A; 2L3Q A; 4R0K A; 4AFZ C; 2J05 A; 1GL5 A; 2D1X A; 1QKX A; 2F2V A; 2PZ1 A; 1V1C A; 4RTZ A; 3UAT A; 1NG2 A; 1WDX A; 1ZX6 A; 2LCS A; 4D8D A; 2RN8 A; 3EHR A; 4ORZ A; 1RUW A; 2AK5 A; 2AKL A; 3H41 A; 4J9D A; 2KT1 A; 4F14 A; 2J6O A; 1UJY A; 4RTV A; 4JPB W; 2K3B A; 2RMO A; 2EGC A; 1NEB A; 3UF4 A; 3CQT A; 4M4Z A; 3EG1 A; 2LP5 A; 2LX7 A; 1Z9Z A; 2V1R A; 5IHK A; 2CH4 W; 2F2W A; 1H3H A; 2B86 A; 1M3B A; 3UA7 A; 1PKS A; 2LQW A; 3M0T A; 4DEY A; 2RQV A; 4OMN A; 2FPD A; 2K79 A; 2VWF A; 1KIK A; 4RTT A; 2EGA A; 1B07 A; 2HEQ A; 3M0S A; 2DL4 A; 2KXC A; 2O9S A; 2EPD A; 3H0F A; 1YP5 A; 2HSP A; 1BBZ A; 1UTI A; 2DBK A; 3VRZ A; 2D8J A; 2DRM A; 2EGE A; 2L2P A; 1WX6 A; 1Y0M A; 3ULR B; 1VYV A; 1K76 A; 4J9B A; 4RTY A; 3RNJ A; 3THK A; 1U5S A; 2HBW A; 4LNP A; 1OEB A; 1UJ0 A; 1WYX A; 2DL7 A; 2RF0 A; 3M0P A; 3R6N A; 1KSW A; 1ZLM A; 2W10 A; 1PRL C; 3NGP A; 1M8M A; 2GQI A; 1AEY A; 2JT4 A; 3IQL A; 2D0N A; 1QWF A; 4JJC A; 1X2Q A; 5FW9 A; 2K9G A; 2EBP A; 2F2X A; 4K11 A; 2FRW A; 2KRS A; 2DMO A; 4J9G A; 2GBQ A; 2O88 A; 2A36 A; 2ENM A; 2V1Q A; 4AG2 C; 2FPF A; 1ABQ A; 4JZ3 A; 2CRE A; 1I07 A; 2CDT A; 3A98 A; 3REB B; 4HVV A; 4FSS A; 2RQR A; 1T3L A; 2A37 A; 4HVW A; 1AWW A; 3EG3 A; 5GJV B; 1LCK A; 2AZV A; 1RI9 A; 2O9V A; 2J6K A; 2A28 A; 2EYW A; 1VYT A; 2ED1 A; 2KRO A; 5IHI A; 1J3T A; 2I0N A; 2LMJ A; 2DVJ A; 2C0I A; 5IXF A; 1S1N A; 4LN2 A; 2KGT A; 2KE9 A; 2IIM A; 1FMK A; 4X1V A; 3NMZ C; 5IXB A; 2DF6 A; 2DL5 A; 2MIO A; 1TG0 A; 1YNZ A; 1OPK A; 1CKA A; 2CH4 A; 2JTE A; 1ZSG A; 2SRC A; 4CC7 A; 2E5K A; 1YN8 A; 2W0Z A; 3RBB B; 2KXD A; 3UA6 A; 2KEA A; 1GFC A; 1Y57 A; 2ROT A; 3M0Q A; 3GBQ A; 4CC3 A; 1UGV A; 1VYU A; 1I0C A; 2A08 A; 4F16 A; 1UUE A; 2KNB B; 1JXO A; 1SSH A; 3JV3 A; 3TVT A; 1K4U S; 2NWM A; 4HCK A; 1A0N B; 1NYG A; 1WXB A; 1MV0 B; 1PHT A; 4GBQ A; 1SEM A; 1HSQ A; 1W1F A; 1OOT A; 1JEG A; 1ZUU A; 1K0S A; 1K1Z A; 3EHQ A; 2HCK A; 1SRL A; 1U3O A; 4DEX A; 3O5Z A; 3LH5 A; 1W70 A; 2LJ1 A; 2LJ3 A; 4RTU A; 1CKB A; 1WXT A; 4JJD A; 1QCF A; 1WFW A; 4J9E A; 2DL8 A; 3I5R A; 2BZ8 A; 4WCI A; 2P4R A; 3PE0 A; 1ZUY A; 1X43 A; 2J6F A; 1SHG A; 2H8H A; 2VKN A; 3VS3 A; 4GLM A; 1T0J A; 2YSQ A; 1E6G A; 4J9I A; 2X3X D; 3VS2 A; 3M0R A; 4LE9 A; 4AFQ C; 1QWE A; 1G2B A; 4AFS C; 1HJD A; 4A63 B; 4OMO A; 2BZX A; 2DX1 A; 2KRN A; 2L3S A; 2XMF A; 2SEM A; 1JXM A; 1WXU A; 5FWC A; 2CUB A; 3QWX X; 1W6X A; 1UHF A; 3M0U A; 1GBR A; 1WLP B; 1T0H A; 1UFF A; 2PNI A; 4HXJ A; 4J9C A; 1ZBJ A; 4OMQ A; 2CT4 A; 2M0Y A; 2MCN A; 2FPE A; 2FG0 A; 4OMP A; 2OAW A; 2AZS A; 4AFU C; 2KR3 A; 1UDL A; 2RPN A; 2O2O A; 5IHN A; 3VS4 A; 2K7A A; 2RQW A; 3VS7 A; 1JQQ A; 1M3A A; 3EGU A; 2JMC A; 1ABO A; 1AWX A; 5I11 A; 2GTJ A; 4Z8A A; 1EFN A; 2RNA A; 2QDL A; 2YUN A; 5GJW B; 3U23 A; 4KRT A; 4JJB A; 1B3Q A; 3NHN A; 2JS2 A; 3PVQ A; 1N5Z A; 2X3W D; 1YCS B; 4E6R A; 1BU1 A; 2M51 A; 1X27 A; 1G83 A; 2EVR A; 2CUD A; 2DJQ A; 2KRM A; 2YDL A; 4ZNX A; 2EYX A; 2ESW A; 1PWT A; 1M27 C; 2JM8 A; 2GNC A; 3EG2 A; 3SHW A; 2BZY A; 1GCP A; 1NM7 A; 1MUZ A; 5FWB A; 3TSZ A; 4IIM A; 1AOJ A; 1X69 A; 3PVL A; 2AKK A; 1I1J A; 2JXB A; 2JMA A; 3VS5 A; 2FO0 A; 3I35 A; 2EKH A; 3VS1 A; 1WIE A; 2DA9 A; 1TUD A; 1M30 A; 5ECA A; 2L3P A; 5HCK A; 5I22 A; 1KFZ A; 2ROL A; 2D8H A; 2L0A A; 1IO6 A; 2ECZ A; 1PNJ A; 2LZ6 B; 1AWJ A; 1K0X A; 2LQN A; 1XOV A; 3KFV A; 4OMM A; 3QWY A; 1RLQ C; 1JU5 C; 4EIK A; 5L23 A; 1AZE A; 3TSW A; 1U06 A; 2CT3 A; 3I9Q A; 2C0O A; 2JW4 A; 1X2K A; 3H0I A; 1T3S A; 4ESR A; 2JM9 A; 3I5S A; 1UG1 A; 2JS0 A; 3VS6 A; 2DNU A; 2DL3 A; 1E6H A; 4AG1 C; 2RQT A; 1Z9Q A; 1X6B A; 1TUC A; 2OJ2 A; 3H0H A; 3C0C A; 2NUZ A; 2DBM A; 4Y92 A; 1X6G A; 2DRK A; 3EG0 A; 1QLY A; 1BB9 A; 2YUO A; 1NLO C; 1E7O A; 2DE0 X; 4OML A; 4RTW A; 2J06 A; 2KBT A; 2LJ0 A; 2KYB A; 2MOX A; 4Z88 A; 2BTT A; 1AD5 A; 1RLP C; 1GRI A; 1H92 A; 2DIL A; 1NEG A; 2VVK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OX8 A; 1SHF A; 1BI1 A; 3OW2 P; 1YHQ A; 1VQN A; 1QVF S; 4CC4 B; 2RQU A; 4M78 F; 1YIT Q; 2RB6 A; 3BDL A; 1VQ6 Q; 1VQ9 T; 1WGS A; 2CSI A; 2C0T A; 4KH1 B; 1VA7 A; 2MMP A; 2M16 A; 4M77 E; 3OQ5 A; 1PD1 A; 5GAM d; 4OGC A; 4PJM A; 3CCS Q; 1EIF A; 3EFO A; 1S72 T; 4C92 D; 1AZG B; 2QA4 T; 3NPF A; 1IHV A; 4FL6 A; 1ZA1 B; 2DM1 A; 4FSX A; 1Q81 U; 2PTK A; 3CXC A; 2KYM A; 3REA B; 2VAS A; 3VUZ A; 3L2W A; 3PFS A; 1IGQ A; 2OX7 A; 3M57 A; 8ATC B; 1WZO A; 3EG9 A; 3FJ5 A; 1UEB A; 2M1H A; 1BKB A; 1D1A A; 4PJL A; 1M8V A; 3VRY A; 4RUG A; 3OYJ A; 3G71 Q; 1OYX A; 3TU4 K; 5GAO l; 1WI7 A; 5GAN 5; 3CD6 T; 4HVU A; 1H8K A; 2LCL A; 4BE1 A; 4IUV A; 4FM4 B; 5DM7 R; 4PJN A; 1RAC B; 4AFZ C; 2J05 A; 5GAN h; 1GL5 A; 2D0Q B; 3OYK A; 3FEO A; 1M1K C; 4RTZ A; 3FJP A; 4R56 A; 3QBY A; 2RHU A; 3E2U A; 4BDY A; 5HKC A; 3X28 B; 3PIP A; 2WSF E; 3EHR A; 3SWN B; 1RUW A; 2AK5 A; 5FRO A; 3ZEH A; 2KAF A; 1VQ4 Q; 4RTV A; 1UJY A; 4DOW A; 4FT4 A; 5KYY B; 2KK4 A; 3MKD A; 1N27 A; 2RMO A; 1DJ7 B; 2EGC A; 2MF2 A; 3OS1 A; 1K73 R; 5LJ3 f; 2QQR A; 1Z9Z A; 2ZAE A; 2B86 A; 3KBG A; 5EG2 A; 1VQP A; 3CMA Q; 3DKM A; 1LPL A; 3SDZ A; 3CCR A; 4HCC A; 3H9N A; 1V76 A; 3CCE Q; 4RTT A; 2EGA A; 4E7S A; 1M1G A; 2DL4 A; 4ZGD B; 2O9S A; 4PFP A; 4BDZ A; 1YP5 A; 1K8A R; 2HSP A; 1BBZ A; 4M7D D; 3VRZ A; 2D8J A; 1TS9 A; 3MPU B; 4PJO G; 1C1A A; 2EGE A; 4OB3 B; 2PU9 B; 1M2V A; 4RTY A; 4E7H A; 4LNP A; 1OEB A; 1BI3 A; 2EIF A; 2BIV A; 5J26 A; 3M56 A; 1OQK A; 3NGP A; 4M78 B; 4M7A A; 5LJ3 e; 2JT4 A; 3IQL A; 1TWB A; 3URG A; 3GNF B; 2QQA A; 4J83 A; 2GBQ A; 2O88 A; 3OYC A; 1ABQ A; 1I07 A; 3REB B; 4AMC A; 3R6O A; 4FSS A; 3JB9 D; 2HZY A; 2RQR A; 1NJI R; 4DOV A; 3EG3 A; 2HMA A; 5GJV B; 5FU6 B; 6AT1 B; 4ZN1 A; 1Q86 C; 1LOJ A; 1G8X A; 2O9V A; 1P92 A; 2EYW A; 2KRO A; 1S72 Q; 3CPF A; 2QA4 Q; 5IXF A; 4DBR A; 1S1N A; 2KGT A; 4PK4 A; 2KE9 A; 5CQX A; 4C8Q A; 4A54 A; 1FMK A; 3NMZ C; 3GIB A; 4PJO C; 3OSV A; 2DO3 A; 4CC7 A; 4M78 E; 5GAN 8; 2V8J A; 2FL7 A; 3RBB B; 2KXD A; 3P8H A; 3CCL A; 1FWZ A; 3UA6 A; 1Y57 A; 2ROT A; 2XU8 A; 1R77 A; 4CC3 A; 1UGV A; 1VYU A; 4QW2 A; 4X9C A; 1UUE A; 1QMC A; 2KNB B; 1U1T A; 3MP8 A; 3LX7 A; 5CCA A; 3CD6 Q; 1K4U S; 1NYG A; 4F7U G; 1PHT A; 4Q5W A; 4M75 A; 4J8O A; 2E10 A; 1Q7Y C; 1OOT A; 3P8D A; 1JEG A; 2RO0 A; 3EHQ A; 3MEA A; 4M7A F; 4DEX A; 2RHX A; 3LH5 A; 1W70 A; 2LJ1 A; 4FU6 A; 4RTU A; 3JCM X; 1WXT A; 1YJ9 A; 1B34 A; 3EH2 A; 2MWO A; 5DY9 A; 1WFW A; 4XTZ A; 2DL8 A; 5I2S A; 5KYU A; 2P4R A; 3PE0 A; 1IB8 A; 2J6F A; 3EFO B; 5GAO p; 3I55 A; 4PJO E; 3J7A F; 3HL8 A; 5KYX A; 2LTO A; 3M0R A; 4PJJ A; 3HHT B; 4PFO A; 1KC8 C; 2X4X A; 3LH0 A; 2LT4 A; 1O9S A; 2DX1 A; 3CCU A; 1TOV A; 1U1S A; 2RD1 A; 4CI0 C; 1WXU A; 1QW1 A; 4QQG A; 5FWC A; 3JCM e; 3HFO A; 1UHF A; 1AT1 B; 4M77 A; 1T0H A; 1UFF A; 2L8D A; 3RKY A; 1PSF A; 4QVD A; 4OMQ A; 2QQB A; 4RCC A; 2A3L A; 2M0Y A; 2MCN A; 2AHJ B; 5CO7 A; 2KR3 A; 4EMK B; 1UDL A; 3VS4 A; 4B6M A; 3CCM A; 2OTL Q; 5CKB A; 3A8H B; 5KE3 A; 2RQW A; 3DLL A; 1HYO A; 2JMC A; 4EPC A; 1ABO A; 2A0F B; 2DK3 A; 1MHN A; 1MMG A; 1K8A C; 4X34 A; 2PVG B; 2DD5 A; 3JCM W; 3OW2 S; 1N6A A; 4HT9 A; 1ZQ1 A; 3UT1 A; 2RNA A; 3QUI A; 3MO8 A; 1JRI A; 1G3T A; 4KGV B; 2BE9 B; 4BE2 A; 2JS2 A; 3VYG A; 3RKX A; 4N0A C; 4LD9 K; 4E6R A; 1VQ5 T; 2M51 A; 3G4S T; 5A0L A; 2KRM A; 2YDL A; 3VYH B; 1IXD A; 3T9N A; 4E47 A; 1SF9 A; 1VQ7 T; 1BIB A; 3SHW A; 2DER A; 1MUZ A; 5FWB A; 5GMK i; 2LX9 A; 2RHI A; 4IIM A; 1AOJ A; 2YLB A; 4JRI A; 4XU2 A; 2QK0 A; 5IAY A; 1Q82 R; 2FZG B; 3PVL A; 2ZCF B; 2LT1 A; 3G6E A; 1K9M R; 2HD0 A; 2FO0 A; 1VQK Q; 3JCM P; 3GNG A; 5LJ5 h; 1TUD A; 1YBY A; 2GCX A; 2XKO C; 4M7A B; 3JRZ A; 3OYG A; 1IO6 A; 1K0X A; 4LD6 A; 2QEX T; 4OMM A; 2NUP B; 3QWY A; 1RLQ C; 5GAN 6; 1JU5 C; 2GQV A; 1I8F A; 1WHK A; 1TU0 B; 1U06 A; 1D3B A; 2CYZ B; 1VQO T; 1ZHI A; 4ZGJ B; 4ESR A; 2DFU A; 1N8R C; 2OAU A; 1D1C A; 2JS0 A; 4BI4 A; 4YTL A; 2PUO B; 4AG1 C; 2XK0 A; 2RQT A; 2ZPF B; 4C92 C; 2LDM A; 3OS0 A; 3CC7 A; 5CIU A; 2P0P A; 1MMA A; 3KXT A; 5J39 A; 3GOX A; 5LJ5 g; 2FB7 A; 2DBM A; 1KHI A; 4BB7 A; 1W2B P; 1K73 U; 3RR6 A; 1NLO C; 3E1S A; 1C6V X; 3SWN A; 4RTW A; 2J06 A; 1WJQ A; 4C5I A; 2KYB A; 2F5K A; 4Z88 A; 2BTT A; 1AD5 A; 5HK3 A; 1SSF A; 5KYY A; 1NEG A; 2VVK A; 3CXC S; 2DAQ A; 2BUD A; 4LDV A; 2DIQ A; 3JCM c; 1UE9 A; 1VQN T; 1N9R A; 1WA7 A; 2LRQ A; 4LUD A; 2GTO A; 1SRM A; 4CC2 A; 4M7D G; 2EYY A; 1NLP C; 2EYQ A; 2MPX C; 3OYE A; 1ARK A; 1FYN A; 1CSK A; 1ZUK A; 1AWO A; 2OI3 A; 3TCJ A; 5GAN f; 2DYB A; 3PMI A; 4C5H A; 5GAM h; 2ED0 A; 3PTA A; 4B9X A; 2IVW A; 1X75 C; 5HY6 A; 3ZL7 C; 1WHL A; 2KDS A; 4C92 E; 4IIO A; 1XJW B; 2ABL A; 1I81 A; 2DLP A; 2YT6 A; 1HD3 A; 2EJG A; 4QVC A; 2AIR B; 1K9A A; 2VGM A; 2LNH B; 4A4F A; 5HK0 A; 3WXM B; 3MJX A; 1Q81 C; 5M9O A; 2DTI A; 2JJ9 A; 2RJC A; 3JB9 G; 5GAO q; 4IKF A; 2EJF A; 4J9H A; 3EFS A; 1BCO A; 1RI0 A; 2WSC E; 1JJ2 A; 1XTD A; 3CPW P; 1UEC A; 1NYF A; 4M78 A; 1UHC A; 3VS0 A; 1NJI U; 1GCQ A; 5GAM g; 1OPL A; 3OYF A; 5GAN e; 3OW2 A; 4L6V 5; 3VV0 A; 1BCM A; 2L3Q A; 2F69 A; 2DVE A; 4JRP A; 3QPH A; 2D1X A; 1QKX A; 2MK5 A; 4FYY B; 3UAT A; 3G4S Q; 3CCV A; 4BE0 A; 1WDX A; 1V29 B; 2LCS A; 3UWN A; 3FLG A; 4M7D C; 2V8I A; 4ME7 A; 2A7Y A; 5J3B A; 2DD4 A; 1TTH B; 4J6W A; 3CCQ A; 1VQ7 Q; 3H41 A; 1W4S A; 4PFZ A; 4F14 A; 2QQ9 A; 2J6O A; 4IUP A; 3QJ6 A; 1YI2 A; 3FB9 A; 3QZ9 B; 1KQ2 A; 3CBO A; 4PJO A; 3EG1 A; 1KQS P; 4OB0 B; 2CH4 W; 2LQW A; 4HCZ A; 2FYK A; 1VQP T; 1PSE A; 5CQY A; 3BY7 A; 4OMN A; 3M55 A; 4RCB A; 3CCR T; 3OS5 A; 4FW2 A; 1KIK A; 4QVZ A; 1WPY A; 2FHD A; 2HEQ A; 2ZPI B; 1VOM A; 1UTI A; 3SD4 A; 4Y28 E; 2DET A; 2DBK A; 3M59 A; 2Y4Y A; 4M7D E; 1FMW A; 2DRM A; 2L2P A; 3LGL A; 1Y0M A; 3ULR B; 3C94 A; 4OF1 A; 3RIR A; 3RER A; 4P5N A; 3X25 B; 1RAA B; 2IPO B; 1WYX A; 2RI5 A; 2PQW A; 3QO3 A; 5LJ5 j; 3JAM E; 1M8M A; 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