2EPKX

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 241
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
625
structure length
613
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus gordonii
total genus 241
structure length 613
sequence length 625
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
X PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
X PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epkX03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epkX02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epkX01
1AMYA 2DIEA 1M7XA 2ZWYA 3AIEA 4JL1A 2CPUA 1E4LA 1GOOA 8CGTA 2DT3A 5E9AA 1M01A 2QMJA 4F9JA 3N12A 1UD5A 1XGZA 2VZUA 2A3AA 2VRKA 2VZVA 4P7RA 4H8HA 4W7UA 7A3HA 3VGDA 2D2OA 4BQ4A 1E6SM 3T08A 2FGZA 2J7HA 3ZO9A 3VMNA 2FH6A 2Y8VA 3WEZA 3BLPX 2OYMA 4MJ4A 4CN6A 2Y5EA 3WNPA 1NOUA 2VR5A 3AXIA 1BFNA 3PZNA 1W9DM 4YN5A 2D20A 2XG9A 2PB1A 4W89A 2G3IA 2D3NA 3RM4A 4EAMA 3AOFA 4JHZA 3RCNA 5A1AA 4EE9A 2Y4SA 1Y7VA 3W4RA 3QOMA 3NIYA 1MVYA 2QHAA 4MB5A 4OBSA 3EDDA 1W9UA 3MANA 4KRUA 1CYGA 5CPSA 2ZX5A 4FK9A 4PCSA 1ZJAA 1CGYA 1NWTA 2WC7A 1H49A 2J75A 1E6PA 4WKAA 5BXPA 1S46A 5DFAA 1LL4A 4W8AA 1HVQA 2WCGA 7CGTA 3HN3A 2X1IA 1UD3A 1E6QM 2YLLA 3WNNA 2WVUA 6A3HA 3DHUA 1VB9A 4ATLA 4GZJA 1NP0A 1KGXA 3BC9A 4CD7A 4MB4A 3ARWA 3OLGA 5A2CA 1I1WA 4H8UA 5KZ6A 1G5AA 2C0HA 1V6VA 3WQ4A 1A47A 1WPCA 1CEOA 3UCQA 4XZBA 1ISZA 1MWOA 3ARUA 5HPCA 3UEQA 4B16A 1QVBA 1UH3A 5FIPA 2AOSA 4ZE4A 1KQZA 1W9XA 1LL7A 1TA3A 1MQRA 1WE5A 5AYIA 1CTNA 1MW1A 4H7VA 1QI4A 1CLVA 1GOIA 4UFLA 1JFXA 1R7AA 5D9MA 4CKQA 2OSWA 1V6WA 3WUEA 1MXGA 4MB3A 2XPKA 1OBAA 1HJUA 2OWXA 5ECUA 4CVWA 1E3ZA 1VEPA 1GZJA 2DQXA 1G01A 3AICA 2WMFA 3WDPP 5A6MA 1O7AA 2VZTA 2PWDA 2UY5A 2WHJA 1RP9A 2CIPA 4ATDA 5A8NA 3UG5A 2EPMX 3TTYA 4H2CA 3EMCA 4AWEA 4MAVA 1C7SA 3CGTA 4RE2A 5CLWA 2RGLA 1B30A 2J8FA 2WVVA 3O2LA 1HKJA 4TXEA 4U5KA 1KCLA 2CHOA 3I3EA 3A47A 1H0IA 2WB5A 1JYVA 2CYGA 1AQHA 4TTGA 1V0KA 1V6UA 3RIKA 4MNKA 1LLOA 2XWEA 3NSXA 4AD2A 4DWSD 5HPOA 4UTFA 2VOTA 3VD4A 2GDVA 4JFUA 4YHGA 1WZMA 4PMYA 1K6AA 3OBAA 1CECA 3DYMA 1EOMA 5HOSA 1GCYA 3MU7A 4CCCA 3DYPA 3WQVA 3VGEA 2XVNA 2GJPA 4M82A 2FGLA 4OKDA 2J7FA 1WNOA 5E0FA 3PN8A 1E0XA 4J27A 1MFVA 1UR9A 4PTMA 5ABEA 3CMGA 3MUZ1 2DT1A 4M24A 5A6BD 4GPNA 3AMCA 3FNDA 2EQDA 2PF0A 3WSUA 2CCRA 2WMKA 2BY1A 3WDQA 1GHRA 4HZ7A 2WMIB 2BV9A 4AD0A 5A3HA 3AROA 1E1FA 2J7BA 2D0GA 3M7SA 2DDXA 1CWYA 1P6WA 3AXHA 1OIMA 3VX0A 3W26A 4PUEA 4YPJA 1E73M 2AMGA 5GQBA 1J9YA 1US2A 2WXDM 2VX4A 1B3WA 1W3LA 3CHFA 3WL0A 2VCAA 2TAAA 4B9YA 3KWXA 3GXIA 2XIBA 1LWJA 1B3ZA 2BNJA 4F66A 5CG0A 4C7DA 3CZJA 2WMHA 3MUY1 2E4TA 4IUGA 1HKKA 3T2QA 3EDFA 3CTTA 1DWHM 1WB0A 5IFTA 1LJYA 1RD6A 2W66A 1TCMA 1HT6A 1YHTA 5CPQA 3CHDA 3VDCA 4CCDA 2D1ZA 1JDAA 4AZBA 4GKLA 1BQCA 3FAXA 1QNQA 3T09A 2J7CA 4MTVA 4D6HA 5A6SA 4JKMA 1XCXA 3UR7A 1H5VA 5KEZA 1TFVA 2V5DA 1SMDA 1DWIM 4FF5A 2W63A 1DWJM 1HVXA 1E0VA 2VC9A 1QNRA 3BH4A 2UY2A 4XB3A 2G8ZA 2NW0A 2JF6A 2DH2A 4HU8A 4Z2KA 2EPOA 1J01A 2OWCA 2D3LA 3CUFA 1PX4A 1RP8A 3N18A 4GI8A 5FD0A 1V02E 3M6DA 3VMPA 3WNOA 4DWSA 1E6RA 3WF2A 4BA0A 3AJ7A 3GH4A 2VI0A 2WMJA 3SCWA 1WAWA 4UCFA 4HOWA 5CZKA 2ESCA 4KMQA 3L4WA 2FHFA 2XM1A 2EPKX 3DHPA 4U31A 5CPTA 1W9VA 1E56A 1HJXA 3W29A 3PTKA 1J11A 1IT0A 3HJEA 1AQMA 4MB1A 2HVMA 3WDRA 2J7EA 3ZT7A 4QP0A 4TVDA 1UD8A 3VM5A 2VRQA 5CLTA 3AFBA 3AS1A 3EBVA 5A6BA 5AC4A 3OLIA 4AZCA 3KEHA 1BG4A 3WNLA 4PTVA 3MMUA 1VFOA 2ZUSA 2QMKA 5FL1A 4B3KA 3CO4A 3AHXA 4PTXA 2WAGA 2Y8KA 1V3LA 4P7QA 1QPKA 1BGAA 2CNCA 4XV0A 2WZIA 3O6AA 2VCBA 1K9DA 1PBGA 3ARXA 3ZOAA 3EMQA 2OWWA 3OZOA 2PBOA 5E6ZA 1MYRA 1FHLA 1X6NA 1JAKA 1XH2A 4N0RA 3IAQA 3ZSSA 1GORA 3I3DA 1W1PA 3ARRA 3ZJ6A 1XD1A 1LF1A 3WDJA 1HJQA 4MJ2A 4BCEA 2YDRA 3VOCA 2D23A 4MDOA 4H8VA 1VENA 3VINA 2XVPA 3UESA 1Q6EA 5EFFA 4D6GA 1ZL1A 1ZJBA 1HX0A 4U2YA 1XC6A 2PWEA 4UZSA 2BXYA 4J3VA 2V3DA 3SCOA 2XVLA 4PSPA 3ZT6A 3DYOA 3BMVA 4ZE5A 1V08A 2J47A 3VIKA 4LYPA 2W67A 1NM9A 4PN2A 1DTUA 1FH9A 3AHZA 4OIFA 5CJ5A 3N9KA 1VFFA 4UOQA 3VVGA 5IXEA 1SR0A 2DEPA 5JIPA 1UH2A 2DSWA 4CU8A 3HU7A 1JFHA 5BRQA 2PI6A 1EGZA 1XV8A 2Y24A 2AAAA 1UR0A 5AYBA 4PBGA 2WPGA 2JALA 3AHYA 2VVNA 2D22A 1ISWA 2YKKA 4FLSA 3MSDA 1J12A 4ZENA 4E2OA 5LA1A 3W38A 1HNYA 1ISYA 2GJXB 1QBBA 2YDQA 4PMDA 5DF0A 2J8GA 2VCCA 5HDRA 4PMNA 4EK7A 1UD6A 3AMLA 3VIPA 4UR9A 1ZBKA 3CUIA 4GZIA 3CZKA 1ZBCA 1JD7A 2W91A 4W5UA 1W91A 4ZFMA 3WNKA 3W6MA 1E4NA 1W1TA 2D0FA 4OZOA 2VR4A 3B9EA 1UWIA 3NDYA 5JUVA 1CXEA 1JNEA 2WSPA 4PMUA 3WQ8A 4RE4A 3FAWA 1TMQA 5HNNA 1CXHA 1J0HA 2CBUA 3NYDA 3VIIA 4JKKA 1B3XA 4D71A 1QI2A 1A3HA 3M07A 4W87A 1BVZA 4FLRA 1BLIA 3AI0A 2V3GA 3L4ZA 1JZ2A 4QCEA 3AS2A 4JL2A 5IFPA 4UFHA 1UR4A 3VGGA 5D8WA 4A3YA 3THCA 1E3XA 1DWFM 1TVPA 2EPNA 1TR1A 4JHOA 1W32A 2ZXQA 4BQ2A 1BG9A 2VVSA 1V3HA 1GVIA 1KWKA 1BYCA 1LQ0A 4LXFA 5LYRA 2WSKA 2WM0A 4HA4A 4C7FA 2BXZA 4WIWA 1VEMA 5ABHA 3AZRA 5JBEA 1M03A 1MW3A 4ATWA 2XFRA 1US3A 3CUJA 3WY1A 4P8WA 2CESA 4GIAA 8A3HA 5CGTA 3CPUA 5ABGA 4BS0A 1W1VA 1VJSA 5EMYA 4AIOA 4M56A 5DEZA 1IZKA 1OT1A 1KR1A 2XUCA 4ZXLA 4CN4A 2V3EA 4LQ1A 5GPRA 4WSJA 4D72A 3NSNA 3PZ9A 4AZ7A 2PWHA 3A3HA 1QI0A 1PX8A 3AIVA 1OD8A 5A8OA 1NWRA 2VTFA 3F5KA 1XSIA 4L4PA 3U7BA 2XJ7A 2XYLA 2BVDA 1KXTA 3VNYA 4M1RA 1UQYA 3N15A 2UY3A 4ACZA 3NDZA 4U3CA 1EO5A 4MADA 1QNOA 1JF5A 3D5HA 2XSBA 3WEOA 4W85A 3ZM8A 3L4XA 2ZX7A 1UYQA 4J28A 4MDPA 4UQ9A 1WDQA 1E5JA 3EYPA 4LYQA 4K68A 3FW6A 1R7OA 1E15A 3LPFA 2OLHA 4Q22A 3FY1A 2OSXA 4AZ6A 1JDDA 4E8DA 4MNMA 1X6LA 2YLAA 2G4FA 4PUDA 3WIJA 1E4MM 1BTCA 1GW1A 2Z1KA 1DWAM 3SEPA 2JEQA 2J7DA 1JNDA 1U2YA 3WFZA 3PTQA 3QHMA 2GK1A 2YL9A 3FHAA 3BAJA 1ZB5A 2A3CA 3RMEA 4Z2IA 4D1IA 3F5JA 1EDTA 4XX6A 4KWUA 4AEFA 1GJWA 1CLXA 1W2VA 2EJ1A 3O9NA 3OIHA 1ZBWA 1WKYA 3I3BA 4UFKA 1JF6A 1JXJA 2J4GA 5EFDA 1QHPA 3WQ5A 1WP6A 1XSKA 1EQPA 2B31A 1QHOA 3LPGA 3W0KA 2CERA 4KH2A 5C70A 1V3KA 1JZ6A 1VF8A 1KWGA 1EDQA 1W3KA 5D4YA 3ARVA 2WC3A 2W92A 5BXSA 4MNLA 1XCWA 2WK2A 1JGIA 3CIVA 4AMCA 4CGTA 1UKSA 3VDHA 1WCGA 1FFQA 1CGTA 4F79A 1G94A 3D3AA 1KFWA 2VJXA 4GO9A 4KGJA 3BAYA 1Q6FA 1XRVA 4H41A 3RM8A 4DUXA 1UD4A 1C3FA 1TE1A 3GTNA 4OBRA 3WDHA 3ZMRA 2DT2A 1Z32X 3MO4A 3SIMA 3PZIA 3WQWA 2WHMA 2ZOXA 1UWSA 3PHAA 1CXFA 1GQLA 1TA3B 1XYZA 3SUSA 3ALFA 1V3IA 5FOOA 5ABFA 2DSKA 3PZVA 2W5FA 1UD2A 1W1YA 4HA1A 1TUXA 2VT0A 2EXOA 2YBUA 1UWQA 1NARA 1QW8A 3BAIA 3PZGA 3WD1A 1UQZA 4NSBA 1CIUA 1UKOA 3CZEA 5LA2A 3UERA 2E9MA 4CD6A 3W82A 3VNZA 1PEZA 1KXQA 2WYSA 2WKGA 1BYBA 2PC8A 6CGTA 3WUGA 2XWDA 1V03A 2O9TA 5D9PA 2PWGA 4PCTA 1MXDA 1GHSA 2E8YA 2CHNA 3AIQA 1EQCA 3U7VA 2ZE0A 2EEXA 4LGXA 1RH9A 4OOUA 3WMBA 2WVVB 3ARQA 3VUPA 3LPOA 4AIEA 3F4VA 2F61A 1PJ9A 1OGBA 3TONA 2CEQA 2DH3A 1OB0A 4GXPA 4X0VA 2VUYA 3MMDA 3CZLA 3BAWA 3VD7A 4TUFA 1ITCA 3A4XA 2V38A 3NJ3A 1ISVA 3GYCA 4EKJA 3VILA 2BFGA 1FHDA 4U33A 1PIGA 3LPPA 2ZUVA 1CGVA 3ARZA 3OLDA 2ZWZA 1C8XA 1ZBVA 3K1DA 4W8LA 3RJXA 4Z2LA 1HL8A 4WSKA 1CBGA 3GM8A 1LL6A 1ITXA 1MQPA 3SCRA 3W37A 2XM2A 3HMCA 3A4AA 3GH5A 3CZ8A 3AMDA 5DT5A 1QW9A 2WZHA 1VFUA 1B2YA 1WDPA 4CD8A 5AC5A 5DMYA 3WN6A 4J3UA 4J7RA 2BHZA 1H4PA 2J74A 2NSXA 2F8QA 4M8UA 4HOZA 5F7UA 3L4VA 4MNJA 4GI6A 2HISA 1E71M 1OWQA 1EA9C 1GPFA 2BHYA 5I6SA 5JIWA 1J18A 1L8NA 4Z2GA 5BXRA 2O9RA 4UQCA 3IK2A 4PMVA 3CHEA 3RPMA 3ARPA 5CSUA 3WUBA 2JE8A 1UUQA 4NRSA 4C7GA 4PMRA 5I0DA 2NT0A 1BSIA 1BVNP 2E9BA 3WF0A 2WCSA 3W27A 2XIIA 1H0GA 2ZUUA 4PTWA 4W7VA 1E5NA 1MQQA 3VIOA 1OIFA 3U5YA 4WK9A 3ALGA 3BSHA 1PZ3A 3WH8A 4DM1A 1B31A 1H41A 1EIBA 4WF7A 1C93A 4M80A 5A6KA 4CCEA 2QF8A 5HXMA 1V6YA 1HN1A 1B0IA 3CBWA 4OJYA 1Q6GA 1J0YA 4JFSA 1J0ZA 3N13A 2EPLX 1C8YA 2XVGA 1G9HA 4P7OA 5M17A 3K8MA 3TTOA 2CKRA 1G0CA 3BSGA 5A8MA 4WLCA 4UOZA 1HP5A 3ARYA 4D6EA 4PMQA 4J3SA 1U30A 4A4AA 1V0NA 3SUUA 2W62A 4HU0A 2D24A 3QGVA 3WH9A 4UFJA 2WVSA 1FOBA 5A6JA 5E09A 3PZTA 3IAPA 4M81A 3WD2A 1PX3A 2XFYA 3L2LA 3MMWA 4FLQA 1E1EA 1J10A 1DEDA 4WKFA 4DWSB 4AC1X 4AIUA 3IANA 3TOPA 3W25A 1B3YA 2OYLA 3K8KA 2J7GA 1KGWA 1HJSA 4AISA 1OT2A 2BY2A 2YA0A 4HMCA 4R27A 1UR1A 1OCQA 1KBKA 1ISXA 4D6FA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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