2EPOA

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 261
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
261
sequence length
626
structure length
626
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus gordonii
total genus 261
structure length 626
sequence length 626
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epoA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epoA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epoA01
3VIKA 3AMGA 4GO9A 3CZLA 5C8BB 4D6CA 1NH6A 5IFTA 3MKKA 4C7DA 3VVGA 1SMAA 1UWRA 2J7FA 1MVYA 1ECEA 4A4AA 1PX4A 1TMQA 4WJXA 3VIOA 1TFVA 5BRQA 2WKGA 3IJ7A 1UD3A 1QW9A 1UQZA 1GQLA 2WAGA 3DC0A 2CKSA 3PZGA 1M03A 3AYRA 1UWTA 3VPLA 1UOKA 5EFFA 4FLRA 4HU8A 1LL7A 1DWHM 2WSKA 4BQ3A 5A6AA 4HOZA 3FHQA 2YOCA 4UFKA 4W87A 3NDYA 1CBGA 4QAWA 4MJ2A 3QHNA 2VZUA 3O9NA 3VX1A 3VINA 3CHFA 4XX6A 4AD0A 1W3JA 2Y8KA 5A8MA 1KBKA 2YA1A 1W3HA 2CIPA 1HKKA 3BXWA 1N82A 5GPRA 1RH9A 4GO8A 4WSJA 1B0IA 1CGYA 1HX0A 4PTVA 2EQDA 3TTQA 3VNYA 3UETA 4UQEA 1UKSA 2J8GA 3B8SA 2WMFA 4NZCA 3W25A 3CHCA 1JD7A 1KWGA 3EDKA 1EQPA 2CBIA 1Q6CA 3WD1A 1FP9A 3AIUA 2DT3A 1UUQA 3HU7A 3VILA 1W2VA 1XD0A 3MV11 3SUTA 4W7UA 3CIVA 2VX5A 3MS8A 2J79A 2YBTA 3NCOA 2BFGA 3GZAA 4M80A 3WH8A 2OSYA 2XGBA 1F4HA 3AIEA 1XRVA 1GOIA 1XSIA 5D8ZA 2J7HA 2V38A 1FH7A 1JL8A 3WMCA 2YKKA 3BH4A 3OB8A 1VIWA 1QI0A 4Z2KA 1YHTA 4Q7NA 1SMDA 3MMDA 3SUWA 2YL8A 2W61A 1HKIA 5AYBA 1KR1A 4H04A 4ATLA 1MQPA 2BVTA 3WUFA 1NWUA 1VFOA 1W1YA 1MW3A 2OWWA 1B30A 1V6VA 3RJYA 4W5ZA 3ARYA 3BCDA 1W3KA 2G3IA 1GJUA 3UEQA 1FH8A 3WNLA 3AHTA 2WBKA 4W93A 1NOWA 1HKMA 2XFFA 2A3BA 4UQCA 2DSKA 2WNWA 5ABGA 1W1PA 2X2YA 3SCWA 5AC4A 1XH2A 4WF7A 3APGA 3NSNA 4M56A 4CU6A 3TTYA 4MB4A 4DUXA 4ZEPA 1GNXA 1X1NA 5DO8A 1J18A 1LL6A 1NARA 1PX8A 2D24A 2GK1A 1H0IA 2FGLA 4JFUA 2WKLA 3AIVA 5ABFA 5M3WA 1M53A 3PZQA 2IXVA 1C7SA 1E6SM 2YA2A 3NSXA 2BXZA 6A3HA 3VD5A 3U7VA 3L2MA 3WELA 1V02E 4YN5A 1IT0A 1VEOA 2VRQA 3AMCA 1JAEA 2J75A 3VIMA 2XSBA 3OLEA 2XM1A 3AIQA 3RCNA 2WMIA 4U2ZA 2OYLA 4UQBA 1GVIA 3WNOA 3WQ4A 3M46A 4CD7A 2ZX7A 1QHZA 2WVUA 1CGXA 1QI5A 3WKZA 2VZOA 4Z2JA 4J3WA 1OWQA 4DWSB 1V0NA 2WHMA 3BCFA 4JKLA 5I5RA 1E6PA 5A8QA 1V0KA 3WUBA 3DYOA 3AISA 1O6IA 2VURA 3VGFA 4BS0A 5BXPA 5AY7A 1Q6GA 1QNOA 4HMCA 2A3EA 1C92A 1GORA 1JYVA 3L4WA 3N15A 1EH9A 2PF0A 2W67A 3RM4A 1MXGA 5I79A 4GIAA 5BXRA 3CLWA 4U31A 1JZ5A 1Q6EA 5DEZA 4QCEA 3T2QA 2C0HA 5DMYA 1B3VA 1HXJA 1CYGA 4EKJA 3AZTA 2VX6A 1HP4A 1WZLA 2XWDA 3PTKA 4H41A 3EDFA 5A94A 4AD3A 4M82A 1K9DA 4ZE4A 3TTSA 2WC3A 3L4VA 5EMYA 2QF8A 4W88A 1QNQA 3WDPP 3W53A 3AICA 1JXKA 2UWFA 4KGJA 3GTNA 4C7GA 1TA3A 3U7BA 2O9RA 2EPNA 4P7LA 5AC5A 1E0XA 3A4XA 1MW2A 1VF8A 4M1RA 4CCCA 2WHKA 1E73M 2WVTA 3BSHA 3N11A 2Y5EA 1EOKA 3VU2A 1JZ6A 3ARRA 2YLAA 5IDIA 1JYNA 2DH3A 2QMJA 5I3DA 2DDXA 1CDGA 3WQ8A 2FHBA 4AZIA 1TR1A 3WD2A 5HOSA 3WD0A 1OM0A 1BAGA 3AZRA 4PTXA 1E0WA 1QBBA 3ZJ7A 3L4XA 1JF5A 2X0HA 2Z1SA 1OGSA 1R87A 1CXHA 2WC4A 1UZ1A 2HISA 4OBRA 4RL3A 3T09A 1VFUA 2EXOA 4BZYA 2W5FA 3J7HA 4W84A 3VIPA 2VQUA 4GZEA 4PMVA 3ARZA 4AIEA 3PN8A 2D20A 1JD9A 1ISWA 3KEHA 1TVNA 4V2XA 1E55A 2PWHA 4WK9A 2ZXAA 3OLIA 1CXEA 4MNKA 3VTRA 1WZKA 2VL4A 1BGGA 2E3ZA 2GJXA 2ZUWA 1G5AA 4J27A 1V3HA 2DT1A 3PZVA 1W1TA 3CZJA 3MUAA 5A69A 3WD4A 3VIFA 4M81A 4NI3A 3NIYA 4H8HA 5FCZA 1UD8A 4R5EA 4JZ5A 2JFEX 1QPKA 4JL1A 5A6BD 1GQKA 1VJSA 2JF6A 4D6FA 2V3DA 4OBSA 3VDHA 3N9KA 3SURA 4TVUA 5D4YA 2W91A 3K46A 1LQ0A 3K8LA 3AI0A 1EO5A 2G3NA 2JF7A 2Q8XA 4HTYA 4MB1A 5E09A 1XHGA 7A3HA 2WHJA 1DP0A 1OIMA 4D72A 2X1IA 2D3LA 5LA2A 1I75A 3AMDA 4ZE5A 2AMGA 4TXEA 1WKYA 4OZOA 3TP4A 3WDIA 2DIEA 2F61A 3GH4A 4GINA 3KWXA 3F4VA 3M07A 4MNJA 4KH2A 1PX3A 2J8FA 2WLYA 1B31A 1MXDA 1US3A 1KXVA 4DM2A 3BSGA 1E3ZA 2CBVA 2QHAA 1A47A 1DHKA 1C8QA 4W86A 2BHZA 1C90A 1XC6A 1HNYA 2CBUA 4HU0A 1SFSA 1I1WA 1CLXA 1JZ4A 1E3XA 5CJ5A 2GDVA 5A2BA 4QCFA 3UG5A 1QNPA 1JZ7A 1E15A 4JFTA 3W4RA 1EIBA 1A3HA 3IAPA 3I3EA 1DWJM 4CKQA 2DEPA 4H7VA 1GOOA 2ZUNA 2XFRA 1E1EA 3IANA 2WMKA 2XTKA 2EO7A 2VJXA 1JDAA 2V3EA 4NRSA 1OINA 3MSGA 1WB0A 3RMEA 6TAAA 3WH7A 2ZXBA 3MO4A 4GKLA 2J77A 3PZTA 3OZPA 2PWEA 1W91A 3TTOA 2QMKA 4DUWA 3O6AA 4JCLA 4CN6A 1M7XA 3N18A 3WEOA 3KL3A 4B15A 5IXEA 4AZ7A 5ABHA 4PCTA 2PC8A 4W7VA 3FW6A 3G6MA 4B3LA 3ALFA 2WPGA 2VVSA 3HJEA 3WF3A 3FNDA 3VM7A 1CGTA 1C3FA 4XZBA 3SCTA 3GM8A 4J3TA 1VBRA 3HN3A 3WF1A 5CPTA 3GNRA 3ZMRA 1HT6A 2VQTA 2J74A 3PZNA 5M03A 5CSUA 1TG7A 4ACZA 1J0YA 3L4YA 4P8XA 1GZJA 3EMCA 1QHOA 4R27A 2Z1KA 1ODZA 2NW0A 4UTFA 4P7RA 3SUUA 4E8DA 3ARQA 3POHA 3WMSA 4F9DA 8A3HA 1W1VA 3W81A 3MV01 4KRTA 2PWGA 5D9MA 4ATDA 3WIJA 5A1AA 5TD4A 3W27A 1V3JA 3W29A 1HVQA 4DWSA 4TX6A 4DWSD 3QOKA 1HJVA 1E1FA 3OZOA 2FH8A 4ML4A 5JBFA 5A6MA 1PAMA 2AOSA 1MQRA 2PWDA 3K4AA 4PMXA 3CH9A 1V6XA 1UD4A 4BCEA 1MQQA 2PWFA 2DGAA 1JGIA 1IV8A 2JEQA 3A3HA 1XGZA 3SCRA 1UR1A 3QR3A 4WLCA 4UFMA 3ZT6A 2XG9A 4LYPA 3IAQA 1H11A 1DWIM 3FAXA 2WVSA 2HVMA 5I6SA 3PBGA 2VI0A 3CZKA 2D23A 1E4NA 2YA0A 3WBEA 3SUSA 2FGZA 2YDQA 4Z2LA 2BY2A 5IFPA 1E4IA 2F2HA 4AZCB 5A8NA 2XIBA 2D2OA 5HNNA 3VOCA 1J0IA 4OIFA 3F5KA 2CXGA 1MW0A 1RD6A 5BRPA 1PPIA 5I77A 3GYCA 1WAWA 3ZSTA 3WQWA 4P8UA 1CTNA 3AXIA 5HBFA 4QLLA 4WKFA 3W0KA 3FY1A 4TX8A 1V6YA 3L2LA 4D6GA 2XVGA 3VMOA 1RPKA 3DECA 1XH1A 3LPPA 3ARXA 1JI2A 4PBGA 1J12A 4IPNB 3BMWA 5A6LA 1QHPA 2YDRA 4MPKA 3CBWA 1G94A 3PZUA 1J0HA 3AZSA 2UY5A 3W38A 4QDMA 3PZMA 4WIWA 1GW1A 2XJ7A 5I0DA 5FL0A 1EOMA 3CMJA 4AEFA 3GDBA 3MUIA 3GNPA 3DYMA 1AQ0A 1CLVA 4EANA 3UESA 1B3YA 4CVWA 1V3KA 4BF7A 4DM1A 3WL0A 2O9TA 6CGTA 2PB1A 2F8QA 3II1A 3PZOA 2EPOA 1R85A 1Q6FA 3WDJA 1ZBWA 2YLLA 3N12A 4FK9A 3VX0A 3AOFA 3FN9A 5DT5A 4H8UA 2BY0A 1QI2A 1BF2A 1BQCA 1R8LA 1XH0A 3SCPA 5KEZA 3WQ5A 2AAAA 1CXLA 2VX4A 2DSVA 3L4UA 2VO5A 3WQ6A 3VD4A 2EPLX 4HZ8A 2OSWA 1UHVA 1G1YA 1HJUA 2WWDA 1WZAA 3EDEA 1QOXA 4FF5A 4W8AA 4GQQA 4EAMA 3CZ8A 1J9YA 2ZX9A 1W9BM 3BAJA 1XCWA 2YIHA 2FHCA 4NF7A 4P8VA 1JNDA 5EBAA 4AIUA 4U3CA 3OGSA 4ATWA 3SCQA 1HN1A 4E4PA 4AZBA 1HF6A 1J10A 1CXIA 4U5KA 5HPCA 3BC9A 2BS9A 1HJXA 2WANA 3UR8A 3IJ9A 1Y7VA 3MUZ1 4W85A 4XV0A 4Z2HA 2GSJA 1J11A 2E8ZA 4AD1A 2G4FA 2DQXA 3ZM8A 3WH9A 5A2CA 3ZSSA 1HJSA 1LWJA 4L4PA 4J3SA 1OIFA 1E40A 4HMDA 3VGDA 2YJQA 1W32A 1ODUA 1GHRA 4AYSA 3K4DA 3W6LA 3ARVA 1S46A 4ZFMA 3D5HA 5A6KA 5JIWA 1H09A 2JEPA 3AIBA 4WSKA 1W2PA 1PZ3A 3ZJ8A 3WN6A 1KB3A 2YBUA 1KWKA 1DTUA 4AY1A 2J62A 2VVNA 4CGTA 4U2YA 1UA3A 4PMZA 1B2YA 4MTVA 4GQRA 4W5UA 4NSBA 2Y24A 5FD0A 2ZUTA 1VEMA 3AMLA 4IM4A 5JUVA 3VD9A 4D6JA 1R7OA 1UQYA 3B9EA 3RJXA 3CUJA 2J7EA 2OWCA 4F66A 5BROA 4MNLA 2XPKA 1BLIA 3F5LA 2WLZA 3MUY1 4PSRA 3QOMA 1JAKA 1AQMA 3UR7A 2YL9A 1X6NA 2G3JA 4V27A 2A3AA 2VCBA 2WB5A 1J0ZA 2ZE0A 4A3HA 5GNZA 2CPUA 3T0AA 5CZKA 4GI8A 2IUZA 1SYTA 1UYQA 3GXIA 3QHOA 3CTTA 5ECUA 4U33A 1BVZA 3WNNA 1NOUA 4AMCA 5E70A 3AIWA 3CGTA 3WEMA 1UR9A 2GJPA 1DWFM 1H5VA 1VEPA 3AS2A 4X0VA 1XD1A 5BXTA 5DF0A 2WZHA 2XFYA 4JL2A 2QPSA 1XSKA 1MW1A 4KGLA 2XVPA 4GI9A 4OUEA 4BQ5A 3ZJKA 3RM9A 1V6WA 3GH7A 1Z32X 1TCMA 1WP6A 4M24A 3CO4A 1UD2A 4L4OA 1XCXA 2JALA 5CQ1A 4JHOA 1UWSA 1UWQA 1DEDA 2MANA 3ZOAA 1PEZA 3FHAA 1E56A 4F9JA 5M17A 4PMRA 4M29A 2O9OA 1JFHA 1J0KA 4J3XA 3WL1A 4K68A 1LWHA 3G6LA 2E9MA 3RDKA 1JZ2A 2VTFA 4AC1X 5HPOA 1ZL1A 3A6OA 1D7FA 4UOQA 3LPFA 1WNOA 4JFSA 5A8OA 2BVDA 2DSUA 4KWUA 5JIPA 3VIHA 4CN1A 3PTMA 2DPEA 4A3YA 1KBBA 1I1XA 1TUXA 3AFBA 1CIUA 1WDSA 1BPLB 5A6BA 2BV9A 1CNVA 5A95A 2XVNA 4AZCA 1P6WA 3VGEA 4KRUA 4H8VA 4HA3A 4CD6A 4ZXLA 5A6JA 3NDZA 2X05A 2J4GA 1YQ2A 4CVUA 1QW8A 2XSAA 1C93A 4P7QA 1CPUA 2J78A 3CUHA 4AXNA 3WSUA 4MAZA 2EBNA 2B31A 2ZUSA 1UH3A 2C7FA 2PBGA 1E72M 1VRXA 5BWFA 2W62A 1GUVA 3M7SA 2ZX6A 1IZKA 1FHLA 4HZ7A 4N42A 1HKJA 4EE9A 5E0CA 1V0MA 3T08A 4W7WA 4MB5A 4EK7A 4MDPA 2GK1B 1FA2A 3AHZA 2VZSA 4LYQA 3OG2A 4OOZA 5GNXA 4QLJA 4PTMA 1WPCA 2NT1A 4D71A 2FDMA 1WDRA 1ZU8A 4WKHA 4FMVA 5I78A 1WCGA 4UNIA 4Q22A 1V0LA 3BGAA 4DWSC 4S3JA 3ZT5A 1E4MM 1TZ7A 2WVVB 4MDOA 1ZJBA 1VENA 1OSEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3MI3 A;  3MDU A;  4QRN A;  1RJ9 B;  4YT2 A;  1GJW A;  2BNJ A;  2YR1 A;  2ADR A;  2JP9 A;  1XNQ E;  1SZE A;  3F4W A;  7ENL A;  4E0I A;  2UXD E;  1PV3 A;  1WE5 A;  4HTB A;  1YAU O;  2A0U A;  2GWW A;  1R47 A;  3B9O A;  4AEE A;  4JTE A;  2Z2B A;  1N8W A;  2CLH A;  4F54 A;  3S42 A;  3CMG A;  1E6Q M;  4GPN A;  3ALG A;  4HPX A;  4KMQ A;  2ZX5 A;  3GBE A;  1F73 A;  1ZLP A;  2IPG A;  4RNJ A;  4MQ9 F;  2A79 A;  2WZF A;  2ZIC A;  2DUA A;  4N7Q A;  4M6V A;  3FOO A;  1ZB5 A;  1UR8 A;  2TMV P;  1OFO A;  3CZE A;  4IIF A;  2FPV A;  3OO2 A;  5HMS A;  4JIH A;  1ZCO A;  2Z6I A;  4QI2 A;  1OQF A;  5JU6 A;  1FAP B;  3H24 A;  2WSR A;  3GTI A;  2PBO A;  4PUD A;  2DH2 A;  3MBD A;  1K40 A;  1V3M A;  3THD A;  3QFW A;  1SPQ A;  3WJZ A;  3L67 A;  5FZT A;  3VD7 A;  3FGC B;  4WXY A;  3EHM A;  4LUY A;  1YMY A;  4KIE A;  1B69 A;  3CPR A;  1UR0 A;  4LYR A;  2W63 A;  4O10 A;  5FIP A;  1I94 E;  1W56 A;  5D09 A;  1BG9 A;  4KBL A;  4IOT A;  4HNU A;  1FBA A;  7ODC A;  3PAN A;  2XVK A;  4LCR A;  4LF7 E;  1PXG A;  4XSL A;  2Y7E A;  2YFO A;  1Z48 A;  1WKE A;  3OHI A;  4G7E B;  4X3Z A;  4O1D A;  4ULW A;  4J32 B;  2RJG A;  4CU8 A;  4EVZ A;  2BWG A;  5A6T C;  5T3W A;  4A8I A;  2G8Z A;  3JUG A;  3QKZ A;  2WWC A;  1M65 A;  3BG3 A;  3PB0 A;  2BC5 A;  3QYS A;  1Q6R A;  2CW6 A;  2XN2 A;  1KXQ A;  4IP4 A;  1RY8 A;  1MSS A;  2C15 A;  2XIO A;  5AHI A;  2QCL A;  5BWA A;  2W4M A;  1XMQ E;  4JFV A;  2F9R A;  3EWB X;  4YL2 A;  1JYW A;  1I6N A;  3NJ3 A;  2WMI B;  3MMU A;  3B9N A;  3I5Q A;  4MG4 A;  2EKG A;  4DZ5 A;  3DAG A;  2R82 A;  3P81 A;  2WVO A;  3ZTM A;  3W24 A;  3OZY A;  2UV8 G;  2JKP A;  3MHH C;  3MI2 A;  2JBM A;  3TLQ A;  4YCO A;  5FEW A;  4HKP A;  1VKF A;  3OA3 A;  3VCN A;  5H8M A;  5E6Z A;  1XW8 A;  5A6S A;  2VR4 A;  1U33 A;  1L6G A;  3TN6 A;  3S2J A;  2GJN A;  4K0K E;  4AC7 C;  2Y8V A;  1IXN A;  2Z1V A;  1H2J A;  2ZZ7 A;  2XYL A;  2A3C A;  1TSI A;  3EWC A;  4GI6 A;  1XPY A;  1Z6A A;  1XII A;  1JNE A;  3A9I A;  2B0H A;  3HPA A;  3CZG A;  3CPG A;  1ONX A;  7CGT A;  3EX2 A;  5EB8 A;  2BHU A;  2V67 A;  3W7C A;  2G62 A;  2OWX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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