The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
GSSGSSGMSKKPPNRPGITFEIGARLEALDYLQKWYPSRIEKIDYEEGKMLVHFERWSHRYDEWIYWDSNRLRPLERPALRKEGLKDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
PHD finger protein 20-like 1
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| publication title |
Solution structure of the TUDOR domain of PHD finger protein 20-like 1 [Homo sapiens]
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
5
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02820 | MBT | mbt repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MWO A; 2K3Y A; 4QVZ A; 3NTK A; 4PL6 A; 2G3R A; 2PQW A; 3OYJ A; 3OYC A; 1OYX A; 4BD3 A; 3MP6 A; 5J26 A; 2D9T A; 3OY9 A; 1OI1 A; 3MP8 A; 2CKK A; 3SD4 A; 4CRI A; 1RI0 A; 3OYB A; 3FC3 A; 3P8D A; 4FL6 A; 2JZ2 A; 3E9G A; 2X4Y A; 3L2U A; 5KH6 A; 3OA6 A; 3H8Z A; 4LD6 A; 3OMC A; 2GFU A; 2RHU A; 3OS1 A; 3L2W A; 3QKJ A; 3FLG A; 4HCZ A; 4IUU A; 2GF7 A; 3OS2 A; 3PMT A; 5C6S A; 2X4W A; 3OMG A; 4OVA A; 4PLI A; 3ME9 A; 2O4X A; 2DAQ A; 2BUD A; 2HQE A; 3L2V A; 3LLR A; 3OYG A; 3MET A; 2RJF A; 4B9X A; 4II1 A; 4ZTJ A; 5C0M A; 4QQ6 A; 3UT1 A; 3PFS A; 2RJC A; 4A4F A; 2L3R A; 3QII A; 3OYN A; 2RJE A; 3S6W A; 3DB3 A; 5CIU A; 2EKO A; 2QQS A; 3O8V A; 4GY5 A; 3OYK A; 2LDM A; 5FRO A; 2K3X A; 5IN1 A; 3LGL A; 3OYH A; 2EQK A; 4UC4 A; 3L2Q A; 2WAC A; 4C5I A; 3L42 A; 2R5M A; 4QW2 A; 2RI2 A; 4A4H A; 2L8D A; 3NTI A; 3M9Q A; 4C5E A; 2RHI A; 3CEY A; 3OYM A; 4RG2 A; 2LTO A; 2MWP A; 2L89 A; 2EFI A; 1XNI A; 4E7K A; 1N27 A; 2LRQ A; 2O4X B; 4Q5W A; 4BDZ A; 4E7J A; 4BE1 A; 1WJS A; 3FDR A; 3MP1 A; 4IUR A; 5KE2 A; 1WGS A; 5FRN A; 2VYT A; 3EAE A; 3PNW C; 4BE0 A; 2EQJ A; 1OZ3 A; 2X4X A; 4N4G A; 2XDP A; 3MEV A; 2JTF A; 3MEU A; 4EDU A; 3UWN A; 4L59 A; 2HQX A; 5J39 A; 2M0O A; 4B9W A; 4X34 A; 4FU6 A; 4C5G A; 2RO0 A; 5KE3 A; 4BDY A; 2IG0 A; 3GOX A; 2F5K A; 4IUT A; 2XK0 A; 3LX7 A; 4Z02 A; 2RHZ A; 4E7I A; 1MHN A; 3ASK A; 2LCC A; 4NS5 A; 3BDL A; 4QQD A; 1KHC A; 1SSF A; 2DIG A; 4IUP A; 3OYL A; 2RI5 A; 3LGF A; 4A4G A; 5KCO A; 2BIV A; 5M9O A; 3OYI A; 2RJD A; 4ZTF A; 1H3Z A; 3E9F A; 3MEA A; 4IKF A; 4E7H A; 4QQG A; 3F70 A; 3C4S A; 4BE2 A; 3Q1J A; 2X35 A; 4IUQ A; 3DLM A; 2BKD N; 2R58 A; 3S3N A; 1OZ2 A; 5D6Y A; 3OYE A; 2EQU A; 3OS0 A; 3P8H A; 3KUF A; 5FRM A; 3MEW A; 2R57 A; 4A4E A; 4N4H A; 4IUV A; 3OYD A; 3S3M A; 1G5V A; 2DIQ A; 2QQR A; 2GFA A; 3L2R A; 5IAY A; 3PMI A; 3LYI A; 4C5H A; 3OB9 A; 2YRV A; 2RHX A; 4PLL A; 4E7L A; 2B8A A; 2M16 A; 2P0K A; 3DB4 A; 2RHY A; 1WJQ A; 3FEO A; 5D6W A; 3OQ5 A; 3QJ6 A; 3QBY A; 2EQM A; 3LH0 A; 3S3O A; 3NTH A; 3OYA A; 2NLU A; 3OYF A; 2E6N A; 5KCH A; 2RI3 A; 4BAC A; 2M1H A; 2R5A A; 2E5Q A; 2FHD A; 5D6X A; 3ZEH A; 1WJR A; 4N4I A; 2LVM A; 3MO8 A; 3H6Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1D1A A; 2LJ3 A; 3CCM A; 1RI0 A; 3CCU A; 1PD0 A; 1EFN A; 8AT1 B; 1QVG P; 2OAW A; 2XI9 A; 5GAM j; 4ESR A; 3QG1 A; 2KRS A; 3J81 E; 1KC8 R; 4XTZ A; 4PLI A; 2DXC A; 1HK9 A; 2F1L A; 1K4U S; 2BUD A; 1TUG B; 3FIF A; 4DOV A; 4C0G A; 5C0M A; 3PFS A; 3CCL Q; 1BKB A; 1LOJ A; 6AT1 B; 3CCU Q; 4X1V A; 4BI8 B; 4M78 A; 1X2Q A; 5IH2 A; 3CBP A; 2HL3 A; 2QEX T; 3CCQ A; 1BI3 A; 3CCV A; 3CD6 A; 2NYS A; 2VAS A; 3X24 B; 2K7A A; 5I22 A; 1ZSZ C; 4YTL A; 3VRY A; 4E7K A; 1M1K U; 3JCM b; 4RTV A; 4AFQ C; 1E6H A; 4N4G A; 4JPB W; 4ANJ A; 1AT1 B; 4J9D A; 3CCQ Q; 5KE3 A; 1M9S A; 3CD6 Q; 3JB9 F; 1FMV A; 3SFM A; 1YHQ T; 3HKS A; 1I5O B; 1RI9 A; 2DRM A; 2JOY A; 2BE9 B; 3BDL A; 3CCR A; 3OW2 A; 1KHC A; 3OYI A; 1R0B G; 4RTW A; 4KH0 B; 4IUQ A; 1YFN A; 1JXO A; 1FMW A; 2CP2 A; 3KXT A; 2DO3 A; 2LQ8 A; 3IQL A; 4N4H A; 3INZ A; 4F16 A; 2CP0 A; 2QQR A; 2DET A; 5I11 A; 2J6K A; 3CME Q; 3CXC P; 2P4T A; 1N6A A; 2V1Q A; 3RES A; 1N8R U; 1BCO A; 2KI7 A; 3GPL A; 2YT6 A; 1OU9 A; 5GAM e; 4R56 A; 2E10 A; 3EFO A; 3JRZ A; 2KT8 A; 2AZS A; 2KEA A; 1NLO C; 4N4I A; 5FU6 C; 1VUB A; 1VQM A; 1T3L A; 2G3R A; 1OV3 A; 3OY9 A; 1PC0 A; 1Q95 G; 3SWN C; 3SD4 A; 5GAO n; 1YJW Q; 4D8D A; 3JB9 H; 1WXT A; 1K0X A; 1X2K A; 4M77 F; 2EWN A; 2FRW A; 4JLG A; 1BIA A; 3PMT A; 2VGM A; 1ZUU A; 5FU7 B; 2DF6 A; 1VQN Q; 4M4Z A; 1VQM Q; 2DKG A; 3CCE A; 3G6E A; 1YIT A; 3E19 A; 2J7I A; 3OSV A; 3FRN A; 4ELZ C; 3OYK A; 4J9H A; 3C95 A; 4HCK A; 1QCO A; 4M7D A; 1PRM C; 1X6B A; 2OAU A; 4M77 B; 1UHF A; 2H3J A; 3AT1 B; 4ZGD B; 3OW2 S; 2MWP A; 3G6E Q; 3CCE Q; 1BK2 A; 3A8M B; 5EG2 A; 2KRO A; 1RAG B; 4AMC A; 1WJS A; 1UGS B; 3NMZ C; 2IIM A; 3PE0 A; 4Y28 E; 2D0Q B; 1YIJ Q; 4AFZ C; 2BZ8 A; 5J39 A; 2KNB B; 3VS1 A; 4F7U F; 1R0C B; 3I56 A; 3OYL A; 1KQ1 A; 4F14 A; 2LMJ A; 4JZ3 A; 4E7H A; 1QVF A; 2HZY A; 3JCM Q; 5GAN 2; 2RK2 A; 3Q1J A; 2BKD N; 5GAO r; 3CC4 T; 1WHG A; 1D1C A; 3JCM h; 3EG1 A; 3SDZ A; 1UGR B; 2MYS A; 3H0H A; 3PVL A; 3I56 Q; 2YUP A; 2COW A; 1NBE B; 4F7U B; 4HT8 A; 3GF5 A; 1CKB A; 2I2L A; 3ZFJ A; 4XU2 A; 2RHY A; 2LZ6 B; 4C0D C; 3QBY A; 1ZA1 B; 4M7D D; 2QTX A; 1VQP T; 3CPW A; 1Q82 C; 2MI6 A; 2DD4 A; 3C94 A; 1Y0M A; 1PCX A; 2DXB A; 4M7A C; 1OEB A; 4J6Y A; 1GRI A; 2HBW A; 1OYX A; 1HXD A; 3CMA T; 2HSP A; 4JRP A; 1G3T A; 3I5S A; 2JM8 A; 2J6F A; 5GAO p; 4KUI A; 4J7F A; 4LD6 A; 3QSU A; 2GFU A; 4MDW A; 3FLG A; 2Y4X A; 2OTL A; 3PGG A; 4BI3 A; 3HL8 A; 5L23 A; 2FPD A; 3JCM J; 3V8K A; 4II1 A; 1QP3 A; 4QQ6 A; 3UT1 A; 1OX8 A; 1Y07 A; 3S6W A; 4V2S A; 2QQB A; 4JJN K; 1ABQ A; 4PJO F; 2OX7 A; 3WVE B; 3E2U A; 1C1A A; 4KGX B; 4PJJ A; 4CI0 C; 1NPR A; 2FPF A; 3EG3 A; 1KQS A; 5LJ5 h; 1EIF A; 4PFO A; 1OZ3 A; 2X4X A; 1QVF S; 2I0N A; 3M53 A; 2JTF A; 2QG9 B; 4L59 A; 1KG1 A; 3BDU A; 3UDC A; 2IG0 A; 3EGD A; 4PJO B; 2QAZ A; 1Q81 R; 2XDB A; 1P92 A; 1E7O A; 2ZZD A; 3LGF A; 5M9O A; 3I9Q A; 2HSE B; 4PJM A; 3E9F A; 3MEA A; 4CC3 A; 4QQG A; 3HP9 A; 2RF0 A; 4K11 A; 1M30 A; 1IRE B; 3CPW S; 2LNV A; 1K73 R; 2DIQ A; 2GFA A; 2OTJ Q; 3QJ6 A; 1K9M R; 2DLP A; 1BBZ A; 2X3X D; 1YBY A; 5KYU B; 1PHT A; 1UFF A; 1QQJ A; 3OBY A; 4A54 A; 2R5A A; 3OW2 P; 4R55 A; 2VXF A; 1SEM A; 2MWO A; 1WQW A; 2JXB A; 3TU4 K; 2A37 A; 1RUW A; 4OMF B; 2JW4 A; 3JB9 I; 4NOY A; 4HVW A; 2DTH A; 3CC2 T; 2XKO C; 3URG A; 1RAA B; 1LCK A; 3OA6 A; 2DIL A; 4MMK A; 4EMG A; 2KVQ G; 2DYB A; 3M0S A; 4JDS A; 2VXE A; 3EH2 A; 5CKE A; 5CQY A; 4IUU A; 5C6S A; 2K2V A; 2E4H A; 1Z9Q A; 2HQE A; 4JJC A; 1KQS S; 1VQ7 A; 4A4K A; 3CQT A; 5KYW B; 3VS7 A; 4LUD A; 4M75 A; 2FB7 A; 3EGX B; 2DL8 A; 2AKL A; 5LL6 S; 1Q81 U; 3M0R A; 2KRN A; 3VYG A; 4FM4 B; 1JBM A; 3VUB A; 4LDY A; 2EFI A; 4HCC A; 3LWH A; 3QYG B; 2E65 A; 5L8R E; 3V7R A; 2RNA A; 1S72 T; 4CC2 A; 4EDU A; 1SHG A; 3LW5 E; 1VQK A; 1PWT A; 4C5G A; 1X27 A; 2HEQ A; 2XIC A; 3CCJ Q; 3LX7 A; 1K76 A; 4F7U A; 2RHZ A; 4HVV A; 4OMQ A; 3RUX A; 4NS5 A; 1H92 A; 4LDV A; 2HD0 A; 2RI5 A; 1N8R C; 1JEG A; 4BUG A; 4PNO A; 1AD5 A; 1YJN A; 2MOX A; 1QLY A; 2GQV A; 2CGH A; 5FU7 C; 1OZ2 A; 4MZT A; 5FU6 B; 5D6Y A; 5GAM f; 1M8M A; 4M7D G; 1TU0 B; 2KK4 A; 3SWN B; 1OU8 A; 3X25 B; 4M75 E; 3CPF A; 2KR3 A; 3LYI A; 4XTV A; 2X9H A; 3M0U A; 2F69 A; 3JCM P; 2A36 A; 4XU1 A; 2CUB A; 2K2M A; 5A2Q E; 2VGN A; 4M75 D; 3TSZ A; 1SRL A; 2DYI A; 3I5R A; 2AT1 B; 4MDX A; 1J3T A; 3VKI A; 3M59 A; 3EG9 B; 2LVM A; 5AT1 B; 2J06 A; 1TH7 A; 5GMK m; 5CO7 A; 1QVF P; 5LJ3 g; 1UGV A; 2VKN A; 2D1X A; 4FSX A; 4JS4 A; 2JZ2 A; 1OPK A; 3CCS T; 2JS0 A; 2E64 A; 1PSE A; 2GF7 A; 4C8Q A; 5IXB A; 5KYN A; 4J9I A; 4F17 A; 4OB0 B; 3O8V A; 2DK3 A; 2QYZ A; 4ZN3 A; 1WQ7 A; 5FRO A; 5LJ5 g; 1LVK A; 2LJ1 A; 3CPW P; 4UC4 A; 2KBT A; 1G3W A; 1ZUY A; 1D3B A; 1ZA2 B; 2VUB A; 2WAC A; 4OMM A; 4FCY A; 2F2V A; 1HD3 A; 2IPO B; 5GAN h; 2LX7 A; 2LRQ A; 4BDZ A; 2JS2 A; 3M0T A; 4IUR A; 2SEM A; 4KRT A; 2GQI A; 2KYB A; 1JQQ A; 1BIB A; 1VQO A; 4M7A F; 4J6X A; 1C0M A; 2GBQ A; 3CC7 T; 4MZP A; 1VQL A; 2CDT A; 1MGQ A; 2KT1 A; 4WF2 A; 2LQK A; 4D6W A; 4E7I A; 1M1G A; 4RCC A; 4RTU A; 1AVZ C; 2PVG B; 4C8Q E; 1VQL Q; 4M7A B; 3CC4 Q; 1U1S A; 1M90 C; 1KQS P; 4C8Q D; 2JTM A; 5GAM d; 4IIO A; 4PLL A; 1RL2 A; 5CKH A; 1AWX A; 1RAB B; 1NYG A; 1TOV A; 2P0P A; 3DB4 A; 4LDU A; 5GAN 4; 1C6V X; 2P84 A; 2HMA A; 2L5Q A; 2RM4 A; 4OF1 A; 3QHS A; 3QZ5 B; 1ZSZ A; 3BW1 A; 1MV3 A; 3VRZ A; 1WXU A; 4ZGE B; 1SF9 A; 2DEQ A; 1NE8 A; 4BD3 A; 1QP2 A; 4RTY A; 1IZ6 A; 3CMA Q; 5KH6 A; 5HK3 A; 2GTJ A; 4FYX B; 1N9S A; 2C0T A; 2NUT A; 2KGT A; 2K5L A; 5EC7 A; 1D0X A; 1WFW A; 2DAQ A; 3RBB B; 2JT4 A; 2RJC A; 3QII A; 1UTI A; 5CIU A; 1XTD A; 3SEM A; 1XOV A; 1NYF A; 1B3Q A; 1VQ8 T; 1VYT A; 2R5M A; 3CCL A; 4EIK A; 4GLM A; 4A4H A; 1X6G A; 4Z8A A; 5GMK j; 4FW2 A; 2L0A A; 5KE2 A; 2EQJ A; 2YDL A; 4BB7 A; 1KD1 R; 4J9E A; 3BY7 A; 3A1P A; 3M55 A; 5I2M A; 4MML A; 3HRS A; 4AG1 C; 3GOX A; 1EX4 A; 1NG2 A; 1GCP A; 1PNJ A; 3SWN A; 3OS5 A; 2LCC A; 3OBW A; 1GFC A; 1I07 A; 1XQH A; 1MND A; 5CQX A; 2ED1 A; 2ABL A; 1PD1 A; 1FX7 A; 1G83 A; 1Z9Z A; 2VV5 A; 1QMC A; 4M75 G; 3VYH B; 3OYE A; 2VB6 A; 1GL5 A; 2HBP A; 2X4J A; 3CBM A; 3L2R A; 4LUE A; 2PVO B; 2A7Y A; 4QT7 A; 4TVR A; 2P0K A; 3GNG A; 2CSI A; 3HRT A; 3U23 A; 3CME A; 4RUG A; 3NHN A; 4NL3 A; 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1TSF A; 3ZEH A; 5LJ5 e; 1TUC A; 3MO8 A; 3H41 A; 3VS5 A; 1MMN A; 4DBH A; 2YWW A; 2ZPH B; 1VQ6 Q; 4GLK A; 1EZZ B; 5J26 A; 1ZLM A; 1V76 A; 5DM7 R; 2YXY A; 4M7D E; 2H3E B; 2AHJ B; 1AZE A; 1VQO T; 1VQ4 T; 4JZ4 A; 1RLQ C; 1YWP A; 1RAI B; 3PIP A; 2KDS A; 3OS2 A; 4C92 E; 4EMK B; 2D8J A; 2FZC B; 4OVA A; 1BCM A; 3MET A; 3M4G A; 2RB6 A; 1AEY A; 4C92 D; 5GAN 5; 2L3R A; 2YSQ A; 4DBF A; 2QQS A; 1ZBJ A; 2K5I A; 4C5I A; 4JJB A; 2LCL A; 5GAO q; 1H8K A; 2LTO A; 2L89 A; 2C06 A; 4LXC A; 1GXI E; 4BE1 A; 3L2Z A; 1H64 1; 1ZX6 A; 5LJ3 h; 2FZK B; 1Y7X A; 2V1R A; 4A53 A; 2M0O A; 1MUZ A; 2COY A; 1TUD A; 3RKX A; 3CC7 Q; 2XK0 A; 1IHW A; 3PT9 A; 2QDL A; 2D6F A; 3X26 B; 2PUK B; 4QQD A; 3JSC A; 4AT1 B; 1M3B A; 2DL4 A; 3TCJ A; 4LDW A; 1H3Z A; 1ACM B; 2HKQ B; 3F70 A; 3C4S A; 3VV0 A; 2K3B A; 2KSS A; 2E3I A; 3PVQ A; 5CVI A; 2K9G A; 2VC8 A; 3TSW A; 4ME7 A; 4XU3 A; 5HY6 A; 2MF2 A; 2AK5 A; 2ED0 A; 3OB9 A; 2YRV A; 1BYM A; 2JVV A; 2ZPG B; 2OTJ A; 1QW1 A; 3OYA A; 2DL3 A; 3J80 E; 2CP5 A; 3CCM T; 5D6X A; 3CCU T; 1TG0 A; 2RH2 A; 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