The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
73
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structure length |
73
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Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase/biosynthetic protein
|
| molecule keywords |
Probable tRNA pseudouridine synthase B
|
| publication title |
Crystal structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 complex and implications in RNA-guided pseudouridylation and dyskeratosis congenita.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| total genus |
7
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| structure length |
73
|
| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EY4 C; 3UAI C; 3MQK C; 3U28 C; 2HVY B; 2RFK C; 2EQN A; 2V3M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5C0T A; 1UTM A; 3WW7 A; 1C1N A; 1QL9 A; 1O2X A; 1MCT A; 1XXF A; 4U30 A; 3VB7 A; 3PTB A; 4HGC A; 9LPR A; 1ELE E; 3E3T A; 3RXQ A; 2QGR A; 5DP3 A; 1LQD B; 5FPS A; 2OXS A; 3S0N A; 1XUH A; 4ZMA H; 3ATK A; 1GPZ A; 1AKS B; 1UK4 A; 2PKA A; 2A1D B; 2OC7 A; 2WUB A; 3PV4 A; 5JB9 S; 4FVD A; 3OY5 U; 3V3M A; 1HGT H; 3SJI A; 3PYH A; 3SU0 A; 1J9C H; 1O2O A; 1GDN A; 1YCP K; 1TMB H; 3GDV A; 3MU0 A; 2GV7 A; 1KSN A; 2FX4 A; 1TPA E; 2KFW A; 5HIZ A; 1QR3 E; 2V3M A; 3TPI Z; 3GY3 A; 3V7T A; 4X1P U; 1DWD H; 3FOA A; 3MO9 A; 2RG3 A; 3SUG A; 1Y3Y A; 1O2M A; 1MTS A; 2W6J D; 4NA9 H; 1C2E A; 2FXR A; 1UCY H; 1DAN H; 2OQ5 A; 3S9A A; 3MU5 A; 1BQY A; 2A0Q B; 1CHO G; 1GMH F; 1SVP A; 2BDB A; 2Y5H A; 3GCO A; 4B6F A; 1DLE A; 1MBQ A; 2ZQ2 A; 2TIO A; 1RD3 B; 3IG6 B; 1GI8 B; 4DT7 B; 4X1Q U; 1QQ4 A; 3D23 A; 2YOL A; 3E90 B; 2WPI S; 4FU7 A; 1HYL A; 1UJ1 A; 1TNK A; 2Y5F A; 2V3H H; 2LEL A; 1GVL A; 1QB9 A; 2IPQ X; 1BTX A; 5H4I B; 5JYI A; 2C8Z B; 3MNB A; 2Z9I A; 2R3Y A; 1PYT D; 1YPH C; 2G5N A; 1NN6 A; 1UVU H; 3RXH A; 1EB2 A; 1P02 A; 7LPR A; 4BNR A; 1O5C B; 2OLG A; 1EFR D; 1AGJ A; 1EXF A; 1VJ9 U; 1XUF A; 1ELB A; 1OHH D; 1RTF B; 2BLO A; 2O8L A; 7EST E; 4DUR A; 1AE5 A; 4JZE H; 2C90 B; 1ACB E; 1NTP A; 1GJ4 H; 4MG3 A; 4GCH F; 1HAG E; 1CU1 A; 3PMA B; 3MNS A; 3DCL A; 4AZ2 B; 1JRT A; 1IQI A; 3TLO A; 4IC5 A; 4ABG A; 1EPT A; 2C3S A; 3P8N A; 4BAK B; 1TBZ H; 2J9N A; 4DGJ A; 1SOZ A; 1TMT H; 5LH8 A; 1WV7 H; 2TPI Z; 2TGT A; 2ZHE H; 2F9N A; 2JJ1 D; 3RXA A; 1O34 A; 3GYL B; 3LGY A; 2HAL A; 2WZQ A; 3QDZ B; 1ZML A; 4JMY A; 1F5L A; 1TNG A; 3TJU A; 1GBI A; 2P3F H; 2H9H A; 2RA0 A; 4FUF A; 3A81 A; 4ISO A; 3DSG A; 3EE0 B; 1P8V C; 2F9P A; 2R0K A; 1O5F H; 3SU4 A; 1SGQ E; 3NZI A; 1AZ8 A; 4K5Z A; 4OS5 A; 1SGY E; 1YPJ H; 2AH4 X; 4WVP E; 1C5Z B; 1ZTK A; 2JH0 D; 5LPR A; 5CHB A; 1CBW B; 2ZPQ A; 2D1J A; 1OWJ A; 2BTC E; 1NFY A; 1O3H A; 3LKW A; 5EQQ A; 1SI5 H; 4DCD A; 5T6F A; 3BN9 A; 4B73 A; 4JYT A; 1MKW K; 2B9L A; 3RM2 H; 1A3B H; 3LGI A; 2Z9L A; 5T6G A; 2WPH S; 3FAO A; 2F9V A; 2VWN A; 5J4S A; 2KX4 A; 1C5W B; 1KLI H; 2O8M A; 2P16 A; 2FZZ A; 1MD8 A; 2V0B A; 3MNC A; 1LHD H; 3U1I B; 3UWI A; 3FAN A; 1J14 A; 1VZQ H; 3EE7 A; 3SNA A; 5JB8 S; 1P04 A; 5K0H A; 2HNT C; 1GJ7 B; 1GBA A; 2PGB B; 1CGH A; 3BEF B; 1HV7 A; 3OX7 U; 2ZI2 H; 1VCW A; 1E0F D; 1O3A A; 1P06 A; 2ZFT A; 4JK5 A; 5L30 H; 5T6D A; 1TRY A; 3GDS A; 3GDU A; 1TGB A; 2EY4 C; 4ZHM U; 4FUC A; 1HPG A; 4CRC A; 2FYR A; 1KXA A; 5DKM A; 3BIV H; 2A5A A; 1CA8 B; 3SYJ A; 4R8T B; 2XYA A; 1QCP A; 4AGK A; 8GCH F; 1P03 A; 1DIC A; 1K1N A; 3T28 A; 3C27 B; 1EZU C; 5EJL A; 4KKD A; 1LVY A; 4Y10 E; 1LVO A; 4I8K A; 1BMN H; 5DO4 H; 3U8R H; 5A8X A; 3RXU A; 1P11 E; 2QN5 T; 2EI8 A; 2F83 A; 3HK6 B; 3OAA D; 5C67 A; 1BCU H; 1C5O H; 1QL8 A; 3LON A; 2IJD 1; 3UTU H; 3RC6 A; 1ANC A; 1XUG A; 1LHE H; 2VJ1 A; 5G4B A; 1HJA C; 2Y5G A; 3NKK A; 1BBR K; 3MNX A; 3L3T A; 4UDW H; 1DLK B; 4KP0 A; 4I86 A; 4X8T H; 2FOM B; 1OYQ A; 1BBR E; 1O3I A; 4B2C A; 5HIY A; 1KXD A; 6LPR A; 1FY4 A; 2ZCL P; 1O0D H; 2H1U A; 3N7D A; 1CHG A; 3BTQ E; 3DFJ A; 5EQR A; 4BAN B; 1SQR A; 3HKI B; 3Q3X A; 2K8I A; 1AUJ A; 2QV1 A; 2G00 A; 2CN0 H; 5CHA B; 1C5Q A; 1FIW A; 4AFU A; 1O2W A; 1TAW A; 3NCL A; 1DWB H; 3MU1 A; 4KTC A; 2G4U A; 2W26 A; 4Q63 A; 1G2M A; 4YLQ H; 1KXE A; 1NFU A; 2A4Q A; 2GDD A; 2XND D; 2IPH A; 4THN H; 2A2X H; 1FN8 A; 3GCT G; 1MTN B; 2ZFP H; 1SGR E; 4EST E; 4GAW A; 1C2K A; 2QF3 A; 3ITI A; 1WU1 A; 2H9E H; 5A0B A; 3UQV A; 4TYD A; 2J97 A; 1Z1J A; 2GMT B; 5FHT A; 1GL0 E; 1O2K A; 1W7G H; 3WWF A; 3OFN D; 1LPZ B; 4ABF A; 4NSY A; 2ODY B; 3MH6 A; 3UR9 A; 4CH2 B; 2BD7 A; 4X1R U; 3FKS D; 2B0F A; 3ZZ3 A; 3SU3 A; 5C17 A; 1A4W H; 5AHG H; 2QXJ A; 1QY6 A; 2HNT E; 4RN6 A; 1JXP A; 3KF2 A; 2VWM A; 3K6Y A; 5DG6 A; 4A5T S; 3LDX H; 4ABI A; 1NRO H; 5DP8 A; 1QQU A; 1TQ7 B; 1ZRB A; 2HVY B; 1OOK B; 2O9Q A; 1CGJ E; 2XBW A; 4INL A; 1Z1I A; 4IW4 E; 3OEE D; 1W0Z U; 3LC5 A; 1UTL M; 2XRC A; 4X8U H; 1OP0 A; 3M7Q A; 4ISI H; 3SOS A; 2P95 A; 3TIT A; 1T8M A; 3PV5 A; 3LOX A; 1TOC B; 1RIW B; 5C1X A; 4BTU B; 2BD5 A; 2KCP A; 3QK1 A; 1Q31 A; 1GBB A; 1C2F A; 2ZP0 H; 1KLJ H; 4XDE A; 2D26 C; 2A7H A; 1O2N A; 1IQG A; 2BDY A; 1GI7 B; 2ZDV H; 2GDE H; 5E2P A; 3SV9 A; 1G9I E; 1V2M T; 3PWB A; 3CEN A; 3FZZ A; 2G81 E; 5HXF A; 2J98 A; 1THS H; 4MPV A; 1ZHR A; 3ATW A; 2ASU B; 1KTT B; 3R0F A; 3KQB A; 3Q76 A; 3W95 A; 2BDG A; 2GT8 A; 2Y80 A; 2AMD A; 3RP2 A; 3PLB A; 1T7C A; 1DUE A; 1E79 D; 4FUB A; 1YPG H; 1FY3 A; 2ZDN A; 4K3J A; 2FPZ A; 1AMH A; 1QFK H; 4BTT B; 5GCH G; 3NUM A; 2SGA A; 3RXI A; 5KEC A; 5DN6 D; 2JET B; 1WYK A; 4WME A; 2BB4 A; 2PHB A; 4Y11 E; 1DOJ A; 1IQM A; 4O9V A; 2V7Q D; 4Y8Y A; 4AOR A; 1TGC A; 3K6Z A; 1EJM A; 2SGF E; 3T62 A; 2VGC B; 1WSS H; 3OE7 D; 1KXC A; 1YCP H; 2BD8 A; 3RXR A; 5JDU B; 2UUK B; 3CS7 A; 3LC3 A; 2YNA A; 3SHA H; 2J34 A; 2FX6 A; 1SQA A; 5JBA S; 2F3C E; 3ZVC A; 4F4O C; 1AY6 H; 2GCT C; 1AFQ C; 2PUQ H; 4OS6 A; 4UEH H; 2D8W A; 3BTT E; 4MQA A; 1QZ8 A; 2G5V A; 1G36 A; 4TY7 A; 1Z8G A; 3T27 A; 2XBY A; 5EU8 A; 3TJV A; 2PR3 A; 1C1V H; 1C5U A; 1MD7 A; 3PLK A; 4OS2 A; 3A86 A; 3MOC A; 1K0H A; 3KQD A; 3AW1 A; 4BAH B; 3SZN A; 5EW2 H; 2Y6T A; 3EQ0 H; 3FP7 E; 1UVO A; 5FX5 A; 2HRV A; 1FN6 A; 4X8V H; 1H9L B; 2M5T A; 1FQ3 A; 2I6Q A; 2VGC C; 1O2R A; 1MQ6 A; 1P9U A; 3RXF A; 1ZOM A; 4A1X A; 1SFI A; 5F53 A; 4I8J A; 2G51 A; 1XKA C; 3PMB B; 3UIR A; 4VGC B; 3PWC A; 3A8C A; 4B2B A; 1ZJK A; 5C2Z A; 1LVM A; 1OXG A; 2PSX A; 1VGC C; 4YOG A; 3ZZB A; 2WPM S; 3ZVA A; 1CA0 C; 4K1T A; 4YT7 H; 3NK8 A; 1IQJ A; 2B7D H; 1QNJ A; 4AYY B; 1XM1 A; 1K1P A; 4I31 A; 3M36 A; 4GCH G; 1MMJ N; 4Y7A A; 2RFK C; 1TB6 H; 1CT0 E; 5FX6 A; 4X6P A; 2OD3 B; 2XTT B; 5EXM A; 1JIM A; 1YLC A; 1LKB A; 1IHS H; 1GG6 B; 3P8G A; 3RDZ A; 1P9S A; 1EJA A; 4YTA A; 2UWO A; 1ZGI A; 4D9Q A; 3BTW E; 5K7R A; 1C1S A; 5JBT A; 1UTN A; 3S9C A; 4AFZ A; 5A09 A; 2M2A A; 1AU8 A; 2ZDA H; 1GI9 B; 5FBI A; 4AFS A; 2FDA A; 1UHB B; 3LGW A; 4VGC C; 3M7T A; 3KGP A; 3SQE E; 2PLX A; 2O8W A; 8LPR A; 1FDP A; 3E0N B; 1GHA F; 2AMP A; 1HIA B; 2BYA X; 1P05 A; 1O2H A; 4NIX A; 1BHX F; 1NES E; 1O5E H; 1BRA A; 4CRD A; 3U98 H; 1ORF A; 4CHA C; 3LPR A; 4X1S U; 2EI7 A; 3CP7 A; 1HJ9 A; 3MI4 A; 5IYT A; 2FIR H; 2XWB I; 1AB9 B; 3TH3 H; 3RMM H; 4WWY A; 1EQ9 A; 2WPK S; 1E1Q D; 5TJX A; 1GG6 C; 2PTC E; 2AIQ A; 3ZZD A; 2BQ7 B; 1GHY H; 2ZGJ A; 4X0W U; 4TY6 A; 1GI4 A; 1TPS A; 2RA3 A; 3LJJ A; 1SGI B; 1WDI A; 3BG4 C; 4INK A; 1MH0 A; 1GI5 A; 1LO6 A; 1BOQ A; 3MWI U; 2F9B H; 2VIO A; 1YLN A; 3E1X B; 1TYN A; 3CS0 A; 2VIN A; 3BTD E; 2HLC A; 4DG4 A; 1XUJ A; 1O2I A; 1V2J T; 3Q00 A; 4DIH H; 4XFQ A; 2AGE X; 4TSF D; 2ZU1 A; 1F2S E; 2QXI A; 1OSS A; 1S6L A; 2BZA A; 2J38 A; 1ELG A; 1EOJ A; 2WPL S; 4Y71 A; 3T29 A; 1O32 A; 1HCG A; 7GCH F; 8GCH G; 4NGA H; 1A5G H; 3SI3 H; 3P8O A; 3F2H A; 1UTJ A; 3ZZC A; 1O5A B; 3KQC A; 2QIQ A; 2BDH A; 3T26 A; 1MQ5 A; 1ZPB A; 1QBV H; 3I77 A; 5TCA A; 1T8L A; 2BY7 X; 4ABE A; 2VH0 A; 3GYM A; 1YPK H; 4WXI A; 1TBR H; 2XW9 A; 1HAH H; 2HVX A; 1GJC B; 1GVK B; 5LPF A; 1ABI H; 1P2N A; 3PB1 E; 2FI5 E; 2VVC A; 4FU9 A; 2UUJ B; 5GCH F; 3A88 A; 4LOY H; 1XVO A; 3BTM E; 3FFG A; 1C9T A; 3F1S B; 3N7E A; 1O2P A; 3DSO A; 1O2G H; 4YM9 A; 1RGQ A; 1S6H A; 2Z3D A; 1GCT C; 1F92 A; 2ALV A; 1H8D H; 1SMF E; 1SLX B; 1PQ8 A; 3SGB E; 4AFQ A; 2P3U B; 1TMU H; 5HKK D; 1NO9 H; 2J94 A; 2Z9G A; 4YXW D; 3ZYD A; 2NWN A; 1TGS Z; 1IHT H; 1DY9 A; 1ESB A; 1C1Q A; 4KEL A; 3STJ A; 3DSP A; 4CBO A; 1TPP A; 3MO6 A; 3KYG A; 4BAM B; 1GMD F; 3TGI E; 1O3K A; 1V2Q T; 2C4F H; 1SGD E; 3PMJ A; 2YMS B; 3UAI C; 1YPE H; 4Z6A H; 1DVA H; 2K1Q A; 3DD2 H; 1VR1 H; 2BY8 X; 4O3U A; 1SQT A; 1JWT A; 2FOE A; 4R0I A; 4A1V A; 1TE0 A; 3SO3 A; 4ASU D; 1WXR A; 4M9F A; 2O8U A; 1SBW A; 1PPG E; 2KCA A; 1F5K U; 3AVZ A; 5KGO A; 4JYV H; 1TGN A; 1DT2 A; 1TA6 A; 3PO1 B; 1MKX H; 1O5G H; 1DWE H; 1P3C A; 3MMG A; 3RC4 A; 3GY6 A; 3VB5 A; 1K1L A; 5HM2 A; 1SKY E; 1SHH B; 4NWK A; 5DJ7 A; 2C8W B; 3M7U A; 1GGD B; 2ZDM A; 3TH4 H; 1WBG B; 1NM6 A; 3UNS A; 2QAA A; 1RTL A; 1C1W H; 1E37 B; 2PKA B; 2GD4 B; 3TK9 A; 5ESB A; 3U8O H; 5FCK A; 2F9U A; 1THP B; 3GY5 A; 2ZFF H; 1GBC A; 5DP9 A; 3SQH E; 1L4Z A; 3SND A; 4ABA A; 4X1N U; 5A0C A; 2YMS C; 3M5M A; 3A8D A; 1FON A; 1ELV A; 3E16 B; 2A7C A; 1DDJ A; 1LDT T; 3OU0 A; 2CF9 H; 5TCC A; 3QLP H; 1YCP M; 3RXB A; 4CBN A; 2A31 A; 1Z8R A; 2FEQ H; 1Y59 T; 3D65 E; 4ISN A; 2AER H; 1ABJ H; 2NU3 E; 1V2L T; 1W0Y H; 2EI6 A; 2ZHW H; 1TIO A; 5BRR E; 3SV6 A; 1D3Q B; 4ZKR U; 2PTN A; 4ZKN U; 3SNB A; 4GVU A; 1ZJD A; 3T5F H; 1N1L A; 3F3B A; 1D4P B; 3OTP A; 1TLD A; 1V2O T; 3SV8 A; 1ETR H; 2IN2 A; 1HUT H; 1BDA A; 5LPE A; 1C2I A; 4ZHA A; 1O3N A; 1SSX A; 5DPA A; 2EQN A; 2EC9 H; 4Q80 A; 5EGM A; 2XNI A; 2W7S A; 2KM0 A; 3M61 U; 2FLB H; 2Q1J A; 3TH2 H; 3O8D A; 3ZZ5 A; 4WY3 A; 5IK2 D; 2TGD A; 4U01 A; 1QRW A; 2ZF0 H; 4B6E A; 1YWU A; 1LHC H; 2QA9 E; 1ELC A; 5ABW A; 1H8I H; 1O2V A; 2KCY A; 3H7T A; 3ATM A; 1IQK A; 1KMH B; 5EJZ A; 2ANY A; 3W1E A; 2BOK A; 4AN7 A; 1BTY A; 3OY6 U; 4ZHL U; 5HMA A; 1RXP A; 1EUF A; 5B6L A; 4WF8 A; 3SHC H; 1QRX A; 1C5N H; 2AIP A; 4DII H; 2QC2 A; 1K9O E; 1WQS A; 2ZNK H; 4GHQ A; 2ZKS A; 5B6O A; 1BA8 B; 2GX4 A; 4ABH A; 2LNC A; 1SLU B; 3QTV H; 3SJO A; 1GBK A; 1KDQ A; 4OGY A; 4XBD A; 3LT3 A; 3MU4 A; 1ZRK A; 3RU4 E; 1OP8 A; 1C9P A; 1V2N T; 1B5G H; 2C93 B; 1NBM E; 2ZGH A; 3AAV A; 3Q3Y A; 1INC A; 1ARC A; 1AVW A; 4I33 A; 1S83 A; 3RXC A; 3P70 B; 1O3M A; 4F55 A; 1EPT B; 4INH A; 4ZKO U; 2FP7 B; 3RXM A; 3B9F H; 4FUH A; 3ODF A; 1HDT H; 3SU2 A; 1S84 A; 2EA3 A; 3MU8 A; 1CBW C; 1NS3 A; 2ODP A; 4LZ4 B; 1KTS B; 1DST A; 5JBB S; 3GIS B; 2ODQ A; 2P94 A; 4AYV B; 1FAK H; 3JZ1 B; 1S6F A; 1T31 A; 3RXD A; 4ASH A; 1OWH A; 4CRF A; 1YM0 A; 1S0R A; 1C5P A; 1G3C A; 1O2U A; 2Z7F E; 2SNW A; 3UR6 A; 2UWL A; 1Y3W A; 3SV2 H; 1O5D H; 1EAT A; 3TJO A; 1EZS C; 3ZZ7 A; 1ANB A; 4NZQ A; 1C2M A; 1PYT C; 4X6N A; 3UQO A; 3ZVG A; 2ZEC A; 4JZI A; 1GMC F; 2ZQ1 A; 2TGP Z; 4RSP A; 1GBL A; 2VIP A; 4JZ1 A; 1V2R T; 1DS2 E; 1LVB A; 1A0L A; 5F8X A; 1FI8 A; 4XOJ A; 4CRA A; 1A61 H; 4NG9 H; 1DWC H; 1GBD A; 1BMM H; 2PUX B; 2FS8 A; 1CE5 A; 2HGT H; 1S0Q A; 3F9F A; 1DXP A; 3VPK A; 3QZR A; 1O37 A; 2HPQ H; 4FU8 A; 4NZL A; 5EPY A; 3MO3 A; 3EA7 A; 1MTU A; 3BEU A; 5DGJ A; 2R3U A; 2DUC A; 3QZQ A; 2CF8 H; 2J4I A; 4HFP B; 1P2Q A; 1A0H B; 2R2M B; 3RXL A; 1MZA A; 3UOP A; 2ZU5 A; 3M3V A; 1AE8 H; 1IQE A; 1O5B B; 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