2F84A

Crystal structure of an orotidine-5'-monophosphate decarboxylase homolog from p.falciparum
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
MGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNMES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords orotidine monophosphate decarboxylase
publication title Crystal Structure of an orotidine-5'-monophosphate decarboxylase homolog from Plasmodium falciparum
rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 118
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2005-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2f84A00
3S5ZA 2W6RA 2ZTKA 4PEKA 3LRKA 4K39A 2VOMA 3FEMA 1SZEA 1AL8A 3RNDA 4K6AA 4XZ9A 1OVDA 3GDKA 1WV2A 3EWWA 1QMLA 5LNRA 2E5BA 4D2JA 4UUIA 4NUWA 3W74A 4NNAA 5D04C 3MP4A 3PC0A 1SUXA 1ZCOA 2CLKA 3VE9A 2B7QA 2BTMA 1XKYA 2Z0IA 3PSWA 1V7YA 3LCGA 3QMSA 2NZLA 2VEPA 3P7YA 4LT9A 4UTHA 2FB3A 3NOEA 1VHCA 3FA5A 4ADUA 2R94A 4LS0A 1EUNA 3G1VA 1G7UA 1BKSA 2EGZA 2R8WA 4XKYA 4U4MA 3G8EA 3LDVA 4MZ1A 1IXNA 1SZNA 4KWVA 2YSWA 2DZWA 4YLWA 1TV7A 4DO4A 1PIIA 3KRZA 4MJMA 4RR4A 2TYSA 3W22A 3P81A 2XN1A 2DZVA 5AHEA 1QDSA 3GKAA 1Z48A 3E0IA 3NQFA 4CQ9A 3KRSA 1GPWA 5AYXA 1P0KA 2ZZ7A 4NXSA 2QUTA 4NU7A 3W1XA 3EXTA 1AW5A 1U83A 5AB3A 2VFIA 3W70A 3QF0A 2FIQA 4A3UA 2Y62A 3VI2A 1RQBA 4WJEA 2E6FA 3UXAA 3OEXA 5AN7A 3W7QA 1T96A 3STCA 3BLFA 3DFTA 4WXYA 1GT8A 3ABQA 4CQ8A 1OFBA 1PV8A 4LTSA 2C6QA 1AW1A 1CX9A 3CT7A 4ALDA 4EF9A 3G22A 3T4CA 3W7OA 1S3HA 1TPC1 2ZZ5A 3GR7A 2QCCA 4E2DA 3DAQA 3BGGA 3Q94A 2WNNA 1TYGA 3W7NA 2OMAA 4K8HA 1L6WA 2Z6IA 5H91A 3ATYA 5IBXC 5CG7A 5FF4A 3ZFHA 1L9WA 2JBMA 4A2RA 4MFEA 3M5YA 4MIMA 2QEZA 1W1ZA 1NFBA 5EL1A 1U5JA 1LBFA 4JTKA 4WQ6A 3WK2A 3IGSA 2EAWA 4AH7A 5FF7A 5AFDA 2DP3A 1TV5A 4O57A 3OBKA 4XBKA 1SW0A 4UTLA 1KBJA 5AYZA 2H3BA 1LYXA 4FEZA 4OU1A 2NWRA 3GDRA 3PBVA 3TK7A 4LVDA 2YDAA 1D3HA 1GZGA 4A21A 4ADTA 3UXDA 1TPVA 2GVLA 1JQVA 4KWWA 3WJYA 5IBXA 4AVFA 3QPZA 1TTJA 2ZRWA 1Y0EA 3LXCA 3NEVA 2E6DA 2QAFA 1OFDA 4IXXA 3C52A 3S1UA 1G69A 1X6UA 3IIVA 1R2RA 3P8IA 3W7EA 3LLFA 3HGJA 3HG4A 1DORA 3LM7A 1KBIA 3HQ1A 2E09A 4UFMA 1H5YA 5K4XA 4QIUA 3W1QA 1KFLA 1WXJA 1TV8A 1ZNNA 3MP5A 3CWOX 5BOOA 3W71A 4K7YA 1JUEA 3QEZA 5LGZA 4KKXA 5DCDA 1EEPA 1MXSA 4MYAA 1VYRA 1PS9A 2HSAA 4B5NA 2AQWA 2WPBA 1GQNA 3B03A 3EEGA 1YLVA 1FDJA 3G1YA 3LERA 1OFPA 3FKRA 5L6UA 1Q6OA 2A1YA 3QRHA 4ORIA 3NPXA 1TTIA 2PRLA 4PH6A 5HQEA 6TIMA 4FIQA 3WFAA 2E1DA 4JR5A 1CI1A 1FX6A 1TPDA 4HT3A 4AWTA 3W2MA 3ZR4A 3LHTA 4JYDA 1VS1A 2CLOA 3FLUA 1SR9A 3PBUA 1QPNA 4J9JA 4ZVJA 1KLZA 3W2LA 1ICPA 3N3MA 4JNMA 2CLIA 3I68A 1EIXA 3SECA 1FDYA 3DGRA 1QWGA 4FIRA 3L66A 4LS2A 1SW7A 4PC8A 4IJBA 1K8XA 2YZRA 4JX4A 3U8GA 4XWUA 3LCIA 4EF8A 3EX1A 3HF3A 3MMTA 3C4UA 2H3DA 1T99A 4JDBA 1W56A 1JULA 1L6YA 3NM3A 4JTEA 1VYSX 1RR2A 1HUVA 2F84A 5F2LA 5KITA 1I2OA 1EX5A 2A2IA 1LRTA 3PY2A 3KVMA 5HUPA 4FX8A 4O10A 4LWWA 5LGXA 2WKJA 1ALDA 3QPYA 5GVJA 3O05A 3DKJA 4O12A 3TMQA 4UMBA 4R33A 2A6LA 5CZTA 2QCNA 5BNKA 3UWVA 2O7QA 3W1MA 4WOQA 4IQLA 3M1ZA 1MEWA 4JY8A 3LXBA 1YXYA 3P62A 2DZUA 5FEPA 1XUUA 3MO7A 1GWJA 2J88A 4WZHA 3U6WA 4ADSA 1YXCA 4MZYA 4O0ZA 3MI6A 4DELA 5KSWA 1F5ZA 3FIGA 1WBHA 5C55A 3GNNA 3G1FA 4HHPA 5D09A 4X9SA 2ALDA 5G1YA 3W76A 1THFD 5K9CA 4O1DA 5F2IA 2GJNA 2ZCGA 3S5YA 1H61A 5DCEA 1WA3A 2QCEA 3DI0A 1RZMA 3W7KA 5TBOA 5HMSA 2NLIA 2H6RA 1GVSA 2VC6A 3TUUA 3I65A 3N19B 4M6VA 4M7SA 1DQWA 2A7NA 3W7MA 3ZS4A 1FWSA 4JTHA 3P5YA 1G4EA 5BMWA 1W5PA 1ZAIA 3NPVA 3TDFA 4DPQA 3TU9A 1JUBA 1G4TA 4E38A 3ATZA 1VCFA 3GDMA 3INPA 3DFQA 4YCOA 4WD0A 2GOUA 3DU0A 2QF7A 4XKYB 2ATMA 4QQ3A 2FB2A 5DCBA 3VKJA 4JX5A 2WO5A 3W1NA 2QUVA 1TSIA 2OZ0A 2YYUA 5A5WA 3MBDA 5G4EA 4NX5A 3BLIA 2ATSA 3MHFA 2V0TA 4DO6A 2FQIA 3ELFA 3HB9A 1TJPA 4R53A 1JCJA 3P67A 4GFSA 1TTPA 2BZNA 3LTYA 3Q2DA 5C5YA 3LHYA 1W5MA 3WJXA 4JEQA 3OIXA 2RDWA 1JCMP 3TNOA 3W83A 5J5DA 5KTLA 4X3ZA 1TPUA 3G1XA 4N9BA 5EYWA 1TMHA 3TH6A 3WK3A 4RLIA 3SI9A 3DH7A 3EWUA 4PA8A 2FPTA 1XDMA 5A8GA 3W1PA 1KFEA 3B4UA 3KVKA 4G1KA 3W75A 1WOBA 1Q6LA 2ZRUA 2E5DA 1TO3A 2CZDA 3EB2A 4UTWC 4O14A 2NXGA 5I3FA 4TMBA 1K7FA 2V5BA 3NVTA 4TX9A 2C14A 3IV3A 4PFMA 4IMCA 2DZTA 4HNUA 5BRBA 3C61A 2Z1BA 3PWAA 5D33A 5D2TA 1L6SA 3DZ1A 1YDVA 2A4AA 3W7RA 3PUOA 2GQ9A 4N6EA 3A9IA 3GZ3A 3G1AA 2B7PA 4UTWA 3HG5A 3C3NA 1TPB1 1P4CA 4Z0SA 1V5XA 2ZRYA 4H4IA 1A53A 4FX7A 2V5LA 1PL9A 4MOZA 1DJQA 1ICSA 3M47A 3O63A 4O1CA 3I7RA 2BSLA 5C2XA 5CGQA 2RHGA 2Y85A 5FEZA 5K4ZA 3QW4B 3IIZA 5CZ0A 1M5WA 1H7WA 4NVTA 1B57A 1AW2A 3DXIA 1R2SA 4YCPA 4LV4A 1N8FA 3LOTA 4UNLA 3PSVA 1I8JA 1SO6A 1EWDA 3JRKA 3NR0A 3HBLA 2J9ZA 4MJZA 3T40A 4ZQRA 1GYNA 4IWWA 1GEQA 3TC7A 3QYQA 1VLWA 1BWLA 1OABA 4JICA 3SSJA 4DQWA 2JK2A 3F03K 2R14A 2RDTA 6ALDA 4OBTA 1ZENA 1M7OA 2P10A 3JS3A 3UPBA 3NQDA 1TQJA 2NXHA 3EX2A 4N9EA 3MJYA 4OV4A 3ANYA 1DKWA 3TQ0A 3OHIA 3C2EA 3TV8A 3P61A 1XUZA 3B0UX 2X1SA 3FYPA 4JGDA 4CCCA 3NQGA 2Y7FA 4BI6A 3GYEA 1OJXA 2YYTA 2ZDRA 1LM1A 3U2OA 1ZJIA 5E1QA 5EA9A 4O19A 2WOQA 4IPIA 1LCOA 3KRUA 4IMGA 5LHEA 3MWAA 3TAOA 3NL3A 2WSYA 3NAVA 5D05A 1WOAA 3YPIA 3BG5A 1LP6A 5AHNA 3TJLA 4MZ8A 3T78A 3NZ1A 1F74A 2OJPA 1GJPA 3DFSA 3S1XA 4GNJA 1WYIA 3UWYA 1H63A 5LNWA 4TR9A 3I6RA 2A85A 2ZRZA 4RCXA 2C3ZA 2QUUA 4FB7A 1RQEA 3M5VA 1H7RA 1I2QA 4HSNA 2GPTA 3BW3A 5FF2A 1B4EA 1LOSA 2AGKA 3VCRA 3SJ3A 2ZZ3A 3I7QA 1K8ZA 3BPWA 3CM4A 2QCGA 3LCLA 4LVGA 1LLZA 4AHOA 1UCWA 1IIHA 1SO5A 2FLIA 3EWXA 4AEOA 4EOUA 4O53A 5CKSA 2NX3A 2YW4A 1GVQA 4M6QA 4JX6A 1FDZA 2QJHA 4S2CA 4O28A 1SPQA 4I7UA 3SGZA 4Q33A 3TC6A 4JTGA 5C6MA 1RQHA 4ZL1A 1YTKA 5T26A 2QJGA 3FJLA 5HJLA 4P2VA 2TSYA 2A5HA 5KZMA 1FWTA 4LW7A 2H90A 2Z6JA 5EBUA 2C15A 4IXHA 1K7EA 5U4NA 1Z41A 3W9ZA 1JR1A 2FFCA 3L9CA 2QJIA 4O18A 5D32A 3G18A 3QSTA 3GXTA 1OX6A 1TPH1 2X2GA 3QH2A 3BO9A 4XBSA 4AB4A 3OG3A 4O15A 1FBAA 3GLCA 5AYYA 2HS8A 4DO5A 3NQVA 1H1ZA 1SFLA 2NWSA 1XL9A 5HWMA 4AWUA 1QOQA 3NDOA 1YDOA 1ONRA 4ZQNA 5EMUA 1FWWA 5CSRA 4HSOA 2QCDA 4Z1AA 1ZFJA 2V30A 1B4KA 4LUIA 4IMFA 3TFXA 3B0VC 1WDWA 3LXAA 3PAJA 4CNOA 1PHWA 1X1OA 1I2PA 3HMJG 3S0CA 1I45A 3T44A 1I4NA 3W2UA 4O50A 4OV9A 3CU2A 2VELA 3R89A 3FKKA 4YWIA 1C29A 5LKYA 3IGXA 3N9SA 3LHZA 1VPXA 1JCYA 4AWSA 5LHFA 1T0OA 1KM2A 3BG3A 4LC8A 1WX0A 4DEFA 2X30A 4DXVA 4N9DA 4NJJA 1IXPA 1DOSA 1KTCA 1VGAA 4JS3A 5D30A 1KLYA 3L5MA 2CZEA 3KHJA 3W88A 4O16A 2ZA1A 1TTQA 5F4SA 1O60A 2TRSA 1H51A 3BV4A 4JDYA 2Y7EA 1W8SA 1XBVA 2XN2A 2C0AA 5KZDA 3LHVA 1KW1A 1JUKA 2OT1A 4AXKA 1ICQA 4UTKA 4GUJA 2Y70A 1LROA 3NQ8A 3A5FA 3LHUA 3LV5A 5TQLA 4RX0A 1OYAA 1W5OA 4TMCA 3HJZA 2ISWA 1ZALA 2ZRVA 1KM4A 4ZMGA 2RDUA 4N02A 3HGSA 3IEBA 1MSSA 4S2BA 2B7NA 2QDHA 3IGUA 3LLDA 2NV1A 3LV6A 4UTJA 2V2CA 1EPXA 1FUYA 3IVUA 1S5WA 4CNNA 3FFSA 2CLFA 3W7LA 2QKFA 1OFOA 4WY0F 3FYOA 4RKAA 1H1YA 2FTPA 2TMDA 3M5XA 1JCLA 1VQTA 5MHBA 1W5NA 3UWQA 3KVLA 4YMZA 1CW2A 1NF7A 4MVAA 3NQMA 3R12A 4O0KA 2E6YA 4UNKA 4O13A 2ZRXA 4Q4KA 1P0NA 4H6KA 4MLRA 3W7IA 3KFTA 2I9EA 5CPNA 4CCEA 2WJZA 1KTNA 3IVTA 5HWNA 5BMXA 1UJPA 4POCA 4RXFA 3C2FA 3EKZA 1XI3A 1NEYA 4FXRA 3NGJA 4GE8A 5DN1A 2VFFA 4JTSA 3RLVA 1LOQA 5AC6A 1X7FA 4JXCA 2J6XA 3M9YA 1A5BA 1TJRA 3G1HA 1Z42A 1LZOA 1IIGA 1RVGA 4IUOA 4PL1A 2QCLA 4RZ4A 4Y9AA 3RK8A 4O1AA 3EX6A 3TFCA 4RZ6A 5DY3A 4K38A 4IOTA 2Y61A 5FESA 2EKCA 1XXXA 3UWUA 4ZQPA 4PL2A 5AHMA 1H7PA 2V2DA 3B8DA 1A5CA 2HS6A 2A7RA 3WJSA 1D3GA 3PR2A 1J5TA 5CZJA 2NX9A 4P61A 3GXNA 3S6DA 4DBDA 3CIWA 1KFCA 1W3TA 3TSDA 3DENA 1HO4A 1KM5A 1XM3A 3HIJA 1DQXA 5LSMA 3B06A 2JGYA 4RK8A 2A0NA 2VXNA 3MW7A 5D38A 2RH9A 2WSRA 2ISVA 5EKYA 5AOUA 1VCGA 5D2XA 2GUUA 5G2IA 4N2YA 2P0OA 3NZRA 3IVSA 1VC4A 1M6JA 5KZEA 3UD6A 1MZHA 3PBYA 3E12A 4N4PA 5IM51 1I2RA 5F4XA 3UY8A 4O52A 3EXRA 3HOJA 2WNQA 2Y6ZA 2C13A 2ZZ6A 2A21A 5LNUA 4NNBA 4MUZA 2B7OA 2X1TA 3AO0A 1RD5A 3M7WA 2CLEA 4FF7A 4OT7A 3TCEA 1JCNA 1EUAA 3Q58A 2QCFA 1OX5A 3GNDA 1LBMA 3R13A 1MEIA 2BX7A 2NUYA 5CPMA 3RMJA 3T55A 2V81A 3PULA 4QM1A 2B4GA 2PRMA 4QNWA 4A29A 4X22A 3BARA 1QPQA 4XTDA 3DFNA 3NYZA 1OYBA 1WAUA 1W54A 2YPIA 3W6YA 3NO5A 1LTDA 3C2OA 4GRSA 3CWNA 1FCVA 4BK9A 3LRLA 5I3KA 2QCHA 5L9FA 4CLMA 3PM6A 1EB3A 2CU0A 1Q6QA 2VFEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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