2F96A

2.1 a crystal structure of pseudomonas aeruginosa rnase t (ribonuclease t)
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
202
structure length
202
Chain Sequence
RHPMARRFRGYLPVVVDVETGGFNSATDALLEIAATTVGMDEKGFLFPEHTYFFRIEPFEGANIEPAALEFTGIKLDHPLRMAVQEEAALTEIFRGIRKALKANGCKRAILVGHNSSFDLGFLNAAVARTGIKRNPFHPFSSFDTATLAGLAYGQTVLAKACQAAGMEFDNREAHSARYDTEKTAELFCGIVNRWKEMGGWM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural genomics, hydrolase
molecule keywords Ribonuclease T
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 61
structure length 202
sequence length 202
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2005-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2f96A00
2PY5A 1JL1A 1ITGA 5CY4A 4AHUA 3SJJA 4CCHA 2KW4A 3QETA 4B9LA 5JS2A 5D3GA 4OJRA 2QXFA 4FJJA 3LAMA 5J2QA 1A5XA 2XHBA 4DLGA 1CXUA 4DTJA 1TL3A 3TAMA 5HP1A 3AO4A 4PWDA 2A1RA 3S3NA 2PYJA 3NCIA 3QIPA 1TL1A 2GV9A 3ZSWA 3TABA 2DY4A 1U04A 2BGGA 1G15A 4E7LA 3PO4A 1LAVA 1UA0A 2F8TA 4BACA 2G8IA 1WN7A 4IG3A 2E6MA 4CJUA 3G0ZA 4O5BA 4C8LA 1RBRA 4OLAA 4DTPA 1HRHA 3AA5X 2HNDA 3AVKA 4C8KA 1WLJA 3MXMA 2YHAA 3IG1A 4CEBA 2YKMA 1JLQA 2YKNA 3OYLA 4N47A 4PUOA 3DYAA 1RT1A 4O0IA 1UA1A 3V9SA 1L3VA 4FJ5A 3DLEA 4DQPA 2O4GA 3AO5A 3LP2A 3ZT4A 4RW6A 3LDSA 3DOLA 1RDAA 3LAKA 5KI6A 2R7YA 3C95A 2ATQA 2ITGA 3L3UA 4E7HA 2GUIA 1YT3A 4CJKA 4FJKA 3QERA 3C6TA 3KJVA 5KRSA 4FCYA 4KHYA 1DTTA 4IDKA 3SQ2A 3OYBA 5FRMA 1WNSA 3HPGA 4CFCA 4J2EA 4CF2A 1NK9A 4N5SA 2HVHA 3SQ1A 4DSJA 3L2UA 4KHQA 1B92A 3U3GA 4H4OA 1BCMA 1RTJA 4E1MA 1SUQA 4O0JA 4FM2A 3VQ7A 3VQCA 3C94A 3LPTA 3VQ4A 4ID5A 4B08A 4HCBA 4M3UA 1RILA 1NK5A 3ITHA 4YNQA 4HHTA 2OYQA 3RMDA 4GMJB 3LZJA 5J2NA 3I0SA 4Z4GA 5HRSA 4E3SA 3B6OA 3VQ5A 1XI1A 4AHTA 2FBYA 4CJQA 3SI6A 2OPQA 2BANA 3M8RA 2YNIA 4CIGA 2W42A 1VRTA 4O44A 4W5QA 1C1CA 4C8OA 1QQCA 2E6LA 1RBTA 1VSDA 1WAFA 3AO2A 3KKSA 1BCOA 5CZ2A 5CYQA 1RCHA 4UQGA 4BE2A 1CZBA 1QSLA 4N76A 3K5LA 5KGXA 3DM2A 5J2MA 3HPHA 3K2PA 4JLHA 4CFBA 4M3YA 2XY5A 3VQ8A 3SUNA 4FZZA 3ZSVA 2D0BA 1BQNA 1K6YA 3HT3A 3K59A 1SKRA 1FK9A 4DSFA 4FLTA 1WSHA 4M45A 1JLBA 1FKOA 1VSIA 4CGIA 4KI4A 4ELUA 4LSLA 1JL2A 3PY8A 3PX0A 4CF8A 1NK6A 4DQRA 4W5RA 1UWBA 1YTUA 4B9UA 3RWUA 4KI6A 4M3XA 1RT6A 1SV5A 2OPRA 4ELTA 4CK1A 4FJXA 2D0CA 2OZMA 3QEPA 1HMVA 4FW1A 3S9HA 3V1RA 4CJLA 3RTVA 1CLQA 1ASUA 3LWLA 1EKEA 1IG9A 1U47A 3QO9A 4B8AB 3O3GA 4OLBA 5EU7A 1HQEA 2YHBA 3DLGA 4IG0A 4OVLA 4DMNA 3RR8A 1S9GA 1JLAA 1VSMA 3NF8A 3NGZA 1L3TA 2F96A 3DMJA 2D0AA 1WSGA 4I2QA 3ZT1A 5KRTA 2P1JA 3O3FA 3K5MA 3HP6A 1VSKA 4HTUA 1ZBIA 2HHUA 3P83D 1WSJA 3DLKA 4F3OA 4Z4FA 4N56A 2KZMA 4Z4IA 4YFUA 3WNGA 3CFPA 3RMCA 4KAZA 3AO1A 4FYDA 4M41A 1NKBA 2BE2A 4QOZB 1B9DA 3NAEA 2X6SA 3V1QA 1IKWA 3HJFA 3ZSXA 1IO2A 3NH1A 1S1UA 2ZQBA 3TR8A 4DQSA 3FFIA 4ZHRA 4EZ9A 4DF4A 4RW8A 4OGEA 4WE1A 4CEQA 2X6NA 2OPPA 3NH2A 3QEWA 3IAYA 2LSNA 5DMRA 4OPJA 2XY6A 3DLHA 4PQUA 5HROA 1C0TA 2VG7A 4E0DA 4DTXA 5CYMA 3M8QA 1EX4A 3KKRA 3K5OA 3AVGA 3MXJA 4CF1A 3NDKA 1BIZA 1JKHA 3AV9A 4CGJA 1SKSA 4KHUA 4DSIA 1REVA 3P1GA 1ZBHA 4J2DA 2HHSA 1I39A 2Z1JA 3OS1A 4DTOA 5FRNA 2D5RA 3ZSOA 1X9WA 1WSEA 5SZTA 3AVCA 4FJ8A 3S3OA 3KLGA 1KFDA 1XHXA 1NOZA 3KLHA 2Z1HA 3DI6A 2HHXA 4Z4CA 3SPZA 2X74A 1RT5A 4Z0UA 2P51A 4FXDA 3H08A 3KD5E 3ZT3A 1S1WA 5I42A 3SNNA 1GOBA 2OA8A 2P5GA 1S9EA 4CGFA 3CM5A 1JLCA 3AA3A 4CJFA 2B6AA 2XY7A 4I7FA 1NKEA 3RMBA 3RR7A 4KB1A 3K57A 4DLEA 3WNHA 1WSIA 1LV5A 2RKIA 1C0UA 1IH7A 3SV4A 5FROA 1ZBUA 4CHZA 2P5OA 4CEDA 1D8YA 3TWHA 4JS5A 2HHTA 1NK0A 2IGIA 2G8HA 4B9TA 2IS3A 1LWCA 1A5WA 1HQUA 3HVRA 3L2VA 3LPUA 3OYGA 2VWJA 1T7PA 1DTQA 3AVLA 3KLIA 1LW0A 4TSXA 4AHVA 3V9WA 1JLGA 4DTNA 1ZYQA 2OZSA 3NGIA 5FDLA 4NCBA 4M42A 1X1PA 3ISNC 4G1QA 4KPYA 4Q0BA 2HVIA 3QIOA 3QNOA 3TI0A 4LSNA 4L8RB 3TANA 1A5VA 2Y1JA 3LP0A 4CK3A 4DS4A 3DLBA 4B9MA 5HRPA 3HP9A 4BDZA 1QS4A 2G8FA 1D5AA 1S1XA 1KVAA 2VWKA 1TAUA 3VQAA 1T05A 2DTUA 4CECA 3DOKA 1IKYA 4CJEA 3F73A 2PYLA 1J53A 3PO5A 3KK3A 4B9NA 1ZBLA 2ZE2A 1LW2A 4IFYA 3MAQA 2HNZA 3NFAA 4HCCA 4MFBA 3PUFA 3MXIA 2XY8A 3SQ4A 5J1EA 1WSFA 4M3WA 3VA3A 1Q8IA 3VQDA 2G8VA 1QSSA 1TKTA 3HM9A 1Z25A 2G8UA 1C6VA 1RT4A 4FLYA 1L3SA 1RTHA 1KLMA 3OY9A 2G8WA 2O4IA 4RW4A 3KK2A 2I5JA 1TAQA 3K58A 4M3ZA 3ZSYA 3VQBA 3OVNA 3VN5A 1RTDA 4F2SA 4KRFA 3VA0A 3MEDA 3IRXA 4CK2A 3OYMA 2KTQA 2YNFA 4KTZA 3CFOA 3KK1A 3QEIA 3ZT2A 4FLUA 2XRIA 2X78A 2FBXA 3HO1A 2VG5A 3OJUA 3V6DA 4ZTJA 4DU3A 1QHTA 2DFFA 1LWFA 2YNHA 3HVTA 5K14A 4AILC 1MU2A 4CF9A 3RMAA 3G10A 4KREA 2KFNA 5C25A 1HYSA 1UAXA 2OPSA 2YNGA 4W5OA 1TVRA 4FJIA 4FJ9A 1KVCA 3E01A 2RPIA 1S6QA 3TAQA 1U49A 5E41A 1BI4B 3AVBA 1SL1A 1D9FA 1VK0A 5JS1A 3PX4A 5HRRA 3NGYA 1VSJA 3LALA 4RW9A 1LWEA 3HXMA 1NJXA 3TAFA 3KD1E 3NE6A 5T7BA 3MEGA 4OKKA 3CQ8A 2E4LA 3WNEA 3S3MA 3UIQA 3T19A 3U3YA 1TK5A 3B6PA 4OKJA 3HL8A 4CFDA 5C24A 3TARA 3AVAA 4HVJA 4CJRA 3LWMA 4K8XA 3OS0A 1QSYA 3ASMA 3V1OA 2JGUA 4CJTA 4FJHA 1D9DA 3THVA 4QCLA 1JLEA 1YVUA 2EHGA 3L3VA 4Z4HA 4CHPA 2EX3A 3QEXA 3AVNA 1EETA 3P5JA 3SPYA 1BQMA 4E7JA 3QESA 1GOAA 1JXBA 3SZ2A 2WONA 5HRNA 4F4KA 1KSPA 4EZ6A 4LY7A 3SUOA 1HNIA 4H4MA 3JYTA 4C8MA 1VSEA 2AJQA 4H8KA 4Y1DA 4CHYA 2QK9A 3ZSQA 3OYFA 4KO0A 3VQ9A 4FM0A 2BDPA 4DQQA 1L5UA 1RDBA 4XIUA 4HUGA 1NJYA 3I8DA 1NKCA 4DFKA 3OYAA 3MECA 4RG8A 4LD0A 4C8NA 4AH9A 1L3UA 1F21A 3TAGA 1C1BA 1RBVA 3AA4A 3F9KA 3NF9A 4JRQA 1I3AA 1TGOA 4OGCA 1Y97A 3RRGA 4KHSA 1XHZA 1HYZA 1O1WA 5HBMA 3ZSZA 4AHSA 4N41A 1RNHA 3ZT0A 2Z1IA 3L2WA 1BGXT 1VSLA 4CFAA 4FJGA 4NCAA 4DSKA 3OS2A 1VSHA 4IKFA 1T8EA 1KCFA 4BWMA 4AHCA 3M8SA 3LZIA 1TKDA 1TK8A 1RT7A 4E7KA 4FLXA 3ALYA 1NJZA 4CEAA 4BE1A 2FBVA 3T3FA 3LANA 4DTMA 3L2RA 5HLFA 4Z4EA 3DRPA 4E1NA 5J2PA 4F2RA 3ZSRA 1ZBFA 3HYFA 4FZYA 3D0PA 3AA2A 4KTWA 3NF6A 4CF0A 1VRUA 3HK2A 3O4NA 2IOCA 2HMIA 3OYEA 1IKVA 3SV3A 2KQ2A 2IDOA 1SKWA 2QKKA 2HB5A 1GOCA 3CG7A 1QTMA 1J5OA 2HHWA 2YV0X 4CESA 1BIUA 1T03A 3SUQA 1CXQA 1X9SA 4DWIA 4FK2A 4ICLA 1RBUA 3BDPA 1HYVA 1J9AA 1X9MA 3EZ5A 2HHVA 3IS9A 4KV8A 1EP4A 3U6FA 4KTQA 4FJ7A 4EP4A 1DLOA 4EP5A 1J54A 4I2PA 3L8BA 1FXXA 4LH5A 4AHRA 3OYJA 2RN2A 1NK7A 1NJWA 3TAPA 3NH0A 3SQ0A 3OJSA 1N5YA 1HPZA 3O3HA 1NOYA 4F8RA 4KB0A 4CJVA 1Q9XA 1C0MA 3RRHA 3WNFA 2ZD1A 3V4IA 4BDYA 1RDCA 4CGHA 2DFEA 2QKBA 4CIEA 1HJRA 1SL0A 3QNNA 3AVMA 3KLEA 3NHGA 3V81A 1VSFA 3K5NA 4CJ3A 4FLZA 4FJNA 3DRRA 4PY5A 1ASVA 4OKEA 4DFPA 3NBPA 2ETJA 4JS4A 1S1VA 3AVIA 4KHNA 3A2FA 4CERA 5KTQA 4HUEA 3LP3A 1SL2A 2HNYA 1KFSA 4F3TA 1W9HA 3BGRA 4K8ZA 4J2AA 3ZCMA 3T1AA 4BDPA 1KVBA 3I0RA 4GVMA 4QAGA 5DK5A 4R5PA 4CJWA 3D45A 2G8KA 4FK4A 4FJMA 3EYZA 1KRPA 1R0AA 1RBSA 1Z26A 1TV6A 3KTQA 4CEFA 2WOMA 3HSTB 4ZTFA 3QLHA 1S1TA 4E19A 4DSLA 1BISA 5I3UA 1TKXA 1C1AA 3DLRA 3VQPA 4E89A 4CEZA 1FKPA 4DU4A 1U45A 4IBNA 3L2QA 1LAWA 1BL3A 4CHOA 4IFVA 4NYFA 2HHQA 4NYNA 4DTRA 4FLVA 2XO7A 3M8PA 1TK0A 4DQIA 3AVFA 2F8SA 3OYDA 3OYKA 3CFRA 2DFHA 1WAJA 4CJ5A 3OYNA 2GBZA 4FLWA 4DU1A 3PX6A 2Y1IA 3CM6A 1CZ9A 3QEVA 4DFJA 1NK4A 3C6UA 3O4QA 4CIFA 3OYIA 4DFMA 3VQQA 3V9ZA 3DRSA 2PZSA 3NF7A 1BI4A 3LP1A 5KGWA 3SUPA 3TAEA 4W5TA 2Z1GA 4DSEA 2FC0A 4DF8A 4FZXC 3KIOA 4M3TA 1S5JA 4CEOA 4KKOA 5C42A 4FK0A 4B9VA 4CEEA 2RF2A 1S6PA 4PA1A 4E7IA 1QE1A 1RT3A 4MQ3A 4OPKA 2VG6A 4ID1A 3KLFA 4LH4A 4FW2A 3V9UA 3QINA 1RTIA 3VQEA 2KZZA 4CJ4A 2HW3A 5CZ1A 1JLFA 4ELVA 4B3OA 3EY1A 1RT2A 1UOCA 2A1SA 4DTSA 1KTQA 4FJLA 2B5JA 1KLNA 2FBTA 4GW6A 4JRPA 4FM1A 1Q9YA 4CGGA 1XWLA 3CYMA 1B9FA 3ULDA 1HNVA 4Q5VA 3MEEA 1N6QA 3AVJA 1U48A 1U4BA 4CE9A 2JLEA 3OYHA 4CJPA 3AO3A 3V9XA 2IAJA 4HUFA 2B4JA 4CHQA 1TKZA 4CGDA 4DG1A 3SYZA 3SCXA 2KFZA 4B9SA 2Q3SA 1BHLA 4I9LA 4KFBA 4M3RA 3JSMA 3PV8A 3HPOA 1EXQA 4DTUA 4CJSA 4BE0A 4KHWA 1RDDA 4FVMA 5SWMA 4CHNA 4NCGA 1ASWA 4BWJA 4B8CA 3VQ6A 4J2BA 4Y1CA 1IKXA 1YTAA 4O4GA 4RW7A 1NK8A 1XC9A 1W0HA 1JXEA 4O55A 3AVHA 2NUBA 4I9QA 2IC3A 4W5NA 3OYCA 4DS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A5OC 1NNEA 3SJJA 4BR7A 3MWPA 3VGMA 4DV3K 4DR5K 3QETA 2QXFA 3LAMA 2XHBA 3L6QA 1NGHA 1TL3A 4PWDA 2WUSA 2I7PA 3S3NA 4FWSA 2PYJA 3CJBA 2DY4A 2G8IA 3CD6N 3CF5L 5GAEP 2HNDA 3ZLJA 3AVKA 2YHAA 3IG1A 2YKMA 3D2EB 2D0OA 2UUBK 5BPLA 3DYAA 1BUPA 4H0TB 4K25A 4O0IA 3V9SA 1L3VA 1NGFA 2VYPA 4YY3K 3LDSA 3DOLA 1RDAA 3EKUA 3LAKA 3WQUA 2R7YA 4GV6A 3D7EO 2ITGA 5BRDA 5F1XA 1YUWA 2HBMA 5BRHA 4FCYA 3KWGA 4J2EA 3CIPA 3EKSA 3H1QA 2NRZA 1BWFO 3H46O 1BCMA 3C7NB 3CETA 4B08A 3VQ4A 4M3UA 1RILA 3THXA 2WBNA 2P9UB 3LZJA 5HRSA 1XI1A 2FBYA 2OPQA 4YOUA 2BANA 4CIGA 4O44A 3WQTA 3KKSA 5CZ2A 1RBTA 1Q9YA 4LF6K 1QSLA 3H45C 1CZBA 4ISGA 4XH4A 3FE1A 3HBTA 3HT3A 1FK9A 2FLOA 4FLTA 5B8HA 1JLBA 1P8ZA 3CJAA 4B1XB 1UWBA 4B9UA 4KI6A 4Z94A 1SV5A 4O5FA 4FJXA 3RTVA 3H3NO 1N33K 1NGJA 3QO9A 3O3GA 1TYQA 3DLGA 3RR8A 4DMNA 3NGZA 2O8CA 3S41A 5KRTA 3BY5A 1ZBIA 4CZMA 3DLKA 3ZX0A 1S22A 2QW9A 2RHKA 3P31A 3CCMN 3WUHA 2P9KA 4BQZA 4DR1K 3HRGA 4QOZB 1B9DA 2GWKA 1IKWA 3HJFA 4DQSA 3M5RA 3FFIA 4DF4A 4OGEA 3ZETA 4K0KK 2LSNA 2XY6A 4PQUA 1C0TA 2VG7A 4E0DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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