2FDMA

Crystal structure of the ternary complex of signalling glycoprotein frm sheep (sps-40)with hexasaccharide (nag6) and peptide trp-pro-trp at 3.0a resolution
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSAIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFAGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGVPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of the ternary complex of signalling glycoprotein frm sheep (SPS-40) with hexasaccharide (NAG6) and peptide Trp-Pro-Trp at 3.0A resolution
rcsb
total genus 116
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2fdmA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2fdmA01
3F5KA 1CENA 4NRSA 4BQ4A 5KEZA 1PX4A 4H8UA 4XB3A 1JYNA 5A8QA 4UFIA 3VKKA 2FGZA 1BGGA 2X2YA 3OGSA 2PB1A 1IZJA 5ABGA 3AS2A 4MJ2A 1JAEA 1GQIA 1UWRA 1WZMA 2UWFA 4UFKA 1ZU8A 1W2PA 3UESA 1ZL1A 4PTXA 3NUKA 1QW9A 6TAAA 3VGDA 1TR1A 1NOFA 4UZSA 1VAHA 4FLQA 3GTNA 1O7AA 3MUZ1 3N11A 1JFXA 2PC8A 1AQMA 2BVTA 2QHAA 2VUYA 3AIVA 4GQRA 1UD3A 2E9BA 1X6NA 3CHDA 3FN9A 2YBTA 4QLKA 4NRRA 2WPGA 1R7AA 4DUWA 3VDHA 3EDKA 1ZS2A 4HPHA 3I3EA 3A6OA 1EDGA 1G01A 2OWXA 2ZUUA 3BCDA 1J0KA 2W62A 3U57A 3T08A 2GK1B 3WDHA 4JKKA 5DF0A 1CXHA 4UCFA 1W3LA 3CPUA 4AZCB 2C7FA 4F9DA 3AIUA 3CMJA 2VQUA 1BG4A 1UR1A 3S6TA 3EMCA 2GSJA 1XYZA 3WMSA 5GQBA 3F4VA 2BY1A 4WKHA 1C8QA 5A6KA 1CXEA 2QMKA 4RE2A 1OT1A 3NYDA 2UY2A 4P8WA 3TOPA 3A4AA 3U7VA 1V6UA 3PZQA 2UY5A 1ZBWA 5E9AA 1MWOA 1ZBKA 3A4WA 5BRPA 1W1TA 1XD0A 2Y4SA 3EBVA 2RGMA 3T2PA 5BXSA 5AY7A 3VMNA 2CIPA 4CKQA 1J18A 1NQ6A 3N18A 3B9AA 4Z2HA 2VX7A 3TTQA 3VIOA 3K46A 1BTCA 1HL8A 2J7BA 4D6JA 1H4PA 3ARXA 1HXJA 2VX6A 1QHOA 1ZJBA 2J77A 4HTYA 1V3LA 2EO7A 2XVGA 5A95A 4KH2A 5AYBA 4P7LA 2O9TA 3SUUA 4KRUA 3EDEA 1C7TA 3WN6A 2YIHA 1FHDA 4P8VA 3WBAA 1J12A 1TFVA 1CYGA 4M29A 1V3HA 2OSWA 4QLLA 3WY1A 3MMWA 2XG9A 2ZUSA 4V27A 3FHQA 4S3JA 3FY1A 3W25A 1PX8A 3OLGA 4J3TA 1I1WA 1Q6FA 2YBUA 3M6DA 4MJ4A 3RMEA 1GHSA 1DTUA 2BXZA 1W1YA 3KWXA 3VGHA 2BHUA 2XJ7A 1E43A 5IHSA 2GFTA 4D71A 2EPNA 2YDQA 2WWDA 2DT0A 2CYGA 2DH2A 3L4WA 4XZBA 2WZEA 3NSXA 4XUYA 1LWJA 3CLWA 4HMDA 3EDDA 3KEHA 1UOKA 2CKSA 3AQUA 1KB3A 1ZBVA 4CN1A 1GZJA 1FH9A 2BNJA 4JKLA 4WSJA 1SR0A 1HVXA 4UFHA 1UD4A 4TTGA 3ZT6A 3WD0A 5EBAA 1CXFA 3K4DA 3EDJA 4FK9A 2DSZA 4CCEA 2D1ZA 3ZQ9A 1E56A 1E6ZA 1MXDA 3AYRA 4AEFA 3WDPP 1WDPA 2XHYA 3PHAA 1VFOA 2NSXA 2ZX7A 4ACZB 4GPNA 1LG1A 1HJXA 1JNEA 1M01A 1WKYA 5HOSA 1V0NA 2YLLA 3APGA 5ABFA 2F2HA 4P7QA 4D6GA 1GPFA 5HXMA 4HA4A 4JIEA 3RJXA 4UFLA 5FL0A 1E72M 1QI3A 1ITXA 4PTWA 4PSPA 2DQXA 3M07A 2J7EA 1MW2A 4BQ3A 1EA9C 3T0AA 9CGTA 2VZTA 3CUHA 1TCMA 1KCLA 1EDQA 5BYWA 2ZOXA 4J3XA 3ALFA 1OIFA 4C7DA 1J10A 3WQVA 2V38A 3IJ7A 1L0PA 1VJSA 4PMVA 4PTVA 5KZ6A 2F61A 1CGWA 1WPCA 2MANA 4KGJA 4Z2GA 1UD6A 4W5UA 1WCGA 2J7HA 2YLAA 3RILA 2QF8A 1B3XA 3WL1A 3CUFA 2FHFA 4MNLA 3HU7A 1XSKA 5CGTA 1H09A 3QOKA 1PBGA 1UKTA 2CITA 2OWWA 4WK9A 4AXNA 1JZ7A 2G3NA 1OBAA 1CTNA 1V3IA 2IXUA 1UR4A 1CPUA 4PMUA 4MNJA 4J3WA 1C3FA 3DYOA 3BAWA 3MS8A 5HPOA 1K9FA 2ZX9A 4W93A 2PWFA 1IT0A 4NF7A 3VGFA 5CQ1A 4CGTA 1E4IA 5A2BA 2OSXA 2VJXA 2ZXDA 4AD2A 4TTUA 3WF1A 1OIMA 1GORA 2VR5A 1UQZA 4WJXA 2VRKA 3WD4A 3TTSA 1LJYA 2WCAA 2WYSA 1HJUA 1H0IA 3BLKA 4V28A 3WDRA 2CETA 3OBAA 1J0JA 1BQCA 1U33A 3UG3A 3MMDA 5A6AA 4W88A 4RL3A 1JL8A 4HU8A 1LG2A 2WM0A 3RDKA 1B3VA 3N12A 1GVIA 4YPJA 1C93A 1UUQA 1V08A 1XH2A 4WKAA 3RCNA 3E1F1 5IDIA 1A47A 1TA3B 4Z2IA 4D1IA 1WB0A 4GI6A 2ZUVA 2GK1A 4W8LA 4R5EA 1CECA 3WDJA 1C90A 4AW7A 4PCSA 1UH3A 2WKGA 3VD4A 3WQ8A 3OB8A 4KMQA 5HDRA 1KXHA 4DM2A 4OUEA 3DHPA 3GBEA 2VQTA 3S2CA 1GONA 2G4FA 2JF7A 2ZIDA 4CVUA 1KQZA 3MSGA 3ZR6A 3DC0A 1D2KA 3WNNA 5EMYA 1EGZA 3PZUA 1HJSA 1V3KA 4S3KA 1CZ1A 1CBGA 1B2YA 4JAWA 1JFHA 4D72A 5GNXA 1HL9A 3W26A 2WMIB 3POCA 5A8NA 4BCEA 2FHCA 4ZXLA 5CLTA 5C70A 2ZXAA 1WDSA 4EANA 2VX5A 1JG9A 3AMCA 3VIKA 5FD0A 1EOKA 1M04A 1BYAA 2VMFA 3THCA 2DIEA 3SUWA 3CHFA 1UH2A 3F5LA 2ZUWA 1B30A 1V3MA 3OZPA 2J7CA 2XVPA 1CXIA 2D3LA 1J01A 2VZVA 1KBBA 1W9PA 4PTMA 1EQPA 2VX4A 3SUVA 4EAMA 2VVSA 1NWRA 1B1YA 3L4YA 3VD9A 4M81A 5D9NA 1KXVA 3ZJ7A 3VDAA 1TG7A 2FGLA 4FF5A 2QLYA 3AS3A 3AJ7A 4H2CA 2DIJA 2J7FA 3ZR5A 4W7VA 1WNOA 1H41A 1Q6DA 3OGRA 3WF4A 2O9PA 2BY2A 1Q6CA 2GJXA 3SCWA 1JZ4A 2CBVA 1ODUA 1QI2A 1OT2A 1W9VA 1V0MA 4URIA 2W4XA 1C7SA 3TONA 1CGTA 3IJ9A 1US3A 5A6LA 3CGTA 2XPKA 4W86A 2A3BA 1QPKA 2XSAA 1B31A 4CU8A 3BXWA 4F8XA 1E4MM 3AMKA 1G9HA 1Z32X 2X05A 2VC9A 3FW6A 4Z2JA 3L2MA 5E6ZA 5AC4A 3K8LA 4PRWA 4W84A 5CPSA 2G3IA 5CGMA 3WUFA 3W28A 1GOOA 5JBDA 2VI0A 2WHLA 3ZT7A 2WK2A 3BAXA 3W6LA 4QLJA 4ML4A 3SCVA 2J7DA 4QCFA 1WO2A 4DUXA 1SYTA 2D2OA 3CUGA 4WLCA 1UD2A 3GXIA 2Y5EA 2EQDA 3SURA 1HN1A 1E3XA 3TP4A 3SUTA 3SCQA 4OZOA 4ZE4A 5I77A 3AIRA 2J8FA 4XV0A 2EBNA 4M80A 3O2LA 3WMBA 4QCEA 3VD7A 1K9TA 3PTQA 5BCAA 4W5ZA 4OIFA 4JCLA 1GJUA 4UNIA 2VRJA 3K8MA 5GPRA 1ISVA 3T0BA 1E6RA 2CESA 4U5KA 1G0CA 1OD0A 2IUZA 1R87A 3VIPA 3RM4A 1UWUA 2CHNA 4N42A 3B9EA 2V3DA 2WANA 4DM1A 1VB9A 5EFFA 4BQ5A 3KL3A 4JCMA 4JL2A 3KE0A 4XX6A 4IUGA 1W1PA 2YL8A 3MV01 4UOJA 1ISWA 5DT7A 4QDMA 4GXPA 2G3JA 3GDBA 5I5RA 1AMYA 1P6WA 1YQ2A 1BPLB 4BS0A 4TUFA 4CD6A 3ECQA 2W67A 4AZBA 3ARZA 1EH9A 4AZGA 3WD3A 1ODZA 3WH6A 3VUPA 1GCYA 1J0ZA 1A3HA 2A3AA 1YHTA 4JL1A 2XGIA 3BC9A 1KWKA 1UQYA 1NARA 1V02E 2VCAA 1B3YA 4X0VA 1QI0A 2RGLA 1VEMA 3ZM8A 4CU7A 3NSNA 2D22A 2Y8KA 2W92A 1B9ZA 2QPUA 5A6BA 4U2YA 4KGLA 4HMCA 1NWUA 1HP5A 5E0FA 3OG2A 3RM8A 4AISA 2X0YA 4GZJA 3CZKA 1WDQA 3WF2A 1W1VA 4OOZA 3WNKA 4UR9A 1J9YA 3PZVA 5BXTA 1GQKA 3IJ8A 1BG9A 1HT6A 1BYCA 1H49A 1LWHA 3ARRA 4AD4A 3QGVA 4UFMA 1MW1A 1OGGA 3BLPX 4PMNA 3IAPA 1ZBCA 4MADA 8A3HA 4MB4A 3MKKA 3VTRA 2V3FA 3RM9A 1PIGA 1AQHA 2UY4A 4Z2LA 3SCPA 4W87A 4ZEPA 5I6SA 3W29A 3BSHA 3PZ9A 1M7XA 1MW0A 1ISXA 3F5JA 3B9DA 1JDDA 2XFYA 3W6MA 3OGVA 1BSIA 2PWGA 1XCXA 1H11A 1GJWA 3L4ZA 2XM2A 3MANA 2YL6A 1W3KA 4HOXA 5FL1A 4MDOA 1LF1A 2J4GA 1GW1A 1XH1A 2WMIA 3POHA 1GQJA 2J47A 1HJWA 2EPMX 4MB1A 3IANA 1E6NA 4AD3A 4J3VA 4AZHA 2JALA 1E5JA 1NM9A 1W9DM 3FXYA 5DT5A 4EK7A 4TVCA 1XH0A 4CCDA 3LPPA 2CERA 3KL0A 2DPEA 3WF0A 1X6LA 2CEQA 1FP8A 1X1NA 4X0NA 3FAWA 1E71M 1KXQA 1QVBA 1ZB5A 3O9NA 3WQWA 4AIUA 2E9LA 3FAXA 2YDRA 3AICA 3ARSA 3ARVA 2JEPA 4Q22A 4D6EA 1JF5A 3MMUA 1E0XA 1XHGA 3BMVA 4J7RA 3OA5A 4W7WA 3BGAA 2WLYA 4UOZA 1E9LA 2Y2WA 3WD2A 4AC1X 3MUIA 2ZUNA 4GZIA 1EDTA 4HZ6A 4OBSA 2NW0A 1HJVA 1EO7A 2D23A 3AI0A 2G8ZA 3AMGA 4B16A 1OGBA 4CD4A 3B8SA 5HBFA 2X0HA 5F7UA 2AMGA 2NT0A 2WCGA 1WP6A 2WLZA 2OSYA 3MO4A 5DEZA 1QNRA 3SEPA 3L4VA 1EHNA 3HMCA 3SCTA 5CZKA 5HNNA 4LQ1A 4PMZA 3JUGA 3UETA 3T2QA 3N9KA 3VM7A 3WEZA 1MQPA 4LX4A 3VO0A 4NZCA 2PWHA 1M03A 2YA2A 5D9MA 2G3MA 1FFRA 1L8NA 5A6SA 1JD7A 2OYMA 1V03A 3A47A 1R86A 3AIQA 1PX3A 1PZ3A 1E6XM 5GNYA 3VIIA 3AS0A 1V0LA 4B9YA 1HIZA 1U2YA 4OOUA 1C8YA 4MTVA 1EO5A 2C8NA 4M8UA 4D6HA 4WF7A 1BLIA 4AY1A 4D6FA 4FLSA 3N13A 1BVNP 5A8PA 1BGAA 2VO5A 2D0FA 4AIOA 4GQQA 3ARYA 2GJPA 1MFVA 1RP8A 3PTMA 1Y7VA 2ZXQA 3UERA 1JZ5A 2GUYA 1CWYA 1V3JA 5CJ5A 1NH6A 3GXFA 3DYMA 1MXGA 2EPKX 2WBGA 1ESWA 1JXJA 2DT2A 2Y8VA 5A94A 3GZAA 4W89A 1UA7A 2E4TA 2WVSA 1UR9A 2WXDM 3WF3A 3AZSA 3MUAA 3VD5A 3ARWA 3CZ8A 1E15A 2WBKA 3PZTA 1J0YA 1QNOA 2VURA 1R85A 3NCOA 1B0IA 2AAAA 2QMJA 1H0GA 1JZ6A 1FH7A 2CPUA 1OINA 4PMQA 4R27A 2J78A 2UY3A 5CG0A 1XSIA 2DH3A 3NIYA 3CTTA 2O9RA 3NSMA 1FOBA 1V6VA 3IK2A 2VZSA 2DSUA 2F8QA 1CGYA 1S46A 3K8KA 1GNXA 5FIPA 4N0RA 1DWJM 1H3GA 2D20A 1B90A 1E4LA 3AZTA 4H04A 4QFUA 4UFJA 2CXGA 2PWDA 2GJRA 2E9MA 2D3NA 5I23A 2V3EA 5LA1A 1LL7A 1FA2A 3BAJA 4M82A 4PSRA 2ZXBA 1QHZA 5ECUA 2BVDA 2VCCA 3VDBA 1JYXA 3AMLA 4UOQA 1JZ8A 2XSBA 2BVYA 4V2XA 3WNOA 3U7BA 5AC5A 4WIWA 2JF6A 2XIIA 2Y24A 1Q6EA 2YJQA 4C7FA 4BF7A 3WD1A 1CGXA 3W37A 2XWDA 1D3CA 4DWSD 4AZCA 1GOWA 2CBIA 1TUXA 4JHZA 2XWEA 1KWGA 2X09A 2JIEA 1JIBA 3VGBA 4RE4A 2VRQA 4P7OA 3RJYA 1VBRA 1B3WA 5LYRA 1E0WA 1XRVA 4ZENA 1W9XA 3U5YA 2VL4A 5IXEA 5A8OA 5EB8A 3UEQA 3VIGA 5A8MA 1BVZA 2PI6A 2Q8XA 1GVYA 2YA1A 4PMRA 2Z1SA 1LL4A 1E4NA 3GXMA 1V02A 1HKMA 5E09A 1UZ4A 5M5DA 2G41A 1RH9A 2YL9A 1OCQA 1W9BM 1NOWA 4LXFA 3U5UA 3BAKA 2DEPA 3AIWA 3VIHA 3EMZA 5JBEA 4TX8A 2EEXA 3NDZA 3PZIA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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