The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
FNAKYVAEATGNFITVMDALKLNYNAKDQLHPLLAELLISINRVTRDDFENRSKLIDWIVRINKLSIGDTLTETQIRELLFDLELAYKSFYALL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
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| molecule keywords |
Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28
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| publication title |
The crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 reveals a conserved surface required for Vps20 recruitment.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
34
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| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-02-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J9V A; 2J9U A; 2J9W A; 2G3K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3C8G D; 3HLZ A; 4LDK A; 4MTO A; 5DQT A; 3DWW A; 1V4A A; 1ZW2 A; 5D92 A; 2KQ9 A; 2LFD A; 3C8G A; 1ZHY A; 1D0Y A; 2L7A A; 3GM3 A; 3IQT A; 2OU6 A; 5A69 A; 2J45 A; 2YZS A; 4CDV A; 3IPM O; 4J32 B; 1MMG A; 2XL4 A; 1N1C A; 4LER A; 3VRC A; 3UGP A; 1VB5 A; 3ITF A; 2P61 A; 3KMI A; 3ZTM A; 2ICW G; 2DB4 A; 3H2V A; 1M56 C; 1QLE C; 1BR4 A; 2RSE B; 1MQV A; 1ZYR F; 4IJJ A; 4EWC A; 3K1I A; 4HEA J; 4GQH A; 5L0G A; 1L3P A; 4A2N B; 2YLD A; 1ORY A; 4KC9 A; 3GM2 A; 3IHU A; 3QZC A; 4HE8 D; 1NLX A; 1Z3I X; 3S0X A; 2EIM C; 2IXN A; 3SNH A; 4BJ5 A; 4ANJ A; 5L3Q A; 1EA8 A; 4NTA A; 2J0X A; 3U9M A; 4JEA A; 3LEO A; 2R7U A; 4P9F A; 4YWQ A; 1ZHZ A; 4CIH A; 1ZHW A; 1ZVZ A; 4JW1 A; 5BQG A; 1O3U A; 1ORJ A; 2OG2 A; 1YZA A; 3AQC A; 1LI5 A; 4HFF B; 1JPJ A; 1WOL A; 4Z9H A; 3B0V C; 3GOR A; 3PCV A; 4JVS A; 3AQB A; 1Q0M A; 3EPV A; 4H4K C; 3HJC A; 2OEX A; 4NTB A; 2X0C A; 2YVK A; 3LJB A; 1FNT c; 2NUT B; 1A7V A; 3JT1 A; 3MX3 A; 2ETS A; 4LLC A; 1D1C A; 4L6R A; 2KGO A; 3GEH A; 3ABM C; 1SF8 A; 3JYY A; 3EZH A; 4JJG A; 3TUL A; 1APC A; 4DRJ B; 2NUP B; 2IOQ A; 1TWH A; 4O7G A; 5AC4 A; 3C8Z A; 3RQG A; 2HJ3 A; 2W9Y A; 3G50 A; 3ZIB A; 3H65 A; 4DBR A; 4K7B A; 3JRM O; 1LS1 A; 1LPE A; 4CSA A; 5JUA A; 3A11 A; 1YZC A; 3UR3 C; 3U8V A; 1K05 A; 1S7Z A; 2YWA A; 5JP7 A; 4A4A A; 5COM A; 3LES A; 1EI7 A; 1Z23 A; 1PD1 A; 5JVE A; 5GPG B; 4IB4 A; 1WN0 A; 2XM4 A; 4W8K A; 1I5N A; 2MYS A; 1D1A A; 1M57 C; 2J0W A; 3B29 A; 3FVY A; 5TJ5 E; 1UFB A; 1YYX A; 2Y3G A; 1DOV A; 5L0D A; 2GAQ A; 1OCO C; 2HV7 A; 4OD5 A; 4U5G A; 3BRJ A; 1JAF A; 5CI8 A; 5F28 E; 4BEJ A; 4CS9 C; 3CQZ A; 2R7R A; 2P1A A; 3SYN A; 1H7I A; 2F22 A; 4N06 A; 3AJM A; 4J30 B; 4YK5 A; 1SZI A; 3EFO B; 2KJG A; 2LCH A; 2NPU A; 4C3E A; 3SXY A; 3AG3 C; 3L8I A; 4PJJ A; 5A6A A; 2OJE D; 1T6U A; 3DKA A; 3GEE A; 3UMH A; 1WGW A; 2A1D D; 3C8G B; 3LS1 A; 3GOD A; 4EKW A; 3NKD A; 5CI9 A; 4O6M A; 2GDC A; 1ZHT A; 4YT2 A; 2O9X A; 2DYR C; 4XPW A; 2WL8 A; 2BL2 A; 2XLH A; 4WAB A; 2R05 A; 4XEK A; 2EPK X; 3CAX A; 3GWN A; 3EHN A; 2YL3 A; 1E85 A; 1V74 B; 1LIH A; 4YL1 A; 4N4W A; 1VTM P; 4KBL A; 4JC7 A; 4DRH B; 2R02 A; 1UG7 A; 4PR9 A; 2HV6 A; 3SEO A; 1FTS A; 2IYL D; 1V55 C; 2W45 A; 1OCZ C; 2P0N A; 2LQG A; 2XM0 A; 5KYU B; 2I8B A; 4EBJ A; 2ZXO A; 2D4U A; 4MVO A; 5E3A A; 4YT5 A; 2EIK C; 5JLI A; 2MHR A; 1RJ9 A; 1MND A; 1KU2 A; 4XEV A; 4QI0 A; 3MBG A; 3ZQY A; 3K33 A; 3OEO A; 2L6F A; 1IZM A; 2HFI A; 4ONS A; 1JMW A; 2J7P D; 4AX2 A; 4DXW A; 1YVI A; 1T5O A; 3G4Z A; 2EIN C; 1T6I A; 4WGY A; 4BJ1 A; 2J7P A; 5F5H A; 5FZT A; 5E33 A; 1C03 A; 1FMW A; 3HNJ A; 1B68 A; 3H2U A; 4GEH A; 2OOC A; 4U5B E; 3DM9 B; 3G4X A; 3IQ6 A; 5HV9 A; 3O6X A; 4U9E A; 2BC5 A; 2LFF A; 1CGO A; 1CPQ A; 3LS0 A; 4I3M A; 4PFO A; 3SXZ A; 2W4B A; 3EJN A; 3L1M A; 1HW1 A; 4CBE A; 2KC3 A; 2R25 A; 2WVQ A; 3FMS A; 3SXM A; 3T6B A; 5DS6 A; 1Q0K A; 3DJN B; 5B3S C; 3U0C A; 3UGO A; 2AU5 A; 4ZLD A; 2WZF A; 3M15 A; 4QDL A; 4Q4Z F; 4GYT A; 1GS9 A; 1NU9 C; 3AG2 C; 4NTF A; 3QMK A; 5B3I A; 2OEV A; 3MYF A; 2Y3D A; 4KNV A; 4ULV A; 4Z9J A; 4G0H A; 3U3F A; 3TJ5 A; 1Q0F A; 4I1O B; 1IW7 F; 4U5D E; 3RYL A; 2IXO A; 3U3B A; 3W4Y A; 1RXQ A; 2OJQ A; 4LDR A; 3ZDL A; 5DLJ A; 1BDJ B; 4N6H A; 3NG1 A; 3ZG1 A; 2CNW A; 3HNK A; 3FDQ A; 5EGY A; 1M2V A; 3LUT B; 2Q9C A; 3KPH A; 2PBE A; 4U5H A; 2L81 A; 3Q7G A; 1G8X A; 2KW3 C; 1ZHX A; 2A0U A; 3R2P A; 4PFP A; 2PNO A; 3FAP B; 3POV A; 1FFH A; 3ZSU A; 1NG1 A; 2HUJ A; 2YL7 A; 3DE9 A; 5T3T A; 3UMI A; 2H7O A; 1HMD A; 2KK1 A; 3DAF A; 2V26 A; 1M2O A; 2KYH A; 1NZE A; 2OQM A; 3ZC4 A; 1E86 A; 4J7T A; 1D1B A; 4LDQ A; 5F5F A; 4RBN A; 4OD4 A; 3F47 A; 2X51 A; 3IQC A; 4U5C E; 3RW0 A; 4IAQ A; 3TOL A; 4U5F E; 1C02 A; 2XS8 A; 3TQO A; 4XLP F; 5FCL A; 1C17 M; 2XL8 A; 4FX5 A; 3RH3 A; 3FOO A; 1YLM A; 1NFO A; 2HZ8 A; 2ZXP A; 3JRT A; 5BQI A; 3NRH A; 1Y4C A; 2J8W A; 4MVS A; 3S9O A; 1LI7 A; 1T6Q A; 2R9R B; 2GWW A; 2XSE A; 1TFK B; 3WOD F; 2A69 F; 4YL3 A; 5BUO A; 2XLV A; 4DVY P; 2HJM A; 2J9V A; 2DI3 A; 4RD9 A; 2J46 A; 3GWL A; 2XXA A; 1XZP A; 2NG1 A; 1OW6 A; 3ASN C; 1Z7Q c; 2J9W A; 4G7Z F; 1VK5 A; 1RJ9 B; 3U5S A; 1JR8 A; 1YAR O; 2IBF A; 2L6G A; 2MWQ A; 2WVO A; 4JRZ A; 1FFT C; 3PHF 2; 1JPN A; 4C3D A; 1TR2 A; 4F4B A; 4J7Y A; 4CS9 A; 3QVZ A; 1MNE A; 3B71 A; 4DVZ A; 4XEF A; 3Q6N A; 2CDQ A; 1CGN A; 2C04 A; 3OA1 A; 4JEB A; 4YN0 B; 4KNW A; 4JCH A; 5T3W A; 5KYX B; 2HKV A; 4HFK B; 2YHS A; 1LE2 A; 3PMR A; 1VOM A; 4N6C A; 4U5E E; 3S29 A; 2EPM X; 4BPM A; 1NSG B; 1U0B B; 2VAS A; 2HSQ A; 2XLO A; 4JTC B; 4UDV A; 4M63 A; 1ST6 A; 2VB6 A; 4CS8 C; 4CIP A; 1NU7 D; 1OCR C; 4MW8 A; 2UUI A; 4NQF A; 1PV3 A; 2AWC A; 1HW2 A; 1OXK A; 3W8I A; 4MVR A; 3NYJ A; 2Q9A A; 3TD7 A; 2M64 A; 1JRA A; 2BE5 F; 4R32 A; 4PJN A; 3K1H A; 2PFD A; 1Z6A A; 1VLT A; 2XL6 A; 5B1B C; 3L8J A; 1LKX A; 1G4W R; 3ATP A; 1EQ1 A; 3ZVR A; 2VCB A; 2YL1 A; 1EKY A; 3RIP A; 1NBB A; 2OKU A; 2AWY A; 3CZ6 A; 2IXP A; 3FAJ A; 5JS5 A; 1M2V B; 4EHP A; 1A7E A; 3EGD A; 1WWP A; 2P6V A; 1AUE A; 4U9D A; 1TKN A; 4BJT A; 3OWT A; 3S84 A; 2Q7R A; 3NYL A; 4O6Y A; 3M79 A; 4MVZ A; 4B6I A; 4E7Z A; 2ZD9 A; 4IAR A; 1MMA A; 2OCC C; 3N2Z B; 1RCP A; 4BJ6 C; 1VLS A; 1E2X A; 3S28 A; 2JPU A; 4BEM J; 1E84 A; 2J9B A; 3NDB B; 3N0T A; 1RKC A; 4K0D A; 4BG0 A; 1H9T A; 3K66 A; 4MVM A; 4Q7C A; 1F1M A; 2Y39 A; 1ORS C; 3KL4 A; 2R7W A; 2VH3 A; 2GFH A; 1M6T A; 1QQ3 A; 2DGJ A; 1KTM A; 3MLG A; 1O5H A; 3B0P A; 3LAY A; 4MVQ A; 2PF4 E; 1RMV A; 2VC9 A; 1GGQ A; 1HE9 A; 2B0J A; 2G3V A; 3UMK A; 4CJG A; 2NSG A; 2ASR A; 2LIG A; 1W2W A; 2A68 F; 1Y6D A; 1TWG A; 1HY5 A; 4KI2 A; 3GAN A; 3KYJ A; 4E7S A; 3HKK A; 5A6B D; 5KYX A; 3DI5 A; 5L0J A; 3V5Z A; 2Y3H A; 5A6B A; 1ZW3 A; 3JTL O; 4H54 A; 4E0I A; 3JYH A; 5JRA A; 2H8A A; 2YL0 A; 2XXA B; 4OIO F; 3CSK A; 4YT4 A; 1XZQ A; 4NCQ A; 3NYM A; 1T9K A; 2CCY A; 3T4R A; 1TFO B; 2KNH A; 5E2Q A; 3RKO F; 4IGG A; 3UNG C; 3X1O A; 3WG7 C; 1YYJ A; 1A0B A; 2Y3B A; 1LM3 B; 5COF A; 4OIN F; 256B A; 4XPY A; 1OCC C; 1OKK D; 2R7Q A; 1TQG A; 2A0B A; 1OKK A; 1DOW A; 3AGU A; 3QVY A; 4P9T A; 2L6H A; 1Z5Z A; 4OIP F; 4WJ0 A; 2CNW D; 3E70 C; 2H7B A; 3R7C A; 4JKV A; 2Q4F A; 3FHD A; 3MFN A; 3EZI A; 2R7X A; 2Q00 A; 3V5X A; 3RVZ A; 1OXB A; 3DXJ F; 3FXH A; 3C18 A; 1SYQ A; 2G62 A; 5COG A; 5IY5 C; 4ULW A; 3NMJ A; 1BR2 A; 1H9G A; 2QE9 A; 2RD9 A; 3RF3 A; 3JZ0 A; 2R7T A; 2XS1 A; 3QTH A; 2EPN A; 2XLD A; 1ZU4 A; 3NMI A; 5DS5 A; 3EGX A; 1WAS A; 4AL0 A; 1L7C A; 4EIY A; 4XLN F; 2FAP B; 3A9C A; 1J8M F; 3N24 A; 1FAP B; 3RVY A; 5DVW A; 4JIO A; 2LK4 A; 1AEP A; 2HSB A; 3ZTZ A; 5KYN A; 2Z15 A; 3EGD B; 4Z9I A; 1LVK A; 1O87 A; 2C03 A; 4NY3 A; 3I5Q A; 4CDA A; 4NC3 A; 3LLK A; 3SZR A; 4E18 A; 3CEX A; 1VYI A; 1S05 A; 2ZXR A; 1QPU A; 4G78 A; 4MTF A; 1ZU5 A; 3DMD A; 2PX0 A; 4PJM A; 2H7V C; 3EQL F; 4Q5S F; 3MYI A; 1OQC A; 5T1D B; 5L0C A; 3AG1 C; 5L0H A; 3O55 A; 3VM6 A; 1G5Z A; 4CDY A; 2A6E F; 2YKZ A; 1E83 A; 2QY9 A; 3B9Q A; 2FFH A; 4LLE A; 3DJU B; 3EH2 A; 4CS8 A; 3T6J A; 1T01 A; 3ZWI A; 3J06 A; 2HMZ A; 4MQ9 F; 1WAT A; 2R7S A; 3ECS A; 4ZLC A; 1Q0G A; 3L34 A; 3JSE O; 5JSL A; 2GA0 A; 1R5I D; 1OW7 A; 5KYY A; 5KYW A; 3U8P A; 1QKR A; 3M1C B; 4P6I C; 2NSF A; 4O79 A; 3K1I C; 2JD3 A; 4AE4 A; 3NMK A; 4IAO A; 5JT4 A; 5AC5 A; 2QNL A; 3WAQ A; 5K0I A; 2QUP A; 3U2L A; 1R4T A; 2JX0 A; 2R03 A; 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4I1M A; 2EIJ C; 2WB7 A; 3Q6M A; 3KH2 A; 2XRH A; 4YJW A; 2HS5 A; 3E9V A; 1GM5 A; 4OIR F; 3TK0 A; 1JOG A; 3QW0 A; 1I4Z A; 3ABL C; 3W8H A; 2UUH A; 3Q7L A; 1QVX A; 2ZPA A; 4EUK B; 4ER9 A; 3O39 A; 3S90 A; 3LEV A; 1V54 C; 4JUR I; 4E17 A; 1FMV A; 3TJ6 A; 4MTG A; 2Q3T A; 4X0R A; 3VYW A; 3X2Q C; 5D91 A; 4LAC B; 1TWC A; 1KNY A; 5DS4 A; 1SMY F; 4JE9 A; 4MS2 A; 1GQA A; 2R7O A; 2WZG A; 4XQ1 A; 2NUT A; 2YLI A; 4XWJ A; 3S27 A; 1BBH A; 1CPR A; 3V7O A; 3F46 A; 1FR0 A; 2P7V A; 2AP3 A; 3LNM B; 1J8Y F; 3ABK C; 2DYS C; 3DZA A; 3C63 A; 3QW1 A; 4FWV A; 5L3V A; 2CYD A; 3BEH A; 4I44 A; 2XLM A; 2NUP A; 1I4Y A; 3I5P A; 4MW3 A; 3U9J A; 3SXK A; 4PAC A; 2IXM A; 4JZA A; 2WVN A; 2J9U A; 3NKE A; 1YAU O; 2LP4 A; 4YT8 A; 4PK4 A; 3LLI A; 5KYY B; 5KYW B; 2VCA A; 1HE1 A; 3T9O A; 1OR2 A; 2EPO A; 3O10 A; 4PJL A; 4WGZ A; 2PX3 A; 3EG9 A; 5DQZ A; 1NFN A; 1U89 A; 1ZZP A; 4AE4 B; 3JCU Q; 2HMQ A; 4K1O A; 5A6K A; 2PP4 A; 2EPL X; 4DOZ A; 4DBQ A; 4G7H F; 5A6J A; 4MND A; 1U6H A; 4C7O B; 1YJG A; 4IWB A; 3T6G B; 5CIV A; 4W8P A; 1WTY A; 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