2G8UA

B. halodurans rnase h catalytic domain d132n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 36
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8uA00
1A5VA 4BE0A 1J9AA 3NF6A 1KVCA 3DRPA 3THVA 2JGUA 1LV5A 1K6YA 3SQ1A 4BDPA 2P1JA 4C8KA 1HJRA 1T7PA 4DTMA 3PV8A 2PY5A 4DFMA 5EU7A 2KTQA 4FLYA 4IG3A 3L2WA 4FJNA 1BGXT 2WONA 3VQ6A 3ZSXA 3ZT1A 3OYNA 3NHGA 3QEWA 2OA8A 2XHBA 3LP3A 4OGCA 1J5OA 1XWLA 4CK3A 1WLJA 1RTDA 4CK1A 1RDAA 3SCXA 3K5MA 4RW9A 5C42A 4JRPA 3HVRA 1UA1A 2VG6A 4CJRA 4CHPA 4B9UA 4PWDA 2FBYA 4M3WA 3ZT4A 3LZIA 3U6FA 1BIZA 4CHQA 4JRQA 4AH9A 4FLXA 3A2FA 1WSJA 4YFUA 4I9LA 4CFAA 4DU4A 3DLRA 5HP1A 1NJXA 1RT3A 4FVMA 2JLEA 3L2QA 4DTRA 3AVAA 3MXMA 1L3TA 1U49A 3AVKA 4CE9A 3ZT3A 2G8KA 4DU3A 4KI6A 4FJIA 1RTHA 3T3FA 5HLFA 5SZTA 3AVBA 3OY9A 2X6NA 3O4NA 4FLUA 3VA0A 4CJ4A 2OZSA 4CJTA 3NGZA 4FJ5A 2HNZA 3ZSWA 4W5RA 4BDYA 1ASVA 3DLBA 2HHQA 4DTPA 1NK7A 1UAXA 2VWJA 4LSLA 2KW4A 3LZJA 1JLEA 2RN2A 1RT1A 4OVLA 2BANA 3HP9A 2HW3A 4E0DA 2HHXA 3DRRA 3AVHA 1JXBA 3V4IA 4B9VA 2OYQA 2YNGA 1HNIA 3K5LA 4CGJA 2HHSA 3K5NA 4CF1A 4ID1A 3KKSA 3ZCMA 4Z4GA 1HYZA 1D9DA 4M45A 3QNOA 2FBXA 1B92A 4Z4FA 3M8QA 4FW2A 4W5QA 1IKXA 1SV5A 1TKDA 4CJUA 4FM1A 3ZT2A 4CHNA 4IDKA 3NFAA 2D0AA 3NF9A 4ZTFA 3ZSQA 1RCHA 5FROA 2D0CA 3OS0A 3T1AA 4FM0A 3QEPA 4B9LA 3MXJA 4Z4CA 4B9NA 2P51A 4OPKA 1WSFA 4Z4EA 4DSJA 1MU2A 3C95A 4PQUA 1XI1A 3V9UA 4FJKA 4FM2A 1LAWA 3QERA 1HNVA 3TR8A 4FJHA 4PUOA 4CJLA 3SNNA 2W42A 3QESA 3AVMA 4KPYA 3DOKA 4H8KA 4I2PA 4DSKA 3L2RA 5CYMA 4CJFA 4KREA 3VQ8A 4FZYA 2B4JA 4KKOA 4CEOA 4GVMA 1QTMA 4KHQA 2Z1HA 4E7KA 1EETA 4E1MA 5KGXA 4J2EA 3TAFA 3QETA 3AO2A 4E19A 2IOCA 5C25A 3AO1A 4B9TA 3UIQA 3IRXA 1HYSA 4PA1A 4QCLA 1QHTA 3V6DA 3WNHA 2G8HA 4FK0A 4N5SA 4KV8A 1BISA 3D0PA 4E7HA 1J53A 3CFOA 4ZHRA 1JLAA 4E7LA 2OPSA 3NH1A 3V9WA 1X9SA 1NKBA 4M3XA 4CGDA 3K57A 5HROA 4CF8A 1FXXA 4FZXC 3CM6A 4N56A 3HPGA 1TK8A 3AA2A 3QEIA 3AA5X 2GBZA 5JS2A 1KFSA 1HMVA 2O4GA 3AVJA 3DLHA 2DFHA 1VSDA 3I0RA 1KRPA 2KFZA 1RDCA 3RRGA 2P5GA 1BIUA 1KCFA 4F4KA 1TKTA 3ZSRA 4I9QA 2YNFA 1DLOA 1WN7A 4FJMA 2HHWA 5J2PA 3TANA 4CGIA 4DWIA 1Q9XA 2D0BA 1RBUA 3OYEA 2E4LA 1VSEA 1J54A 3DM2A 5I3UA 1RTIA 3KK3A 3O3FA 1NK9A 4KHSA 4M3ZA 4M3UA 4FLWA 1D5AA 4Q0BA 2XRIA 5D3GA 4B8AB 1C6VA 3EZ5A 1UA0A 3TAQA 5HRPA 4QAGA 4BDZA 2YKMA 4FLZA 2F96A 4DTJA 1TAQA 3H08A 4OKKA 4DLEA 5J2QA 1S6QA 4B9MA 4K8ZA 1IO2A 4AHTA 3RMCA 1EKEA 4M41A 3S3OA 4H4MA 3C94A 1ZBLA 1QSSA 1JLCA 1WSGA 3TWHA 1REVA 4CIGA 4MFBA 3LWMA 4DTXA 3TAGA 1RILA 2YHAA 3KLGA 3QEXA 4KHYA 4CF9A 1BI4A 3MEEA 3OS2A 4FK2A 1U04A 4DSFA 3IG1A 3CG7A 4O0IA 3PX0A 1TVRA 3SUQA 4DQSA 3QNNA 1RBVA 1HRHA 3DMJA 4OLBA 5SWMA 3D45A 2HB5A 3BGRA 4FJJA 2E6MA 5HBMA 1VRTA 4DG1A 4DFPA 1ZYQA 1NOZA 3AA4A 4CF2A 2BDPA 4CIFA 3V1QA 4HVJA 2R7YA 1TKXA 3P83D 3KD5E 3NBPA 1LWFA 4F8RA 3HXMA 4M3YA 2KZMA 3MAQA 1G15A 1B9DA 5FDLA 1KLNA 2FBVA 1WAFA 4Y1CA 4BE2A 4FK4A 2X74A 2PZSA 4HHTA 3BDPA 4ELTA 3E01A 4JLHA 3ZSYA 4M3TA 2A1RA 3MEDA 4FXDA 3LPTA 2G8IA 2B5JA 3QEVA 3K2PA 2Z1GA 3HPOA 3SUNA 2G8UA 3V9SA 4AHRA 1N6QA 3S3MA 4IFYA 4C8MA 5HRNA 3NCIA 1BL3A 2DFFA 3ISNC 1NOYA 3RR7A 1JXEA 4BACA 1U48A 1JLFA 2HNYA 4J2BA 3O3GA 1NJZA 1C0MA 1KVBA 2PYLA 4KRFA 1NK8A 3QO9A 1C0UA 3AVFA 3AVLA 4BWJA 1JLBA 5CZ2A 3SUOA 1NK5A 1D9FA 4DSLA 4PY5A 4OKJA 4UQGA 5CZ1A 4E3SA 2DFEA 1KSPA 4KB0A 1C1AA 1BHLA 4DTNA 1JL2A 3ALYA 1A5WA 1XC9A 4N47A 3F9KA 3PY8A 1Y97A 3DI6A 3M8PA 3CYMA 3OVNA 1S1VA 2G8FA 4IKFA 4FLTA 3OYBA 3K59A 4KO0A 1W9HA 1C0TA 4MQ3A 1SKSA 4GW6A 4AHUA 1RT5A 1KLMA 2HNDA 1KFDA 4K8XA 1LWEA 3DYAA 1L3UA 4M42A 4CFBA 3OYGA 1F21A 1UOCA 3S3NA 2QKBA 1BQNA 1FKPA 3EY1A 2YV0X 4CK2A 4DF8A 4CFCA 3V81A 4FLVA 1JKHA 4OPJA 1NJYA 1RDBA 4TSXA 5CYQA 3HL8A 3OYFA 4DQQA 3PO4A 4HCCA 1CLQA 1EX4A 3HYFA 2XO7A 2Z1IA 2ETJA 4O4GA 3OYHA 4CEBA 4DLGA 2F8SA 5KRTA 4W5OA 4EZ6A 4BE1A 1CZ9A 4I2QA 3S9HA 5CY4A 4NCAA 1WNSA 1U4BA 4CHZA 4KTWA 1QE1A 4O44A 4IFVA 4CHOA 5DMRA 5J2MA 1WSEA 2HMIA 1T03A 1SUQA 4DQPA 1RTJA 1RBRA 4KFBA 1FK9A 4FJLA 4CHYA 4W5NA 3FFIA 4CEQA 3KK1A 4F2RA 1JLQA 2LSNA 3B6OA 1CXQA 1RT4A 4M3RA 1Z25A 2Y1IA 3HSTB 3K5OA 1SKRA 1ASWA 4NYFA 3SPZA 1DTQA 3V9ZA 3RMAA 3SV4A 3RR8A 4DQIA 1I3AA 1VK0A 1NK4A 1TAUA 1X9MA 3TAPA 3JSMA 1IKWA 4CEAA 5HRRA 4CGGA 3RMDA 3HK2A 2GUIA 3OJUA 4OJRA 1YTUA 4DTUA 4ELUA 3DOLA 1S1XA 3DRSA 3V1OA 3WNEA 3VQQA 3NH0A 1VSKA 3NH2A 3CFRA 4DS4A 1U47A 3IAYA 4N76A 3EYZA 3LALA 4JS5A 3MXIA 2ZE2A 3VQ4A 3AVIA 4CERA 4RW6A 5T7BA 1EXQA 3SI6A 4CF0A 4KHWA 2IC3A 3WNFA 4QOZB 4OLAA 1S9EA 1IKYA 3WNGA 1TK0A 3QIOA 1ZBIA 3OYAA 3KIOA 4CJ5A 4EZ9A 3K58A 4H4OA 2XY6A 2HVHA 4E1NA 4RG8A 4Z4IA 3VQAA 3PO5A 3OYDA 1NK6A 3HJFA 1TL3A 4CJPA 3PUFA 3KLHA 4HUGA 4EP5A 1TL1A 3VQ9A 2RPIA 1SKWA 2XY8A 4FJ7A 4KB1A 3VQCA 3VQDA 4CJ3A 3PX6A 3HM9A 1TKZA 1LAVA 4FJGA 4ID5A 3AO3A 3DLGA 2HHUA 2AJQA 3AV9A 1TK5A 3L3UA 1S6PA 4KTQA 1C1CA 2HVIA 3U3GA 3AA3A 4CGHA 4HTUA 3G10A 1HQEA 3QLHA 4HCBA 3SQ2A 2A1SA 4F3OA 1CZBA 2VWKA 1ITGA 4CEDA 1W0HA 3VQEA 4CESA 2G8VA 1N5YA 2I5JA 4FYDA 3VQ5A 5KI6A 1T05A 3G0ZA 1RT2A 4CGFA 2OPRA 2YKNA 3LP0A 4AHCA 1WSIA 4E7JA 3CQ8A 2QKKA 4L8RB 4CJWA 5KGWA 3LP1A 3OYMA 3SPYA 3QIPA 1D8YA 4KI4A 4CEFA 1Z26A 2IDOA 3DLKA 3LANA 1S5JA 1ZBUA 4Z0UA 1XHZA 1VSMA 1SL1A 1Q9YA 1RBSA 1VRUA 1X1PA 3C6TA 2GV9A 5E41A 2Q3SA 4F2SA 1UWBA 2Z1JA 2OPQA 3AO4A 1S1TA 3AO5A 1WSHA 2KQ2A 1YT3A 3AVCA 3NF8A 3VQBA 3RRHA 3TI0A 4DTSA 4J2AA 4KHUA 1ZBHA 2ZD1A 4F3TA 1ASUA 4B08A 4CJKA 2Y1JA 3KLFA 4B3OA 1S9GA 2IGIA 3V9XA 2P5OA 2B6AA 3TAEA 3P5JA 2D5RA 2ITGA 1BCOA 1VSLA 3VQPA 1XHXA 1GOBA 3TAMA 3U3YA 3L3VA 4C8NA 4KAZA 2YHBA 3OS1A 3OYCA 3NF7A 1RT6A 3VQ7A 3OYIA 2HHVA 3I0SA 1TGOA 3SV3A 5FRMA 3VN5A 4Z4HA 1BQMA 4IBNA 3C6UA 3SUPA 1HPZA 4AHVA 4ICLA 4C8OA 1R0AA 1S1UA 4ZTJA 2X6SA 3HPHA 4BWMA 3KK2A 3SQ4A 4CECA 1NKEA 4WE1A 2X78A 1YTAA 1S1WA 3F73A 1B9FA 4J2DA 1RNHA 3NDKA 4NCGA 4AILC 3NGYA 3M8RA 4FJXA 4DFJA 1LW0A 2G8WA 4CJSA 3SZ2A 4DS5A 5K14A 1BCMA 1IH7A 4CJQA 2WOMA 4Y1DA 3L2UA 1DTTA 3SJJA 3TABA 5JS1A 4CIEA 4HUFA 1KTQA 4LH4A 4O55A 4RW7A 3O4QA 3OJSA 1X9WA 4CEZA 4EP4A 4Q5VA 4O0JA 3MECA 3ITHA 4I7FA 1GOCA 2RF2A 1L5UA 2QK9A 5KRSA 5DK5A 2EHGA 1NKCA 4CJVA 3LDSA 2XY7A 3HT3A 5J1EA 2IS3A 2OZMA 5I42A 4B8CA 4CFDA 1IG9A 3JYTA 3P1GA 1O1WA 3KTQA 3SQ0A 1YVUA 3TARA 3NE6A 3MEGA 1JLGA 2DTUA 1QSLA 3ZT0A 3NGIA 4HUEA 3HO1A 4LH5A 1QQCA 3HP6A 3ASMA 3SYZA 1VSFA 4CEEA 2VG5A 2RKIA 3KLIA 4R5PA 3RTVA 4OGEA 2OPPA 4IG0A 1RBTA 3ZSVA 1HYVA 1RT7A 1NK0A 2BE2A 4CJEA 2ATQA 3KKRA 1U45A 2XY5A 1KVAA 3L2VA 3RMBA 2F8TA 1LW2A 1VSIA 4DSEA 4KTZA 4DQRA 3OYKA 4E7IA 4YNQA 1EP4A 1NJWA 4DTOA 3CFPA 4E89A 3QINA 4B9SA 3CM5A 3NAEA 4XIUA 1QSYA 1BI4B 4RW4A 2NUBA 1FKOA 1TV6A 3KJVA 3L8BA 2FC0A 3PX4A 3O3HA 4KHNA 4FZZA 4RW8A 4ELVA 3AVNA 5J2NA 4C8LA 2KFNA 2HHTA 4DMNA 2IAJA 2FBTA 3OYJA 3B6PA 4W5TA 3ULDA 1SL0A 1SL2A 1L3VA 5C24A 1T8EA 5FRNA 1IKVA 2QXFA 3LWLA 3T19A 1I39A 1VSHA 2E6LA 3I8DA 4DU1A 3LPUA 3VA3A 1GOAA 2PYJA 2YNIA 1LWCA 3LP2A 2KZZA 1JL1A 3ZSZA 4DFKA 2EX3A 4FW1A 4O5BA 1CXUA 4JS4A 3OYLA 4OKEA 2BGGA 1RDDA 2ZQBA 4N41A 4CCHA 4G1QA 4DSIA 3RWUA 4NCBA 3DLEA 3AVGA 3HVTA 4FJ8A 4GMJB 1L3SA 4FCYA 1Q8IA 2VG7A 1WAJA 1ZBFA 3LAMA 4NYNA 3IS9A 3KLEA 1C1BA 3LAKA 2YNHA 5KTQA 1A5XA 4LD0A 2DY4A 3V1RA 4DF4A 4FJ9A 1QS4A 4AHSA 1HQUA 1VSJA 5HRSA 4LSNA 3M8SA 3KD1E 2O4IA 3ZSOA 4LY7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NF6A 1KVCA 3DRPA 2JGUA 3O08A 2P1JA 4BQLA 3PV8A 2VYPA 5BR8K 4IG3A 3VQ6A 3MWPA 4IEIA 2P9PA 3LP3A 4OGCA 4A2BA 1VQPN 1YF5L 4CK3A 2Q31A 3HSCA 4RW9A 2HBJA 3MN7A 3H3NO 4K25A 5C42A 3HVRA 4JRPA 4WFBL 2VG6A 3KVGA 4CJRA 3C65A 4PWDA 3L4IA 4GKKK 3LZIA 2D0PA 1BIZA 3ID6A 3A2FA 1QVGM 1YIJN 4I9LA 4CFAA 1NJXA 4LFBK 1RT3A 2JLEA 3AVAA 1KQSM 2ASMA 3ZT3A 1RTHA 5SZTA 3OY9A 2X6NA 3O4NA 4CJTA 3CERA 3ZSWA 1ASVA 1XUPO 2VWJA 5AQOA 5BRFA 1RDWX 1SZ2A 3CJAA 4H0XB 3KZBA 1RT1A 2W41A 5KPRA 3CC2N 2HHXA 1NJIO 3CCMN 3K5LA 2YJFA 1JCFA 4CGJA 1ZBSA 2O8CB 3K5NA 1R59O 4ID1A 3ZCMA 4M45A 4JKAA 3M8QA 4JEPA 4FW2A 2Q1NA 4W5QA 3J80O 3D2EB 3VEWA 4FM1A 4CZFA 5BPLA 3GBTA 3NF9A 4BGAA 3QEPA 4B9LA 1N34K 5ADXH 1MU2A 1QZ5A 4K41A 4DR2K 1HNVA 3KHYA 3WEEA 4CJLA 3I33A 3AVMA 4KPYA 4I2PA 4HTLA 2UYTA 4BQZA 4IDHA 5JICA 3L2RA 4YDUC 2PFUA 3J81O 4FZYA 4FWMA 4QS7A 4CEOA 3K9KA 5KGXA 3TAFA 4GY2B 2GTDA 1Q81O 5AQTA 4CZEA 3ZLJA 1HYSA 4QCLA 2QWLA 3MMVA 3QBWA 2G8HA 4N5SA 3D0PA 4ISFA 1J53A 4K43A 1JLAA 1NKBA 2OPSA 4CGDA 2O8CA 1KXPA 3CCSN 3CM6A 3AA2A 3HJFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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