2G8VA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (reaction product)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8vA00
3VQ8A 2EHGA 4H8KA 4OLAA 3KKRA 1A5VA 4PQUA 4DQIA 1Q9YA 3DLBA 3AVMA 3CFOA 4GMJB 4FJ7A 1ZBIA 3MXIA 2E6LA 1YVUA 3ZSOA 4CF1A 3M8QA 2B6AA 1FXXA 3AVCA 3IG1A 4CESA 4E7HA 4ELUA 4L8RB 4DTJA 1KCFA 4HCCA 3HP6A 3DRSA 3AO4A 3K5NA 1BQMA 3M8PA 2DFEA 4ELVA 4DTUA 4KHSA 4FM1A 4KI4A 2KZMA 4F3OA 2ZD1A 1TAQA 4Z4IA 1VK0A 4N5SA 2HNYA 3OYKA 3VQEA 2OPSA 4CE9A 4DMNA 4F2SA 3HYFA 3OYGA 3DOKA 5J2PA 1WSFA 3S3NA 3DLKA 3NH1A 3ZSZA 3G0ZA 4Q5VA 3HL8A 3QNOA 3T3FA 4FZXC 3ZSXA 5SWMA 3K57A 5HRRA 3RWUA 2XY8A 4DLEA 3V9XA 2Z1HA 3V9SA 4TSXA 2Q3SA 3OJSA 1HYSA 4KV8A 3KK2A 3I0RA 1UA1A 3HPHA 4EP4A 4E3SA 4FZYA 1WAJA 1NOZA 1WAFA 1ZBFA 3ASMA 1NK8A 5FROA 4W5TA 4M41A 3BGRA 1SL2A 5E41A 4KO0A 3D0PA 4FK2A 4O0IA 1RDDA 4EZ6A 4CJVA 4WE1A 1O1WA 4FJKA 3TAGA 4CF8A 4DU4A 1U4BA 4CEOA 2D5RA 4H4MA 3OYDA 4PWDA 1XHZA 1KSPA 4F8RA 2YNGA 4Q0BA 5KTQA 4FVMA 4GW6A 3ZT2A 3RRHA 2F8TA 2IC3A 1SKSA 2A1RA 1ASWA 4I7FA 3HJFA 3LP2A 3U6FA 1RT1A 3T1AA 2HHVA 1GOCA 3KKSA 1RNHA 4I9LA 3QERA 1J5OA 1HNIA 4Z4GA 1WNSA 3QESA 2O4IA 4I2QA 3VQDA 4C8LA 3V1OA 1WSGA 3OYEA 3O3GA 4JS4A 4KTZA 1NJZA 1RTIA 4RG8A 4CEDA 2RN2A 4E7IA 4KHNA 3OVNA 3OYIA 1ZYQA 4KTWA 4IG3A 1EXQA 1UWBA 5J2QA 2PY5A 3V81A 3OYLA 3SV3A 3RMDA 2HW3A 4DTSA 1NOYA 1KVAA 1TGOA 1RTDA 4J2AA 4JRQA 2YNIA 3A2FA 1Y97A 3U3GA 4I9QA 2D0AA 1FK9A 3AO1A 3VQ5A 1R0AA 1X1PA 3AA3A 4CJPA 2WOMA 1C1CA 3MEGA 4DU1A 4BACA 3SQ1A 3HT3A 1RT5A 3LWMA 2ZE2A 4MQ3A 3HK2A 2X6SA 5CZ2A 3WNHA 3ZSRA 2HHXA 4OGCA 1HMVA 2VG7A 5C25A 4LSNA 1ZBLA 2PYLA 3E01A 3VQBA 4FZZA 5EU7A 3VQ7A 4FJIA 1RT3A 3VQQA 3NE6A 1VSIA 2Y1IA 4K8XA 1L3VA 3QIOA 3JSMA 1BIUA 4FW1A 1J9AA 3HPOA 4CHYA 4MFBA 5HRPA 4HTUA 4JLHA 3SPZA 2G8KA 4DTMA 1U49A 4KREA 1CZ9A 2D0BA 3DYAA 4RW7A 3T19A 2P1JA 3AA5X 4W5QA 5I42A 1WSHA 1XWLA 4NYFA 1RDCA 1JXBA 4PA1A 3LANA 5T7BA 4W5RA 3CYMA 1T8EA 4KB1A 4M3YA 2P51A 4CGDA 1GOBA 2OYQA 3KK1A 3NBPA 4PY5A 4DSKA 1IKVA 1S6QA 1VRTA 5FRMA 4IG0A 3AA4A 3OYBA 3I0SA 2HVIA 3F73A 3RMBA 1X9MA 1QTMA 4CIEA 5HRSA 1VRUA 1TKTA 4FLXA 2GUIA 5I3UA 4KHUA 4YNQA 3ULDA 4ICLA 2ATQA 3LP0A 2F8SA 1KTQA 5FDLA 3O3FA 3OYJA 3HXMA 3B6OA 2DFFA 1VSMA 1LV5A 4FJXA 4DG1A 4B3OA 4LY7A 3H08A 4CIFA 1QS4A 3EY1A 4B9MA 4HCBA 1TKXA 3LAMA 1RDBA 3ZT1A 3AVLA 2XHBA 4FLTA 1TKZA 3HVTA 3EYZA 4DTRA 4R5PA 4DF4A 4EZ9A 4NYNA 4FLWA 3NFAA 4O4GA 2FC0A 3ZSQA 4JS5A 4K8ZA 3I8DA 1QSYA 4DS5A 3AA2A 3AO3A 4CGGA 3DLRA 3MXJA 4CJWA 3K5LA 4NCAA 4PUOA 1HNVA 4B8AB 4HVJA 5CZ1A 1D9FA 1EX4A 2I5JA 4DTPA 2LSNA 1NJWA 2QKKA 2AJQA 5DK5A 3RTVA 3QEIA 4CFAA 5DMRA 3SNNA 3QEPA 3MEDA 2YHBA 1SKWA 3M8RA 1VSKA 4CEBA 4CK3A 5J2NA 3OJUA 3SCXA 3DM2A 4KTQA 2FBVA 4OVLA 3VQ9A 4CEFA 4CJTA 2D0CA 4E1MA 4YFUA 1WN7A 3NH0A 3KLGA 3AVAA 4CJFA 2Y1JA 1K6YA 3TABA 2OZMA 3KK3A 1B9DA 2B5JA 4DTNA 1W9HA 3ZT0A 1EKEA 1VSLA 3LPTA 4AHSA 3NF7A 1S5JA 4AHCA 4DQQA 2FBTA 4O44A 4B8CA 3QLHA 1S1XA 4CIGA 3NGYA 2OPPA 1IKWA 3HO1A 3QINA 3V4IA 4UQGA 1T05A 1RT7A 3C6TA 4J2EA 4CGJA 1RBSA 1JKHA 2YKMA 4CHPA 4CEAA 3QEXA 1BI4A 1X9SA 4ZTFA 2GBZA 3QEWA 1B9FA 3LWLA 1RDAA 1TK8A 1SV5A 2EX3A 1C1BA 4CJEA 1NJYA 3L2UA 1U04A 3DOLA 1A5XA 1REVA 3AO2A 4FJMA 3SQ2A 5HRNA 1Q8IA 4CJ5A 4DS4A 4J2DA 4CFBA 2DY4A 3ALYA 1YTUA 1W0HA 2JGUA 1HQEA 4EP5A 3F9KA 3L2RA 3ZCMA 3V9UA 3PV8A 3AV9A 4KKOA 3NF6A 3ZT3A 4GVMA 5SZTA 4FJGA 5KRTA 3ISNC 1JLCA 1I3AA 1C1AA 4M3RA 2BANA 4DQRA 4ELTA 3SYZA 4DTXA 1YTAA 3L8BA 4FLUA 1RBTA 4KI6A 3O4NA 3QNNA 2PZSA 4OPKA 2HNZA 4FJLA 3LP3A 2IOCA 1QHTA 2Z1IA 3KLFA 3TWHA 3ITHA 1TKDA 4DWIA 1HYZA 4AHVA 3U3YA 3OYCA 3TAMA 4OJRA 1CXQA 3O4QA 3OYHA 4CECA 3KJVA 3KTQA 1WSJA 4CF9A 2GV9A 4F2RA 3SUPA 4J2BA 4C8MA 2B4JA 1BHLA 3K58A 1NK4A 4M45A 1SKRA 3NH2A 4KHYA 4B9TA 1EETA 4I2PA 4O55A 3SUNA 1QSLA 2HNDA 2X6NA 4FW2A 4DSJA 2FBXA 5CY4A 5KGWA 4CHQA 4OKJA 4OLBA 3NGIA 5HROA 1XC9A 2VG6A 2VWKA 2DFHA 4CJLA 1IH7A 1IG9A 1RT6A 3VN5A 3ZSWA 4AHUA 5J1EA 3LZIA 1MU2A 4RW9A 1J53A 4DSFA 2YNHA 1LW0A 4M3XA 4IFVA 2ZQBA 3L3VA 4DLGA 1HQUA 3OS0A 1VSFA 3PUFA 4Z4CA 1DLOA 3TAQA 1D5AA 2KFNA 1C0MA 4M3ZA 4B08A 3HSTB 3DI6A 2YHAA 1CLQA 1JLGA 3SQ4A 3SUQA 5HP1A 3SQ0A 2HHSA 1S9GA 3V1RA 4CFCA 4FJHA 3OYMA 1JLFA 2F96A 3FFIA 1U47A 3MECA 4FJ8A 1XHXA 3CQ8A 3OYAA 2G8VA 4QOZB 3VQAA 1RBVA 1S1WA 1HYVA 2E6MA 2HVHA 2DTUA 1CXUA 2RF2A 1LWCA 4N47A 4W5OA 4DFKA 4E0DA 2KZZA 4AHTA 3PX4A 1LW2A 2KW4A 1JLEA 5C42A 2G8FA 3PO4A 2G8IA 1JL2A 4ID1A 1L3TA 5KRSA 3RR8A 3NAEA 1ZBHA 1RILA 3HM9A 1S1UA 1EP4A 3SV4A 1NK5A 1RTJA 3D45A 2X78A 4KFBA 4OKEA 2W42A 4FJJA 3VQ6A 2HHWA 2RKIA 3NHGA 3L2QA 3DLHA 4CEQA 1BQNA 3AVIA 4DFMA 4CK2A 2E4LA 1QQCA 4QCLA 1S6PA 2YV0X 4OPJA 3JYTA 2YKNA 3PO5A 2BE2A 2KTQA 4B9LA 4FJ5A 4DF8A 1KLNA 2ETJA 4RW6A 3V6DA 1HJRA 1RBUA 2ITGA 1RTHA 4BE2A 1I39A 3PX6A 1NKEA 3OS2A 4Y1DA 4HUEA 4BDPA 4FK4A 1L5UA 4E7JA 1L3UA 2JLEA 4ZHRA 3CFRA 1U48A 4FJ9A 4FJNA 4Z0UA 1B92A 4G1QA 3WNEA 4ZTJA 4N56A 1C0UA 1NK9A 3G10A 2X74A 3KLEA 2A1SA 4FM2A 1L3SA 2R7YA 4HHTA 3S9HA 3CFPA 3KD5E 4KHQA 1A5WA 2IDOA 2HMIA 2HHQA 4E1NA 4QAGA 1IO2A 4BDYA 4CHZA 1FKPA 1JXEA 1KVBA 2O4GA 1RT2A 4CJRA 4DSIA 3QEVA 2FBYA 3KD1E 4AH9A 2VWJA 3L3UA 4N76A 4C8NA 4N41A 4CJ4A 3TAPA 1NK6A 4B9SA 4KHWA 4H4OA 3P1GA 1FKOA 2G8WA 4M3TA 1WSEA 1LAWA 4JRPA 4O0JA 4FK0A 1RBRA 1F21A 3LALA 4FLYA 2BGGA 4IFYA 3TR8A 4BE1A 3IAYA 3AVFA 1ASUA 3AVHA 5HLFA 3WNGA 4Z4FA 4CK1A 4FXDA 2IAJA 4KAZA 5C24A 3NCIA 2XRIA 2XY7A 1S1TA 1ASVA 4CHOA 1IKYA 3K59A 3P83D 3C95A 2G8UA 2HHTA 4KRFA 3MAQA 3SUOA 1SL1A 1GOAA 2IS3A 2OPQA 5CYQA 4KB0A 4NCGA 1HRHA 3QETA 4W5NA 3VQPA 3TAFA 1NKBA 4LSLA 2QXFA 3QIPA 2VG5A 3OYFA 4CF0A 3AVKA 4M42A 4AILC 4DQSA 3OYNA 2OA8A 2Z1JA 4O5BA 1JLBA 4HUFA 4CERA 3AVBA 3SPYA 3DLGA 3LAKA 5CYMA 3S3OA 1UAXA 1LWFA 5K14A 1JLQA 1Z26A 1G15A 1BL3A 3VQCA 4CEZA 5JS1A 3L2WA 1TAUA 2NUBA 4E19A 3V1QA 3KLIA 1IKXA 1UOCA 4OKKA 1DTQA 2OPRA 2IGIA 3M8SA 4DFJA 1KFDA 2P5GA 5D3GA 3DMJA 4F3TA 1X9WA 3NF8A 1J54A 2BDPA 3AO5A 3NDKA 1ZBUA 3SI6A 1VSDA 1ITGA 3AVNA 3ZT4A 4HUGA 1D8YA 3UIQA 4BWMA 3V9WA 3PY8A 4CCHA 5JS2A 4CJQA 3DRPA 3TAEA 1HPZA 1RT4A 1XI1A 3C6UA 1TK5A 4DQPA 1C6VA 2WONA 4CEEA 1KRPA 4CJ3A 3V9ZA 4BWJA 1QSSA 4XIUA 2XY6A 4LD0A 3S3MA 4C8OA 4RW4A 3HP9A 3DRRA 3OS1A 3L2VA 3VA3A 4DU3A 2HB5A 4B9NA 4C8KA 3RMAA 3AVGA 1KLMA 3TI0A 4BDZA 1BCOA 4BE0A 1NK7A 1DTTA 4FYDA 1T7PA 4B9UA 1Z25A 2Z1GA 2KQ2A 1NKCA 4Z4EA 4M3UA 4E7LA 2PYJA 1Q9XA 5KI6A 1S1VA 2QKBA 4IDKA 4FCYA 1JLAA 5J2MA 1D9DA 3B6PA 3KLHA 2OZSA 3DLEA 4AHRA 1S9EA 4CGIA 3OY9A 3KIOA 5FRNA 2QK9A 1N6QA 2XO7A 4CGFA 4CJKA 1UA0A 4CJSA 1T03A 2P5OA 4F4KA 4M3WA 1LAVA 4OGEA 1VSEA 1WLJA 3ZSYA 3HVRA 4LH4A 4IKFA 1WSIA 3MXMA 3QO9A 3PX0A 1VSJA 3CM6A 4B9VA 1RCHA 5HBMA 3LZJA 3THVA 1KFSA 2KFZA 1JL1A 1TL1A 4IBNA 3P5JA 4ID5A 4CJUA 3RR7A 3K5OA 4FLZA 4DFPA 3NGZA 1TVRA 4RW8A 5KGXA 4FM0A 1BI4B 4Y1CA 4CHNA 3RRGA 3HPGA 1KVCA 4KPYA 4DTOA 4LH5A 1LWEA 1N5YA 3CG7A 3LPUA 1BCMA 3MEEA 3K5MA 3VQ4A 4E89A 3SZ2A 3SJJA 3BDPA 1C0TA 2YNFA 4DSLA 4FLVA 3AVJA 4DSEA 3K2PA 4NCBA 3WNFA 1NJXA 3IRXA 1CZBA 1BIZA 1NK0A 1SL0A 2HHUA 1BISA 3LDSA 3EZ5A 3VA0A 1YT3A 1TK0A 3NF9A 1TL3A 3O3HA 3RMCA 2XY5A 3TARA 3CM5A 3IS9A 1SUQA 4CF2A 2RPIA 4E7KA 4Z4HA 1U45A 3C94A 3LP1A 4CGHA 4CFDA 1VSHA 2G8HA 1BGXT 3ZSVA 3TANA 1QE1A 1TV6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRNA 3I33A 4OLAA 3KKRA 1A5VA 4PQUA 2FF3B 3MX2A 4IEIA 3CFOA 4GMJB 4FJ7A 1ZBIA 1KRPA 4ELUA 2HHUA 1FXXA 1JCGA 5AQRA 1Q7YO 3HP6A 3AO4A 1SS6A 4KHSA 2KZMA 4PHTX 1VK0A 3VQEA 1WSFA 4FZXC 3ZSZA 3G0ZA 4CI6A 4DR5K 2FXUA 3K57A 3V9XA 5CHIA 3I0RA 1UA1A 3ZLJA 3WQUA 5M1FA 4FWOA 1WAFA 1ZBFA 2BH1A 3ASMA 1M1KO 4W5TA 3R8EA 3MWTA 1SL2A 5E41A 4EZ6A 4FJKA 1NNEA 2P9UB 1GLLO 1BDGA 4Y0WA 2D5RA 3VETA 1XHZA 4H0PA 1ATNA 5KTQA 3ZT2A 3RRHA 4EIAA 2IC3A 4I7FA 4FVUA 3CCLN 4XH5A 3VTIA 3U6FA 4WF9L 3KKSA 4I9LA 3QESA 4C8LA 3V1OA 1WSGA 3OYEA 3HBTA 3OYIA 3QB0A 3UKRB 4KTWA 4IG3A 2PY5A 4BR4A 1HKGA 4K43A 3RMDA 2UYTA 4DTSA 5AQWA 1BA1A 3QBWA 5F2RA 2HBMA 2YNIA 3A2FA 3U3GA 2D0AA 3PIPL 1YHQN 4CJPA 4BACA 3SQ1A 3PSFA 3SMPA 4MQ3A 3ZSRA 1ZBLA 5C25A 2UXBK 4CZFA 3D2FB 2ASOA 4FWPA 1RT3A 4K8XA 3QIOA 3JSMA 3CCVN 3SPZA 1CZ9A 2D0BA 3DYAA 4RW7A 1OVQA 2QWQA 3VF4A 4PA1A 1T8EA 3CYMA 5GADP 2P51A 4CGDA 3NBPA 4PY5A 1S6QA 1VRTA 3CPEA 3TTCA 3AA4A 3OYBA 3I0SA 4CD3A 1X9MA 1RDWX 4KHUA 1TKTA 3WT0A 4CW7B 3WUHA 4BC3A 3ULDA 3LDLA 4L3QA 3O3FA 2P9LB 2DFFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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